건설회사가 지방자치단체로부터 학교용지부담금을 돌려받기 위해 행정소송을 제기해 승소하고도 정작 부담금을 돌려달라며 낸 민사소송에서는 패소하는 일이 발생했다. 이처럼 승소판결에도 불구하고 부담금을 환급받지 못하는 것은 지자체나 행정청을 상대로 의무이행을 직접 청구할 수 없기 때문이다. 이에 따라 법조계에서는 행정청 등에 의무이행소송을 낼 수 있도록 한 행정소송법 개정안이 조속히 시행돼야 한다는 목소리가 높다. 건설업체 ㈜앨트윈도시개발은 2006년 남양주시에 주택건설사업계획 승인을 받으면서 학교용지확보 등에 관한 특례법에 따라 학교용지부담금 20억여원을 납부했다. 이 법은 건설사업자가 기부채납을 했을 때는 학교용지부담금을 면제하도록 정하고 있는데, 앨트윈은 부담금을 환급받기 위해 남양주에 초등학교를 지어주는 기부채납협약을 맺었다. 2년 뒤 협약에 따라 남양주시에 초등학교를 지어준 앨트윈은 약속한 대로 부담금을 환급해달라고 요청했지만 남양주시는 "환급 권한이 없다"며 거부했다. 앨트윈은 행정법원에 환급거부처분 취소소송을 내 최종 승소했다. 그러나 앨트윈은 여전히 부담금을 돌려받을 수 없었다. 현행법상 행정소송에서 거부처분 취소결정을 받았더라도 행정청에 환급을 직접 강제할 수는 없기 때문이다. 문성호 행정법원 공보판사는 "현행법상 행정청의 의무이행을 직접 청구할 수 있는 방법은 없고, 다만 이행하지 않는 동안 간접강제금을 신청할 수 있는 방법이 있다"고 설명했다. 하지만 앨트윈은 이 소송에서 간접강제를 신청하지 않았다. 결국 남양주시가 직접 돈을 내주기 전까지는 마냥 기다리는 방법밖에 없었던 앨트윈은 2011년 남양주시의 회계 책임자인 경기도를 상대로 "학교용지부담금 20억여원을 돌려달라"며 서울중앙지법에 민사소송을 냈다. 하지만 최근 서울중앙지법 민사37부(재판장 강태훈 부장판사)는 앨트윈이 낸 부당이득금 청구소송(2011가합12342)에서 원고패소 판결했다. 재판부는 판결문에서 "남양주시가 용지부담금 부과처분에 대해 부과취소 또는 철회 등의 처분을 하지 않았고 당초 부과처분이 적법하게 이뤄진 이상 그 후에 면제요건에 해당하는 사정이 발생했다고 해서 그 부과처분이 위법하게 되는 것은 아니다"라며 "부과처분에 따라 징수된 부담금이 법률상 원인 없이 취득된 것이라고 할 수는 없으므로 앨트윈은 부당이득을 원인으로 그 반환을 구할 수는 없다"고 밝혔다. 앨트윈도시개발 측은 "행정소송 후 권리 구제가 불가능한 상태에서 지푸라기라도 잡는 심정으로 민사소송을 제기했는데, 소송으로 다툴 방법이 없다는 법원의 판결이 이해되지 않는다"고 밝혔다. 한편 경기도는 이 소송이 진행 중이던 지난 8월 6년만에 학교용지부담금 20여억원을 반환했다. 그러나 앨트윈은 "원금은 받았지만 행정청이 환급을 거부하는 동안 생긴 이자도 돌려받아야 한다"며 항소했다.

주택을 재개발하면서 부과하는 학교용지 부담금은 실제로 주택분양계약이 체결된 세대에만 부과할 수 있다는 판결이 나왔다. 서울행정법원 행정12부(재판장 장상균 부장판사)는 25일 서울 강동구의 A재건축정비사업조합이 강동구청장을 상대로 낸 학교용지부담금부과처분취소소송(2010구합47954)에서 원고승소 판결했다. 재판부는 판결문에서 "'학교용지확보 등에 관한 특례법(특례법)'은 '분양예정가격'이 아닌 '분양가격'을 기준으로 그 0.8%를 학교용지부담금으로 산정하고 있다"며 "따라서 분양공급계약이 체결돼 분양가격이 정해진 세대에 한해 부과할 수 있다고 봐야 하므로 분양 예정분을 포함하고 있는 재개발조합의 일반 분양분을 기준으로 부과한 것은 잘못"이라고 판단했다. 재판부는 또 조합이 학교에 설치한 인조잔디 운동장 등의 설치비용도 학교용지부담금에서 면제돼야 한다고 판결했다. 재판부는 "원고가 학교에 설치한 인조잔디 및 우레탄 트랙은 학교시설에 포함돼 지자체의 교육비 특별회계 소관 공유재산에 해당한다고 봐 이에 대한 설치비용은 학교용지부담금에서 면제돼야 한다"고 지적했다. 강동구청은 지난 2006년 6월 A조합이 사업 시행지 인근에 있는 B초등학교의 교육환경을 확보한다는 조건으로 A조합의 사업시행계획을 인가했다. 이후 A조합은 이 학교 운동장에 40억7000만원을 들여 인조잔디와 우레탄 트랙을 설치했다. 하지만 강동구청이 A조합의 분양 예정을 포함한 일반분양분 238세대에 학교용지부담금 15억1432여만원을 부과하자 소송을 냈다.

헌법재판소가 지난 3월 3백가구 이상 공동주택 입주자에게 학교용지부담금을 부과하는 법조항에 대해 위헌결정을 내린이후 지방자치단체의 학교용지부담금 처분이 무효라는 법원의 첫 판결이 나왔다. 이에 따라 법원에 계류 중인 관련 소송들에 대한 유사 판결과 '부담금 고지 90일 이내'라는 제소기간 내에 해당되는 공동주택 분양자들의 소 제기가 잇따를 전망이다. 서울행정법원 제1부(재판장 권순일 부장판사)는 서울마포구상암동 상암택지개발사업지구내 아파트를 분양받은 최모씨 등 6명이 "1백50만원씩 부과받은 학교용지부담금을 취소해 달라"며 마포구청장을 상대로 낸 학교용지부담금부과처분취소 청구소송(☞2003구합39467)에서 9일 "제소기간을 넘긴 1명을 제외한 다른 원고들에 대한 부담금부과처분은 무효"라며 원고승소 판결을 내렸다. 재판부는 판결문에서 "피고가 원고들에게 부담금을 내라고한 근거였던 법조항은 헌재가 위헌결정을 내린 특례법 조항과 내용이 같은 만큼 피고의 처분은 위법하다"고 밝혔다. 이번 판결은 개정된 조항도 위헌결정을 받은 조항과 근본적으로 다를 바 없다는 취지여서 이번 판결이 대법원에서 확정될 경우, 또다시 법개정이 불가피할 것으로 보인다. 한편 헌재는 지난 3월 구 학교용지확보에관한특례법 관련조항에 대해 "특정 집단으로부터 의무교육 관련비용을 부담케 하는 것은 위헌이며 구체적 사정이 아닌 분양가구수를 기준으로 부담금을 부과하는 것은 합리적 근거도 없다"며 재판관 전원일치 의견으로 위헌결정을 내렸다.