헌법불합치 결정으로 개정된 국세징수법 제78조2항을 부칙이 헌법재판소 결정일인 2009년4월30일 이후부터 적용하도록 하고 있더라도, 헌재의 헌법불합치결정 당시 법원에 소송계속 중이던 사건에는 개정된 법조항을 적용해야 한다는 판결이 나왔다. 이는 "헌법불합치결정에 의한 개선입법의 소급적용여부와 그 범위에 대해서는 원칙적으로 입법자의 재량에 맡기되 예외적으로 헌법불합치결정의 취지나 구체적 규범통제의 실효성 보장이라는 측면 등을 고려해 헌법불합치결정 당시에 법원에 계속 중인 사건에도 소급효가 미친다고 해야 한다"는 대법원판례(대법원 2003다52647 등)에 따른 것이다. 서울행정법원 행정5부(재판장 이진만 부장판사)는 A씨가 "위헌인 구 국세징수법 제78조2항 후문에 따라 결정된 배분거부처분을 취소해 달라"며 한국자산관리공사를 상대로 제기한 배분거부처분취소소송(2010구합32013)에서 지난 16일 원고승소 판결했다. 재판부는 판결문에서 "헌법재판소가 헌법불합치결정을 통해 법률조항을 합헌적으로 개정 또는 폐지하는 임무를 입법자의 형성재량에 맡긴 이상 그 개선입법의 소급적용여부와 소급적용의 범위 역시 원칙적으로 입법자의 재량에 달린 것"이라면서도 "(해당조항의 적용중지를 명하는) 이 사건 헌법불합치결정의 주문 및 결정취지와 위헌법률심판에서의 구체적 규범통제의 실효성 보장이라는 측면을 고려할 때 적어도 이 사건 헌법불합치결정을 하게 된 당해 사건 및 헌법불합치결정 당시에 이 사건 법률조항의 위헌여부가 쟁점이 돼 법원에 계속 중인 사건에 대해서는 헌법불합치결정의 소급효가 미친다고 해야 한다"고 밝혔다. 재판부는 이어 "개정된 국세징수법의 부칙이 이 사건을 개정규정의 적용범위에 포함하지 않더라도 이 사건에 대해서는 종전의 법률을 그대로 적용할 수는 없고 위헌성이 제거된 개정규정이 적용되는 것으로 봐야한다"고 판단했다. 한국자산관리공사는 지난 2007년8월 지방세가 체납된 부동산을 매각하고 그 대금을 임차권자인 A씨 등 채권자들에게 배분했다. 이 과정에서 공사는 공매대금 미납으로 인한 보증금은 국가에 귀속됐다는 이유로 배분금액에 포함시키지 않았다. 이에 A씨는 공매대금의 국가귀속을 규정한 국세징수법 제78조2항을 이 사건 배분처분에 적용한 것은 위법이라며 소송을 냈다. 이후 소송 계속 중이던 2009년4월 헌법재판소 "대금미납으로 매각결정이 취소된 경우 납부한 계약보증금을 국가에 귀속시키도록 규정한 국세징수법 제78조2항 후문은 헌법이 보장한 평등의 원칙 등에 위반된다"며 서울행정법원이 낸 위헌법률심판 제청사건(2007헌가8)에서 재판관 8대 1의 의견으로 헌법불합치결정을 내렸다(법률신문 2009년5월4일자 5면). 이에 따라 국회는 지난 1월 헌재결정 취지에 맞도록 국세징수법을 개정했지만, 개정규정이 헌재 결정일인 2009년4월30일 이후 매각결정이 취소된 경우에만 적용되도록 부칙조항을 둬 논란이 됐다.

명의신탁이 종료된 후에 부동산실명제위반으로 과징금을 부과하는 경우에도 부과 시점의 부동산 가액을 기준으로 과징금을 산출할 수 있도록 한 부동산실명법 관련조항은 헌법에 위반된다는 헌재 결정이 나왔다. 헌법재판소 전원재판부(주심 송인준 재판관)는 25일 수원지법이 부동산실권리자명의등기에 관한법률 제5조2항에 대해 "부동산 평가액을 과징금 부과일을 기준으로 산출하도록 한 것은 행정청의 부과시기 선택에 따라 과징금액이 달라지는 불합리한 결과를 낳는다"며 낸 위헌법률심판제청사건(2005헌가17·2006헌바17 병합)에서 재판관 8대1의 의견으로 헌법불합치 결정했다. 헌재는 법적 혼란상태를 방지하기 위해 오는 2007년 5월31일까지를 개정 시한으로 정했으며 개정 전까지 이 사건 법률조항 적용을 중지하도록 했다. 재판부는 결정문에서 “행정청이 과징금을 부과할 당시에 명의신탁관계가 계속 존재하는 경우에는 과징금 부과일의 부동산 가액을 과징금 산정기준으로 해도 문제가 없지만 명의신탁관계가 종료된 경우까지 과징금 부과 시점의 부동산 가액을 과징금 산정기준으로 삼게 되면 부동산 가격 상승에 따른 과징금 증가의 손해를 법 위반자에게 부담토록 해 재산권을 제한한다”고 밝혔다. 재판부는 또 "행정청이 과징금을 부과하는 시점에 명의신탁관계가 이미 종료된 경우에는 법 위반사실이 없는 기간에 발생한 부동산 가액 상승에 대해 과징금을 부과하는 셈이 돼 적합성 원칙과 최소침해성 원칙 등에 위배된다"고 덧붙였다. 재판부는 따라서 "이 사건 법률조항 전체에 대해 단순위헌결정을 하게 되면 과징금 산정의 기초가 되는 부동산가액을 평가하는 기준이 없게 되어 과징금부과 시점에 명의신탁관계가 존재하는 경우에도 부동산실명법 위반사실에 대해 과징금을 부과할 수 없게 되는 법적 공백이 발생하게 된다"며 "입법자가 위헌이유에 맞춰 새로 개정할 때까지 그 형식적 존속만을 잠정적으로 유지키로 한다"고 헌법불합치결정 이유를 밝혔다. 반면 조대현 재판관은 주문 표시방법과 관련 "이 사건 법률 조항의 내용은 헌법에 합치되는 부분과 헌법에 합치되지 않는 부분을 함께 가지고 있고 헌법에 합치되지 않는 부분을 특정할 수 있으므로 일부 위헌을 선언해야 한다"고 밝혔다. 제청신청인 S건설은 2002년10월 경기도 용인시에 아파트를 건설하기 위해 29필지의 땅을 사며 회사 임·직원 명의로 등기해 부동산실명법 위반혐의로 검찰에 적발됐는데 1년9개월 후인 2004년 9월 용인시로 부터 당시 부동산 가액을 기준으로 45억여원의 과징금 부과처분을 받자 행정소송을 제기하며 위헌법률심판제청을 신청했다.

도시계획구역 내의 토지소유자들에 대해 보상없이 형질변경이나 건축물의 증·개축을 금지하고 있는 현행 도시계획법 제4조는 헌법에 합치되지 않는다는 헌재결정이 나왔다. 헌법재판소전원재판부(주심 金汶熙 재판관)는 지난 21일 박영식씨등 18명이 자신들의 토지가 학교부지로 지정되는 바람에 10년이 넘도록 재산권행사를 못하고 있다며 낸 도시계획법 제4조 위헌소원사건(97헌바26)에서 "동 법조는 헌법에 합치되지 않는다"며 헌법불합치결정을 내렸다. 하지만 재판부는 "도시계획은 국가와 지방자치단체의 중요한 행정으로서 잠시도 중단되어서는 않되는 만큼 이 법률조항을 2001년12월31일까지 그대로 적용한다"고 덧붙여 이 때까지를 시한으로 국회에서 법이 개정될 때까지는 건축제한이 그대로 유효하다고 밝혔다. 재판부는 결정문에서 "도시계획시설의 지정으로 인해 토지의 사적 이용권이 배제되거나 토지를 종래의 용도대로 사용할 수 없어 현저한 재산적 손실이 발생하는 경우에도 아무런 보상없이 장기간 이를 감수하도록 규정하고 있는 것은 토지소유자들에게 과도한 부담이 되므로 비례의 원칙에 위반된다"며 '도시계획시설지정제도' 자체는 합헌이나 토지소유자들에게 보상규정을 두고 있지 않는 점에 그 위헌성이 있다는 점을 분명히 했다. 그러나 헌재의 이번 결정으로 혜택을 입는 사람들은 도시계획결정으로 묶인 토지의 소유자들 가운데 나대지 소유자등 일부로 한정될 것으로 보인다. 재판부가 그 대상을 도시계획시설의 결정으로 인해 토지를 종래의 용도대로 사용하고 있지 못하는 사람들로 한정했는데, 임야나 전답의 소유자들은 도시계획시설의 결정에도 불구하고 매수시까지 종래의 용도대로 사용할 수 있기 때문이다.