특정 사업을 위해 소송이 제기된 경우 소송비용 전액이 해당 사업을 시행하는 법인의 손비에 해당한다는 판결이 나왔다. 손비란 일정기간동안 기업의 생산 및 판매활동 등 이익창출과정에서 발생하는 비용으로 현행 법인세법은 손비가 발생한 부분만큼을 기업의 과세대상에서 제외하고 있다. 서울행정법원 행정2부(재판장 하종대 부장판사)는 지난 9일 부동산개발업체인 M사가 서울 종로세무서장을 상대로 낸 법인세등부과처분 취소소송(2010구합19898)에서 원고승소 판결했다. 재판부는 판결문에서 "법인세법은 손비를 법인의 사업과 관련해 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 규정하고 있다"며 "원고가 종로구청장을 상대로 제기했던 도심재개발사업시행인가처분 취소소송과 관련해 지출한 소송비용이 손비에 해당하는지 여부를 살피기 위해서는 결국 해당 소송비용이 원고의 사업과 관련해 지출된 비용인지 여부를 따져보아야 한다"고 밝혔다. 재판부는 이어 "원고가 당시 소송을 제기한 것은 재개발사업 등 원고의 목적사업을 위한 것일 뿐만 아니라 취소소송의 효익이 각 토지의 소유자들에게 미치는 것은 부수적인 것이고 주된 효익은 역시 원고에게 귀속된다고 봄이 상당하다"며 "원고가 지출한 소송비용 전부를 원고의 업무와 관련된 비용으로 봐야한다"고 판단했다. 원고측 소송대리를 맡았던 강창문(사법연수원 26기) 변호사는 "이번 판결은 법원이 사업시행과 관련된 소송의 소송비용전액을 사업을 수행하는 법인의 손비에 해당한다고 인정한 첫 사례로 향후 유사한 사건에서도 충분히 적용될 수 있을 것"이라고 의미를 강조했다. 서울 종로구 중학동 지역에 업무용 빌딩 및 호텔을 신축하는 등 부동산개발을 추진 중이던 M사는 지난 2002년 서울시가 이 지역을 도심재개발구역으로 지정하고 다른 업체를 시행자로 선정해 사업이 무산될 위기에 처하자 서울 종로구청장을 상대로 도심재개발사업시행인가처분 취소소송을 제기해 2005년 대법원으로부터 승소확정판결을 받았다. 이와관련 M사는 소송비용인 8억6,800여만원을 2002~2005 사업연도 손금에 산입해 매입세액을 공제했다. 하지만 종로세무서는 "취소소송에 따른 효익이 M사는 물론 해당 부동산개발사업 구역내에 있는 다른 토지소유자에게도 미쳐 토지소유비율에 따라 이해관계가 발생하므로 소송비용 역시 M사와 토지소유자인 개인이 나눠 부담해야 한다"며 소송비용 중에서 M사가 소유한 토지비율만큼만을 공제해 법인세를 부과했다. M사는 이에 불복해 소송을 냈다.

설립등기를 마친 후 폐업해 사업실적이 없는 법인의 주식 전부를 제3자가 매수한 다음 상호·임원·자본 등을 변경했다고 하더라도 법인의 설립으로 보고 중과세를 부과할 수 없다는 판결이 나왔다. 서울행정법원 행정3부(재판장 안철상 부장판사)는 6일 론스타가 인수한 강남금융센터주식회사(옛 스타타워)가 "법인의 설립은 회사의 설립등기일을 의미하는 것이므로 인수일을 법인의 설립으로 보고 중과세를 부과한 것은 위법하다"며 강남구청 등을 상대로 낸 등록세등 부과처분 취소청구소송(☞2006구합30683)에서 원고 승소판결했다. 재판부는 판결문에서 "법인이 영업활동을 하지 않았더라도 법인의 법인격 자체가 소멸하지 않는 한 법인의 설립일은 당초 설립등기일이고, 폐업한 법인이 다시 영업을 재개해 활동하는 경우에도 그 활동하는 시기에 새로이 법인이 설립됐다고 볼 수 없다"며 "법인이 설립등기를 마친 후 폐업상태에 있었다 하더라도 당초 설립등기일을 기준으로 등록세의 중과세 여부를 판단하는것이 지방세법의 올바른 해석"이라고 밝혔다. 재판부는 또 "주식회사의 주주, 임원, 명칭, 법인의 목적 등 인적·물적 요소가 전면적으로 변경됐다고 하더라도 법률의 규정에 따라 변경이 이루어진 이상 이로 인해 회사의 동일성이 상실된다고 볼 수 없다"며 "또한 세법상 법인의 동일성이 상실되는 기준을 설정하기도 쉽지 않으며, 그 변경이 여러차례에 걸쳐 이루어진 경우 어느 시기에 동일성이 상실됐다고 볼 것인지도 문제 될 수 있으므로 이는 조세법률주의 원칙의 과세요건명확주의에 어긋난다"고 덧붙였다. 강남금융센터는 96년 1월 설립등기를 마치고 같은해 7월 폐업한뒤 2001년 4월 새로이 사업자등록을 했다. 론스타는 2개월 뒤 벨기에에 본부를 둔 페이퍼컴퍼니 스타홀딩스를 통해 강남금융센터의 주식을 매수하고 상호를 스타타워로 변경했다. 서울시는 론스타의 주식매매가 이뤄진 2001년 6월 강남금융센터가 새 법인으로 설립된 것으로 보고 구 지방세법상 중과대상에 해당한다며 252억여원의 등록세와 지방교육세를 부과했고, 강남금융센터는 이에 불복해 소송을 냈다.

비법인인 단체가 법인으로 승격하면서 종전에 가지고 있던 부동산을 증여형식으로 취득한 경우 '부동산 취득'으로 볼 수 없어 이에 대한 취득세부과는 부당하다는 판결이 나왔다. 이번 판결은 동일한 단체에 대해 법적지위가 달라졌다는 이유로 그 소유 부동산에 취득세를 부과한 것이 '실질과세 원칙'에 위배된다고 판단한 것으로 의미가 있다. 서울행정법원 13부(재판장 白春基 부장판사)는 비영리 종교단체에서 법인으로 승격한 A 재단법인이 용산구청을 상대로 낸 취득세등부과처분취소 청구소송(☞2004구합17839)에서 15일 원고승소 판결을 내렸다. 재판부는 판결문에서 "민법 제32조는 종교 기타 영리 아닌 사업을 목적으로 하는 재단은 주무관청의 허가를 얻어야만 이를 법인으로 할 수 있도록 규정하고 있어 비법인 단체의 경우 법인으로 허가받기 전 설립허가에 필요한 자산으로 소유하게 된 부동산을 허가받을 법인에게 출연하는 형식을 취해 설립허가를 받은 다음 법인 명의로 소유권이전등기를 하는 경우 설립허가의 결과여부에 따라 취득세 납세의무로 해석하는 것은 실질과세 원칙 등에 반한다"고 밝혔다. 재판부는 이어 "설사 원고와 종전 비법인단체와의 법적규율의 정도, 법인격 등의 측면에서 다소 차이가 있더라도 재단법인 설립허가를 받음으로써 법인으로 전환된 원고가 종전 비법인단체 명의로 되어 있던 부동산에 관한 등기를 자신 명의로 하기 위한 방편으로 한 토지 증여계약은 지방세법 제105조제1항 소정의 '부동산의 취득'에 해당하지 않는다"고 밝혔다. A 재단법인은 지난 2000년4월 문화관광부장관으로부터 재단법인 설립허가를 받아 설립등기를 한 후 비법인 단체시 소유하고 있던 토지를 새로운 법인명의로 등기하기 위해 형식적인 증여계약을 통해 소유권이전등기를 경료했는데, 이에 대해 용산구청이 '부동산 취득에 해당한다'며 취득세를 부과하자 소송을 냈었다.

노조위원장선거에서 조합원의 선거권을 제한할 경우 반드시 총회 의결을 거쳐야 한다는 판결이 나왔다. 서울행정법원 제12부(재판장 曺海鉉 부장판사)는 23일 동아상운(주) 노동조합이 서울 도봉구청장을 상대로 낸 노동조합결의처분시정명령취소 청구소송(2003구합12141)에서 원고패소 판결을 내렸다. 재판부는 판결문에서 "노동조합및노동관계조정법 22조 등에 의하면 조합비를 납부하지 않거나 규약에 의해 제명 등의 징계를 받은 경우에만 선거권이 제한되며 이외의 다른 이유로 조합원의 선거권을 제한하는 것은 무효"라고 밝혔다. 재판부는 또 "이 법 16조1항2호 등을 보면 조합원의 선거권을 제한할 경우 반드시 총회의 의결을 거쳐야 하므로 대의원회에서 통과시킨 선거권제한 결의와 뒤이어 열린 임시총회에서의 노조위원장 선출결의도 위 법령 등에 위반된 것"이라고 덧붙였다. 동아상운노조는 지난해 9월 대의원회에서 입사 3개월 미만 조합원의 선거권을 제한하는 안건을 통과시킨후 같은해 10월 신임노조위원장 선출을 위해 열린 임시총회에서 김모씨를 신임위원장으로 선출했으나 선거권을 제한당한 조합원들이 "대의원회 의결로 선거권을 제한하는 것은 부당하다"며 이의를 제기, 도봉구청장으로부터 임시총회 결의의 시정을 요구하는 처분을 받자 소송을 냈다.

회사를 합병할 때 피합병회사가 과밀억제권역인 서울시내에 있었다면 합병후 존속회사가 새로 부동산을 취득하더라도 피합병회사의 자산 비율에 대해서는 중과세 할 수 없다는 판결이 나왔다. 서울행정법원 제3부(재판장 강영호·姜永虎 부장판사)는 지난달 31일 금호생명보험(주)가 "흡수합병된 동아생명의 자산비율에 해당하는 등록세 및 교육세 93억여원을 돌려달라"며 서울종로구청장을 상대로 낸 등록세등부과처분취소 청구소송(☞2002구합1502)에서 원고승소 판결을 선고했다. 재판부는 판결문에서 "동아생명은 73년 5월경 과밀억제권역인 서울시내에 설립돼 줄곧 같은 곳에서 존속해 왔고 금호생명이 동아생명을 흡수합병해 동아생명의 모든 권리·의무를 승계했으므로 동아생명의 자산비율에 해당하는 부분에 대해서는 인구유입 또는 경제력 집중을 유발하는 효과가 있다고 보기 어려워 등록세 중과 규정을 적용하지 아니함이 상당하다"고 밝혔다. 이어 "역으로 동아생명이 금호생명을 합병해 존속법인이 된 경우 금호생명의 자산비율에 해당하는 만큼 인구유입 또는 경제력 집중을 유발하는 효과가 있음에도 불구하고 이를 중과세 대상으로 볼 수 없는 결과가 돼 존속하는 법인의 명칭에 따라 중과세 규정의 적용여부를 판단하게 되므로 조세정책이나 형평에도 반한다"고 설명했다. 광주에 본점을 두고 있던 금호생명은 2000년 3월 서울에 본점을 두고 있던 동아생명을 합병하기 위해 서울로 본점을 옮긴 후 같은해 12월 금호빌딩을 매수했는데, 서울종로구청이 '대도시 전입후 5년내에 부동산을 매수한 경우 중과세한다'는 지방세법시행령상의 규정에 따라 일반세율의 3배에 달하는 과세를 하자 이 사건 소송을 냈었다.