횡령과 배임, 탈세 혐의로 기소된 이재현(55) CJ그룹 회장이 파기환송심에서도 실형을 선고받았다. 서울고법 형사12부(재판장 이원형 부장판사)는 15일 이 회장에 대한 파기환송심 선고공판에서 징역 2년6월과 벌금 252억원을 선고했다(2015노2486). 이 회장과 함께 기소된 신동기 CJ글로벌홀딩스 부사장에게는 징역 2년6월에 집행유예 4년과 벌금 223억, 배형찬 CJ Japan 전 대표에게는 징역 1년 6월에 집행유예 3년이 각각 선고됐다. 재판부는 지난 9월 대법원이 이 회장의 일본 부동산 매입 관련 배임 혐의와 관련해 "배임행위로 취득한 이득액(배임액)이 얼마인지 산정할 수 없는데도 배임액 규모에 따라 가중처벌되는 특정경제범죄 가중처벌 등에 관한 법률상 배임죄를 적용한 것은 잘못"이라고 판단한 취지대로 특정경제범죄법상 배임 혐의는 무죄를 선고했다. 하지만 "배임액이 얼마인지 산정할 수 있으냐 없느냐는 평가문제에 불과하고 배임행위를 했다는 사실관계는 동일하게 인정되기 때문에 형법상의 업무상 배임 혐의는 인정된다"고 판단했다. 재판부는 이어 "이 회장은 CJ회장으로서 막강한 영향력을 이용해 회사에 개인 재산을 관리하는 부서를 두고 종합소득세와 법인세 등 251억원의 조세를 포탈하고 151억원을 횡령했다"며 "또한 개인재산 증식을 위해 일본 부동산을 매수하면서 CJ 일본 현지 법인인 CJ Japan으로 하여금 연대보증을 하게 해 액수 미상의 재산상 이득을 취하고, CJ Japan에게는 같은 금액의 손해를 입게 해 죄책이 무겁다"고 밝혔다. 그러면서 "이 회장이 포탈한 조세를 모두 납부하고 횡령·배임 관련 피해도 대부분 회복해 회사의 손해가 현실화되지는 않았지만, 대규모 자산을 보유한 기업가가 범행이 발각된 후에 행한 피해 회복 조치에 양형상 과도한 의미를 부여하는 것은 범죄의 예방과 투명하고 합리적인 기업 경영 정착 측면에서 부정적 결과를 초래할 수 있어 결정적 양형요소로 삼기는 어렵다"고 설명했다. 또 "이 회장의 건강문제 역시 파기환송 전 항소심 양형에서 이미 반영됐을 뿐 아니라 건강문제는 근본적으로 양형요소라기보다 형의 집행과 관련된 문제일 뿐"이라며 실형선고가 불가피하다고 했다. 이 회장은 건강상의 이유로 구속집행정지 상태이기 때문에 이날 법정구속은 되지 않았다. 이 회장의 구속집행정지 기간은 내년 3월 21일까지인데 검찰이나 이 회장 측이 재상고를 해 대법원에 다시 사건이 가게 되면 대법원이 구속집행정지를 계속 유지할 것인지 연장할 것인지 여부를 최종 결정하게 된다. 이 회장은 CJ 임직원들과 공모해 국내외 비자금을 차명으로 운용·관리해 오면서 546억원의 조세를 포탈하고 회삿돈 719억원을 횡령한 혐의(특정범죄 가중처벌 등에 관한 법률상 조세포탈 및 특정경제범죄법상 횡령)로 2013년 7월 구속기소됐다. 이 회장은 일본에서 건물을 사들이기 위해 대출을 받으면서 CJ Japan에 연대보증을 하도록 해 392억여원의 손해를 입힌 혐의(특정경제범죄법상 배임)도 받았다. 1심은 일부 조세포탈 혐의를 제외한 대부분의 혐의를 유죄로 판단해 징역 4년과 벌금 260억원을 선고했다. 항소심은 115억원 상당의 법인자금 횡령, 309억원 상당의 배임, 251억원 상당의 조세 포탈 등의 혐의만 유죄로 인정했지만 징역 3년과 벌금 252억원을 선고해 실형 선고를 유지했다. 하지만 대법원은 배임 혐의와 관련해 "일본 부동산 매수와 관련해 해당 부동산에서 발생하는 임대수익과 주채무자인 팬 재팬(Pan Janpan, 이 회장이 부동산 매일을 위해 세운 페이퍼 컴퍼니)의 변제능력을 감안할 때 실제로 CJ Japan에 손해가 발생할 가능성이 희박한데도 연대보증을 하게 했다는 이유만으로 손해가 발생했다고 단정한 것은 잘못"이라며 파기환송했다. 이 회장은 신장이식수술을 위해 1심 재판 중이던 2013년 8월 구속집행정지 결정을 받았고, 이후 수차례 기간을 연장해가며 재판을 받아왔다.

삼성생명이 삼성증권 등 다른 계열사들의 배당금에 대한 69억8800여만원 상당의 법인세 과세 혜택을 받기 위해 소송을 냈지만 패소했다. 서울행정법원 행정3부(재판장 김병수 부장판사)는 최근 삼성생명이 서울 남대문세무서장을 상대로 낸 법인세부과처분 취소소송(2013구합59842)에서 원고패소 판결했다. 재판부는 판결문에서 "일반 내국법인인 삼성생명에 대해서는 옛 법인세법 제18조의2 1항 4호 단서가 준용되지 않는다"며 "준용된다고 해도 배당금을 지급한 회사가 금융지주회사의 자회사여야 한다"고 밝혔다. 재판부는 이어 "삼성생명 주장처럼 기관 투자자에 해당하기만 하면 금융지주회사의 자회사가 아닌 모든 내국법인이 지급한 배당에 대해서도 혜택을 적용하게 돼 법령 해석의 한계를 넘게 된다"고 지적했다. 2008년 개정되기 전 법인세법은 자회사로부터 배당금을 받으면 그 일부를 법인세 과세 대상에서 제외하되 자회사가 다른 계열사에 재출자한 경우 이같은 혜택을 보지 못하도록 했다. 다만 해당 자회사가 기관 투자자인 경우 재출자에 따른 불이익을 모회사가 당하지 않도록 하는 단서(제18조의2 1항 4호 단서)를 붙였다. 삼성증권, 삼성화재, 삼성카드, 삼성자산운용 등의 주식을 각각 보유한 삼성생명은 2007∼2008년 이들 회사로부터 총 1천148억7500여만원에 달하는 배당금을 지급받았다. 삼성생명은 삼성증권 등이 기관 투자자로서 다른 계열사에 재출자한 점을 내세워 법인세 과세 혜택을 보려 했으나 실패하자 소송을 냈다.

회삿돈을 횡령하고 세금을 포탈한 혐의로 기소된 이재현(54) CJ그룹 회장이 1심에서 실형을 선고받았다. CJ그룹은 최근 이 회장의 부친인 이맹희씨가 이건희 삼성그룹 회장을 상대로 낸 상속소송에서 패소해 엎친 데 덮친 격으로 침통한 분위기다. 서울중앙지법 형사24부(재판장 김용관 부장판사)는 비자금을 굴리며 세금을 포탈해 천억원대의 경제범죄를 저지른 혐의(특정경제범죄 가중처벌 등에 관한 법률상 조세포탈 및 횡령)로 기소된 이 회장에게 징역 4년과 벌금 260억원을 선고했다(2013고합710). 재판부는 이 회장이 신장 이식수술을 받아 입원 중이라는 점을 고려해 법정구속은 하지 않았다. 또 CJ그룹 임원인 신동기(58)씨에게는 징역 3년에 집행유예 5년, 성용준씨에게는 징역 3년에 집행유예 4년, 배형찬씨에게는 징역 2년6월과 집행유예 3년을 선고했다. 재판부는 이 회장의 CJ그룹 법인자금 횡령 혐의와 관련해서는 비자금을 조성한 것 만으로도 횡령죄가 성립한다고 판단했다. 또 신주인수권과 관련해 조세포탈의 혐의가 인정되는 시점을 인수권 취득 당시가 아닌 행사 당시로 파악하는 등 공판 진행 내내 이 회장 측과 검찰이 치열하게 다퉜던 부분에서 검찰의 주장에 손을 들어줬다. 재판부는 "최고 경영자로서 그 영향력을 이용해 계열사에 손해를 끼치고 세금을 납부하지 않았으며 비자금 조성 과정에서 법인세를 포탈했다"며 "일반 국민의 납세의식에도 악영향을 끼칠 수 있다는 점에서 비난 가능성이 크다"고 밝혔다. 재판부는 이 회장의 혐의 중 조세피난처에 특수목적법인(SPC)를 설립해 조세를 포탈한 혐의를 제외하고 대부분의 공소사실을 유죄로 인정했다. 재판부가 유죄로 인정한 이 회장의 혐의는 △CJ그룹의 법인자금 603억원을 사적인 비자금으로 조성해 횡령한 점 △국내 임직원 명의로 차명주식을 보유하며 조세를 포탈한 점 △CJ 차이나와 인도네시아 등 외국법인에 근무하지도 않은 사람의 급여를 지급하는 것처럼 조작해 법인 자금 115억여원을 횡령한 점 △일본에서 개인 건물을 구입하면서 일본법인이 대출금액에 연대보증을 서도록 한 부분이다. 재판부는 "법인자금을 이 회장 개인금고에 보관하는 등 개인 재산과 분리하지 않아 이미 금액 조성단계에서 불법영득의사가 명백하게 포함됐다"며 "접대비나 경조사비, 격려금으로 사용하는 등 CJ그룹을 위한 것이 아니라 삼성에서 분리되는 과정에서 자신에 대한 충성심을 강화하기 위한 목적으로 쓴 것으로 보인다"고 밝혔다. 재판부는 "인수권 취득 당시에는 과세규정이 없었더라도 인수권 행사 당시에 납세의무를 인식한 상태였다면 불법행위가 성립한다"며 "다만 신주인수권 보유로 인한 세액은 포탈세액에서 공제하지 않는다"고 설명했다. 한편 재판부는 이 회장의 SPC 관련 조세포탈 혐의는 대부분 인정하지 않았다. 재판부는 "오늘날 SPC를 이용한 행위를 금하는 법규가 없고, 조세피난처에 투자하는 행위가 합법이어서 조세피난처에 SPC를 설립한 것만으로 조세포탈 혐의가 바로 추단되는 것은 아니다"라며 "조세를 절감하는 여러 방안 중에 하나를 선택하는 것도 개인의 헌법상 보장된 자유이고, 이 회장이 귀속 주체의 국적을 변경하는 등 적극적으로 불법행위를 하지 않았던 점 등에 비춰보면 조세회피 목적을 넘어서는 불법이 있었다고 볼 수 없다"고 판시했다. 최근 법원이 김승연 한화그룹 회장과 구자원 LIG 회장이 '금전상 피해회복'과 '건강문제'를 이유로 집행유예를 선고해 가벼운 형량을 기대했던 CJ그룹 관계자들은 이 회장의 실형 소식에 침통한 분위기다. 이 회장 측 변호인은 "비자금 조성 부분은 무죄라고 확신하고 있었는데 안타깝다"며 "잘 준비해서 항소심의 판단을 받겠다"고 밝혔다. 이 회장의 구속집행정지 만기일은 오는 28일이다. 신부전증을 앓고 있는 이 회장은 지난해 8월 신장 이식수술을 받겠다며 구속집행정지를 신청해 허가받은 뒤 한 차례 연장신청을 했다. 이 회장은 CJ 임직원들과 공모해 국내외 비자금을 차명으로 운용·관리해 오면서 546억원의 조세를 포탈하고 회삿돈 719억원을 횡령한 혐의(특정범죄 가중처벌 등에 관한 법률상 조세포탈 및 특정경제범죄 가중처벌 등에 관한 법률상 횡령)로 구속기소됐다. 이 회장은 일본에서 건물을 사들이기 위해 대출을 받으면서 CJ 현지 법인에 연대보증을 하도록 해 392억여원의 손해를 입힌 혐의(특정경제범죄 가중처벌 등에 관한 법률상 배임)도 받고 있다.

분식회계 등으로 8900억원을 탈세하고 횡령, 배임 등 기업비리를 저지른 혐의(특가법상 조세포탈 등)로 기소된 조석래 회장과 장남 조현준 사장 측 변호인이 공판준비기일에서 무죄를 주장했다. 5일 서울중앙지법 형사28부(재판장 김종호 부장판사) 심리로 열린 첫 공판준비기일에서 조 회장의 변호인들은 "과거 정부 정책 아래 누적된 차명 주식 등 회사 부실을 해결하는 과정에서 벌어진 일이고 조세 포탈 의도는 없었다"며 "법리적으로 사기와 기타 부정한 행위에 해당하는지 따져봐야 한다"고 주장했다(2014고합20). 재판부는 다음 달 17일 오전 10시 30분에 공판준비기일을 한 차례 더 열어 쟁점을 정리하고 증인 신청을 받는 등 향후 공판 일정을 정리하겠다고 밝혔다. 조 회장은 효성그룹 수장으로 재직하며 2003년부터 5000억원대의 분식회계를 통해 1000억원대 차명재산을 운영하고 차명계좌로 주식을 거래하면서 법인세 1237억원을 내지 않은 혐의를 받은 혐의로 지난달 9일 불구속기소됐다. 2007~2008년에는 주주에게 배당할 이익이 없는데도 분식회계를 통해 500억원 상당의 이익이 난 것처럼 꾸며 불법으로 배당을 받은 혐의도 받고있다. 장남인 조 사장은 부친 소유의 해외 비자금 157억원을 페이퍼컴퍼니 명의로 증여받아 70억원 상당의 증여세를 포탈한 혐의 등으로 같은날 불구속 기소됐다.

서울행정법원 행정6부(재판장 함상훈 부장판사)는 17일 박문덕 하이트진로그룹 회장의 장남 태영(34)씨와 차남 재홍(30)씨가 "300억원대 증여세를 취소해 달라"며 반포세무서를 상대로 낸 증여세부과처분취소소송(2011구합42543)에서 "증여세 부과는 적법하다"며 원고패소 판결을 내렸다. 재판부는 판결문에서 "박 회장이 하이트맥주 주식회사의 지분을 9.8% 소유하고 있는 하이스코트의 지분을 태영씨 등이 소유하고 있는 삼진이엔지에 100% 넘기면서 이들이 하이트진로그룹의 차순위 주주로 지위를 누릴 수 있게 됐다"며 "박 회장은 태영씨 등과 특수관계에 있는 사람으로, 주식 증여로 삼진이엔지의 주식가치를 증가시켰기 때문에 상속세 및 증여세법 제2조3항의 '증여'에 해당한다"고 밝혔다. 태영씨 등은 재판과정에서 주식의 증여로 법인세를 납부했기 때문에 증여세를 부과하는 것은 이중과세라고 주장했지만, 기각당했다. 재판부는 "법인세는 하이스코트 지분을 평가한 가액에 이뤄진 것이고, 태영씨 등에게 부과된 증여세는 주식 증여로 삼진이엔지의 자산가치 증가분에 하이스코트의 경영권 프리미엄을 가산한 금액에 대해 이뤄졌기 때문에 이중과세가 아니다"라고 설명했다. 박 회장은 2008년 자신이 보유하고 있던 하이스코트 주식 전부를 태영, 재홍씨가 지분 73%와 27%를 나눠 가진 삼진이엔지에 무상 증여했다. 반포세무서는 "박 회장의 증여로 삼진이엔지의 주식 가치가 상승했으므로 증여한 것과 같다"며 태영씨에게 240억여원, 재홍씨에게 80억여원의 증여세를 부과했다. 태영씨 등은 "법인에 대한 증여로 주주에게 증여세를 부과하는 것은 법인이 법인세를 내지 않을 때로 제한되는데, 이미 법인세 307억원을 냈으므로 주주에게 다시 증여세를 부과하는 것은 위법하다"며 지난해 12월 소송을 냈다.

회사에 재산을 증여해 특수관계자인 자손들이 소유한 주식의 주가가 올랐다면 포괄증여에 해당해 증여세 부과가 가능하다는 법원의 첫 판단이 나왔다. 서울행정법원 행정5부(재판장 조일영 부장판사)는 최근 지모씨가 "조부(祖父)가 회사에 부동산을 증여해 회사 주식의 주가가 상승했다는 이유로 증여세를 부과한 것은 위법하다"며 강남세무서장을 상대로 낸 증여세등부과처분 취소소송(2012구합4722)에서 이같이 판단했다. 하지만 재판부는 회사가 법인세를 납부한 부분을 고려하지 않고 증여세를 산정한 것은 형평에 반해 위법하다며 증여세 1억4400여만원의 부과처분 전부를 취소했다. 이에 따라 과세관청은 증여세를 다시 산정해 부과해야 한다. 재판부는 판결문에서 "구 상속세 및 증여세법(상증세법)은 증여의 개념에 관한 정의 규정이 없이 민법상 증여의 개념을 차용했는데, 2003년 12월 상증세법을 개정해 변칙 증여에 대처하기 위해 민법상 증여와 다른 세법 고유의 포괄적인 증여개념을 도입했다"며 "지씨의 조부가 회사에 부동산을 증여하는 방법을 통해 지씨의 주식 지분 비율의 범위 내에서 부동산 증여 이후 회사 주식가치를 증가시켰다고 볼 수 있으므로 상증세법 제2조3항의 증여에 해당한다"고 밝혔다. 재판부는 "다양한 형태를 통한 재산의 무상이전이나 재산가치 증가분에 대해 증여세를 과세하기 위해 상증세법이 완전포괄주의에 의한 증여개념을 도입하게 된 점 등에 비춰보면 증여세의 과세는 가능하다"고 설명했다. 다만, 재판부는 "세무당국이 증여에 대해 상증세법 제42조1항 제3호를 적용해 지씨의 회사가 부동산을 증여받은 거래 행위에 대해 회사가 법인세를 부담했음에도 회사의 주주인 지씨에게 회사가 부동산을 증여받음으로써 증가한 주식가치 상당액에 대해 증여세를 부과한 것은 과세 형평에 반한다"고 지적했다. 지씨는 2006년 2월 자신이 주식을 갖고 있는 회사에 할아버지가 부동산을 증여한 이후 자산수증이익 부분에 대해 2006년 사업연도 법인세를 신고·납부했다. 하지만 과세당국은 2011년 지씨의 회사가 부동산을 증여받아 지씨가 보유한 회사 주식의 가치가 증가했다며 이 증가분도 증여받은 것으로 보고 증여세를 부과했다. 지씨는 같은 해 9월 조세심판원에 심판청구를 했으나 기각당하자 "주식가치 상승은 부동산 증여에 따른 부수적 효과에 불과할 뿐 증여사실이 없다"며 지난 2월 소송을 냈다. 행정법원 관계자는 "이번 판결은 회사에 대한 증여로 인해 증여자와 특수관계에 있는 자손들이 보유하고 있는 주식의 가격이 상승한 것도 포괄증여 개념에 해당한다고 법원이 처음으로 판단한 것"이라며 "포괄증여에 해당해 증여세 과세가 가능하지만, 증여재산 가액 계산 시 증여 전후 주식가액 차액을 기준으로 해서는 안 되고 회사가 증여를 받아 법인세를 냈다면 그러한 사정도 고려해야 한다는 의미"라고 설명했다. 이어 "판결의 취지에 따르면 앞으로 회사를 통한 재산의 편법증여와 경영권 승계 등을 제어하는 효과도 발생할 것으로 예상한다"고 말했다.

투자금을 담보하기 위해 양도담보 방식으로 신주를 배정받은 경우에는 '명의신탁의 증여의제 규정'을 적용해 증여세를 부과할 수 없다는 판결이 나왔다. 담보 목적을 위해 주식의 실제 소유자와 명의자가 다른 경우에는 주식을 명의신탁한 것으로 볼 수 없다는 판단에 따른 것이다. 구 상속세 및 증여세법 제45조의2 제1항은 '등기 등을 요하는 재산에 있어서 실제 소유자와 명의자가 다른 경우에는 명의자가 실제 소유자로부터 증여받은 것으로 본다'고 규정하고 있다. 서울행정법원 행정11부(재판장 서태환 부장판사)는 최근 윤모(53)씨가 서울 송파세무서장을 상대로 낸 증여세부과처분취소소송(2011구합7731)에서 원고승소 판결했다. 재판부는 판결문에서 "주식의 실제 소유자와 명의자가 다르다는 것만으로는 실제 소유자가 명의자에게 소유권을 명의신탁했다고 단정할 수 없다"며 "주식의 소유 권한만을 이전받는 명의신탁 목적이 아닌 투자원리금의 반환을 담보하기 위한 양도담보 목적으로 주식을 배정받았음이 상당한 경우에는 '명의신탁의 증여의제 규정'이 적용될 수 없다"고 밝혔다. 재판부는 또 '명의신탁의 증여의제 규정'은 양도담보권을 명의신탁한 경우에도 적용할 수 없다고 판단했다. 재판부는 "양도담보 목적으로 주식의 소유 명의가 채권자 앞으로 돼 있다 하더라도 실질적으로는 채권자가 주식에 대한 소유권이 아니라 담보권을 보유하고 있는 것에 불과해 양도담보권만이 명의신탁된 경우에도 여전히 소유관계가 달라지는 것이 아니다"라며 "'명의신탁의 증여의제 규정'은 실제 소유자와 명의자가 다른 경우를 규정하고 있을 뿐 실제 양도담보권자와 명의상 양도담보권자가 다른 경우를 포함하는 것으로 해석하기 어렵다"고 설명했다. A주식회사는 지난 2005년 12월 B주식회사의 유상증자에 참여하기 위해 윤씨의 아내 정모씨 등 11명에게서 16억8729만 원의 투자금을 조달했다. A사는 이 투자금으로 B사의 유상증자에 참여해 40만5600주를 투자자들과 그들이 지정하는 3자 명의로 배정받았다. 이 과정에서 정씨는 그 중 2만4000주를 남편 윤씨 명의로 배정받았다. 이후 투자자들은 A사의 매도 지시에 따라 배정받은 주식을 74억2507만원에 판 뒤 투자원금 16억8729만원을 공제한 나머지 금액을 B사에 반환했다. 서울지방국세청은 2009년 8월 B사에 대한 법인세 통합조사 과정에서 이 같은 사실을 적발한 후 '명의신탁의 증여의제 규정'을 적용해 증여세를 부과하라고 송파세무서에 통보했다.

A회사가 자신의 대주주의 출자 비율이 30% 미만인 B회사와 거래를 했다면 B사는 A사의 '특수관계자'가 아니라는 대법원 전원합의체 판결이 나왔다. 이 판결은 이같은 경우 A회사를 기준으로 해 특수관계자 해당 여부를 판단해야 한다는 일방관계설과, A갃회사 모두를 기준으로 해 특수관계자 해당 여부를 판단해야 한다는 쌍방관계설 가운데 일방관계설을 따른 것이다. 대법원은 과거 쌍방관계설에 따라 B회사도 특수관계인에 해당한다고 본 종래 대법원 판결(88누7248등)들을 모두 변경했다. 이번 판결에 대해서는 대법원이 조세법률주의 원칙을 재확인했다는 긍정적인 평가가 있는 반면, 기업들의 일감 몰아주기 관행을 근절해야 한다는 사회 분위기에 역행한다는 부정적인 비판도 나오고 있다. 대법원 전원합의체(주심 안대희 대법관)는 21일 A사가 "대주주가 30% 미만을 출자한 법인과의 거래를 부당거래로 간주해 법인세를 부과한 것은 부당하다"며 천안세무서장을 상대로 낸 법인세 부과처분 취소소송 상고심(☞2008두150)에서 원고패소 판결한 원심을 파기하고 사건을 대전고법으로 돌려보냈다. 재판부는 판결문에서 "법인세법의 위임에 따라 법인세법시행령 제87조1항은 '법인과 각호의 1의 관계에 있는 자'를 특수관계자로 규정하고 있으므로 문언상 법인(A회사)을 기준으로 각호의 1의 관계에 있는 자만이 특수관계자에 해당한다"며 "이와 달리 법인과 거래를 한 상대방(B회사)을 기준으로 해 법인이 각호의 1의 관계에 있는 경우 거래상대방이 특수관계자에 해당한다고 보는 것은 시행령 조항의 문언에 반해 허용될 수 없다"고 밝혔다. 재판부는 이어 "시행령 제87조1항 제4호는 '법인의 주주가 30% 이상을 출자하고 있는 다른 법인'을 특수관계자로 규정하고 있으므로, 그 문언대로 법인의 주주가 30% 이상을 출자하고 있는 다른 법인만이 특수관계자에 해당하고, 법인의 주주가 30% 미만을 출자하고 있는 다른 법인은 그 다른 법인의 주주가 법인의 발행주식 30% 이상을 소유하고 있다 하더라도 특수관계자에 해당하지 않는다"고 설명했다. 반면, 김능환·전수안·안대희·차한성 대법관은 반대의견을 통해 "법인세법 제52조1항의 부당행위계산부인 제도의 취지는 조세회피 행위를 방지하려는 데 있다"며 "자신에게 30% 이상을 출자하고 있는 주주가 출자하고 있는 다른 법인과 거래를 하는 경우에도 경제적 합리성이 없는 거래를 함으로써 조세의 부담을 부당히 경감 내지 배제시킬 가능성이 다분히 있다"고 지적했다. 이들 대법관들은 "법인(A회사)을 기준으로 해 거래상대방이 법인세법시행령 제87조1항 각호의 1에 해당하는 경우뿐만 아니라 거래상대방(B회사)을 기준으로 해 법인이 각호의 1에 해당하는 경우에도 그 거래상대방이 법인의 특수관계자에 해당한다고 봐야 한다"고 밝혔다. 원고 A사는 2004년 회사 주식 48.6%를 보유한 대주주 김모씨가 지분 20%를 소유한 B사에게 주식을 양도하고 금원을 대여했다. 그러나 세무서가 이를 부당행위계산으로 간주해 1999~2001년 사업연도에 법인세 148억원을 부과하자 원고는 이 가운데 51억원을 취소하라며 소송을 냈다. 1,2심은 B사를 특수관계자로 간주해 과세한 것이 정당하다며 A사의 청구를 받아들이지 않았다. 대법원 관계자는 "주주 입장에서는 A회사에 이익을 귀속시키는 것이 B회사에 귀속시키는 것보다 유리하기 때문에 A회사가 손해를 보면서까지 B회사에 고가로 일감을 몰아주는 경우는 그리 많지 않을 것"이라고 말했다.

특정 사업을 위해 소송이 제기된 경우 소송비용 전액이 해당 사업을 시행하는 법인의 손비에 해당한다는 판결이 나왔다. 손비란 일정기간동안 기업의 생산 및 판매활동 등 이익창출과정에서 발생하는 비용으로 현행 법인세법은 손비가 발생한 부분만큼을 기업의 과세대상에서 제외하고 있다. 서울행정법원 행정2부(재판장 하종대 부장판사)는 지난 9일 부동산개발업체인 M사가 서울 종로세무서장을 상대로 낸 법인세등부과처분 취소소송(2010구합19898)에서 원고승소 판결했다. 재판부는 판결문에서 "법인세법은 손비를 법인의 사업과 관련해 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 규정하고 있다"며 "원고가 종로구청장을 상대로 제기했던 도심재개발사업시행인가처분 취소소송과 관련해 지출한 소송비용이 손비에 해당하는지 여부를 살피기 위해서는 결국 해당 소송비용이 원고의 사업과 관련해 지출된 비용인지 여부를 따져보아야 한다"고 밝혔다. 재판부는 이어 "원고가 당시 소송을 제기한 것은 재개발사업 등 원고의 목적사업을 위한 것일 뿐만 아니라 취소소송의 효익이 각 토지의 소유자들에게 미치는 것은 부수적인 것이고 주된 효익은 역시 원고에게 귀속된다고 봄이 상당하다"며 "원고가 지출한 소송비용 전부를 원고의 업무와 관련된 비용으로 봐야한다"고 판단했다. 원고측 소송대리를 맡았던 강창문(사법연수원 26기) 변호사는 "이번 판결은 법원이 사업시행과 관련된 소송의 소송비용전액을 사업을 수행하는 법인의 손비에 해당한다고 인정한 첫 사례로 향후 유사한 사건에서도 충분히 적용될 수 있을 것"이라고 의미를 강조했다. 서울 종로구 중학동 지역에 업무용 빌딩 및 호텔을 신축하는 등 부동산개발을 추진 중이던 M사는 지난 2002년 서울시가 이 지역을 도심재개발구역으로 지정하고 다른 업체를 시행자로 선정해 사업이 무산될 위기에 처하자 서울 종로구청장을 상대로 도심재개발사업시행인가처분 취소소송을 제기해 2005년 대법원으로부터 승소확정판결을 받았다. 이와관련 M사는 소송비용인 8억6,800여만원을 2002~2005 사업연도 손금에 산입해 매입세액을 공제했다. 하지만 종로세무서는 "취소소송에 따른 효익이 M사는 물론 해당 부동산개발사업 구역내에 있는 다른 토지소유자에게도 미쳐 토지소유비율에 따라 이해관계가 발생하므로 소송비용 역시 M사와 토지소유자인 개인이 나눠 부담해야 한다"며 소송비용 중에서 M사가 소유한 토지비율만큼만을 공제해 법인세를 부과했다. M사는 이에 불복해 소송을 냈다.

(주)진로가 1998년 화의절차가 진행 중인 (주)진로건설의 채권을 주식평가액이 0원인 주식으로 출자전환한 것을 부당행위로 볼 수 없다는 판결이 나왔다. 서울고법 행정8부(재판장 심상철 부장판사)는 지난 3일 (주)진로가 서초세무서장을 상대로 낸 법인세부과처분 취소소송(2006누24307)에서 1심 판결을 취소하고 “2003년도 법인세 26억여원 중 6억7,000여만원을 초과하는 부분을 취소한다”며 원고승소 판결을 내렸다. 재판부는 판결문에서 “진로의 출자전환은 손해를 조금이나마 줄이기 위해서는 채권을 그대로 보유하는 것보다는 이를 출자전환해 진로건설의 재무구조를 개선함으로써 신규공사수주가 가능하도록 해 계속기업으로서 존속하게 하는 것이 낫다는 판단하에 이뤄진 것으로 봄이 상당하다”고 밝혔다. 재판부는 이어 “출자전환 당시 진로건설에 대한 채권을 회수할 가능성이 거의 없고 또 진로건설이 파산할 경우 거액의 담보 및 보증제공으로 인해 진로 또한 적지 않은 타격을 입을 것으로 예상되는 상황이었다”고 덧붙였다. 1998년 화의절차가 진행중이던 진로건설은 신주 7,000만주를 액면가인 주당 5,000원으로 발행해 주주간 균등비율에 의해 배정하는 내용으로 유상증자를 했다. 다른 주주들은 인수를 포기했고 진로가 단독으로 진로건설에 대한 3,500억원의 대여금채권을 출자전환하는 방식으로 모두 인수했다. 이후 진로건설은 서울중앙지법에서 파산선고를 받아 발생주식을 무상 소각했고 진로는 투자유가증권으로 계상했던 3,500억원을 손금에 산입해 법인세신고를 했다. 하지만 서초세무서는 구 법인세법 제20조의 부당행위계산부인규정을 적용해 진로가 신고한 이월결손금을 감액하는 결정을 했다. 이에 진로는 2003년 법인세신고에서 다시 이월결손금을 공제하고 신고했으나 서초세무서는 과다공제라며 이를 배제해 법인세를 결정·고지했다. 그러자 진로는 2005년10월 소송을 냈다.