지주회사 설립을 위해 현물출자한 사람이 현물출자로 얻은 양도차익에 대한 과세이연(세금 납부를 미뤄주는 혜택)을 받은 상태에서 공익법인에 지주회사 주식을 기부했다면 과세이연 받은 양도소득세를 즉각 납부해야 한다는 대법원 판결이 나왔다. 일반적으로 공익재단에 기부하면 세금이 면제되지만 지주회사 설립 과정에 관계됐던 주식에는 이를 적용할 수 없다는 취지다. 대법원 행정2부(주심 박상옥 대법관)는 강영중(66) 대교그룹 회장이 "공익법인에 기부한 주식에까지 세금을 부과하는 것은 부당하다"며 용산세무서장을 상대로 낸 양도소득세 부과처분 취소소송 상고심(2015두40569)에서 원고패소 판결한 원심을 최근 확정했다. 구 상속세 및 증여세법 제48조 1항은 공익법인에 대한 출연은 과세대상이 아니라고 규정하고 있다. 재판부는 판결문에서 "구 조세특례제한법 제38조의2가 주식 현물출자 양도차익에 과세이연 혜택을 주고 있지만 이는 지주회사 중심의 단순한 지배구조를 유도해 기업 지배구조의 투명성을 확보하고 기업구조조정을 활성화하려는 취지"라며 "그런데 강 회장은 지주회사 주식을 증여해 기업구조조정 촉진이라는 기존 목적을 상실시켰으므로 과세대상이 된다"고 밝혔다. 강 회장은 2001년 그룹을 지주회사 체제로 바꾸면서 대교홀딩스를 설립해 자신이 보유하고 있던 계열사 2곳의 주식을 출자하고, 그 대신 대교홀딩스 주식을 받았다. 강 회장은 이 과정에서 주식을 현물투자해 지주회사를 설립할 때 주식 양도차익에 대해서는 주식을 처분할 때까지 과세를 이연받을 수 있도록 규정한 구 조세특례제한법 제38조의2에 따라 2740억여원에 달하는 양도차익에 대한 세금 납부를 미룰 수 있었다. 그러다 강 회장은 2009년 자신이 이사장으로 있던 공익법인인 세계청소년문화재단에 대교홀딩스 주식 7만주(70억원 상당)를 기부했다. 재단은 강 회장의 기부가 공익법인에 대한 출연으로 증여세 과세대상이 아니라는 이유로 증여세를 납부하지 않았다. 하지만 과세당국은 과세이연 받은 양도소득세를 내야한다며 강 회장에게 양도소득세 16억8000만원을 부과했고, 강 회장은 소송을 냈다.

대법원 특별2부(주심 전수안 대법관)는 자신이 최대주주로 있는 회사에 개인 주식을 양도하면서 최대주주 할증액을 내지 않아 세금 6억여원을 부과받은 김모(50)씨가 종로세무서장을 상대로 낸 양도소득세 부과처분 취소소송 상고심(2008두9140)에서 원고승소 판결한 원심을 깨고 최근 사건을 서울고법으로 돌려보냈다. 재판부는 판결문에서 "협회등록법인 주식의 양도가 부당행위계산 부인의 대상인지 여부를 판단함에 있어 주식의 시가는 특별한 사정이 없는한 양도일 전·후 각 2개월 사이에 공표된 매일의 증권업협회 기준가격 평균액으로 봐야 하고 이때 최대주주 등이 보유하는 주식의 시가는 할증률을 가산한 금액"이라고 밝혔다. 재판부는 이어 "김씨는 자신이 최대주주인 (주)L사에 개인주식을 1주당 9,900원에 양도하면서 최대주주 할증가액을 가산하지 않고 납부했다"며 "이에 세무서는 김씨가 시가보다 낮은 가격에 주식을 양도한 것은 조세부담을 부당하게 감소시킨 것이라고 판단해 과세처분을 했다"고 설명했다. 재판부는 따라서 "주식의 1주당 시가는 양도일 이전·이후 각 2월간에 공표된 매일의 증권업협회 기준가격의 평균액 9,949원에 할증률 20%의 최대주주 할증가액을 가산한 11,938원이 되기 때문에 세무서의 처분은 적법하다"며 "원심은 양도소득의 부당행위계산에 있어 협회등록법인 주식의 시가에 관한 법리를 오해해 위법하다"고 판단했다. 김씨는 코스닥에 상장된 (주)C사의 회사주식 18.2%를 소유하고 있었고 김씨가 대표이사 겸 최대주주로 있는 L사 역시 C사 주식을 15.8% 가지고 있었다. 이후 김씨는 자신이 개인적으로 소유하던 주식을 모두 1주당 9,900원으로 계산해 L사에 양도하고 세금신고를 했다. 그러나 세무서가 "김씨가 자신이 대표이사로 있어 자신과 특수관계에 있는 L사에 주식을 양도하면서 시가보다 낮은 가격으로 주식을 양도했다"며 양도소득세 6억5,000여만원을 부과하자 행정소송을 냈다. 1심은 "김씨가 주식을 양도한 전·후 2월간 한국증권거래소 최종시세가액에 최대주주 할증가액을 합하면 주식의 시세는 11,938원에 해당하고 김씨가 이보다 낮은 가격으로 주식을 양도한 것은 조세부담을 부당하게 감소시킨 것"이라며 원고패소 판결을 내렸다. 그러나 2심은 "주식 가액을 시가에 의해 평가하는 경우에는 해당 주식이 최대주주 등이 보유하는 주식이라고 해도 할증규정을 적용할 수 없고 양도 당시의 주식가액이 시가에 해당하지 않는다고 볼 증거도 없다"며 1심을 뒤집고 원고승소 판결을 내렸다.

이건희 전 삼성그룹 회장이 항소심에서도 조세포탈 혐의만 일부 유죄로 인정돼 집행유예 판결을 받았다. 전환사채(CB)나 신주인수권부사채(BW)를 발행함에 있어 그 전환가격 또는 행사가격을 낮게 정할 때 주주가 아닌 회사가 손해를 입지 않는다는 판단이다. 서울고법 형사1부(재판장 서기석 부장판사)는 10일 경영권 불법승계 및 조세포탈 등의 혐의(특경가법상 배임 등)로 기소된 이 전 회장에 대해 1심과 같이 징역3년에 집행유예5년, 벌금 1,100억원을 선고했다(2008노1841). 다만 재판부는 삼성SDS BW를 제3자 배정방식으로 저가발행한 것은 회사에 손해를 끼친 것으로 인정하면서 시효를 이유로 면소판결한 1심을 깨고 "기존주주의 손해를 회사의 손해로 볼 수 없다"며 무죄로 선고했다. 대법원판결은 전환사채 저가발행에 대해 특경가법상 배임혐의를 유죄로 보는 '회사손해설'을 인정하고 있어(2001도3191) 대법원의 최종판단이 주목된다. 특히 지난해 5월 같은 법원 형사5부는 에버랜드 CB저가발행으로 회사에 손해를 끼친 혐의(특경가법상 배임)로 기소된 허태학·박노빈 전·현직 에버랜드 사장에게 유죄판결을 내려 현재 대법원에 계류중이다. 재판부는 판결문에서 "신주나 전환사채, 신주인수권부사채의 발행으로 인한 거래는 회사와 출자자 사이에 자산의 이전이 발생하는 것으로서 이른바 자본거래에 해당한다"며 "회사의 경영자가 신주 등을 발행함에 있어 그 발행가액, 전환가액 등을 적정가격보다 저가로 정하는 바람에 출자금이 적게 납입됐더라도 회사의 손익과는 무관하다"고 밝혔다. 재판부는 이어 "회사의 경영자에게 신주 등이 저가로 발행되는 경우 증자 등을 통해 그에 상당하는 자금(증자대금 등)이 회사에 유입되도록 할 임무가 있다고 볼 수 없다"며 "특히 이 사건처럼 자금을 조달하는 목적이 아니라 조세를 회피하면서 지배권을 이전할 목적으로 신주 등을 발행한 경우, 회사 경영자에게 위와 같은 임무가 있음을 전제로 적정가격으로 그와 같은 수량의 주식을 발행했더라면 회사로 유입됐을 자금은 유입된 자금보다 많았을 것이라는 이유로 손해가 발생했다고 볼 수 없다"고 덧붙였다. 재판부는 다만 "제3자 배정방식의 발행에 있어서는 기존 주주들은 기존 주식의 가치하락으로 손해를 입게 된다"면서도 "주주와 회사는 별개의 법인격을 가지고 있을 뿐만 아니라 주주의 손해와 회사의 손해는 일치한다고 할 수 없으므로 기존 주주들의 손해를 회사의 손해로 포섭할 수는 없다"고 설명했다. 이어 조세포탈 혐의에 대해서는 대주주의 양도세 과세규정이 신설된 1999년 이후 취득한 주식에 대한 양도세 456억원의 포탈을 유죄로 인정했다. 한편 재판부는 이학수 전 부회장에게는 징역2년6월에 집행유예5년을, 김인주 전 사장에게는 징역3년에 집행유예5년을 선고하며 사회봉사 320시간을 부과했다. 또 최광해 부사장은 징역2년6월에 집행유예4년 및 사회봉사 240시간을 받았으며, 현명관 전 비서실장과 김홍기 전 삼성SDS 사장 등 4명은 무죄판결을 받았다.