재단법인이 기본재산에 지상권을 설정할 때에는 주무관청의 허가를 받지 않아도 된다는 판결이 나왔다. 서울고법 민사12부(재판장 박형남 부장판사)는 1일 여의도 파크원 부지 소유주인 세계기독교통일신령협회 유지재단(통일교 재단)이 "부지에 시행사 명의로 설정된 지상권을 말소하라"며 시행사인 Y22프로젝트금융투자(Y22)를 상대로 낸 지상권설정등기 말소소송 항소심(☞2011나65695)에서 원고패소 판결을 내렸다. 재판부는 판결문에서 "주무관청은 재단법인의 운영에 최소한으로 개입해야 하는 것으로, 명백하게 정관 변경에 대한 허가를 필요로 하는 사안에 대해서만 허가권을 행사할 수 있다"며 "정관변경이 수반되지 않는다면 비록 재단법인의 중요한 자산의 처분에 해당할 수 있다고 하더라도 주무관청의 허가가 필요하지 않다고 보는 것이 민법의 규정에 부합한 해석"이라고 밝혔다. 재판부는 이어 "통일교 재단은 부지 소유 현황을 기본재산 목록에 기재하고 있을 뿐이고, 소유권이 변동되는 처분 이외에 지상권의 설정 등에 대해서는 정관변경의 절차를 거치도록 규정하고 있지 않다"며 "재단이 시행사인 Y22에게 기본재산인 파크원 부지에 대해 지상권을 설정함에 있어서 주무관청의 허가를 받지 않았다고 해도 지상권설정 계약이 무효라고 할 수 없다"고 설명했다. 재판부는 "이사장이 계약을 통해 재단에 막대한 손해를 가하고 시행사에 부당한 이익을 부여하고 있다고 볼 수 없고, 시행사가 이에 적극적으로 가담했다고 볼 만한 증거도 없다"고 덧붙였다. Y22는 2005년 통일교 재단과 여의도 4만6000㎡ 부지에 99년간 지상권을 설정하는 계약을 맺고 초대형 업무·상업 복합단지인 파크원 공사를 벌여왔으나, 2010년 10월 통일교 재단이 계약무효를 주장하며 소송을 낸 뒤 공사가 중단됐다. 재단은 "지상권 설정이 재단법인의 기본재산을 처분하는 것으로 정관변경에 해당돼 주무관청 허가가 필요한데 이를 받지 않은 데다, 계약도 당시 이사장의 배임행위로 이뤄진 것이어서 무효"라고 주장했으나 1심에서 패소했다.

세무당국이 재단법인에 출연된 재산에 대해 과세할 때에는 ‘등기시’가 아니라 ‘법인성립시’를 기준으로 과세해야 한다는 판결이 나왔다. 재단법인 출연재산은 제3자에 대한 관계에서는 재단법인 성립외에 등기가 필요하다는 대법원의 민법 제48조 해석이 과세관청에 대해서는 적용되지 않는다는 취지다. 서울고법 행정7부(재판장 이인복 부장판사)는 지난 16일 A씨가 동안양세무서장을 상대로 낸 양도소득세부과처분취소소송 항소심(2008누24479)에서 “과세관청은 법인성립 외에 등기를 요구하는 제3자에 해당하지 않는다”며 원고패소 판결을 내린 1심을 취소하고 원고승소 판결을 내렸다. 재판부는 판결문에서 “재단법인 설립시 출연재산이 부동산인 경우 재산출연자와 법인과의 관계가 아닌 제3자에 대한 관계에서는 출연재산의 법인에의 귀속에 법인성립 외에 등기를 필요로 한다”고 밝혔다. 그러나 재판부는 “제3자에 대한 관계에서 법인성립 외에 등기를 요구하는 취지는 재단법인에 출연이 이뤄진 후에도 출연자 앞으로 등기명의가 남아 있는 상태에서 이러한 사정을 전혀 알지 못하는 선의의 제3자가 우연히 이를 취득한 경우에 입을 수 있는 재산상의 손실위험을 방지하고 거래의 안전을 보호하기 위한 것”이라며 “재산출연자와 법인 간의 재산의 출연이라는 실질적 권리관계를 파악해 이를 근거로 적정한 조세징수권을 행사해야 할 과세관청은 제3자에 포함된다고 봐서는 안된다”고 설명했다.

종교재단의 납골당 사업이 수익을 추구하는 측면이 있더라도 설립목적에 부합하면 적법하다는 판결이 나왔다. 수원지법 행정1부(재판장 하종대 부장판사)는 지난달 29일 A불교원이 “납골당 사업을 할 수 있도록 정관변경을 허가해 달라”며 경기도지사를 상대로 낸 법인정관변경허가거부취소 소송(2007구합9755)에서 원고 승소판결했다. 재판부는 판결문에서 “A불교원이 불교사상을 목적으로 설립돼, 납골당 사업을 하고 장사법에서도 종교단체가 재단법인을 설립하지 않고 납골당 사업을 할 수 있도록 권장하고 있다”며 “신도가 아닌 일반인을 상대로 어느정도 수익성을 띠고 있다고 해도 재단법인의 본질에 어긋난다고 볼 수 없다”고 밝혔다. A불교원은 지난 2005년 12월 납골당 설치·운영사업을 목적사업에 추가해 경기도에 정관변경 허가를 신청했다. 이에 경기도 측이 “재단법인의 설립목적에 부합하지 않고 비영리성에 위배될 우려가 있다”며 거부하자 소송을 냈다. (수원)

비법인인 단체가 법인으로 승격하면서 종전에 가지고 있던 부동산을 증여형식으로 취득한 경우 '부동산 취득'으로 볼 수 없어 이에 대한 취득세부과는 부당하다는 판결이 나왔다. 이번 판결은 동일한 단체에 대해 법적지위가 달라졌다는 이유로 그 소유 부동산에 취득세를 부과한 것이 '실질과세 원칙'에 위배된다고 판단한 것으로 의미가 있다. 서울행정법원 13부(재판장 白春基 부장판사)는 비영리 종교단체에서 법인으로 승격한 A 재단법인이 용산구청을 상대로 낸 취득세등부과처분취소 청구소송(☞2004구합17839)에서 15일 원고승소 판결을 내렸다. 재판부는 판결문에서 "민법 제32조는 종교 기타 영리 아닌 사업을 목적으로 하는 재단은 주무관청의 허가를 얻어야만 이를 법인으로 할 수 있도록 규정하고 있어 비법인 단체의 경우 법인으로 허가받기 전 설립허가에 필요한 자산으로 소유하게 된 부동산을 허가받을 법인에게 출연하는 형식을 취해 설립허가를 받은 다음 법인 명의로 소유권이전등기를 하는 경우 설립허가의 결과여부에 따라 취득세 납세의무로 해석하는 것은 실질과세 원칙 등에 반한다"고 밝혔다. 재판부는 이어 "설사 원고와 종전 비법인단체와의 법적규율의 정도, 법인격 등의 측면에서 다소 차이가 있더라도 재단법인 설립허가를 받음으로써 법인으로 전환된 원고가 종전 비법인단체 명의로 되어 있던 부동산에 관한 등기를 자신 명의로 하기 위한 방편으로 한 토지 증여계약은 지방세법 제105조제1항 소정의 '부동산의 취득'에 해당하지 않는다"고 밝혔다. A 재단법인은 지난 2000년4월 문화관광부장관으로부터 재단법인 설립허가를 받아 설립등기를 한 후 비법인 단체시 소유하고 있던 토지를 새로운 법인명의로 등기하기 위해 형식적인 증여계약을 통해 소유권이전등기를 경료했는데, 이에 대해 용산구청이 '부동산 취득에 해당한다'며 취득세를 부과하자 소송을 냈었다.