A회사가 자신의 대주주의 출자 비율이 30% 미만인 B회사와 거래를 했다면 B사는 A사의 '특수관계자'가 아니라는 대법원 전원합의체 판결이 나왔다. 이 판결은 이같은 경우 A회사를 기준으로 해 특수관계자 해당 여부를 판단해야 한다는 일방관계설과, A갃회사 모두를 기준으로 해 특수관계자 해당 여부를 판단해야 한다는 쌍방관계설 가운데 일방관계설을 따른 것이다. 대법원은 과거 쌍방관계설에 따라 B회사도 특수관계인에 해당한다고 본 종래 대법원 판결(88누7248등)들을 모두 변경했다. 이번 판결에 대해서는 대법원이 조세법률주의 원칙을 재확인했다는 긍정적인 평가가 있는 반면, 기업들의 일감 몰아주기 관행을 근절해야 한다는 사회 분위기에 역행한다는 부정적인 비판도 나오고 있다. 대법원 전원합의체(주심 안대희 대법관)는 21일 A사가 "대주주가 30% 미만을 출자한 법인과의 거래를 부당거래로 간주해 법인세를 부과한 것은 부당하다"며 천안세무서장을 상대로 낸 법인세 부과처분 취소소송 상고심(☞2008두150)에서 원고패소 판결한 원심을 파기하고 사건을 대전고법으로 돌려보냈다. 재판부는 판결문에서 "법인세법의 위임에 따라 법인세법시행령 제87조1항은 '법인과 각호의 1의 관계에 있는 자'를 특수관계자로 규정하고 있으므로 문언상 법인(A회사)을 기준으로 각호의 1의 관계에 있는 자만이 특수관계자에 해당한다"며 "이와 달리 법인과 거래를 한 상대방(B회사)을 기준으로 해 법인이 각호의 1의 관계에 있는 경우 거래상대방이 특수관계자에 해당한다고 보는 것은 시행령 조항의 문언에 반해 허용될 수 없다"고 밝혔다. 재판부는 이어 "시행령 제87조1항 제4호는 '법인의 주주가 30% 이상을 출자하고 있는 다른 법인'을 특수관계자로 규정하고 있으므로, 그 문언대로 법인의 주주가 30% 이상을 출자하고 있는 다른 법인만이 특수관계자에 해당하고, 법인의 주주가 30% 미만을 출자하고 있는 다른 법인은 그 다른 법인의 주주가 법인의 발행주식 30% 이상을 소유하고 있다 하더라도 특수관계자에 해당하지 않는다"고 설명했다. 반면, 김능환·전수안·안대희·차한성 대법관은 반대의견을 통해 "법인세법 제52조1항의 부당행위계산부인 제도의 취지는 조세회피 행위를 방지하려는 데 있다"며 "자신에게 30% 이상을 출자하고 있는 주주가 출자하고 있는 다른 법인과 거래를 하는 경우에도 경제적 합리성이 없는 거래를 함으로써 조세의 부담을 부당히 경감 내지 배제시킬 가능성이 다분히 있다"고 지적했다. 이들 대법관들은 "법인(A회사)을 기준으로 해 거래상대방이 법인세법시행령 제87조1항 각호의 1에 해당하는 경우뿐만 아니라 거래상대방(B회사)을 기준으로 해 법인이 각호의 1에 해당하는 경우에도 그 거래상대방이 법인의 특수관계자에 해당한다고 봐야 한다"고 밝혔다. 원고 A사는 2004년 회사 주식 48.6%를 보유한 대주주 김모씨가 지분 20%를 소유한 B사에게 주식을 양도하고 금원을 대여했다. 그러나 세무서가 이를 부당행위계산으로 간주해 1999~2001년 사업연도에 법인세 148억원을 부과하자 원고는 이 가운데 51억원을 취소하라며 소송을 냈다. 1,2심은 B사를 특수관계자로 간주해 과세한 것이 정당하다며 A사의 청구를 받아들이지 않았다. 대법원 관계자는 "주주 입장에서는 A회사에 이익을 귀속시키는 것이 B회사에 귀속시키는 것보다 유리하기 때문에 A회사가 손해를 보면서까지 B회사에 고가로 일감을 몰아주는 경우는 그리 많지 않을 것"이라고 말했다.

합병법인의 상호가 피합병법인의 상호와 유사해도 이월결손금 공제를 거부할 수 없다는 판결이 나왔다. 구 법인세법시행령은 합병법인의 상호를 피합병법인의 상호로 변경등기한 경우 이월결손금 공제를 제한하고 있다. 서울행정법원 행정11부(재판장 서태환 부장판사)는 지난 13일 (유)듀폰이 “합병법인의 상호인 ‘주식회사 듀폰’과 피합병법인의 상호인 ‘한국듀폰주식회사’는 다르므로 이월결손금을 공제해야 한다”며 역삼세무서를 상대로 낸 법인세부과처분 취소 소송(2008구합36036)에서 “법인세 100억여원의 부과처분을 취소하라”며 원고승소 판결을 내렸다. 재판부는 판결문에서 “조세법률주의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규를 합리적 이유없이 확장·유추해석하는 것은 허용되지 않는다”고 밝혔다. 재판부는 이어 “구 법인세법시행령 제8조의3에 정한 ‘합병법인의 상호를 피합병법인의 상호로 변경등기할 것’이라 함은 동일한 상호로 변경등기할 것을 의미한다고 해석하는 것이 자연스러운 문리해석”이라며 “실질적으로 동일한 상호로 변경등기하는 것도 포함된다고 해석하는 것은 확장·유추해석으로 허용되지 않는다”고 덧붙였다.

법인이 채무면제 등을 받은 경우 실질적인 이득이 있는지 여부를 가리지 않고 가액 전체를 주주의 이익으로 보고 증여세를 부과하도록 한 '상속세 및 증여세법시행령' 관련조항은 무효라는 대법원판결이 나왔다. 대법원 전원합의체(주심 양승태 대법관)는 석모(46)씨가 용산세무서장을 상대로 낸 증여세부과처분취소소송 상고심(☞2006두19693)에서 원고승소 판결한 원심을 19일 확정했다. 재판부는 판결문에서 "헌법 제38조, 제59조가 채택한 조세법률주의 원칙상 법률의 위임없이 명령 또는 규칙 등의 행정입법으로 과세요건 등에 관한 사항을 규정하거나 법률에 규정된 내용을 함부로 유추·확장하는 내용의 해석규정을 마련하는 것은 허용되지 않는다"고 밝혔다. 재판부는 이어 "2003년 12월30일 개정된 상속세 및 증여세법 제41조는 특정법인과의 재산의 무상제공 등 거래를 통해 최대주주 등이 '이익을 얻은 경우'에 이를 전제로 그 '이익의 계산'만을 시행령에 위임하고 있음에도, 개정 시행령 제31조6항은 특정법인이 얻은 이익이 바로 '주주 등이 얻은 이익'이 된다고 보아 증여재산가액을 계산하도록 하고 있다"고 지적했다. 재판부는 또 "법 제41조1항에 의하면 특정법인에 대한 재산의 무상제공 등이 있더라도 주주 등은 실제로 이익을 얻은 바 없다면 증여세 부과대상에서 제외될 수 있으나 개정 시행령 제31조6항은 특정법인에 재산의 무상제공 등이 있다면 그 자체로 주주 등이 이익을 얻은 것으로 간주해 증여세 납세의무를 부담하게 되므로, 결국 개정 시행령 제31조6항의 규정은 모법인 법 제41조 제1, 2항의 규정취지에 반할 뿐 아니라 그 위임범위를 벗어난 것으로서 무효라고 봄이 상당하다"고 밝혔다. 석씨의 아버지는 사망하기 전인 지난 2002년 석씨가 최대주주로 있는 (주)H사에 대한 채권 24억여원을 포기했다. 그러자 용산세무서는 법시행령 부칙 제6조를 근거로 시행령 31조6항을 적용, 이월결손금보전액 상당이 주주들에게 증여된 것으로 보고, 석씨의 주식지분율(50%)을 곱한 금액을 증여의제이익으로 산정해 증여세 2억5,000만원 상당을 부과했다. 그러자 석씨는 "아버지의 채무면제로 인해 발생한 증여의제이익이 전혀 없고, 구 상속세 및 증여세법시행령 시행 당시 과세요건이 이미 성립했으므로 2003년에 개정된 시행령 조항을 들어 소급적용해서는 안된다"며 용산세무서장을 상대로 소송을 내 1·2심에서 모두 승소했다. 대법원 관계자는 "현행 상속세 및 증여세법시행령 제31조6항과 이 규정을 시행령 시행 전에 특정법인이 재산을 취득하거나 채무면제 등을 받은 경우에도 소급적용하도록 한 부칙 제6조가 무효임을 확인한 데에 그 의의가 있다"고 말했다.

설립등기를 마친 후 폐업해 사업실적이 없는 법인의 주식 전부를 제3자가 매수한 다음 상호·임원·자본 등을 변경했다고 하더라도 법인의 설립으로 보고 중과세를 부과할 수 없다는 판결이 나왔다. 서울행정법원 행정3부(재판장 안철상 부장판사)는 6일 론스타가 인수한 강남금융센터주식회사(옛 스타타워)가 "법인의 설립은 회사의 설립등기일을 의미하는 것이므로 인수일을 법인의 설립으로 보고 중과세를 부과한 것은 위법하다"며 강남구청 등을 상대로 낸 등록세등 부과처분 취소청구소송(☞2006구합30683)에서 원고 승소판결했다. 재판부는 판결문에서 "법인이 영업활동을 하지 않았더라도 법인의 법인격 자체가 소멸하지 않는 한 법인의 설립일은 당초 설립등기일이고, 폐업한 법인이 다시 영업을 재개해 활동하는 경우에도 그 활동하는 시기에 새로이 법인이 설립됐다고 볼 수 없다"며 "법인이 설립등기를 마친 후 폐업상태에 있었다 하더라도 당초 설립등기일을 기준으로 등록세의 중과세 여부를 판단하는것이 지방세법의 올바른 해석"이라고 밝혔다. 재판부는 또 "주식회사의 주주, 임원, 명칭, 법인의 목적 등 인적·물적 요소가 전면적으로 변경됐다고 하더라도 법률의 규정에 따라 변경이 이루어진 이상 이로 인해 회사의 동일성이 상실된다고 볼 수 없다"며 "또한 세법상 법인의 동일성이 상실되는 기준을 설정하기도 쉽지 않으며, 그 변경이 여러차례에 걸쳐 이루어진 경우 어느 시기에 동일성이 상실됐다고 볼 것인지도 문제 될 수 있으므로 이는 조세법률주의 원칙의 과세요건명확주의에 어긋난다"고 덧붙였다. 강남금융센터는 96년 1월 설립등기를 마치고 같은해 7월 폐업한뒤 2001년 4월 새로이 사업자등록을 했다. 론스타는 2개월 뒤 벨기에에 본부를 둔 페이퍼컴퍼니 스타홀딩스를 통해 강남금융센터의 주식을 매수하고 상호를 스타타워로 변경했다. 서울시는 론스타의 주식매매가 이뤄진 2001년 6월 강남금융센터가 새 법인으로 설립된 것으로 보고 구 지방세법상 중과대상에 해당한다며 252억여원의 등록세와 지방교육세를 부과했고, 강남금융센터는 이에 불복해 소송을 냈다.