지주회사 설립을 위해 현물출자한 사람이 현물출자로 얻은 양도차익에 대한 과세이연(세금 납부를 미뤄주는 혜택)을 받은 상태에서 공익법인에 지주회사 주식을 기부했다면 과세이연 받은 양도소득세를 즉각 납부해야 한다는 대법원 판결이 나왔다. 일반적으로 공익재단에 기부하면 세금이 면제되지만 지주회사 설립 과정에 관계됐던 주식에는 이를 적용할 수 없다는 취지다. 대법원 행정2부(주심 박상옥 대법관)는 강영중(66) 대교그룹 회장이 "공익법인에 기부한 주식에까지 세금을 부과하는 것은 부당하다"며 용산세무서장을 상대로 낸 양도소득세 부과처분 취소소송 상고심(2015두40569)에서 원고패소 판결한 원심을 최근 확정했다. 구 상속세 및 증여세법 제48조 1항은 공익법인에 대한 출연은 과세대상이 아니라고 규정하고 있다. 재판부는 판결문에서 "구 조세특례제한법 제38조의2가 주식 현물출자 양도차익에 과세이연 혜택을 주고 있지만 이는 지주회사 중심의 단순한 지배구조를 유도해 기업 지배구조의 투명성을 확보하고 기업구조조정을 활성화하려는 취지"라며 "그런데 강 회장은 지주회사 주식을 증여해 기업구조조정 촉진이라는 기존 목적을 상실시켰으므로 과세대상이 된다"고 밝혔다. 강 회장은 2001년 그룹을 지주회사 체제로 바꾸면서 대교홀딩스를 설립해 자신이 보유하고 있던 계열사 2곳의 주식을 출자하고, 그 대신 대교홀딩스 주식을 받았다. 강 회장은 이 과정에서 주식을 현물투자해 지주회사를 설립할 때 주식 양도차익에 대해서는 주식을 처분할 때까지 과세를 이연받을 수 있도록 규정한 구 조세특례제한법 제38조의2에 따라 2740억여원에 달하는 양도차익에 대한 세금 납부를 미룰 수 있었다. 그러다 강 회장은 2009년 자신이 이사장으로 있던 공익법인인 세계청소년문화재단에 대교홀딩스 주식 7만주(70억원 상당)를 기부했다. 재단은 강 회장의 기부가 공익법인에 대한 출연으로 증여세 과세대상이 아니라는 이유로 증여세를 납부하지 않았다. 하지만 과세당국은 과세이연 받은 양도소득세를 내야한다며 강 회장에게 양도소득세 16억8000만원을 부과했고, 강 회장은 소송을 냈다.

주식매수선택권 비과세한도 초과액을 손금산입 처리한 것을 부당행위로 간주할 수 없다는 판결이 나왔다. 구 조세특례제한법 제15조, 시행령 제13조는 주권상장법인의 종업원이 2003년12월까지 부여받은 주식매수선택권을 행사해 얻은 이익은 1인당 5,000만원의 한도에서는 법인세법 제52조의 부당행위계산 부인규정을 적용하지 않는다고 규정해 비과세특례를 부여하고 있다. 서울행정법원 행정3부(재판장 김종필 부장판사)는 지난달 29일 A사가 “특례한도액 초과액에 대한 손금산입처리를 무조건 부당행위로 간주하는 것은 부당하다”며 역삼세무서장을 상대로 낸 법인세경정거부처분 취소소송(2009구합7134)에서 “법령에 따른 주식매수선택권 행사는 부당행위라고 하기 어렵다”며 원고승소 판결을 내렸다. 재판부는 판결문에서 “구 조세특례제한법 제15조의 규정은 비과세특례한도에 해당하는 부분을 실효성있게 보장하기 위해 부당행위계산 부인규정을 적용하지 않는다는 뜻을 소극적으로 명시한 것에 불과하다”고 밝혔다. 재판부는 이어 “특례한도액을 넘는 이득액에 대해 부당행위계산 부인규정 자체의 요건을 완화하는 것으로 해석할 수는 없다”며 “한도액인 5,000만원을 초과하는 부분은 원칙으로 돌아가 법인세법 제52조의 적용대상이 되는지를 따져봐야 한다”고 덧붙였다. 재판부는 또 “A사의 주식매수선택권 행사는 계약체결 전 주주총회의 특별결의를 거치는 등 증권거래법을 비롯한 관계법령에 정한 요건과 절차에 따른 것임이 명백해 부당행위라고 하기 어렵다”며 “주식매수선택권 행사에 따라 A사가 자기주식을 그 행사가에 매각함으로 입은 손실은 당연히 손금에 산입돼야 한다”고 설명했다. A사는 주식매수선택권행사시 특례한도액을 초과하는 금액에 대해 착오로 손금불산입 처리를 했다며 2008년4월 법인세 6,000여만원을 감액해달라는 경정청구를 했다. 역삼세무서가 이를 거부하자 A사는 지난 2월 소송을 냈다.