백종헌씨가 자신이 명의신탁 형식으로 100% 소유하고 있는 프라임개발의 과점주주가 됐다는 이유로 부과된 지방세는 부당하다며 낸 소송에서 패소했다. 백씨는 1998년 프라임개발을 설립하면서 47.5%의 지분만을 인수하고 나머지는 특수관계가 없는 사람의 명의로 인수했다. 이후 백씨는 자신과 가족이 소유하고 있는 아바타엔터프라이즈로 하여금 2005년6월 제3자 배정방식으로 프라임개발의 보통주를 인수하도록 했고, 백씨 및 특수관계인의 프라임개발 지분은 57.36%가 됐다. 백씨 등은 보유지분이 과반수가 넘게 되자 8월 지방세법 제105조6항 등에 따라 주식비율에 따른 간주취득세 등 24억여원을 납부했다. 그런데 서울지방국세청이 2007년 세무조사를 실시해 백씨가 프라임개발 주식을 특수관계인에게 명의신탁한 사실을 밝혀냈고, 백씨는 증여세 28억여원을 납부했다. 이후 백씨는 조세회피 목적이 없었다며 증여세부과처분취소소송을 냈으나 서울행정법원은 지난 2월 패소판결을 내렸다(2009구합6155). 한편 백씨는 명의신탁사실을 전제로 해서 자신이 프라임개발의 주식 100%를 소유하고 있으므로 간주취득세 등을 낸 것은 부당하다며 지난해 11월 소송을 냈다. 하지만 결과는 이번에도 패소였다. 서울중앙지법 민사46부(재판장 임범석 부장판사)는 지난 9일 백씨 등이 국가 및 서울시 등을 상대로 낸 부당이득금반환소송(2008가합113559)에서 "간주취득세와 명의신탁재산에 대한 증여세부과는 취지가 서로 다르다"며 원고패소 판결을 내렸다. 재판부는 판결문에서 "취득세는 신고납세방식의 조세로서 납세의무자의 신고행위가 중대하고 명백한 하자로 인해 당연무효로 되지 않는 한 그것이 바로 부당이득에 해당한다고 할 수 없다"고 밝혔다. 재판부는 이어 "백씨 등이 간주취득세를 신고납부할 당시 관할 세무관청으로서는 백씨의 신고가 없는 한 프라임개발의 발행주식을 설립 당시부터 명의신탁해 이미 과점주주에 해당했는지 알기 어려웠다"고 덧붙였다. 재판부는 또 "간주취득세는 과점주주가 법인의 자산에 대해 처분 등의 권한을 갖게 돼 실질적으로 자산을 소유하는 것으로 봐 부과하는 것"이라며 "반면 명의신탁재산에 대해 명의자에게 증여한 것으로 의제해 증여세를 부과하는 취지는 조세회피 행위를 방지해 조세정의를 실현하기 위해 실질과세원칙에 대한 예외를 인정한 것으로 취지가 서로 다르다"고 설명했다.

설립등기를 마친 후 폐업해 사업실적이 없는 법인의 주식 전부를 제3자가 매수한 다음 상호·임원·자본 등을 변경했다고 하더라도 법인의 설립으로 보고 중과세를 부과할 수 없다는 판결이 나왔다. 서울행정법원 행정3부(재판장 안철상 부장판사)는 6일 론스타가 인수한 강남금융센터주식회사(옛 스타타워)가 "법인의 설립은 회사의 설립등기일을 의미하는 것이므로 인수일을 법인의 설립으로 보고 중과세를 부과한 것은 위법하다"며 강남구청 등을 상대로 낸 등록세등 부과처분 취소청구소송(☞2006구합30683)에서 원고 승소판결했다. 재판부는 판결문에서 "법인이 영업활동을 하지 않았더라도 법인의 법인격 자체가 소멸하지 않는 한 법인의 설립일은 당초 설립등기일이고, 폐업한 법인이 다시 영업을 재개해 활동하는 경우에도 그 활동하는 시기에 새로이 법인이 설립됐다고 볼 수 없다"며 "법인이 설립등기를 마친 후 폐업상태에 있었다 하더라도 당초 설립등기일을 기준으로 등록세의 중과세 여부를 판단하는것이 지방세법의 올바른 해석"이라고 밝혔다. 재판부는 또 "주식회사의 주주, 임원, 명칭, 법인의 목적 등 인적·물적 요소가 전면적으로 변경됐다고 하더라도 법률의 규정에 따라 변경이 이루어진 이상 이로 인해 회사의 동일성이 상실된다고 볼 수 없다"며 "또한 세법상 법인의 동일성이 상실되는 기준을 설정하기도 쉽지 않으며, 그 변경이 여러차례에 걸쳐 이루어진 경우 어느 시기에 동일성이 상실됐다고 볼 것인지도 문제 될 수 있으므로 이는 조세법률주의 원칙의 과세요건명확주의에 어긋난다"고 덧붙였다. 강남금융센터는 96년 1월 설립등기를 마치고 같은해 7월 폐업한뒤 2001년 4월 새로이 사업자등록을 했다. 론스타는 2개월 뒤 벨기에에 본부를 둔 페이퍼컴퍼니 스타홀딩스를 통해 강남금융센터의 주식을 매수하고 상호를 스타타워로 변경했다. 서울시는 론스타의 주식매매가 이뤄진 2001년 6월 강남금융센터가 새 법인으로 설립된 것으로 보고 구 지방세법상 중과대상에 해당한다며 252억여원의 등록세와 지방교육세를 부과했고, 강남금융센터는 이에 불복해 소송을 냈다.

비법인인 단체가 법인으로 승격하면서 종전에 가지고 있던 부동산을 증여형식으로 취득한 경우 '부동산 취득'으로 볼 수 없어 이에 대한 취득세부과는 부당하다는 판결이 나왔다. 이번 판결은 동일한 단체에 대해 법적지위가 달라졌다는 이유로 그 소유 부동산에 취득세를 부과한 것이 '실질과세 원칙'에 위배된다고 판단한 것으로 의미가 있다. 서울행정법원 13부(재판장 白春基 부장판사)는 비영리 종교단체에서 법인으로 승격한 A 재단법인이 용산구청을 상대로 낸 취득세등부과처분취소 청구소송(☞2004구합17839)에서 15일 원고승소 판결을 내렸다. 재판부는 판결문에서 "민법 제32조는 종교 기타 영리 아닌 사업을 목적으로 하는 재단은 주무관청의 허가를 얻어야만 이를 법인으로 할 수 있도록 규정하고 있어 비법인 단체의 경우 법인으로 허가받기 전 설립허가에 필요한 자산으로 소유하게 된 부동산을 허가받을 법인에게 출연하는 형식을 취해 설립허가를 받은 다음 법인 명의로 소유권이전등기를 하는 경우 설립허가의 결과여부에 따라 취득세 납세의무로 해석하는 것은 실질과세 원칙 등에 반한다"고 밝혔다. 재판부는 이어 "설사 원고와 종전 비법인단체와의 법적규율의 정도, 법인격 등의 측면에서 다소 차이가 있더라도 재단법인 설립허가를 받음으로써 법인으로 전환된 원고가 종전 비법인단체 명의로 되어 있던 부동산에 관한 등기를 자신 명의로 하기 위한 방편으로 한 토지 증여계약은 지방세법 제105조제1항 소정의 '부동산의 취득'에 해당하지 않는다"고 밝혔다. A 재단법인은 지난 2000년4월 문화관광부장관으로부터 재단법인 설립허가를 받아 설립등기를 한 후 비법인 단체시 소유하고 있던 토지를 새로운 법인명의로 등기하기 위해 형식적인 증여계약을 통해 소유권이전등기를 경료했는데, 이에 대해 용산구청이 '부동산 취득에 해당한다'며 취득세를 부과하자 소송을 냈었다.

회사를 합병할 때 피합병회사가 과밀억제권역인 서울시내에 있었다면 합병후 존속회사가 새로 부동산을 취득하더라도 피합병회사의 자산 비율에 대해서는 중과세 할 수 없다는 판결이 나왔다. 서울행정법원 제3부(재판장 강영호·姜永虎 부장판사)는 지난달 31일 금호생명보험(주)가 "흡수합병된 동아생명의 자산비율에 해당하는 등록세 및 교육세 93억여원을 돌려달라"며 서울종로구청장을 상대로 낸 등록세등부과처분취소 청구소송(☞2002구합1502)에서 원고승소 판결을 선고했다. 재판부는 판결문에서 "동아생명은 73년 5월경 과밀억제권역인 서울시내에 설립돼 줄곧 같은 곳에서 존속해 왔고 금호생명이 동아생명을 흡수합병해 동아생명의 모든 권리·의무를 승계했으므로 동아생명의 자산비율에 해당하는 부분에 대해서는 인구유입 또는 경제력 집중을 유발하는 효과가 있다고 보기 어려워 등록세 중과 규정을 적용하지 아니함이 상당하다"고 밝혔다. 이어 "역으로 동아생명이 금호생명을 합병해 존속법인이 된 경우 금호생명의 자산비율에 해당하는 만큼 인구유입 또는 경제력 집중을 유발하는 효과가 있음에도 불구하고 이를 중과세 대상으로 볼 수 없는 결과가 돼 존속하는 법인의 명칭에 따라 중과세 규정의 적용여부를 판단하게 되므로 조세정책이나 형평에도 반한다"고 설명했다. 광주에 본점을 두고 있던 금호생명은 2000년 3월 서울에 본점을 두고 있던 동아생명을 합병하기 위해 서울로 본점을 옮긴 후 같은해 12월 금호빌딩을 매수했는데, 서울종로구청이 '대도시 전입후 5년내에 부동산을 매수한 경우 중과세한다'는 지방세법시행령상의 규정에 따라 일반세율의 3배에 달하는 과세를 하자 이 사건 소송을 냈었다.

법인의 설립시 이미 과점주주인 사람이 다른 주주로부터 추가로 주식을 취득한 경우, 그 취득일에 과점주주가 소유하고 있는 주식을 모두 취득한 것으로 보아 이미 소유하고 있던 주식에 대해서 다시 취득세를 부과토록 한 구 지방세법시행령 제78조제1항은 무효라는 대법원 판결이 선고됐다. 대법원 전원합의체(주심 柳志潭 대법관)는 16일 박근영씨가 부산진구청장을 상대로 낸 취득세등부과처분취소 청구소송 상고심(98두11731)에서 이같이 판시, 박씨의 상고를 받아들여 원심을 파기하고 사건을 부산고법으로 되돌려 보냈다. 재판부는 판결문에서 "구 지방세법시행령 제78조제1항은 법인의 설립 등으로 인하여 최초로 과점주주가 된 자가 주주로부터 법인의 주식을 취득하는 경우에는 그 취득일에 과점주주가 소유하고 있는 법인의 주식을 모두 취득한 것으로 보아 법 제111조제4항의 규정에 의하여 취득세를 부과한다고 규정함으로써 법인의 설립 등으로 인한 과점주주로서 그가 이미 소유하고 있던 주식분에 대하여도 사후에 소급하여 취득세를 부과하는 셈이 되어 지방세법 규정보다 취득세 과세대상의 범위를 확장하고 있다"고 밝혔다. 재판부는 "이와 같이 지방세법시행령에서 과세대상을 확장하는 것은 위 지방세법 규정과 부합하지 아니할 뿐만 아니라 그 확장의 위임규정도 지방세법에서 찾아볼 수 없다"며 "과세대상 물건의 취득으로 간주되는 주식의 취득과 같은 과세요건에 관한 법규의 제정까지도 포괄적으로 대통령령에 위임한 규정이라고 볼 수 없어 위 지방세법시행령 제78조제1항은 무효라고 할 것"이라고 밝혔다. 구 지방세법 제105조제6항 본문은 법인의 주식을 주주로부터 취득함으로써 제22조제2호의 규정에 의한 과점주주가 된 때에는 그 과점주주는 당해 법인의 부동산 등을 취득한 것으로 본다라고 규정함을로써 간주취득이 인정되는 경우를 주주로부터의 주식취득에 의하여 과점주주가 된 때로 한정하고 있다.