비법인인 단체가 법인으로 승격하면서 종전에 가지고 있던 부동산을 증여형식으로 취득한 경우 '부동산 취득'으로 볼 수 없어 이에 대한 취득세부과는 부당하다는 판결이 나왔다. 이번 판결은 동일한 단체에 대해 법적지위가 달라졌다는 이유로 그 소유 부동산에 취득세를 부과한 것이 '실질과세 원칙'에 위배된다고 판단한 것으로 의미가 있다. 서울행정법원 13부(재판장 白春基 부장판사)는 비영리 종교단체에서 법인으로 승격한 A 재단법인이 용산구청을 상대로 낸 취득세등부과처분취소 청구소송(☞2004구합17839)에서 15일 원고승소 판결을 내렸다. 재판부는 판결문에서 "민법 제32조는 종교 기타 영리 아닌 사업을 목적으로 하는 재단은 주무관청의 허가를 얻어야만 이를 법인으로 할 수 있도록 규정하고 있어 비법인 단체의 경우 법인으로 허가받기 전 설립허가에 필요한 자산으로 소유하게 된 부동산을 허가받을 법인에게 출연하는 형식을 취해 설립허가를 받은 다음 법인 명의로 소유권이전등기를 하는 경우 설립허가의 결과여부에 따라 취득세 납세의무로 해석하는 것은 실질과세 원칙 등에 반한다"고 밝혔다. 재판부는 이어 "설사 원고와 종전 비법인단체와의 법적규율의 정도, 법인격 등의 측면에서 다소 차이가 있더라도 재단법인 설립허가를 받음으로써 법인으로 전환된 원고가 종전 비법인단체 명의로 되어 있던 부동산에 관한 등기를 자신 명의로 하기 위한 방편으로 한 토지 증여계약은 지방세법 제105조제1항 소정의 '부동산의 취득'에 해당하지 않는다"고 밝혔다. A 재단법인은 지난 2000년4월 문화관광부장관으로부터 재단법인 설립허가를 받아 설립등기를 한 후 비법인 단체시 소유하고 있던 토지를 새로운 법인명의로 등기하기 위해 형식적인 증여계약을 통해 소유권이전등기를 경료했는데, 이에 대해 용산구청이 '부동산 취득에 해당한다'며 취득세를 부과하자 소송을 냈었다.

법인의 설립시 이미 과점주주인 사람이 다른 주주로부터 추가로 주식을 취득한 경우, 그 취득일에 과점주주가 소유하고 있는 주식을 모두 취득한 것으로 보아 이미 소유하고 있던 주식에 대해서 다시 취득세를 부과토록 한 구 지방세법시행령 제78조제1항은 무효라는 대법원 판결이 선고됐다. 대법원 전원합의체(주심 柳志潭 대법관)는 16일 박근영씨가 부산진구청장을 상대로 낸 취득세등부과처분취소 청구소송 상고심(98두11731)에서 이같이 판시, 박씨의 상고를 받아들여 원심을 파기하고 사건을 부산고법으로 되돌려 보냈다. 재판부는 판결문에서 "구 지방세법시행령 제78조제1항은 법인의 설립 등으로 인하여 최초로 과점주주가 된 자가 주주로부터 법인의 주식을 취득하는 경우에는 그 취득일에 과점주주가 소유하고 있는 법인의 주식을 모두 취득한 것으로 보아 법 제111조제4항의 규정에 의하여 취득세를 부과한다고 규정함으로써 법인의 설립 등으로 인한 과점주주로서 그가 이미 소유하고 있던 주식분에 대하여도 사후에 소급하여 취득세를 부과하는 셈이 되어 지방세법 규정보다 취득세 과세대상의 범위를 확장하고 있다"고 밝혔다. 재판부는 "이와 같이 지방세법시행령에서 과세대상을 확장하는 것은 위 지방세법 규정과 부합하지 아니할 뿐만 아니라 그 확장의 위임규정도 지방세법에서 찾아볼 수 없다"며 "과세대상 물건의 취득으로 간주되는 주식의 취득과 같은 과세요건에 관한 법규의 제정까지도 포괄적으로 대통령령에 위임한 규정이라고 볼 수 없어 위 지방세법시행령 제78조제1항은 무효라고 할 것"이라고 밝혔다. 구 지방세법 제105조제6항 본문은 법인의 주식을 주주로부터 취득함으로써 제22조제2호의 규정에 의한 과점주주가 된 때에는 그 과점주주는 당해 법인의 부동산 등을 취득한 것으로 본다라고 규정함을로써 간주취득이 인정되는 경우를 주주로부터의 주식취득에 의하여 과점주주가 된 때로 한정하고 있다.