국회의원 선거에서 1인1표제를 채택하고 있으면서 지역구에서 획득한 득표비율에 따라 전국구의석을 배분토록 한 것은 위헌이라는 헌법재판소 결정이 나왔다. 이로써 현행 공직선거및선거부정방지법(이하 공선법)의 비례대표의석배분방식과 관련한 조항들은 효력을 상실했으며 다음 국회의원 선거에서 전국구 의석을 배분하기 위해서는 지역구 및 전국구 의원에 대한 1인2표제를 도입하는 방향으로 개정이 불가피하게 됐다. 또 국회의원에 입후보할 때 2천만원의 기탁금을 납부하도록 하고 유효투표총수의 20%이상을 얻어야만 기탁금을 반환받을 수 있도록 한 공선법 조항도 액수와 기준이 과다하다는 이유로 위헌 판단을 받았다. 헌법재판소전원재판부(주심 김효종·金曉鍾 재판관)는 19일 장기표씨 등이 현행 공선법의 선거방법·비례대표의석배분방식·기탁금 관련 조항들에 대해 낸 헌법소원사건에서 재판관 전원일치의 의견으로 이같이 결정했다(2000헌마91·112·134). 재판부는 결정문에서 "공선법 제146조2항 중 '1인1표로 한다'는 부분은 지역구 국회의원 선거와 병행해 정당명부식 비례대표제를 실시하면서도 별도의 정당투표를 허용하지 않는 범위에서 헌법에 위반된다"며 한정위헌 결정을 내렸다. 1인1표제 자체는 위헌이 아니지만 1인1표제가 비례대표제와 결합해 지역구 득표비율에 따라 전국구 의석을 배분하는 것은 위헌이라는 것이다. 재판부는 "1인1표제하에서의 비례대표제 방식에 의하면 지역구 후보자 개인을 기준으로 투표하든 정당을 기준으로 투표하든 절반의 선택권을 박탈당할 수밖에 없다"며 "현행제도는 정당명부에 대한 투표가 따로 없으므로 지역구 후보에 대한 지지와 정당에 대한 지지가 일치할 경우에 한해 우연적으로만 비례대표의원의 선출에 관여할 수 있다"고 밝혔다. 또 "무소속 후보자에 대한 투표는 그 무소속 후보자의 선출에만 기여할 뿐 비례대표의원의 선출에는 전혀 기여하지 못하므로 투표가치의 불평등이 발생한다"고 덧붙였다. 비례대표 국회의원 선거의 근간이 되는 공선법 제189조1항이 위헌결정을 받음으로써 이 조항에 부수되는 동조 제2항 내지 제7항도 함께 위헌결정을 받았다. 한편 기탁금 제도에 대해 헌재는 "아무리 훌륭한 자질을 지니고 있어도 기탁금을 마련할 자력이 없으면 입후보할 수 없게 돼 사실상 국회의원 입후보가 봉쇄된다"며 기탁금 2천만원은 과도하므로 위헌이라고 결정했다. 또 "후보자의 득표수가 유효투표총수를 후보자수로 나눈 수 이상이거나 유효투표총수의 1백분의 20이상이 되지 않으면 기탁금을 국고에 귀속시키는 것은 후보자에게 선거결과에 따라 부당한 제재를 가하는 것"이라고 밝혔다. 이에 앞서 헌재는 89년 국회의원 지역구 후보자 등록신청에 2천만원(정당추천의 경우 1천만원)을 기탁하도록 정하고 있던 구 대통령선거법 제33조에 대해 헌법불합치결정을 내린 적이 있다.