공급시기나 과세기간이 경과한 후에 작성일자를 공급시기로 소급해 작성한 세금계산서에 의해 매입세액을 공제받기 위해서는 세금계산서의 실제작성일이 속하는 과세기간과 사실상의 거래시기가 속하는 과세기간이 동일해야 한다는 대법원 판결이 나왔다. 이번 판결은 당해 공급시기가 속하는 과세기간이 경과된 후에 작성일자를 공급시기로 소급해 작성된 세금계산서에 의한 매입세액의 공제는 허용되지 않는다는 것이어서 무자료 매입을 통한 탈세방지에는 크게 기여할 것으로 보이나 납세자들은 매입세액을 제대로 공제받지 못할 수도 있는 만큼 부가세 납부와 관련해 각별한 주의가 요망된다. 대법원 전원합의체(주심 裵淇源 대법관)는 서울 강남구에서 주유소를 경영하는 승모씨(66)가 삼성세무서장을 상대로 낸 부가가치세부과처분취소청구소송 상고심(☞2002두5771)에서 이같이 판시, 18일 원고승소판결을 내린 원심을 파기하고 사건을 서울고법으로 돌려보냈다. 재판부는 판결문에서 "부가가치세법 관련 조항의 해석상 세금계산서의 실제작성일이 거래사실과 다르더라도 그 세금계산서의 기재대로 거래사실이 확인된다면 그 거래사실에 대한 매입세액은 공제돼야 하지만, 부가가치세의 특성과 세금계산서의 기능에 비춰 그 매입세액의 공제는 어디까지나 세금계산서의 실제작성일이 속하는 과세기간과 사실상의 거래시기가 속하는 과세기간이 동일한 경우에 한한다고 봐야 한다"고 밝혔다. 재판부는 이어 "과세기간이 경과한 후에 작성한 세금계산서는 작성일자를 공급시기로 소급해 작성했다 하더라도 부가가치세법 제17조2항 제1호의2 본문 소정의 '필요적 기재사항의 일부가 사실과 다르게 기재된' 세금계산서에 해당하므로 이 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제돼서는 안된다"며 "이와 달리 세금계산서가 그 공급시기나 과세기간이 경과한 후에 작성일자를 공급시기로 소급해 작성교부됐다 하더라도 그 세금계산서의 기재사항에 의해 그 거래사실이 확인되면 당해 부가가치세액의 매입세액은 공제돼야 한다고 판시한 대법원 ☞85누398, ☞87누964, 2000두581, ☞2000두8097 판결은 변경하기로 한다"고 덧붙였다. 이에 대해 姜信旭, 李康國, 朴在允 대법관은 별개의견을 통해 "다른 기재사항에 의해 거래사실이 확인되고 그 거래에 다른 부가가치세의 거래징수도 정상적으로 이뤄졌으나 납세의무자의 탓으로 돌리기 어려운 특별한 사정으로 인해 그 거래시기가 속하는 과세기간 내에 세금계산서를 교부받지 못한 경우에는 예외적으로 매입세액의 공제는 허용돼야 한다"고 밝혔다. 승씨는 지난 98년 세금계산서를 발행하지 않고 다른 주유소들과 석유류에 대한 소비대차거래를 하며 부가세 신고 때에도 이를 누락했다가 99년4월 실시된 세무조사 과정에서 98년 제1~2기에 10억8천여만원의 매출액을 누락한 사실이 드러나자 비로소 다른 주유소들로부터 작성일을 거래일자로 해 소급작성된 매입세금계산서를 교부받아 삼성세무서에 부가가치세 경정청구를 했으나 삼성세무서가 매입세액을 공제하지 않고 매출누락분에 대한 매출세액에다 가산세를 더해 1억2천3백여만원의 부가세를 부과하자 소송을 내 1,2심에서 승소했었다.