<사진=연합뉴스> 신세계가 세무 당국을 상대로 제기한 850억 원 규모의 법인세 소송에서 최종 패소했다. 대법원 특별2부(주심 민유숙 대법관)는 11월 2일 신세계가 중부세무서장을 상대로 낸 법인세 부과 처분 취소소송(2020두56803)에서 원고 패소 판결한 원심을 확정했다. 신세계는 2006년 9월 월마트를 인수한 뒤 사명을 신세계마트로 변경하고 흡수합병했다. 당시 이 합병은 법인세법에 따른 적격 합병으로 합병평가차익 2596억 원에 대한 과세이연(세금 납부를 연기해 주는 제도)이 적용됐다. 이후 신세계는 2011년 대형마트 사업 부분을 분리해 이마트를 신설하고 월마트 인수 관련 충당금 등 2560억 원을 이마트에 승계했다. 이에 서울지방국세청은 2015년 5월부터 11월까지 이마트에 대한 법인세제 통합 조사를 실시한 결과 ‘분할로 인해 합병에 따른 과세이연이 종료됐고, 이마트가 충당금 잔액을 승계받는 방법으로 과세이연을 할 수 없음에도 충당금 잔액을 승계받은 것은 부당하다’고 중부세무서에 통보했다. 이에 따라 중부세무서는 신세계에 2011년 사업연도 법인세 853억여 원을 부과했다. 신세계는 이에 불복해 2016년 조세심판원에 심판청구를 했지만 기각되자, 소송을 냈다. 1,2심은 과세당국의 손을 들어줬다. 1,2심은 “신세계의 이마트 분할은 법인세법상 합병에 따른 합병평가차익의 과세이연 종료 사유인 ‘사업의 폐지’에 해당한다”며 “충당금 잔액은 분할이 있었던 2011년 사업연도 익금(법인의 순자산을 늘리는 거래에 의해 생긴 수익)에 산입되어야 한다”고 판시했다. 구 법인세법 제44조 제2항 등에 따르면 합병법인이 다음 사업연도 개시일부터 3년 내 승계받은 사업을 폐지하는 경우 손금에 산입한 금액을 폐지한 날이 속하는 사업연도의 소득금액계산에 있어 익금에 산입한다. 대법원도 “원심 판단에 처분의 적법 여부 판단에 적용될 법령, 개정 전 법인세법 제44조 제2항에서 정한 ‘사업의 폐지’ 및 개정 전 법인세법 시행령 제80조 제6항에서 정한 ‘처분’, 국세기본법 제18조 제3항에 따른 비과세 관행에 반하는 소급과세금지 등에 관한 법리 오해의 잘못이 없다”며 판결을 확정했다.

종합부동산세를 과세하면서 동일한 주택·토지 등에 부과된 재산세를 얼마만큼 공제할지를 대통령령으로 정할 수 있도록 한 현행법 체계가 합법이라는 대법원 판단이 나왔다. 대법원 특별1부(주심 김선수 대법관)는 8월 31일 A 사가 마포세무서장을 상대로 제기한 종합부동산세 취소 소송(2019두39796)에서 원고승소 판결을 파기하고 사건을 서울고법에 돌려보냈다. 종합부동산세는 국세의 일종으로 개인이 가진 부동산의 합계액을 기준으로 과세한다. 반면 재산세는 지방세로 분류되며 가진 재산에 부과된다. 일정 액수 이상의 부동산을 자산으로 가진 경우 하나의 부동산에 종합부동산세와 재산세가 이중으로 부과된다. 종합부동산세법은 이중과세 문제를 조정하기 위해 종합부동산세를 부과할 때 주택·토지에 부과된 재산세를 공제하도록 하는데, 구체적인 계산식은 대통령령으로 정하도록 위임한다. 시행령은 계속해서 바뀌어왔는데 이번 판결의 대상이 된 것은 '공정시장가액비율'을 계산식에 추가해 2015년 11월에 개정된 시행령이다. 이전에는 종합부동산세와 같은 과세 대상에 부과된 재산세액 전부를 공제하도록 했다. 반면 개정된 시행령에 따라 계산해 보면 재산 세액 일부만 공제되는 결과가 나왔다. 마포세무서는 2016년 11월 A 사가 보유 중인 주택과 종합합산토지 및 별도합산토지에 대해 2016년도 귀속 종합부동산세 23억8752만 원과 농어촌특별세 4억7750만 원을 부과했다. 당시 종부세법 시행령에 따라 공제된 재산 세액은 8억8000만 원이었다. A 사는 추가 공제를 요구하며 소송을 냈다. A사 측은 "이 조항의 산식은 종합부동산세와 중복 부과되는 재산 세액 중 일부만을 공제함으로써 모법의 위임 범위를 벗어나 이중과세금지의 원칙 및 비례원칙을 벗어난 것은 물론 납세자의 재산권을 침해하는 위헌적인 것"이라며 처분 취소를 구하는 소송을 냈다. 1심은 A 사의 청구를 기각했다. 하지만 2심은 시행령이 위법해 효력이 없는 것으로 봐야 한다며 A 사 승소로 판결했다. 그러나 대법원은 다시 판단을 뒤집었다. 재판부는 "종합부동산세법의 문언, 취지 등을 통해 볼 때 입법자가 재산 세액을 얼마나 공제할지 정할 수 있도록 시행령에 위임하고 있다"며 "시행령 개정에 따라 공제액 규모가 줄더라도 이는 입법자가 구 종합부동산세법이 조항의 위임 범위 내에서 주택 등의 종합부동산 세액에서 공제되는 재산세액의 범위를 구체적으로 명확하게 했기 때문"이라고 설명했다. "이 사건 조항이 동일한 과세 대상에 대해 종합부동산세의 과세 기준금액을 초과하는 영역에 부과되는 재산 세액 중 일부만을 공제하도록 했더라도 구 종부세법의 위임 범위와 한계를 벗어나 무효라고 볼 수 없다"고 판시했다. 대법원 관계자는 "구 종합부동산세법이 재산세액 공제와 관련해 시행령에 위임한 범위에 '종합부동산세의 과세기준금액을 초과하는 영역에서 종합부동산세가 재산세의 과세 부분부터 먼저 과세되는지 아니면 재산세의 과세 부분과 그 외 부분 사이에 안분해 과세되는지 여부'가 포함된다는 것을 최초로 명시적으로 설시한 판결"이라고 말했다.

대주주가 기업에 맡긴 기금은 회사의 순자산을 늘린 수익으로 볼 수 없어 법인세 부과 대상에 포함할 수 없다는 법원 판단이 나왔다. 서울행정법원 행정5부(재판장 김순열 부장판사)는 5월 11일 티브로드를 흡수합병한 SK브로드밴드(소송대리인 법무법인 광장 김동하, 김성환, 박재만 변호사)가 동수원세무서장과 서울지방국세청장을 상대로 낸 법인세 부과 처분 등 취소소송(2022구합59578)에서 원고승소 판결했다. 태광그룹 계열사였던 티브로드는 2017년 이호진 전 태광그룹 회장과 중소 방송채널사용사업자(PP) 운영 및 지원을 위한 공동 협력 양해각서'를 체결하고 기금 100억 원을 기부받았다. 티브로드는 2017년 9월부터 2019년 7월까지 총 6회에 걸쳐 100억 원 중 38억여 원을 21개 중소 PP에게 지원했다. 이후 2019년 12월 티브로드와 이 전 회장은 양해각서를 합의해지했고, 해지한 날 티브로드는 이 전 회장에게 이미 지급된 금액을 뺀 미사용 정산금 61억 7900만 원을 반환했다. 2020년 서울지방국세청은 티브로드에 대한 법인세 통합 세무조사를 실시해 기부금 100억 원과 그 이자수입을 티브로드의 익금(법인의 순자산을 증가시킨 거래에 의해 생긴 수익)으로 산입해야 한다고 판단했고, 이를 합병 뒤 법인인 SK브로드밴드에 과세하겠다고 통지했다. 이에 SK브로드밴드는 국세청에 과세전적부심사를 청구했으나 대부분 받아들여지지 않았다. 서울지방국세청은 61억여 원을 SK브로드밴드 2020년 귀속 소득금액으로 변동 통지했고, 동수원세무서는 2017년 사업연도 법인세를 25억 5000여만 원으로 경정·고지했다. 이에 불복한 SK브로드밴드는 조세심판원에 심판청구를 했으나 기각되자 소송을 제기했다. 재판부는 SK브로드밴드 측의 의견을 받아들여 기금과 이자수입을 티브로드의 익금으로 산입할 수 없다고 판단했다. 재판부는 "티브로드는 양해각서에서 정한 목적에 따라 기금을 관리·집행할 수 있었을 뿐이고, 자기를 위한 용도로는 사용할 수 없었다"며 "해당 기금은 티브로드의 고유재산과 분리돼 별도로 집행·관리됐고 티브로드의 자산으로 회계 처리되지도 않았으며, SK브로드밴드와 합병을 진행할 때에도 티브로드는 기금을 자산이 아닌 것으로 봐 회사가치의 평가에도 반영하지 않았다"고 밝혔다. 이어 "티브로드는 경제적인 측면에서 기금을 선량한 주의의무로 집행·관리하며 수탁사무를 처리한 자에 해당할 뿐, 사용·수익 내지 처분의 측면에서 현실로 기금을 지배·관리했다고 인정되지 않는다"며 "양해각서에서 정한 바에 따라 중소PP 등을 위해 지출됐고, 이와 무관한 용도로 사용됐다고 볼 만한 사정도 없다. 남은 정산금도 합의해지에 따라 이 전 회장에게 반환됐다"고 설명했다. 그러면서 "기금의 객관적 지출 형태나 반환 경위를 보더라도 SK브로드밴드의 순자산을 증가시킨 것으로서 SK브로드밴드에 실질적으로 귀속된 것이었다고 보기는 어렵다"고 판시했다.

GS홈쇼핑 복지 포인트 사용액은 에누리액이 아니어서 부가가치세 과세 대상에 해당한다는 대법원 판단이 나왔다. 대법원 특별3부(주심 노정희 대법관)는 지난 1일 GS홈쇼핑이 영등포세무서장을 상대로 낸 부가가치세 경정거부처분 취소청구 소송(2019두58766)에서 원고일부승소 판결한 원심을 확정했다. GS홈쇼핑은 각자 포인트 제도를 운영하는 제휴사들과 개별 업무 제휴 계약을 맺고, 고객이 제휴사들로부터 적립 받은 각 포인트를 GS홈쇼핑 운영 온라인 쇼핑몰에서 재화 또는 용역 구입에 사용할 때 그 사용액만큼 결제 대금을 차감하는 제도를 운영했다. 제휴 포인트는 선택적 복지제도 시행으로 부여된 '복지 포인트'와 그밖의 '제휴사 포인트'로 구분된다. GS홈쇼핑은 제휴 포인트 사용액을 부가가치세 과세표준에 포함해 2011년 제2기부터 2016년 제1기까지의 부가가치세를 신고·납부했다가 "제휴 포인트 사용액이 부가가치세 과세표준에서 제외되는 에누리액에 해당한다"며 영등포세무서에 부가가치세 중 일정액의 환급을 구하는 취지의 경정청구를 했지만 거부되자 소송을 냈다. 부가가치세법에 따르면 에누리액은 과세 대상에서 제외된다. 재판부는 먼저 제휴사 포인트 사용액을 공급가액에 포함되지 않는 에누리액에 해당한다고 판단했다. 제휴사 포인트의 경우 GS홈쇼핑과 제휴사는 업무 제휴 계약에 따라 제휴사 회원인 고객이 이 사건 쇼핑몰 등 제휴사의 가맹점에서 재화나 용역을 구입하는 1차 거래 시 고객에게 포인트를 적립해 주고, 2차 거래 시 적립된 포인트를 사용해 결제 대금을 할인받을 수 있도록 했는데, GS홈쇼핑과 개별 제휴사 사이의 정산 시기와 방법은 사업상 필요에 의해 달라질 수 있는 것이다. 그러므로 제휴사 포인트의 적립 및 사용에 대하여도 "백화점이나 대형마트 등이 물품 구매 고객에게 지급하는 적립포인트에는 부가가치세를 물릴 수 없다"는 대법원 전원합의체(2015두58959)에서 확인된 법리가 적용되어야 한다고 판단했다. 하지만 재판부는 복지 포인트 사용액은 공급가액에 포함되지 않는 에누리액에 해당하지 않는다고 봤다. 복지포인트 사용액의 경우에는 관련 거래 내용이나 형태를 실질적으로 살펴보면 제휴사가 GS홈쇼핑에 복지 포인트 사용액을 지급한 것을 고객이 GS홈쇼핑으로부터 공급받은 재화나 용역의 대가를 대납한 것으로 평가할 수 있다는 이유 등에서다. 앞서 1,2심도 복지포인트 사용액 부분에 대한 GS홈쇼핑 측 청구를 받아들이지 않고, 원고일부 승소 판결했다.

32년 간 거주한 주택을 팔고 이사하는 과정에서 일시적으로 1가구 3주택이 된 경우라도, 투기 목적이 없다면 양도소득세 중과세율을 적용해 과세 처분하는 것은 부당하다는 법원 판단이 나왔다. 서울행정법원 행정2부(재판장 신명희 부장판사)는 3월 30일 A씨의 유족 B 씨 등이 마포세무서장을 상대로 제기한 양도소득세 부과처분 취소소송(2022구합69513)에서 원고승소 판결했다. A 씨는 1985년 6월 서울 마포구에 2층 주택을 사서 보유하다가 2018년 4월 22억4000만 원에 양도했다. A 씨는 1세대 1주택인 고가주택의 양도에 해당한다고 판단해 9억 원을 초과하는 양도차익에 대해 장기보유특별공제 및 소득세법상 기본세율을 적용한 뒤, 2018년 귀속 양도세로 6470여만 원을 신고·납부했다. A 씨는 양도대금으로 마포구의 아파트를 약 8억 원에 매입해 실거주했고, A 씨의 배우자 B 씨는 경기도 광명시의 아파트를 7억1000만 원에 산 뒤 장기임대주택으로 등록해 소유했다. 이사를 하는 과정에서 A 씨 가정은 1가구 3주택이 된 셈이다. 이에 마포세무서는 A 씨가 서울 마포구 2층 주택을 양도한 것이 조정대상지역 내 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택 양도에 해당한다고 판단했다. 세무당국은 9억 원 초과 양도차익에 대해 장기보유특별공제를 배제하고 구 소득세법에 따른 중과세율을 적용해 양도소득세 8억1300여만 원을 경정고지했다. 이에 불복한 A 씨는 이의신청을 거쳐 조세심판원에 심판청구를 했으나 기각되자 소송을 냈다. 이후 A 씨가 사망하게 되면서 배우자 B 씨와 그 자녀들이 소송의 원고가 됐다. 법원은 A 씨의 유족 측 손을 들어줬다. 재판부는 "A 씨는 해당 주택을 취득한 후 약 32년 간 거주하다가 주거 이전 목적으로 양도하고 그 매도대금으로 대체주택을 8억 원에 매수한 뒤 대체주택으로 전입했다"며 "이러한 과정에 거주 이전 목적 이외에 부동산의 투기 목적 등 다른 목적이 있다고 볼 만한 사정이 없다"고 밝혔다. 이어 "일반적으로 장기임대주택의 경우 장기간 임대를 통해 무주택 서민과 중산층의 주거안정에 기여하는 바가 크기 때문에 그 취득 ·보유를 두고 바로 투기 목적이 있었다고 보기 어렵다"며 "종전 주택인 마포구 2층 주택과 장기임대주택인 광명시 아파트를 보유하게 된 A 씨의 세대가 거주예정인 마포구 아파트를 취득함으로써 장기임대주택을 제외하고도 3주택을 소유하게 됐더라도, 대체주택을 취득하는 과정 중에 발생한 것이기 때문에 투기 목적이라고 볼 수 없다"고 설명했다. 그러면서 "마포세무서는 A 씨의 경우 마포구 2층주택을 먼저 양도하고 그 잔금을 받아 대체주택을 취득하는 방식을 통해 일시적으로 3주택자가 되는 것을 회피할 수 있는 방법이 존재했다고 주장한다"며 "하지만 이렇게 주택 취득 방법을 제한하는 것은 장기임대주택 외에는 사실상 실거주하는 종전주택을 양도하고 대체주택을 취득하는 과정에 있는 국민의 거주이전의 자유를 지나치게 제약하는 것으로서 부당하다"고 판시했다.

해외 도박사이트에서 돈을 잃었더라도 남은 돈을 현금으로 돌려받았다면, 해당 금액을 종합소득세 부과대상으로 삼을 수 있다는 판결이 나왔다. 서울행정법원 행정5부(재판장 김순열 부장판사)는 4월 6일 A 씨가 성동세무서장을 상대로 제기한 종합소득세부과처분 취소소송(2020구합89520)에서 원고패소 판결했다. 2013~2014년 해외 도박사이트에서 도박을 하던 A 씨는 별도의 결제사이트를 통해 신용카드로 게임머니를 환전했고, 도박을 통해 얻은 게임머니는 결제사이트를 통해 다시 현금으로 환전받았다. 해당 도박사이트는 전세계 불특정 이용자들을 상대로 스포츠 경기의 승패 등 특정결과를 예상해 배팅하게 한 뒤, 그 결과를 맞출 경우 정한 배당률에 따라 배팅금 외 추가 당첨금을 지급했다. 만약 맞추지 못할 경우에는 배팅금을 몰취하는 방식으로 진행됐다. A 씨는 주로 환율 등락폭 또는 스포츠 경기의 승패를 예상하는 방식의 도박을 했다. 이 기간 동안 A 씨는 도박사이트에 21만달러를 보냈고, 현금으로 19만달러를 돌려받았다. 2017년 A 씨는 수사기관에 적발돼 도박죄로 벌금 100만 원의 약식명령을 발령받았다. 성동세무서는 2020년 1월 A 씨가 결제사이트를 통해 환전받은 2013년분 1억여 원과 2014년분 1억300여만 원이 사행행위 등 규제 및 처벌특례법에서 규정하는 재산상의 이익으로서 A 씨의 기타소득세에 해당한다고 판단했다. 이에 A 씨에게 2013~2014년분 종합소득세 총 8300여만 원을 부과했다. 이에 불복한 A 씨는 조세심판 청구를 했지만 기각되자 소송을 냈다. 재판 과정에서 A 씨는 "2013년 귀속 종합소득세의 경우 5년의 부과제척기간의 경과해 그 납세의무가 소멸했다"며 "당첨금보다 더 많은 금액을 투입해 사실상 도박으로 수익을 얻은 적이 없다"고 주장했다. 하지만 재판부는 A 씨의 주장을 받아들이지 않았다. 재판부는 "A 씨는 2013년 부분에 관해 종합소득세 과세표준 신고기간인 2014년 5월말까지 신고하지 않았고, 신고의무가 면제되는 예외적인 사정을 찾아볼 수 없다"며 "2013년 귀속 종합소득세 부과처분은 성동세무서가 부과할 수 있는 날인 2014년 6월부터 7년이내에 이뤄졌으므로 부과제척기간을 준수됐다"고 판단했다. 이어 "A 씨가 이용한 도박사이트는 도박에 참가하고자 하는 여러 사람으로부터 재물 또는 재산상의 이익을 모아 우연적 방법으로 득실을 결정해 재산상의 이익이나 손실을 주는 사행행위를 했고, A 씨는 이러한 행위에 참가했다"며 "A 씨가 수취한 금액은 사행행위에 참가해 얻은 재산상의 이익 중 일부에 해당하고, 구 소득세법 제21조 제1항 제3호에서 정한 기타소득에 해당한다"고 설명했다.

[대법원 판결] 같은 날 여러 개의 공익법인 등에 출연된 주식이라더라도 출연의 시간적 선후관계가 있다면 각 출연 시점을 기준으로 합산 대상 주식을 확정해 증여세 과세가액 불산입 한도 내의 주식을 계산해야 한다는 대법원 판결. 대법원 특별1부(주심 김선수 대법관), 2019두56418(2023년 2월 23일 판결) [판결 결과] 밀알미술관과 남서울은혜교회가 삼성세무서장을 상대로 낸 증여세부과처분소송에서 원고패소 판결한 원심 가운데 밀알미술관에 대한 부분을 파기하고 이부분 사건을 서울고법으로 환송. [쟁점] 같은 날 이루어진 다수의 공익법인등에 대한 주식 출연에 시간적 선후관계가 있는 경우의 증여재산가액 산정 방법 [사실관계와 1,2심] 오뚜기 창업주인 고(故) 함태호 명예회장은 2015년 밀알복지재단과 원고인 밀알미술관, 남서울은혜교회에 오뚜기 주식 총 3만주를 출연했다. 밀알미술관 등은 2016년 증여 주식 중 2만8000주가 구 상속세 및 증여세법 제48조 제1항 단서에서 정한 '공익법인 등이 내국법인의 주식을 출연받은 경우로서 그 내국법인의 의결권 있는 발행주식총수의 100분의 5를 초과하는 경우'에 해당한다고 보고 2016년 2월 이에 대한 증여세를 신고했다. 세무당국은 이들에게 증여세를 결정·고지했는데, 이후 밀알복지재단이 구 상증세법 제16조 제2항에서 정한 일정한 요건을 갖춘 공익법인등(성실공익법인등)에 해당한다는 사실이 밝혀지자 밀알복지재단에 대한 증여세 부과처분을 직권으로 취소하면서 밀알미술관에 대해 '당초 과세가액 불산입 한도 내에 있다고 보아 과세표준에서 제외하였던 주식 2000주에 대해 추가로 증여세를 부과하겠다'고 통지했다. 밀알미술관은 2018년 9월 과세당국에 통지에 대해 과세전적부심사를 청구했고 과세당국은 그해 11월 '증여세 과세가액 불산입 대상 주식 2000주를 밀알미술관 등이 출연받은 주식의 비율에 따라 안분해 과세표준과 세액을 산정해야 한다'며 밀알미술관의 청구를 일부 받아들였다. 이에 과세당국은 그해 12월 남서울은혜교회에 대한 증여세를 일부 감액경정하고, 밀알미술관에 대한 증여세를 증액경정 결정했다. 1심은 원고승소 판결했지만 2심은 원고패소 판결했다. [대법원 판단(요지)] "구 상증세법 제48조 제1항 제1호 등 관련 법령의 내용과 규정 체계 등에 비춰보면 다수의 공익법인등이 같은 날 동일한 주식을 출연받았더라도 그 출연이 시간적으로 선후관계에 있는 경우에는 해당 출연으로 구 상증세법 제48조 제1항에 따른 증여세 과세가액 불산입 한도를 초과하는 부분이 있는지 여부는 특별한 사정이 없는 한 각 출연 시점을 기준으로 관련 법령에서 정한 주식을 합해 개별적으로 판단해야 한다. 다수의 공익법인등이 같은 날 출연받은 주식을 모두 동시에 출연된 것으로 의제하는 것은 허용될 수 없다. 구 상증세법 제48조 제1항 제1호 및 구 상증세법 시행령 제37조 제7항 제2호, 제3호는 공익법인등이 출연받은 주식이 증여세 과세가액 불산입 한도를 초과하는지 여부를 판단할 때 '출연 당시'를 기준으로 관련 법령에서 정하는 일정한 주식을 합산하도록 정하고 있어 같은 날 다수의 공익법인등에 출연된 주식이라 하더라도 그 출연의 시간적 선후관계가 확인된다면 각 출연 시점을 기준으로 합산 대상 주식을 확정하는 것이 타당하다. 출연자는 다수의 공익법인등에 주식을 출연하는 경우 증여세 과세가액 불산입 한도 등을 고려해 각 공익법인등에 대한 주식의 출연 시기와 순서를 자유롭게 정할 수 있는데, 출연자가 증여세 과세가액 불산입 한도 등을 고려해 주식을 순차로 출연했음에도 출연이 같은 날 이뤄졌다는 이유만으로 출연자의 의사를 무시한 채 각 주식이 동시에 출연된 것으로 의제해야 할 합리적인 이유를 찾기 어렵다."

SK텔레콤(SKT)이 고객들에게 지급한 휴대전화 단말기 보조금은 에누리액이 아니라서 부과가치세 공제 대상이 아니라는 대법원 첫 판단이 나왔다. 대법원 특별3부(주심 노정희 대법관)는 SKT가 남대문세무서장을 상대로 낸 부가가치세 경정거부 처분취소 소송(2017두53170)에서 원고패소한 원심을 지난 8월 31일 확정했다. SKT는 2008~2010년 자사가 제공하는 이동통신용역을 일정 기간 이용하기로 약정하는 이용자에게 단말기 구입 보조금을 지원했다. SK네트웍스가 대리점을 통해 단말기를 판매하면 구입 보조금을 지원하는 방식이었다. SKT는 지급한 보조금이 이동통신용역의 공급가액에 대한 에누리에 해당한다며 2943억여 원 상당의 부가세 환급을 구하는 경정청구를 했지만, 세무당국은 이를 거부했다.결국 SKT는 2014년 소송을 냈다. 구 부가가치세법 제13조와 같은 법 시행령 제52조는 재화 또는 용역 공급시 에누리액은 과세표준액수에서 공제해 주도록 되어 있고, 장려금 및 유사 금액 등은 과세표준액수에서 공제하지 않는 것으로 규정하고 있었다. 이 사건에서는 SKT가 지원한 단말기 보조금이 부가가치세 과세표준에 포함되지 않는 이동통신용역의 공급가액에 대한 에누리액에 해당하는지 여부가 쟁점이었다. 1,2심은 단말기 보조금을 에누리액으로 볼 수 없다며 원고패소 판결했다. 원심은 "해당 보조금은 이동통신용역의 공급가액에 대한 에누리액에 해당하지 않아 이용자는 이동통신용역 공급거래에서 그 공급가액에 대한 부가가치세를 부담했을 뿐이고, 이동통신사업과 단말기 공급 사업을 함께 하는 다른 이동통신사업자들과 이동통신사업만을 하는 SKT를 동일하게 취급할 수 없다"며 "다른 이동통신사업자들의 경우와 달리 SKT가 지원하는 단말기 보조금에 대해서만 에누리액이 아니라고 보는 것은 조세중립성의 원칙 및 조세평등의 원칙에 반하지 않는다"고 판단했다. 대법원도 원심을 확정했다.

납세의무자가 실제 거래가격대로 수입신고를 했으나 과세관청이 과세가격 결정방법을 다르게 적용해 관세를 부과했다면 세법상 과세가격 결정방법 중 '과세가격의 일부를 신고하지 않은 경우'에 해당하지 않으므로 5년의 장기부과제척기간을 적용할 수 없다는 판결이 나왔다. 대법원 민사1부(주심 오경미 대법관)는 A사가 부산세관장을 상대로 낸 관세 등 부과처분 취소소송(2021두60441)에서 원고승소 판결한 원심을 최근 확정했다. A사는 국외 관계사인 B사 등으로부터 장난감을 수입해 판매하는 회사인데, 싱가포르 법인인 C사가 A사 지분 100%를 소유하고 있고 미국 본사인 D사가 C사 지분 100%를 소유하면서 A사는 C사의 자회사, D사의 손자회사인 구조를 가지고 있었다. 과세과격의 일부신고 하지 않은 경우 해당 안 돼 A사와 수출자인 B사는 모두 미국 본사의 100% 자회사 또는 손자회사로서 공동으로 미국 본사의 지배를 직·간접으로 받는 관세법 시행령 제23조 제1항 제6호에서 정한 특수관계에 있었고, 주문자 상표부착 생산(OEM) 밴더 업체들로부터 생산 물품은 수출자인 B사가 아시아 시장 판매를 위해 완성품 보관 목적으로 운영하는 중국 소재 물류창고에 입고됐다. 이에 A사의 주문내역에 따라 물류창고에서 제품을 선적해 A사에 운송하면 수출자인 B사가 A사에 송장을 발행하고, A사는 송장에 기재된 대금을 B사에게 지급했다. 한편, 부산세관은 2016년 1월부터 A사에 대한 기업심사를 실시해 A사가 2010년 12월부터 2015년 12월까지 수출자 B사로부터 물품들을 수입하면서 부산세관에 신고한 물품의 수입가격과 관련해 A사와 B사 사이의 특수관계가 거래가격에 영향을 주었다고 판단된다는 이유로 A사의 거래가격을 부인하고, 각 물품의 국내 판매가격을 기초로 한 과세가격 산정방법에 따라 과세가격을 결정했다. 이에 따라 부산세관은 2016년 7월 A사가 수입한 물품들의 수입신고에 대해 관세, 부가가치세, 관세가산세 등을 부과했고 이후 세액 결정의 오류 등을 이후로 세액경정 통지를 통해 합계 54억여원을 부과했다. 특히 A사의 관세법 제30조에 따른 수입신고가격(제1방법)이 저가로 신고돼 가격 중 일부를 누락한 것으로서 5년의 장기부과제척기간이 적용된다고 보고 관세법 제33조에 따른 해당 품목(바비인형)의 국내 판매가격을 기초로 한 과세가격 산정방법(제4방법)에 따라 과세가격을 결정해 부과했다. 수입회사 승소 원심 확정 이에 불복한 A사는 조세심판원에 과세처분 및 경정통지에 대해 심판청구를 했으나, 조세심판원이 이를 기각하자 소송을 냈다. 1심은 "2012년 7월 이후에 수입신고가 이뤄진 수입물품에 관해 동종·동류비율에 의해 이윤 및 일반경비를 산정해야 함에도 부산세관은 물품 전부에 관해 2012년 2월 개정된 관세법 시행령에 따라 이윤 및 일반경비를 산정했다"며 "결과적으로 A사에게 유리할 가능성이 있다고 하더라도 그러한 사정만으론 관세법령 위반의 하자가 치유된다고 보기 어렵다"며 원고승소 판결했다. 2심은 "조세법률주의 원칙상 조세법규는 문언 그대로 엄격하게 해석해야 한다"며 "납세의무자가 실제거래가격대로 수입신고를 하고 자료도 제출했으나 과세관청이 사후에 과세가격의 결정방법을 달리 적용해 물품의 과세가격 및 관세액 등을 달리 산정하는 경우엔 과세가격의 결정방법에 '과세가격의 일부를 신고하지 않은 경우'에 해당한다고는 할 수 없다"고 판단하면서 1심과 마찬가지로 A사의 손을 들어줬다. 2심은 "관세에 관한 법률관계를 조기에 확정하기 위해 부과제척기간을 2년으로 규정한 관세법 제21조의 입법취지가 몰각될 우려가 있는 점 등에 비춰 부과처분 중 2013년 8월 이전에 수입신고된 물품에 대한 부분은 관세법에서 정한 2년의 부과제척기간이 도과한 후에 이뤄진 것으로 위법해 취소돼야 한다"고 판시했다. 대법원도 이 같은 원심을 확정했다. A사를 대리한 조성권(55·사법연수원 23기) 김앤장 법률사무소 변호사는 "납세의무자가 실제거래가격대로 수입신고했음에도 세관장이 이를 부인하고 과세가격의 결정방법을 달리해 산정된 과세가격으로 과세하는 경우 납세의무자가 일부미신고한 경우에 해당하지 않아 장기부과제척기간이 적용될 수 없다고 판단한 최초의 사례"라며 "관세법상 장기부과제척기간 적용기준을 명시적으로 세웠다는 것에 의미가 있다"고 설명했다.

골프장에서 이용하는 카트 이동서비스는 부가가치세 면제 대상이 아니라는 판결이 나왔다. 서울행정법원 행정6부(재판장 이주영 부장판사)는 골프장 운영업체인 A사와 골프 카트 위탁 운영업체인 B사 등 27개사가 서울강남세무서장 등 각 관할 세무서장 23명을 상대로 낸 부가가치세 경정거부처분 취소소송(2021구합66159)에서 최근 원고패소 판결했다. A사 등은 골프장을 운영하거나 골프 카트 운영을 위탁받은 회사들로, 골프장 이용객들에게 '골프장의 홀과 홀 사이를 골프 카트로 이동시켜 주는 용역'을 제공하고 이용객들에게 받은 대가를 과세표준에 포함해 부가가치세를 신고·납부해왔다. 그러다 A사 등은 "골프 카트 서비스는 부가가치세법 제26조 1항 7호가 규정하는 여객운송 용역에 해당해 부가가치세 면제 대상"이라며 "2015년부터 2019년까지 신고·납부한 부가가치세를 환급해달라"고 관할 세무서에 경정청구를 했지만 거부 당했다. 이에 반발한 A사 등은 조세심판원에 심판 청구를 냈지만 역시 기각되자 소송을 냈다. 재판부는 "이 사건 용역의 주된 내용은 단순히 여객을 운송하고 그 운임을 받은 것이 아니라 그 실질이 '골프장 이용객들에게 골프경기의 원활한 진행을 위한 부수적 용역으로서 골프코스 내 이동의 편의를 제공한 것'으로 전체적으로 골프장 운영업에 포함된다고 봄이 타당하다"며 "그와 독립해 부가가치세법 제26조 1항 7호 본문에서 면제 대상으로 규정한 여객운송 용역에 해당한다고는 보기 어려워 세무서장들의 환급 거부 처분은 적법하다"고 밝혔다. 이어 "부가가치세법이 여객운송 용역을 부가가치세 면제 대상으로 규정한 것은 그것이 국민의 기초 생활에 필수적으로 관련되는 용역임을 고려해 일반 국민들의 부가가치세 부담을 경감시켜 주려는 취지가 있는 것"이라며 "여객운송 용역으로 보기 위해서는 그 내용이 단순히 여객의 장소 이동을 담당하고 있다는 것만으로는 부족하고, 일반적으로 교통편의를 증진하는 대중교통 수단으로서의 기능을 함께 가지고 있는 것이어야 한다"고 설명했다. 또 "이 사건 용역 대상은 골프장 이용객에 한정되고, 골프장 이용객이 아닌 일반인이 이 용역만을 분리해 이용하는 것은 불가능하다"며 "골프경기 중 골프코스의 홀과 홀 사이의 이동 용역을 제공할 뿐 골프경기와 별개로 운행되는 것이 아니고, 골프장을 벗어난 외부 장소로의 이동 용역은 제공하지 않는다"고 덧붙였다. 그러면서 "골프 카트는 주로 캐디가 운전하고, 해당 캐디가 골프장 이용객이자 골프카트 탑승객에 대한 경기보조 업무를 함께 수행한다"며 "골프장 이용객이 직접 골프 카트를 운전할 수도 있는데, 이 경우에도 골프코스가 아닌 곳으로 이동할 수는 없는 점 등을 종합하면, 이 사건 용역은 골프경기라는 스포츠 또는 여가 활동에 부수되는 용역이라고 봄이 타당하고 그와 독립한 용역으로서 별개로 분류할 수 없다"고 판시했다.