영화 제작에 들어간 특수효과, 의상·미술디자인 등 개발비용은 조세특례제한법에서 세액공제 대상으로 정한 '연구·인력개발비'에 해당하지 않는다는 판결이 나왔다. 서울행정법원 행정6부(재판장 이주영 부장판사)는 지난 4월 22일 리얼라이즈픽쳐스가 중부세무서장을 상대로 낸 법인세경정 거부처분 취소소송(2021구합57940)에서 원고패소 판결했다. 영화 '신과 함께' 시리즈 등을 제작한 리얼라이즈픽쳐스는 2019년 4월 중부세무서에 "2015 내지 2017 사업연도의 법인세가 공제돼야 한다"고 주장하면서 해당 사업연도 법인세 이월공제액의 증액을 청구하고, 이월공제액 증가에 따른 2018 사업연도 법인세 7억2700여만원의 감액 및 환급을 요구하는 경정 청구를 했다. '신과 함께' 시리즈 등 영화 제작 과정에서 사용한 특수효과, 의상디자인, 미술디자인 등 위탁개발비용 162억8300만원이 조세특례제한법에서 세액공제 대상으로 정한 연구·인력개발비에 해당한다는 주장이었다. 하지만 중부세무서는 "영화들을 제작하는 과정에서 지출된 디자인 비용은 조세특례제한법 및 시행령에서 정한 고유디자인의 개발을 위한 비용에 해당하지 않으므로, 세액공제 대상인 연구·인력개발비에 해당하지 않는다"며 거부했다. 리얼라이즈픽쳐스는 조세심판원에 중부세무서의 경정거분처분을 취소해달라는 심판을 청구했지만 기각되자 소송을 냈다. 재판부는 "경정청구 당시 법인세 과세표준이나 세액의 감액경정을 청구한 것이 아니라 이월공제액의 증액을 청구했다"며 "해당 경정청구 중 법인세 이월공제액의 증액을 구하는 부분은 법인세 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이나 결손금액 또는 환급세액의 경정을 구하는 것에 해당하지 않아 경정청구 사유가 있다고 보기 어렵다"고 밝혔다. 또 "조세특례제한법에서 연구개발비에 대한 세액공제를 인정하는 취지는 연구개발에 투자하는 기업이 감내해야 하는 비효율 내지 위험에 대해 세액 감면이라는 안전장치 내지 보상책을 마련함으로써 연구개발에 대한 기업의 투자를 독려하고 국민경제의 건전한 발전에 이바지하기 위한 것"이라며 "기존 영화에서 사용하지 않았던 특수효과나 디자인을 사용했더라도 통상적인 영화 제작활동을 수행한 것에 불과해 세액공제 대상인 연구개발비에 해당한다고 볼 수는 없다"고 설명했다. 그러면서 "영화 제작에 사용된 특수효과 및 디자인 비용의 세액공제 산입 여부를 제한해 해석하지 않는다면, 영화 제작에 사용된 특수효과 비용과 디자인 비용은 대부분 세액공제 대상에 해당하게 되는 결과가 된다"며 "이는 연구개발비 세액공제 규정의 취지와 전혀 부합하지 않는다"고 판시했다.

한국철도공사가 벽지노선 운영 등 공익 목적의 철도 운영에 따라 정부에서 받은 보상금은 과세 대상이 아니라는 대법원 판결이 나왔다. 대법원 특별1부(주심 박정화 대법관)는 철도공사가 영등포세무서 등 15개 세무서를 상대로 낸 부가가치세 부과처분 취소소송(2017두55329)에서 원고패소 판결한 원심을 파기하고 최근 사건을 서울고법으로 돌려보냈다. 재판부는 "벽지에 철도노선을 운영한데 따른 공익서비스 보상액은 철도공사가 국토해양부 장관과 체결한 계약에 따라 국가로부터 받은 것"이라며 "이는 용역의 대가가 아니기 때문에 면세사업과 과세사업의 공급가액 비율에 따라 공통매입세액을 안분해 계산하도록 한 구 부가가치세법 시행령 제61조 1항을 유추적용할 수 없다"고 밝혔다. 이어 "원심은 공익서비스 보상액을 비과세 사업의 수입금액으로 봐 구 부가가치세법 제61조 1항을 유추적용해 공통매입세액을 안분해야 한다고 판시했는데, 이는 공익서비스 보상액의 성격에 관한 법리를 오해해 필요한 심리를 다하지 않은 것"이라고 판시했다. 철도공사는 2008년 국토해양부와 공익서비스 보상계약을 체결했다. 공사가 운임감면, 벽지노선 운영, 특별동차 운영 등 공익서비스를 제공하고 국토부가 이에 소요되는 비용을 보상해주는 내용이었다. 공사는 이에 따라 2661억원의 보상금을 받았는데, 이 돈을 비과세 대상인 국고보조금으로 보고 이 부분을 빼고 계산한 부가가치세를 신고했다. 그러나 영등포세무서 등은 공익서비스 보상액도 철도공사의 사업에 대한 대가이므로 과세대상이라며 가산세를 포함해 57억여원을 경정고지했다. 공사는 이에 불복해 소송을 냈다. 1,2심은 "정부 보상액은 철도공사 사업의 수입금액으로 봐야 하므로 매입세액에 포함해 부가가치세를 계산해야 한다"며 세무서의 손을 들어줬다.

집을 두 채 갖고 있더라도 하나를 별장용도로만 사용하고 상주하진 않았다면 주택으로 사용한 나머지 주택을 팔더라도 1세대 1주택 양도소득세 비과세 혜택 적용 대상이라는 판결이 나왔다. 1세대 1주택 양도소득세 비과세 제도는 한 세대가 양도일 현재 국내에 주택 한 채만 2년 이상 보유하고 있다면 양도소득세를 면제·감면해주는 제도다. 서울행정법원 행정2단독 송병훈 판사는 조모씨가 서울 노원세무서장을 상대로 낸 양도소득세 부과처분 취소소송(2016구단59181)에서 "1억9800여만원의 양도소득세 부과처분을 취소한다"며 최근 원고승소 판결했다. 재판부는 "조씨 부부가 제주도에도 주택을 소유하고 있지만 대부분 서울에서 거주했고 제주도에 상주한 일이 없다"며 "제주도에 골프를 치러 갈 때 숙박비를 절약하기 위해 주택을 구입했다는 조씨의 주장에 설득력이 있다"고 밝혔다. 이어 "조씨 부부는 제주도에 가는 친구들에게 이 주택을 숙소로 빌려줬고, 주택을 취득한 때부터 조씨의 부인을 제외하고는 주택에 전입한 세대도 없었다"며 "따라서 상시 주거용으로 사용하지 않고 휴양·피서·놀이용으로 사용한 것으로 보인다"고 설명했다. 그러면서 "별장은 주택으로 보지 않는 세무서의 비과세 관행도 형성돼 있다"며 "제주도 주택이 별장인 이상 주택으로 사용하던 다른 아파트를 팔았다고 1세대 1주택 양도에 해당하지 않는다고 본 것은 위법하다"고 판시했다. 조씨는 2014년 살고 있던 서울 송파구 아파트를 12억여원에 처분했다. 조씨는 자신이 1세대 1주택 양도소득세 비과세 대상자에 해당한다며 양도소득세로 412만원을 노원세무서에 납부했다. 그러자 노원세무서는 "제주도에도 조씨 아내 이름으로 된 주택이 있다"며 양도소득세를 1억9800여만원으로 경정해 고지했다. 조씨는 "제주도 주택은 별장으로 소득세법에서 정한 '주택'에 해당하지 않는다"며 소송을 냈다.

형제들이 부모로부터 다세대 주택을 상속한 경우와 같이 여러 사람이 공동으로 소유한 주택을 임대하는 경우, 임대호수를 계산할 때에는 개별지분별로 계산할 것이 아니라 각자가 그 임대주택 전체를 임대한 것으로 봐야 한다는 대법원 판결이 나왔다. 양도세 감면 등 세제 혜택도 이에 따라 줘야 한다는 취지다. 대법원 특별3부(주심 김재형 대법관)는 곽모씨가 "1억8600여만원의 양도소득세 부과처분을 취소해달라"며 서울 용산세무서장을 상대로 낸 양도소득세 부과처분 취소소송(2014두42254)에서 원고패소 판결한 원심을 파기하고 최근 사건을 서울고법으로 돌려보냈다. 곽씨는 2003년 11월 사망한 아버지로부터 18호짜리 다세대 주택의 9분의 2 지분을 상속 받아 어머니, 형제들과 주택 임대를 계속하다가 임대기간 합산이 10년이 넘자 지분을 부동산임대업자에게 양도했다. 구 조세특례제한법 제97조 1항 등은 '임대주택을 5호 이상 임대하는 거주자가 1986년 1월 1일부터 2000년 12월 31일까지의 기간 중 신축된 국민주택 등을 2000년 12월 31일 이전에 임대를 개시하여 10년 이상 임대한 후 양도하는 경우 그 임대주택의 양도로 인한 양도소득세를 면제한다'고 규정돼 있었다. 곽씨는 양도소득세 전액을 감면세액으로 신고했으나, 용산세무서는 "전체 주택의 호수에 곽씨의 지분을 곱하면 '18 × 2/9 = 4'가 되어 5호에 미달한다"면서 "양도소득세 감면대상이 아니다"라며 양도소득세를 부과했다. 이에 곽씨는 소송을 냈다. 1,2심은 세무서의 손을 들어줬지만 대법원의 판단은 달랐다. 대법원은 "여러 사람이 공동으로 소유하는 주택을 임대해 공동사업을 하는 경우 임대주택의 호수를 계산할 때에는 공동소유자 각자가 그 임대주택을 임대한 것으로 봐야 한다"면서 "이는 임대인이 사망한 후 공동상속인이 함께 임대사업을 하는 경우에도 적용된다"고 밝혔다. 이어 "조세특례제한법 등에는 임대주택의 호수를 산정하는 방법에 관한 아무런 규정이 없으므로 공동사업자별로 각 임대주택의 지분비율을 합산해 그 호수를 계산하는 것은 허용되지 않는다"며 "각 임대주택마다 위치, 면적, 관리상태 등에 따라 그 가액이 다를 수밖에 없는데도 각 지분비율을 단순 합산해 공동소유 주택의 호수를 계산한다는 것은 아무런 합리성이 없을 뿐만 아니라 법적 근거도 없다"고 설명했다. 그러면서 "원심은 상속지분비율로 환산하면 곽씨가 임대한 임대주택의 수는 4호가 되어 조세특례제한법상 이 사건 특례조항의 요건을 충족하지 못한다면서 과세처분이 적법하다고 판단했는데, 이러한 원심 판단에는 특례조항의 임대주택 호수 산정 방법에 관한 법리를 오해하여 판결 결과에 영향을 미친 잘못이 있다"고 지적했다.

한국토지주택공사(LH)가 소규모 임대주택 사업을 보금자리 주택으로 용도변경 했더라도 정부 정책에 의한 것이라면 지방세를 추징할 수 없다는 대법원 판결이 나왔다. 대법원 특별2부(주심 박상옥 대법관)는 LH(소송대리인 법무법인 청률)가 부산 사하구청장을 상대로 낸 지방세 부과처분 취소소송(2016두37867)에서 원고승소 판결한 원심을 최근 확정했다. LH는 2005년 소규모 국민임대아파트 1400세대를 건설하기로 하고 건설교통부장관으로부터 사업 승인을 받았다. 부산 신평지구에서 건설을 시작한 LH는 2009년부터 2012년까지 취득세와 등록세를 면제받았다. 구 지방세법 제269조는 1항은 '토지주택공사가 임대를 목적으로 취득하여 소유하는 대통령령으로 정하는 소규모 공동주택용 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다'고 규정하고 있기 때문이다. 그러나 2012년 12월 국토해양부장관은 "정부정책에 의해 주택 공급유형이 '국민임대'에서 '공공분양'으로 변경됐으니 계속적인 사업시행이 불가능하게 됐다"며 '사정변경'을 이유로 임대주택 건설사업을 취소하고 보금자리 주택건설사업을 승인해줬다. 그러자 부산시는 LH가 취득한 택지를 소규모 임대주택 사업이 아닌 다른 용도에 사용했다며 당초 면제했던 취득세 6억4200만원과 등록세 5억6300만원, 지방교육세 1억420만원을 추징했다. '제1항의 토지를 취득한 후 대통령령이 정하는 기간 내에 소규모 공동주택의 건축을 착공하지 않거나 소규모 공동주택이 아닌 용도에 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 감면된 취득세와 등록세를 추징한다'고 규정한 구 지방세법 제269조 3항에 근거한 것이었다. LH는 이에 반발해 소송을 냈다. 대법원은 "정부 정책에 의한 사정변경으로 종전의 국민임대주택 건설사업 승인이 취소되고 공공분양사업으로 변경됨으로써 LH가 부동산을 소규모 임대주택에 사용할 것을 기대할 수 없게 된 것"이라며 "LH가 당초부터 공공분양사업을 목적으로 토지를 취득했거나 사정변경 후 같은 목적으로 토지를 취득했더라면 세금을 면제 받을 수 있었을 것"이라고 밝혔다. 이어 "LH가 부동산을 소규모 임대주택에 사용하지 않은데 정당한 사유가 있으므로 이 사건 처분은 위법하다"고 판시했다. 앞서 1, 2심도 LH의 손을 들어줬다.

종중(宗中)은 지방세특례제한법상 세금 감면 대상이 아니라는 대법원 판결이 나왔다. 대법원 특별3부(주심 박보영 대법관)는 경주 김씨 수은공후 한림공파 종중회가 부산 금정구청을 상대로 낸 재산세 등 부과처분 취소소송(2015두40958)에서 원고일부승소 판결한 원심을 깨고 최근 원고패소 취지로 사건을 부산고법에 돌려보냈다. 재판부는 "불특정 다수의 이익을 위해 다중의 보편적 문화를 지원하는 것이 세금 감면 혜택의 취지"라며 "종중이 봉행하는 제사는 주된 기능과 역할이 특정 범위의 후손들을 위한 것에 그치기 때문에 과세 대상으로 봐야한다"고 밝혔다. 또 "종중은 다양한 목적을 위해 구성되는 자연발생적 종족 집단이므로 제사만을 목적으로 한다고 보기도 어렵다"며 "일부 제사 시설을 보유하고 봉행하더라도 '제사를 목적으로 하는 단체'에 포함되지 않는다"고 설명했다. 한림공파 종중회는 금정구가 종중 소유 건물과 토지에 2009~2013년도분까지 재산세 등을 부과처분하자 '종교 및 제사를 목적으로 하는 단체가 해당 사업에 직접 사용하는 부동산'에 한해 재산세와 지역자원시설세를 면제한다는 지방세특례제한법 규정을 근거로 과세처분을 취소해달라며 소송을 냈다. 1심은 "비과세 요건에 해당하는 비영리공익사업자를 규정한 '종교 및 제사를 목적으로 하는 단체'에 종중이 포함되지 않는다"며 원고패소 판결했다. 하지만 2심은 "지방세특례제한법이 정하는 '제사를 목적으로 하는 단체'에 종중도 포함된다"며 종중회 주장을 일부 받아들여 2011∼2013년분 800만원을 취소하라고 판결했다.

부동산 펀드가 수익증권 등 집합투자상품을 판매한 수익으로 취득한 부동산은 해당 펀드가 부동산집합투자기구로 등록하기 전이라도 취득세 감면대상이라는 판결이 나왔다. 이번 판결은 지난 2013년 부동산집합투자기구 등록을 마친 집합투자기구가 취득한 부동산만 취득세 감면대상이라는 안전행정부의 유권해석 이후 벌어진 지방자치단체의 대규모 취득세 환수조치 관련 소송의 항소심 첫 판결이다. 지자체의 취득세 환수조치에 반발해 자산 운용사 등이 제기한 소송이 현재 100여건에 달하고 소송금액도 1000억원을 웃돌아 이번 판결이 어떤 영향을 미칠지 주목된다. 서울고법 행정1부(재판장 곽종훈 부장판사)는 농협은행(소송대리인 법무법인 화우)이 마포구청을 상대로 낸 취득세 등 부과처분취소소송(2015누49841)에서 원고패소 판결한 원심을 취소하고 원고승소 판결했다. 재판부는 "자본시장법에 따라 적법하게 설정·설립된 부동산집합투자기구인 이상 비록 금융위원회 등록을 마치기 전이라도 집합투자상품을 판매해 취득한 부동산에 대해서는 세금 감면규정이 적용된다"며 "따라서 등록 전 취득한 부동산이라는 이유로 이미 감면된 취득세 등을 추징한 마포구청의 처분은 위법하다"고 밝혔다. 이어 "등록절차가 완료된 이후 집합투자상품을 판매해 부동산을 취득한 경우에만 감면규정이 적용된다고 보게 되면 부동산집합투자기구를 통한 간접투자가 위축된다"며 "이는 부동산 시장을 활성화하려고 한 감면규정 취지에도 반한다"고 설명했다. 구 조세특례제한법 제120조 4항 2호는 '자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 부동산집합투자기구의 집합투자재산으로 취득하는 부동산은 2014년 12월 31일까지 취득한 경우 취득세의 100분의 30에 상당하는 세액을 감면한다'고 규정했다. 부동산 펀드는 그동안 이 조항에 따라 취득세의 30%를 감면받아왔다. 농협은 2012년 9월 투자회사인 ㈜케이비자산운용과 부동산집합투자기구 설정계약을 체결했다. 케이비자산운용은 계약 체결 전 미리 수익증권을 판매해 농협에 판매대금으로 신탁원본을 납입했다. 농협은 같은해 10월 납입받은 재산으로 서울 마포구의 한 오피스텔을 산 뒤 구청에 "구매한 건물은 부동산집합투자기구의 집합투자재산으로 취득한 부동산이므로 취득세 감면 대상"이라며 세액감면신청을 했다. 마포구청도 신청을 받아들여 세금을 깎아줬다. 케이비자산운용은 이후 금융감독원에 부동산집합투자기구 등록신청을 냈고 같은해 11월에 등록이 됐다. 그런데 안전행정부가 2013년 10월 '감면규정은 등록을 마친 부동산집합투자기구가 부동산을 취득한 경우에 한해 적용된다'는 유권해석을 내리자, 마포구청은 2014년 11월 20억여원의 세금을 농협에 부과했다. 농협은 이에 반발해 소송을 냈다. 1심은 "감면규정 취지가 자본시장법이 정한 절차에 따라 부동산을 취득한 경우에 한해 세액감면 혜택을 부여하려고 했던 것으로 보인다"며 원고패소 판결했다. 화우 조세팀의 오태환(50·사법연수원 28기) 변호사는 "이번 판결은 조세특례제한법상 부동산 펀드에 대한 취득세 감면의 입법취지와 자본시장법상 등록제도의 의미를 충실히 반영한 판결"이라고 말했다.

부동산 매매 과정에서 거액의 양도소득세를 포탈한 혐의로 재판에 넘겨진 전두환 전 대통령의 차남 재용(51)씨와 처남 이창석(64)씨의 유죄가 확정됐다. 대법원 형사2부(주심 조희대 대법관)는 13일 특정범죄가중처벌법상 조세포탈 혐의로 기소된 전씨의 상고심(2014도14841)에서 징역 3년에 집행유예 4년, 벌금 40억원을 선고한 원심을 확정했다. 같은 혐의로 기소된 처남 이씨에 대해서도 징역 2년6월에 집행유예 4년, 벌금 40억원이 선고된 원심이 확정됐다. 재판부는 판결문에서 "전씨와 이씨가 주장하는 것처럼 토지 매도 과정에서 임목을 별도로 120억원에 양도했다고 볼만한 사정이 없다"며 "전씨와 이씨에 대한 공소사실을 유죄로 인정한 원심은 정당하다"고 밝혔다. 전씨와 이씨는 2006년 경기도 오산시 양산동 토지 28필지를 445억원에 NP엔지니어링에 매각하면서 토지와 임목을 각각 325억원과 120억원에 별도로 매각한 것처럼 허위 계약서를 작성해 세금 27억7100만여원을 포탈한 혐의로 기소됐다. 구 소득세법 제43조는 토지와 임목을 따로 매각할 경우, 땅값과 나무값 소득을 구분해 세금을 깎아주도록 규정하고 있었다. 전씨 등은 이 같은 제도를 악용해 120억원을 나무값으로 신고해 양도소득세를 감면 받고, 실제 지출하지 않은 필요경비 93억원을 공제 받은 혐의를 받았다.

교회가 신도와 지역 주민을 위해 설치한 탁구장, 방과후 교실 공부방 등의 시설은 과세 대상이라는 법원 판결이 나왔다. 운동이나 모임, 복지시설은 예배나 포교 등 종교활동과 직접적인 관련이 없어 비과세 대상이 아니라는 것이다. 서울행정법원 행정11부(재판장 호제훈 부장판사)는 기독교대한감리회유지재단이 "Y교회에 대한 2억5000여만원의 부동산등록세와 취득세 등을 취소해달라"며 동대문구청장을 상대로 난 등록세등 부과처분 취소소송(2015구합53183)에서 최근 원고패소 판결했다. 서울 동대문구 용두동에 있는 Y교회는 2007년 교육관 및 주차장으로 사용하기 위해 교회 본당에서 240m 떨어진 곳에 있는 지하1층, 지상4층 짜리 건물을 한 채 사들였다. 교회는 지하층은 기계실과 보관실로, 1층은 관리실과 주차장, 2층은 탁구장과 예능교실, 3층은 예배실과 음악교실·소그룹실·찬양연습실, 4층은 물탱크실과 창고로 이용했다. 동대문구청은 이 가운데 탁구장과 예능교실로 쓰는 건물 2층 전체와 예배실을 제외한 3층의 음악교실, 소그룹실, 찬양연습실에 대해 "종교목적에 직접적으로 사용되지 않기 때문에 과세 대상"이라며 해당 부분에 취득세 등을 매겼다. 교회 측은 "해당 건물 전체가 종교목적에 사용되고 있는 것으로 봐야 한다"고 주장했지만 받아들여지지 않자 소송을 냈다. 하지만 법원은 구청의 손을 들어줬다. 재판부는 판결문에서 "지방세법의 감면규정 취지와 특혜규정에 대한 엄격해석의 원칙을 감안할 때 종교목적에 간접적으로 사용되는 재산까지 모두 비과세 대상으로 볼수는 없다"며 "종교목적에 필수불가결한 재산만이 비과세 대상이 된다"고 밝혔다. 이어 "원고인 재단이나 Y교회의 목적사업에 사회교화 및 봉사·복지사업 등이 규정돼 있다고 하더라도, 비과세 대상이 되는 부동산은 예배와 포교 등 종교목적에 필수불가결한 재산에 한정되는 것으로 보는 것이 타당하다"고 설명했다. 재판부는 또 "탁구장을 주일학교 학생들의 공부방이나 탁구대회를 위한 장소로 활용했더라도, 이는 예배와 포교와 같이 종교목적에 필수불가결한 활동이라기보다 교인을 위한 복지활동 내지 교인들의 친교활동, 지역 주민을 위한 사회봉사활동으로 보이므로 종교사업에 직접 사용된다고 보기 어렵다"고 판시했다. 아울러 Y교회가 이 건물에서 운영하던 방과후 교실 역시 "종교목적에 필수불가결한 종교활동의 일환으로 볼 수 없다"며 과세 대상으로 판단했다. 이번 판결은 종교인 과세 문제를 둘러싼 논란이 계속되고 있는 가운데 나온 판결이어서 주목된다. 특히 비과세 대상의 범위를 예배나 포교 등 종교활동과 '직접적 관련'이 있는지 여부를 기준으로 매우 좁게 해석했다는 점이 눈에 띈다. 현행 지방세특례제한법 제50조 등은 종교단체가 해당 사업에 사용하기 위해 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제해 주도록 하고 있다. 또 과세기준일 현재 종교단체가 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세와 지역자원시설세 등도 면제해 주도록 하고 있는데 대상 범위를 매우 엄격하게 해석한 것이다. 재판부는 종교단체가 종교시설 내에 신도와 지역주민을 위한 모임, 운동, 복지, 쉼터 등을 제공하는 것에 대해 "유·무료 여부를 떠나 별도의 사회복지단체가 수행해야 할 사회복지사업을 종교단체가 하는 것으로 종교시설로 취득한 목적에 맞지 않게 다른 용도로 사용한 것"이라고 판단했다. 종교활동과 직접적 연관성이 있는지를 엄격하게 따지는 판결 경향은 이어지고 있다. 지난달 수원지법 역시 A교회가 교회 인근에 있는 토지와 건물을 매입해 체육시설 등으로 사용한 사건에서 "건물 내부에 접이식 탁구대가 있었을 뿐 종교목적으로 사용하기 위한 집기나 시설이 전혀 없다"며 과세 대상으로 인정했다. 대법원도 지난 2009년 천주교회가 은퇴한 주임 신부를 위해 제공한 사택을 "종교 사업에 직접 사용되는 부동산이라고 볼 수 없다"며 과세 대상으로 인정한 바 있다. 당시 대법원은 "주임신부가 정규 직무에서 은퇴한 이상 신자들을 위한 향심기도를 지도하는 사목활동을 계속하고 있다 하더라도 그것이 직무의 성격을 갖는다고 보기 어렵다"고 밝혔다. 또 같은해 대법원은 교회의 목사 사택은 비과세 대상으로 인정하면서도 부목사 사택은 "예배와 포교에 필수적으로 수반되는 것으로 볼 수 없다"며 과세 대상이라는 판결을 내놓기도 했다. 교회가 운영하는 유치원이나 교육시설도 같은 이유로 과세 대상이 된다는 판결이 이어지고 있다. 지난 2013년 지체장애인을 위한 교육기관을 운영하는 B교회가 "운동장과 캠프장에 대한 취득세 처분을 취소해달라"며 낸 소송에서 원고패소 판결했다. 1심과 항소심 재판부는 "해당 운동장과 캠프장에서 교회의 여름·겨울 수련회, 기도회 등을 개최한 사실은 인정되지만 그 사용이 상시적으로 이뤄진다고 보기 어렵다"며 "S교회가 운영하는 장애인학교 역시 학비를 받고 있어 비영리사업에 해당한다고 보기 어렵다"고 판단했다. 또 C교회가 자신들이 운영하는 유치원에 대한 취득세 등을 면제해달라며 낸 소송에서도 법원은 "유치원은 종교의식, 예배, 축전, 종교교육, 선교 등 종교목적으로 직접 사용하는 부동산에 포함되지 않는다"며 "유치원이 없더라도 종교 단체의 존부에 위협을 받는 시설이라고 보기 어렵다"며 과세관청의 손을 들어줬다.

앞으로 주상복합건물의 면적대비 건설비용이 일반 주거용 아파트보다 더 비싸질 전망이다. 대법원이 '주택법'이 아닌 '도시정비법'상 인가를 받은 주상복합건물 토지에는 종합부동산세를 부과하는 것이 적법하다고 판단했기 때문이다. 대다수의 주상복합건물은 도시정비법상 인가를 받고 있다. 대법원 전원합의체(주심 권순일 대법관)는 A건설사가 천안세무서를 상대로 낸 종합부동산세 부과처분취소 소송(2011두5551)에서 원고패소 판결한 원심을 16일 확정했다. A사는 2004년 서울 마포구 상업지역에 있는 토지를 사 공동주택 112세대가 포함된 20층짜리 주상복합건물을 신축하기로 했다. 당시 지방세법에 따르면 주택건설사업에 쓰이는 토지는 종부세를 부과받지 않고 더 저렴한 분리과세율을 적용받을 수 있었다. 하지만 당시 A사는 건축을 위해 도시주거환경 정비법(도시정비법)상 인가만을 받은 상태였기 때문에 종부세 4억9000여만원과 농어촌 특별세 9800만원을 부과해야 했다. A사는 "주상복합건물에도 주거용 세대가 포함되어 있으므로 종부세 면제 혜택을 달라"고 주장했지만 1심과 2심은 "주택법상 인가대상이 아니어서 종부세를 부과해야 한다"며 이를 받아들이지 않았다. 대법원의 판단도 같았다. 재판부는 "주택법에 의한 사업계획 승인을 받은 건설주가 집을 지어서 공급하기 위해 투기적 목적 없이 일시적으로 보유하는 토지는 (집을 공급한다는) 공익성이 크기 때문에 종부세를 부과하지 않게 하는 것인데 문제의 주상복합건물은 도시 및 주거환경정비법에서 정한 사업시행인가를 받았을 뿐이고 주택법에 의한 사업계획 승인을 받지 못했기 때문에 종부세를 부과해야 한다"고 밝혔다. 재판부는 "A사가 지으려던 주상복합건물에 주거용 세대가 포함돼 있긴 하지만 연면적 대비 주택면적 비율이 90%가 안 되는 등 주택법상 인가 대상이 아니다"고 설명했다. 또 "주택법상 사업계획승인 대상과 그렇지 않은 건설사업은 그 규모나 대지의 용도지역이 다르고 국민의 주거생활에 미치는 영향도 다르다"고 설명했다. 그러나 민일영, 이상훈, 권순일 대법관은 "주택법상 인가를 받지 못했더라도 주택건설 사업이라면 종부세를 부과하지 않아야 한다"고 반대의견을 냈다. 또 "주상복합건물이 주택 공급 촉진이라는 정책 목표 달성이 기여했으니 세금 감면 혜택을 주는 것이 맞다"고 밝혔다. 현재 대부분의 주상복합건물 토지는 주택법이 아닌 도시정비법상 인가 대상이어서 세금 감면 혜택을 받지 못하고 있다. 대법원 관계자는 "이번 판결은 유사 사건들에 많은 영향을 미칠 것으로 전망된다"고 설명했다.