부동산매매법인이 취득 후 보유만 하고 있던 부동산을 업무사용 유예기간인 5년이 지나 팔았더라도 일반 법인과 달리 5년간의 대출이자는 법인세 부과대상에서 제외하는 과세특례가 적용된다는 판결이 나왔다. 일반 법인이 부동산을 업무에 사용하지 않고 5년이 지난 뒤 부동산을 팔면 부동산을 취득한 날로 소급돼 법인세가 다시 부과되지만, 부동산매매법인은 부동산 매매가 본래 업무이기 때문에 법인세법 시행규칙이 규정하고 있는 '부동산을 업무에 사용하지 아니하고 양도하는 경우'에 해당하지 않는다는 취지다. 법인세법 시행규칙은 '부동산을 업무에 사용하지 아니하고 양도하는 경우'에는 부동산 취득일부터 양도일까지 기간 전부의 대출이자에 대해 과세를 하지만, 유예기간이 지난 뒤 업무용으로 사용한 부동산의 경우는 유예기간이 끝나고 업무용으로 사용하기까지 걸린 기간의 대출이자에 대해서만 과세를 한다. 대법원 특별3부(주심 김재형 대법관)는 부동산 개발·공급 등 부동산매매업을 하는 ㈜부영(소송대리인 법무법인 화우·율촌·태평양·양헌)이 서울남대문세무서장을 상대로 낸 법인세 부과처분 취소소송(2014두44342)에서 최근 원고패소 판결한 원심을 취소하고 사건을 서울고법으로 돌려보냈다. 재판부는 "법인세법령은 부동산매매업을 주업으로 영위하는 법인의 경우 일반 법인과 달리 부동산을 매매하는 것 자체가 법인의 업무에 해당한다는 특성을 고려해 여러 특례규정을 두고 있다"며 "따라서 부동산매매업을 주업으로 하는 법인이 부동산매매용 토지를 양도하는 것 자체를 법인의 업무에 직접 사용한 것으로 봐야 한다"고 밝혔다. 이어 "결국 부동산매매업을 주업으로 하는 법인이 매매용 부동산을 취득한 다음 유예기간이 지난 후 물적분할 등을 통해 양도한 경우는 법인세법 시행규칙 제26조 9항 단서의 '업무에 사용하지 않고 양도하는 경우'에 해당하지 않는다"며 "이 단서에 따라 부동산 취득일부터 양도일까지의 기간 전부가 아니라, 본문에 따라 유예기간이 지난 다음날부터 양도를 통해 직접 사용하기 전까지의 기간만이 업무와 관련이 없는 기간에 해당한다"고 판시했다. 부영은 1997~2004년 서울 강서구 등촌동의 토지 193만여㎡를 보유하다 2009년 지주회사 전환을 하면서 설립한 부영주택에 이 토지를 이전했다. 부영은 이 과정에서 부동산 취득일로부터 5년이 경과하기 전에는 과세특례가 적용되고, 유예기간 5년 이후부터 부영주택에 이전하기 전까지는 비업무용 부동산으로 과세특례가 적용되지 않는 것으로 2009년 사업연도 법인세를 계산해 남대문세무서에 신고했다. 법인세법령은 비업무용 부동산 등 자산을 취득·관리하면서 생기는 차입금 지급이자 등의 비용은 당해 사업연도의 소득금액 계산에서 손금에 산입하지 않도록 해 법인세 부과대상에 포함시키고 있다. 다만 업무에 사용하려고 하는 준비기간 등을 고려해 비업무용 부동산이라고 하더라도 추후 업무용으로 사용하는 부동산은 5년의 유예기간 내에는 세제 혜택을 주고 있다. 그러나 유예기간 중이나 후에 업무용 부동산으로 사용하지 않으면서 처분하는 경우에는 부동산을 취득한 때부터 세제혜택을 소급해 적용하지 않는 조항을 두고 있다. 반면 유예기간이 지난 후 업무용으로 사용할 경우에는 5년의 세제혜택을 인정하고, 이후 기간은 세제혜택은 주지 않는 방식을 취하고 있다. 남대문세무서는 2012년 "부영이 토지를 고유업무에 사용하지 않고 보유하다가 유예기간이 지나 양도했다"며 "유예기간을 적용하지 않고 토지 취득일부터 양도일까지의 기간 전체를 과세대상으로 봐야 한다"며 법인세 173억여원을 부과했다. 이에 부영은 "일반법인과 달리 부동산매매업을 주업으로 하는 법인이라 재고자산인 부동산을 양도하는 것은 업무에 직접 사용한 것"이라며 소송을 냈다. 1심은 부영의 손을 들어줬다. 그러나 2심은 "법인세법 시행규칙 단서에서 양도의 개념에 '부동산매매업을 주업으로 하는 법인이 매매용부동산을 양도하는 경우'를 명시적으로 제외하고 있지 않다"며 "부영이 토지를 취득한 때로부터 물적분할일까지의 기간을 업무와 관련이 없는 보유 기간으로 본 세무서의 처분은 적법하다"며 부영에 패소 판결을 내렸다. 김용택(41·사법연수원 36기) 화우 변호사는 "부동산매매법인의 5년 과세특례의 인정범위를 명확하게 정리함으로써 법인이 주택공급을 위한 주택 매입에 적극적으로 나설 수 있는 토대를 마련해 준 판결"이라고 말했다.

현행 중소기업창업지원법은 농지에 제조업을 위한 공장을 지으면 농지보전부담금(농지를 다른 용도로 사용하는 경우 부과하는 세금)을 면제시켜 준다. 제조업 설립을 장려해 중소기업 발전을 도모한다는 취지다. 그러나 단순히 포장육을 잘라서 판매하는 사업은 '제조업'으로 볼 수 없어 이 같은 혜택을 받을 수 없다는 판결이 나왔다. 부산고법 행정2부(재판장 손지호 부장판사)는 축산물 가공·유통업체인 H사가 부산 강서구청장을 상대로 낸 농지보전부담금처분 취소소송(2016누21886)에서 최근 원고승소한 1심 판결을 취소하고 원고패소 판결했다. 재판부는 "사업장의 성격은 업주의 주관적 의사와 영업형태 뿐 아니라 사업장의 객관적 용도, 법규의 제한사항 등을 종합해 판단해야 한다"면서 "투입된 원재료를 성질이 다른 새로운 제품으로 전환시키는 산업활동은 제조업으로 볼 수 있지만 그 상품의 본질적 성질을 변화시키지 않고 상품을 선별, 정리, 분할, 재포장하는 경우에는 그렇지 않다"고 설명했다. 이어 "H사는 냉동과정을 거친 삼겹살, 갈비 등 포장육을 구입한 다음 절단기를 이용해 다시 작게 나누고 재포장하는 과정을 거쳐 판매한다"며 "이는 개념표지상 단순한 '식육판매업'으로서 농지보전부담금을 면제받을 수 있는 제조업에 해당하지 않는다"고 판시했다. 축산물 유통과 가공을 목적으로 설립된 H사는 사세가 확장되자 2015년 6월 부산 강서구에 농지 1405㎡를 매수해 2층 건물을 신축했다. H사는 자신들의 사업이 식료품 제조업의 일종인 '기타 육류 가공 및 저장처리업'에 해당한다며 관할청에 농지보전부담금을 면제해 달라고 했다. 하지만 부산 강서구청은 2016년 8월 H사의 업태를 제조업으로 보기 힘들다며 농지보전부담금 7000만원을 부과했다. 이에 H사는 같은해 10월 "농지보전부담금 처분을 취소하라"며 소송을 냈고, 1심은 관할청의 처분이 잘못됐다며 H사의 손을 들어줬다.

상가를 팔면서 매도금액이 다른 2개의 계약서를 쓰고 상대적으로 낮은 매도금액이 기재된 매매계약서를 기초로 양도소득세를 냈더라도 세금 탈루 목적이 없었고 5년이 지났다면 양도소득세를 추가 납부할 필요가 없다는 판결이 나왔다. 서울 강서구 아파트단지에 상가 2개를 갖고 있던 김씨는 2003년 3월 이모씨 등 2명에게 상가를 팔았다. 이 과정에서 김씨는 이씨 등과 두 차례 계약서를 썼다. 매매계약 체결 당시 양도가액을 4660만원으로 하는 계약서를 썼지만, 이후 당시 상가 임차인이던 조모씨가 이씨로부터 시설비와 영업권리금 등을 받기로 하면서 이들 금액을 포함시켜 상가 매매가를 1억3000만원으로 하는 계약서를 다시 쓴 것이다. 김씨는 처음 계약서를 기초로 양천세무서에 신고하고 양도소득세 14만원을 납부했다. 그런데 이씨가 이 상가를 다른 사람에게 넘기면서 취득가액을 1억3000만원으로 강서세무서에 신고하면서 뒤늦게 문제가 발생했다. 양천세무서가 2014년 2월 양도소득세를 다시 계산해 김씨에게 6200여만원을 추가납부하라고 고지했기 때문이다. 김씨는 이의신청을 했지만 양천세무서가 김씨의 주장 일부만 받아들여 850만원을 내야한다고 하자 소송을 냈다. 서울행정법원 행정3단독 이승윤 판사는 김씨가 "양도소득세 추가 부과처분을 취소해 달라"며 양천세무서장을 상대로 낸 소송(2015구단144)에서 최근 김씨의 손을 들어줬다. 이 판사는 판결문에서 "국세기본법 제26조의2는 조세 법률관계의 신속한 확정을 위해 국세 부과의 제척기간을 원칙적으로 5년으로 규정하면서, 납세자가 과세요건 사실을 발견하기 곤란하게 하거나 허위사실을 제출하는 등 사기나 그 밖의 부정한 행위로 국세를 포탈한 사정이 있는 등의 경우에 한해 제척기간을 10년으로 연장하고 있다"고 밝혔다. 이어 "김씨 등이 2개의 매매계약서를 작성한 것은 세금을 탈루하기 위한 것이라기보다 매매 당시 임차인의 시설비와 영업권리금이 포함된 매매계약서를 다시 작성한 것으로 봐야 한다"며 "세금의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 사기 기타 부정한 행위에 해당한다고 보기 어렵다"고 설명했다. 이 판사는 "이 사건에서는 5년의 제척기간이 적용돼야 한다"며 "따라서 양도소득세 제척기간은 신고기한인 2004년 5월 1일부터 31일까지의 다음날인 6월 1일부터이고, 이 날로부터 5년이 넘은 2014년 2월 추가 납부 통지한 세무서의 처분은 위법하다"고 판시했다.

빌라 거주자들이 재건축이 끝나고 신축건물에 재입주하면서 그간 거주 목적으로 보유하고 있던 다른 주택을 팔 경우 1세대 1주택 양도소득세 면제 혜택을 줘야한다는 대법원 판결이 나왔다. 법원은 거주자들이 신축한 건물 일부 세대를 제3자에게 판매해 일시적으로 주택건설사업자의 지위를 갖게 됐더라도 양도세 면제 대상에서 제외하는 것은 부당하다고 판단했다. 구 조세특례법 제99조의3은 일정 기간 사이에 사용승인을 받은 재건축 주택에 대해서는 당해 거주자의 소유주택으로 보지 않으면서, 거주자가 다른 주택을 취득하고 양도할 때 여전히 1세대 1주택자로 취급해 양도세를 부과하지 않도록 규정했다. 다만 주택건설사업자에게는 면제 혜택을 주지 않았다. 대법원 행정3부(주심 권순일 대법관)는 자신의 주택을 팔면서 양도세 면제 혜택을 받지 못한 이모씨가 "양도세 5400여만원의 부과처분을 취소해 달라"며 강서세무서장을 상대로 낸 양도소득세 부과처분 취소소송 상고심(2014두36709)에서 원고패소 판결한 원심을 파기하고 지난달 23일 사건을 서울고법으로 돌려보냈다. 재판부는 판결문에서 "이씨가 자신이 살던 빌라를 기존 12세대에서 19세대 건물로 재건축하면서 늘어난 7세대를 타인에게 팔아 양도세 면제 혜택을 받지 못하는 주택건설사업자의 지위를 얻게 됐더라도, 자신이 보유·거주하던 세대는 일반 실수요자의 입장에서 취득한 것이어서 양도소득세 면제 대상으로 취급해야 한다"고 밝혔다. 재판부는 "구 조세특례법 제99조의3 제1항과 2항은 재건축으로 신축한 주택과 그 외의 주택을 보유한 거주자가 그 외의 주택을 양도할 때 양도세를 부과하지 않도록 규정했는데 이는 새로 건설되는 주택에 대한 매입수요를 창출하고 실수요자의 주택 신축을 장려함으로써 건설경기를 활성화하려는 취지에서 마련된 것"이라고 설명했다. 이어 "이러한 입법 취지를 고려하면 주택건설사업자가 일반 실수요자 입장에서 주택을 취득하는 것을 일반 거주자의 주택 취득과 달리 취급할 합리적인 이유가 없다"고 설명했다. 이씨는 1989년 11월 서울 강서구 염창동에 있는 A빌라 12세대 중 303호를 사들인 뒤 다른 거주자들과 함께 재건축 사업에 착수해 2001년 19세대 건물을 완공했다. 이후 이씨와 거주자들은 부동산신축판매업 등록을 한 뒤 늘어난 7세대를 제3자에게 판매하고 이씨는 501호에 입주해 계속 거주했다. 이후 이씨가 서울 마포구에 소유하던 주택을 양도하자 강서세무서는 "1세대 1주택 양도에 해당하지 않는다"는 이유로 양도소득세 부과처분을 했다. 원심은 "구 조세특례제한법 제99조의3 제1항에서는 양도소득세의 과세특례의 적용요건을 정함에 있어서 거주자로서 주택건설사업자가 아닐 것, 대통령령이 정하는 지역 외의 지역에 소재하는 신축주택을 취득할 것 등을 정하고 있을 뿐, 그 신축주택을 거주할 목적으로 취득해야 한다거나 판매 목적으로 취득하는 것이 아닐 것 등을 요건으로 하고 있지는 않은 점 등에 비춰 보면 과세특례를 적용할 수 없다"며 원고패소 판결을 했다.

간이과세자가 일반과세자로 전환하면서 재고품 등의 자산을 직전의 과세기간 확정신고기간에 신고하지 않았더라도 재고매입세액 공제를 해줘야 한다는 대법원 판결이 나왔다. 재고매입세액 공제란 간이과세자는 물품을 구입할 때 낸 부가가치세 10% 중 일부만 공제를 받기 때문에 일반 과세자로 전환되는 경우에 보유하고 있는 재고품이나 감가상각자산에 대해 기왕에 공제받지 못했던 부분을 추가로 공제해주는 제도다. 대법원 민사3부(주심 민일영 대법관)는 최근 여성용품 판매업자 민모(38)씨가 강서세무서를 상대로 낸 부가가치세 환급거부처분 취소소송 상고심(☞2010두2845)에서 원고패소 판결한 원심을 깨고 사건을 서울고법으로 돌려보냈다. 재판부는 판결문에서 "부가가치세법 시행령은 간이과세자가 일반과세자로 변경되는 경우 변경되는 날 현재의 재고품 및 감가상각자산을 변경되는 날의 직전 과세기간 확정신고 기한 내에 관할세무서장에게 신고해야 하고, 관할세무서장은 재고매입세액으로 공제할 수 있는 재고금액을 조사·승인하고 1월 이내에 사업자에게 공제될 재고매입세액을 통지해야 한다고 규정하고 있다"며 "규정의 문언 내용과 형식, 재고매입세액 공제제도의 취지 등을 종합해보면 간이과세자에서 일반과세자로 변경되는 사업자가 부가가치세법 시행령에서 정하는 기한 내에 일반 과세 전환 시의 재고품과 감가상각 자산을 신고하지 않았다고 해서 재고매입세액이 공제되지 않는다고 할 수는 없다"고 밝혔다. 강서구 화곡동에서 일반과세자에 비해 낮은 부가가치세율을 적용받는 간이과세자로 여성용품 판매업을 하던 민씨는 2008년부터 일반과세자로 전환했다. 민씨는 2008년 4월 제1기분 부가가치세 확정신고를 하면서 재고매입세액 1700여만원을 포함한 2300여만원의 부가가치세 환급신청을 했으나, 강서세무서가 "민씨가 부가가치세법 시행령에서 정한 재고품 등을 과세기간 확정 신고기한인 2008년 1월 25일까지 신고를 하지 않았다"며 재고매입세액을 인정하지 않자 소송을 냈다. 1심은 "시행령이 재고매입세액 공제를 위한 필요조건이 아니라 조세액을 조속히 확정하기 위한 절차규정에 불과하다"며 원고승소 판결했으나, 2심은 "사업자의 재고품은 수시로 증감·변동되는 것이어서 간이과세자가 일반과세자로 전환되는 경우에 이를 신속히 조사·확정하지 않으면 그 진실성을 담보할 수 없어 시행령이 이를 방지하기 위한 규정을 둔 것"이라며 원고패소 판결했다.

사행성 게임장에서 고객들에게 지급된 경품용 상품권 액수도 부가가치세 부과대상이라는 항소심 첫 판결이 나왔다. 이번 사건은 과거 1심 법원들이 부가세 부과대상에 해당되는지 여부를 둘러싸고 서로 엇갈린 판단을 내린 사안이기 때문에 대법원의 최종 판단이 주목된다. 서울고법 행정7부(재판장 이성보 부장판사)는 최근 서울 강서구 화곡동에서 성인게임장을 운영하던 송모씨가 강서세무서장을 상대로 낸 부가가치세부과처분취소 청구소송 항소심(2008누541)에서 원고패소 판결을 내렸다. 재판부는 판결문에서 “대법원판결 등에서는 일관되게 카지노 등에서의 도박수입은 부가가치를 창출하는 것이 아니어서 부가가치세 과세대상에 해당하지 않는 것으로 본다”면서도 “게임장 영업이 사행행위의 성격을 가지고 있더라도 카지노 등과 완전히 동일시해 부가가치세 과세대상이 아니라고 볼 수는 없다”고 밝혔다. 재판부는 이어 “고객이 게임기에 투입한 금액은 일단 전액 게임업자에게 귀속되고 게임결과에 따라 상품권이 배출될 수는 있지만 고객에게 반환되지 않는다”며 “게임장의 부가가치세 과세표준을 산정할 때 총매출액에서 상품권 매입세액을 공제하지 않는다면 고객들이 게임기를 이용할 때 투입한 금액이 동일함에도 불구하고 당첨여부에 따라 부담하는 부가가치세 액수가 달라질 수 있어 조세부담공평의 원칙에 반하게 된다”고 덧붙였다. 재판부는 또 “현행법상 게임업자가 경품에 갈음해 현금을 지급하거나 경품을 쉽게 현금화하는 행위는 엄격하게 제한하고 있고, 실제 현금화 할 수 있다고 해도 환전하기 전까지 현금과 동일시 할 수 없다”며 “상품권도 일종의 재화이므로 공급가액에서 공제할 수 없다”고 판단했다.