2008년 12월 개정된 종합부동산세법 시행규칙에 따른 공제 대상 재산세액 산정기준은 정당하다는 항소심 판결이 나왔다. 그동안 재산세는 종부세의 과세 대상에서 공제돼 왔지만, 개정법은 부과된 재산세액에 공정시장가액비율을 곱해 산출한 세액만을 공제하도록 해 공제받지 못한 재산세 부분에 대해서 이중과세라는 논란이 있었다. 서울고법 행정3부(재판장 이대경 부장판사)는 15일 건설공제조합 등 25개 기업이 각 관할지역 세무서장을 상대로 낸 종합부동산세부과처분등취소소송 항소심(2011누21593)에서 1심을 깨고 원고패소 판결했다. 재판부는 판결문에서 "개정된 종부세 시행규칙에 따르더라도 주택 등 과세표준에 대한 재산세액은 모두 공제돼 이중과세의 위험이 없다"며 "설령 종부세 과세 대상에 대한 재산세액이 일부 공제되지 않는 결과가 생긴다고 하더라도 납부한 재산세액을 전액 공제해야 한다는 헌법적 원칙이 있는 것이 아니므로 재량을 벗어났다고 할 수 없다"고 밝혔다. 재판부는 이어 "종부세법 시행규칙의 공제재산세액 계산법에 따르면 과세대상 공시지가에 재산세와 종부세의 공정시장가액비율을 각각 곱한 뒤 재산세율을 적용한다"며 "이는 공제대상 재산세액의 기준이 되는 금액이 종전 과세기준 초과금액에서 과세표준(과세기준 초과금액에 공정시장가액비율을 곱한 금액)으로 변경됨에 따라 계산식을 변경한 것에 불과하다"고 설명했다. 또 "종전 법에 따른 재산세액 과대공제의 불합리를 개선한 것이며, 실질과세 원칙 및 과세형평을 관철하기 위한 규정으로 조세법률주의에 어긋나지 않는다"고 덧붙였다. 2008년 12월 개정된 종합부동산세법과 그 시행령은 공제 대상 재산세액의 기준 금액을 종전 과세기준 초과금액에서 과세표준(과세기준 초과금액에 공정시장가액비율을 곱한 금액)으로 변경했다. 개정된 법령에 따라 2009년분 종부세를 납부한 건설공제조합 등 25개 기업은 지난해 8월 재산세액을 일부 공제하지 않은 채 종부세를 부과한 부분은 이중과세에 해당해 위법하다고 소송을 냈다. 1심은 "현행법은 공제 가능한 재산세액의 범위를 축소해 조세법률주의에 위반된다"며 "재산세액을 일부 공제하지 않은 채 종부세를 부과한 부분은 이중과세에 해당해 위법하다"고 판단했다.