제주시 애월읍의 한 목장에서 말들이 한가로이 풀을 뜯고 있다. <사진=연합뉴스> 과세당국이 토지 현황조사를 제대로 하지 않은 채 재산세를 잘못 부과했더라도 이는 ‘중대하고 명백한 하자’로 볼 수 없어 무효가 아닌 취소사유라는 대법원 판단이 나왔다. 대법원 민사3부(주심 오석준 대법관)는 한화호텔앤리조트가 제주특별자치도와 국가를 상대로 낸 부당이득금반환청구소송(2021다224408)에서 원고 일부 승소 판결한 원심을 파기환송했다. 판결문에 따르면 한화는 2013년 제주시 애월읍 소재 목장 용지에 축사를 짓고 말을 사육해왔다. 이에 제주시는 별도의 조사 없이 이 토지를 합산과세대상으로 보고 2014∼2018년 한화 측에 귀속재산세와 지방교육세 7000여만원을 부과했다. 영등포세무서도 같은 명목으로 3억여 원을 징수했다. 소송을 제기한 한화 측은 “해당 토지가 2013년부터 실제 목장으로 사용돼 분리과세 대상에 해당함에도 제주시가 이를 합산과세 대상으로 분류해 높은 세율을 적용했다”며 “분리과세 대상 토지는 종합부동산세와 농어촌특별세 부과 대상이 아님에도 영등포세무서가 세금을 거둬 처분에 중대·명백한 하자가 있다”고 주장했다. 1심 재판부는 세무당국이 세금 항목을 잘못 분류한 사실을 인정하면서도 “하자가 중대하다고 해도 명백하다고 볼 수는 없다”며 원고 패소로 판결했다. 하지만 2심 재판부는 세무당국의 처분에 “중대하고 명백한 하자가 있어 재산세 부과처분은 당연 무효”라며 원고 일부 승소 판결했다. 2심 재판부는 “과세 관청이 토지가 목장 용지로 되어있고, 실제 목장으로 사용되고 있음에도 귀속연도에 토지 현황 조사를 전혀 하지 않은 채 이전 귀속연도의 과세자료에만 의존해 종합합산 및 별도합산 과세대상 토지로 과세처분을 했다”며 “과세 대상·절차에 본질적인 부분을 위반한 중대한 하자가 있다”고 판시했다. 이어 “제주시가 재산세와 지방교육세를 부과하기 전 법령에 따라 현황을 조사했다면 해당 토지가 분리과세 대상에 해당함을 쉽게 알 수 있었을 것으로 보인다”고 지적했다. 2심 판단은 대법원에서 뒤집혔다. 대법원은 “재산세 분리과세대상이 되는 ‘목장용지’에 해당하기 위해서는 그 지상에 축사 등 축산용 건축물이 존재하고 말이 사육되는 등 토지의 사실상 현황을 ‘목장용지’로 볼 수 있다는 것만으로는 부족하다”며 “가축 마릿수, 그에 따른 토지의 기준 면적, 토지 사용 목적, 용도지역 등 사실관계에 대한 정확한 조사가 필수적으로 요구된다”고 설명했다. 그러면서 “과세대상이 되는 것으로 오인할 만한 객관적인 사정이 있고 과세대상이 되는지의 여부가 사실관계를 정확히 조사해야 비로소 밝혀질 수 있는 경우라면 하자가 중대한 경우라도 외관상 명백하다고 할 수 없다”며 “조사결정절차에서 단순한 과세대상의 오인, 조사방법의 잘못된 선택, 세액산출의 잘못 등의 위법이 있는 경우에는 취소사유가 될 뿐”이라고 판시했다. ◆분리과세대상, 합산과세대상 토지는 △분리과세대상(농지·목장용지·임야 등) △별도합산과세대상(공장용·영업용 건축물의 부속토지 등) △종합합산과세대상(나대지, 무허가 건축물 부속토지 등)으로 나뉜다. 이 중 분리과세대상의 세율이 가장 낮다. ◆무효와 취소 처음부터 법률행위의 효과가 발생하지 않은 것은 무효, 일단 법률행위가 성립돼 효과가 발생한 후 취소권 행사에 의해 소급적으로 효력을 잃게 되는 것은 취소다.

회사에 명의만 빌려준 '바지사장'에게 1억 원대 소득세 부과한 과세관청의 처분은 무효가 아니라는 1심 법원 판단이 나왔다. 서울행정법원 행정2부(재판장 신명희 부장판사)는 2023년 10월 26일 A 씨가 성남세무서장을 상대로 낸 종합소득세 등 부과처분 무효확인 소송(2023구합55061)에서 원고패소 판결했다. A 씨는 2018년부터 2019년 폐업일까지 주식회사 B 사의 대표자로 과세관청에 등록돼 있었다. 성남세무서는 2021년 9월 A 씨에게 2018년 귀속 종합소득세 1억2300여만 원, 2019년 귀속 종합소득세 4400여만 원 총 1억6700여만 원을 부과했다. 이에 A 씨는 "나는 B 사의 실제 운영자인 C 씨의 부탁을 받고 명의를 대여한 바지사장일 뿐이고, C 씨에게 고용된 일용직 근로자에 불과하다"며 "해당 처분은 실질과세원칙에 반해 위법하고, 그 하자가 중대해 무효"라며 소송을 냈다. 하지만 재판부는 "실질과세의 원칙상 납세의무자의 확정은 외관이 아닌 법적 실질에 따라야 하므로 과세 대상이 되는 소득·수익·재산·행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 해 세법을 적용해야 한지만, 명의대여는 실사업자와 합의 하에 탈세를 조장하는 행위로서 외부에서는 그 실체를 파악하기 어려워 과세관청은 특별한 사정이 없는 한 사업명의자를 실사업자로 봐 과세를 하면 되는 것"이라며 "이것이 실체관계와 다르다는 이유로 사업명의자가 아닌 별개의 실사업자에게 실질과세가 가능하다는 점에 대한 주장·증명책임은 명의자 과세를 다투는 자에게 있다"고 밝혔다. 이어 "과세대상이 되지 않는 어떤 법률관계나 사실관계에 대해 이를 과세대상이 되는 것으로 오인할 만한 객관적인 사정이 있는 경우에 그것이 과세대상이 되는지 여부가 그 사실관계를 정확히 조사해야 비로소 밝혀질 수 있는 경우라면 그 하자가 중대한 경우라도 외관상 명백하다고 할 수 없어 그와 같이 과세 요건사실을 오인한 위법의 과세처분을 당연 무효라고 볼 수는 없다"고 설명했다. 재판부는 "이 사건 각 처분은 B 사가 법인세를 신고하지 않음에 따라 성남세무서장이 추계결정한 뒤 대표자 인정상여로 소득처분한 뒤에 내려진 것으로 B 사의 대표자에 대해 부과될 것이 예정돼 있었다"며 "A 씨는 2018년부터 폐업일인 2019년까지 B 사의 대표자로 등록돼 있었던 점, B 사의 실질 운영자라는 C 씨에게 명의를 대여한 사실을 인정하고 있으므로 A 씨에게는 그러한 명의사용으로 인한 결과, 즉 그로 인한 조세법적 책임 관계에 대해서도 감수하겠다는 의사가 있었다고 보이는 점 등을 종합해 보면, 'A 씨가 B 사의 대표자가 아니라는 사정'은 그 사실관계를 정확히 조사해야 비로소 밝혀질 수 있는 것으로서 외관상 객관적으로 명백하지 않으므로 각 처분의 당연무효 사유에 해당한다고 할 수 없다"고 판시했다.

시가 15억여 원에 달하는 부동산 지분을 두 아들에게 절반 가격으로 물려줬다가 5억 원에 달하는 증여세를 부과받은 아버지와 아들이 불복해 소송을 냈지만 패소했다. 서울행정법원 행정4부(재판장 김정중 부장판사)는 지난 7월 21일 A 씨와 그의 아들 2명이 성북세무서장을 상대로 제기한 양도소득세 부과처분 취소소송(2021구합74075)에서 원고패소 판결했다. A 씨는 2009년 배우자로부터 서울 노원구의 한 부동산 지분 절반을 7억 원에 취득한 뒤 2019년 10월 두 아들에게 각각 3억5000만 원에 절반씩 양도했다. A 씨가 세무서에 신고한 양도가액(취득가액)은 10년 전과 동일한 7억 원이었다. 하지만 성북세무서는 A 씨에 대한 양도소득세 조사를 실시했고, 감정평가법인 2곳에서 해당 부동산에 대해 각각 15억8000만 원과 16억1000만 원의 감정가액을 받았다. 세무서는 두 감정가액의 평균인 15억9500만 원을 해당 부동산의 시가로 보고 A 씨가 두 아들에게 저가로 양도한 것으로 판단했다. 이에 성북세무서는 2020년 7월 A 씨에게 양도소득세 3억1200여만 원을, 두 아들에게는 각각 8800여만 원의 증여세를 결정·고지했다. 이에 불복한 A 씨 등은 이의신청을 거쳐 조세심판원에 심판청구를 제기했으나 기각당하자 소송을 냈다. 재판부는 "납세자는 시한 내 세법에 따라 정당하게 산출된 세액을 신고·납부해야 하고, 부당행위계산 부인 규정이 적용될 경우 그 규정에 따라 계산된 세액을 세법에 따른 정당한 세액으로 봐야 한다"며 "부당행위계산부인 규정이 적용될 것을 예상하지 못했다고 하더라도 이는 법률의 부지나 착오 또는 해석·적용의 잘못에 불과하다"고 설명했다. 이어 "A 씨 등에 대해 국세기본법상 과소신고 가산세의 적용이 배제되는 사유가 존재한다고 볼 사정도 없다"며 "이들 간 부동산 거래는 일반 중개사무소를 통해 이뤄졌는데, A 씨 등으로서는 큰 어려움 없이 주변 중개사무소에 문의하는 방법으로 유사거래를 파악할 수 있었음에도 이러한 노력을 기울였다는 사정도 보이지 않는다"고 밝혔다. 그러면서 "A 씨 등에게 의무를 알지 못한 것에 책임을 귀속시킬 수 없는 합리적인 이유가 있거나 그 의무 이행을 당사자에게 기대하기 어려운 사정이 있을 때 등 그 의무를 게을리 한 점을 비난할 수 없는 정당한 사유가 있다고 인정하기에 부족하다"고 판시했다.

한국필립모리스가 2015년 1월 담뱃값 인상을 앞두고 담배 재고를 축적했다가 실제 담뱃값이 오르자 이를 반출·판매해 부당이득을 취했다는 이유로 수백억 원의 세금을 부과받아 처분 취소 소송을 내 1,2심에서 승소했지만, 대법원이 파기환송했다. 필립모리스 측은 고액의 세금을 물게 될 처지에 놓였다. 대법원 특별2부(주심 민유숙 대법관)는 13일 필립모리스가 이천·금정세무서(소송대리인 법무법인 동인 임수정, 최영헌 변호사, 법무법인 바른 이수경, 최주영, 김지은 변호사)를 상대로 낸 개별소비세 부과 처분 취소 청구 소송(2020두51341)에서 세무당국이 필립모리스에 부과한 개별소비세 및 가산세 처분을 취소한 원심을 파기하고 사건을 수원고법으로 돌려보냈다. 당초 담배는 개별소비세 과세 대상이 아니었는데, 2014년 12월 개별소비세법이 개정되면서 1갑(20개비)당 개별소비세가 594원을 부과하는 근거 규정이 마련됐다. 또 지방세법 개정에 따라 담배 소비세율을 20개비당 1007원으로 인상됐다. 이에 필립모리스는 2015년 1월부터 담뱃값이 2500원에서 4500원으로 인상된다는 결정이 나오자, 2014년 9월부터 12월까지 전산시스템 관리 코드를 변경해 담배를 허위로 반출하거나 임시창고를 이용한 가장 반출로 1억9100만여 갑을 축적하고 개정 전 세법에 따른 담배소비세만 납부했다. 담뱃세는 공장에서 제조된 담배가 보세창고로 옮길 때가 아닌 보세창고에서 도매상으로 넘길 때 부과되는데, 국세청은 필립모리스가 담뱃값 인상과 함께 부과되는 개별소비세를 피하기 위해 미리 창고 등에 축적한 담배를 담뱃값이 오른 후 판매했다고 판단해 고의적 조세 포탈 행위를 했다고 보고 약 997억 원의 세금을 부과했다. 필립모리스는 국세청의 결정에 불복했지만, 조세심판원이 청구를 기각하자 불복해 소송을 냈다. 1,2심은 국세청이 문제 삼은 담배는 이미 개별소비세가 붙기 전인 2014년에 반출이 이뤄졌다는 필립모리스 측의 주장을 받아들였다. 하지만 대법원의 판단은 달랐다. 재판부는 필립모리스가 마련한 임시창고는 담뱃값의 인상 차액을 얻으려 담뱃값이 인상되기 전에 제조공장에서 담배를 반출하기 위해 일시적인 방편으로 마련된 장소에 불과하다고 판단했다. 재판부는 "제조장에서 일시적인 방편으로 마련된 장소로 담배를 옮긴 것에 불과하다면, 이를 제조장에서 반출한 것으로 볼 수 없다"며 "제조공장에서 임시창고로 옮긴 때가 아니라, 이 사건 임시창고에서 각 물류센터로 옮긴 때 비로소 제조장에서 반출한 것으로 봐야 하므로 2015년 1월1일 이후에 임시창고에서 물류센터로 옮겨진 담배에 대해서는 개별소비세를 부과할 수 있다"고 판시했다.

<사진 = 호텔스컴파인> 호텔롯데가 계열사에게 브랜드를 무상으로 사용하게 했다는 이유로 부과받은 법인세 28억여 원을 돌려받게 됐다. 상표권자가 상표 사용자로부터 상표권 사용료를 지급받지 않았다는 이유만으로 곧장 부당행위계산 부인의 적용대상이 된다고 단정할 것은 아니라는 취지다. 대법원 민사2부(주심 조재연 대법관)는 지난 1일 호텔롯데가 남대문세무서를 상대로 낸 법인세 부과처분 취소 소송(2021두30679)에서 원고 승소 판결한 원심을 확정했다. 호텔롯데는 롯데리아 상표를 등록한 상표권자인데, 계열사인 롯데지알에스(한국 롯데리아)가 2008 내지 2012 사업연도 동안 상표를 사용했지만 상표권 사용료를 받지 않았다. 세무당국은 호텔롯데가 과세기간 동안 상표권 사용료를 지급받지 않은 것이 구 법인세법 제52조의 부당행위계산 부인 대상에 해당한다고 판단했다. 세무당국은 한국 롯데리아의 순매출액에 상표 사용료율을 곱해 산정한 금액을 익금에 산입해 호텔롯데에 2008 내지 2012 사업연도 법인세를 경정·고지했다가 조세심판원 결정에 따라 한국 롯데리아 햄버거 영업부문의 순매출액을 기준으로 상표권 사용료를 재산정했다. 이에 호텔롯데는 처분 취소를 구하는 소송을 냈다. 재판부는 "상표권자가 상표 사용자로부터 상표권 사용료를 지급받지 않았다는 이유만으로 곧바로 그 행위가 경제적 합리성을 결여하였다고 단정할 것은 아니다"고 판단했다. 이어 "상표권 사용의 법률상·계약상 근거 및 그 내용, 상표권자와 상표 사용자의 관계, 양 당사자가 상표의 개발, 상표 가치의 향상, 유지, 보호 및 활용과 관련해 수행한 기능 및 그 기능을 수행하면서 투여한 자본과 노력 등의 규모, 양 당사자가 수행한 기능이 상표를 통한 수익 창출에 기여하였는지 여부 및 그 정도, 해당 상표에 대한 일반 수요자들의 인식, 그 밖에 상표의 등록·사용을 둘러싼 제반 사정 등을 종합적으로 고려해 상표권자가 상표권 사용료를 지급받지 않은 행위가 경제적 합리성을 결여한 비정상적인 것인지 여부를 판단해야 한다"고 판시했다. 그러면서 "해당 상표는 한국 롯데리아가 영업에 사용하면서 관리에 필요한 비용을 직접 지출해 온 반면, 상표권자인 호텔롯데는 상표를 등록한 이후에도 영업에 사용하거나 가치를 높이기 위한 노력을 하지 않았고, 상표가 가지는 재산적인 가치는 대부분 한국 롯데리아에 의해 형성됐다"고 설명했다. 앞서 1,2심도 원고승소 판결했다. 대법원 관계자는 "상표 사용료 징수의 근거가 되는 상표에 화체된 무형의 재산적 가치는 상표권자나 상표 사용자가 상표의 사용과 관련해 투여한 자본과 노력 등에 의해 획득되고 상표 사용의 정도 및 인지도 등에 따라 변동될 수 있다는 점을 고려한 판결"이라며 "상표권자가 상표 사용자로부터 상표 사용료를 지급받지 않은 경우에도 상표권 사용의 법률상·계약상 근거, 상표권자와 상표 사용자가 상표의 개발 및 가치 향상과 관련해 수행한 기능과 투여한 자본, 수익창출에 대한 기여도 등을 고려하여 경제적 합리성을 인정할 수 있다는 점을 최초로 명시적으로 설시했다"고 말했다.

해외 도박사이트에서 돈을 잃었더라도 남은 돈을 현금으로 돌려받았다면, 해당 금액을 종합소득세 부과대상으로 삼을 수 있다는 판결이 나왔다. 서울행정법원 행정5부(재판장 김순열 부장판사)는 4월 6일 A 씨가 성동세무서장을 상대로 제기한 종합소득세부과처분 취소소송(2020구합89520)에서 원고패소 판결했다. 2013~2014년 해외 도박사이트에서 도박을 하던 A 씨는 별도의 결제사이트를 통해 신용카드로 게임머니를 환전했고, 도박을 통해 얻은 게임머니는 결제사이트를 통해 다시 현금으로 환전받았다. 해당 도박사이트는 전세계 불특정 이용자들을 상대로 스포츠 경기의 승패 등 특정결과를 예상해 배팅하게 한 뒤, 그 결과를 맞출 경우 정한 배당률에 따라 배팅금 외 추가 당첨금을 지급했다. 만약 맞추지 못할 경우에는 배팅금을 몰취하는 방식으로 진행됐다. A 씨는 주로 환율 등락폭 또는 스포츠 경기의 승패를 예상하는 방식의 도박을 했다. 이 기간 동안 A 씨는 도박사이트에 21만달러를 보냈고, 현금으로 19만달러를 돌려받았다. 2017년 A 씨는 수사기관에 적발돼 도박죄로 벌금 100만 원의 약식명령을 발령받았다. 성동세무서는 2020년 1월 A 씨가 결제사이트를 통해 환전받은 2013년분 1억여 원과 2014년분 1억300여만 원이 사행행위 등 규제 및 처벌특례법에서 규정하는 재산상의 이익으로서 A 씨의 기타소득세에 해당한다고 판단했다. 이에 A 씨에게 2013~2014년분 종합소득세 총 8300여만 원을 부과했다. 이에 불복한 A 씨는 조세심판 청구를 했지만 기각되자 소송을 냈다. 재판 과정에서 A 씨는 "2013년 귀속 종합소득세의 경우 5년의 부과제척기간의 경과해 그 납세의무가 소멸했다"며 "당첨금보다 더 많은 금액을 투입해 사실상 도박으로 수익을 얻은 적이 없다"고 주장했다. 하지만 재판부는 A 씨의 주장을 받아들이지 않았다. 재판부는 "A 씨는 2013년 부분에 관해 종합소득세 과세표준 신고기간인 2014년 5월말까지 신고하지 않았고, 신고의무가 면제되는 예외적인 사정을 찾아볼 수 없다"며 "2013년 귀속 종합소득세 부과처분은 성동세무서가 부과할 수 있는 날인 2014년 6월부터 7년이내에 이뤄졌으므로 부과제척기간을 준수됐다"고 판단했다. 이어 "A 씨가 이용한 도박사이트는 도박에 참가하고자 하는 여러 사람으로부터 재물 또는 재산상의 이익을 모아 우연적 방법으로 득실을 결정해 재산상의 이익이나 손실을 주는 사행행위를 했고, A 씨는 이러한 행위에 참가했다"며 "A 씨가 수취한 금액은 사행행위에 참가해 얻은 재산상의 이익 중 일부에 해당하고, 구 소득세법 제21조 제1항 제3호에서 정한 기타소득에 해당한다"고 설명했다.

삼양식품 등에 라면박스와 스프를 공급하는 자회사들이 허위 세금계산서를 작성했다는 이유로 법인세 부과 처분을 받았으나, 법원에선 일부 세금계산서에 대해 허위가 아니라고 판단했다. 서울고법 행정1-1부(심준보·김종호·이승한 부장판사)는 4일 삼양식품과 삼양내츄럴스, 삼양프루웰, 알이알이 성북세무서장, 원주세무서장을 상대로 제기한 부가가치세 부과처분 등 취소소송(2021누33601)에서 원고일부승소 판결했다. 삼양내츄럴스와 삼양프루웰, 알이알은 삼양식품 라면박스 등을 공급하는 삼양의 자회사다. 재판부는 알이알 등이 내부거래 세금계산서의 발급·수취 주체라고 볼 수 없다는 내츄럴스와 프루웰 측의 주장을 받아들였다. 재판부는 "구 부가가치세법상 재화 또는 용역의 공급이 있기는 했으나 세금계산서에 기재한 '공급하는 자' 또는 '공급받는 자'가 실제 거래의 당사자와 다른 경우 그 세금계산서상의 '공급하는 자'나 '공급받는 자'를 수범자로 규정한다고 볼 수 없다"며 "자회사들이 실제 자신이 공급하거나 공급받는 재화에 대해 각 자회사 명의를 이용해 세금계산서를 발급·수취했을 뿐, 이를 두고 재화나 용역의 공급 없이 세금계산서를 발급·수취했다고 볼 수 없어 구 부가가치세법상 가공 세금계산서에 해당하지 않는다"고 판단했다. 내츄럴스의 2011~2012사업연도와 프루웰의 2008~2012사업연도 각 법인세 등에 대한 부과제척기간 경과 주장에 대해 재판부는 "일반과소신고가산세, 부당과소신고가산세, 납부불성실가산세는 구 국세기본법(2014.12.23 개정 전) 제26조의2 제1항 제1호의2 나목 소정의 구법인세법 제76조 제9항 제4호에 따른 가산세에는 해당하지 않으므로, 이에 대해선 10년의 장기부과제척기간을 적용할 수 없어 이들 가산세 부과처분은 모두 5년의 제척기간이 지난 후에 한 것이므로 당연무효"라고 했다. 다만 "증액경정처분은 당초 처분과 증액하는 부분을 포함해 전체로서 하나의 과세표준과 세액을 다시 결정하는 것이어서, 당초 처분은 독립한 존재가치를 상실하고 오직 증액경정처분만 쟁송의 대상에 해당한다"며 "납세의무자로서는 증액한 부분만 아니라, 당초 처분에서 확정한 과세표준과 세액에 대해서도 위법 여부를 다툴 수 있는 것이지만, 제척기간 도과 전에 있었던 당초 처분은 유효한 것이므로 당초 처분에 의해 이미 확정했던 부분에 대해 다시 위법 여부를 다툴 수 없다"고 밝혔다. 앞서 서울지방국세청은 2018년 10월부터 2019년 2월까지 삼양식품과 내츄럴스, 프루웰, 알이알에 대한 법인제세통합조사를 실시했다. 그 결과 △삼양식품이 2011년~2017년 내츄럴스로부터 388억여 원 상당의 라면스프 원료를 공급받았음에도 페이퍼컴퍼니 명의로 발급된 세금계산서를 수수했고, 프루웰로부터는 115억여 원 상당의 포장박스를 공급받았음에도 알이알 명의로 발급된 세금계산서를 수수했으며 △내츄럴스와 프루웰이 그 전 거래 단계에서 다른 거래처로부터 라면스프와 포장박스를 공급받았음에도 알이알 등으로부터 받은 것처럼 세금계산서를 꾸며 수수한 것으로 조사됐다. 이러한 세금계산서를 확인한 서울지방국세청은 관련 과세자료를 관할세무서인 성북세무서와 원주세무서에 통보했다. 성북세무서는 삼양식품이 내츄럴스 등으로부터 수취한 세금계산서 관련 매입세액을 공제하지 않기로 하고 그에 따른 부가가치세 본세와 일반과소신고가산세, 납부불성실가산세 등 합계 47억여 원을 증액경정·고지했다. 원주세무서는 알이알 등의 매출로 신고된 부분에 관한 납세의무를 실제 사업자인 내츄럴스, 프루웰이 부담해야 한다는 전제로 해당 세금계산서와 관련된 매출세액을 내츄럴스와 프루웰의 매출세액에 가산하는 등으로 하고 그에 따른 부가가치세 본세와 일반과소신고가산세, 납부불성실가산세 등 내츄럴스에게는 26억여 원을, 프루웰에는 5억여 원을, 각 증액경정·고지했다. 알이알에 대해선 2억4000여만 원을 고지했다. 이에 불복한 삼양식품 등은 2019년 4월 심판청구를 제기했고, 그 결정이 있기 전인 같은해 5월 소송을 제기했다. 조세심판원은 2020년 6월 이들의 심판청구를 모두 기각했다. 1심은 내츄럴스와 프루웰의 부과제척기간 관련 주장은 받아들이지 않았지만, 세금계산서미발급가산세 관련 주장 등 일부를 받아들여 원고일부승소 판결했다.

[대법원 판결] 같은 날 여러 개의 공익법인 등에 출연된 주식이라더라도 출연의 시간적 선후관계가 있다면 각 출연 시점을 기준으로 합산 대상 주식을 확정해 증여세 과세가액 불산입 한도 내의 주식을 계산해야 한다는 대법원 판결. 대법원 특별1부(주심 김선수 대법관), 2019두56418(2023년 2월 23일 판결) [판결 결과] 밀알미술관과 남서울은혜교회가 삼성세무서장을 상대로 낸 증여세부과처분소송에서 원고패소 판결한 원심 가운데 밀알미술관에 대한 부분을 파기하고 이부분 사건을 서울고법으로 환송. [쟁점] 같은 날 이루어진 다수의 공익법인등에 대한 주식 출연에 시간적 선후관계가 있는 경우의 증여재산가액 산정 방법 [사실관계와 1,2심] 오뚜기 창업주인 고(故) 함태호 명예회장은 2015년 밀알복지재단과 원고인 밀알미술관, 남서울은혜교회에 오뚜기 주식 총 3만주를 출연했다. 밀알미술관 등은 2016년 증여 주식 중 2만8000주가 구 상속세 및 증여세법 제48조 제1항 단서에서 정한 '공익법인 등이 내국법인의 주식을 출연받은 경우로서 그 내국법인의 의결권 있는 발행주식총수의 100분의 5를 초과하는 경우'에 해당한다고 보고 2016년 2월 이에 대한 증여세를 신고했다. 세무당국은 이들에게 증여세를 결정·고지했는데, 이후 밀알복지재단이 구 상증세법 제16조 제2항에서 정한 일정한 요건을 갖춘 공익법인등(성실공익법인등)에 해당한다는 사실이 밝혀지자 밀알복지재단에 대한 증여세 부과처분을 직권으로 취소하면서 밀알미술관에 대해 '당초 과세가액 불산입 한도 내에 있다고 보아 과세표준에서 제외하였던 주식 2000주에 대해 추가로 증여세를 부과하겠다'고 통지했다. 밀알미술관은 2018년 9월 과세당국에 통지에 대해 과세전적부심사를 청구했고 과세당국은 그해 11월 '증여세 과세가액 불산입 대상 주식 2000주를 밀알미술관 등이 출연받은 주식의 비율에 따라 안분해 과세표준과 세액을 산정해야 한다'며 밀알미술관의 청구를 일부 받아들였다. 이에 과세당국은 그해 12월 남서울은혜교회에 대한 증여세를 일부 감액경정하고, 밀알미술관에 대한 증여세를 증액경정 결정했다. 1심은 원고승소 판결했지만 2심은 원고패소 판결했다. [대법원 판단(요지)] "구 상증세법 제48조 제1항 제1호 등 관련 법령의 내용과 규정 체계 등에 비춰보면 다수의 공익법인등이 같은 날 동일한 주식을 출연받았더라도 그 출연이 시간적으로 선후관계에 있는 경우에는 해당 출연으로 구 상증세법 제48조 제1항에 따른 증여세 과세가액 불산입 한도를 초과하는 부분이 있는지 여부는 특별한 사정이 없는 한 각 출연 시점을 기준으로 관련 법령에서 정한 주식을 합해 개별적으로 판단해야 한다. 다수의 공익법인등이 같은 날 출연받은 주식을 모두 동시에 출연된 것으로 의제하는 것은 허용될 수 없다. 구 상증세법 제48조 제1항 제1호 및 구 상증세법 시행령 제37조 제7항 제2호, 제3호는 공익법인등이 출연받은 주식이 증여세 과세가액 불산입 한도를 초과하는지 여부를 판단할 때 '출연 당시'를 기준으로 관련 법령에서 정하는 일정한 주식을 합산하도록 정하고 있어 같은 날 다수의 공익법인등에 출연된 주식이라 하더라도 그 출연의 시간적 선후관계가 확인된다면 각 출연 시점을 기준으로 합산 대상 주식을 확정하는 것이 타당하다. 출연자는 다수의 공익법인등에 주식을 출연하는 경우 증여세 과세가액 불산입 한도 등을 고려해 각 공익법인등에 대한 주식의 출연 시기와 순서를 자유롭게 정할 수 있는데, 출연자가 증여세 과세가액 불산입 한도 등을 고려해 주식을 순차로 출연했음에도 출연이 같은 날 이뤄졌다는 이유만으로 출연자의 의사를 무시한 채 각 주식이 동시에 출연된 것으로 의제해야 할 합리적인 이유를 찾기 어렵다."

영업비밀 유출에 따른 합의금을 '지적재산 사용료'로 판단해 용역의 공급대가로서 부가가치세를 부과한 것은 위법하다는 판결이 나왔다. 서울행정법원 행정5부(재판장 김순열 부장판사)는 지난해 12월 22일 A 사가 역삼세무서장을 상대로 낸 부가가치세 부과처분 취소소송(2021구합60304)에서 원고승소 판결했다. 실리콘제품의 제조, 판매 등을 하는 A 사는 미국에 본점을 두고 있는 B 사의 자회사다. B 사는 그곳에서 15년 간 근무하다가 퇴사한 후 C 사 실리콘영업부 부장으로 영입된 D 씨가 B 사 서버에 저장된 주요 자료 파일들을 임의로 반출하면서 C 사와 실리콘 제품 제조 관련 영업비밀 등 침해 관련 분쟁을 겪게 됐다. 이 과정에서 A 사와 B 사는 C 사에 지적재산 침해 등에 대한 손해배상 등을 요구했고, 수차례 협상 과정을 거쳐 전직 직원 채용 및 영업비밀 등 침해와 관련한 C 사와 임직원의 모든 민·형사상 책임을 면책하고 그 대가로 C 사는 A 사와 B 사에 각 1700만 달러 씩 총 3400만 달러의 합의금을 지급하기로 했다. 이에 따라 C 사는 2015년 4월부터 2017년 12월까지 A 사에게 4회에 걸쳐 해당 금액을 지급했고, 이를 '지급수수료(기술자문료)'로 회계처리한 후 사용료소득으로 15%의 법인세를 원천징수했다. 한편, 서울지방국세청장은 2017년 12월부터 2018년 3월 C 사에 대한 세무조사를 실시했는데 해당 합의금은 지적재산 사용에 따른 사용료에 해당해 지적재산 사용기간에 안분해 손금산입하도록 조정해야 한다는 취지로 C 사의 관할세무서에 통보하면서 역삼세무서에도 부가가치세 매출누락 자료를 통보했다. 이에 따라 역삼세무서는 해당 합의금이 A 사의 사용료 매출 누락임을 전제로 2020년 6월과 8월 A 사에 부가가치세 합계 30억여 원을 부과했다. 이 처분에 불복한 A 사는 같은해 9월 조세심판원에 심판청구를 했지만 기각결정을 받자 소송을 제기했다. A 사는 "부가가치세법 제4조 제1호는 부가가치세의 과세대상을 사업자가 행하는 재화 또는 용역의 공급으로 규정하고, 손해배상금이나 위약금은 재화 또는 용역의 공급대가가 아니어서 부가가치세의 과세표준에 포함될 수 없다"며 "해당 합의금은 C 사의 지적재산 침해라는 위법행위에 대한 손해배상금일 뿐, 용역의 공급에 대한 대가로 볼 수 없어 역삼세무서의 처분은 위법하다"고 주장했다. 재판부는 A 사의 주장을 받아들였다. 재판부는 "해당 합의금은 지적재산 침해에 따른 손해배상금의 성격을 가진다고 보는 것이 타당하고 단순히 지적재산에 대한 장래의 사용료에 해당한다고 보기 어렵다"며 "만일 합의서가 '지적재산 사용료'에 관한 것이었다면 그 전문에 당사자 사이의 분쟁 존재 사실과 분쟁에 따른 불확실성 등을 피하기 위한 취지가 기재될 이유가 없다"고 설명했다. 이어 "해당 합의금은 실제 합의 이전에 발생한 영업비밀 등 침해 행위로부터 C 사와 그 임직원을 면책하기 위해 지급된 돈"이라며 "'용역의 공급대가'라는 전제에서 이뤄진 역삼세무서의 처분은 위법하다"고 판시했다.

국제조세조정법 시행령에서 정한 간주정상이자율을 정상이자율로 선택해 적용한 과세관청의 처분은 자의적인 과세권 행사에 해당해 위법하다는 판결이 나왔다. 서울행정법원 행정2부(재판장 신명희 부장판사)는 지난달 15일 한국쓰리엠이 영등포세무서장을 상대로 제기한 법인세 등 부과처분 취소소송(2021구합55647)에서 원고일부승소 판결했다. 한국쓰리엠은 2005년 9월 룩셈부르크에 위치한 A사와 '회사간 융자 및 예치 협정'을 체결했다. 이 협정에 따라 한국쓰리엠은 2012년 10월부터 2018년 12월까지 약정이자율 연 1.232%~2.5%로 약 1~3개월 이후 상환받기로 약정하고 A사에 무보증 조건으로 예치했고, 만기를 갱신하면서 추가 예치가 예금 회수가 필요한 경우엔 원금을 증액 또는 감액하면서 해당 약정이자율 상당 이자를 수취하는 금전거래를 했다. 서울지방국세청은 한국쓰리엠에 대해 세무조사를 실시했는데, A사와의 거래를 통해 A사로부터 수취한 이자는 실질적으로 저리의 이율로 국외특수관계인인 A사에게 금전을 대여한 것으로 국세조정에 관한 법률 제5조 제1항 제1호 등에서 규정한 '비교가능 제3자 가격방법'에 따른 정상가격보다 낮다는 전제 하에, 한국쓰리엠과 A사 간의 약정이자율을 부인하고 조사청이 산정한 정상이자율에 따른 이자소득과 한국쓰리엠이 신고한 이자소득 간의 차액을 익금에 산입해야 한다고 관할 세무서장에게 과세자료를 통지했다. 독립기업의 원칙 따른 국제조세조정법 형해화 영등포세무서장은 특수관계가 없는 독립된 기업간 회사채발행 거래를 기초로 정상이자율 산정 및 소득금액 조정을 통해 2018년 한국쓰리엠에 대해 가산세와 법인세 합계 87억여 원을 부과했다. 이에 불복한 한국쓰리엠은 조세심판원에 심판청구를 제기했다. 심판원은 위법한 처분이라고 판단하면서 "해당 거래를 금전대차 거래로 보고 그에 따른 정상이자율(정상가액)을 재조사해, 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정하라"는 취지의 재조사결정을 내렸다. 이에 서울지방국세청은 해당 결정 취지에 따라 재조사를 했고, 가산세와 법인세 합계 19억여 원을 부과했다. 그러자 한국쓰리엠은 "과세당국은 임의로 이자율을 산정·조정한 뒤 이전가격 과세를 해 위법하다"고 주장하면서 소송을 냈다. 재판부는 "국제조세조정법에선 정상가격에 의해서만 과세조정이 허용된다고 규정하고 있고, 국외특수관계인이 아닌 자와 통상적인 거래에서 허용되거나 적용될 것으로 판단되는 재화 또는 용역의 특성·기능 및 경제환경 등 거래조건을 고려해 계산하도록 해 독립기업의 원칙에 따라 정상가격을 산정하도록 규정하고 있다"며 "그런데 과세관청이 독립기업의 원칙에 따른 정상가격을 산정하기 위한 노력 없이 일률적으로 간주정상이자율 규정을 적용해 과세할 수 있다면, 이는 독립기업의 원칙에 따른 정상가격 산출을 규정한 국제조세조정법을 형해화하는 해석"이라고 밝혔다. 서울행정법원 기업 일부승소 판결 이어 "한국쓰리엠과 A사의 거래는 국제조세조정법 시행령에서 정한 독립기업의 원칙에 따라 산정되는 통상적인 이자율로 인정할 수 있다"며 "그럼에도 국제조세조정법 시행령 개정일인 2017년 2월을 기준으로 이후 거래에 대해 과세관청이 국제조세조정법 시행령에서 정한 간주정상이자율을 해당 거래의 정상이자율로 선택해 적용할 수 있다고 보는 것은 그 자체로 자의적인 과세권 행사에 해당한다"고 판시했다. 정상가격이란 거주자·내국법인 또는 국내사업장이 국외특수관계인이 아닌 자와의 통상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격을 말하며, 정상이자율은 특수관계인이 아닌 자 간의 통상적인 자금거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 이자율을 말한다. 구 국제조세조정에 관한 법률 시행령은 거주자와 국외특수관계인의 국제거래서의 경우, 거래 금액 및 국제금융시장의 실세이자율을 고려해 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 정상이자율로 간주되는 이자율을 신설했다. 구 국세조세조정법 시행규칙에 따라 거주자가 국외특수관계인에게 자금을 대여하는 경우 등에서는 간주정상이자율을 따르도록 하고 있다.