삼양식품 등에 라면박스와 스프를 공급하는 자회사들이 허위 세금계산서를 작성했다는 이유로 법인세 부과 처분을 받았으나, 법원에선 일부 세금계산서에 대해 허위가 아니라고 판단했다. 서울고법 행정1-1부(심준보·김종호·이승한 부장판사)는 4일 삼양식품과 삼양내츄럴스, 삼양프루웰, 알이알이 성북세무서장, 원주세무서장을 상대로 제기한 부가가치세 부과처분 등 취소소송(2021누33601)에서 원고일부승소 판결했다. 삼양내츄럴스와 삼양프루웰, 알이알은 삼양식품 라면박스 등을 공급하는 삼양의 자회사다. 재판부는 알이알 등이 내부거래 세금계산서의 발급·수취 주체라고 볼 수 없다는 내츄럴스와 프루웰 측의 주장을 받아들였다. 재판부는 "구 부가가치세법상 재화 또는 용역의 공급이 있기는 했으나 세금계산서에 기재한 '공급하는 자' 또는 '공급받는 자'가 실제 거래의 당사자와 다른 경우 그 세금계산서상의 '공급하는 자'나 '공급받는 자'를 수범자로 규정한다고 볼 수 없다"며 "자회사들이 실제 자신이 공급하거나 공급받는 재화에 대해 각 자회사 명의를 이용해 세금계산서를 발급·수취했을 뿐, 이를 두고 재화나 용역의 공급 없이 세금계산서를 발급·수취했다고 볼 수 없어 구 부가가치세법상 가공 세금계산서에 해당하지 않는다"고 판단했다. 내츄럴스의 2011~2012사업연도와 프루웰의 2008~2012사업연도 각 법인세 등에 대한 부과제척기간 경과 주장에 대해 재판부는 "일반과소신고가산세, 부당과소신고가산세, 납부불성실가산세는 구 국세기본법(2014.12.23 개정 전) 제26조의2 제1항 제1호의2 나목 소정의 구법인세법 제76조 제9항 제4호에 따른 가산세에는 해당하지 않으므로, 이에 대해선 10년의 장기부과제척기간을 적용할 수 없어 이들 가산세 부과처분은 모두 5년의 제척기간이 지난 후에 한 것이므로 당연무효"라고 했다. 다만 "증액경정처분은 당초 처분과 증액하는 부분을 포함해 전체로서 하나의 과세표준과 세액을 다시 결정하는 것이어서, 당초 처분은 독립한 존재가치를 상실하고 오직 증액경정처분만 쟁송의 대상에 해당한다"며 "납세의무자로서는 증액한 부분만 아니라, 당초 처분에서 확정한 과세표준과 세액에 대해서도 위법 여부를 다툴 수 있는 것이지만, 제척기간 도과 전에 있었던 당초 처분은 유효한 것이므로 당초 처분에 의해 이미 확정했던 부분에 대해 다시 위법 여부를 다툴 수 없다"고 밝혔다. 앞서 서울지방국세청은 2018년 10월부터 2019년 2월까지 삼양식품과 내츄럴스, 프루웰, 알이알에 대한 법인제세통합조사를 실시했다. 그 결과 △삼양식품이 2011년~2017년 내츄럴스로부터 388억여 원 상당의 라면스프 원료를 공급받았음에도 페이퍼컴퍼니 명의로 발급된 세금계산서를 수수했고, 프루웰로부터는 115억여 원 상당의 포장박스를 공급받았음에도 알이알 명의로 발급된 세금계산서를 수수했으며 △내츄럴스와 프루웰이 그 전 거래 단계에서 다른 거래처로부터 라면스프와 포장박스를 공급받았음에도 알이알 등으로부터 받은 것처럼 세금계산서를 꾸며 수수한 것으로 조사됐다. 이러한 세금계산서를 확인한 서울지방국세청은 관련 과세자료를 관할세무서인 성북세무서와 원주세무서에 통보했다. 성북세무서는 삼양식품이 내츄럴스 등으로부터 수취한 세금계산서 관련 매입세액을 공제하지 않기로 하고 그에 따른 부가가치세 본세와 일반과소신고가산세, 납부불성실가산세 등 합계 47억여 원을 증액경정·고지했다. 원주세무서는 알이알 등의 매출로 신고된 부분에 관한 납세의무를 실제 사업자인 내츄럴스, 프루웰이 부담해야 한다는 전제로 해당 세금계산서와 관련된 매출세액을 내츄럴스와 프루웰의 매출세액에 가산하는 등으로 하고 그에 따른 부가가치세 본세와 일반과소신고가산세, 납부불성실가산세 등 내츄럴스에게는 26억여 원을, 프루웰에는 5억여 원을, 각 증액경정·고지했다. 알이알에 대해선 2억4000여만 원을 고지했다. 이에 불복한 삼양식품 등은 2019년 4월 심판청구를 제기했고, 그 결정이 있기 전인 같은해 5월 소송을 제기했다. 조세심판원은 2020년 6월 이들의 심판청구를 모두 기각했다. 1심은 내츄럴스와 프루웰의 부과제척기간 관련 주장은 받아들이지 않았지만, 세금계산서미발급가산세 관련 주장 등 일부를 받아들여 원고일부승소 판결했다.

조세당국이 세무조사를 통해 과세처분을 하고, 추후 다시 실시된 조사에서 별 다른 조치를 하지 않았음에도 같은 기간 같은 대상에 대해 재차 중복세무조사를 통해 종합소득세 등 부과처분을 했다면 위법한 처분으로서 취소해야 한다는 판결이 나왔다. 서울고법 행정1-2부(김종호·이승한·심준보 부장판사)는 7일 변호사인 A 씨가 반포세무서장과 서초세무서장을 상대로 낸 종합소득세 부과처분 등 취소소송(2021누37801)에서 원고일부승소 판결한 1심을 취소하고 원고승소 판결했다. A 씨는 공군 비행장 인근 주민들을 원고로 모집해 국가를 상대로 소음 피해로 인한 손해배상을 구하는 집단소송과 한국전력공사의 고압선 경유지 소유자들을 원고로 모집해 한국전력공사를 상대로 선하지(토지위에 고압선이 가설되어 있는 토지) 무단 점유에 따른 부당이득 반환 청구에 대한 집단소송을 수행했다. A 씨는 이들 소송 원고들에게 소송 결과에 따라 승소판결금을 자신의 계좌로 수령한 후, 변호사 보수 명목으로 지급받기로 한 금원을 제외한 나머지 금원을 승소한 원고들에게 지급하는 방식으로 성공보수금을 지급받기로 약정했다. 이에 따라 소음소송 57건과 선하지소송 41건에 대한 승소판결금을 지급받았다. A 씨는 이 승소판결금 중 11%의 비율로 계산한 금액에 해당하는 성공보수금(부가가치세 포함)을 지급받은 것을 전제로 2011년 귀속 종합소득세 및 2011년 제1기 및 제2기 귀속 부가가치세를 신고·납부했다. 그런데 서울남부지검은 2017년 11월 서울지방국세청에 A 씨가 소음소송과 관련해 부가가치세 및 소득세를 포탈했다며 조세범처벌법 위반사범에 대한 고발을 의뢰했다. 이에 서울지방국세청은 2018년 1월 A 씨에 대해 2개월 가량의 기간을 두고 2011 사업연도에 대한 개인통합조사에 착수했다. 서울고검은 2018년 2월 서울지방국세청에 A 씨가 집단소송 관련 부가가치세 및 소득세를 포탈한 혐의가 있다며 추가 고발을 의뢰했다. 그러자 서울지방국세청은 당초 세무조사를 조세범칙조사로 전환했고 조사 결과 △A 씨가 소음소송의 성공보수를 승소판결금의 16.5%로, 선하지소송의 성공보수를 임차료의 33%와 지연손해금으로 약정했음에도 허위로 작성된 약정서 및 입금증 등을 근거로 집단소송에 대한 현금 매출의 신고를 누락하고 △허위세금계산서 수취 등을 통해 가공경비를 계상하는 등 사기 기타 부정한 행위로 2011년 귀속 종합소득세 50억여 원 및 부가가치세 13억여 원을 포탈했다는 혐의로 서울고검에 A 씨를 고발하고 해당 과세자료를 반포세무서와 세초세무서에 통보했다. 두 세무서는 과세자료를 통보받고 집단소송 관련 A 씨의 2011년 귀속 매출신고 누락액을 합계 126억여 원으로 산정해 총 136억여 원의 종합소득세 및 부가가치세를 부과처분했고, 이에 불복한 A 씨는 소송을 제기했다. 앞서 서울지방국세청은 2012년 7월에 A 씨에 대한 개인제세 통합조사(1차 조사)를 실시한 바 있으며, 서초세무서는 선하지소송 성공보수금과 관련해 탈세 제보를 받고 2014년 9월 원고의 부가가치세에 대한 적정신고 여부를 확인하고자 현장확인 조사(2차 조사)를 비롯해 이미 3차례 조사를 실시했다. 그 결과 2012년 7월 조사에 대해서는 매출신고 일부를 누락했다며 2009년~2011년까지의 종합소득세 및 부가가치세에 대한 과세처분이 이뤄졌고, 2014년 9월 조사에 대해서는 A 씨가 수입금액 신고를 누락한 부분이 없다고 판단해 별다른 조치를 하지 않았다. 이후 세 번째 조사가 시작됐을 때 A 씨가 서울지방국세청에 “1·2차 조사와 동일한 세목 및 과세기간에대한 것이어서 중복조사금지원칙에 위반되므로 중단해달라”는 취지로 권리보호요청을 했고, 이것이 받아들여져 조사가 중단됐다. 이번 소송의 원인이 된 조사가 진행되자 A 씨는 재차 같은 취지로 중단해달라며 권리보호요청을 했으나 서울지방국세청 납세자보호위원회에서 기각 의결됐다. 재판부는 "국세기본법은 재조사가 예외적으로 허용되는 경우를 엄격히 제한하고 있고, 한정적으로 열거된 요건을 갖추지 못한 경우 같은 세목 및 같은 과세기간에 대한 재조사는 원칙적으로 금지되고 이러한 중복세무조사금지의 원칙을 위반한 때에는 과세처분의 효력을 부정하는 방법으로 통제할 수밖에 없는 중대한 절차적 하자가 존재한다"며 “A 씨에 대한 세무조사는 재조사가 예외적으로 허용되는 경우에 해당하지 않고, 중복조사가 허용되는 다른 예외사유에도 해당하지 않아 중복세무조사금지의 원칙을 위반해 위법하다"고 밝혔다. 이어 "2차 조사 결과, A 씨의 수입금액 신고 누락 금액이 없다는 판단을 내렸고, 납세자보호담당관이 작성한 검토서에는 '조사청은 1차 및 2차 세무조사를 통해 A 씨에 대한 강도 높은 세무조사를 실시했음이 명백하다'라고 기재된 부분이 있다"며 "서울지방국세청은 늦어도 제3차 조사에 착수하기 이전엔 이미 상당한 양의 검찰 수사기록을 확보해 검토했음은 물론이고, 검찰 수사기록에 A 씨 직원들의 참고인 진술조서 등 A 씨가 약정서를 위조해 제출한 사실을 뒷받침하는 자료들이 포함돼 있다고 해서 이를 조세탈루 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 '새로 밝혀진 경우'에 해당한다고 볼 수 없다"고 설명했다. 그러면서 "A 씨에 대해 재조사가 허용되는 예외사유에 해당한다고 볼 경우, 과세관청으로 하여금 최초 세무조사를 부실하게 시행했더라도 이를 통해 확보한 자료에 기재된 내용과 동일한 사실에 관한 일부 자료만이라도 추후 보완된다면 재조사를 몇 번이고 얼마든지 시행할 수 있다는 결론에 이르게 된다"며 "이는 과세관청의 부실한 세무조사를 조장할 우려가 있고 재조사를 금지하는 입법 취지에도 반해 허용할 수 없다"고 판시했다.

조세범칙조사를 담당하는 세무공무원이 작성한 조서의 증거능력 판단기준은 형사소송법 제312조가 아니라 제313조라는 점을 명시적으로 처음 제시한 대법원 판결이 나왔다. 즉 검사나 경찰이 작성한 피의자신문조서는 당사자가 내용을 부인하면 증거능력이 제한되지만, 세무공무원은 수사기관이 아니어서 당사자가 재판에서 부인하더라도 경우에 따라 증거능력이 인정될 수 있다는 취지다. 대법원 형사2부(주심 천대엽 대법관)는 지난달 15일 특정범죄 가중처벌 등에 관한 법률상 허위 세금계산서 교부 등의 혐의로 기소된 A 씨 등에게 각 징역 2년과 벌금 14억5000만 원을 선고한 원심을 확정했다(2022도8824). A 씨 등은 수도권 식당에 재화나 용역을 공급한 적이 없는데도 수산물을 공급한 것처럼 꾸며 허위계산서를 수백 회 발급한 혐의로 기소됐다. 1심은 A 씨 등에 대한 혐의를 유죄로 판단해 각 징역 2년과 벌금 14억5000만원을 선고했다. A 씨 등은 유죄의 증거로 제출된 세무공무원 작성의 피범칙혐의자심문조서는 수사기관 작성의 피고인 진술 기재 서류로서 피고인이 내용을 부인하는 경우 증거능력이 없다고 주장했지만, 2심은 이를 받아들이지 않고 형소법 제313조를 적용해 증거능력을 인정하고 항소를 기각했다. 대법원도 "A 씨 등의 범칙혐의자심문조서가 형사소송법 제313조에 따라 증거능력이 인정됨을 전제로 공소사실을 유죄로 판단한 1심 판결을 그대로 유지한 원심에 법리를 오해한 잘못이 없다"며 원심을 확정했다. 재판부는 "현행 법령상 조세범칙조사는 행정절차에 해당한다"며 "업무 내용이 수사절차와 비슷한 점이 있고 향후 형사절차로 이행되는 측면이 있다 하더라도 특별한 사정이 없는 한 이를 형사절차의 일환으로 볼 수는 없다"고 밝혔다. 이어 "세무공무원이 혐의자에 대한 심문 내용을 기재한 조서는 검사나 사법경찰관 등 수사기관이 작성한 조서와 동일하게 볼 수 없으므로 형소법 제312조에 따라 증거능력의 존부를 판단할 수는 없다"며 "피고인 또는 피고인이 아닌 자가 작성한 진술서나 그 진술을 기재한 서류에 해당하므로 형사소송법 제313조에 따라 공판준비 또는 공판기일에서 작성자·진술자의 진술에 따라 성립의 진정함이 증명되고 나아가 그 진술이 특히 신빙할 수 있는 상태 아래에서 행하여 진 때에 한해 증거능력이 인정된다"고 설명했다. 아울러 "'특히 신빙할 수 있는 상태(특신상태)'란 조서 작성 당시 그 진술내용이나 조서, 서류 작성에 허위 개입 여지가 거의 없고 진술내용 신빙성과 임의성을 담보할 구체적이고 외부적인 정황이 있는 경우를 의미한다"며 "특신상태 여부를 판단할 때 조세범칙조사 관련 법령에서 명시한 각종 절차 규정의 본질적인 내용의 침해·여부 등을 고려해야 한다"고 덧붙였다. 대법원 관계자는 "△행정조사 등 업무의 성질상 수사업무와 유사한 경우에도 명문의 규정 없이 함부로 '수사기관'으로 볼 수 없다는 점을 판시하고 △조세범칙조사의 법적성질이 '형사절차'가 아니라 '행정절차'임을 명시했으며 △조세범칙조사 과정에 작성된 조서의 증거능력에 관한 판단기준이 형사소송법 제312조가 아니라 형사소송법 제313조임을 명시한 판결"이라며 "다만 해당 조항의 특신상황'을 판단할 때 조세범칙조사 관련 법령에서 명시한 각종 절차 규정의 본질적인 내용의 침해·여부 등을 고려해야 함을 명시함으로써 행정절차에도 헌법상 적법절차의 원칙이 적용됨을 전제로 한 엄격한 증거능력 판단기준을 정립했다"고 설명했다. 형사소송법 제312조는 검사나 검사 이외의 수사기관이 작성한 피의자신문조서는 적법한 절차와 방식에 따라 작성된 것으로서 공판준비, 공판기일에 그 피의자였던 피고인 또는 변호인이 그 내용을 인정할 때에 한정해 증거로 할 수 있도록 규정하고 있다. 같은법 제313조는 법원이나 법관의 조서, 검사나 검사 이외의 수사기관이 작성한 피의자신문조서 등을 제외하고 피고인 또는 피고인이 아닌 자가 작성한 진술서나 그 진술을 기재한 서류로서 그 작성자 또는 진술자의 자필이거나 그 서명 또는 날인이 있는 것은 공판준비나 공판기일에서의 그 작성자 또는 진술자의 진술에 의하여 그 성립의 진정함이 증명된 때에는 증거로 할 수 있도록 하고 있다. 다만, 피고인의 진술을 기재한 서류는 공판준비 또는 공판기일에서의 그 작성자의 진술에 의하여 그 성립의 진정함이 증명되고 그 진술이 특히 신빙할 수 있는 상태하에서 행하여 진 때에 한해 피고인의 공판준비 또는 공판기일에서의 진술에 불구하고 증거로 할 수 있도록 규정하고 있다.

삼성SDS가 2010년 삼성네트웍스와 합병 이후 얻게 된 이익과 관련한 1000억여 원의 법인세 소송 항소심에서 승소했다. 서울고법 행정1-1부(재판장 심준보, 김종호, 이승한 부장판사)는 20일 삼성SDS(소송대리인 법무법인 율촌 김동수, 신기선, 전영준, 조윤희, 홍문기, 한원교 변호사)가 잠실세무서장을 상대로 낸 법인세 부과처분 취소소송(2020누39275)에서 원고패소 판결한 1심을 취소하고 원고승소 판결했다. 삼성SDS는 2010년 삼성네트웍스와 합병하면서 삼성네트웍스 주주들에게 합병신주 및 합병교부금 명목으로 총 9045억여 원을 지급했다. 삼성SDS는 이 9045억여 원과 삼성네트웍스의 순자산가액 3214억여 원과의 차액 5831억여 원 중 1656억여 원을 무형자산으로, 나머지 4174억여 원은 영업권으로 계상했다. 이후 삼성SDS는 2010 사업연도 법인세 신고 시 무형자산으로 평가해 계상한 금액 중 1611억여 원을 합병평가차익으로 보아 이를 이익에 산입했으나, 영업권에 대해선 손금 산입을 유보하고 같은 금액을 손금불산입하는 것으로 세무조정을 했다. 서울지방국세청은 2013년 11월 삼성SDS에 대한 실지조사를 실시한 결과, 삼성SDS가 영업권으로 계상한 4174억여 원이 합병평가차익에 해당하는 것으로 판단해 2010 사업연도 귀속 법인세 1490억여 원을 결정·고지했다. 이에 불복한 삼성SDS는 2016년 3월 감사원에 심사청구를 했으나 2018년 12월 기각되자 소송을 제기했다. 재판부는 "삼성SDS와 삼성네트웍스의 합병이 적격합병에 해당한다는 점에 관해 당사자 사이에 다툼이 없다"며 "두 회사의 합병은 상호 역량 보완을 통한 대외경쟁력 강화 및 경영 효율성 제고 등 '동반상승 효과'를 극대화함으로써 기업가치를 높이기 위한 것으로서, 단지 합병 시 현금 흐름을 더욱 안정화해 회사의 재무 구조를 건실화하고 유동성을 증대시키는 것뿐만 아니라, 합병법인의 영업에 미치는 영향까지 고려해 이뤄진 것으로 볼 수 있다"고 밝혔다. 이어 "두 회사 모두 합병 당시 동일한 기업집단인 삼성그룹에 속해 있는 계열회사로서 대표이사도 같았고, 삼성SDS가 합병으로 인해 계열회사인 삼성네트웍스의 상호, 거래관계, 영업상의 비밀 등을 이용할 필요성이 있었다고 단정하기도 어렵다"며 "수익가치 산정 시 삼성네트웍스의 2009년, 2010년 매출액 등을 추정할 때에도 과거 실적추이 및 최근까지의 실적, 추정손익계산서 등을 기초로 했을 뿐 삼성네트웍스의 상호나 거래관계, 영업상 비밀 등을 초과수익력 있는 무형자산의 요소로서 추정에 반영한 것으로 볼 수는 없다"고 설명했다. 그러면서 "삼성SDS는 합병 당시 한국채택국제회계기준을 따랐는데, 영업권의 경우 내용연수가 비한정인 무형자산으로 상각하는 대신 매 결산기에 손상검사를 해야 한다"며 "삼성SDS도 이에 따라 영업권에 관해 상각하지 않는 대신 매 사업연도마다 손상검사를 수행했고, 손상차손을 인식하지 않았다는 사정만으로 삼성SDS가 합병 당시 영업권에 대해 사업상 가치를 평가해 그 대가를 지급했다고 단정하기는 어렵다"고 판시했다.

세무당국이 위법한 세무재조사를 했다면 재조사 자료를 과세근거로 썼는지 여부를 불문하고 과세를 취소해야 한다는 대법원 판결이 나왔다. 대법원 특별1부(주심 박정화 대법관)는 오모씨(소송대리인 법무법인 한결)가 서울동대문세무서장을 상대로 낸 양도소득세 부과처분 취소소송(2016두55421)에서 원고패소 판결한 원심을 파기하고 최근 사건을 서울고법으로 돌려보냈다. 재판부는 "세무조사는 기본적으로 적정하고 공평한 과세의 실현을 위해 필요 최소한의 범위 안에서만 해야 한다"면서 "더욱이 같은 세목 및 같은 과세기간에 대한 재조사는 납세자의 영업의 자유나 법적 안정성을 심각하게 침해할 뿐만 아니라 세무조사권의 남용으로 이어질 우려가 있으므로 조세공평의 원칙에 현저히 반하는 예외적인 경우를 제외하고는 금지할 필요가 있다"고 밝혔다. 이어 "이러한 중복세무조사금지의 원칙을 위반한 때에는 과세처분의 효력을 부정하는 방법으로 통제할 수밖에 없는 중대한 절차적 하자가 존재한다고 봐야한다"고 설명했다. 그러면서 "이처럼 위법한 재조사에 기한 과세처분은 그 자체로 위법하고, 이는 과세관청이 재조사로 얻은 과세자료를 과세처분의 근거로 삼지 않았다거나 이를 배제하고서도 동일한 과세처분이 가능한 경우라고 해서 달라지는 것은 아니다"라고 판시했다. 오씨는 2004년 10월 경북 포항시에 있는 땅과 건물을 경매로 산 후 2012년 2월 A사에 양도했다. 오씨는 2012년 4월 양도소득세를 신고하면서 건물 리모델링 공사비 2억8500만원과 전기승압공사비 2650만원을 필요경비로 산정해 신고했다. 2012년 10월 오씨에 대해 세무조사를 벌인 서울강동세무서는 리모델링 공사비만 필요경비로 인정하고 조사를 종결했다. 그런데 이후 국세청 업무감사 과정에서 오씨의 리모델링 공사비와 관련해 세금계산서가 발급되지 않았다는 이유로 양도소득세를 재경정하도록 시정지시를 받았다. 이에 세무서 측은 2014년 7월 A사를 방문해 대표로부터 리모델링이 이뤄지지 않았다는 진술서와 함께 관련 장부를 받은 후 오씨에게 가산세 포함 1억6800만원의 양도소득세를 부과했다. 오씨는 이에 불복해 소송을 냈다. 1심은 "위법한 중복조사에 기한 과세처분이므로 취소해야 한다"며 오씨의 손을 들어줬다. 그러나 2심은 "중복세무조사는 위법하지만 과세는 이전에 제출된 자료로도 가능했으므로 위법한 조사로 인해 과세처분을 한 것이 아니다"라며 세무서의 손을 들어줬다.

주식 압류 당시 부과하지 않은 세금을 조세당국이 공매대금에서 무조건 먼저 배분받을 수는 없다는 대법원 판결이 나왔다. 공매대금이 완납돼 압류재산인 주식이 매수인에게 이전되기 전까지 성립·확정된 조세만 배분받을 수 있다는 취지다. 대법원 특별2부(주심 조희대 대법관)는 서울 서초구가 "김우중 전 대우그룹 회장이 체납한 지방세 21억원을 김 전 회장의 차명주식 공매대금에서 먼저 배분해달라"며 한국자산관리공사를 상대로 낸 공매대금 배분처분 취소소송(2014두4085)에서 원고승소 판결한 원심을 깨고 최근 사건을 서울고법으로 돌려보냈다. 재판부는 "구 국세징수법에서 비록 세무서장 등이 언제까지 성립·확정된 조세채권에 관해 배분요구를 해야만 배분대상이 될 수 있는지 명시적인 규정을 두고 있지 않지만, 세무서장 등은 늦어도 매각대금이 완납돼 압류재산이 매수인에게 이전되기 전까지 성립·확정된 조세채권에 관해서만 교부를 청구할 수 있고 그 이후에 성립·확정된 조세채권은 설령 배분계산서 작성 전까지 교부청구를 했더라도 압류재산 매각대금 등의 배분대상에 포함될 수 없다"고 밝혔다. 이어 "매각대금이 완납된 후에 성립·확정된 조세채권도 배분계산서가 작성되기 전까지 교부청구가 있기만 하면 모두 매각대금의 배분대상에 포함될 수 있다고 본다면, 세무서장의 임의에 맡겨져 있는 배분계산서의 작성시점에 따라 배분대상 여부가 좌우되는 불합리한 결과가 발생할 수 있다"고 설명했다. 2008년 6월 검찰은 대우그룹 분식회계를 주도한 혐의로 징역 8년6개월과 추징금 17조9200억원을 선고받은 김 전 회장의 은닉재산을 추적해 베스트리드리미티드(옛 대우개발) 차명주식 776만여주를 찾아내 압류했다. 한국자산관리공사는 검찰의 의뢰를 받아 김 전 회장의 차명주식에 대한 공매를 진행했다. 2012년 서초구는 김 전 회장에게 공매에 따른 양도를 이유로 지방세 21억원을 부과했지만 공사는 매각대금 923억원을 추징금을 내는데 썼다. 그러자 서초구는 지방세 21억여원을 공매대금에서 떼어달라며 소송을 냈다. 1심은 "매각한 뒤 발생한 세금을 매각대금으로 내라고 요구할 수는 없다"며 원고패소 판결했지만, 2심은 "국세는 국세기본법에 따라 다른 채권보다 우선 배당받을 수 있다"며 "서초구의 요구를 거부한 공사의 처분은 위법하다"면서 이를 뒤집었다.

다른 사람의 이름을 빌려 사업을 하고 그 사람 이름으로 세금계산서를 발행했다면 세제 혜택을 받을 수 없다는 대법원 첫 판결이 나왔다. 실제 사업자와 명의상 사업자가 다른 경우 명의상 사업자 이름으로 발행된 세금계산서는 '사실과 다른 세금계산서'에 해당되기 때문에 매입세액(사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액)으로 공제할 수 없다는 것이다. 대법원 특별2부(주심 김창석 대법관)는 A씨가 금천세무서 등 세무서 3곳을 상대로 낸 부가가치세 취소소송(2016두43077)에서 원고패소 판결한 원심을 최근 확정했다. A씨는 2009~2012년 친척들의 명의를 빌려 사업자등록을 한 후 인테리어 업체를 운영하면서 자신이 대표이사로 있는 B사가 필요한 인테리어 제품도 그곳에서 공급했다. B사는 이 과정에서 세금계산서를 받았는데 세금계산서의 '상호'란에는 인테리어 업체들의 상호가, '성명'란에는 A씨의 친척들 이름이 적혀 있었다. 금천세무서 등은 이들 인테리어 업체들의 실질운영자는 A씨이기 때문에 '공급자의 기재가 사실과 다른 세금계산서'가 발급됐다며 D사에 매입세액 공제를 해주지 않은 채 부가가치세와 법인세를 부과했다. 이에 A씨는 "세금계산서의 성명란에 등록된 사업자 명의를 썼기 때문에 사실과 다른 계산서가 아니다"라며 소송을 냈다. 구 부가가치세법은 제16조 1항 1호에서 세금계산서의 필요적 기재사항 중 하나로 '공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭'을 규정하면서 제17조 2항 2호에서 발급받은 세금계산서에 법령의 규정에 따른 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 않도록 했다. 다만 시행령 제60조 2항 2호는 '세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 적혔으나 해당 세금계산서의 그 밖의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우' 등을 공제 허용 사유로 규정했다. 대법원은 "세금계산서 '성명'란에 실제 대표자인 A씨 대신 명의대여자들의 성명을 기재한 것은 '사실과 다른 세금계산서'에 해당한다"며 "이는 예외적으로 매입세액 공제를 허용하는 구 부가가치세법 시행령 제60조 2항 2호가 정한 경우에 해당한다고 볼 수도 없다"고 밝혔다. 이어 "세금계산서의 내용이 사실대로 기재되지 않으면 부가가치세법상 납부세액을 산정하는 계산서로서의 기능 등을 다하지 못하게 돼 부가가치세 제도의 기초가 크게 흔들리게 된다"며 "세금계산서의 정확성과 진실성이 담보되지 않고서는 법인세, 소득세, 지방세 등의 정확한 과세산정이 곤란하고 실질적 담세자인 최종소비자에 대한 조세의 전가가 원활하고 적정하게 이뤄지는 것을 기대하기 힘들어 결국 부가가치세 제도는 물론이고 세제 전반의 부실한 운영을 초래할 우려가 크다"고 설명했다.

세무서장이 조세범을 고발한 뒤 같은 혐의를 이유로 벌금액에 상당하는 범칙금을 납부하라며 통고처분을 내렸다면 통고처분은 무효라는 판결이 나왔다. 따라서 일사부재리 원칙이 적용되지 않으므로 조세범이 통고처분에 따른 범칙금을 납부했더라도 기존 고발 조치에 따라 형사처벌 할 수 있다는 취지다. 대법원 형사1부(주심 김용덕 대법관)는 석유 및 석유대체연료 사업법과 조세범 처벌법 위반 혐의로 기소된 A씨에 대해 조세범 처벌법 위반 혐의는 면소 판결하고 석유사업법 위반 혐의만 유죄로 인정해 징역 8개월에 집행유예 2년을 선고한 원심을 파기하고 최근 사건을 춘천지법으로 돌려보냈다(2014도10748). 물류회사를 운영하는 A씨는 경유와 등유를 혼합해 가짜석유 53만ℓ를 제조하고, 거래업체로부터 실제 공급한 유류대금보다 3억4500만원가량을 부풀린 허위세금계산서 38장을 발급받았다. 이에 삼척세무서장은 2014년 4월 7일 A씨를 검찰에 고발했다. 그런데 삼척세무서장은 사흘 뒤 A씨에게 벌금액에 상당하는 1568만원을 납부하라는 통고처분을 내렸고 A씨는 곧바로 이를 모두 납부했지만 기소됐다. 1,2심은 "(세무서장의) 고발 후에 이뤄진 통고처분은 위법하지만 무효라고 보기는 어려워 A씨가 통고처분에 따른 범칙금을 납부한 이상 조세범 처벌절차법 제15조 3항이 적용돼 다시 처벌할 수 없다"면서 가짜 석유를 만든 혐의만 유죄로 판단해 징역형을 선고했다. 조세범 처벌절차법 제13조는 조세범칙사건에 대한 처분의 종류를 △통고처분 △고발 △무혐의 등 3종류로 정하고 있다. 같은 법 제15조는 지방국세청장 또는 세무서장이 조세범칙행위의 확증을 얻었을 때에는 그 대상자에게 이유를 밝히고 벌금에 해당하는 금액(벌금 상당액) 등을 납부할 것을 통고할 수 있도록 하면서, 이와 같은 통고처분을 받은 사람이 통고 내용을 그대로 이행했을 때에는 동일 사건에 대해 다시 조세범칙조사를 받거나 처벌받지 않는다고 규정해 '일사부재리 원칙'을 명시하고 있다. 하지만 대법원의 판단은 달랐다. 대법원은 "세무서장이 통고처분을 거치지 않고 즉시 고발했다면 이로써 조세범칙사건에 대한 조사 및 처분 절차는 종료되고 형사사건 절차로 이행돼 세무서장으로서는 동일한 조세범칙행위에 대해 더 이상 통고처분을 할 권한이 없다"고 밝혔다. 이어 "세무서장이 조세범칙행위에 대해 고발한 후에 동일한 조세범칙행위에 대해 통고처분을 했다고 하더라도 이는 법적 권한 소멸 후에 이뤄진 것으로서 그 효력이 없고 조세범칙 행위자가 이러한 통고처분을 이행했더라도 일사부재리의 원칙이 적용될 수 없다"고 설명했다.

수정수입세금계산서의 발급 요건을 제한하고 있는 부가가치세법은 헌법에 위반되지 않는다는 헌법재판소의 결정이 나왔다. 관세청은 수입업자가 당초 신고·납부한 관세 및 부가세의 부족분이 발생할 경우 이를 추징·고지하면서 관할지 세관장을 통해 수정수입세금계산서를 발급해 왔으나, 지난 2013년 7월 부가가치세법 및 시행령이 개정되면서 발급 제한 사유가 신설됐다. 수정수입세금계산서가 발급되지 않으면 매입세액을 공제받지 못하고 납부한 부가세도 환급받지 못한다. 헌재는 A씨 등 2명이 부가가치세법 제35조 2항 2호 등이 헌법에 위반된다며 낸 헌법소원사건(2014헌바372 등)에서 최근 재판관 전원일치 의견으로 합헌 결정을 내렸다. 해당 조항은 세관의 과세표준 또는 세액결정 고지서를 받거나, 관세 조사 또는 관세 범칙사건에 대한 조사를 통지하는 행위, 세관공무원이 과세자료의 수집 또는 민원 등을 처리하기 위해 현지출장이나 확인 업무에 착수하는 행위 등이 있을 경우 수정수입세금계산서를 발급하지 않도록 규정하고 있다. A씨 등은 의류를 수입하면서 수입가격을 저가로 신고했다는 이유로 조사를 받고 인천세관장에게 부가가치세 수정신고를 한 다음 추가로 부가가치세 등을 납부했다. A씨는 추가로 납부한 부가가치세에 대해 인천세관장에게 수정수입세금계산서 발급을 신청했지만 인천세관장은 발급을 거부했다. 이에 A씨는 인천세관장을 상대로 수정수입세금계산서 발급 거부처분 취소소송을 제기했고, 재판 도중 법원에 관련 조항에 대한 위헌법률심판제정을 신청했다가 기각되자 2014년 8월 헌법소원을 냈다. 헌재는 "해당 조항은 납세의무자의 성실한 과세표준 신고를 유도하기 위한 것으로서 그 입법목적의 정당성이 인정된다"며 "수입자에게 수정수입세금계산서를 발급하지 않음으로써 매입세액 불공제라는 세제상의 불이익을 주는 것은 이러한 입법목적 달성을 위한 실효성 있는 제도적 장치라고 할 것이므로 수단의 적절성도 인정된다"고 밝혔다. 이어 "부가가치세법은 수입자의 단순 착오로 확인되거나 수입자가 자신의 귀책사유 없음을 증명하는 경우 등에는 여전히 수정수입세금계산서 발급이 가능하도록 규정하고 있어 수입자의 재산권 침해를 최소화하기 위한 합리적인 장치도 두고 있다"면서 "수정수입세금계산서를 일정한 요건 하에 발급하도록 함으로써 성실한 납세의무자와의 과세형평을 제고하고 성실한 납세신고를 유도하는 등 건전한 과세문화를 정착시키고자 하는 것이므로 해당 조항으로 달성하고자 하는 공익이 중대하다"고 설명했다.

웨딩컨설팅업체가 미용업체와 용역계약을 체결해 직접 수수료를 지불하고 고객에게 헤어·메이크업 서비스를 제공했다면 웨딩컨설팅업체는 미용업체로부터 세금계산서를 발급받을 수 있다는 판결이 나왔다. 세금계산서를 받으면 웨딩컨설팅 업체는 세금계산서상 매입세액을 공제할 수 있어 세무서에 낼 부가가치세가 줄어든다. 서울행정법원 행정6부(재판장 김정숙 부장판사)는 웨딩컨설팅업체 A사가 강남세무서장을 상대로 낸 부가가치세 부과처분 취소소송(2015구합73439)에서 "부가세 7800여만원 부과처분을 취소하라"며 최근 원고승소 판결했다. A사는 고객들에게 헤어·메이크업 서비스를 제공하기 위해 미용업체 32곳과 업무협약을 체결했다. 미용업체들이 고객들에게 헤어·메이크업을 해주면 A사가 미용업체에 돈을 주고 세금계산서를 발급받았다. 그런데 강남세무서가 "부가가치세법상 미용업을 하는 사업자는 용역제공을 하는 업체에 세금계산서가 아닌 영수증을 발급해야 한다"며 "A사는 세금계산서를 발급할 수 없는 자로부터 세금계산서를 부당하게 발급받아 세금계산서상 부가가치세액을 매입세액으로 공제받았다"며 2012년과 2013년 1,2분기 부가가치세 7800여만원을 부과했다. 이에 반발한 A사는 소송을 냈다. 부가가치세법과 시행령은 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 경우 공급받는 자에게 세금계산서를 발급해야 하지만, 미용업을 하는 사업자가 미용역무를 공급하는 때에는 영수증을 발급해야 한다고 규정하고 있다. 다만 미용업을 하는 사업자가 미용역무 외의 역무를 공급하는 때에는 공급받는 사업자가 사업자등록증을 제시하고 세금계산서의 발급을 요구할 때에는 세금계산서를 발급할 수 있다. 재판부는 "A사가 미용업체를 스스로 선정해 자신의 이름으로 미용업체와 용역계약을 체결하고, A사 명의와 계산으로 고객들에게 미용용역을 제공했다"며 "미용업체는 A사로부터 대가를 지급받고 세금계산서를 발급해줬을 뿐 고객으로부터 직접 대가를 지급받거나 영수증을 발급해준 바가 없으므로 A사에게 미용용역을 제공한 것이라기보다는 자기 관리 하에 있는 근로자를 A사 필요에 따라 일정 기간 공급하는 일종의 인력공급용역을 제공했다고 봐야 한다"고 밝혔다. 이어 "이 사건에서 미용업체는 미용역무가 아닌 인력공급 용역을 제공한 것이기 때문에 A사에 세금계산서를 발급할 수 있다"며 "A사가 자기의 사업을 위해 사용할 목적으로 공급받는 용역에 대해 세금계산서상 부가가치세액을 매입세액으로 공제할 수 있음에도 이를 공제해 주지 않은 세무서의 처분은 위법하다"고 판시했다.