건물 침수로 인한 피해를 복구하는 공사를 하면서 장래 보험사로부터 지급받는 보험금으로 공사금액을 정하기로 계약했다면 이는 '세금계산서를 미리 발급할 수 없는 경우'에 해당하므로 전년도에 이미 완료된 공사의 세금계산서를 이듬해에 발급했더라도 부가가치세 환급 대상에 해당한다는 판결이 나왔다. 서울행정법원 행정5부(재판장 김경란 부장판사)는 최근 서울 서초동 부띠크모나코 관리단협의회가 서초세무서장을 상대로 낸 부가가치세 부과처분 취소소송(2013구합23539)에서 "2012년 1기분 부가가치세 2억6000여만원 환급거부처분 및 부가가치세 4600만원의 부과처분을 취소한다"며 원고승소 판결했다. 부띠크모나코 관리단은 2011년 강남역 부근에 집중호우가 내려 건물이 침수돼 피해가 발생하자 복구공사를 위해 공사업체와 계약 조건을 협의하면서 '공사가액의 지급은 보험사로부터 보상받는 금액으로 지급하기로 한다'는 조항을 넣었다. 이후 공사업체들은 같은해 말 공사를 모두 끝냈고 관리단은 같은해 10월 말 공사 대금 중 일부인 20억여원을 지급했다. 이어 2012년 초에 3차례에 걸쳐 3억6000여만원을 지급한뒤 세무서에 부가가치세 환급신청을 했다. 하지만 서초세무서는 "공사가 2011년 하반기에 모두 완료됐는데도 불구하고 2012년에 세금계산서가 발급돼 사실과 다르다"며 이를 매입세액불공제 처분 등을 하고 부가가치세 환급을 거부했다. 부가가치세법은 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 경우, 공급 시기에 세금계산서를 공급받은 자에게 공급가액과 부가가치세액 등이 적힌 세금계산서를 발급하도록 규정하면서 이 중 일부라도 적지 않거나 사실과 다르게 적은 경우에는 매입세액을 공제하지 않도록 하고 있다. 관리단은 조세심판원에 심판을 청구했지만 기각되자 법원에 소송을 냈다. 재판부는 판결문에서 "공사계약 자체는 2011년 8월 성립했다 하더라도 부가돼 있는 특기조건은 공사가액과 부가가치세액 등 공사대금을 추후에 관리단에게 지급되는 금원으로 정하기로 하는 특약으로 보는 것이 타당하다"며 "이는 부가가치세법 시행령 상의 '역무의 제공이 완료되는 때'를 기준으로 세금계산서를 발급할 수 없는 경우에 해당한다"고 밝혔다. 재판부는 이어 "'신속한 시설 복구공사 진행을 위해서는 관련 자재 및 시공업체와의 가계약 체결이 필요하지만 계약 금액이 보험금 수령액을 초과할 수도 있으므로 보험처리 범위와 금액에 대해 보험사에 지속 확인 작업 중'이라는 관리단 회의 안건 등을 봤을 때 원고 입장에서는 이 사건 계약서에 정액으로 기재돼 있는 계약금액은 계약서의 서식을 맞추기 위해 일응의 금액을 기입한 것에 불과하다"며 "해당 세금계산서와 관련된 부분의 공급시기는 역무의 제공이 완료됐을 뿐만 아니라 공급가액이 확정된 때인 2012년 1기로 봐야 한다"고 설명했다.