비영리법인의 양도소득에 대해 법인세를 감면해주는 법인세법상 특례규정을 적용할 때 법인의 영리성 판단 기준 시점은 사업연도가 아니라 행위 시라는 대법원 판결이 나왔다. 법인세법 제62조의2 제1항은 비영리법인에 대해 법인세 산정을 위한 사업연도 소득금액을 계산할 때 자산 양도 소득액을 포함하지 않도록 하는 특례규정을 두고 있다. 대법원 행정3부(주심 신영철 대법관)는 지난달 26일 A법인이 강서세무서를 상대로 제기한 법인세부과처분취소소송 상고심(☞2010두3763)에서 원고승소 판결을 내린 원심을 확정했다. 재판부는 판결문에서 "법인세법 비영리법인 특례규정이 적용되지 않는 '수익사업을 영위하는 비영리내국법인'은 문언 체계상 '양도소득이 발생할 당시 수익사업을 영위하는 비영리내국법인'이라고 풀이하는 것이 자연스럽고, 과세특례조항이 적용되면 법인세법 제62조의2 제7항에 따라 자산양도일이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 양도소득과세표준 예정신고 및 자진납부를 해야 하므로, 자산양도시점을 기준으로 과세특례조항의 적용여부를 선택할 수 있어야 한다"고 밝혔다. 이어 "비영리법인의 자산양도소득에 대한 법인세 부담이 양도소득세보다 과중하지 않도록 하려는 과세특례조항의 입법 취지를 고려하면 A법인이 수익사업을 영위하지 않던 기간에 토지양도로 인한 양도소득이 발생했으므로, 그 후 같은 사업연도 내에 수익사업을 영위했다고 하더라도 토지양도로 인한 양도소득에 대해 과세특례조항을 적용할 수 있다고 봐야 한다"고 설명했다.