수정수입세금계산서의 발급 요건을 제한하고 있는 부가가치세법은 헌법에 위반되지 않는다는 헌법재판소의 결정이 나왔다. 관세청은 수입업자가 당초 신고·납부한 관세 및 부가세의 부족분이 발생할 경우 이를 추징·고지하면서 관할지 세관장을 통해 수정수입세금계산서를 발급해 왔으나, 지난 2013년 7월 부가가치세법 및 시행령이 개정되면서 발급 제한 사유가 신설됐다. 수정수입세금계산서가 발급되지 않으면 매입세액을 공제받지 못하고 납부한 부가세도 환급받지 못한다. 헌재는 A씨 등 2명이 부가가치세법 제35조 2항 2호 등이 헌법에 위반된다며 낸 헌법소원사건(2014헌바372 등)에서 최근 재판관 전원일치 의견으로 합헌 결정을 내렸다. 해당 조항은 세관의 과세표준 또는 세액결정 고지서를 받거나, 관세 조사 또는 관세 범칙사건에 대한 조사를 통지하는 행위, 세관공무원이 과세자료의 수집 또는 민원 등을 처리하기 위해 현지출장이나 확인 업무에 착수하는 행위 등이 있을 경우 수정수입세금계산서를 발급하지 않도록 규정하고 있다. A씨 등은 의류를 수입하면서 수입가격을 저가로 신고했다는 이유로 조사를 받고 인천세관장에게 부가가치세 수정신고를 한 다음 추가로 부가가치세 등을 납부했다. A씨는 추가로 납부한 부가가치세에 대해 인천세관장에게 수정수입세금계산서 발급을 신청했지만 인천세관장은 발급을 거부했다. 이에 A씨는 인천세관장을 상대로 수정수입세금계산서 발급 거부처분 취소소송을 제기했고, 재판 도중 법원에 관련 조항에 대한 위헌법률심판제정을 신청했다가 기각되자 2014년 8월 헌법소원을 냈다. 헌재는 "해당 조항은 납세의무자의 성실한 과세표준 신고를 유도하기 위한 것으로서 그 입법목적의 정당성이 인정된다"며 "수입자에게 수정수입세금계산서를 발급하지 않음으로써 매입세액 불공제라는 세제상의 불이익을 주는 것은 이러한 입법목적 달성을 위한 실효성 있는 제도적 장치라고 할 것이므로 수단의 적절성도 인정된다"고 밝혔다. 이어 "부가가치세법은 수입자의 단순 착오로 확인되거나 수입자가 자신의 귀책사유 없음을 증명하는 경우 등에는 여전히 수정수입세금계산서 발급이 가능하도록 규정하고 있어 수입자의 재산권 침해를 최소화하기 위한 합리적인 장치도 두고 있다"면서 "수정수입세금계산서를 일정한 요건 하에 발급하도록 함으로써 성실한 납세의무자와의 과세형평을 제고하고 성실한 납세신고를 유도하는 등 건전한 과세문화를 정착시키고자 하는 것이므로 해당 조항으로 달성하고자 하는 공익이 중대하다"고 설명했다.

삼성물산이 수입한 스위스산 금괴에 대해 원산지 증명이 제대로 이뤄지지 않았다는 이유로 관세를 부과한 세관의 처분은 정당하다는 판결이 나왔다. 삼성물산은 2006년 11월부터 2007년 9월까지 스위스산 금괴를 수입한 뒤 인천공항 세관에 수출자 발행의 원산지신고서를 제출했다. 삼성물산은 우리나라가 유럽연합과 체결한 자유무역협정에 따라 세율 0%를 적용해 수입 신고했다. 하지만 서울세관은 스위스산 금괴에 관한 협정세율 적용 여부를 심사하기 위해 2008년 6월 스위스 관세 당국에 원산지 검증을 요청했다. 서울세관은 협정에서 회신기한으로 정한 10개월이 지나도록 회신을 받지 못하자 2009년 8월 특혜관세대우를 배제하고 기본 관세율 3%를 적용해 8억여원 상당의 세금을 부과했다. 삼성물산은 "스위스의 금괴 제조사가 원산지 진위와 관련한 행정소송 중이므로 특혜관세대우를 배제할 수 없는 경우에 해당한다"며 2011년 3월 서울행정법원에 서울세관장을 상대로 관세 등 부과처분 취소소송(2011구합7403)을 냈다. 이 사건을 심리한 서울행정법원 행정11부(재판장 문준필 부장판사)는 지난 14일 "서울세관의 관세 부과 처분은 정당하다"며 원고패소 판결을 했다. 재판부는 판결문에서 "스위스 관세 당국이 검증요청일로부터 10월 이내에 회신하지 않은 사정은 '예외적인 경우'에 해당하지 않는다"며 "'예외적인 경우'에 해당한다고 하더라도 협정 부속서 제24조7항에 의해 '해당 서류의 진정성 또는 상품의 원산지를 판정할 수 있는 충분한 정보'가 포함돼 있지 않은 경우 특혜관세대우를 배제할 수 있는 점을 볼 때 세관의 과세 처분은 정당하다"고 밝혔다. 재판부는 "검증요청일로부터 10월 이내에 회신이 없는 경우 특혜관세대우 배제 권한을 주는 것은 회신 지연 등의 사정에 따라 관세청의 과세권 행사 지연이나 불가능을 방지하기 위한 것"이라며 "'예외적인 경우'를 엄격하게 해석하지 않을 경우 사실상 회신기한을 연장하는 결과를 초래해 규정 취지를 몰각하게 할 수 있다"고 설명했다.

물품을 구매하는데 신용카드를 사용한 대가로 지급받은 마일리지를 현금으로 환급받았다면 소득세 과세대상이 된다는 판결이 나왔다. 서울행정법원 행정6부(재판장 함상훈 부장판사)는 지난달 26일 약사 이모씨가 "신용카드 마일리지는 소득세 과세대상이 아니다"라며 양천세무서장을 상대로 낸 소득세 부과처분 취소소송(2011구합43591)에서 원고패소 판결을 내렸다. 재판부는 판결문에서 "이씨가 S약품 등 3개 의약품 도매상의 추천을 받아 카드회사로 부터 신용카드를 발급받고, 신용카드로 결제한 의약품 구매대금의 3%를 마일리지로 적립해 일부를 현금으로 지급 받았다"고 밝혔다. 재판부는 "S사 등이 카드사에 3.5%의 수수료를 부담했기 때문에 카드사가 이씨에게 결제대금의 3%를 마일리지를 제공한 것으로 보인다"며 "이런 방식으로 지급된 마일리지는 구 소득세법 시행령 제51조3항에서 정한 '장려금 기타 이와 유사한 성질의 금액'으로 이씨의 사업소득에 해당한다"고 설명했다. 이어 "이씨는 이전에는 신용카드 사용자가 받는 마일리지에 대해 과세관청이 소득세를 과세한 적이 없어 비과세관행에 어긋난다고 주장하지만, 관세청이 마일리지가 과세대상이 아니라는 의사를 대외적으로 표시하거나 일반 납세자가 이와 같은 관행을 신뢰할 정도에 이르렀다고 인정하기 부족하다"고 덧붙였다. 법원 관계자는 "이번 판결은 제약회사가 신용카드사의 마일리지 제도를 이용해 약국에 우회적으로 지원금(리베이트)을 제공하는 것에 제동을 건 판결로서 의미가 있다"고 말했다. 서울 종로에서 약국을 운영하는 이씨는 2009년 7~12월 S약품 등 3개 의약품 도매상으로부터 의약품을 구매하고 신용카드로 대금을 결제해 1억7000여만원 상당의 마일리지를 지급 받았다. 양천세무서장은 이씨가 지급받은 마일리지 중 1억1600여만원을 현금으로 지급받았다며 지난해 4월 종합소득세 4800여만원과 지방소득세 4800여만원을 부과했다. 이씨는 지난해 6월 조세심판원에 심판청구를 제기했으니 기각되자 지난해 12월 소송을 냈다.