주주명부에 과점주주에 해당하는 주식을 취득한 것으로 기재돼 있더라도, 주식에 대한 실질적인 권리를 행사하지 않았다면 간주취득세를 납부할 의무가 없다는 대법원 판결이 나왔다. 대법원 특별3부(주심 김재형 대법관)는 원모씨가 용인시를 상대로 낸 지방세부과(예정)처분 취소소송(2015두3591)에서 원고승소 판결한 원심을 최근 확정했다. 재판부는 "구 지방세법 제105조 6항은 과점주주의 간주취득세에 관해 '법인의 주식을 취득함으로써 과점주주가 되었을 때에는 그 과점주주가 해당 법인의 부동산 등을 취득한 것으로 본다'고 규정하고 있는데, 과점주주란 주주 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자의 소유주식의 합계가 해당 법인의 발행주식 총수의 100분의 50을 초과하면서 그에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자를 말한다"고 설명했다. 이어 "과점주주는 해당 법인의 재산을 사실상 임의처분하거나 관리·운용할 수 있는 지위에 있게 되어 실질적으로 그 재산을 직접 소유하는 것과 다르지 않다고 보아 이 같은 조항을 둔 것"이라며 "그러나 이미법인이 취득세를 부담했는데 과점주주에게 다시 동일한 과세물건을 대상으로 간주취득세를 부과하는 것은 이중과세에 해당할 수 있기 때문에, 모든 과점주주에게 간주취득세를 부과해서는 안 되고 의결권 등을 통하여 주주권을 실질적으로 행사하여 법인의 운영을 사실상 지배할 수 있는 과점주주에게만 간주취득세를 부과하는 것으로 제한적으로 해석해야 한다. 따라서 주주명부에 과점주주에 해당하는 주식을 취득한 것으로 기재되었다고 하더라도 그 주식에 관한 권리를 실질적으로 행사하여 법인의 운영을 지배할 수 없었던 경우에는 간주취득세를 낼 의무를 지지 않는다"고 밝혔다. 주주명부에 50%넘는 주식 취득한 것으로 기재돼 있어도 실질 권리행사 않았다면 간주취득세 의무 없다 이어 "원씨가 주식을 양수해 명의개서 한 것은 주주권을 행사할 의사가 없었는데도 STX건설의 요청으로 일시적으로 주주명부상 주식을 취득한 것으로 해두었다가 STX건설에 곧바로 그 명의를 이전하기 위한 것으로 볼 수 있고, 실제로 원고는 자신의 이름으로 명의개서를 한 날부터 6일이 지나 곧바로 주식 전부를 STX건설에 양도했다"며 "이러한 점을 볼 때 원씨가 주식을 취득해 그 주식의 비율만큼 회사의 운영에 대한 지배권이 실질적으로 증가함으로써 간주취득세를 부담하는 과점주주가 되었다고 보기 어렵다"고 판시했다. 용인시에 아파트를 건축하려던 A사는 은행대출에 대한 이자를 지급하지 못하는 등 경영난을 겪게되자 대출금 채무를 연대보증한 STX건설에 사업부지와 경영권을 양도하기로 했다. STX건설은 사업권 양도·양수과정에서 우발채무가 발생할 것을 우려해 A사의 주식을 50% 보유하고 있던 원씨에게 나머지 50%의 주식을 양수해 단독명의로 100% 주주로 등재한 다음 다시 STX건설에 양도해 줄 것을 요청했다. 원씨는 STX건설의 요구대로 100%주주로 등재한 다음 6일후인 2009년 12월 자신의 지분을 포함한 회사주식 전부를STX건설에 양도했다. 용인시는 2012년 9월 원씨에게 과점주주가 됐다는 이유로 취득세 등 5억 3298만원을 부과하는 처분을 했고 원씨는 불복해 소송을 냈다. 1심은 일정 비율 이상의 주식을 보유한 주주의 지위에 있으면 과점주주로 봐야 한다"며 원고패소 판결했다. 반면 2심은 "회사의 운영에 대한 지배권이 실질적으로 증가함으로써 간주취득세를 부담하는 과점주주가 되었다고 보기 어렵다"며 1심을 취소하고 원씨의 손을 들어줬다.