부동산 펀드가 수익증권 등 집합투자상품을 판매한 수익으로 취득한 부동산은 해당 펀드가 부동산집합투자기구로 등록하기 전이라도 취득세 감면대상이라는 판결이 나왔다. 이번 판결은 지난 2013년 부동산집합투자기구 등록을 마친 집합투자기구가 취득한 부동산만 취득세 감면대상이라는 안전행정부의 유권해석 이후 벌어진 지방자치단체의 대규모 취득세 환수조치 관련 소송의 항소심 첫 판결이다. 지자체의 취득세 환수조치에 반발해 자산 운용사 등이 제기한 소송이 현재 100여건에 달하고 소송금액도 1000억원을 웃돌아 이번 판결이 어떤 영향을 미칠지 주목된다. 서울고법 행정1부(재판장 곽종훈 부장판사)는 농협은행(소송대리인 법무법인 화우)이 마포구청을 상대로 낸 취득세 등 부과처분취소소송(2015누49841)에서 원고패소 판결한 원심을 취소하고 원고승소 판결했다. 재판부는 "자본시장법에 따라 적법하게 설정·설립된 부동산집합투자기구인 이상 비록 금융위원회 등록을 마치기 전이라도 집합투자상품을 판매해 취득한 부동산에 대해서는 세금 감면규정이 적용된다"며 "따라서 등록 전 취득한 부동산이라는 이유로 이미 감면된 취득세 등을 추징한 마포구청의 처분은 위법하다"고 밝혔다. 이어 "등록절차가 완료된 이후 집합투자상품을 판매해 부동산을 취득한 경우에만 감면규정이 적용된다고 보게 되면 부동산집합투자기구를 통한 간접투자가 위축된다"며 "이는 부동산 시장을 활성화하려고 한 감면규정 취지에도 반한다"고 설명했다. 구 조세특례제한법 제120조 4항 2호는 '자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 부동산집합투자기구의 집합투자재산으로 취득하는 부동산은 2014년 12월 31일까지 취득한 경우 취득세의 100분의 30에 상당하는 세액을 감면한다'고 규정했다. 부동산 펀드는 그동안 이 조항에 따라 취득세의 30%를 감면받아왔다. 농협은 2012년 9월 투자회사인 ㈜케이비자산운용과 부동산집합투자기구 설정계약을 체결했다. 케이비자산운용은 계약 체결 전 미리 수익증권을 판매해 농협에 판매대금으로 신탁원본을 납입했다. 농협은 같은해 10월 납입받은 재산으로 서울 마포구의 한 오피스텔을 산 뒤 구청에 "구매한 건물은 부동산집합투자기구의 집합투자재산으로 취득한 부동산이므로 취득세 감면 대상"이라며 세액감면신청을 했다. 마포구청도 신청을 받아들여 세금을 깎아줬다. 케이비자산운용은 이후 금융감독원에 부동산집합투자기구 등록신청을 냈고 같은해 11월에 등록이 됐다. 그런데 안전행정부가 2013년 10월 '감면규정은 등록을 마친 부동산집합투자기구가 부동산을 취득한 경우에 한해 적용된다'는 유권해석을 내리자, 마포구청은 2014년 11월 20억여원의 세금을 농협에 부과했다. 농협은 이에 반발해 소송을 냈다. 1심은 "감면규정 취지가 자본시장법이 정한 절차에 따라 부동산을 취득한 경우에 한해 세액감면 혜택을 부여하려고 했던 것으로 보인다"며 원고패소 판결했다. 화우 조세팀의 오태환(50·사법연수원 28기) 변호사는 "이번 판결은 조세특례제한법상 부동산 펀드에 대한 취득세 감면의 입법취지와 자본시장법상 등록제도의 의미를 충실히 반영한 판결"이라고 말했다.