영업비밀 유출에 따른 합의금을 '지적재산 사용료'로 판단해 용역의 공급대가로서 부가가치세를 부과한 것은 위법하다는 판결이 나왔다. 서울행정법원 행정5부(재판장 김순열 부장판사)는 지난해 12월 22일 A 사가 역삼세무서장을 상대로 낸 부가가치세 부과처분 취소소송(2021구합60304)에서 원고승소 판결했다. 실리콘제품의 제조, 판매 등을 하는 A 사는 미국에 본점을 두고 있는 B 사의 자회사다. B 사는 그곳에서 15년 간 근무하다가 퇴사한 후 C 사 실리콘영업부 부장으로 영입된 D 씨가 B 사 서버에 저장된 주요 자료 파일들을 임의로 반출하면서 C 사와 실리콘 제품 제조 관련 영업비밀 등 침해 관련 분쟁을 겪게 됐다. 이 과정에서 A 사와 B 사는 C 사에 지적재산 침해 등에 대한 손해배상 등을 요구했고, 수차례 협상 과정을 거쳐 전직 직원 채용 및 영업비밀 등 침해와 관련한 C 사와 임직원의 모든 민·형사상 책임을 면책하고 그 대가로 C 사는 A 사와 B 사에 각 1700만 달러 씩 총 3400만 달러의 합의금을 지급하기로 했다. 이에 따라 C 사는 2015년 4월부터 2017년 12월까지 A 사에게 4회에 걸쳐 해당 금액을 지급했고, 이를 '지급수수료(기술자문료)'로 회계처리한 후 사용료소득으로 15%의 법인세를 원천징수했다. 한편, 서울지방국세청장은 2017년 12월부터 2018년 3월 C 사에 대한 세무조사를 실시했는데 해당 합의금은 지적재산 사용에 따른 사용료에 해당해 지적재산 사용기간에 안분해 손금산입하도록 조정해야 한다는 취지로 C 사의 관할세무서에 통보하면서 역삼세무서에도 부가가치세 매출누락 자료를 통보했다. 이에 따라 역삼세무서는 해당 합의금이 A 사의 사용료 매출 누락임을 전제로 2020년 6월과 8월 A 사에 부가가치세 합계 30억여 원을 부과했다. 이 처분에 불복한 A 사는 같은해 9월 조세심판원에 심판청구를 했지만 기각결정을 받자 소송을 제기했다. A 사는 "부가가치세법 제4조 제1호는 부가가치세의 과세대상을 사업자가 행하는 재화 또는 용역의 공급으로 규정하고, 손해배상금이나 위약금은 재화 또는 용역의 공급대가가 아니어서 부가가치세의 과세표준에 포함될 수 없다"며 "해당 합의금은 C 사의 지적재산 침해라는 위법행위에 대한 손해배상금일 뿐, 용역의 공급에 대한 대가로 볼 수 없어 역삼세무서의 처분은 위법하다"고 주장했다. 재판부는 A 사의 주장을 받아들였다. 재판부는 "해당 합의금은 지적재산 침해에 따른 손해배상금의 성격을 가진다고 보는 것이 타당하고 단순히 지적재산에 대한 장래의 사용료에 해당한다고 보기 어렵다"며 "만일 합의서가 '지적재산 사용료'에 관한 것이었다면 그 전문에 당사자 사이의 분쟁 존재 사실과 분쟁에 따른 불확실성 등을 피하기 위한 취지가 기재될 이유가 없다"고 설명했다. 이어 "해당 합의금은 실제 합의 이전에 발생한 영업비밀 등 침해 행위로부터 C 사와 그 임직원을 면책하기 위해 지급된 돈"이라며 "'용역의 공급대가'라는 전제에서 이뤄진 역삼세무서의 처분은 위법하다"고 판시했다.

전자담배에 사용되는 니코틴 용액도 담배소비세 부과대상이라는 대법원 판결이 나왔다. 전자담배도 담배에 해당한다는 취지다. 대법원 특별3부(주심 박병대 대법관)는 전자담배업체인 A사가 경기도 성남 분당구청과 중원구청을 상대로 낸 담배소비세 부과처분 취소소송(2016두50709)에서 원고패소 판결한 원심을 최근 확정했다. 재판부는 "이 사건 니코틴 용액은 연초의 잎 등에서 니코틴을 추출해 빨기에 적합한 상태로 제조한 것으로서, '담배'에 해당하고 지방세법 제48조 2항도 전자담배를 담배소비세 과세대상으로 규정하고 있다"며 "전자담배의 경우 니코틴 용액을 기화시켜 체내에 흡입하기 위한 전자장치는 그 자체로는 독자적 효용이 없으므로 니코틴 용액이 담배에 해당하는지는 전자장치와 결합해 흡입하는 경우를 상정해 판단해야 한다"고 밝혔다. 이어 "A사는 니코틴 농축액에 글리세린, 식용 알코올, 증류수, 향료 등을 첨가해 다양한 향미와 기능을 구비한 니코틴 용액을 만들어 판매했고 이는 자신의 기술과 노하우를 적용해 고부가가치의 새로운 전자담배 상품을 만들어 낸 것이어서 제조행위에 해당한다"며 "A사는 지방세법상 '담배'에 해당하는 니코틴 용액의 제조자로서 담배소비세를 납부할 의무가 있다"고 판시했다. A사는 2010년 7월부터 2014년 3월까지 수입한 니코틴 원액 237만4000여㎖를 전자담배로 만들어 판매하면서 담배소비세 14억2000여만원을 납부했다. 그러나 성남시는 A사가 국내에서 사들인 향신료, 글리세린 등의 첨가물을 혼합해 니코틴 용액의 양을 늘려 전자담배를 유통하는 방식으로 이 기간 동안 담배소비세 22억원을 탈루한 사실을 밝혀내고 추가로 과세 처분했다. 이에 A사는 "니코틴 용액 자체만으로는 독립적인 효용이 없어 전자담배라고 할 수 없다"며 "니코틴 용액을 수입할 당시 시행되던 옛 담배사업법에서는 수증기를 흡입하는 방식의 전자담배를 담배로 규정하지 않았을뿐만 아니라 우리가 판매한 니코틴 용액은 니코틴 농축액에 글리세린을 혼합해 희석한 것에 불과하므로 담배제조행위를 한 적도 없다"고 주장하며 소송을 냈다. 그러나 A사는 1,2심에서 패소했다.

원유 정제과정에서 부수적으로 나오는 연료가스나 수소를 생산하는데 사용한 원유도 석유수입부과금 환급 대상이라는 대법원 판결이 나왔다. 정유사들은 이 판결을 통해 수백억원을 돌려받게 됐다. 대법원 특별1부(주심 김소영 대법관)는 27일 S-오일이 한국석유공사를 상대로 낸 석유수입부과금환급금 환수처분 취소소송(2015두1250)에서 원고승소 판결한 원심을 확정했다. 한국석유공사는 구 석유 및 석유대체연료 사업법에 따라 정유사들이 원유를 수입할 때 석유부과금을 부과하는 대신, 이들이 수입한 원유를 이용해 생산한 제품을 수출하거나 공업원료용으로 사용하는 등 일정한 사유가 있을 때에는 해당 수출제품이나 공업원료용으로 사용된 석유제품을 생산하는데 소요된 원유량에 해당하는 금액은 환급해줬다. S-오일은 원유정제공정에서 원유량의 1.5%에 해당하는 폐가스가 발생하는데 과거에는 이를 대기중에 방출했지만 기술발달에 따라 연료로 활용했다. 또 석유제품 중 하나인 나프타를 이용해 에틸렌 등 화학제품을 생산하는 과정에서 수소가 발생하는데 이를 탈황용으로 사용했다. 이에 S-오일은 2003년 2월부터 2007년 12월까지 석유공사에 석유제품 등의 생산에 소요된 원유량을 산정할 때 연료가스나 수소를 반영하지 않은 채 환급을 신청했고, 석유공사도 신청내용대로 환급했다. 하지만 감사원은 "연료가스 및 수소 생산에 소요된 원유량은 환급대상에서 제외해야 한다"는 감사결과를 발표했다. 그러자 석유공사는 2008년 3월 감사원 감사결과에 따라 2003년 2월~2007년 12월 S오일에 환급한 석유부과금 환급금 중 328억원여원을 다시 환수했다. 이에 반발한 S-오일은 소송을 냈다. 대법원은 S-오일의 손을 들어줬다. 대법원은 "석유환급금 환급 대상과 규모, 방법 등 산정기준에 관한 규정을 해석할 때는 조세나 부담금 관련 법률해석의 법리가 적용돼야 한다"며 "따라서 환급금 산정기준을 정한 당시 규정도 원칙적으로 문언대로 해석해야 하고 합리적 이유 없이 확장해석해서는 안 된다"고 밝혔다. 이어 "환급결정이 이뤄진 시기에 적용되던 관련 규정의 해석상 환급대상인 수출 석유제품이나 나프타 생산 과정에서 발생한 연료가스나 수소가 환급 대상에서 제외된다고 볼 수 없다"며 "석유부과금 환급결정에 아무런 하자가 없기 때문에 환급결정을 취소한 것은 위법하다"고 밝혔다. 앞서 1,2심도 S-오일의 손을 들어줬다. 대법원은 이날 SK이노베이션(31억원, 2014두12017), GS칼텍스(307억원, 2014두12413), SK에너지(51억원, 2015두39453)가 낸 석유부과금환급금 환수처분 취소 소송에서도 같은 취지의 판결을 내렸다. 대법원 관계자는 "이번 판결은 종래 석유부과금 환급금을 산정함에 있어 원유정제공정 등에서 부수적으로 발생하는 연료가스를 어떻게 처리해야 하는지에 관한 하급심의 혼선을 정리한 것"이라며 "환급대상인 수출 석유제품이나 공업원료용으로 사용된 석유제품 생산에 사용된 원유량을 산정할 때 명확한 근거 없이 연료가스나 수소를 제외할 수 없음을 분명히 했다"고 설명했다.

회사가 직원들의 퇴직에 대비해 적립하는 퇴직급여충당금은 세액공제 대상 인건비가 아니라는 대법원 판결이 나왔다. 대법원 특별1부(주심 고영한 대법관)는 지난 13일 ㈜현대자동차가 "연구개발 전담부서 직원들에 대한 퇴직급여충당금 111억여원을 세액공제 대상에 포함해달라"며 서초세무서장을 상대로 낸 법인세 경정청구 거부처분 취소소송 상고심(2013두24310)에서 원고승소 판결한 원심을 깨고 사건을 서울고법으로 돌려보냈다. 조세특례제한법과 시행령은 연구 및 인력개발 비용 중 기획재정부령으로 정하는 전담부서에서 근무하는 직원으로서 기재부령이 정하는 자의 인건비에 대해서는 세액을 공제 해주도록 규정하고 있다. 재판부는 판결문에서 "연구·인력개발비 세액공제 제도는 기업의 기술인력개발을 장려하려는 목적에서 일정 범위의 금액을 해당 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제하도록 하는데 그 취지가 있기 때문에 해당 과세연도의 연구 및 인력개발에 직접적으로 대응하는 비용만을 세액공제 대상으로 삼아야 한다"고 밝혔다. 또 "퇴직금과 같이 장기간의 근속기간을 고려해 일시에 지급하는 성격의 비용으로서 근로계약이 종료되는 때에야 비로소 그 지급의무가 발생하는 후불적 임금은 해당 과세연도의 연구 및 인력개발에 직접적으로 대응하는 비용이라고 볼 수 없다"고 덧붙였다. 반면 1심과 항소심은 "인건비는 그 명칭을 불문하고 사용인에게 근로에 대한 대가로서 유상으로 지출한 일체의 것"이라며 "퇴직급여충당금으로 퇴직금이 지급되는 것이므로, 퇴직급여충당금에 대해 과세특례규정을 적용하더라도 그 입법 취지에 반하지 않는다"고 판단했다. 현대차는 2008∼2010 사업연도의 연구개발 전담부서 직원들에 대한 퇴직급여 충당금이 '연구·인력개발비'와 관련이 있는 만큼 세액공제 대상이라고 주장했지만 세무서는 인정하지 않자 2012년 12월 소송을 냈다.

채권자가 채권을 취득해 과세당국으로부터 소득세를 부과받았지만, 채무자가 도산해 채권을 회수할 수 없게 됐다면 소득세를 내지 않아도 된다는 대법원 판결이 나왔다. 대법원 특별1부(주심 김창석 대법관)는 지난달 29일 전모씨 등 5명이 성남세무서와 반포세무서를 상대로 낸 경정청구 거부처분 취소소송 상고심(☞ 2013두18810)에서 원고승소 판결한 원심을 확정했다. 소득세법은 소득의 원인이 되는 권리의 확정시기와 소득의 실현시기와의 사이에 시간적 간격이 있을 때 소득이 실현된 때가 아닌 권리가 확정적으로 발생한 때를 기준으로 과세연도의 소득을 계산하는 권리확정주의를 채택하고 있다. 재판부는 판결문에서 "권리확정주의는 실질적으로 불확실한 소득이 장래 실현될 것을 전제로 미리 과세하는 것을 허용하는 것으로 납세자의 자의에 의해 과세연도의 소득이 좌우되는 것을 방지해 과세의 공평을 기하고 징세기술상 소득을 획일적으로 파악하려는 취지"라며 "소득이 종국적으로 실현되지 않은 경우에도 소득의 원인이 되는 권리가 확정적으로 발생한 적이 있기만 하면 무조건 납세의무를 지우겠다는 취지에서 도입된 것이 아니다"라고 밝혔다. 또 "소득의 원인이 되는 권리가 확정적으로 발생해 납세의무가 성립했다고 해도, 그 후 소득이 실현되지 않는 것으로 확정돼 납세의무가 전제를 잃게 됐다면 국세기본법이 정한 후발적 경정청구를 해 납세의무 부담에서 벗어날 수 있다"고 덧붙였다. 반면 1심은 "소득의 실현 가능성이 전혀 없어지게 돼 소득세를 부과할 수 없는 경우는 발생한 채권이 실현의 가능성이 높은 정도로 성숙·확정되지 않아 소득세의 과세대상이 될 정도로 권리가 확정되지 않았다고 봐야 한다"며 "권리가 발생하고 권리 실현 가능성이 상당히 높은 정도로 성숙·확정됐고, 그 사정이 과세기간 종료일과 소득 신고·납부일까지 변동되지 않았다면 소득은 소득세 납부의무를 부담하기에 충분한 정도로 확정됐다고 봐야 한다"고 설명했다. 또 "이렇게 확정된 권리에 추후 사정변경이 생겨도 달리 법령에서 정하지 않는 한 이미 성립한 소득세 납세의무에 변동이 있을 수 없다"고 덧붙였다. 전씨 등을 대리한 소순무(63·사법연수원 10기) 법무법인 율촌 대표변호사는 "과세당국이 소득세 처분을 할 때 발생한 권리에 대해 세금을 내고 다음 사업연도에 손금으로 처리하는 것이 원칙이지만, 이번 대법원 판결은 애초부터 과세대상에서 제외하라는 전향적인 판결"이라며 "과세당국이 경직된 절차에 따르지 말고 국민의 불편을 감소하게 하라는 취지"라고 말했다.

주유소가 정량에 미달한 석유를 판매했더라도 주유기 검정 유효기간인 2년이 지나지 않았다면 과징금을 부과해서는 안 된다는 판결이 나왔다. 서울행정법원 행정11부(재판장 문준필 부장판사)는 최근 ㈜GS칼텍스가 "과징금 750만원 부과를 취소하라"며 서울 관악구청을 상대로 낸 과징금 부과처분 취소소송(2012구합36477)에서 원고승소 판결했다. 재판부는 판결문에서 "GS칼텍스는 사용 공차(허용된 오차범위)를 초과한 주유기로 정량에 미달한 석유를 판매했고, 석유판매업자는 주유기를 사용 공차 내에 있도록 관리할 의무가 있다"면서도 "사용오차 측정 당시 주유기가 한국석유관리원의 검정을 받은 때로부터 검정 유효기간 2년이 만료되기 전이었기 때문에 GS칼텍스는 검정의무를 다한 것으로 볼 수 있다"고 밝혔다. 또 "'계량에 관한 법률'에서 계량기 검정을 법률로 강제한 취지는 계량기 사용오차 측정이 전문적인 지식과 기술을 요하는 작업이고, 일반 국민이 스스로 계량기를 관리하기 곤란한 점을 감안한 것"이라며 "계량기 사용자에게 일정 기간 검정을 받을 의무를 부과해 이를 제대로 이행한 경우 특별한 사정이 없는 한 검정 유효기간이 만료될 때까지 계량기 사용을 적법한 것으로 취급하겠다는 것"이라고 설명했다. GS칼텍스는 서울 관악구에서 운영하던 한 주유소 주유기가 사용공차를 초과해 정량에 미달하는 것으로 조사돼 과징금 750만원을 부과받자 지난해 11월 소송을 냈다.

법인세 공제대상인 기업부설 연구소 직원들의 인건비에는 퇴직급여 충당금도 포함된다는 판결이 나왔다. 서울행정법원 행정11부(재판장 문준필 부장판사)는 최근 (주)현대자동차가 서초세무서를 상대로 낸 법인세 경정청구 거부처분 취소소송(2012구합44058)에서 원고승소 판결했다. 조세특례제한법과 시행령은 기술개발과 문화산업 진흥을 위한 전담부서에 근무하는 직원의 인건비 등을 포함한 연구·인력개발비는 법인세에서 공제하도록 규정하고 있다. 지난해 시행령이 개정되기 이전에는 인건비에 퇴직급여 충당금을 명문으로 제외하고 있지는 않았다. 재판부는 판결문에서 "인건비는 명칭을 불문하고 근로에 대한 대가로서 유상으로 지출한 일체의 것"이라며 "퇴직급여 충당금은 법인이 퇴직금을 사전 적립한 것으로, 이 충당금으로 퇴직금이 지급되는 것이기 때문에 퇴직급여 충당금에 대해 법인세를 공제하더라도 입법 취지에 반하지 않는다"고 밝혔다. 또 "지난해 2월 조세특례제한법 시행령에 '인건비에서 퇴직급여 충당금은 제외한다'는 규정을 신설한 점을 고려하면 개정 전의 시행령의 인건비에는 퇴직급여 충당금에도 포함된다고 보는 것이 타당하다"고 덧붙였다.

국가 로펌인 정부법무공단이 기업이 낸 500억원대 세금 환급 소송에서 승소해 주목을 끌고 있다. 정부법무공단(이사장 김필규)은 로또 1기 사업자인 ㈜코리아로터리서비스(KLS)가 천안세무서를 상대로 낸 법인세부과처분 취소소송(2011두12856)에서 정부 측인 세무서를 대리해 상고심 재판에 나섰다. 서울 서초구에 본사를 두고 있던 KLS는 2003년 회사를 천안시로 이전했는데, 자신들이 구(舊) 조세특례제한법상 지방이전기업에 해당해 법인세 감면 대상에 해당함에도 불구하고 국가가 2003~2007년까지 5년간 503억여원의 법인세를 부과한 것은 부당하다는 소송을 내 1, 2심에서 승소한 상태였다. 구 조세특례제한법은 일정 업종에 해당하는 기업이 수도권 과밀억제권역 외의 지방으로 본사를 이전하면 10년간 법인세 감면 혜택을 주도록 했다. 공단은 상고심에서 KLS가 지방이전을 해도 법인세 감면 혜택을 받을 수 없는 '복권발행업'에 해당한다는 점을 적극 주장했다. KLS는 1심 때부터 "국민은행이 복권발행업자이며, 우리는 국민은행의 복권발행업무를 기술적으로 지원한 것에 불과하다"고 주장해왔다. 하지만 공단은 KLS가 로또 발매시스템 구축에서부터 마케팅 지원까지 전 과정을 전담해 사실상 복권발행업을 대행했다는 주장을 펼쳤다. 특히 KLS가 5년간 국민은행에서 로또 발행 수수료로만 1조 3737억원을 벌어 들였는데 수수료 지급방식이 복권 매출액에 따라 일정 비율을 받는 방식을 취해 사실상 로또 판매업까지 한 것이라고 강조했다. 공단은 또 구 조세특례제한법상 법인세 감면규정이 수도권 집중 완화와 실질적인 지방 경제 활성화를 위해 만들어진 것인데, KLS는 전직원이 10여명에 불과해 이같은 입법 목적에도 맞지 않는다고 지적했다. 공단의 소송 전략은 맞아 떨어졌다. 대법원 행정2부(주심 김용덕 대법관)는 최근 KLS의 손을 들어줬던 원심을 깨고 사건을 대전고법으로 돌려보냈다. 재판부는 판결문에서 "법인세 감면 제외 업종인 '복권발행업'에는 복권사업자가 자기의 계정과 책임 하에 복권을 발행하는 산업활동뿐만 아니라 복권사업자와 계약에 의해 복권발행의 전반적인 업무를 대행하는 산업활동도 포함된다"고 밝혔다. 재판부는 "KLS가 단순히 복권 발매시스템의 구축과 유지관리용역 제공에 그친 것이 아니라, 단말기 제작 및 유지보수, 마케팅 지원, 판매유통망 관리 등 온라인 복권 발행사업의 전반적인 운영 용역을 제공했을 뿐만 아니라 용역 대가 역시 복권 매출액에 연동해 받았다"면서 "KLS가 복권 발행의 전반적인 업무를 대행했다고 볼 수 있어 조세감면대상에서 제외되는 '복권발행업'에 해당한다"고 판단했다. 사건을 담당한 손호철(44·사법연수원 35기) 변호사는 "법인세 감면 대상 업종을 판단할 때는 사업 내용의 실질과 근거 조항의 입법취지를 고려해야 한다는 것이 판결의 취지"라며 "이번 대법원 판결이 공평·실질 과세 등 조세 정의를 실현하는 데 크게 기여할 것으로 기대한다"고 말했다. 2008년 2월 출범한 공단은 각종 국가·행정소송과 헌법소송에서 정부측을 대리해 무려 80％에 육박하는 승소율을 보이고 있다. 특히 지난 2011년에는 금지금(金地金) 사건을 맡아 승소해 무려 3조원의 부가가치세 부당 환급을 막아냈다. 공공기관 법률자문과 정부 발주 연구용역 과제도 수행해 법치행정이 뿌리내리는 데도 기여하고 있다.

인터넷 오픈마켓은 상품중개업자가 아니라 부가통신업자이므로 농어촌특별세를 낼 필요가 없다는 판결이 나왔다. 서울행정법원 행정4부(재판장 이인형 부장판사)는 지난 19일 인터넷 오픈마켓인 G마켓을 운영하는 이베이코리아가 역삼세무서장을 상대로 낸 농어촌특별세 부과처분 취소소송(2012구합18059)에서 "G마켓은 농어촌특별세 부과 대상이 아닌 부가통신업자"라며 원고승소 판결을 내렸다. 재판부는 판결문에서 "조세특례제한법 제6조에 의하면 부가통신업을 영위하는 기업은 세액의 100분의 50이 감면되고, 상품중개업을 영위하는 기업에 대해서는 세액감면이 인정되지 않는다"며 "G마켓은 인터넷 사이트에서 수행되는 전자적 기능에 의해 상품거래가 이뤄지도록 하는 설비와 관련된 기술을 보유해 사업을 영위하는 부가통신업체에 해당한다"고 밝혔다. 재판부는 "상품중개업은 판매자와 구매자를 발굴하고 이들에게 거래조건을 제시하는 등 상품매매계약이 체결되도록 하는 행위"라며 "G마켓은 회원들의 상품정보·대금결제·배송정보의 입력 및 검색 등의 전자적 기능을 이용해 정보검색망 이용을 판매회원과 구매회원에게 제공하는 부가통신업 사업을 한 것"이라고 설명했다. 이어 "G마켓을 법인세 감면대상이 아닌 상품중개업으로 전제하고 법인세 감액분에 대한 농어촌특별세를 부과한 처분은 위법하다"고 지적했다. 이베이코리아는 조세특례제한법에 따라 법인세 100분의 50이 감면되는 부가통신업이라는 이유로 2005~2008년 사업연도까지 법인세를 감면받았다. 역삼세무서는 2010년 1월 이베이코리아가 법인세 감면대상이 아닌 상품중개업에 해당한다며 170억여원의 법인세를 부과했으나, 이베이코리아는 2010년 4월 조세심판원에 심판을 청구해 법인세 22억여원을 감액받았다. 역삼세무서는 2011년 8월 "G마켓은 상품중개업에 해당하므로 법인세 감액에 따른 농어촌특별세를 납부해야 한다"며 농어촌특별세 5억6000여만원을 부과했다. 이베이코리아는 농어촌특별세 부과에 불복해 2011년 10월 조세심판원에 심판을 청구했으나 기각되자 지난 6월 소송을 냈다.

당초 조세감면결정을 받았던 기술이 시간이 흘러 보편적인 기술이 됐다면 조세감면대상에서 제외해도 신뢰보호원칙을 위반한 것이 아니라는 대법원판결이 나왔다. 대법원 특별2부(주심 전수안 대법관)는 수질오염물질처리사업체 (주)A사가 기획재정부를 상대로 낸 조세감면거부처분 취소소송 상고심(2008두19659)에서 원고승소 판결한 원심을 깨고 사건을 최근 서울고법으로 돌려보냈다. 재판부는 판결문에서 "국립환경연구원은 2002년 이 사건 기술현황에 대해 2001년부터 2002년까지 국내 26개 업체가 이 기술 또는 유사한 환경신기술 보유업체로 지정받은 점을 근거로 해 원고의 기술은 국내의 활발한 기술개발로 인해 상용화됨으로써 기술이전효과가 미약하다는 취지의 의견을 표명했다"고 밝혔다. 재판부는 이어 "이 사건 투자는 이 같은 의견표명이 있은 후에 이뤄졌고 법에서 말하는 기술은 신규성과 고도성 및 파급력 등을 요건으로 하므로 시간의 경과에 따라 그 해당여부에 대한 판단이 달라질 수밖에 없다"고 설명했다. 따라서 재판부는 "기재부가 사정변경으로 이 기술이 법에서 정한 기술에 해당하지 않게 된 이후에 이뤄진 투자에 대해서도 조세감면대상사업에 해당한다는 견해표명을 했다고 할 수 없어 이 사건 처분이 사전확인통보의 취지에 반한다고 하더라도 신의성실의 원칙에 위반된다고 할 수 없다"고 판단했다. 하수처리시설의 건설 등을 위해 2001년 설립된 A사는 인천광역시와 협약을 체결하고 사업을 하던 중 자신들의 사업이 조세특례제한법에서 정한 '고도의 기술'을 이용하고 외국인의 투자를 받았다며 기획재정부에 조세감면신청을 해 조세감면결정을 받았다. 이후 A사는 2004년께 사업을 진행하면서 다시 기재부에 조세감면신청을 했으나 거부당하자 소송을 냈다. 1심은 "시간이 지나면 조세감면대상에 해당하는지 여부는 달라질 수 있어 이 사건 처분이 신뢰보호원칙에 위배된다고 할 수 없다"며 원고패소 판결했다. 그러나 2심은 이를 뒤집어 원고승소 판결을 내렸다. 현행 조세특례법은 '고도의 기술을 수반하는 사업, 국내에서 개발수준이 낮거나 개발이 되지 않은 기술을 수반하는 사업으로서 국내사업의 국제경쟁력 강화를 위해 필요하다고 인정되는 사업'에 대해서는 법인세 등을 감면한다고 규정하고 있다.