공기업 직원들에게 지급되는 복지포인트는 소득세법상 과세대상이 되는 근로소득에 해당하지 않아 근로소득세를 뗄 수 없다는 판결이 나왔다. 대전고법 행정1부(재판장 이준명 부장판사)는 한국철도공사(코레일·소송대리인 법무법인 동인 김형연, 김종욱 변호사, 보조자 홍기현 세무사, 법무법인 태평양 장성두, 빈은솔 변호사)가 대전세무서를 상대로 제기한 근로소득세경정청구 거부처분취소소송(2022누13617)에서 원고패소한 1심 판결을 취소하고 원고승소 판결했다. 코레일은 2007년 11월부터 소속 임직원이 각자에게 배정된 복지포인트 한도 내에서 사전에 설계된 다양한 복리혜택 중 개인의 선호와 필요에 따라 복지항목 및 수혜수준을 선택해 누릴 수 있도록 하는 선택적 복지제도를 실시했다. 이에 따라 소속 임직원들에게 매년 일정하게 포인트 1점당 1000원에 상응하는 복지포인트를 부여했다. 코레일은 정규직 전환자 및 기간제 근로자, 수습 중인 직원을 포함한 소속 임직원에 대해선 전년도 말일 기준으로 당해 연도 1월 1일에 일률적으로 복지포인트를 배정했고, 신규 입사자나 중도 퇴직자 등 복지포인트 배정사유가 발생, 중단 또는 소멸하는 사유가 발생할 경우 당해 연도 근무기간에 따라 월할 계산방식에 의해 배정했다. 코레일은 소속 직원들에 대한 2015년 귀속 근로소득세를 원천징수하면서 기본항목 포인트는 과세대상 급여에서 제외해 이를 원천징수하지 않았고, 복지포인트에 대해선 과세대상인 근로소득으로 보고 이를 원천징수해 근로소득세로 합계 909억 원을 납부했다. 2019년 8월 대법원 전원합의체는 공무원과 공기업 직원들에게 지급되는 복지포인트는 통상임금에 해당하지 않는다는 판결을 내놨다. 해당 사건에서는 복지포인트가 근로기준법이 정한 임금 및 통상임금에 해당하는지가 쟁점이 됐는데, 대법원은 "여행, 건강관리, 문화생활 등 사용 용도가 제한되고 1년 내 사용하지 않으면 소멸되며, 양도 가능성이 없어 임금이라 보기 적절치 않다"고 밝혔다. 이후 코레일은 2021년 3월 대전세무서에 "코레일 직원들에게 부여한 복지포인트는 소득세법상 과세대상이 되는 근로소득에 해당하지 않는다"고 주장하면서 이미 원천징수해 납부한 근로소득세액 28억여 원에 대한 환급을 구하는 경정청구를 했다. 하지만 대전세무서는 "해당 복지포인트는 과세대상인 근로소득에 해당한다"며 경정청구를 거부했고, 이 처분에 불복한 코레일은 조세심판청구를 했으나 재차 기각되자 소송을 제기했다. 1심은 코레일의 복지포인트가 근로소득에 해당한다고 판단하면서 원고패소 판결했다. 코레일 측은 항소하면서 복지포인트의 배정은 근로의 대가에 해당하지 않을 뿐만 아니라, 근로를 전제로 밀접하게 관련된 근로조건의 내용을 이뤄 지급되는 것이라고 볼 수 없어 근로소득에 해당하지 않는다는 취지로 주장했다. 재판부는 이 주장을 받아들였다. 재판부는 "코레일의 선택적 복지제도의 도입 경위, 복지포인트의 성격 등을 고려하면 기존에 코레일이 지급하던 각종 복지수당(복리후생적 성격의 급여 등)과는 구분되는 새로운 기업복지에 해당된다는 것을 알 수 있다"며 "사용자의 복지포인트 배정이라는 사실행위로 인해 근로자가 현실적 이익을 얻는 것도 아니고 사용자가 비용을 지출하게 되는 것도 아니어서 복지포인트 배정이 이뤄졌다고 해서 사용자의 근로자에 대한 금품 지급이 이뤄졌다고 평가할 순 없다"고 설명했다. 이어 "복지포인트 제도에선 사용자가 정한 사용 용도와 사용 방법에 따라 근로자가 물품 등을 구매해야만 배정된 포인트가 차감되고 그에 상응하는 돈을 사용자 등으로부터 보전받을 수 있는 구조"라며 "이 같이 채무를 인정하는 행위에 불과한 복지포인트 배정 행위를 사용자의 근로자에 대한 금품의 지급으로 평가하는 것은 아직 지급하지도 않은 금품을 이미 지급된 것처럼 간주하는 것에 다름 아니어서 타당하지 않고, 민사법적으로 보더라도 근거를 찾기 어렵다"고 밝혔다. 그러면서 "대전세무서의 주장대로 복지포인트에 대한 근로소득세 부과가 반드시 필요하다면, 조세법률주의 원칙에 따라 입법을 통해 과세요건을 명확하게 규정해야 할 것"이라며 "코레일 복지포인트의 배정은 근로의 대가에 해당하지 않을 뿐만 아니라, 근로를 전제로 그와 밀접히 관련돼 근로조건의 내용을 이뤄 지급되는 것이라고 볼 수 없어 세무서의 처분은 위법하다"고 판시했다. 코레일 측을 대리한 김형연(57·사법연수원 29기) 법무법인 동인 변호사는 "그동안 복지포인트 제도를 시행하는 기업들은 과세관청 의견에 따라 이를 근로소득에 포함해 해당 원천세를 임직원으로부터 징수해 신고·납부해 오던 위법한 관행에 대해 처음으로 이의 시정을 시도한 판결"이라며 "복지포인트의 근로소득 해당 여부에 대한 논란에 대해 납세자 입장에서 최초로 합법적인 판단을 내렸다는 점에서 의의가 있다"고 말했다. 현재 이 사건은 대전세무서 측이 상고하면서 대법원에서 심리 중이다.

대주주가 기업에 맡긴 기금은 회사의 순자산을 늘린 수익으로 볼 수 없어 법인세 부과 대상에 포함할 수 없다는 법원 판단이 나왔다. 서울행정법원 행정5부(재판장 김순열 부장판사)는 5월 11일 티브로드를 흡수합병한 SK브로드밴드(소송대리인 법무법인 광장 김동하, 김성환, 박재만 변호사)가 동수원세무서장과 서울지방국세청장을 상대로 낸 법인세 부과 처분 등 취소소송(2022구합59578)에서 원고승소 판결했다. 태광그룹 계열사였던 티브로드는 2017년 이호진 전 태광그룹 회장과 중소 방송채널사용사업자(PP) 운영 및 지원을 위한 공동 협력 양해각서'를 체결하고 기금 100억 원을 기부받았다. 티브로드는 2017년 9월부터 2019년 7월까지 총 6회에 걸쳐 100억 원 중 38억여 원을 21개 중소 PP에게 지원했다. 이후 2019년 12월 티브로드와 이 전 회장은 양해각서를 합의해지했고, 해지한 날 티브로드는 이 전 회장에게 이미 지급된 금액을 뺀 미사용 정산금 61억 7900만 원을 반환했다. 2020년 서울지방국세청은 티브로드에 대한 법인세 통합 세무조사를 실시해 기부금 100억 원과 그 이자수입을 티브로드의 익금(법인의 순자산을 증가시킨 거래에 의해 생긴 수익)으로 산입해야 한다고 판단했고, 이를 합병 뒤 법인인 SK브로드밴드에 과세하겠다고 통지했다. 이에 SK브로드밴드는 국세청에 과세전적부심사를 청구했으나 대부분 받아들여지지 않았다. 서울지방국세청은 61억여 원을 SK브로드밴드 2020년 귀속 소득금액으로 변동 통지했고, 동수원세무서는 2017년 사업연도 법인세를 25억 5000여만 원으로 경정·고지했다. 이에 불복한 SK브로드밴드는 조세심판원에 심판청구를 했으나 기각되자 소송을 제기했다. 재판부는 SK브로드밴드 측의 의견을 받아들여 기금과 이자수입을 티브로드의 익금으로 산입할 수 없다고 판단했다. 재판부는 "티브로드는 양해각서에서 정한 목적에 따라 기금을 관리·집행할 수 있었을 뿐이고, 자기를 위한 용도로는 사용할 수 없었다"며 "해당 기금은 티브로드의 고유재산과 분리돼 별도로 집행·관리됐고 티브로드의 자산으로 회계 처리되지도 않았으며, SK브로드밴드와 합병을 진행할 때에도 티브로드는 기금을 자산이 아닌 것으로 봐 회사가치의 평가에도 반영하지 않았다"고 밝혔다. 이어 "티브로드는 경제적인 측면에서 기금을 선량한 주의의무로 집행·관리하며 수탁사무를 처리한 자에 해당할 뿐, 사용·수익 내지 처분의 측면에서 현실로 기금을 지배·관리했다고 인정되지 않는다"며 "양해각서에서 정한 바에 따라 중소PP 등을 위해 지출됐고, 이와 무관한 용도로 사용됐다고 볼 만한 사정도 없다. 남은 정산금도 합의해지에 따라 이 전 회장에게 반환됐다"고 설명했다. 그러면서 "기금의 객관적 지출 형태나 반환 경위를 보더라도 SK브로드밴드의 순자산을 증가시킨 것으로서 SK브로드밴드에 실질적으로 귀속된 것이었다고 보기는 어렵다"고 판시했다.

'주식의 포괄적 교환'은 기업의 합병과 경제적 실질이 유사해 증여세를 계산할 때는 합병에 관한 규정을 준용해야 한다는 대법원 판단이 나왔다. 대법원 특별3부(주심 노정희 대법관)는 지난달 29일 A 씨가 과세관청을 상대로 낸 증여세 과세처분 취소소송(2019두19)에서 원고패소 판결한 원심을 파기하고 사건을 서울고법으로 돌려보냈다. 코스닥 상장법인인 B 사는 비상장법인인 C 사 주식을 전부 인수하면서 C 사 주주들에게 B사 주식을 발행해 주기로 하는 '주식의 포괄적 교환' 계약을 체결했다. C사 최대주주 A 씨는 계약에서 정한 기준에 따라 B 사 신주를 배정받았다. 과세관청은 세무조사 후 C 사 주가가 시가보다 과대평가돼 A 씨가 차액 상당을 증여받았다며 A 씨에게 세금을 부과했다. 이에 A씨는 증여세 부과 처분을 취소해달라는 행정소송을 제기했다. 1,2심은 과세관청의 손을 들어줬다. 주식의 포괄적 교환에 따른 증여이익을 산정할 때 구 상속세및증여세법(상증세법) 시행령 제31조의9(기타이익의 증여 등)와 구 상증세법 제63조 제1항 제1호(주식의 평가에 관한 일반규정)를 적용한 과세관청의 판단에 문제가 없다고 판단했다. 그러나 대법원은 주식의 포괄적 교환이 사실상의 기업 합병이므로 주식 가액을 계산할 때도 상증세법 시행령의 '합병 규정'을 적용해야 한다는 판단을 내놨다. 재판부는 "주식의 포괄적 교환은 합병과 경제적 실질이 유사하고 이런 점을 고려해 증권거래법 등은 주식의 포괄적 교환의 경우 합병에 관한 규정을 준용하도록 정하고 있다"며 "주식의 포괄적 교환에도 합병처럼 불합리하게 증여세가 부과되는 문제가 생길 수 있어 증여이익 산정 시 구 상증세법 시행령 제28조를 준용할 필요가 있다"고 밝혔다. 대법원 관계자는 "주식의 포괄적 교환에 따른 증여이익을 구체적으로 계산하는 데 적용할 근거법령을 최초로 명시적으로 설시함으로써 향후 과세관청의 과세실무와 하급심 판단의 기준을 제시한 판결"이라고 말했다.

국제조세조정법 시행령에서 정한 간주정상이자율을 정상이자율로 선택해 적용한 과세관청의 처분은 자의적인 과세권 행사에 해당해 위법하다는 판결이 나왔다. 서울행정법원 행정2부(재판장 신명희 부장판사)는 지난달 15일 한국쓰리엠이 영등포세무서장을 상대로 제기한 법인세 등 부과처분 취소소송(2021구합55647)에서 원고일부승소 판결했다. 한국쓰리엠은 2005년 9월 룩셈부르크에 위치한 A사와 '회사간 융자 및 예치 협정'을 체결했다. 이 협정에 따라 한국쓰리엠은 2012년 10월부터 2018년 12월까지 약정이자율 연 1.232%~2.5%로 약 1~3개월 이후 상환받기로 약정하고 A사에 무보증 조건으로 예치했고, 만기를 갱신하면서 추가 예치가 예금 회수가 필요한 경우엔 원금을 증액 또는 감액하면서 해당 약정이자율 상당 이자를 수취하는 금전거래를 했다. 서울지방국세청은 한국쓰리엠에 대해 세무조사를 실시했는데, A사와의 거래를 통해 A사로부터 수취한 이자는 실질적으로 저리의 이율로 국외특수관계인인 A사에게 금전을 대여한 것으로 국세조정에 관한 법률 제5조 제1항 제1호 등에서 규정한 '비교가능 제3자 가격방법'에 따른 정상가격보다 낮다는 전제 하에, 한국쓰리엠과 A사 간의 약정이자율을 부인하고 조사청이 산정한 정상이자율에 따른 이자소득과 한국쓰리엠이 신고한 이자소득 간의 차액을 익금에 산입해야 한다고 관할 세무서장에게 과세자료를 통지했다. 독립기업의 원칙 따른 국제조세조정법 형해화 영등포세무서장은 특수관계가 없는 독립된 기업간 회사채발행 거래를 기초로 정상이자율 산정 및 소득금액 조정을 통해 2018년 한국쓰리엠에 대해 가산세와 법인세 합계 87억여 원을 부과했다. 이에 불복한 한국쓰리엠은 조세심판원에 심판청구를 제기했다. 심판원은 위법한 처분이라고 판단하면서 "해당 거래를 금전대차 거래로 보고 그에 따른 정상이자율(정상가액)을 재조사해, 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정하라"는 취지의 재조사결정을 내렸다. 이에 서울지방국세청은 해당 결정 취지에 따라 재조사를 했고, 가산세와 법인세 합계 19억여 원을 부과했다. 그러자 한국쓰리엠은 "과세당국은 임의로 이자율을 산정·조정한 뒤 이전가격 과세를 해 위법하다"고 주장하면서 소송을 냈다. 재판부는 "국제조세조정법에선 정상가격에 의해서만 과세조정이 허용된다고 규정하고 있고, 국외특수관계인이 아닌 자와 통상적인 거래에서 허용되거나 적용될 것으로 판단되는 재화 또는 용역의 특성·기능 및 경제환경 등 거래조건을 고려해 계산하도록 해 독립기업의 원칙에 따라 정상가격을 산정하도록 규정하고 있다"며 "그런데 과세관청이 독립기업의 원칙에 따른 정상가격을 산정하기 위한 노력 없이 일률적으로 간주정상이자율 규정을 적용해 과세할 수 있다면, 이는 독립기업의 원칙에 따른 정상가격 산출을 규정한 국제조세조정법을 형해화하는 해석"이라고 밝혔다. 서울행정법원 기업 일부승소 판결 이어 "한국쓰리엠과 A사의 거래는 국제조세조정법 시행령에서 정한 독립기업의 원칙에 따라 산정되는 통상적인 이자율로 인정할 수 있다"며 "그럼에도 국제조세조정법 시행령 개정일인 2017년 2월을 기준으로 이후 거래에 대해 과세관청이 국제조세조정법 시행령에서 정한 간주정상이자율을 해당 거래의 정상이자율로 선택해 적용할 수 있다고 보는 것은 그 자체로 자의적인 과세권 행사에 해당한다"고 판시했다. 정상가격이란 거주자·내국법인 또는 국내사업장이 국외특수관계인이 아닌 자와의 통상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격을 말하며, 정상이자율은 특수관계인이 아닌 자 간의 통상적인 자금거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 이자율을 말한다. 구 국제조세조정에 관한 법률 시행령은 거주자와 국외특수관계인의 국제거래서의 경우, 거래 금액 및 국제금융시장의 실세이자율을 고려해 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 정상이자율로 간주되는 이자율을 신설했다. 구 국세조세조정법 시행규칙에 따라 거주자가 국외특수관계인에게 자금을 대여하는 경우 등에서는 간주정상이자율을 따르도록 하고 있다.

삼성SDS가 2010년 삼성네트웍스와 합병 이후 얻게 된 이익과 관련한 1000억여 원의 법인세 소송 항소심에서 승소했다. 서울고법 행정1-1부(재판장 심준보, 김종호, 이승한 부장판사)는 20일 삼성SDS(소송대리인 법무법인 율촌 김동수, 신기선, 전영준, 조윤희, 홍문기, 한원교 변호사)가 잠실세무서장을 상대로 낸 법인세 부과처분 취소소송(2020누39275)에서 원고패소 판결한 1심을 취소하고 원고승소 판결했다. 삼성SDS는 2010년 삼성네트웍스와 합병하면서 삼성네트웍스 주주들에게 합병신주 및 합병교부금 명목으로 총 9045억여 원을 지급했다. 삼성SDS는 이 9045억여 원과 삼성네트웍스의 순자산가액 3214억여 원과의 차액 5831억여 원 중 1656억여 원을 무형자산으로, 나머지 4174억여 원은 영업권으로 계상했다. 이후 삼성SDS는 2010 사업연도 법인세 신고 시 무형자산으로 평가해 계상한 금액 중 1611억여 원을 합병평가차익으로 보아 이를 이익에 산입했으나, 영업권에 대해선 손금 산입을 유보하고 같은 금액을 손금불산입하는 것으로 세무조정을 했다. 서울지방국세청은 2013년 11월 삼성SDS에 대한 실지조사를 실시한 결과, 삼성SDS가 영업권으로 계상한 4174억여 원이 합병평가차익에 해당하는 것으로 판단해 2010 사업연도 귀속 법인세 1490억여 원을 결정·고지했다. 이에 불복한 삼성SDS는 2016년 3월 감사원에 심사청구를 했으나 2018년 12월 기각되자 소송을 제기했다. 재판부는 "삼성SDS와 삼성네트웍스의 합병이 적격합병에 해당한다는 점에 관해 당사자 사이에 다툼이 없다"며 "두 회사의 합병은 상호 역량 보완을 통한 대외경쟁력 강화 및 경영 효율성 제고 등 '동반상승 효과'를 극대화함으로써 기업가치를 높이기 위한 것으로서, 단지 합병 시 현금 흐름을 더욱 안정화해 회사의 재무 구조를 건실화하고 유동성을 증대시키는 것뿐만 아니라, 합병법인의 영업에 미치는 영향까지 고려해 이뤄진 것으로 볼 수 있다"고 밝혔다. 이어 "두 회사 모두 합병 당시 동일한 기업집단인 삼성그룹에 속해 있는 계열회사로서 대표이사도 같았고, 삼성SDS가 합병으로 인해 계열회사인 삼성네트웍스의 상호, 거래관계, 영업상의 비밀 등을 이용할 필요성이 있었다고 단정하기도 어렵다"며 "수익가치 산정 시 삼성네트웍스의 2009년, 2010년 매출액 등을 추정할 때에도 과거 실적추이 및 최근까지의 실적, 추정손익계산서 등을 기초로 했을 뿐 삼성네트웍스의 상호나 거래관계, 영업상 비밀 등을 초과수익력 있는 무형자산의 요소로서 추정에 반영한 것으로 볼 수는 없다"고 설명했다. 그러면서 "삼성SDS는 합병 당시 한국채택국제회계기준을 따랐는데, 영업권의 경우 내용연수가 비한정인 무형자산으로 상각하는 대신 매 결산기에 손상검사를 해야 한다"며 "삼성SDS도 이에 따라 영업권에 관해 상각하지 않는 대신 매 사업연도마다 손상검사를 수행했고, 손상차손을 인식하지 않았다는 사정만으로 삼성SDS가 합병 당시 영업권에 대해 사업상 가치를 평가해 그 대가를 지급했다고 단정하기는 어렵다"고 판시했다.

영화 제작에 들어간 특수효과, 의상·미술디자인 등 개발비용은 조세특례제한법에서 세액공제 대상으로 정한 '연구·인력개발비'에 해당하지 않는다는 판결이 나왔다. 서울행정법원 행정6부(재판장 이주영 부장판사)는 지난 4월 22일 리얼라이즈픽쳐스가 중부세무서장을 상대로 낸 법인세경정 거부처분 취소소송(2021구합57940)에서 원고패소 판결했다. 영화 '신과 함께' 시리즈 등을 제작한 리얼라이즈픽쳐스는 2019년 4월 중부세무서에 "2015 내지 2017 사업연도의 법인세가 공제돼야 한다"고 주장하면서 해당 사업연도 법인세 이월공제액의 증액을 청구하고, 이월공제액 증가에 따른 2018 사업연도 법인세 7억2700여만원의 감액 및 환급을 요구하는 경정 청구를 했다. '신과 함께' 시리즈 등 영화 제작 과정에서 사용한 특수효과, 의상디자인, 미술디자인 등 위탁개발비용 162억8300만원이 조세특례제한법에서 세액공제 대상으로 정한 연구·인력개발비에 해당한다는 주장이었다. 하지만 중부세무서는 "영화들을 제작하는 과정에서 지출된 디자인 비용은 조세특례제한법 및 시행령에서 정한 고유디자인의 개발을 위한 비용에 해당하지 않으므로, 세액공제 대상인 연구·인력개발비에 해당하지 않는다"며 거부했다. 리얼라이즈픽쳐스는 조세심판원에 중부세무서의 경정거분처분을 취소해달라는 심판을 청구했지만 기각되자 소송을 냈다. 재판부는 "경정청구 당시 법인세 과세표준이나 세액의 감액경정을 청구한 것이 아니라 이월공제액의 증액을 청구했다"며 "해당 경정청구 중 법인세 이월공제액의 증액을 구하는 부분은 법인세 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이나 결손금액 또는 환급세액의 경정을 구하는 것에 해당하지 않아 경정청구 사유가 있다고 보기 어렵다"고 밝혔다. 또 "조세특례제한법에서 연구개발비에 대한 세액공제를 인정하는 취지는 연구개발에 투자하는 기업이 감내해야 하는 비효율 내지 위험에 대해 세액 감면이라는 안전장치 내지 보상책을 마련함으로써 연구개발에 대한 기업의 투자를 독려하고 국민경제의 건전한 발전에 이바지하기 위한 것"이라며 "기존 영화에서 사용하지 않았던 특수효과나 디자인을 사용했더라도 통상적인 영화 제작활동을 수행한 것에 불과해 세액공제 대상인 연구개발비에 해당한다고 볼 수는 없다"고 설명했다. 그러면서 "영화 제작에 사용된 특수효과 및 디자인 비용의 세액공제 산입 여부를 제한해 해석하지 않는다면, 영화 제작에 사용된 특수효과 비용과 디자인 비용은 대부분 세액공제 대상에 해당하게 되는 결과가 된다"며 "이는 연구개발비 세액공제 규정의 취지와 전혀 부합하지 않는다"고 판시했다.

납세의무자가 실제 거래가격대로 수입신고를 했으나 과세관청이 과세가격 결정방법을 다르게 적용해 관세를 부과했다면 세법상 과세가격 결정방법 중 '과세가격의 일부를 신고하지 않은 경우'에 해당하지 않으므로 5년의 장기부과제척기간을 적용할 수 없다는 판결이 나왔다. 대법원 민사1부(주심 오경미 대법관)는 A사가 부산세관장을 상대로 낸 관세 등 부과처분 취소소송(2021두60441)에서 원고승소 판결한 원심을 최근 확정했다. A사는 국외 관계사인 B사 등으로부터 장난감을 수입해 판매하는 회사인데, 싱가포르 법인인 C사가 A사 지분 100%를 소유하고 있고 미국 본사인 D사가 C사 지분 100%를 소유하면서 A사는 C사의 자회사, D사의 손자회사인 구조를 가지고 있었다. 과세과격의 일부신고 하지 않은 경우 해당 안 돼 A사와 수출자인 B사는 모두 미국 본사의 100% 자회사 또는 손자회사로서 공동으로 미국 본사의 지배를 직·간접으로 받는 관세법 시행령 제23조 제1항 제6호에서 정한 특수관계에 있었고, 주문자 상표부착 생산(OEM) 밴더 업체들로부터 생산 물품은 수출자인 B사가 아시아 시장 판매를 위해 완성품 보관 목적으로 운영하는 중국 소재 물류창고에 입고됐다. 이에 A사의 주문내역에 따라 물류창고에서 제품을 선적해 A사에 운송하면 수출자인 B사가 A사에 송장을 발행하고, A사는 송장에 기재된 대금을 B사에게 지급했다. 한편, 부산세관은 2016년 1월부터 A사에 대한 기업심사를 실시해 A사가 2010년 12월부터 2015년 12월까지 수출자 B사로부터 물품들을 수입하면서 부산세관에 신고한 물품의 수입가격과 관련해 A사와 B사 사이의 특수관계가 거래가격에 영향을 주었다고 판단된다는 이유로 A사의 거래가격을 부인하고, 각 물품의 국내 판매가격을 기초로 한 과세가격 산정방법에 따라 과세가격을 결정했다. 이에 따라 부산세관은 2016년 7월 A사가 수입한 물품들의 수입신고에 대해 관세, 부가가치세, 관세가산세 등을 부과했고 이후 세액 결정의 오류 등을 이후로 세액경정 통지를 통해 합계 54억여원을 부과했다. 특히 A사의 관세법 제30조에 따른 수입신고가격(제1방법)이 저가로 신고돼 가격 중 일부를 누락한 것으로서 5년의 장기부과제척기간이 적용된다고 보고 관세법 제33조에 따른 해당 품목(바비인형)의 국내 판매가격을 기초로 한 과세가격 산정방법(제4방법)에 따라 과세가격을 결정해 부과했다. 수입회사 승소 원심 확정 이에 불복한 A사는 조세심판원에 과세처분 및 경정통지에 대해 심판청구를 했으나, 조세심판원이 이를 기각하자 소송을 냈다. 1심은 "2012년 7월 이후에 수입신고가 이뤄진 수입물품에 관해 동종·동류비율에 의해 이윤 및 일반경비를 산정해야 함에도 부산세관은 물품 전부에 관해 2012년 2월 개정된 관세법 시행령에 따라 이윤 및 일반경비를 산정했다"며 "결과적으로 A사에게 유리할 가능성이 있다고 하더라도 그러한 사정만으론 관세법령 위반의 하자가 치유된다고 보기 어렵다"며 원고승소 판결했다. 2심은 "조세법률주의 원칙상 조세법규는 문언 그대로 엄격하게 해석해야 한다"며 "납세의무자가 실제거래가격대로 수입신고를 하고 자료도 제출했으나 과세관청이 사후에 과세가격의 결정방법을 달리 적용해 물품의 과세가격 및 관세액 등을 달리 산정하는 경우엔 과세가격의 결정방법에 '과세가격의 일부를 신고하지 않은 경우'에 해당한다고는 할 수 없다"고 판단하면서 1심과 마찬가지로 A사의 손을 들어줬다. 2심은 "관세에 관한 법률관계를 조기에 확정하기 위해 부과제척기간을 2년으로 규정한 관세법 제21조의 입법취지가 몰각될 우려가 있는 점 등에 비춰 부과처분 중 2013년 8월 이전에 수입신고된 물품에 대한 부분은 관세법에서 정한 2년의 부과제척기간이 도과한 후에 이뤄진 것으로 위법해 취소돼야 한다"고 판시했다. 대법원도 이 같은 원심을 확정했다. A사를 대리한 조성권(55·사법연수원 23기) 김앤장 법률사무소 변호사는 "납세의무자가 실제거래가격대로 수입신고했음에도 세관장이 이를 부인하고 과세가격의 결정방법을 달리해 산정된 과세가격으로 과세하는 경우 납세의무자가 일부미신고한 경우에 해당하지 않아 장기부과제척기간이 적용될 수 없다고 판단한 최초의 사례"라며 "관세법상 장기부과제척기간 적용기준을 명시적으로 세웠다는 것에 의미가 있다"고 설명했다.

가습기 살균제 사태와 관련해 공정거래위원회가 문제의 가습기 살균제를 제조·판매한 SK케미칼 등에 대해 표시·광고의 공정화에 관한 법률상 부당한 표시행위 혐의로 과징금 처분을 내린 것은 제척기간 도과로 위법하다고 본 원심 판결이 파기됐다. 대법원은 이 사건에서 2012년 3월 개정된 공정거래법 시행 전후에 걸쳐 표시광고법이 금지하는 부당한 표시행위가 이뤄진 경우 제척기간의 기산점이 되는 '위반행위 종료일'은 해당 상품을 수거하는 등 그 위반행위를 시정하기 위해 필요한 조치가 완료된 '위법상태가 종료된 때'로 해석해야 한다는 기준을 제시했다. 대법원 특별2부(주심 천대엽 대법관)는 SK케미칼·SK디스커버리가 공정위를 상대로 낸 시정명령 및 과징금 납부 명령 취소소송(2019두58407)에서 원고승소 판결한 원심을 파기하고 최근 사건을 서울고법으로 돌려보냈다. 대법원 특별3부(주심 김재형 대법관)도 애경산업이 공정위를 상대로 낸 시정명령 등 취소소송(2019두35978)에서 원고승소 판결한 원심을 같은 이유로 파기하고 사건을 서울고법으로 돌려보냈다. 공정위는 SK케미칼 등이 클로로메틸아이소티아졸리논(CMIT)·메틸아이소티아졸리논(MIT) 성분 등이 들어간 가습기 살균제를 판매하면서 '천연성분', '산림욕 효과' 등을 제품에 표시하고 인체 안전과 관련된 정보들을 은폐·누락했다는 이유(부당한 표시행위 혐의)로 2018년 3월 시정·공표명령과 함께 과징금 납부를 명령했다. 이에 SK케미칼 등은 제척기간이 이미 지난 일에 대해 제재 처분을 내린 것이라며 공정위 처분의 취소를 청구하는 소송을 냈다. ‘가습기 살균제’ 관련 SK케미칼·애경 등 부당표시 혐의 1,2심은 제척기간과 관련해 개정 전 공정거래법이 적용됨을 전제로 해당 표시행위는 SK케미칼 등이 제품 생산을 중단한 2011년 8월 31일 또는 제품을 적극적으로 수거하기 시작한 2011년 9월께 종료됐다고 보고 2018년 3월 19일에야 이뤄진 공정위의 제재 처분은 '위반행위 종료일'부터 5년의 제척기간이 지난 뒤 이뤄져 위법하다면서 SK케미칼 등의 손을 들어줬다. 하지만 대법원의 판단은 달랐다. 재판부는 "이 사건에 적용되는 법령은 원고들의 '위반행위 종료일'이 개정 공정거래법 시행 이전인지 아니면 그 이후인지에 따라 달라지는데, 위반행위 종료일이 시행 이전이면 개정 전 공정거래법이 적용돼 제척기간이 경과됐고, 위반행위 종료일이 시행 이후면 개정된 공정거래법이 적용돼 제척기간이 경과되지 않았다고 볼 여지가 있다"고 밝혔다. 개정 전 공정거래법상 제척기간은 '위반행위 종료일부터 5년', 개정된 공정거래법상 제척기간은 '조사개시일부터 5년 또는 행위종료일부터 7년'이다. 재판부는 "공정위가 조사에 착수한 시점 전후에 걸쳐 위반행위가 계속된 때에는 그 위반행위가 종료된 시점에서야 비로소 '최초로 조사하는 사건'에 해당된다고 할 것이므로, 이 경우 공정거래법 부칙 제3조에서 정하는 조사개시일은 그 '위반행위 종료일'로 보는 것이 타당하다"고 설명했다. 그러면서 "부당한 표시와 함께 해당 상품을 유통할 수 있는 상태가 지속되는 이상 부당한 표시행위로 인한 위법 상태는 계속되는 것이므로 상품을 수거하는 등 그 위반행위를 시정하기 위해 필요한 조치가 완료된 때(위법상태가 종료된 때)를 '위반행위의 종료일'로 봐야 한다"며 "'공정위가 조사를 착수한 시점 전후에 걸쳐 위반행위가 계속된 경우'에는 표시광고법 제16조 2항 전단에 의해 준용되는 개정된 공정거래법 제49조 4항 1호에서 제척기간의 기산점으로 정한 '조사개시일'은 '위반행위 종료일', 즉 '위법상태가 종료된 때'라고 해석된다"고 판시했다. 파기 환송심에서 위법상태가 종료된 때를 추가로 심리해 위반행위 종료일 및 제척기간 경과 여부를 다시 판단해야 한다는 취지다. 대법원, ‘과징금 처분 제척기간 도과로 위법’ 원심 파기 재판부는 아울러 "원고들은 종래 해당 표시행위를 해 제품을 생산·유통해오다가, 2011년 8월 31일경부터는 더 이상 직접 또는 대리인을 통해 생산·유통하지 않은 것으로 보이지만, 그 후로도 해당 제품은 제3자에 의해 같은 표시를 한 상태로 유통된 적이 있어 제품의 유통이 종료된 것으로 단정할 수 없다"며 "2011년 12월 30일 제품의 판매 등이 법적으로 금지되었다고 하더라도 2012년 이후에도 이 사건 제품이 지속적으로 수거된 자료가 존재하고, 2013년 3월 무렵에도 제품이 소비자에게 판매되거나 판매할 목적으로 진열되어 있었던 자료가 존재해 판매 등이 법적으로 금지되었음을 제대로 인식하지 못한 채 제품이 사실상 유통되고 있었을 가능성을 배제할 수 없다"고 지적했다. 그러면서 "만일 이 사건 표시행위를 시정하기 위해 필요한 조치가 개정 공정거래법 시행일인 2012년 6월 22일 이후에 완료되었다면 개정 공정거래법 제49조 4항의 제척기간 규정이 준용되고, 그러한 조치가 2013년 3월 19일 이후에 완료됐다면 그로부터 5년이 지나기 전인 2018년 3월 19일에 이루어진 이 사건 처분은 제척기간이 지나지 않은 것이 된다"고 덧붙였다. 대법원 관계자는 "제품 판매 등이 법적으로 금지됐다고 해도 사실상 유통 가능성이 있다면 위반행위를 시정하기 위해 필요한 조치가 완료됐다고 단정할 수 없고, 제품의 유통량과 유통방법, 이루어진 수거 등 조치의 내용과 정도, 소비자의 피해에 대한 인식 정도와 소비자에 의한 피해 회피의 기대 가능성 등을 종합적으로 고려해 해당 표시행위를 시정하기 위해 필요한 조치가 언제 완료되었는지를 판단해야 한다고 설시함으로써 기업의 사회적 책임 및 소비자 보호를 강조한 판결"이라고 설명했다.

세무공무원이 잘못 안내해 스톡옵션 행사이익을 양도소득으로 신고했더라도 납세자는 종합소득세를 납부해야 한다는 판결이 나왔다. 세무공무원이 착오로 잘못 안내했더라도 이를 종합소득세 신고·납부의무 불이행의 면책사유로 삼을 수 없다는 이유에서다. 서울행정법원 행정2부(당시 재판장 이정민 부장판사)는 A씨가 서울동작세무서장을 상대로 낸 가산세 부과처분 취소소송(2021구합52112)에서 최근 원고패소 판결했다. A씨는 다국적 IT기업의 한국법인 대표를 지내다가 2019년 3월 퇴사했는데, 재직 중 모기업인 B사로부터 스톡옵션 및 양도제한조건부주식(RSU·Restrict Stock Unit)을 받았다. A씨는 2014년 5월 B사 주식 4만523주에 대한 스톡옵션을 행사하고 2015년 5월 동작세무서에 스톡옵션 행사이익 및 이와 별도로 2008년 취득한 후 2014년 양도한 B사 주식 3116주의 양도차익에 대한 2014년 귀속 양도소득세 2억3000여만원을 신고·납부했다. 이후 서울지방국세청장은 2019년 3~6월 A씨에 대한 2013~2017년 귀속 종합소득세 세무조사를 실시해 A씨가 근로소득으로 신고하지 않은 B사 주식 4만523주에 대한 스톡옵션 행사 이익 10억7300여만원을 귀속 종합소득세 수입금액으로 가산하고, A씨가 신고·납부한 2014년 귀속 양도소득세 2억3000여만원 중 스톡옵션 행사이익과 관련된 세액 2억1900여만원을 감액·환급하는 내용의 과세자료를 통보했다. 이에 따라 동작세무서는 2019년 9월 A씨에 대해 2014년 귀속 종합소득세 본세 3억9900여만원과 신고불성실가산세 3800여만원, 납부불성실 가산세 1억8100여만원 등 6억1900여만원을 경정·고지했고, 별도로 환급가산금 등 2억3600만원을 환급했다. 이에 불복한 A씨는 2019년 11월 조세심판원에 심판 청구를 제기했으나 기각되자 소송을 냈다. 재판에서 A씨 측은 "스톡옵션 행사이익에 대한 세금을 탈루할 의사가 없었고, 세무처리에 대한 지식이나 정보가 전혀 없었던 관계로 관할 세무서 직원 등과 상담하고 그 안내에 따라 신고한 것"이라며 "일반인으로서는 이를 양도소득으로 신고해야 하는지 근로소득으로 보고 종합소득으로 신고해야 하는지를 판단하기 어려웠다"고 주장했다. 재판부는 "세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위해 납세의무자가 법에 규정된 신고·납세 등 각종 의무를 위반한 경우 법이 정하는 바에 의해 부과하는 행정적 제재로서 정당한 사유가 있는 때에는 이를 부과하지 않는다"며 "그러나 납세의무자의 고의·과실은 고려되지 않고, 법에 규정된 신고·납부의무를 위반한 이상 그에 대한 가산세를 부과함에 있어 납세의무자에게 세금탈루 의사가 있었을 것을 요하지 않는다"고 밝혔다. 이어 "A씨의 주장과 같이 세무서 직원이 해당 스톡옵션 행사이익을 양도소득으로 신고해야 한다고 설명했다 하더라도, 세무공무원의 이러한 언동은 사실관계의 오인에서 비롯된 착각이거나 관계 법령에 어긋나는 것이 명백하다"며 "A씨가 이를 믿고 따랐다 해서 해당 스톡옵션 행사이익에 대한 종합소득세 신고·납부의무의 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 볼 수 없다"고 설명했다. 그러면서 "신고납부방식의 조세에 있어 과세관청이 납세의무자에게 자진신고 납부서나 신고납부용 고지서를 교부하는 행위는 납세의무자의 편의를 도모하기 위한 사무행위에 불과하고, 과세관청이 납세의무자의 신고에 따라 세액을 수령하는 것 역시 단순한 사실행위에 불과할 뿐 확인적 부과처분으로 볼 수 없다"며 "동작세무서 직원이 A씨에게 신고서 양식을 교부했다거나 A씨로 하여금 해당 스톡옵션 행사이익이 신고한 대로 양도소득세에 해당한다는 신뢰를 가지게 했다거나 그에 관한 공적인 견해를 표명했다고 볼 수 없어 동작세무서의 처분이 신의성실의 원칙에 반한다고 할 수 없다"고 판시했다.

우리나라 기업이 외국 기업에 지급한 계약금이 위약금으로 몰취된 경우 그 위약금에 대한 법인세도 우리나라 기업이 원천징수해 납부해야 한다는 대법원 판결이 나왔다. 대법원 특별2부(주심 박상옥 대법관)는 A사가 서울 서초세무서장을 상대로 낸 법인세 부과처분 취소소송(2017두38645)에서 최근 원고승소 판결한 원심을 취소하고 사건을 서울고법으로 돌려보냈다. 우리나라 법인인 B사는 2008년 외국 법인인 C사와 호텔 지분 100%를 매수하는 계약을 맺고 그해 11월까지 매매대금을 정산하기로 했다. B사는 C사에 계약금으로 590억원을 지급했다. A사는 그해 11월 B사의 계약당사자 지위를 승계했으나, 정산일까지 매매대금을 지급하지 못했다. 결국 A사는 계약금 590억원을 위약금으로 몰취당했다. 과세당국은 C사에 귀속된 계약금 590억원이 국내 원천소득 중 '계약의 해약으로 인하여 국내에서 지급하는 위약금'에 해당하는데도 A사가 법인세를 원천징수해 납부하지 않았다며 2013년 A사에 법인세 161억여원을 과세했다. 이에 반발한 A사는 소송을 냈다. 재판부는 "A사는 매매대금 정산완료일까지 매매대금을 지급하지 못해 약정에 따라 계약금 590억원이 몰취됐고, 외국법인인 C사에 최종 귀속된 계약금의 25%에 해당하는 돈을 원천징수해 납부할 의무가 있다"고 밝혔다. 이어 "외국법인에 지급된 계약금이 추후 위약금 또는 배상금으로 몰취된 경우 아무런 근거규정 없이 매수인에게 원천징수의무가 인정되지 않는다고 해석한다면 당사자들간 약정에 따라 외국법인의 국내원천소득에 대한 법인세 징수가 불가능해지는 불합리한 결과가 발생할 수 있다"며 "매수인이 외국법인인 매도인에게 국내에서 계약금을 지급했다가 매매계약에서 정한 채무를 불이행함으로써 계약금을 위약금으로 하는 내용의 약정에 따라 계약금이 몰취된 경우, 매수인은 구 법인세법에 따라 외국법인의 국내원천소득인 위약금에 대한 법인세를 원천징수해 납부할 의무가 있다"고 판시했다. 1심은 "A사는 위약금에 대한 법인세를 원천징수할 의무가 있다"며 과세당국의 손을 들어줬다. 그러나 2심은 "채무불이행으로 매매계약이 해제되고 특약에 따라 계약금이 위약금 또는 배상금으로 대체되는 경우 매수인은 그 돈에 대한 법인세 원천징수의무를 부담하지 않는다"며 A사의 주장을 받아들였다.