대학교수 A씨와 의사인 B씨 부부는 어린 두 자녀와 함께 2007년 9월 부동산 매매·임대업을 하는 C사 주식을 100% 인수했다. 이후 남편 A씨는 C사 감사로, 아내 B씨는 대표이자 사내이사로 취임했다. 다른 임원은 없었다. A씨 부부가 C사 임원의 전부였다. 두 아들은 대주주였다. 2011년 1월 A씨 부부는 임시주주총회를 열어 임원인 자신들의 급여와 상여금, 퇴직금 등으로 70억여원을 지급하고 이 금액을 법인 손금에 산입해 법인세 신고를 했다. 하지만 세무당국은 "주총날이 월요일이라 B씨는 진료를 보고 두 아들은 학교에 가느라 총회에 참석하기 어려웠을 것"이라며 "총회는 실제로 열리지 않았고 금액이 객관적이지도 않다"며 C사에 11억원의 세금을 추가로 납부하라고 통지했고, C사는 이에 반발해 소송을 냈다. 대법원 특별1부(주심 이기택 대법관)는 C사가 "임원들에게 지급한 퇴직금이 과다하다고 손금 산입을 인정해주지 않은 것은 부당하다"며 금천세무서와 서울지방국세청을 상대로 낸 법인세 등 부과처분 취소소송(2015두53398)에서 원고승소 판결한 원심을 깨고 최근 사건을 서울고법으로 돌려보냈다. 재판부는 "법인세법 제26조 1호는 '인건비' 가운데 '과다하거나 부당하다고 인정되는 금액'은 손금에 산입하지 않도록 규정하고 있다"며 "가족관계 등 밀접한 관계에 있는 자가 퇴직임원으로서 급격하게 인상된 퇴직급여를 받게 됐고 그에 따라 실제로 지급된 퇴직급여액이 근속기간과 근무내용에 비춰볼 때 도저히 근로나 공헌에 대한 대가라고 보기 어려운 과도한 금액일 때는 손금에 산입할 수 없다"고 밝혔다. 이어 "C사는 A씨 부부가 그의 자녀들과 함께 발행 주식 전부를 보유하면서 임원으로 있는 회사이고, A씨 부부에게 지급된 퇴직금은 이들의 공로 등을 감안하더라도 지나치게 많은 액수"라며 "C사가 문제의 퇴직금을 지급한 이후 자금부족을 겪었던 점 등을 감안할 때 문제의 퇴직금은 C사가 임원이자 주주인 A씨 부부에게 퇴직급여의 형식을 빌려 법인자금을 분여하기 위한 일시적인 방편에 불과하고 이에 대해 법인세를 내지 않은 것은 잘못"이라고 설명했다. 앞서 1,2심은 "B씨의 진료가 예약제로 이뤄져 주총에 참석할 수 있었을 것이고 두 아들은 부모가 대리할 수 있었을 것"이라며 "퇴직금 지급금액도 과하다고 보기 어렵다"며 원고승소 판결했다.

대법원 특별2부(주심 이상훈 대법관)는 이른바 '여대생 청부살해사건'의 주범이자 류원기(67) 영남제분 회장의 부인인 윤길자(70)씨가 강남세무서장을 상대로 낸 증여세 부과처분 취소소송 상고심(2014두11724)에서 원고패소 판결한 원심을 최근 확정했다. 이 사건은 청부살해사건과 무관하지만 윤 씨가 주목을 받으면서 알려졌다. 윤씨는 2000년 서울 강남구의 한 빌라를 8억 6000만원에 구입하면서 남편 류씨로부터 9억원을 자신의 계좌로 입금받아 매매대급으로 지급하고 자녀들과 함께 거주했다. 서울지방국세청은 윤씨가 8억6900여만원을 남편에게 증여받은 것으로 판단하고 증여세 2억 5000여만원을 부과했다. 윤씨는 이에 불복해 과세전 적부심사를 청구했고 과세당국은 윤씨가 남편에게 반환한 4억원을 반영해 과세표준과 세액을 경정하라는 결정을 했다. 이에 따라 윤씨는 1억3800여만원의 부과처분을 받았고 감사원 심사와 국세청의 재조사를 거치며 최종적으로 과세가액을 5억원, 총 결정세액 1억5000여만원으로 증액하는 결정을 받았다. 이에 윤씨는 "빌라를 살 때 돈이 부족해 남편에게 9억원을 빌렸다가 나중에 갚았다"며 증여세를 취소해 달라는 소송을 냈다. 1심은 "윤씨가 남편으로부터 9억원을 입금받았다는 사실만으로는 이를 증여받았다고 인정하기 어렵다"며 윤씨 손을 들어줬다. 하지만 2심은 "윤씨에게 입금된 9억원은 애초 류씨 재산이기 때문에 부인인 윤씨에게 증여한 것으로 볼 수 있다"며 "윤씨가 자녀들과 거주할 빌라를 사기 위해 굳이 남편에게 그 돈을 빌린다는 것은 매우 이례적인 일"이라며 1심의 판결을 뒤집었다. 대법원도 원심을 따라 "윤씨가 그 계좌에 입금된 9억원 중 적어도 5억원을 남편 류씨로부터 증여받았다고 본 판단은 정당하다"고 밝혔다.

부동산에 대한 세금 감면 혜택은 부동산을 상속한 사람도 받을 수 있다는 판결이 나왔다. 서울행정법원 행정5단독 김종민 판사는 최근 김모씨가 송파세무서를 상대로 낸 양도세부과 경정거부처분 취소소송(2013구단50695)에서 원고승소 판결했다. 김 판사는 판결문에서 "김씨는 남편의 사망에 따라 신축주택을 상속받았고, 신축주택 세금감면을 받을 수 있는 '주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자'의 지위를 포괄적으로 승계했기 때문에 세금감면 대상에 해당한다"고 밝혔다. 또 "신축주택 취득자의 양도소득세 감면 규정은 신규주택의 수요창출을 통해 건설경기 회복을 지원하고 주택건설을 촉진하는 데 있다"며 "김씨는 남편의 사망에 따라 신규주택을 상속받았으므로 김씨에게 양도소득세 감면 혜택을 주는 것이 입법 취지에 부합한다"고 덧붙였다. 김씨는 경기 광주시의 아파트 한 채를 1억3000여만원에 분양받은 남편이 2003년 사망하자 아파트를 단독 상속했다. 김씨는 2008년 아파트를 2억9500만원에 매도하고 양도소득세로 4300여만원을 냈다. 이후 김씨는 조세특례제한법에 따라 신축주택 세금 감면혜택을 남편의 상속인인 자신에게도 적용해 달라며 양도세액 경정을 청구했지만, 세무서가 "최초 계약자인 남편에게만 적용될 뿐 상속인에게는 적용할 수 없다"며 거부하자 지난 3월 소송을 냈다.

부부가 세금 탈루를 위해 가장이혼 했더라도 이혼의 효력은 유효하기 때문에 재산분할 후 생긴 세금을 이혼 전의 재산 소유자인 배우자에게 부과해서는 안 된다는 판결이 나왔다. 서울행정법원 행정3단독 문준섭 판사는 지난달 26일 채모(62)씨가 강서세무서를 상대로 낸 양도소득세 부과처분 취소소송(2012구단12498)에서 원고일부승소 판결했다. 문 판사는 판결문에서 "채씨와 남편이 아파트 지분 매매에 관한 양도소득세를 탈루할 목적으로 이혼신고만 하고 실제로는 부부로서 공동생활을 하고 있다 하더라도 이혼의 효력이 부정되는 것은 아니다"라며 "이혼이 법률적으로 유효한 이상 그에 따라 이뤄진 재산분할도 유효하다"고 밝혔다. 또 "적정한 재산분할의 범위를 초과하는 부분에 대해서는 명의신탁된 것으로 볼 수 있는 특별한 사정이 없는 한, 재산분할 이후에도 여전히 아파트 지분이 채씨에게 귀속된다고 단정할 수 없다"며 "가장이혼을 이유로 채씨가 여전히 아파트 지분의 실질적 소유자라고 결론짓고 세금을 부과한 것은 부당하다"고 덧붙였다. 아버지로부터 물려받은 목동의 아파트를 어머니와 공동상속한 채씨는 2006년 남편과 이혼하며서 자신이 가진 아파트 지분 5분의 2를 재산분할로 양도했다. 채씨의 어머니와 남편은 아파트를 11억여원에 팔았지만, 남편은 납부할 양도소득세가 없다고 신고했다. 강서세무서는 채씨와 남편이 가장이혼했고 아파트 매매에 따른 양도소득은 실제로 채씨에게 있다는 이유로 2011년 양도소득세 1억6000여만원을 부과했다. 채씨는 지난해 5월 소송을 냈다.

강남 최대 유흥주점 '어제오늘내일(YTT)' 운영자의 부인을 실소유주로 보고 세금 17억여원을 부과한 것은 부당하다는 판결이 나왔다. 서울행정법원 행정5부(재판장 김경란 부장판사)는 지난 20일 YTT 운영자 김모씨의 부인이 강남세무서를 상대로 낸 부가가치세 부과처분 취소소송(2012구합28896)에서 원고승소 판결했다. 재판부는 "남편 김씨가 사업장의 전체적인 운영을 하고, 단지 부인 명의로 주류공급계약을 체결하고 부인 명의의 예금계좌를 이용한 것으로 보인다"며 "유흥주점 운영에 아무런 경험이 없는 가정주부가 초대형 규모의 유흥주점을 실제 운영했다고 보기 어렵다"고 밝혔다. 또 "남편 김씨가 유흥주점 이용객들에게 성매매를 알선한 혐의와 조세포탈 혐의로 검찰에 기소돼 유죄판결을 받은 점을 보면 실소유자는 부인이 아니라 남편 김씨"라고 덧붙였다. YTT는 서울 강남구 논현동 위치한 국내 최대 유흥주점으로 세무당국은 2011년 세무조사를 통해 부인을 실소유주로 보고 2010~2011년 매출 누락 부분에 대해 세금을 부과했다. 남편 김씨는 성매매 알선과 조세포탈 등 혐의로 지난 3월 징역 3년과 벌금 30억원, 추징금 3억1000여만원을 선고받았다.

채무자가 이혼하면서 배우자에게 재산분할 명목으로 재산을 증여했다면 채권자는 원칙적으로 증여행위를 취소할 수 없다는 대법원 판결이 나왔다. 채무자의 증여행위를 취소하려면 채무자가 이혼을 가장해 강제집행을 면하려고 한다는 점을 채권자가 입증해야 한다는 것이다. 대법원 민사1부(주심 고영한 대법관)는 지난달 28일 삼성세무서가 전모씨의 전처 성모씨를 상대로 낸 사해행위 취소소송 상고심(2012다82084)에서 원고일부승소 판결한 원심을 깨고 사건을 서울고법으로 돌려보냈다. 재판부는 판결문에서 "이혼시의 재산분할이 민법 규정 취지에 반해 상당하다고 할 수 없을 정도로 과대하고, 재산분할을 구실로 이뤄진 재산처분이라고 인정할 만한 특별한 사정이 없는 한 사해행위로써 채권자취소권 대상이 되지 않고, 사해행위로써 채권자 취소권의 대상이 되는 경우에도 취소되는 범위는 그 상당한 부분을 초과하는 부분에 한정된다"고 설명했다. 이어 "성씨가 남편 전씨로부터 2007년 12월 상당한 돈을 지급받은 뒤 2008년 5월 30일 협의이혼 신고를 했지만, 단지 금전지급이 협의이혼 신고를 하기 6개월여 전에 이뤄졌다는 사정만으로 이를 이혼에 따른 재산분할이 아니라고 단정할 수는 없다"고 밝혔다. 재판부는 "원심은 성씨와 전씨 사이의 협의이혼과 금전지급 경위 등을 좀 더 심리해 실제로 그 지급이 재산분할에 해당하는지, 만일 그렇다면 쌍방의 재산보유 상황 등 두 사람의 혼인 이후 이혼에 이르기까지의 모든 사정을 종합해 성씨가 받을 적정한 재산분할의 액수를 확정한 다음 이를 초과하는 부분이 있을 경우 그 부분에 한해 사해행위로 취소를 명했어야 했는데, 금전 지급이 이혼에 따른 재산분할이라고 볼 수 없다고 단정한 위법이 있다"고 지적했다. 전씨는 2007년 8월 서울 강남구 개포동 아파트 등 시가 총액 10억7800만원인 아파트 세 채를 팔았다가 삼성세무서로부터 종합부동산세와 양도소득세 등 4억3000여만원의 세금을 부과받았다. 같은해 12월 부인 성씨에게 3억3000여만원을 지급한 전씨는 2008년 5월 협의이혼했다. 다음해 삼성세무서는 "전씨가 실제 이혼의사가 없는데도 가장이혼을 했다"고 주장하며 전씨의 증여행위를 취소해달라는 소송을 냈다. 성씨는 받은 돈에 대해 "증여계약에 의해 받은 게 아니라 이혼에 따른 재산분할로 받은 것이므로 채권자 취소권의 대상이 아니다"라고 주장했다. 그러나 1,2 심은 "6개월 이후에 있을 이혼을 위해 재산분할의 명목으로 미리 금전을 지급한다는 것은 이례적이고, 이혼 이후에도 전씨가 성씨 명의로 주식거래를 하는 등을 고려하면 전씨가 지급한 돈은 재산분할로 인한 것으로 볼 수 없다"며 성씨에게 세금 1억5000여만원을 납부하라고 판결했다.

결혼으로 인해 일시적으로 3주택 이상을 보유하게 된 가구에 양도소득세를 60% 중과세하는 것은 헌법에 위반된다는 헌법재판소 결정이 나왔다. 헌재는 24일 최모씨가 1세대가 3주택 이상을 보유하는 경우 양도소득세율을 과세표준의 60%의 고율로 정하고 있는 소득세법 제104조1항 제2호의3에 대해 낸 헌법소원심판사건(☞2009헌바146)에서 재판관 7(헌법불합치):1(합헌)의 의견으로 "혼인과 가족제도의 보호를 규정한 헌법 제36조1항에 위반된다"고 결정했다. 다만, 법공백 사태를 우려해 내년 6월 30일까지는 법조항을 계속 적용하도록 하는 잠정적용 형식의 헌법불합치 결정을 내렸다. 헌재는 "혼인으로 세대를 합침으로써 새로이 1세대 3주택 이상에 해당하게 되는 자를 고려하는 등의 완화규정을 두지 아니한 채 1세대 3주택 이상에 해당한다는 이유만으로 주택 양도소득세를 중과세하도록 하는 것은 과잉금지원칙에 반해 헌법 제36조1항이 정하고 있는 혼인의 자유를 침해하고 혼인에 따른 차별금지원칙에 위배된다"고 밝혔다. 하지만 헌재는 "소득세법 조항에 대해 단순위헌결정을 해 효력을 상실시키면 중과세에 합리적인 이유가 있다고 볼 수 있는 경우에 대해서까지 중과세의 근거 규정이 사라지게 된다"며 "현재 시행중인 소득세법 조항에 대해서는 헌법불합치 결정을 하고 2013년 6월 30일까지 입법자가 위헌성을 제거한 새로운 입법을 할 때까지 잠정적용을 명한다"고 설명했다. 헌재는 법원에 계류중인 당해사건에서는 구 소득세법 조항의 적용을 중지시켰다. 이번 결정으로 인해 현행 소득세법 조항이 잠정적용되므로 1세대 3주택 보유자에 대해서는 여전히 60%의 양도소득세율이 적용된다. 다만, 부부가 결혼해 1세대가 되면서 3주택이 된 경우는 상당한 기간 내에 보유주택 수를 줄이는 경우 중과세를 부과하지 않는 경과규정을 내용으로 하는 개선입법이 이뤄지면 그 때 최종적인 세율부담이 결정된다. 한편 김종대 재판관은 "혼인이나 가족관계를 결정적 근거로 한 차별 취급이라고도 볼 수 없으며 단지 합리적인 조세제도 운용에 있어 파생된 부수적인 결과물"이라며 합헌의견을 냈다. 주택 두채를 소유하고 있던 최씨는 결혼 후 남편 소유의 주택과 합쳐 3주택이 됐다. 2006년 최씨 소유의 주택 한 채가 경매에 넘어가 60%의 세율이 적용된 양도소득세를 내게 되자 강남세무서에 감액경정청구를 냈으나 거절당했다. 최씨는 행정소송을 냈고, 항소심 계속 중 낸 위헌법률심판제청신청이 기각당하자 2009년 헌법소원을 냈다.

주택 양도소득세 비과세 대상인 1세대 1주택에 해당되기 위해 반드시 배우자가 해당 주택에 함께 거주할 필요는 없다는 판결이 나왔다. 양도소득세 비과세 여부는 배우자가 각각 비과세 요건을 갖추면 된다는 이유에서다. 서울행정법원 행정1단독 최호식 판사는 3일 A씨가 서울 노원세무서장을 상대로 제기한 양도소득세부과처분취소소송(2010구단19907)에서 원고승소 판결했다. 재판부는 판결문에서 "1세대 1주택의 양도로 인해 발생한 소득에 대해 양도소득세를 부과하지 않는 취지가 국민의 주거생활의 안정과 거주이전의 자유를 보장하려는 데에 있는 점에 비춰 보면 1세대 1주택에 해당하기 위해 반드시 '세대주 전원'이 당해 주택에 거주해야 하는 것은 아니다(대법원 97누7479)"며 "배우자가 있는 거주자의 경우 양도소득세가 비과세되는 1세대 1주택에 해당하기 위해서는 거주자 또는 그 배우자가 보유 및 거주요건을 갖추면 되고, 거주자가 반드시 그 배우자와 함께 당해 주택에 거주해야만 하는 것은 아니다"고 밝혔다. A씨는 지난 2007년4월 남편 B씨의 집으로 거주지를 옮기고 자신이 거주하던 집을 팔았다. 이 과정에서 A씨는 자신이 '1세대 1주택 비과세 요건'에 해당한다고 판단해 양도소득세를 신고하지 않았다. 하지만 노원세무서가 "A씨와 남편인 B씨가 함께 해당 주택에서 거주하지 않아 비과세 요건에 해당하지 않는다"며 2,100여만원의 양도소득세를 부과하자 소송을 냈다.

양도소득세 면제요건을 갖춘 ‘일시적 1세대 2주택자’끼리 결혼해 1세대 4주택이 됐어도 양도소득세를 부과할 수 없다는 판결이 나왔다. 소득세법 시행령 제155조 제1항은 1주택을 소유한 세대가 ‘일시적’으로 2주택이 돼 1년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우, 제5항은 1주택 보유자끼리의 결혼으로 1세대 2주택이 돼 2년 이내에 먼저 양도하는 주택의 경우는 양도소득세를 과세하지 않도록 하고 있다. 또 소득세법 기본통칙 89-14호는 일시적 1세대 2주택자가 혼인으로 인해 1세대 3주택자가 된 경우 1년 이내에 종전 주택을 양도한다면 양도소득세를 비과세하도록 하고 있다. 이번 판결은 시행령 제155조 제1항이 규정하는 일시적 1세대 2주택자끼리 결혼을 했다면 1주택 보유자끼리의 결혼으로 보고 제5항을 적용해 양도소득세를 감면해줘야 한다는 취지이다. 서울고법 특별1부(재판장 박삼봉 부장판사)는 최근 최모씨가 동수원세무서장을 상대로 낸 양도소득세 등 부과처분 취소청구소송 항소심(2007누12851)에서 1심을 취소하고 원고 승소판결을 내렸다. 재판부는 판결문에서 “신혼생활에 따른 안정된 주거의 보호와 혼인으로 인한 불이익 방지라는 법 조항의 제정취지에 비추어 소득세법 시행령 제155조 제5항에서 말하는 ‘1주택 보유자’에는 일시적 2주택 보유자도 포함된다고 봐야한다”며 “원고와 그 남편은 혼인 당시 법에서 말하는 ‘1주택을 보유하는 자’에 해당한다 할 것이고, 결혼으로 4주택을 보유하게 돼 양도소득세 면제 대상이 아니라는 피고의 주장은 받아들일 수 없다”고 밝혔다. 재판부는 또 “소득세법상 최종적으로 감면혜택을 받을 수 있는지 여부는 혼인 당시와 양도 당시를 기준으로 판정해야 하고, 이번 사건같은 경우 부부 중 한쪽은 필연적으로 특례 적용을 받지 못하지만 이를 이유로 ‘1주택 보유자’에 해당하지 않는다고 본다면 결과적으로 양 당사자 모두 결혼으로 양도소득세 감면 혜택을 박탈당해 입법취지에도 부합하지 않게된다”고 설명했다. 최씨와 자신의 배우자는 2002년 10월 결혼할 당시 소득세법 시행령 제155조 제1항에 따라 양도소득세를 면제받을 수 있는 ‘일시적 1세대 2주택자’였다. 최씨는 결혼전인 2002년 8월에 주택을 하나 구입한 후 기존에 있던 주택을 결혼 후인 11월에 팔면서 양도소득세를 납부했다. 이후 최씨는 일시적 2주택 보유자끼리 결혼한 것이므로 1세대 4주택이 됐어도 양도소득세를 과세할 수 없다고 소송을 내 1심에서 패소했었다.

대주주가 주식을 팔 때 먼저 취득한 주식을 양도한 것으로 간주, 양도소득세를 부과하는 것은 위법이라는 법원판결이 처음으로 나왔다. 이번 판결은 대주주가 주식을 팔 때 실제와는 달리 과세관청이 관행적으로 적용해온 양도세 부과방법에 제동을 건 것으로 법원에 계류중인 같은 종류의 사건에 영향을 끼칠 것으로 보인다. 현재 대주주가 주식을 양도할때 위탁받은 증권사는 제일 마지막에 매수한 주식부터 먼저 파는 '후입선출법'을 사용하고 있지만 세무서는 먼저 산 주식부터 양도하는 '선입선출법'으로 간주, 양도소득세를 계산해 부과하고 있다. 서울행정법원 제1단독 조성권 판사는 엔씨소프트 대주주 이모씨가 마포세무서장을 상대로 낸 양도소득세부과처분취소 청구소송(☞2005구단3434)에서 "고객의 이익을 고려한 증권사의 후입선출법에 의한 양도주식의 방식을 과세관청도 존중해야 한다"며 최근 원고승소 판결을 내렸다. 재판부는 판결문에서 "장기보유주식의 배당소득에 대한 과세상의 혜택이 부여되는 구 조세감면규제법 제81조의3이 시행됨에 따라 소유주식이 장기보유주식인지를 구분해야 할 필요성이 생겨 대신증권을 포함한 모든 증권회사들은 고객계좌의 잔고주식을 취득일자별로 구분·관리하게 되었고 구 조감법시행령 제80조7항에 따라 그중 일부가 양도되는 경우 후입선출법에 따라 계좌상 나중에 취득한 주식을 먼저 양도한 것으로 관리하는 방식으로 회계처리하는 것이 관행으로 자리잡았다"며 "1998년1월1일 이후 현재까지 업무처리의 기준으로 채택돼 관행화되어온 후입선출법에 의한 양도주식의 특정방식은 구 조감법시행령 제80조7항 및 고객의 이익을 고려한 것으로서 공정·타당하므로 기업회계의 존중을 규정한 국세기본법 제20조의 취지에 비춰 과세관청은 이를 존중해야 할 것"이라고 밝혔다. 재판부는 이어 "원고가 주식관리를 위탁한 대신증권은 다른 증권회사들과 마찬가지로 고객의 장기보유주식 확인을 위해 후입선출법에 의한 양도주식의 특정방식을 업무처리 기준으로 채택해 운영해왔고 원고는 이에 대해 아무런 이의를 제기하지 않은 점, 증권회사들이 고객계좌의 잔고주식을 취득일자별로 관리하고 있는 이상 수회에 걸쳐 취득한 같은 종목의 주식중 일부를 양도한 경우라도 양도된 주식을 그 취득일자에 의해 특정할 수 있는 점, 양도주식은 그 취득당시의 취득가액이 서로 다를 것이어서 적어도 양도소득세 산정을 위한 양도차익 계산에 있어서는 주식을 취득일자별로 특정해, 구분·관리하는 것이 의미가 있다는 점 등을 고려하면, 원고가 양도한 주식이 그 취득일자를 확인할 수 없는 경우에 해당한다고 볼 수도 없다"며 "원고가 양도한 주식의 취득시기가 분명하지 않다는 이유로 소득세법시행령 제162조5항에 따라 먼저 취득한 주식을 먼저 양도했다고 보고 한 피고의 이 사건 처분은 위법하다"고 덧붙였다. 이씨는 지난99년 엔씨소프트의 주식 11만4천5백48주를 가지고 있었으며 이씨의 남편도 같은 회사 주식 10만3천5백98주를 가지고 있어 총 소유주식이 엔씨소프트의 총발행주식 4백50만주의 3%를 초과해 대주주가 됐다. 이씨는 엔씨소프트가 2000년7월 코스닥시장에 등록되자 같은해 8월부터 12월까지 대신증권에 개설된 위탁자계좌를 통해 엔씨소프트 주식 2만4천8백주를 새롭게 매수했다가 다시 5만5천5백8주를 양도한후 양도가액을 54억6천7백8만여원으로, 취득가액을 대신증권 위탁계좌원장에 기재된 주식의 입고일과 매수일을 기준으로 나중에 취득한 주식을 먼저 양도한 후입선출법으로 계산한 20억9천4백88만여원으로 해 양도소득세 3억1백22만7천여원을 신고·납부했으나 마포세무서가 "양도주식의 취득시기가 확인되지 않고 취득시기가 분명하지 않다"는 이유로 선입선출법으로 재계산, 지난해 6월 2000년도 귀속 양도소득세를 3억4천55만여원으로 경정·고지하자 소송을 냈었다.