한국필립모리스가 2015년 1월 담뱃값 인상을 앞두고 담배 재고를 축적했다가 실제 담뱃값이 오르자 이를 반출·판매해 부당이득을 취했다는 이유로 수백억 원의 세금을 부과받아 처분 취소 소송을 내 1,2심에서 승소했지만, 대법원이 파기환송했다. 필립모리스 측은 고액의 세금을 물게 될 처지에 놓였다. 대법원 특별2부(주심 민유숙 대법관)는 13일 필립모리스가 이천·금정세무서(소송대리인 법무법인 동인 임수정, 최영헌 변호사, 법무법인 바른 이수경, 최주영, 김지은 변호사)를 상대로 낸 개별소비세 부과 처분 취소 청구 소송(2020두51341)에서 세무당국이 필립모리스에 부과한 개별소비세 및 가산세 처분을 취소한 원심을 파기하고 사건을 수원고법으로 돌려보냈다. 당초 담배는 개별소비세 과세 대상이 아니었는데, 2014년 12월 개별소비세법이 개정되면서 1갑(20개비)당 개별소비세가 594원을 부과하는 근거 규정이 마련됐다. 또 지방세법 개정에 따라 담배 소비세율을 20개비당 1007원으로 인상됐다. 이에 필립모리스는 2015년 1월부터 담뱃값이 2500원에서 4500원으로 인상된다는 결정이 나오자, 2014년 9월부터 12월까지 전산시스템 관리 코드를 변경해 담배를 허위로 반출하거나 임시창고를 이용한 가장 반출로 1억9100만여 갑을 축적하고 개정 전 세법에 따른 담배소비세만 납부했다. 담뱃세는 공장에서 제조된 담배가 보세창고로 옮길 때가 아닌 보세창고에서 도매상으로 넘길 때 부과되는데, 국세청은 필립모리스가 담뱃값 인상과 함께 부과되는 개별소비세를 피하기 위해 미리 창고 등에 축적한 담배를 담뱃값이 오른 후 판매했다고 판단해 고의적 조세 포탈 행위를 했다고 보고 약 997억 원의 세금을 부과했다. 필립모리스는 국세청의 결정에 불복했지만, 조세심판원이 청구를 기각하자 불복해 소송을 냈다. 1,2심은 국세청이 문제 삼은 담배는 이미 개별소비세가 붙기 전인 2014년에 반출이 이뤄졌다는 필립모리스 측의 주장을 받아들였다. 하지만 대법원의 판단은 달랐다. 재판부는 필립모리스가 마련한 임시창고는 담뱃값의 인상 차액을 얻으려 담뱃값이 인상되기 전에 제조공장에서 담배를 반출하기 위해 일시적인 방편으로 마련된 장소에 불과하다고 판단했다. 재판부는 "제조장에서 일시적인 방편으로 마련된 장소로 담배를 옮긴 것에 불과하다면, 이를 제조장에서 반출한 것으로 볼 수 없다"며 "제조공장에서 임시창고로 옮긴 때가 아니라, 이 사건 임시창고에서 각 물류센터로 옮긴 때 비로소 제조장에서 반출한 것으로 봐야 하므로 2015년 1월1일 이후에 임시창고에서 물류센터로 옮겨진 담배에 대해서는 개별소비세를 부과할 수 있다"고 판시했다.

전자담배에 사용되는 니코틴 용액도 담배소비세 부과대상이라는 대법원 판결이 나왔다. 전자담배도 담배에 해당한다는 취지다. 대법원 특별3부(주심 박병대 대법관)는 전자담배업체인 A사가 경기도 성남 분당구청과 중원구청을 상대로 낸 담배소비세 부과처분 취소소송(2016두50709)에서 원고패소 판결한 원심을 최근 확정했다. 재판부는 "이 사건 니코틴 용액은 연초의 잎 등에서 니코틴을 추출해 빨기에 적합한 상태로 제조한 것으로서, '담배'에 해당하고 지방세법 제48조 2항도 전자담배를 담배소비세 과세대상으로 규정하고 있다"며 "전자담배의 경우 니코틴 용액을 기화시켜 체내에 흡입하기 위한 전자장치는 그 자체로는 독자적 효용이 없으므로 니코틴 용액이 담배에 해당하는지는 전자장치와 결합해 흡입하는 경우를 상정해 판단해야 한다"고 밝혔다. 이어 "A사는 니코틴 농축액에 글리세린, 식용 알코올, 증류수, 향료 등을 첨가해 다양한 향미와 기능을 구비한 니코틴 용액을 만들어 판매했고 이는 자신의 기술과 노하우를 적용해 고부가가치의 새로운 전자담배 상품을 만들어 낸 것이어서 제조행위에 해당한다"며 "A사는 지방세법상 '담배'에 해당하는 니코틴 용액의 제조자로서 담배소비세를 납부할 의무가 있다"고 판시했다. A사는 2010년 7월부터 2014년 3월까지 수입한 니코틴 원액 237만4000여㎖를 전자담배로 만들어 판매하면서 담배소비세 14억2000여만원을 납부했다. 그러나 성남시는 A사가 국내에서 사들인 향신료, 글리세린 등의 첨가물을 혼합해 니코틴 용액의 양을 늘려 전자담배를 유통하는 방식으로 이 기간 동안 담배소비세 22억원을 탈루한 사실을 밝혀내고 추가로 과세 처분했다. 이에 A사는 "니코틴 용액 자체만으로는 독립적인 효용이 없어 전자담배라고 할 수 없다"며 "니코틴 용액을 수입할 당시 시행되던 옛 담배사업법에서는 수증기를 흡입하는 방식의 전자담배를 담배로 규정하지 않았을뿐만 아니라 우리가 판매한 니코틴 용액은 니코틴 농축액에 글리세린을 혼합해 희석한 것에 불과하므로 담배제조행위를 한 적도 없다"고 주장하며 소송을 냈다. 그러나 A사는 1,2심에서 패소했다.

기업이 과세당국의 부당한 조치로 관세와 가산세를 수정신고해 납부했다면 이 같은 수정신고는 당연무효이므로 해당 기업이 납부한 세금을 돌려줘야 한다는 판결이 나왔다. 수정신고는 납세의무자가 신고기한 내에 신고를 했으나 신고사항 중 기재상·계산상 착오가 있음을 발견하고 이를 수정해 다시 신고하는 것을 말한다. 서울중앙지법 민사46부(재판장 이수영 부장판사)는 외국계 담배회사인 브리티쉬 아메리칸 토바코 코리아(BAT Korea·소송대리인 법무법인 율촌)가 국가를 상대로 낸 부당이득금반환 청구소송(2015가합578925)에서 "국가는 3억5400여만원을 지급하라"며 최근 원고일부승소 판결했다. BAT는 2011년 7월부터 2013년 4월까지 47회에 걸쳐 모잠비크, 우간다 등으로부터 잎담배를 수입하면서 '최빈개발도상국에 대한 특혜관세 공여 규정'에 따라 해당국 정부가 발행한 원산지증명서를 세관에 제출하고 0%의 특혜관세율을 적용받았다. 그러던 2013년 5월 잎담배 원산지를 조사하던 서울세관은 BAT가 제출한 원산지증명서 서식이 '최빈개발도상국 특혜 원산지증명서' 서식에 해당하지 않는다는 이유로 수입신고분 전부에 대해 기본관세율 20%를 적용해 과세하겠다는 방침을 통보했다. 이에 BAT는 원산지 조사가 종료되기 전에 관세부과 제척기간 2년의 경과가 임박한 2011년 7~9월 총 10회 잎담배 수입분에 관해 20%의 기본관세율을 적용한 관세와 그 가산세 7억1700여만원을 부산·진주세관에 수정신고하고 납부했다. 이후 서울세관은 BAT에 2011년10월부터 2013년 4월까지 총 37회 잎담배 수입분에 관해 14억9900여만원을 부과했다. 이에 BAT는 2014년 1월 관세청장에게 관세 부과처분이 부당하다며 이의를 제기했고, 관세청장은 이를 받아들여 같은해 3월 "BAT가 제출한 원산지증명서는 최빈국 특혜를 적용받을 수 있는 원산지증명서로 인정하는 것이 타당하다"며 서울세관의 관세 부과처분을 취소했다. 이후 BAT는 앞서 수정신고·납부한 관세 및 가산세액의 경정을 청구해 부산·진주세관으로부터 3억6300여만원을 돌려받았다. 하지만 진주세관은 경정청구기간 도과 등의 이유로 나머지 3억5400여만원의 반환은 거부했고 BAT는 소송을 냈다. 법원은 BAT의 손을 들어줬다. 재판부는 "관세는 신고납부방식의 조세로서 원칙적으로 납세의무자가 스스로 과세표준과 세액을 정해 신고하는 행위에 의해 납세의무가 구체적으로 확정된다"며 "납세의무자의 신고행위가 중대하고 명백한 하자로 당연무효가 되지 않는 한 그것이 바로 부당이득에 해당한다고 볼 수 없다"고 밝혔다. 이어 "BAT는 자신들에게 관세 및 가산세 납부의무가 없다고 판단하면서도 수정신고·납부하지 않거나 수정신고 납부 즉시 납부한 세액에 대한 경정청구를 할 경우 관세조사나 이후 잎담배 수입시 통관 등에서 불이익을 입을 수도 있다고 염려해 원산지 조사 결과에 대한 통보도 받기 전에 관세와 가산세를 수정신고·납부했다"며 "이때문에 BAT에 관세조사 결과가 통지된 때에는 신고납부한 세액의 경정청구기간이 이미 도과해 수정신고에 대한 경정청구가 불가능했다"고 설명했다. 그러면서 "관세청장이 서울세관의 과세부과처분을 취소하였던 점 등을 고려해 볼 때 BAT의 수정신고는 그 하자가 중대·명백해 당연무효에 해당한다"며 "국가는 수정신고에 따라 납부받은 관세 및 가산세액을 보유할 법률상 원인이 없으므로 반환해야 한다"고 판시했다.

기업이 합리적 경영판단에 따라 지출하는 비용의 경우 손금에 산입해서 법인세부과대상에서 제외돼야 한다는 법원의 판결이 나왔다. 이번 판결은 세법상 법인세부과대상이 아닌 손금의 범위가 명확하지 않은 상태에서 기준을 제시한 첫 판결로 그 의미가 크다. 현행 법인세법 제19조 제2항에 따르면 '법인의 사업과 관련해 발생하거나 지출된 손실 또는 비용 중 일반적으로 용인되는 통상적인 것'은 손금에 산입해 세금을 부과하지 않도록 하고있다. 이에 따라 과세관청은 그 동안 법인세법이 정하고 있는 손금의 범위에서 '통상적' 이란 문구를 자의적으로 해석해 지출의 목적 등이 명확하지 않거나 직접적인 영업을 위한 비용이 아닌 경우 법인세 부과대상에 포함시켜 왔었다. 서울고법 특별7부(재판장 김대휘 부장판사)는 17일 일본산 제조담배의 수입 및 판매업체인 제이티인터내쇼날코리아(주)가 "대리점에 지원한 인건비 등에 세금을 부과한 것은 부당하다"며 종로세무서장을 상대로 낸 법인세부과처분 취소청구소송 항소심(2006누29012)에서 1심과 같이 원고 일부승소 판결을 내렸다. 재판부는 판결문에서 "법인세법의 '일반적으로 용인' 된다는 것은 사회질서에 반하지 않는다는 의미로 볼 수 있고, '통상적'이라 함은 납세의무자와 같은 종류의 사업을 하는 자들이 보통 같은 상황 아래 있다면 문제가 된 지출을 행할 것인지 여부를 판단기준으로 삼아야 한다"며 "자본주의 경제체제 하에서 대체로 납세의무자의 합리적인 경영판단을 존중한다는 측면에서 볼 때 '일반적으로 용인되는 통상적'인 비용이라 함은 선량한 풍속 기타 사회질서에 위배되지 않는 행위를 위해 합리적인 경영판단에 따라 지출하는 비용이라고 해석해야한다"고 밝혔다. 재판부는 이어 "비록 동종업계의 다른 회사들이 인건비 및 차량지원비를 지급하고 있지 않다고 할지라도 그것만으로 '통상성'이 없게 된다고 볼 수 없다"며 "원고회사의 지원행위가 법령이나 선량한 풍속 기타 사회질서에 위배됐다고 할 수 없고, 그 지원에 관한 경영판단이 불합리하다고 볼 수도 없으므로 이를 통상적인 비용으로 볼 수 있다"고 덧붙였다. 재판부는 또 과세관청의 "국민건강을 해치는 담배의 판매촉진을 위한 금품제공을 금지하고 있는 담배사업법 제25조의4의 입법취지에 비춰볼 때 판매촉진을 위해 대리점에 인건비등을 제공한 것은 '건전한 사회통념에 비추어 정상적인 거래'라고 볼 수 없다"는 주장에 대해 "담배사업법상 금품제공을 금지하고 있는 대상은 소매인이지 대리점등이 아니므로 원고가 이를 직접 위반했다고 볼 수 없으며, 담배가 국민의 건강을 해칠 수 있는 제품이더라도 그 판매가 법률상 금지되고 있는 것은 아니므로 판매촉진을 위해 스스로의 경영판단에 따라 지출한 비용을 비정상적인 거래에 의한 것이라고 볼 수 없다"고 피고의 주장을 받아들이지 않았다. 일본산 제조담배의 수입 및 판매업체인 제이티인터내쇼날코리아는 1999년 내지 2003년 12개 대리점에 인건비와 차량지원비 등을 지원했다. 과세관청이 이는 손금에 산입할수 있는 판매부대비용이 아니라 접대비에 해당한다며 총 100억여원의 법인세를 부과하자 원고는 소송을 내 1심에서 일부승소 했다.

면세담배를 공급받은 자가 면세용도에 맞지 않게 담배를 유통시킨 경우 담배소비세와 가산세의 납부의무를 담배 제조자에게 부담시키는 지방세법 관련조항은 위헌이라는 헌재 결정이 나왔다. 헌법재판소 전원재판부(주심 金京一 재판관)는 24일 면세담배를 공급받은 자가 부당하게 국내에 담배를 유통시킨 경우 담배소비세와 가산세 등을 담배제조자에게 부과하도록 한 지방세법 제233조의7 제2항제1호 중 제232조제1항은 위헌소지가 있다는 법원의 위헌법률심판제청을 받아들여 재판관 전원일치의 의견으로 위헌결정을 내렸다.(2002헌가27) 재판부는 결정문에서 “공급받은 면세담배를 용도 외로 처분한 데 대한 책임이 누구에게 있는지에 대한 고려없이 징세절차의 편의만을 위해 무조건 원래의 납세의무자였던 제조자에게 담배소비세와 가산세를 부과하는 것은 자신의 통제권 내지 결정권이 미치지 않는데 대해서까지 책임을 지게 하는 것으로 자기책임의 원리에 부합하지 않는다”고 밝혔다. 재판부는 이어 “담배 제조자는 법령이 정한 일정한 자격을 갖춘 상대방에게 특수용 담배임을 표시해 특수용담배공급계약에 따라 담배를 제공함으로써 일응의 책임을 다한 것이고 용도 외 처분에 관해 귀책사유가 있다는 특별한 사정이 없는 한 그 책임을 제조사에게 묻는 것은 옳지 않다”고 덧붙였다. 한국담배인삼공사는 지난 2002년12월 외항선 및 원양어선의 선원에 대한 판매용 면세담배를 (주)국제마린에 공급했다가 국제마린이 담배를 면세용도 외로 국내에 불법 유통시켜 담배소비세와 가산세, 교육세로 4천8백여만원을 대신 부과받자 부산지법에 행정소송을 제기하고 위헌제청을 신청했었다.

담배가 실질적으로 소비자에게 판매되지 않은 경우에도 보세창고에서 방출되기만 하면 무차별적으로 간접세인 소비세를 부과토록 하고 극히 예외적인 경우에만 환급해 주도록 규정한 지방세법 제233조의9 제1항 2호는 헌법에 합치하지 않는다는 헌법재판소 결정이 나왔다. 헌법재판소 전원재판부(주심 권성·權誠 재판관)는 26일 외국계 담배수입업체인 브리티쉬아메리칸토바코코리아가 "국내판매를 위해 보세구역에서 반출했다가 영업정책상 다시 수출하기 위해 보세구역으로 재반입하는 경우에도 판매업자에게 소비세를 부담시키는 것은 조세평등의 원칙에 위반된다"며 낸 위헌소원사건에서 이같이 결정했다.(2000헌바59) 이 사건 조항은 제조장 또는 보세구역에서 반출된 제조담배가 포장 또는 품질의 불량등의 사유로 반입된 경우에만 세액을 공제하거나 환급할 수 있도록 규정하고 있다. 재판부는 결정문에서 "종국적으로 담배의 소비행위라는 과세물건이 없음에도 불구하고 담배소비세를 부과하는 것은 실질과세의 원칙에 어긋난다"고 밝혔다. 그러나 "위헌결정 또는 단순한 헌법불합치결정을 내릴 경우 그나마 포장·품질불량의 경우 소비세를 공제받을 수 있는 근거규정이 효력을 잃게 되므로 입법자가 합헌적인 방향으로 법률을 개정할 때까지 이 사건 조항의 효력은 존속한다"고 덧붙였다. 반면 하경철(河炅喆) 재판관 등 재판관 3명은 반대의견을 통해 "담배소비세의 환급규정은 환급의 합리성과 필요성의 정도가 일정한 수준까지 이른 경우를 열거해 조세환급을 인정하고 있는 것"이라며 "국가가 조세의 성격과 목표 등 각종 정책적 요소를 고려해 환급사유를 제한한 것은 헌법상 조세평등주의에 위배된다고 볼 수 없다"고 밝혔다.