재개발조합은 비영리재단으로 법인세 부과 대상이 아니라는 법원의 첫 판결이 나왔다. 서울고법 특별6부(재판장 李東洽 부장판사)는 9일 사당제4구역주택개량재개발조합이 "영리법인에 맞춘 법인세 청구는 부당하다"며 동작세무서장을 상대로 낸 법인세경정및환급신청에대한거부처분취소 청구소송 항소심(2003누9079)에서 원고승소판결을 내렸다. 재판부는 판결문에서 "재개발조합의 조합원은 조합에 종전 대지나 건축물 등을 제공하고 처분계획에 따라 향후 새로운 부동산 취득 권리를 갖고 그 후 분양처분에 따라 새로운 부동산소유권을 취득하되 원래 부동산에 대한 가액과 새로 취득한 부동산의 차액을 청산금으로 지급할 뿐"이라며 "조합원이 법인인 조합의 재산에 대해 사적소유 형태인 지분권을 가진다거나 조합의 이득에 대해 분배를 받는 것으론 볼 수 없다"고 밝혔다. 또 재판부는 "구 도시재개발법 제29조는 재개발조합에 관해 민법 중 사단법인에 관한 규정을 준용하도록 규정하고 있고 민법 중 사단법인에 관한 규정이 비영리법인에 관한 규정인 점을 볼 때 재개발조합을 영리법인으로 보고 법인세를 부과한 것은 부당하다"고 덧붙였다. 사당제4구역주택개량재개발조합은 2001년 재개발한 26가구를 분양하여 발생한 순익 18억2천9백여만원에 대해 7억2천70여만원의 세금을 납부한뒤 재개발조합은 비영리법인으로 법인세납부의무가 없다며 법인세경정청구및환급을 청구했다가 거부당하자 소송을 냈다.

관리처분계획인가 이전에 조합원으로서의 지위를 양도했다해도 이는 1세대1주택의 양도에 해당, 양도소득세를 부과할 수 없다는 대법원 판결이 나왔다. 대법원제2부(주심 趙武濟 대법관)는 지난28일 사당동 주택재개발조합원이었던 임경호씨가 동수원세무서장을 상대로 낸 양도소득세등부과처분취소 청구소송 상고심(98두7992)에서 이같이 판시, 동수원세무서장의 상고를 기각하고 원심을 확정했다. 대법원의 이번 판결은 종래 관리처분계획으로 아파트의 동·호수가 특정된 수분양권을 획득하기 이전의 조합원 지위를 양도한 경우까지 1세대 1주택의 양도로 넓게 해석한 것이어서 주목된다. 재판부는 판결문에서 "재개발조합의 조합원이 재개발조합에 주택을 제공하여 재개발사업의 일환으로 주택이 철거된 후 장차 건축시설을 분양받을 수 있는 조합원으로서의 지위를 관리처분계획인가 이전에 양도하는 경우에도 그 양도의 대상은 구 소득세법 제5조제6호(자)목 및 법 시행령 제15조제1항 소정의 1세대 1주택으로 간주된다"고 밝혔다. 재판부는 "재개발조합의 조합원은 설립인가시를 기준으로 도시재개발법 제20조 및 조합 정관의 규정에 의하여 확정되고 그 조합원의 지위나 구체적인 권리의무도 도시재개발법 및 조합 정관에 의하여 정하여지는 것으로 재개발조합의 재량이 개입될 여지가 없다"고 부연했다. 임씨는 서울동작구 사당동 소재 자신의 주택을 사당 2-1지구 주택개량재개발조합에 출자하고 조합원이 됐으며 그후 분양 받을 아파트가 특정되는 관리처분계획인가가 있은 90년12월28일 이전인 같은해 5월23일 김모씨에게 조합원의 지위를 양도했는데도 동수원세무서가 부동산을 취득할 수 있는 권리의 양도라며 양도소득세를 부과하자 소송을 냈었다.