종합부동산세를 과세하면서 동일한 주택·토지 등에 부과된 재산세를 얼마만큼 공제할지를 대통령령으로 정할 수 있도록 한 현행법 체계가 합법이라는 대법원 판단이 나왔다. 대법원 특별1부(주심 김선수 대법관)는 8월 31일 A 사가 마포세무서장을 상대로 제기한 종합부동산세 취소 소송(2019두39796)에서 원고승소 판결을 파기하고 사건을 서울고법에 돌려보냈다. 종합부동산세는 국세의 일종으로 개인이 가진 부동산의 합계액을 기준으로 과세한다. 반면 재산세는 지방세로 분류되며 가진 재산에 부과된다. 일정 액수 이상의 부동산을 자산으로 가진 경우 하나의 부동산에 종합부동산세와 재산세가 이중으로 부과된다. 종합부동산세법은 이중과세 문제를 조정하기 위해 종합부동산세를 부과할 때 주택·토지에 부과된 재산세를 공제하도록 하는데, 구체적인 계산식은 대통령령으로 정하도록 위임한다. 시행령은 계속해서 바뀌어왔는데 이번 판결의 대상이 된 것은 '공정시장가액비율'을 계산식에 추가해 2015년 11월에 개정된 시행령이다. 이전에는 종합부동산세와 같은 과세 대상에 부과된 재산세액 전부를 공제하도록 했다. 반면 개정된 시행령에 따라 계산해 보면 재산 세액 일부만 공제되는 결과가 나왔다. 마포세무서는 2016년 11월 A 사가 보유 중인 주택과 종합합산토지 및 별도합산토지에 대해 2016년도 귀속 종합부동산세 23억8752만 원과 농어촌특별세 4억7750만 원을 부과했다. 당시 종부세법 시행령에 따라 공제된 재산 세액은 8억8000만 원이었다. A 사는 추가 공제를 요구하며 소송을 냈다. A사 측은 "이 조항의 산식은 종합부동산세와 중복 부과되는 재산 세액 중 일부만을 공제함으로써 모법의 위임 범위를 벗어나 이중과세금지의 원칙 및 비례원칙을 벗어난 것은 물론 납세자의 재산권을 침해하는 위헌적인 것"이라며 처분 취소를 구하는 소송을 냈다. 1심은 A 사의 청구를 기각했다. 하지만 2심은 시행령이 위법해 효력이 없는 것으로 봐야 한다며 A 사 승소로 판결했다. 그러나 대법원은 다시 판단을 뒤집었다. 재판부는 "종합부동산세법의 문언, 취지 등을 통해 볼 때 입법자가 재산 세액을 얼마나 공제할지 정할 수 있도록 시행령에 위임하고 있다"며 "시행령 개정에 따라 공제액 규모가 줄더라도 이는 입법자가 구 종합부동산세법이 조항의 위임 범위 내에서 주택 등의 종합부동산 세액에서 공제되는 재산세액의 범위를 구체적으로 명확하게 했기 때문"이라고 설명했다. "이 사건 조항이 동일한 과세 대상에 대해 종합부동산세의 과세 기준금액을 초과하는 영역에 부과되는 재산 세액 중 일부만을 공제하도록 했더라도 구 종부세법의 위임 범위와 한계를 벗어나 무효라고 볼 수 없다"고 판시했다. 대법원 관계자는 "구 종합부동산세법이 재산세액 공제와 관련해 시행령에 위임한 범위에 '종합부동산세의 과세기준금액을 초과하는 영역에서 종합부동산세가 재산세의 과세 부분부터 먼저 과세되는지 아니면 재산세의 과세 부분과 그 외 부분 사이에 안분해 과세되는지 여부'가 포함된다는 것을 최초로 명시적으로 설시한 판결"이라고 말했다.

학교용지부담금을 부과하려면 다양하고 조사를 통해 증가 세대 수 등을 정확하게 산정해야 하며, 그렇지 않은 경우에는 모두 취소돼야 한다는 판결이 나왔다. 서울행정법원 행정2부(재판장 신명희 부장판사)는 지난 4월 14일 A주택재개발정비사업조합이 서울 은평구청장을 상대로 낸 기타부담금 부과처분 취소소송(2021구합56688)에서 원고승소 판결했다. A조합은 2012년 4월 은평구 일대에서 주택재개발정비사업을 시행할 목적으로 은평구청으로부터 조합 설립 인가를 받고 설립등기를 마쳤다. 이후 A조합은 정비사업과 관련해 2017년 7월 사업시행인가를 받고 2020년 4월 세입자 대책 대상 세대 수를 167세대로, 공급하는 주택의 세대 수를 1464세대 등으로 변경하는 사업시행(변경)인가를 받았다. 은평구청은 2020년 12월 A조합에 대해 학교용지 확보 등에 관한 특례법에 따라 학교용지부담금 11억8800여만원을 부과·고지했다. A조합은 "학교용지부담금 부과 기준이 되는 '증가 세대 수' 산정에 잘못이 있어 위법하다"며 소송을 냈다. 증가 세대 수를 산정할 땐 기존 세대 수 및 임대주택 세대 수를 제외해야 하는데, 전체 세대는 1462세대이고 이 중 기존세대 수 1195세대와 임대주택 분양분 296세대를 제외하면 증가 세대 수가 없다는 것이다. 재판부는 "학교용지법 제5조에서 말하는 '세대'의 사전적 의미는 '현실적으로 주거 및 생계를 같이 하는 사람의 집단'이라 할 것으로 '가구'의 사전적 의미와 동일하다"면서 "여기서 '세대'의 의미를 '건축허가 내지 건축물대장상의 세대'라고 제한해 해석하는 것은 학교용지법에 '세대'에 관한 별도의 정의규정을 두고 있지 않은 이상 문언의 통상적인 의미에 부합하지 않는다"고 밝혔다. 이어 "학교용지부담금은 사업 시행 후의 인구 유입으로 인한 취학 수요 증가 여부를 따져 그 증가분에 한해 부과돼야 하는 것"이라며 "취학 수요 증가 여부는 건축허가나 건축물대장이 아닌 실제 거주 세대 수의 증가 여부와 밀접하게 관련돼 있으므로, 모든 다가구주택의 세대 수를 1개로만 해서 산정하는 것은 학교용지부담금 부과의 성질 및 취지에 전혀 부합하지 않는다"고 설명했다. 그러면서 "사업시행인가를 통해 세입자대책 대상 세대 수가 167세대인 점만 확인될 뿐 세입자 세대의 수가 실제로 345세대에 이르는지 세부 구성 내역을 확인할 수 있는 아무런 자료가 없다"며 "제출된 자료들만으로는 정비구역 내 기존 세대 수를 명확히 파악하는 것이 불가능해 정당한 학교용지부담금을 산정할 수 없다고 판단돼 은평구의 처분을 전부 취소한다"고 판시했다.

납세의무자가 실제 거래가격대로 수입신고를 했으나 과세관청이 과세가격 결정방법을 다르게 적용해 관세를 부과했다면 세법상 과세가격 결정방법 중 '과세가격의 일부를 신고하지 않은 경우'에 해당하지 않으므로 5년의 장기부과제척기간을 적용할 수 없다는 판결이 나왔다. 대법원 민사1부(주심 오경미 대법관)는 A사가 부산세관장을 상대로 낸 관세 등 부과처분 취소소송(2021두60441)에서 원고승소 판결한 원심을 최근 확정했다. A사는 국외 관계사인 B사 등으로부터 장난감을 수입해 판매하는 회사인데, 싱가포르 법인인 C사가 A사 지분 100%를 소유하고 있고 미국 본사인 D사가 C사 지분 100%를 소유하면서 A사는 C사의 자회사, D사의 손자회사인 구조를 가지고 있었다. 과세과격의 일부신고 하지 않은 경우 해당 안 돼 A사와 수출자인 B사는 모두 미국 본사의 100% 자회사 또는 손자회사로서 공동으로 미국 본사의 지배를 직·간접으로 받는 관세법 시행령 제23조 제1항 제6호에서 정한 특수관계에 있었고, 주문자 상표부착 생산(OEM) 밴더 업체들로부터 생산 물품은 수출자인 B사가 아시아 시장 판매를 위해 완성품 보관 목적으로 운영하는 중국 소재 물류창고에 입고됐다. 이에 A사의 주문내역에 따라 물류창고에서 제품을 선적해 A사에 운송하면 수출자인 B사가 A사에 송장을 발행하고, A사는 송장에 기재된 대금을 B사에게 지급했다. 한편, 부산세관은 2016년 1월부터 A사에 대한 기업심사를 실시해 A사가 2010년 12월부터 2015년 12월까지 수출자 B사로부터 물품들을 수입하면서 부산세관에 신고한 물품의 수입가격과 관련해 A사와 B사 사이의 특수관계가 거래가격에 영향을 주었다고 판단된다는 이유로 A사의 거래가격을 부인하고, 각 물품의 국내 판매가격을 기초로 한 과세가격 산정방법에 따라 과세가격을 결정했다. 이에 따라 부산세관은 2016년 7월 A사가 수입한 물품들의 수입신고에 대해 관세, 부가가치세, 관세가산세 등을 부과했고 이후 세액 결정의 오류 등을 이후로 세액경정 통지를 통해 합계 54억여원을 부과했다. 특히 A사의 관세법 제30조에 따른 수입신고가격(제1방법)이 저가로 신고돼 가격 중 일부를 누락한 것으로서 5년의 장기부과제척기간이 적용된다고 보고 관세법 제33조에 따른 해당 품목(바비인형)의 국내 판매가격을 기초로 한 과세가격 산정방법(제4방법)에 따라 과세가격을 결정해 부과했다. 수입회사 승소 원심 확정 이에 불복한 A사는 조세심판원에 과세처분 및 경정통지에 대해 심판청구를 했으나, 조세심판원이 이를 기각하자 소송을 냈다. 1심은 "2012년 7월 이후에 수입신고가 이뤄진 수입물품에 관해 동종·동류비율에 의해 이윤 및 일반경비를 산정해야 함에도 부산세관은 물품 전부에 관해 2012년 2월 개정된 관세법 시행령에 따라 이윤 및 일반경비를 산정했다"며 "결과적으로 A사에게 유리할 가능성이 있다고 하더라도 그러한 사정만으론 관세법령 위반의 하자가 치유된다고 보기 어렵다"며 원고승소 판결했다. 2심은 "조세법률주의 원칙상 조세법규는 문언 그대로 엄격하게 해석해야 한다"며 "납세의무자가 실제거래가격대로 수입신고를 하고 자료도 제출했으나 과세관청이 사후에 과세가격의 결정방법을 달리 적용해 물품의 과세가격 및 관세액 등을 달리 산정하는 경우엔 과세가격의 결정방법에 '과세가격의 일부를 신고하지 않은 경우'에 해당한다고는 할 수 없다"고 판단하면서 1심과 마찬가지로 A사의 손을 들어줬다. 2심은 "관세에 관한 법률관계를 조기에 확정하기 위해 부과제척기간을 2년으로 규정한 관세법 제21조의 입법취지가 몰각될 우려가 있는 점 등에 비춰 부과처분 중 2013년 8월 이전에 수입신고된 물품에 대한 부분은 관세법에서 정한 2년의 부과제척기간이 도과한 후에 이뤄진 것으로 위법해 취소돼야 한다"고 판시했다. 대법원도 이 같은 원심을 확정했다. A사를 대리한 조성권(55·사법연수원 23기) 김앤장 법률사무소 변호사는 "납세의무자가 실제거래가격대로 수입신고했음에도 세관장이 이를 부인하고 과세가격의 결정방법을 달리해 산정된 과세가격으로 과세하는 경우 납세의무자가 일부미신고한 경우에 해당하지 않아 장기부과제척기간이 적용될 수 없다고 판단한 최초의 사례"라며 "관세법상 장기부과제척기간 적용기준을 명시적으로 세웠다는 것에 의미가 있다"고 설명했다.

주택재개발정비사업 시행자에게 관리청이 하수도원인자부담금을 부과하려면 예상 하수 발생량만을 기준으로 삼아서는 안 되고 실제 하수 발생량과 그로 인한 공공하수도 신·증설 필요성 등을 종합적으로 고려해야 한다는 판결이 나왔다. 서울행정법원 행정5부(재판장 정상규 부장판사)는 A조합이 영등포구청장을 상대로 낸 하수도원인자부담금 부과처분 무효 확인소송(2020구합69519)에서 최근 원고승소 판결했다. A조합은 2010년 5월 도시 및 주거환경정비법에 따라 서울 영등포구 일대 약 28,300㎡(295필지)를 사업시행구역으로 하는 주택재개발정비사업 시행자로 지정된 주택재개발정비사업조합이다. A조합은 2012년 12월 이 정비사업과 관련해 영등포구청에 사업구역 내 기존 건축물 199동을 철거하고 그 위에 아파트 6개동 537세대 및 부대복리시설 건축계획을 포함하는 시업시행계획인가를 신청했다. 이에 영등포구청 도시계획과는 인·허가의제를 위한 관련 부서 협의요청을 했고, 치수방재과는 2013년 2월 A조합의 신청에 대한 검토의견으로 하수도원인자부담금 1억9000여만원을 부과해야 한다는 허가조건 및 산출내역을 회신했다. 이후 A조합은 이 정비사업과 관련해 2013년 4월 거주가구 및 신축세대가 거주하는 공동주택을 6개동으로 변경하는 내용의 사업시행계획인가를 받았다. 공공하수도 신·증설 등 종합적 고려해야 영등포구청은 2019년 2월 A조합에 하수도법 및 서울시 하수도 조례에 따라 하수도원인자부담금 2억5000여만원을 부과·고지했는데, 해당 고지서에는 하수 발생량 및 그 산출계산식은 명시돼 있지 않았다. 이에 A조합은 "구청이 사업시행계획을 인가하면서 사업구역 일대에 199동의 기존 건축물이 존재한다는 사실을 알고 있었음에도, 기존 건축물의 하수발생량 345.51㎡를 공제하지 않아 위법하다"며 소송을 냈다. 재판부는 "영등포구청은 정비사업 시행으로 신축되는 공공주택 등 건축물의 면적 또는 인구수에 근거해 산출한 '예상 하수 발생량'만을 기준으로 원인자부담금을 산정해 부과했다"며 "그에 따라 하수 발생량이 증가됐는지 또는 증가할 것으로 예상되는지, 그로 인해 공공하수도의 신설·증설 등이 필요하게 되거나 기존 공공하수도의 처리량이 증가되는지 등을 확인하지 않은 채 부담금을 산정해 위법하다"고 밝혔다. 이어 "서울시 하수도 조례 및 하수도조례규칙 관련 규정의 문언적·합리적 해석에 의하더라도 당연히 기존 하수 발생량을 제외한 다음, 이를 제외하고도 산출되는 하수 발생량이 있을 것을 전제로 원인자부담금이 부과돼야 한다고 규정돼 있다"며 "구청은 이에 대한 구체적인 판단을 해보지도 않은 채 하수도법을 위반해 A조합에 부담금을 부과해 그 하자가 중대하고도 명백하다"고 판시했다.

회사가 배임 등 임직원의 예상치 못한 부정행위로 법인세를 과소신고한 경우까지 40%의 가산세를 물리는 것은 부당하다는 대법원 전원합의체 판결이 나왔다. 대법원은 다만 이 경우 해당 회사에 10년간 장기 부과제척기간을 적용하는 것은 가능하다고 판단했다. 대법원 전원합의체(주심 이동원 대법관)는 18일 A사가 서울마포세무서를 상대로 낸 법인세 등 부과처분 취소소송(2017두38959)에서 원고패소 판결한 원심을 일부 파기하고 사건을 서울고법으로 돌려보냈다. A사 임직원인 B씨 등은 가맹점에 지원금 등을 지급한다는 명목으로 회사로부터 약 20억원을 받았다. 그런데 B씨 등은 이 돈을 가맹점에 지급하고 돌려받는 수법으로 회삿돈을 편취했으며, 사기와 배임 혐의 등으로 기소돼 유죄 확정 판결을 받았다. 이들의 범행으로 A사의 사업연도 소득은 20억원 누락된 채 법인세 신고·납부가 이뤄졌다. 세무당국은 임직원의 부정행위를 법인(회사)의 부정한 행위로 보고, 10년의 장기 부과제척기간을 적용한 법인세 본세에다 40%의 부당과소신고가산세 등을 더해 법인세를 증액경정했다. [ 판결문 다운로드 ] 국세기본법은 '국세는 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년이 지나면 부과할 수 없다'고 정하면서, 다만 납세자가 부정한 행위로 국세를 포탈한 경우에는 그 기간을 10년으로 늘려 '장기 부과제척기간'을 적용하도록 했다. 또 납세자가 과세표준과세액을 과소신고한 경우 과소신고액의 10%에 해당하는 일반과소신고가산세를 부과하면서, 부정한 행위로 과소신고를 하면 40%로 가중해 '부당과소신고가산세'를 부과하도록 하고 있다. 이에 반발한 A사는 소송을 냈다. 재판에서는 임직원의 부정한 행위를 이유로 피해자 지위에 있는 회사에 △장기 부과제척기간과 △부당과소신고가산세를 적용할 수 있는지가 쟁점이 됐다. 재판부는 이 경우 △10년의 장기 부과제척기간은 적용할 수 있지만 △40%에 달하는 부당과소신고가산세를 부과할 수는 없다고 판단했다. 재판부는 우선 '40% 부당과소신고가산세'에 대해 "임직원의 부정한 행위가 납세자(회사)를 피해자로 하는 사기, 배임 등의 범행의 일환으로 행해지고, 거래 상대방이 이에 가담하는 등 납세자가 이들의 부정한 행위를 쉽게 인식하거나 예상할 수 없었던 특별한 사정이 있는 경우라면, 이들의 배임적 부정행위를 부당과소신고가산세에서 말하는 부정한 행위에 포함된다고 볼 수 없다"고 밝혔다. 이어 "이런 경우까지 납세자에게 부정한 행위를 이유로 중과세율(40%)을 적용하는 부당과소신고가산세를 부과할 수는 없다"고 설명했다. 재판부는 다만 '10년의 장기 부과제척기간' 적용에 대해서는 "이런 경우에도 임직원의 부정한 행위로 포탈된 국세에 관해 과세관청의 부과권 행사가 어렵게 된 것은 분명하다"며 "납세자가 임직원 등의 부정한 행위를 방지하기 위해 상당한 주의 또는 관리·감독을 게을리하지 않았다는 특별한 사정이 없는 한, 임직원의 배임적 부정행위는 장기 부과제척기간에서 말하는 부정한 행위에 포함된다"고 판시했다. 이에 대해 이기택·김재형·박정화·안철상·노정희 대법관은 "납세자가 쉽게 인식하거나 예상할 수 없었던 임직원 등의 배임적 부정행위를 이유로 회사에게 부당과소신고가산세를 부과할 수 없을 뿐만 아니라 장기 부과제척기간도 적용될 수 없다"는 별개 및 반대의견을 냈다. 이들 대법관들은 "국세기본법의 의도 등을 고려하면 납세자에 대한 장기 부과제척기간과 부당과소신고가산세에 관한 해석·적용을 통일적으로 하는 것이 타당하다"며 "동일한 문언을 요건으로 하는 두 제도에 대해 부당과소신고가산세에서는 납세자의 부정한 행위로 보지 않으면서, 장기 부과제척기간에서는 납세자의 부정한 행위로 보는 것은 국세기본법 전체의 체계와 통일성을 무시하는 해석"이라고 지적했다. 앞서 1,2심은 "세무당국이 임직원의 부정행위를 법인의 부정행위로 보아 장기 부과제척기간 및 부당과소신고가산세를 적용하는 것은 타당하다"며 원고패소 판결했다. 이번 전원합의체 판결문은 대법원 홈페이지(https://www.scourt.go.kr/sjudge/1613634904991_165504.pdf)에서도 전문을 확인할 수 있다.

원유 정제과정에서 부수적으로 나오는 연료가스나 수소를 생산하는데 사용한 원유도 석유수입부과금 환급 대상이라는 대법원 판결이 나왔다. 정유사들은 이 판결을 통해 수백억원을 돌려받게 됐다. 대법원 특별1부(주심 김소영 대법관)는 27일 S-오일이 한국석유공사를 상대로 낸 석유수입부과금환급금 환수처분 취소소송(2015두1250)에서 원고승소 판결한 원심을 확정했다. 한국석유공사는 구 석유 및 석유대체연료 사업법에 따라 정유사들이 원유를 수입할 때 석유부과금을 부과하는 대신, 이들이 수입한 원유를 이용해 생산한 제품을 수출하거나 공업원료용으로 사용하는 등 일정한 사유가 있을 때에는 해당 수출제품이나 공업원료용으로 사용된 석유제품을 생산하는데 소요된 원유량에 해당하는 금액은 환급해줬다. S-오일은 원유정제공정에서 원유량의 1.5%에 해당하는 폐가스가 발생하는데 과거에는 이를 대기중에 방출했지만 기술발달에 따라 연료로 활용했다. 또 석유제품 중 하나인 나프타를 이용해 에틸렌 등 화학제품을 생산하는 과정에서 수소가 발생하는데 이를 탈황용으로 사용했다. 이에 S-오일은 2003년 2월부터 2007년 12월까지 석유공사에 석유제품 등의 생산에 소요된 원유량을 산정할 때 연료가스나 수소를 반영하지 않은 채 환급을 신청했고, 석유공사도 신청내용대로 환급했다. 하지만 감사원은 "연료가스 및 수소 생산에 소요된 원유량은 환급대상에서 제외해야 한다"는 감사결과를 발표했다. 그러자 석유공사는 2008년 3월 감사원 감사결과에 따라 2003년 2월~2007년 12월 S오일에 환급한 석유부과금 환급금 중 328억원여원을 다시 환수했다. 이에 반발한 S-오일은 소송을 냈다. 대법원은 S-오일의 손을 들어줬다. 대법원은 "석유환급금 환급 대상과 규모, 방법 등 산정기준에 관한 규정을 해석할 때는 조세나 부담금 관련 법률해석의 법리가 적용돼야 한다"며 "따라서 환급금 산정기준을 정한 당시 규정도 원칙적으로 문언대로 해석해야 하고 합리적 이유 없이 확장해석해서는 안 된다"고 밝혔다. 이어 "환급결정이 이뤄진 시기에 적용되던 관련 규정의 해석상 환급대상인 수출 석유제품이나 나프타 생산 과정에서 발생한 연료가스나 수소가 환급 대상에서 제외된다고 볼 수 없다"며 "석유부과금 환급결정에 아무런 하자가 없기 때문에 환급결정을 취소한 것은 위법하다"고 밝혔다. 앞서 1,2심도 S-오일의 손을 들어줬다. 대법원은 이날 SK이노베이션(31억원, 2014두12017), GS칼텍스(307억원, 2014두12413), SK에너지(51억원, 2015두39453)가 낸 석유부과금환급금 환수처분 취소 소송에서도 같은 취지의 판결을 내렸다. 대법원 관계자는 "이번 판결은 종래 석유부과금 환급금을 산정함에 있어 원유정제공정 등에서 부수적으로 발생하는 연료가스를 어떻게 처리해야 하는지에 관한 하급심의 혼선을 정리한 것"이라며 "환급대상인 수출 석유제품이나 공업원료용으로 사용된 석유제품 생산에 사용된 원유량을 산정할 때 명확한 근거 없이 연료가스나 수소를 제외할 수 없음을 분명히 했다"고 설명했다.

김무성 새누리당 전 대표의 누나인 김문희씨가 이사장으로 있는 학교법인 용문학원이 50억대 세금 소송에서 승소했다. 대법원 특별1부(주심 김소영 대법관)는 용문중·고등학교 등을 운영하고 있는 용문학원(소송대리인 법무법인 율촌)이 성북세무서장을 상대로 제기한 법인세 부과처분 취소소송(2016두31173)에서 원고승소 판결한 원심을 최근 확정했다. 용문학원은 수익사업을 위해 부동산 임대용도로 쓰던 토지와 건물을 2009년 상담심리대학원을 세운다며 교육목적으로 전입시켰다. 임대용도로 쓰던 건물을 학교 건물로 쓰기 위한 것이다. 이 과정에서 부동산의 시가와 장부가액의 평가차익이 129억8007만원이나 생겼다. 용문학원은 부동산을 제3자에게 판 것도 아니고 실현된 이익도 아니라며 평가차익을 수익이 아니라고 회계장부에 기입했다. 그러나 세무당국은 "학교법인이 수익사업에 해당하는 자산을 비영리사업으로 전입한 경우 차액은 전입일이 속하는 사업연도의 수익금에 해당한다"며 "법인세 51억9255만원을 납부하라"고 통보했다. 이에 용문학원은 소송을 냈다. 대법원은 "법인세법 시행규칙 제76조 4항에서 '사립학교법인이 수익사업회계에 속하는 자산을 비영리사업회계에 전입한 경우에는 이를 비영리사업에 지출한 것으로 본다'고 규정하고 있는데, 여기서의 '지출'은 문언 해석상 손익거래와 관계없는 자본원입액의 반환 등으로 해석해야 한다"며 "이 사건 부동산을 비영리사업회계에 전입한 것이 그 자체로 수익성을 가지거나 수익을 목적으로 한 것이라고 보기 어려워 법인세 부과 대상으로 볼 수 없다"고 밝혔다. 앞서 1, 2심도 용문학원의 손을 들어줬다.

'페이 닥터(다른 사람이 운영하는 병원에서 봉급을 받는 의사, 봉직의)' 등 고소득 전문직을 고용하면서 임금과 관련된 세금을 사용자가 모두 내주기로 약정했더라도 종합소득세까지 대신 내줄 필요는 없다는 대법원 판결이 나왔다. 대법원 민사2부(주심 이상훈 대법관)는 치과의사 김모씨가 선배이자 자신을 고용한 치과의사 주모씨를 상대로 "고용계약 내용대로 모든 세금을 부담하라"며 낸 손해배상 청구소송(2015다43462)에서 원고승소 판결한 원심을 깨고 최근 사건을 서울중앙지법으로 돌려보냈다. 재판부는 "주씨가 김씨를 고용하면서 김씨의 급여에 대한 소득세와 그에 부수하는 세금 전액을 부담하겠다고 약정한 것은 사실이지만, 당시 김씨에게 주씨가 주는 급여 외에 다른 소득이 얼마나 발생할 수 있을지에 대해 예견할 만한 자료가 없었다"며 "다른 소득이 합쳐서 누진세율의 적용을 받는 종합소득세액 증가분까지 주씨가 부담하는 것은 형평의 이념에 맞지 않는다"고 밝혔다. 이어 "종합소득세액을 산출할 때 적용되는 세율은 과세표준이 되는 소득액의 크기에 따라 누진적으로 상승하므로 주씨가 김씨에게 동일한 급여를 주더라도 김씨가 얻는 다른 소득의 크기에 따라 종합소득세액이 누진적으로 증가할 수 있다"며 "누진세까지 주씨가 부담한다면 주씨는 계약 당시 예견하지 못한 손실을 입게 돼 부당하다"고 설명했다. 재판부는 "약정 동기와 경위 등을 고려하면 문제의 고용계약에 따라 주씨가 부담하기로 한 김씨의 종합소득세액은 급여외 추가수입이 전혀 없을 때 부과되는 세율에 한정된다"고 판시했다. 김씨는 2011년부터 주씨가 운영하는 치과에서 일하며 일당 40만원씩을 받았다. 고용계약서에는 '소득은 100% 사업소득으로 신고하되 그에 따른 세금은 고용주가 전액 부담한다'는 내용이 포함됐다. 9개월 뒤 김씨는 치과를 그만뒀고, 이후 주씨는 김씨에게 그동안 지급한 급여 5400여만원을 사업소득으로 신고하며 원천징수세율 3%를 적용해 소득세 16만여원을 자신이 부담했다. 하지만 이후 강남세무서는 주씨가 신고한 김씨의 사업소득 5400여만원이 김씨의 2011년 귀속 종합소득세 부과에 누락된 것으로 봐 김씨에게 종합소득세 1200여만원과 지방소득세 120여만원 등 총 1350여만원을 부과했다. 뒤늦게 세금 폭탄을 맞게 된 김씨는 "주씨가 세금을 전액 부담하기로 약정했으니 추가 부과된 종합소득세와 지방소득세를 대신 내야 한다"며 소송을 냈다. 1,2심은 "계약서의 문언상 주씨가 원천징수액만을 대납하기로 한 것이라고 제한해 해석할 아무런 근거가 없다"면서 "봉직의(奉職醫)를 고용하는 대개의 경우 사업소득세 전액을 대납하는 것이 일종의 관례처럼 받아들여지고 있는데 그것이 위법하거나 무효라고 볼 수도 없다"며 원고승소 판결했다.

납세 고지를 위해 세무공무원이 납세자의 주소지만 두 차례 방문했다가 납세자가 그때마다 집에 없었다는 이유로 곧바로 납세고지서를 공시송달한 것은 위법하다는 대법원 판결이 나왔다. 직장 등 납세자가 고지서를 송달 받을 수 있는 다른 장소를 찾아봤어야 한다는 취지다. 대법원 행정3부(주심 박보영 대법관)는 최근 마모(69)씨가 "납세고지서 공시송달은 무효"라며 용산세무서장을 상대로 낸 종합소득세 부과처분 취소소송 상고심(2015두43599)에서 원고패소 판결한 원심을 깨고 사건을 서울고법으로 돌려보냈다. 재판부는 판결문에서 "세무서가 마씨의 사업장에는 납세고지서 송달을 시도해 보지 않은 채 마씨의 주소지만 두 차례 방문한 다음 곧바로 납세고지서를 공시송달한 것은 국세기본법이 정한 공시송달의 요건을 갖추지 못한 것"이라며 "송달이 제대로 되지 않았기 때문에 세무서가 마씨에게 부과한 종합소득세부과처분도 무효로 봐야한다"고 밝혔다. 이어 "국세기본법 제8조 1항은 국세기본법 또는 세법에서 정하는 서류를 송달할 장소를 '주소, 거소, 영업소 또는 사무소로 규정하고 있고, 세무공무원이 2회 이상 납세자를 방문해 서류를 교부하려 했으나 수취인이 부재중인 것으로 확인될 때 공시송달을 할 수 있도록 규정하고 있다"며 "이러한 규정의 문언을 감안했을 때 납세자에게 책임질 수 없는 사유로 송달되지 않은 경우까지 공시송달을 허용하는 것은 납세자의 권리를 과도하게 침해할 우려가 있다"고 설명했다. 마씨는 2007년 5월 토지 지분을 다른 사람에게 팔고 대금 5억8000여만원과 지료 7억5000여만원을 받았지만 지료에 대해서는 종합소득세를 납부하지 않았다. 2013년 4월 세무서는 마씨가 2007년 미납한 종합소득세 6900여만원을 부과하고 같은해 5월 27일 납세고지서를 공시송달했다. 마씨는 "납세고지서를 보낸다는 연락도 없이 바로 공시송달한 것은 무효"라며 소송을 냈다. 1,2심은 "세무서의 공시송달은 적법하다"며 원고패소 판결했다.

재건축 추진 중인 아파트를 취득해 새 아파트를 분양받은 뒤 5년 안에 새 아파트를 양도한 경우 양도소득세 전액을 면제해야 한다는 대법원의 첫 판결이 나왔다. 대법원 특별2부(주심 김창석 대법관)는 최근 김모(53)씨(대리인 법무법인 일촌)가 강동세무서장을 상대로 낸 양도소득세 부과처분 취소소송 상고심(2014두36105)에서 원고승소 판결한 원심을 확정했다. 김씨는 지난 2001년 재건축조합 조합원으로부터 재건축 중인 아파트를 취득했다. 이후 2004년 새 아파트를 분양받은 뒤 2008년 이를 다른 사람에게 팔아 1억2000만원의 양도소득을 올렸다. 세무서는 김씨에게 양도소득세 3300여만원을 부과했고, 김씨는 "새 아파트를 얻은 지 4년 만에 양도했으므로 소득세를 내지 않아도 된다"며 소송을 냈다. 조세특례제한법 특례조항은 신축주택을 5년 이내에 양도한 경우 소득세를 전액 면제하도록 규정하고 있다. 이에 대해 세무서는 "김씨가 재건축 중인 아파트를 산 때로부터 따지면 7년 만에 양도한 셈이라며 이 특례조항을 적용할 수 없다"고 맞섰다. 1, 2심은 "재건축 중인 아파트를 취득한 후 새 아파트를 분양받기 전까지의 소득에 대해서는 소득세를 면제할 수 없다"면서도 "다만 과세 당국이 법적 근거 없이 세금을 부과했다"며 김씨 손을 들어줬다. 하지만 대법원은 "신축주택을 5년 이내에 양도하기만 했으면 '기존 주택 취득부터 신축주택 취득 전까지의 소득'과 '신축주택 취득부터 양도 전까지의 소득' 구분 없이 세금을 모두 면제해야 한다"고 판결했다. 대법원은 "조세특례제한법 특례조항의 문언과 체계, 주택의 신축, 분양, 거래를 장려해 침체된 건설 경기와 부동산 시장을 활성화하려는 입법 취지 등을 고려했다"며 "1, 2심이 법리를 오해했지만 세금을 취소하는 결론이 같아 세무서의 상고를 기각한다"고 밝혔다.