공기업 직원들에게 지급되는 복지포인트는 소득세법상 과세대상이 되는 근로소득에 해당하지 않아 근로소득세를 뗄 수 없다는 판결이 나왔다. 대전고법 행정1부(재판장 이준명 부장판사)는 한국철도공사(코레일·소송대리인 법무법인 동인 김형연, 김종욱 변호사, 보조자 홍기현 세무사, 법무법인 태평양 장성두, 빈은솔 변호사)가 대전세무서를 상대로 제기한 근로소득세경정청구 거부처분취소소송(2022누13617)에서 원고패소한 1심 판결을 취소하고 원고승소 판결했다. 코레일은 2007년 11월부터 소속 임직원이 각자에게 배정된 복지포인트 한도 내에서 사전에 설계된 다양한 복리혜택 중 개인의 선호와 필요에 따라 복지항목 및 수혜수준을 선택해 누릴 수 있도록 하는 선택적 복지제도를 실시했다. 이에 따라 소속 임직원들에게 매년 일정하게 포인트 1점당 1000원에 상응하는 복지포인트를 부여했다. 코레일은 정규직 전환자 및 기간제 근로자, 수습 중인 직원을 포함한 소속 임직원에 대해선 전년도 말일 기준으로 당해 연도 1월 1일에 일률적으로 복지포인트를 배정했고, 신규 입사자나 중도 퇴직자 등 복지포인트 배정사유가 발생, 중단 또는 소멸하는 사유가 발생할 경우 당해 연도 근무기간에 따라 월할 계산방식에 의해 배정했다. 코레일은 소속 직원들에 대한 2015년 귀속 근로소득세를 원천징수하면서 기본항목 포인트는 과세대상 급여에서 제외해 이를 원천징수하지 않았고, 복지포인트에 대해선 과세대상인 근로소득으로 보고 이를 원천징수해 근로소득세로 합계 909억 원을 납부했다. 2019년 8월 대법원 전원합의체는 공무원과 공기업 직원들에게 지급되는 복지포인트는 통상임금에 해당하지 않는다는 판결을 내놨다. 해당 사건에서는 복지포인트가 근로기준법이 정한 임금 및 통상임금에 해당하는지가 쟁점이 됐는데, 대법원은 "여행, 건강관리, 문화생활 등 사용 용도가 제한되고 1년 내 사용하지 않으면 소멸되며, 양도 가능성이 없어 임금이라 보기 적절치 않다"고 밝혔다. 이후 코레일은 2021년 3월 대전세무서에 "코레일 직원들에게 부여한 복지포인트는 소득세법상 과세대상이 되는 근로소득에 해당하지 않는다"고 주장하면서 이미 원천징수해 납부한 근로소득세액 28억여 원에 대한 환급을 구하는 경정청구를 했다. 하지만 대전세무서는 "해당 복지포인트는 과세대상인 근로소득에 해당한다"며 경정청구를 거부했고, 이 처분에 불복한 코레일은 조세심판청구를 했으나 재차 기각되자 소송을 제기했다. 1심은 코레일의 복지포인트가 근로소득에 해당한다고 판단하면서 원고패소 판결했다. 코레일 측은 항소하면서 복지포인트의 배정은 근로의 대가에 해당하지 않을 뿐만 아니라, 근로를 전제로 밀접하게 관련된 근로조건의 내용을 이뤄 지급되는 것이라고 볼 수 없어 근로소득에 해당하지 않는다는 취지로 주장했다. 재판부는 이 주장을 받아들였다. 재판부는 "코레일의 선택적 복지제도의 도입 경위, 복지포인트의 성격 등을 고려하면 기존에 코레일이 지급하던 각종 복지수당(복리후생적 성격의 급여 등)과는 구분되는 새로운 기업복지에 해당된다는 것을 알 수 있다"며 "사용자의 복지포인트 배정이라는 사실행위로 인해 근로자가 현실적 이익을 얻는 것도 아니고 사용자가 비용을 지출하게 되는 것도 아니어서 복지포인트 배정이 이뤄졌다고 해서 사용자의 근로자에 대한 금품 지급이 이뤄졌다고 평가할 순 없다"고 설명했다. 이어 "복지포인트 제도에선 사용자가 정한 사용 용도와 사용 방법에 따라 근로자가 물품 등을 구매해야만 배정된 포인트가 차감되고 그에 상응하는 돈을 사용자 등으로부터 보전받을 수 있는 구조"라며 "이 같이 채무를 인정하는 행위에 불과한 복지포인트 배정 행위를 사용자의 근로자에 대한 금품의 지급으로 평가하는 것은 아직 지급하지도 않은 금품을 이미 지급된 것처럼 간주하는 것에 다름 아니어서 타당하지 않고, 민사법적으로 보더라도 근거를 찾기 어렵다"고 밝혔다. 그러면서 "대전세무서의 주장대로 복지포인트에 대한 근로소득세 부과가 반드시 필요하다면, 조세법률주의 원칙에 따라 입법을 통해 과세요건을 명확하게 규정해야 할 것"이라며 "코레일 복지포인트의 배정은 근로의 대가에 해당하지 않을 뿐만 아니라, 근로를 전제로 그와 밀접히 관련돼 근로조건의 내용을 이뤄 지급되는 것이라고 볼 수 없어 세무서의 처분은 위법하다"고 판시했다. 코레일 측을 대리한 김형연(57·사법연수원 29기) 법무법인 동인 변호사는 "그동안 복지포인트 제도를 시행하는 기업들은 과세관청 의견에 따라 이를 근로소득에 포함해 해당 원천세를 임직원으로부터 징수해 신고·납부해 오던 위법한 관행에 대해 처음으로 이의 시정을 시도한 판결"이라며 "복지포인트의 근로소득 해당 여부에 대한 논란에 대해 납세자 입장에서 최초로 합법적인 판단을 내렸다는 점에서 의의가 있다"고 말했다. 현재 이 사건은 대전세무서 측이 상고하면서 대법원에서 심리 중이다.

한국필립모리스가 2015년 1월 담뱃값 인상을 앞두고 담배 재고를 축적했다가 실제 담뱃값이 오르자 이를 반출·판매해 부당이득을 취했다는 이유로 수백억 원의 세금을 부과받아 처분 취소 소송을 내 1,2심에서 승소했지만, 대법원이 파기환송했다. 필립모리스 측은 고액의 세금을 물게 될 처지에 놓였다. 대법원 특별2부(주심 민유숙 대법관)는 13일 필립모리스가 이천·금정세무서(소송대리인 법무법인 동인 임수정, 최영헌 변호사, 법무법인 바른 이수경, 최주영, 김지은 변호사)를 상대로 낸 개별소비세 부과 처분 취소 청구 소송(2020두51341)에서 세무당국이 필립모리스에 부과한 개별소비세 및 가산세 처분을 취소한 원심을 파기하고 사건을 수원고법으로 돌려보냈다. 당초 담배는 개별소비세 과세 대상이 아니었는데, 2014년 12월 개별소비세법이 개정되면서 1갑(20개비)당 개별소비세가 594원을 부과하는 근거 규정이 마련됐다. 또 지방세법 개정에 따라 담배 소비세율을 20개비당 1007원으로 인상됐다. 이에 필립모리스는 2015년 1월부터 담뱃값이 2500원에서 4500원으로 인상된다는 결정이 나오자, 2014년 9월부터 12월까지 전산시스템 관리 코드를 변경해 담배를 허위로 반출하거나 임시창고를 이용한 가장 반출로 1억9100만여 갑을 축적하고 개정 전 세법에 따른 담배소비세만 납부했다. 담뱃세는 공장에서 제조된 담배가 보세창고로 옮길 때가 아닌 보세창고에서 도매상으로 넘길 때 부과되는데, 국세청은 필립모리스가 담뱃값 인상과 함께 부과되는 개별소비세를 피하기 위해 미리 창고 등에 축적한 담배를 담뱃값이 오른 후 판매했다고 판단해 고의적 조세 포탈 행위를 했다고 보고 약 997억 원의 세금을 부과했다. 필립모리스는 국세청의 결정에 불복했지만, 조세심판원이 청구를 기각하자 불복해 소송을 냈다. 1,2심은 국세청이 문제 삼은 담배는 이미 개별소비세가 붙기 전인 2014년에 반출이 이뤄졌다는 필립모리스 측의 주장을 받아들였다. 하지만 대법원의 판단은 달랐다. 재판부는 필립모리스가 마련한 임시창고는 담뱃값의 인상 차액을 얻으려 담뱃값이 인상되기 전에 제조공장에서 담배를 반출하기 위해 일시적인 방편으로 마련된 장소에 불과하다고 판단했다. 재판부는 "제조장에서 일시적인 방편으로 마련된 장소로 담배를 옮긴 것에 불과하다면, 이를 제조장에서 반출한 것으로 볼 수 없다"며 "제조공장에서 임시창고로 옮긴 때가 아니라, 이 사건 임시창고에서 각 물류센터로 옮긴 때 비로소 제조장에서 반출한 것으로 봐야 하므로 2015년 1월1일 이후에 임시창고에서 물류센터로 옮겨진 담배에 대해서는 개별소비세를 부과할 수 있다"고 판시했다.

대주주가 기업에 맡긴 기금은 회사의 순자산을 늘린 수익으로 볼 수 없어 법인세 부과 대상에 포함할 수 없다는 법원 판단이 나왔다. 서울행정법원 행정5부(재판장 김순열 부장판사)는 5월 11일 티브로드를 흡수합병한 SK브로드밴드(소송대리인 법무법인 광장 김동하, 김성환, 박재만 변호사)가 동수원세무서장과 서울지방국세청장을 상대로 낸 법인세 부과 처분 등 취소소송(2022구합59578)에서 원고승소 판결했다. 태광그룹 계열사였던 티브로드는 2017년 이호진 전 태광그룹 회장과 중소 방송채널사용사업자(PP) 운영 및 지원을 위한 공동 협력 양해각서'를 체결하고 기금 100억 원을 기부받았다. 티브로드는 2017년 9월부터 2019년 7월까지 총 6회에 걸쳐 100억 원 중 38억여 원을 21개 중소 PP에게 지원했다. 이후 2019년 12월 티브로드와 이 전 회장은 양해각서를 합의해지했고, 해지한 날 티브로드는 이 전 회장에게 이미 지급된 금액을 뺀 미사용 정산금 61억 7900만 원을 반환했다. 2020년 서울지방국세청은 티브로드에 대한 법인세 통합 세무조사를 실시해 기부금 100억 원과 그 이자수입을 티브로드의 익금(법인의 순자산을 증가시킨 거래에 의해 생긴 수익)으로 산입해야 한다고 판단했고, 이를 합병 뒤 법인인 SK브로드밴드에 과세하겠다고 통지했다. 이에 SK브로드밴드는 국세청에 과세전적부심사를 청구했으나 대부분 받아들여지지 않았다. 서울지방국세청은 61억여 원을 SK브로드밴드 2020년 귀속 소득금액으로 변동 통지했고, 동수원세무서는 2017년 사업연도 법인세를 25억 5000여만 원으로 경정·고지했다. 이에 불복한 SK브로드밴드는 조세심판원에 심판청구를 했으나 기각되자 소송을 제기했다. 재판부는 SK브로드밴드 측의 의견을 받아들여 기금과 이자수입을 티브로드의 익금으로 산입할 수 없다고 판단했다. 재판부는 "티브로드는 양해각서에서 정한 목적에 따라 기금을 관리·집행할 수 있었을 뿐이고, 자기를 위한 용도로는 사용할 수 없었다"며 "해당 기금은 티브로드의 고유재산과 분리돼 별도로 집행·관리됐고 티브로드의 자산으로 회계 처리되지도 않았으며, SK브로드밴드와 합병을 진행할 때에도 티브로드는 기금을 자산이 아닌 것으로 봐 회사가치의 평가에도 반영하지 않았다"고 밝혔다. 이어 "티브로드는 경제적인 측면에서 기금을 선량한 주의의무로 집행·관리하며 수탁사무를 처리한 자에 해당할 뿐, 사용·수익 내지 처분의 측면에서 현실로 기금을 지배·관리했다고 인정되지 않는다"며 "양해각서에서 정한 바에 따라 중소PP 등을 위해 지출됐고, 이와 무관한 용도로 사용됐다고 볼 만한 사정도 없다. 남은 정산금도 합의해지에 따라 이 전 회장에게 반환됐다"고 설명했다. 그러면서 "기금의 객관적 지출 형태나 반환 경위를 보더라도 SK브로드밴드의 순자산을 증가시킨 것으로서 SK브로드밴드에 실질적으로 귀속된 것이었다고 보기는 어렵다"고 판시했다.

삼성SDS가 2010년 삼성네트웍스와 합병 이후 얻게 된 이익과 관련한 1000억여 원의 법인세 소송 항소심에서 승소했다. 서울고법 행정1-1부(재판장 심준보, 김종호, 이승한 부장판사)는 20일 삼성SDS(소송대리인 법무법인 율촌 김동수, 신기선, 전영준, 조윤희, 홍문기, 한원교 변호사)가 잠실세무서장을 상대로 낸 법인세 부과처분 취소소송(2020누39275)에서 원고패소 판결한 1심을 취소하고 원고승소 판결했다. 삼성SDS는 2010년 삼성네트웍스와 합병하면서 삼성네트웍스 주주들에게 합병신주 및 합병교부금 명목으로 총 9045억여 원을 지급했다. 삼성SDS는 이 9045억여 원과 삼성네트웍스의 순자산가액 3214억여 원과의 차액 5831억여 원 중 1656억여 원을 무형자산으로, 나머지 4174억여 원은 영업권으로 계상했다. 이후 삼성SDS는 2010 사업연도 법인세 신고 시 무형자산으로 평가해 계상한 금액 중 1611억여 원을 합병평가차익으로 보아 이를 이익에 산입했으나, 영업권에 대해선 손금 산입을 유보하고 같은 금액을 손금불산입하는 것으로 세무조정을 했다. 서울지방국세청은 2013년 11월 삼성SDS에 대한 실지조사를 실시한 결과, 삼성SDS가 영업권으로 계상한 4174억여 원이 합병평가차익에 해당하는 것으로 판단해 2010 사업연도 귀속 법인세 1490억여 원을 결정·고지했다. 이에 불복한 삼성SDS는 2016년 3월 감사원에 심사청구를 했으나 2018년 12월 기각되자 소송을 제기했다. 재판부는 "삼성SDS와 삼성네트웍스의 합병이 적격합병에 해당한다는 점에 관해 당사자 사이에 다툼이 없다"며 "두 회사의 합병은 상호 역량 보완을 통한 대외경쟁력 강화 및 경영 효율성 제고 등 '동반상승 효과'를 극대화함으로써 기업가치를 높이기 위한 것으로서, 단지 합병 시 현금 흐름을 더욱 안정화해 회사의 재무 구조를 건실화하고 유동성을 증대시키는 것뿐만 아니라, 합병법인의 영업에 미치는 영향까지 고려해 이뤄진 것으로 볼 수 있다"고 밝혔다. 이어 "두 회사 모두 합병 당시 동일한 기업집단인 삼성그룹에 속해 있는 계열회사로서 대표이사도 같았고, 삼성SDS가 합병으로 인해 계열회사인 삼성네트웍스의 상호, 거래관계, 영업상의 비밀 등을 이용할 필요성이 있었다고 단정하기도 어렵다"며 "수익가치 산정 시 삼성네트웍스의 2009년, 2010년 매출액 등을 추정할 때에도 과거 실적추이 및 최근까지의 실적, 추정손익계산서 등을 기초로 했을 뿐 삼성네트웍스의 상호나 거래관계, 영업상 비밀 등을 초과수익력 있는 무형자산의 요소로서 추정에 반영한 것으로 볼 수는 없다"고 설명했다. 그러면서 "삼성SDS는 합병 당시 한국채택국제회계기준을 따랐는데, 영업권의 경우 내용연수가 비한정인 무형자산으로 상각하는 대신 매 결산기에 손상검사를 해야 한다"며 "삼성SDS도 이에 따라 영업권에 관해 상각하지 않는 대신 매 사업연도마다 손상검사를 수행했고, 손상차손을 인식하지 않았다는 사정만으로 삼성SDS가 합병 당시 영업권에 대해 사업상 가치를 평가해 그 대가를 지급했다고 단정하기는 어렵다"고 판시했다.

GS그룹 오너가의 일원인 고 (故) 허완구 전 승산 회장의 자녀들이 세무서를 상대로 23억여 원의 주식 양도세 부과처분을 취소해달라며 낸 소송 1심에서 승소했다. 서울행정법원 행정4부(재판장 김정중 부장판사)는 지난달 8일 허용수 GS에너지 대표와 허인영 승산 대표(소송대리인 법무법인 태평양 조일영, 강석규, 심규찬, 조무연, 이동훈 변호사)가 성북세무서장을 상대로 낸 양도소득세 부과처분 취소소송(2020구합83836)에서 원고승소 판결했다. 허 전 회장은 2008년 11월과 2016년 5월 한국거래소 장내 경쟁매매 방식으로 GS 상장주식 합계 48만 9000주를 양도하고, 거래가액을 기준으로 양도소득세를 각각 신고·납부했다. 허 대표 등은 해당 상장주식 중 각 35만 7000주, 10만 2000주 등을 매수했다. 서울지방국세청은 2018~2019년 세무조사를 통해 허 전 회장이 GS 주식 48만여 주를 장내 경쟁매매 방식으로 거래하면서 자녀들과 손자들에게 시가보다 낮은 가격에 넘겼다고 판단했다. 이에 국세청은 양도소득세 부당행위계산부인 규정을 적용해 10년의 국세부과제척기간 및 부당과소신가산세율 40%를 적용한 과세자료를 성북세무서에 통보했다. 이 과세자료에 따라 성북세무서는 2019년 3월 총 23억 4000여만 원의 양도소득세를 허 대표 등에게 추가로 납부고지했고, 이에 불복한 허 대표 등은 소송을 제기했다. 재판부는 "특수관계인 사이의 거래인지 여부는 가능성이나 결과가 아닌 실제 거래당사자 사이의 합의를 기준으로 판단해야 한다"며 "해당 거래 과정에서 허 전 회장과 허 대표 등 사이에 직접적으로 거래 금액이나 거래 당사자 등 거래조건에 관한 합의가 있다는 것을 인정할 증거는 없다"고 밝혔다. 이어 "허 전 회장은 거래를 지시하기 전 당시 주식 시세를 확인하고 시세에 맞춰 거래를 지시한 것으로 보이고, 달리 해당 거래로 인해 거래소 시장 내 거래 가격이 왜곡됐다고 볼만한 정황도 발견되지 않는다"며 "해당 거래가 건전한 사회통념이나 상관행에 비춰 경제적 합리성을 결여한 비정상적인 것이라고 보기도 어렵다"고 설명했다. 그러면서 "해당 거래에서는 매도, 매수 주문이 거의 동시 또는 인접한 시간에 동일한 또는 유사한 금액으로 행해졌다는 점을 제외하면 거래소 시장의 경쟁매매 성격이 그대로 유지되고 있을 뿐, 시세조종행위 등을 금지하는 자본시장법 제176조 제1항에 위배된다고 볼 근거도 없다"며 "소득세법 제101조 제1항에 의한 부당행위계산부인이 적용될 수 없다"고 판시했다.

제2롯데월드 취득세 산정에 잠실역 공사비용까지 포함시킨 송파구청의 처분은 관련성 없는 비용까지 산정한 처분으로 위법하다는 판결이 나왔다. 서울행정법원 행정4부(재판장 김정중 부장판사)는 5월 20일 롯데물산과 롯데쇼핑, 호텔롯데(소송대리인 법무법인 광장 마옥현·김경태·오승환 변호사)가 송파구청장을 상대로 낸 취득세 등 경정청구 거부처분 취소소송(2021구합57339)에서 원고승소 판결했다. 롯데물산과 롯데쇼핑, 호텔롯데는 서울 송파구 잠실 제2롯데월드(롯데월드타워·롯데월드몰)를 신축함에 따라 2014~2017년 송파구청에 취득세 총 1097억여 원을 납부했다. 이후 2019년 11월 롯데물산 등은 이전에 납부한 취득세에 제2롯데월드 취득과 무관한 8호선 잠실역 연결통로 설치 및 부대시설 공사 비용 등이 포함됐다며 송파구청에 173억여 원의 취득세를 돌려달라는 경정청구를 했다. 하지만 송파구는 제2롯데월드의 취득세 과세표준에 잠실역 공사비용이 포함돼야 하고, 제2롯데월드 주차장 등 공용구역은 대도시 내 법인의 본점 신축 및 지점 설치에 따라 취득한 부동산이므로 표준세율이 아닌 중과세율을 적용해야 한다는 이유로 152억여 원에 대해서만 환급하고 나머지 경정청구는 거부했다. 이에 반발한 롯데물산 등은 2020년 3월 조세심판원에 심판청구를 했으나 같은해 12월 기각되자 소송을 냈다. 재판부는 "8호선 공사범위는 잠실역과 제2롯데월드와의 연결통로 신설, 환기구 이설, 대합실 확장 등인데 연결통로 신설 공사를 제외하면 잠실역 그 자체의 효용을 증대시키는 것일 뿐 제2롯데월드와는 직접적인 관련성이 없는 것으로 보인다"고 밝혔다. 이어 "8호선 공사 서두에서 교통영향 분석, 개선 대책 사항의 일환으로 공사가 이뤄진다는 점을 명시하기는 했으나, 잠실역 공사 비용 전부가 송파구의 주장과 같이 도시교통정비법에 따라 (롯데물산 등이) 의무적으로 부담하는 비용이라고 인정하기 어렵다"고 설명했다. 그러면서 "송파구청의 처분에는 잠실역 공사비용 전부를 포함시키고 취득세 중과세율이 적용될 타워동 공용부분의 과세표준 산정방법을 그르친 위법이 있으므로 취소돼야 한다"며 "제출한 증거나 변론 전체의 취지만으로는 정당한 과세표준 및 세액을 산출할 수 없으므로 송파구청의 처분 전부를 취소한다"고 판시했다.

기업이 납세의무를 이행하지 못할 경우 해당 법인의 과점주주에게 부여되는 2차 납세의무를 과점주주의 과점주주에게까지 부과할 수는 없다는 대법원 첫 판결이 나왔다. 국세기본법 제39조 1항은 '법인의 재산으로 그 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 국세·가산금과 체납처분비에 충당해도 부족한 경우에는 그 국세의 납세의무 성립일 현재 법인의 소유주식 합계 또는 출자액 합계가 법인 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 권리를 실질적으로 행사하는 자들(과점주주)은 그 부족한 금액에 대해 제2차 납세의무를 진다'고 규정하고 있다. 대법원 특별1부(주심 김선수 대법관)는 재향군인회(소송대리인 법무법인 광장·평산)가 서울 남대문세무서장을 상대로 낸 법인세 등 부과처분 취소소송(2018두36110)에서 최근 원고승소 판결한 원심을 확정했다. A사는 B사 주식을 취득하기 위해 재향군인회에서 130억원을 빌린 뒤 회사 주식에 근질권을 설정했다. A사는 또 주식 매수 잔금을 치르기 위해 하나은행으로부터 900억원을 융자받았다. 이렇게 B사 주식의 82%를 취득한 A사는 B사 소유의 부동산을 하나은행에 담보로 제공하는 부동산신탁계약을 체결했다. 그런데 A사는 만기일이 되도록 재향군인회와 하나은행에서 빌린 돈을 갚지 못했다. 이에 재향군인회는 근질권을 행사해 A사가 담보로 제공한 주식 전부를 취득했다. 하나은행은 A사가 담보로 제공한 B사 소유 부동산을 C사에 처분했다. 이후 남대문세무서는 B사가 부동산 소유권을 이전하면서 양도차익이 생겼다는 이유로 B사에 법인세 110억원을 부과했다. 그런데 B사가 법인세를 납부하지 않자, B사의 과점주주인 A사에 지분비율에 해당하는 법인세 93억여원을 부과했다. 그러나 A사도 법인세를 내지 않자, 세무서는 A사의 과점주주인 재향군인회에 법인세 83억여원을 부과했고 이에 반발한 재향군인회는 소송을 냈다. 1,2심은 재향군인회의 손을 들어줬다. 1,2심 재판부는 "국세기본법 제39조 1항은 법인에게 부과되거나 법인이 납부할 국세 등을 납부하지 못하는 경우 법인의 과점주주가 그 부족한 금액에 대해 제2차 납세의무를 진다고 규정하고 있다"며 "이 같은 2차 납세의무는 납세의무자에 대한 과점주주까지만 적용되고, 1차 과점주주에 대한 과점주주에까지 확대해 부과할 수는 없다"고 밝혔다. 이어 "국세기본법은 과점주주를 법인에 대한 2차 납세의무자로 정하고 있을 뿐 과점주주의 과점주주를 2차 납세의무자로 정하고 있지는 않다"며 "국세기본법에서 과점주주의 과점주주를 2차 납세의무자로 정하고 있지 않음에도 과점주주의 과점주주가 2차 납세의무를 지는 과점주주에 해당한다고 보는 것은 지나치게 확장해석한 것"이라고 설명했다. 그러면서 "세무서 측은 '조세징수 회피라는 2차 납세의무의 입법취지를 고려하면 단계적 2차 납세의무는 정당한 것'이라고 주장하지만, 조세를 회피하기 위해 최종 과점주주가 지배구조 내 여러 단계인 체납법인들을 통해 2차 납세의무를 면탈하는 등의 문제는 사안에 따라 실질과세원칙 등으로 해결해야 할 것"이라며 "세무서 측의 주장과 같이 무제한으로 단계적 2차 납세의무를 인정한다면 조세법률주의 및 헌법상 자기책임 원칙에 반할뿐만 아니라 부과제척기간을 규정한 취지를 몰각시킬 우려가 있어 제한적으로 해석하는 것이 타당하다"고 판시했다. 대법원 역시 원심 판단이 옳다고 봐 세무서의 상고를 기각하고 판결을 확정했다.

부동산매매법인이 취득 후 보유만 하고 있던 부동산을 업무사용 유예기간인 5년이 지나 팔았더라도 일반 법인과 달리 5년간의 대출이자는 법인세 부과대상에서 제외하는 과세특례가 적용된다는 판결이 나왔다. 일반 법인이 부동산을 업무에 사용하지 않고 5년이 지난 뒤 부동산을 팔면 부동산을 취득한 날로 소급돼 법인세가 다시 부과되지만, 부동산매매법인은 부동산 매매가 본래 업무이기 때문에 법인세법 시행규칙이 규정하고 있는 '부동산을 업무에 사용하지 아니하고 양도하는 경우'에 해당하지 않는다는 취지다. 법인세법 시행규칙은 '부동산을 업무에 사용하지 아니하고 양도하는 경우'에는 부동산 취득일부터 양도일까지 기간 전부의 대출이자에 대해 과세를 하지만, 유예기간이 지난 뒤 업무용으로 사용한 부동산의 경우는 유예기간이 끝나고 업무용으로 사용하기까지 걸린 기간의 대출이자에 대해서만 과세를 한다. 대법원 특별3부(주심 김재형 대법관)는 부동산 개발·공급 등 부동산매매업을 하는 ㈜부영(소송대리인 법무법인 화우·율촌·태평양·양헌)이 서울남대문세무서장을 상대로 낸 법인세 부과처분 취소소송(2014두44342)에서 최근 원고패소 판결한 원심을 취소하고 사건을 서울고법으로 돌려보냈다. 재판부는 "법인세법령은 부동산매매업을 주업으로 영위하는 법인의 경우 일반 법인과 달리 부동산을 매매하는 것 자체가 법인의 업무에 해당한다는 특성을 고려해 여러 특례규정을 두고 있다"며 "따라서 부동산매매업을 주업으로 하는 법인이 부동산매매용 토지를 양도하는 것 자체를 법인의 업무에 직접 사용한 것으로 봐야 한다"고 밝혔다. 이어 "결국 부동산매매업을 주업으로 하는 법인이 매매용 부동산을 취득한 다음 유예기간이 지난 후 물적분할 등을 통해 양도한 경우는 법인세법 시행규칙 제26조 9항 단서의 '업무에 사용하지 않고 양도하는 경우'에 해당하지 않는다"며 "이 단서에 따라 부동산 취득일부터 양도일까지의 기간 전부가 아니라, 본문에 따라 유예기간이 지난 다음날부터 양도를 통해 직접 사용하기 전까지의 기간만이 업무와 관련이 없는 기간에 해당한다"고 판시했다. 부영은 1997~2004년 서울 강서구 등촌동의 토지 193만여㎡를 보유하다 2009년 지주회사 전환을 하면서 설립한 부영주택에 이 토지를 이전했다. 부영은 이 과정에서 부동산 취득일로부터 5년이 경과하기 전에는 과세특례가 적용되고, 유예기간 5년 이후부터 부영주택에 이전하기 전까지는 비업무용 부동산으로 과세특례가 적용되지 않는 것으로 2009년 사업연도 법인세를 계산해 남대문세무서에 신고했다. 법인세법령은 비업무용 부동산 등 자산을 취득·관리하면서 생기는 차입금 지급이자 등의 비용은 당해 사업연도의 소득금액 계산에서 손금에 산입하지 않도록 해 법인세 부과대상에 포함시키고 있다. 다만 업무에 사용하려고 하는 준비기간 등을 고려해 비업무용 부동산이라고 하더라도 추후 업무용으로 사용하는 부동산은 5년의 유예기간 내에는 세제 혜택을 주고 있다. 그러나 유예기간 중이나 후에 업무용 부동산으로 사용하지 않으면서 처분하는 경우에는 부동산을 취득한 때부터 세제혜택을 소급해 적용하지 않는 조항을 두고 있다. 반면 유예기간이 지난 후 업무용으로 사용할 경우에는 5년의 세제혜택을 인정하고, 이후 기간은 세제혜택은 주지 않는 방식을 취하고 있다. 남대문세무서는 2012년 "부영이 토지를 고유업무에 사용하지 않고 보유하다가 유예기간이 지나 양도했다"며 "유예기간을 적용하지 않고 토지 취득일부터 양도일까지의 기간 전체를 과세대상으로 봐야 한다"며 법인세 173억여원을 부과했다. 이에 부영은 "일반법인과 달리 부동산매매업을 주업으로 하는 법인이라 재고자산인 부동산을 양도하는 것은 업무에 직접 사용한 것"이라며 소송을 냈다. 1심은 부영의 손을 들어줬다. 그러나 2심은 "법인세법 시행규칙 단서에서 양도의 개념에 '부동산매매업을 주업으로 하는 법인이 매매용부동산을 양도하는 경우'를 명시적으로 제외하고 있지 않다"며 "부영이 토지를 취득한 때로부터 물적분할일까지의 기간을 업무와 관련이 없는 보유 기간으로 본 세무서의 처분은 적법하다"며 부영에 패소 판결을 내렸다. 김용택(41·사법연수원 36기) 화우 변호사는 "부동산매매법인의 5년 과세특례의 인정범위를 명확하게 정리함으로써 법인이 주택공급을 위한 주택 매입에 적극적으로 나설 수 있는 토대를 마련해 준 판결"이라고 말했다.

상속받은 재산에 피상속인이 다른 사람으로부터 명의신탁을 받은 주식이 포함돼 있다면 그 주식에 대해서는 상속세를 물릴 수 없다는 판결이 나왔다. 서울고법 행정5부(재판장 배광국 부장판사)는 사망한 A씨의 배우자와 자녀 등 4명(소송대리인 법무법인 광장)이 성동세무서장을 상대로 낸 상속세 부과처분 취소소송(2017누75028)에서 최근 1심과 같이 원고승소 판결했다. B기업 오너가의 친인척인 A씨는 2014년 1월 사망했다. 성동세무서는 2015년 10월 A씨의 배우자와 자녀들이 낸 상속세 관련 조사를 실시했는데 A씨가 B사의 계열사 주식 등 변동상황 명세서상 이 회사 주식 8만6000여주를 소유한 것으로 나타났다며 주식 평가액 30억여원을 상속재산에 포함해 14억여원을 상속세로 내라고 통보했다. 이에 A씨의 배우자와 자녀 등 상속인들은 "해당 주식은 B사 오너가로부터 명의신탁 받은 재산이므로 상속재산으로 볼 수 없다"며 소송을 냈다. 재판부는 "상속재산 가액에 산입될 상속재산에 해당하는지는 실질과세의 원칙에 의해 그 실질에 따라 판단돼야 한다"며 "피상속인이 생전에 명의수탁 받아 등기 등을 해 둔 재산은 상속재산 가액에 포함될 수 없다"고 밝혔다. 이어 "상속재산에 포함된 주식이 명의신탁된 주식임을 증명할 객관적인 자료가 존재하지 않지만 관계자의 증언과 부과처분 이후의 경위 등 제반 사정에 비춰 볼 때 명의신탁된 주식으로 보인다"고 판시했다. 광장 관계자는 "주주명부상 형식적 기재사항에 기대 실지 귀속자가 아닌 사람에게 과세가 이뤄졌는데, 실지 권리 귀속관계를 증명할 자료가 충분하지 않은 불리한 상황에서 납세자의 권리를 구제했다는 점에서 의의가 있다"고 설명했다.

해고 처분에 반발해 회사를 상대로 소송을 낸 근로자가 법원의 화해권고결정을 받아들여 회사로부터 받은 화해금에는 세금을 물릴 수 없다는 판결이 나왔다. 서울고법 민사29부(재판장 강민구 부장판사)는 한국퀄컴㈜이 해고 근로자 류모씨(소송대리인 법무법인 공존)를 상대로 "화해금 5억원 중 3억9000만원은 이미 지급했고, 나머지 1억1000만원은 원천징수대상으로 공제했으므로 이에 대한 강제집행은 불허돼야 한다"며 낸 청구이의소송(2017나2073137)에서 1심과 같이 사실상 원고패소판결했다. 재판부는 "해고무효확인소송 중 화해가 이뤄졌다면 화해금은 근로자가 해고무효확인 청구를 포기하는 대신 받기로 한 '분쟁해결금'으로 봐야 한다"며 "조세법의 엄격한 해석상 이를 소득세법상 위약금과 배상금으로 보기 어렵고, 과세대상이 되는 근로소득, 퇴직소득, 기타소득 중 어느 것에도 해당되지 않는다"고 밝혔다. 이어 "위약금이나 배상금, 부당이득 반환시 지급받는 이자 등 분쟁과 관련해 지급된 화해금이나 재산권과 관련된 분쟁에서 지급된 화해금은 소득세법상 과세대상이 되는 기타소득인 '사례금'으로 볼 수도 있지만, 현대 자본주의사회에서 근로계약 관계가 가지는 중요성과 특수성, 해고무효확인소송이 가지는 사안의 중대성 등을 고려할 때 근로자가 해고무효확인소송의 청구를 포기하는 대가로 받은 화해금은 (비과세대상인) '분쟁해결금'으로 봐야 한다"고 설명했다. 그러면서 "퀄컴은 류씨에 화해금 5억원 중 이미 지급한 3억9000만원을 제외한 1억1000만원과 지연손해금을 지급할 의무가 있다"고 판시했다. 류씨는 퀄컴에서 대관업무 담당 이사로 재직하다 2015년 12월 해고되자 2016년 3월 회사를 상대로 해고무효확인소송을 냈다. 법원은 같은 해 10월 화해권고결정을 내리며 퀄컴에 "화해금으로 류씨에게 5억원을 지급하라"고 했다. 양측이 이를 받아들이면서 소송은 종료됐다. 그런데 퀄컴이 류씨에게 화해금을 지급하면서 문제가 다시 불거졌다. 퀄컴이 "화해금은 소득세법상 '필요경비 없는 기타소득'에 해당한다"며 5억원 중 소득세 1억과 지방소득세 1000만원을 원천징수한 다음 3억9000만원만 류씨에게 지급한 것이다. 이에 류씨는 "화해금은 비과세소득이므로, 원천징수는 부당하다"며 법원에 화해권고결정을 집행권원으로 삼아 퀄컴의 예금채권 중 1억1140여만원에 대한 채권압류 및 추심명령 신청했다. 법원도 이를 받아들였다. 그러자 퀄컴은 "화해금은 소득세법상 과세대상인 '사례금'에 해당한다"며 "이에 따라 당연히 공제돼야 할 1억1000만원을 제외한 나머지 돈을 모두 지급했으므로 우리는 잘못이 없다"며 소송을 냈다. 한편, 2심부터 원고보조참가인으로 참여한 국가(대한민국)도 "화해금이 사인간 분쟁해결금이라는 이유로 (과세대상인) 사례금에 해당하지 않는다고 한 것은 소득이 있는 곳에 세금이 있다는 '응능과세'의 원칙에 반해 조세정의에 위반된다"며 퀄컴 측과 같은 주장을 펼쳤지만, 재판부는 받아들이지 않았다.