서울대병원에 건축된 암센터는 수도권정비계획법에서 정한 공공법인의 사무소로, 과밀부담금 부과대상인 공공청사에 해당한다는 대법원 판결이 나왔다. 대법원 특별2부(주심 조재연 대법관)는 지난달 16일 서울대병원이 서울시를 상대로 낸 과밀부담금 부과처분 취소소송(2019두32207)에서 원고패소 판결한 원심을 확정했다. 수도권정비계획법은 수도권 인구 및 산업 집중을 억제하기 위해 '인구집중유발시설'을 지정하고 과밀부담금을 부과하고 있다. 서울대병원은 1977년 '서울대 병원 설치법'에 따라 설립된 법인으로, 2015년 서울 종로구청으로부터 암센터 증축 허가를 받아 이듬해 완공했다. 감사원은 2016년 서울시 기관운영감사를 실시한 뒤 서울시에 "서울대병원 암센터 증축공사 때 발생한 과밀부담금을 부과할 것"을 요구했다. 이에 서울시는 7000여만원의 과밀부담금을 부과했다. 수도권정비계획법 제12조 1항은 과밀억제권역에 속하는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역에서 인구집중유발시설 중 공공 청사를 건축(신축 ·증축 및 공공 청사가 아닌 시설을 공공 청사로 하는 용도변경, 그 밖에 대통령령으로 정하는 용도변경)하려는 자는 과밀부담금을 내야 한다고 규정하고, 동법 제2조 3호 및 같은 법 시행령 제3조 3호 나목은 '공공법인의 사무소'를 공공청사로 보고, 연면적이 1000㎡ 이상인 경우 '인구집중유발시설'로 규정하고 있다. 1,2심은 "서울대병원은 수도권정비계획법 시행령 제3조 3호 나목에서 정한 공공법인에 해당하며 서울대병원이 증축한 암센터는 서울대병원의 사무가 행해지는 장소이므로 해당 암센터는 공공법인의 사무소"라며 "따라서 암센터는 공공법인의 사무소로서 수도권정비계획법 제2조 3호의 공공 청사에 해당돼 같은법 제12조에서 정한 과밀부담금 부과대상"이라고 판단했다. 대법원도 이같은 판단을 확정했다.

회사 최대주주를 옥바라지한 대가로 받은 돈도 소득세 부과 대상이라는 판결이 나왔다. 인적용역을 제공하고 받은 대가가 아니라 사례금으로 봐야 하기 때문에 필요경비 공제를 받을 수 없다는 취지다. 2008년 3월 대우정보시스템 최대주주인 고(故) 조풍언씨는 대우그룹을 살리겠다며 당시 정권실세들에게 로비를 했다가 구속됐다. 당시 이 회사 구매팀장으로 근무하던 이모씨는 이때부터 2009년 6월까지 수사와 재판 과정에 조씨와 조씨의 가족, 변호인 사이의 연락업무를 맡고 조씨의 형사재판에 필요한 자료수집과 조씨의 구치소 및 병원 생활을 지원하는 등 옥바라지를 했다. 이를 고맙게 여긴 조씨는 2009년 1월 1심에서 집행유예 판결을 받고 석방되자 같은해 6월 이씨에게 당시 시가 100억원에 해당하는 회사 주식 210여만주를 주기로 약정서를 썼다. 그러나 주식 양도를 둘러싼 분쟁이 생겨 두 사람은 소송까지 가게 됐다. 이씨는 조씨로부터 주식 대신 75억원을 받기로 하고 소송을 마무리했다. 그런데 이씨에게 또다른 문제가 생겼다. 세무서가 이씨에게 75억원에 대한 종합소득세로 26억여원을 내라고 한 것이다. 이씨는 "75억원은 인적용역을 제공해 받은 것이므로 소득세법 제21조 1항 19호에 해당해 금액의 80%를 필요경비로 인정해주는 특칙 대상인데도 이를 인정하지 않은 것은 부당하다"며 소송을 냈다. 해당 조항은 강연료와 변호사 보수 등 인적용역을 제공하고 받은 대가를 기타소득으로 정하고 있다. 여기에 해당하면 소득세법 시행령에 따라 금액의 80%를 필요경비로 인정받을 수 있다. 그러나 법원의 판단은 달랐다. 서울행정법원 행정5부(재판장 강석규 부장판사)는 이씨가 반포세무서를 상대로 낸 종합소득세 부과처분 취소소송(2015구합62859)에서 최근 원고패소 판결했다. 재판부는 이씨가 받은 돈이 인적용역의 대가가 아닌 같은 호 17호가 규정하고 있는 사례금에 해당한다고 판단했다. 재판부는 "이씨가 제공한 역무는 주로 조씨와의 친분관계에 기초해 조씨의 옥바라지를 하거나 재판에 필요한 자료를 변호인과 회사에 전달한 것에 불과하다"며 "전문성이나 특수성을 갖춘 인적용역에 해당한다고 보기 어렵고 이러한 역무를 제공한 대가는 급여와 인사상 이익으로 받았다"고 밝혔다. 이어 "이씨가 받은 돈은 사례금으로 봐야 하는데 사례금은 소득세법 시행령상의 특칙이 적용되지 않는다"며 "세무소의 처분은 적법하다"고 설명했다.

'페이 닥터(다른 사람이 운영하는 병원에서 봉급을 받는 의사, 봉직의)' 등 고소득 전문직을 고용하면서 임금과 관련된 세금을 사용자가 모두 내주기로 약정했더라도 종합소득세까지 대신 내줄 필요는 없다는 대법원 판결이 나왔다. 대법원 민사2부(주심 이상훈 대법관)는 치과의사 김모씨가 선배이자 자신을 고용한 치과의사 주모씨를 상대로 "고용계약 내용대로 모든 세금을 부담하라"며 낸 손해배상 청구소송(2015다43462)에서 원고승소 판결한 원심을 깨고 최근 사건을 서울중앙지법으로 돌려보냈다. 재판부는 "주씨가 김씨를 고용하면서 김씨의 급여에 대한 소득세와 그에 부수하는 세금 전액을 부담하겠다고 약정한 것은 사실이지만, 당시 김씨에게 주씨가 주는 급여 외에 다른 소득이 얼마나 발생할 수 있을지에 대해 예견할 만한 자료가 없었다"며 "다른 소득이 합쳐서 누진세율의 적용을 받는 종합소득세액 증가분까지 주씨가 부담하는 것은 형평의 이념에 맞지 않는다"고 밝혔다. 이어 "종합소득세액을 산출할 때 적용되는 세율은 과세표준이 되는 소득액의 크기에 따라 누진적으로 상승하므로 주씨가 김씨에게 동일한 급여를 주더라도 김씨가 얻는 다른 소득의 크기에 따라 종합소득세액이 누진적으로 증가할 수 있다"며 "누진세까지 주씨가 부담한다면 주씨는 계약 당시 예견하지 못한 손실을 입게 돼 부당하다"고 설명했다. 재판부는 "약정 동기와 경위 등을 고려하면 문제의 고용계약에 따라 주씨가 부담하기로 한 김씨의 종합소득세액은 급여외 추가수입이 전혀 없을 때 부과되는 세율에 한정된다"고 판시했다. 김씨는 2011년부터 주씨가 운영하는 치과에서 일하며 일당 40만원씩을 받았다. 고용계약서에는 '소득은 100% 사업소득으로 신고하되 그에 따른 세금은 고용주가 전액 부담한다'는 내용이 포함됐다. 9개월 뒤 김씨는 치과를 그만뒀고, 이후 주씨는 김씨에게 그동안 지급한 급여 5400여만원을 사업소득으로 신고하며 원천징수세율 3%를 적용해 소득세 16만여원을 자신이 부담했다. 하지만 이후 강남세무서는 주씨가 신고한 김씨의 사업소득 5400여만원이 김씨의 2011년 귀속 종합소득세 부과에 누락된 것으로 봐 김씨에게 종합소득세 1200여만원과 지방소득세 120여만원 등 총 1350여만원을 부과했다. 뒤늦게 세금 폭탄을 맞게 된 김씨는 "주씨가 세금을 전액 부담하기로 약정했으니 추가 부과된 종합소득세와 지방소득세를 대신 내야 한다"며 소송을 냈다. 1,2심은 "계약서의 문언상 주씨가 원천징수액만을 대납하기로 한 것이라고 제한해 해석할 아무런 근거가 없다"면서 "봉직의(奉職醫)를 고용하는 대개의 경우 사업소득세 전액을 대납하는 것이 일종의 관례처럼 받아들여지고 있는데 그것이 위법하거나 무효라고 볼 수도 없다"며 원고승소 판결했다.

산부인과 의원이 할증된 요양급여를 청구할 수 있는 '모자동실(母子同室)'은 산모와 신생아가 하루 12시간 이상 같이 있는 경우에 인정해야 한다는 대법원 판결이 나왔다. 보건복지부 고시는 의원급 의료기관에서 신생아 입원료와 관련해 신생아가 별도의 병실이 아닌 산모와 같은 병실에 지내는 경우 모자동실 입원료를 신생아실 입원료보다 비싼 요양급여비를 지급하도록 하지만, 신생아와 산모가 하루에 몇 시간 이상 같은 입원실에 있어야 할증료율이 적용되는 지에 대해서는 명확한 기준이 없다. 대법원 특별1부(주심 박병대 대법관)는 지난달 24일 경남 통영시에서 산부인과를 운영하는 장모(55)씨가 보건복지부를 상대로 낸 과징금 부과처분 취소소송 상고심(☞ 2013두10960)에서 원고패소판결한 원심을 확정했다. 재판부는 판결문에서 "모자동실 제도는 산모가 분만 직후부터 신생아를 옆에 있게 해 아이를 항상 접촉하고 돌볼 수 있게 함으로써 가족 중심적 간호가 이뤄지게 하려는 데 취지가 있다"고 밝혔다. 이어 "모자동실 입원에 대한 기준이 법령의 형태로 제정돼 공표된 바는 없지만 1997년부터 보건복지부 행정해석의 형태로 최소 12시간 이상 신생아와 산모가 같은 병실에서 관리되는 것을 입원료 할증기준으로 정하고 있고, 세계보건기구 등 국제기구에서는 1일 24시간 내내 산모와 신생아가 함께 지내는 형태의 모자동실 방식을 권고하고 있다"며 "이같은 취지 등을 고려하면 보건복지부가 모자동실 입원료를 요양급여비용으로 청구하기 위해서는 모자동실 입원시간이 적어도 1일 12시간 이어야 한다고 본 것은 정당하다"고 설명했다. 재판부는 "모자동실 입원시간이 하루에 12시간에 미달하는 데도 할증료율에 의한 요양급여 비용을 청구하는 것은 국민건강보험법이 금지하는 부당청구에 해당한다고 보고 과징금 처분 등을 내린 보건복지부의 처분은 위법하지 않다"고 덧붙였다. 장씨는 2001년 4월부터 경남 통영시에서 산부인과의원을 운영해왔다. 보건복지부는 2011년 1월 장씨가 운영하는 산부인과에 대해 현지조사를 실시했고, 이 병원에서 총 237차례에 걸쳐 모자동실 시간이 하루 12시간에 못 미치는데도 불구하고 할증된 요양급여비용을 청구해 수령한 사실을 적발했다. 보건복지부가 병원에 대해 업무정지 20일의 처분과 함께 과징금 3000여만원을 부과하자 장씨는 소송을 냈다. 1·2심은 "장씨가 운영하는 병원에서 산모들이 모자동실에 관해 국제적 권고기준인 24시간 중 그 절반인 12시간에도 미치지 않는데도 부당하게 요양급여를 수령한 점이 인정된다"며 원고패소판결했다.

환자에게서 성형수술비로 받은 돈은 즉시 의사의 소득으로 계산해야 한다는 판결이 나왔다. 의사는 "수술 이후 안정기까지 통상 6개월 이상이 필요하고 재수술 가능성도 높아 수술비를 다시 돌려줘야 할 수도 있으므로 수술비를 받은 날이 아니라 치료가 완전히 끝난 날을 기준으로 소득을 산정해야 한다"고 주장했지만 받아들이지 않았다 치과의사 강모(47)씨는 2007년 11월부터 강남 신사동에서 양악수술 전문 병원을 운영했다. 강씨가 유명 연예인들의 수술을 도맡은 것이 알려지면서 수익이 폭발적으로 늘어났고 병원도 국내 최대 규모로 급성장했다. 그러나 강씨는 환자들에게 수술비를 할인해 주는 대신 현금 영수증을 발행하지 않는 조건으로 현금 결제를 유도하다가 세금 47억원을 포탈한 혐의로 재판에 넘겨졌다. 강씨는 "수술 결과에 만족하지 못하는 고객들에게 수술비를 환불해주는 일이 잦다"며 "수술비를 현금으로 받았다고 바로 소득이 발생했다고 볼 수 없어 포탈 세액을 다시 산정해야 한다"고 주장했다. 하지만 서울중앙지법 형사28부(재판장 김종호 부장판사)는 지난달 25일 종합소득세 47억여원을 탈세한 혐의(특정경제범죄가중처벌법상 조세포탈)로 기소된 강씨에게 징역 2년6월에 집행유예 3년, 벌금 50억원을 선고했다(2013고합41). 재판부는 판결문에서 "강씨는 대부분의 고객으로부터 수술비를 수술 전에 완납받았고 재수술이 필요할 때는 추가 수술비를 다시 협상했으며 양악수술에 만족하지 않는 고객에게 곧바로 수술비를 환불해주는 것도 아니었다"며 "강씨가 수술비 명목으로 받은 현금은 단순한 가수금이 아니라 확정된 용역의 대가라고 봐야 하고, 그 현금을 수령할 무렵 곧바로 그 소득 실현 가능성이 상당히 높은 정도로 성숙되고 확정된 것으로 봐야 하므로 수술비를 받은 날을 기준으로 포탈 세액을 산정한 것은 정당하다"고 밝혔다.

장례식장에서 문상객들에게 제공하는 음식에 대해서는 부가가치세를 부과할 수 없다는 대법원 판결이 나왔다. 사회 관행상 장례식장에서 음식을 제공하는 것은 부가가치세가 면제되는 '장의용역'에 부수적인 것으로 별도의 영업으로 볼 수 없다는 취지다. 대법원 행정3부(주심 이인복 대법관)는 학교법인 을지학원(소송대리인 법무법인 광장)이 노원세무서를 상대로 낸 부가가치세 부과처분 무효확인소송 상고심(2013두932)에서 원고승소 판결한 원심을 확정했다. 재판부는 판결문에서 "거래 관행상 장례식장에서의 음식물 제공 용역의 공급이 부가가치세 면세 대상인 장의용역의 공급에 통상적으로 부수되고 있음을 충분히 인정할 수 있다고 판단한 원심은 정당하고, 부가가치세법 시행령의 적용범위나 거래 관행의 의미에 관한 법리를 오해한 위법이 없다"고 밝혔다. 앞서 항소심인 서울고법 행정8부(재판장 김인욱 부장판사)는 "장례식장 음식물 제공용역의 공급이 장의용역에 해당하지 않는 것은 사실이지만, 부가가치세법상 장의용역에 대한 면세 취지가 국민의 복지후생 차원에서 장례의식을 위한 비용의 부담을 가볍게 하기 위한 것인 점, 거래 관행상 장의용역 공급과정에서 누구에 의해서건 음식물 제공용역의 공급이 부수적으로 이뤄지고 있는 점, 장례식장에서 음식물 제공용역의 공급은 일반인이 아니라 특정 조문객만을 대상으로 빈소 바로 옆 공간이라는 제한된 장소에서 이뤄지는 것이 일반적인 점 등에 비춰보면 거래 관행상 장례식장에서의 음식물 제공용역의 공급이 부가가치세 면세 대상인 '장의용역의 공급에 통상적으로 부수되는 재화 또는 용역의 공급'으로 봐야 한다"며 원고승소 판결했다. 서울 노원구에서 병원과 부설 장례식장을 운영하는 을지학원은 2004년 1기부터 2009년 2기 부가가치세 과세기간 중 상주와 문상객에게 57억여원 상당의 음식물을 제공하고 이 부분에 대한 부가가치세 면세를 과세관청에 신고했다. 서울지방국세청은 음식물 제공용역에 대한 부분은 면세대상이 아니라며 가산세를 포함해 총 5억2600여만원의 세금을 부과하자 을지학원은 소송을 냈다. 1심은 "음식제공은 본래의 의미의 장의용역에 포함되지 않고, 상주는 문상객에게 음식을 제공할지 여부와 장례식장과 장례식장 이외의 장소 중 어디를 선택할 지 결정할 수 있어 음식물 제공 용역이 장의용역에 부수되는 것이라고 볼 수 없다"며 원고패소판결했다.

'임의 비급여' 진료는 원칙적으로 허용되지 않지만, 진료행위의 시급성이 인정되는 등 일정한 요건을 갖춘 경우에는 예외적으로 허용되고 이 요건에 해당하는 지는 병원이 증명해야 한다는 대법원 판결이 나왔다. 임의비급여란 의사의 판단 아래 국민건강보험법상 의료수가 기준을 넘어서는 진료를 하고 환자에게 비용을 받는 것을 말한다. 현행 국민건강보험법(건보법)은 병원이 환자에게 부당한 방법으로 요양급여비용을 받거나 부담하게 하면 업무정지나 과징금 부과 등 행정벌을 부과할 수 있도록 하고 있다. 대법원 전원합의체(주심 이상훈 대법관)는 18일 가톨릭대학교 부속 여의도성모병원이 보건복지부와 국민건강보험공단을 상대로 낸 과징금부과처분 취소소송 상고심(2010두27639·27646 병합)에서 원고승소 판결을 내린 원심을 파기하고 사건을 서울고법으로 돌려보냈다. 이번 판결로 임의비급여는 허용되지 않는다는 취지의 종전 대법원 판결(2006두10368)은 변경됐다. 재판부는 판결문에서 "국민건강보험 법령 체계를 전반적으로 살펴봤을 때 임의 비급여 진료행위는 원칙적으로 건보법이 규정한 '사위 기타 부당한 방법으로 가입자 등으로부터 요양급여비용을 받거나 가입자 등에게 이를 부담하게 한 때'에 해당한다"고 밝혔다. 재판부는 그러나 "진료행위 당시 시행되는 관계 법령상 국민건강보험 틀 내의 요양급여대상으로 편입시키는 절차가 마련돼 있지 않은 상황에서 진료행위의 시급성이 인정되는 등 임의비급여를 회피할 수 있다고 보기 어려운 상황이 있고, 진료행위가 의학적 안정성과 유효성 뿐 아니라 요양급여 인정기준 등을 벗어나 진료해야할 의학적 필요성을 갖췄고 가입자 등에게 미리 그 내용과 비용을 충분히 설명해 본인 부담으로 진료받는 데 대해 동의를 받았다면 이 경우까지 건보법상 금지한 부당진료행위라고 볼 수는 없다"고 설명했다. 재판부는 또 "항고소송에서 처분의 적법성에 대한 증명책임은 원칙적으로 그 처분의 적법을 주장하는 처분청에 있지만, 처분청이 주장하는 적법성이 합리적으로 수긍할 수 있는 정도로 증명된 경우에는 그 처분은 정당하고, 이와 상반되는 예외적인 사정에 대한 주장과 증명은 상대방에게 그 책임이 돌아간다고 봄이 상당하다"며 "요양기관이 임의로 비급여 진료행위를 하고 그 비용을 지급받더라도 부당하다고 볼 수 없는 사정은 이를 주장하는 측인 요양기관이 증명해야 한다"고 덧붙였다. 하지만 김능환·박병대·김용덕 대법관은 "임의 비급여 진료행위가 예외적으로 부당하지 않다고 볼 사정은 요양기관이 증명책임까지 부담하는 것은 아니라고 봐야 하고 원심이 국민건강보험공단이 한 부당이득징수처분을 전부 취소한 것은 정당하다"는 반대의견을 냈다. 또 전수안 대법관은 "요양기관과 가입자 등은 비급여진료행위에 대해 사적인 진료계약을 체결할 수 있어 건보법상 규율대상이 아니다"라는 반대의견을 제시했다. 성모병원을 운영하는 가톨릭학원은 여의도 성모병원이 2006년 4월부터 6개월여간 백혈병 등 환자들을 진료하며 의료수가기준상 척추성형술용으로 쓰게 돼 있는 고가의 바늘을 골수검사에 사용하는 등 건강보험의 요양급여기준과는 다르게 진료를 하고 환자로부터 치료비를 받았다는 이유로 보건복지부에게서 과징금 96억9000만원을 부과받고, 국민건강보험공단에게서 19억3800만원의 부당이득 징수처분을 받자 소송을 제기해 1·2심에서 모두 승소했다. 원심은 "성모병원이 환자의 생명을 구하기 위한 치료를 위해 필요하다고 판단된 경우에 한해 임의비급여 진료를 한 점과 병원이 환자측으로부터 징수한 약제비용은 실거래가였고, 별도의 이익을 얻지는 않은 점 등을 고려해 건보법 위반이 아니다"라고 판단했다.

서울고법 행정8부와 행정5부는 모두 '위법 상태', '사회적 해악'이라는 표현을 통해 리베이트의 위법성을 인정하면서도 손금산입 인정여부에 대해서는 다른 판단을 내놨다. 위법성이 있는 비용의 손금 산입에 대해 대법원은 지난 2009년 6월 "위법소득을 얻기 위해 지출한 비용이나 지출 자체에 위법성이 있는 비용에 대해서도 손금 산입을 인정하는 것이 사회질서에 심히 반하는 등의 특별한 사정이 없는 한 손금으로 산입함이 타당하다"고 판시했다(2008두7779). 행정8부는 "리베이트 관행은 사회적으로 용인되는 통상적인 것이 아니고, 업계의 잘못된 관행으로 사회질서에 심히 반한다"며 "리베이트 경비 지출이 법인 순자산의 감소를 가져오는 것이라고 하더라도 손비로서 인정될 수는 없다"고 판단했다. 리베이트 자금 조성과정의 불법성을 이유로 리베이트 관행을 '사회질서에 심히 반하는 특별한 사정'으로 해석한 것이다. 행정8부는 또 "조세법이 리베이트 비용을 손금으로 산입해 과세소득에서 공제한다면 위법한 상태를 무한정 용인하는 것이 된다"고 지적했다. 반면 행정5부는 "사회적 해악이 작지 않다"며 위법성을 인정했지만 "사회질서에 심히 반하는 것은 아니다"라는 입장이다. 재판부는 "리베이트는 실질에 있어서 다량 거래를 계속한 거래처에게 사전 약정에 따라 판매대금 중 일부를 환급해 준 것으로, 기업회계상 매출금에서 감액하도록 돼 있고 세무회계에서도 동일하게 취급되고 있다"고 지적했다. 이런 맥락에서 행정5부는 리베이트의 손금산입이 허용돼야 한다고 본 것이다. 행정5부는 또 "리베이트 관행은 기본적으로 의약품 유통구조, 의료보험 체계 등 구조적 요인에서 기인하는 것으로 무리하게 세법을 확대 적용한다고 해서 해결될 수 있는 것이 아니다"라고 설명했다. 이에 대해 서울고법의 한 판사는 "조세법률주의 원칙에 따라 세법 규정을 엄격하게 해석한 것으로 보인다"고 평가했다. 두 재판부는 리베이트 수수행위의 형사처벌 가능성에 대해서도 다르게 판단했다. 행정8부는 "만약 국공립대 병원 의사에게 리베이트를 제공했다면 의사와 제공자는 뇌물수수와 뇌물공여죄로, 사립대 병원이라면 배임수재와 배임증재죄로 형사처벌을 받을 위험성이 크다"고 지적했다. 하지만 행정5부는 "사례금을 지급받은 상대방 중 뇌물죄 적용이 가능한 사람은 없었고, 이들이 병원이나 약국 등 몰래 개인적인 용도로 사용하기 위해 돈을 지급받은 것도 아니라면 배임죄가 성립될 여지도 없다"고 판단했다.

의약품 거래와 관련한 사례금(리베이트)을 법인세 산정시 손비금액에 포함할지를 두고 판결이 엇갈리고 있다. 손비(損費)금액이란 법인 순자산을 감소시키는 거래로 인해 발생하는 금액으로, 판매한 상품의 매입가액이나 자산의 평가차손 등을 말한다. 서울고법 행정5부(재판장 김문석 부장판사)는 지난달 22일 의약품 도매업체 T사가 "약국과 도매상 등에 지급한 리베이트는 판매 부대비용이므로 손금에 산입해야 한다"며 성동세무서를 상대로 낸 법인세 등 부과처분 취소소송 항소심(2011누17938)에서 원고패소 판결한 1심을 취소하고 "법인세 2억5200여만원 및 대표자에 대한 소득금액변동통지 14억6900여만원의 부과처분을 취소하라"며 원고일부승소 판결을 내렸다. 재판부는 판결문에서 "법인세법에는 위법소득을 얻기 위해 지출한 비용이나 지출 자체에 위법성이 있는 비용에 대한 손금산입을 부인하는 특별규정을 마련해 두고 있지 않다"며 "법령이나 사회질서를 어기는 행위를 제재하기 위해 세법을 확대 적용하면 국민의 재산권 보장과 조세법률주의의 원칙에 반하는 결과를 초래할 위험이 있다"고 밝혔다. 재판부는 이어 "의약품 거래와 관련한 사례금 수수관행은 회계처리하지 않는 비자금 조성과 연결돼 탈세 등 폐해를 낳게 되고, 건강보험 재정 부실화를 초래하는 등 사회적 해악이 작지 않은 것은 맞지만, 이러한 관행은 의약품 유통구조 등 구조적 요인에서 기인하는 것으로 무리하게 세법을 확대 적용한다고 해서 해결될 수 있는 것이 아니다"라고 지적했다. 재판부는 또 개정 약사법 시행규칙이 시행된 2008년 12월 14일 이전에 의약품 도매상이 의약품 판매촉진 목적으로 의료기관 등 개설자에게 지급한 사례금은 약사법령에 정한 준수사항을 위반한 것이 아니라고 설명했다. 개정 전에는 '현상품·사은품 등 경품류'만 금지하고 있었으나, 개정 후에는 '금전, 물품, 향응 그밖의 경제적 이익'으로 금지 대상이 확대됐다. 재판부는 "제약회사와 도매상, 도매상 상호 간 사례금 수수는 현재까지도 약사법에서 금지된 사항이 아니다"라며 "T사가 사례금을 지급한 S사가 병원이 우회 설립한 도매상이라고 하더라도 S사에 지급한 사례금을 의료기관에 지급한 것과 동일하게 평가할 수는 없다"고 지적했다. 서울지방국세청은 T사에 대한 2004~2008년 사업연도 법인세 통합조사를 하면서 제약회사에 대한 외상매입금 채무를 현금 변제했다고 회계처리한 18억6900여만원을 손금산입에서 제외했다. 이에 T사는 "이 금액은 약국, 제약사, 도매상 등에 사례금으로 지급됐으니 손금으로 처리해야 한다"며 법인세 5억3400여만원과 대표자에 대한 소득금액변동통지 19억9700여만원을 취소해달라며 2010년 3월 소송을 냈으나, 1심에서는 패소했다. 한편 지난달 3일 서울고법 행정8부(재판장 김인욱 부장판사)는 W제약이 수원세무서를 상대로 낸 법인세 등 부과처분 취소소송 항소심(2010누43466)에서 "리베이트 제공은 위법한 비용의 지출로서 손금산입 인정은 사회질서에 심히 반한다"며 원고패소 판결을 내렸다. 당시 재판부는 "리베이트 자금은 분식회계 등을 통해 조성된 비자금으로 집행될 수밖에 없고, 비자금은 횡령·분식회계·조세포탈·불공정거래행위 등을 전제로 하고 있으며, 조세법이 그러한 비용을 손금으로 산입해 과세소득에서 공제한다면 위법 상태를 무한정 용인하는 것이 된다"고 지적했다. 두 판결 모두 리베이트의 위법성을 인정했지만 손금산입을 인정할지에 대해서는 입장이 상반됐다. 행정8부는 리베이트를 '위법 상태'로 평가해 손금산입을 할 수 없다는 입장이지만, 행정5부는 '사회적 해악'을 인정하면서도 세법의 확대 적용은 안 된다고 판시했다. 2심에서 이처럼 엇갈린 판결이 나옴에 따라 대법원이 리베이트의 위법성과 손금산입 여부에 대해 어떤 판단을 내놓을지 관심이 집중되고 있다. 공정거래위원회 등에 따르면 지난해 제약사의 병·의원 리베이트 금액은 적발된 것만 약 969억원이며, 실제 연간 리베이트 규모는 3조원 가량으로 추정된다.

사용자와 근로자간의 약정에 따라 퇴직금 대신 원천징수세액을 대납했더라도 이후에 퇴직금을 지급한 뒤 원천징수세액을 돌려받을 수 없다는 판결이 나왔다. 서울동부지법 민사13부(재판장 김승표 부장판사)는 20일 A의료재단이 "퇴직금을 지급했으니 재단이 대신 낸 원천징수세액을 돌려달라"며 재단 소속 병원의 전 의사 김모(43)씨를 상대로 낸 채무부존재확인 등 청구소송(☞2009가합16801)에서 원고패소 판결했다고 밝혔다. 재판부는 판결문에서 "김씨가 퇴직금을 청구하지 않겠다는 조건으로 재단과 대납약정을 체결했다는 증거가 없다"면서 "대납약정을 하였더라도 피고가 퇴직시 원고에게 퇴직금을 청구하지 않기로 한 것은 퇴직시 발생하는 퇴직금청구권을 사전에 포기하는 약정으로 구 근로기준법 제34조 제1항에 위반하여 무효"라고 밝혔다. 재판부는 이어 "퇴직금청구권을 사전에 포기하는 약정이 무효라고 하여, 대납약정까지 무효로 된다거나 대납약정을 기망 또는 착오 이유로 취소할 수 있다고 한다면, 피고가 원고에게 원고가 대납한 근로소득세 등을 부당이득으로 반환해야 되고, 이는 퇴직금 사전 포기 약정의 효력을 인정하는 것과 다름이 없는 결과가 된다"며 "퇴직금제도의 입법취지에 따라 대납약정을 취소할 수 없다"고 판시했다. 재단은 2005년 5월부터 2009년 4월까지 재단 소속 C병원에서 정형외과 과장으로 재직했던 김씨와 '근로소득세, 주민세 등을 월 급여에서 원천징수하지 않고 재단이 납부하겠다'는 대납 약정을 체결했다. 그러나 김씨가 퇴직 후 '병원이 퇴직금을 주지 않는다'며 서울지방노동청에 진정하자 재단은 그에게 퇴직금을 지급한 뒤 "퇴직금을 주지 않는 조건으로 원천징수세액을 대납한 만큼 대납액 1억62만여원을 돌려달라"며 소송을 냈다.