회사에 명의만 빌려준 '바지사장'에게 1억 원대 소득세 부과한 과세관청의 처분은 무효가 아니라는 1심 법원 판단이 나왔다. 서울행정법원 행정2부(재판장 신명희 부장판사)는 2023년 10월 26일 A 씨가 성남세무서장을 상대로 낸 종합소득세 등 부과처분 무효확인 소송(2023구합55061)에서 원고패소 판결했다. A 씨는 2018년부터 2019년 폐업일까지 주식회사 B 사의 대표자로 과세관청에 등록돼 있었다. 성남세무서는 2021년 9월 A 씨에게 2018년 귀속 종합소득세 1억2300여만 원, 2019년 귀속 종합소득세 4400여만 원 총 1억6700여만 원을 부과했다. 이에 A 씨는 "나는 B 사의 실제 운영자인 C 씨의 부탁을 받고 명의를 대여한 바지사장일 뿐이고, C 씨에게 고용된 일용직 근로자에 불과하다"며 "해당 처분은 실질과세원칙에 반해 위법하고, 그 하자가 중대해 무효"라며 소송을 냈다. 하지만 재판부는 "실질과세의 원칙상 납세의무자의 확정은 외관이 아닌 법적 실질에 따라야 하므로 과세 대상이 되는 소득·수익·재산·행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 해 세법을 적용해야 한지만, 명의대여는 실사업자와 합의 하에 탈세를 조장하는 행위로서 외부에서는 그 실체를 파악하기 어려워 과세관청은 특별한 사정이 없는 한 사업명의자를 실사업자로 봐 과세를 하면 되는 것"이라며 "이것이 실체관계와 다르다는 이유로 사업명의자가 아닌 별개의 실사업자에게 실질과세가 가능하다는 점에 대한 주장·증명책임은 명의자 과세를 다투는 자에게 있다"고 밝혔다. 이어 "과세대상이 되지 않는 어떤 법률관계나 사실관계에 대해 이를 과세대상이 되는 것으로 오인할 만한 객관적인 사정이 있는 경우에 그것이 과세대상이 되는지 여부가 그 사실관계를 정확히 조사해야 비로소 밝혀질 수 있는 경우라면 그 하자가 중대한 경우라도 외관상 명백하다고 할 수 없어 그와 같이 과세 요건사실을 오인한 위법의 과세처분을 당연 무효라고 볼 수는 없다"고 설명했다. 재판부는 "이 사건 각 처분은 B 사가 법인세를 신고하지 않음에 따라 성남세무서장이 추계결정한 뒤 대표자 인정상여로 소득처분한 뒤에 내려진 것으로 B 사의 대표자에 대해 부과될 것이 예정돼 있었다"며 "A 씨는 2018년부터 폐업일인 2019년까지 B 사의 대표자로 등록돼 있었던 점, B 사의 실질 운영자라는 C 씨에게 명의를 대여한 사실을 인정하고 있으므로 A 씨에게는 그러한 명의사용으로 인한 결과, 즉 그로 인한 조세법적 책임 관계에 대해서도 감수하겠다는 의사가 있었다고 보이는 점 등을 종합해 보면, 'A 씨가 B 사의 대표자가 아니라는 사정'은 그 사실관계를 정확히 조사해야 비로소 밝혀질 수 있는 것으로서 외관상 객관적으로 명백하지 않으므로 각 처분의 당연무효 사유에 해당한다고 할 수 없다"고 판시했다.

LG전자가 캐나다 네트워크 장비업체 노텔 네트웍스와 합작 투자해 만든 LG노텔로부터 우선주 환매, 감자 대가로 797억여 원을 받았다. 이에 법인세 및 가산세 109억 원을 부과한 세무 당국의 처분이 정당하다고 판단한 원심을 대법원이 파기했다. 대법원은 797억여 원은 LG전자가 출자한 LG노텔로부터 받은 우선주 감자대금으로서 수입배당금에 해당하므로 익금불산입 대상이라고 판단했다. 하지만 원심은 이 금액의 실질이 네트워크사업양도대금이라는 전제에서 구 법인세법상 수입배당금 익금불산입 규정을 적용할 수 없다고 봤었다. 수입배당금 익금불산입 제도는 타(他)법인으로부터 들어온 배당금을 익금에 산입하지 않는 것으로, 해당 배당금은 과세 대상이 되지 않는다. 대법원 특별3부(주심 노정희 대법관)는 11월 30일 LG전자가 영등포세무서장을 상대로 낸 법인세 부과처분 취소소송(2020두37857)에서 원고패소 판결한 원심을 파기하고 서울고법으로 사건을 돌려보냈다. 재판부는 "거래의 내용이나 형식, 당사자의 의사, 우선주 유상감자의 목적과 경위 등 거래의 전체 과정을 관련 규정과 법리에 비추어 살펴보면 해당 금원은 수입배당금으로 봄이 타당하므로 그 일부는 구 법인세법 제18조의3 제1항에 따라 익금불산입의 대상이 된다"고 판시했다. 이어 "이 금원은 쟁점 우선주약정에서 정한 우선주 유상감자의 조건을 충족해 지급됐고, 쟁점 우선주약정은 쟁점 투자계약 등과 별도로 체결된 것으로서 우선주 유상감자 조건의 충족 여부는 쟁점 출자계약에서 정한 사업양도대금의 내용이나 효력에 영향을 미치지 않는다"며 "해당 금원과 주식발행초과금은 상법상 다른 성격의 금원으로서 서로 금액이 거의 동일하다거나 지급시기가 근접하다는 등의 사정만으로 쟁점 금원의 법적 성격을 달리 평가할 수는 없다"고 설명했다. LG전자는 2005년 8월 노텔과 합작투자계약을 체결하고, 우리나라 상법에 근거해 내국법인인 LG노텔을 설립했다. 그런데 서울지방국세청은 LG전자가 2007~2008년 사업연도에 LG노텔로부터 우선주 환매, 감자 대가로 지급받은 797억 74000만 원이 실질적으로 LG전자의 네트워크 사업부 양도대금에 해당한다고 판단해 이 같은 내용을 영등포세무서에 통지했다. 이에 따라 세무당국은 몇 차례 경정을 거쳐 가산세를 포함한 법인세로 2007년 48억 원, 2008년 61억 원을 LG전자에 부과했다. LG전자는 "LG노텔로부터 우선주 감자 대가로 지급받은 금원에 대해서는 구 법인세법 제18조의3 1항이 규정하는 수입배당금 익금불산입 규정이 적용돼야 한다"며 "그럼에도 세무당국은 개별적·구체적 부인규정 없이, 우선주 약정 등이 조세회피를 목적으로 해 구성된 이례적 거래형식에 해당하지 않는데도 불구하고 과세처분을 했다"며 소송을 냈다. 재판과정에서는 LG전자가 우선주 약정에 따라 지급받은 797억여 원이 LG전자가 실질적으로는 조세회피를 위해 우선주 환매 및 감자 대가 형식으로 외관만 갖춘 것인지가 쟁점이 됐다. LG전자가 받은 797억 원의 법적 형식을 조세회피행위로 본다면 해당 금원은 실질적으로 사업양도대금이므로 구 법인세법 제18조의3 수입배당금 익금불산입 규정 적용 대상이 아니기 때문에 법인세를 부과한 것은 정당한 처분이 되기 때문이다. 대법원 관계자는 " 거래의 전체 과정을 살펴볼 때 납세의무자가 선택한 법률관계에 경제적 목적과 합리성이 인정되고, 과세관청이 주장하는 사정만으로 형식과는 다른 실질이 증명됐다고 보기 어려운 경우에는 실질과세원칙을 적용할 수 없다는 점을 다시금 명시적으로 설시한 판결"이라며 "향후 과세관청의 과세실무와 하급심판단의 기준을 제시했다"고 말했다. 1심은 LG전자의 손을 들어줬다. 하지만 2심은 원고승소 판결한 1심을 취소하고 원고패소 판결했다.

시가 15억여 원에 달하는 부동산 지분을 두 아들에게 절반 가격으로 물려줬다가 5억 원에 달하는 증여세를 부과받은 아버지와 아들이 불복해 소송을 냈지만 패소했다. 서울행정법원 행정4부(재판장 김정중 부장판사)는 지난 7월 21일 A 씨와 그의 아들 2명이 성북세무서장을 상대로 제기한 양도소득세 부과처분 취소소송(2021구합74075)에서 원고패소 판결했다. A 씨는 2009년 배우자로부터 서울 노원구의 한 부동산 지분 절반을 7억 원에 취득한 뒤 2019년 10월 두 아들에게 각각 3억5000만 원에 절반씩 양도했다. A 씨가 세무서에 신고한 양도가액(취득가액)은 10년 전과 동일한 7억 원이었다. 하지만 성북세무서는 A 씨에 대한 양도소득세 조사를 실시했고, 감정평가법인 2곳에서 해당 부동산에 대해 각각 15억8000만 원과 16억1000만 원의 감정가액을 받았다. 세무서는 두 감정가액의 평균인 15억9500만 원을 해당 부동산의 시가로 보고 A 씨가 두 아들에게 저가로 양도한 것으로 판단했다. 이에 성북세무서는 2020년 7월 A 씨에게 양도소득세 3억1200여만 원을, 두 아들에게는 각각 8800여만 원의 증여세를 결정·고지했다. 이에 불복한 A 씨 등은 이의신청을 거쳐 조세심판원에 심판청구를 제기했으나 기각당하자 소송을 냈다. 재판부는 "납세자는 시한 내 세법에 따라 정당하게 산출된 세액을 신고·납부해야 하고, 부당행위계산 부인 규정이 적용될 경우 그 규정에 따라 계산된 세액을 세법에 따른 정당한 세액으로 봐야 한다"며 "부당행위계산부인 규정이 적용될 것을 예상하지 못했다고 하더라도 이는 법률의 부지나 착오 또는 해석·적용의 잘못에 불과하다"고 설명했다. 이어 "A 씨 등에 대해 국세기본법상 과소신고 가산세의 적용이 배제되는 사유가 존재한다고 볼 사정도 없다"며 "이들 간 부동산 거래는 일반 중개사무소를 통해 이뤄졌는데, A 씨 등으로서는 큰 어려움 없이 주변 중개사무소에 문의하는 방법으로 유사거래를 파악할 수 있었음에도 이러한 노력을 기울였다는 사정도 보이지 않는다"고 밝혔다. 그러면서 "A 씨 등에게 의무를 알지 못한 것에 책임을 귀속시킬 수 없는 합리적인 이유가 있거나 그 의무 이행을 당사자에게 기대하기 어려운 사정이 있을 때 등 그 의무를 게을리 한 점을 비난할 수 없는 정당한 사유가 있다고 인정하기에 부족하다"고 판시했다.

국가사업에 따라 조성된 매립지라도 농업생산기반시설 등 공공성이 강한 경우가 아니라면 정비사업 시행자 소유라는 대법원 판결이 나왔다. 대법원 민사2부(주심 민유숙 대법관)는 한국농어촌공사(공사)가 고흥군 등 11개 지방자치단체와 나주세무서를 상대로 제기한 재산세 부과처분 취소청구 소송 상고심에서 세금 부과가 정당하다고 본 원심의 원고패소 판결을 지난달 18일 확정했다(2023두37315). 공사는 정부가 주도한 종합개발사업과 서남해안 간척사업 등에 참여해 전남 영산강 일대와 경기 시화호 일대 등 매립지를 취득했다. 세무 당국과 지자체는 이 토지들을 공사 소유로 보고 2020~2021년 종합부동산세와 재산세, 지방교육세 등 총 5억5000여만 원을 과세했다. 공사는 불복해 조세 심판을 냈으나 기각되자 2021년 10월 소송을 냈다. 공사 측은 "해당 토지에 대한 관리·처분권은 국가에 있고 토지로 인한 비용과 수익은 모두 국가에 귀속되므로 토지의 실질적 소유자는 국가"라고 주장했다. 공사는 수탁관리자에 불과하므로 과세 대상이 아니라는 취지다. 하지만 1·2심은 공사의 청구를 받아들이지 않았다. 2심 재판부는 "매립지 중 용도에 있어서 공공성이 매우 강해 사적인 관리·처분을 제한할 필요가 있는 농업생산기반시설 등은 그 소유권이 국가에 귀속되나 그 외의 경우에는 원칙적으로 농업생산기반 정비사업 시행자나 매립면허취득자에게 귀속된다"고 밝혔다. 이어 "해당 토지의 사용·수익·처분에 있어서 국가가 관여하는 사정은 해당 토지가 가지는 공공성의 징표일 뿐 실질적인 소유권이 국가에 귀속된다는 근거가 될 수 없다"고 판시했다. 대법원은 항소심 판단이 타당하다고 보고 공사의 상고를 기각했다.

<사진 = 호텔스컴파인> 호텔롯데가 계열사에게 브랜드를 무상으로 사용하게 했다는 이유로 부과받은 법인세 28억여 원을 돌려받게 됐다. 상표권자가 상표 사용자로부터 상표권 사용료를 지급받지 않았다는 이유만으로 곧장 부당행위계산 부인의 적용대상이 된다고 단정할 것은 아니라는 취지다. 대법원 민사2부(주심 조재연 대법관)는 지난 1일 호텔롯데가 남대문세무서를 상대로 낸 법인세 부과처분 취소 소송(2021두30679)에서 원고 승소 판결한 원심을 확정했다. 호텔롯데는 롯데리아 상표를 등록한 상표권자인데, 계열사인 롯데지알에스(한국 롯데리아)가 2008 내지 2012 사업연도 동안 상표를 사용했지만 상표권 사용료를 받지 않았다. 세무당국은 호텔롯데가 과세기간 동안 상표권 사용료를 지급받지 않은 것이 구 법인세법 제52조의 부당행위계산 부인 대상에 해당한다고 판단했다. 세무당국은 한국 롯데리아의 순매출액에 상표 사용료율을 곱해 산정한 금액을 익금에 산입해 호텔롯데에 2008 내지 2012 사업연도 법인세를 경정·고지했다가 조세심판원 결정에 따라 한국 롯데리아 햄버거 영업부문의 순매출액을 기준으로 상표권 사용료를 재산정했다. 이에 호텔롯데는 처분 취소를 구하는 소송을 냈다. 재판부는 "상표권자가 상표 사용자로부터 상표권 사용료를 지급받지 않았다는 이유만으로 곧바로 그 행위가 경제적 합리성을 결여하였다고 단정할 것은 아니다"고 판단했다. 이어 "상표권 사용의 법률상·계약상 근거 및 그 내용, 상표권자와 상표 사용자의 관계, 양 당사자가 상표의 개발, 상표 가치의 향상, 유지, 보호 및 활용과 관련해 수행한 기능 및 그 기능을 수행하면서 투여한 자본과 노력 등의 규모, 양 당사자가 수행한 기능이 상표를 통한 수익 창출에 기여하였는지 여부 및 그 정도, 해당 상표에 대한 일반 수요자들의 인식, 그 밖에 상표의 등록·사용을 둘러싼 제반 사정 등을 종합적으로 고려해 상표권자가 상표권 사용료를 지급받지 않은 행위가 경제적 합리성을 결여한 비정상적인 것인지 여부를 판단해야 한다"고 판시했다. 그러면서 "해당 상표는 한국 롯데리아가 영업에 사용하면서 관리에 필요한 비용을 직접 지출해 온 반면, 상표권자인 호텔롯데는 상표를 등록한 이후에도 영업에 사용하거나 가치를 높이기 위한 노력을 하지 않았고, 상표가 가지는 재산적인 가치는 대부분 한국 롯데리아에 의해 형성됐다"고 설명했다. 앞서 1,2심도 원고승소 판결했다. 대법원 관계자는 "상표 사용료 징수의 근거가 되는 상표에 화체된 무형의 재산적 가치는 상표권자나 상표 사용자가 상표의 사용과 관련해 투여한 자본과 노력 등에 의해 획득되고 상표 사용의 정도 및 인지도 등에 따라 변동될 수 있다는 점을 고려한 판결"이라며 "상표권자가 상표 사용자로부터 상표 사용료를 지급받지 않은 경우에도 상표권 사용의 법률상·계약상 근거, 상표권자와 상표 사용자가 상표의 개발 및 가치 향상과 관련해 수행한 기능과 투여한 자본, 수익창출에 대한 기여도 등을 고려하여 경제적 합리성을 인정할 수 있다는 점을 최초로 명시적으로 설시했다"고 말했다.

32년 간 거주한 주택을 팔고 이사하는 과정에서 일시적으로 1가구 3주택이 된 경우라도, 투기 목적이 없다면 양도소득세 중과세율을 적용해 과세 처분하는 것은 부당하다는 법원 판단이 나왔다. 서울행정법원 행정2부(재판장 신명희 부장판사)는 3월 30일 A씨의 유족 B 씨 등이 마포세무서장을 상대로 제기한 양도소득세 부과처분 취소소송(2022구합69513)에서 원고승소 판결했다. A 씨는 1985년 6월 서울 마포구에 2층 주택을 사서 보유하다가 2018년 4월 22억4000만 원에 양도했다. A 씨는 1세대 1주택인 고가주택의 양도에 해당한다고 판단해 9억 원을 초과하는 양도차익에 대해 장기보유특별공제 및 소득세법상 기본세율을 적용한 뒤, 2018년 귀속 양도세로 6470여만 원을 신고·납부했다. A 씨는 양도대금으로 마포구의 아파트를 약 8억 원에 매입해 실거주했고, A 씨의 배우자 B 씨는 경기도 광명시의 아파트를 7억1000만 원에 산 뒤 장기임대주택으로 등록해 소유했다. 이사를 하는 과정에서 A 씨 가정은 1가구 3주택이 된 셈이다. 이에 마포세무서는 A 씨가 서울 마포구 2층 주택을 양도한 것이 조정대상지역 내 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택 양도에 해당한다고 판단했다. 세무당국은 9억 원 초과 양도차익에 대해 장기보유특별공제를 배제하고 구 소득세법에 따른 중과세율을 적용해 양도소득세 8억1300여만 원을 경정고지했다. 이에 불복한 A 씨는 이의신청을 거쳐 조세심판원에 심판청구를 했으나 기각되자 소송을 냈다. 이후 A 씨가 사망하게 되면서 배우자 B 씨와 그 자녀들이 소송의 원고가 됐다. 법원은 A 씨의 유족 측 손을 들어줬다. 재판부는 "A 씨는 해당 주택을 취득한 후 약 32년 간 거주하다가 주거 이전 목적으로 양도하고 그 매도대금으로 대체주택을 8억 원에 매수한 뒤 대체주택으로 전입했다"며 "이러한 과정에 거주 이전 목적 이외에 부동산의 투기 목적 등 다른 목적이 있다고 볼 만한 사정이 없다"고 밝혔다. 이어 "일반적으로 장기임대주택의 경우 장기간 임대를 통해 무주택 서민과 중산층의 주거안정에 기여하는 바가 크기 때문에 그 취득 ·보유를 두고 바로 투기 목적이 있었다고 보기 어렵다"며 "종전 주택인 마포구 2층 주택과 장기임대주택인 광명시 아파트를 보유하게 된 A 씨의 세대가 거주예정인 마포구 아파트를 취득함으로써 장기임대주택을 제외하고도 3주택을 소유하게 됐더라도, 대체주택을 취득하는 과정 중에 발생한 것이기 때문에 투기 목적이라고 볼 수 없다"고 설명했다. 그러면서 "마포세무서는 A 씨의 경우 마포구 2층주택을 먼저 양도하고 그 잔금을 받아 대체주택을 취득하는 방식을 통해 일시적으로 3주택자가 되는 것을 회피할 수 있는 방법이 존재했다고 주장한다"며 "하지만 이렇게 주택 취득 방법을 제한하는 것은 장기임대주택 외에는 사실상 실거주하는 종전주택을 양도하고 대체주택을 취득하는 과정에 있는 국민의 거주이전의 자유를 지나치게 제약하는 것으로서 부당하다"고 판시했다.

삼양식품 등에 라면박스와 스프를 공급하는 자회사들이 허위 세금계산서를 작성했다는 이유로 법인세 부과 처분을 받았으나, 법원에선 일부 세금계산서에 대해 허위가 아니라고 판단했다. 서울고법 행정1-1부(심준보·김종호·이승한 부장판사)는 4일 삼양식품과 삼양내츄럴스, 삼양프루웰, 알이알이 성북세무서장, 원주세무서장을 상대로 제기한 부가가치세 부과처분 등 취소소송(2021누33601)에서 원고일부승소 판결했다. 삼양내츄럴스와 삼양프루웰, 알이알은 삼양식품 라면박스 등을 공급하는 삼양의 자회사다. 재판부는 알이알 등이 내부거래 세금계산서의 발급·수취 주체라고 볼 수 없다는 내츄럴스와 프루웰 측의 주장을 받아들였다. 재판부는 "구 부가가치세법상 재화 또는 용역의 공급이 있기는 했으나 세금계산서에 기재한 '공급하는 자' 또는 '공급받는 자'가 실제 거래의 당사자와 다른 경우 그 세금계산서상의 '공급하는 자'나 '공급받는 자'를 수범자로 규정한다고 볼 수 없다"며 "자회사들이 실제 자신이 공급하거나 공급받는 재화에 대해 각 자회사 명의를 이용해 세금계산서를 발급·수취했을 뿐, 이를 두고 재화나 용역의 공급 없이 세금계산서를 발급·수취했다고 볼 수 없어 구 부가가치세법상 가공 세금계산서에 해당하지 않는다"고 판단했다. 내츄럴스의 2011~2012사업연도와 프루웰의 2008~2012사업연도 각 법인세 등에 대한 부과제척기간 경과 주장에 대해 재판부는 "일반과소신고가산세, 부당과소신고가산세, 납부불성실가산세는 구 국세기본법(2014.12.23 개정 전) 제26조의2 제1항 제1호의2 나목 소정의 구법인세법 제76조 제9항 제4호에 따른 가산세에는 해당하지 않으므로, 이에 대해선 10년의 장기부과제척기간을 적용할 수 없어 이들 가산세 부과처분은 모두 5년의 제척기간이 지난 후에 한 것이므로 당연무효"라고 했다. 다만 "증액경정처분은 당초 처분과 증액하는 부분을 포함해 전체로서 하나의 과세표준과 세액을 다시 결정하는 것이어서, 당초 처분은 독립한 존재가치를 상실하고 오직 증액경정처분만 쟁송의 대상에 해당한다"며 "납세의무자로서는 증액한 부분만 아니라, 당초 처분에서 확정한 과세표준과 세액에 대해서도 위법 여부를 다툴 수 있는 것이지만, 제척기간 도과 전에 있었던 당초 처분은 유효한 것이므로 당초 처분에 의해 이미 확정했던 부분에 대해 다시 위법 여부를 다툴 수 없다"고 밝혔다. 앞서 서울지방국세청은 2018년 10월부터 2019년 2월까지 삼양식품과 내츄럴스, 프루웰, 알이알에 대한 법인제세통합조사를 실시했다. 그 결과 △삼양식품이 2011년~2017년 내츄럴스로부터 388억여 원 상당의 라면스프 원료를 공급받았음에도 페이퍼컴퍼니 명의로 발급된 세금계산서를 수수했고, 프루웰로부터는 115억여 원 상당의 포장박스를 공급받았음에도 알이알 명의로 발급된 세금계산서를 수수했으며 △내츄럴스와 프루웰이 그 전 거래 단계에서 다른 거래처로부터 라면스프와 포장박스를 공급받았음에도 알이알 등으로부터 받은 것처럼 세금계산서를 꾸며 수수한 것으로 조사됐다. 이러한 세금계산서를 확인한 서울지방국세청은 관련 과세자료를 관할세무서인 성북세무서와 원주세무서에 통보했다. 성북세무서는 삼양식품이 내츄럴스 등으로부터 수취한 세금계산서 관련 매입세액을 공제하지 않기로 하고 그에 따른 부가가치세 본세와 일반과소신고가산세, 납부불성실가산세 등 합계 47억여 원을 증액경정·고지했다. 원주세무서는 알이알 등의 매출로 신고된 부분에 관한 납세의무를 실제 사업자인 내츄럴스, 프루웰이 부담해야 한다는 전제로 해당 세금계산서와 관련된 매출세액을 내츄럴스와 프루웰의 매출세액에 가산하는 등으로 하고 그에 따른 부가가치세 본세와 일반과소신고가산세, 납부불성실가산세 등 내츄럴스에게는 26억여 원을, 프루웰에는 5억여 원을, 각 증액경정·고지했다. 알이알에 대해선 2억4000여만 원을 고지했다. 이에 불복한 삼양식품 등은 2019년 4월 심판청구를 제기했고, 그 결정이 있기 전인 같은해 5월 소송을 제기했다. 조세심판원은 2020년 6월 이들의 심판청구를 모두 기각했다. 1심은 내츄럴스와 프루웰의 부과제척기간 관련 주장은 받아들이지 않았지만, 세금계산서미발급가산세 관련 주장 등 일부를 받아들여 원고일부승소 판결했다.

조세당국이 세무조사를 통해 과세처분을 하고, 추후 다시 실시된 조사에서 별 다른 조치를 하지 않았음에도 같은 기간 같은 대상에 대해 재차 중복세무조사를 통해 종합소득세 등 부과처분을 했다면 위법한 처분으로서 취소해야 한다는 판결이 나왔다. 서울고법 행정1-2부(김종호·이승한·심준보 부장판사)는 7일 변호사인 A 씨가 반포세무서장과 서초세무서장을 상대로 낸 종합소득세 부과처분 등 취소소송(2021누37801)에서 원고일부승소 판결한 1심을 취소하고 원고승소 판결했다. A 씨는 공군 비행장 인근 주민들을 원고로 모집해 국가를 상대로 소음 피해로 인한 손해배상을 구하는 집단소송과 한국전력공사의 고압선 경유지 소유자들을 원고로 모집해 한국전력공사를 상대로 선하지(토지위에 고압선이 가설되어 있는 토지) 무단 점유에 따른 부당이득 반환 청구에 대한 집단소송을 수행했다. A 씨는 이들 소송 원고들에게 소송 결과에 따라 승소판결금을 자신의 계좌로 수령한 후, 변호사 보수 명목으로 지급받기로 한 금원을 제외한 나머지 금원을 승소한 원고들에게 지급하는 방식으로 성공보수금을 지급받기로 약정했다. 이에 따라 소음소송 57건과 선하지소송 41건에 대한 승소판결금을 지급받았다. A 씨는 이 승소판결금 중 11%의 비율로 계산한 금액에 해당하는 성공보수금(부가가치세 포함)을 지급받은 것을 전제로 2011년 귀속 종합소득세 및 2011년 제1기 및 제2기 귀속 부가가치세를 신고·납부했다. 그런데 서울남부지검은 2017년 11월 서울지방국세청에 A 씨가 소음소송과 관련해 부가가치세 및 소득세를 포탈했다며 조세범처벌법 위반사범에 대한 고발을 의뢰했다. 이에 서울지방국세청은 2018년 1월 A 씨에 대해 2개월 가량의 기간을 두고 2011 사업연도에 대한 개인통합조사에 착수했다. 서울고검은 2018년 2월 서울지방국세청에 A 씨가 집단소송 관련 부가가치세 및 소득세를 포탈한 혐의가 있다며 추가 고발을 의뢰했다. 그러자 서울지방국세청은 당초 세무조사를 조세범칙조사로 전환했고 조사 결과 △A 씨가 소음소송의 성공보수를 승소판결금의 16.5%로, 선하지소송의 성공보수를 임차료의 33%와 지연손해금으로 약정했음에도 허위로 작성된 약정서 및 입금증 등을 근거로 집단소송에 대한 현금 매출의 신고를 누락하고 △허위세금계산서 수취 등을 통해 가공경비를 계상하는 등 사기 기타 부정한 행위로 2011년 귀속 종합소득세 50억여 원 및 부가가치세 13억여 원을 포탈했다는 혐의로 서울고검에 A 씨를 고발하고 해당 과세자료를 반포세무서와 세초세무서에 통보했다. 두 세무서는 과세자료를 통보받고 집단소송 관련 A 씨의 2011년 귀속 매출신고 누락액을 합계 126억여 원으로 산정해 총 136억여 원의 종합소득세 및 부가가치세를 부과처분했고, 이에 불복한 A 씨는 소송을 제기했다. 앞서 서울지방국세청은 2012년 7월에 A 씨에 대한 개인제세 통합조사(1차 조사)를 실시한 바 있으며, 서초세무서는 선하지소송 성공보수금과 관련해 탈세 제보를 받고 2014년 9월 원고의 부가가치세에 대한 적정신고 여부를 확인하고자 현장확인 조사(2차 조사)를 비롯해 이미 3차례 조사를 실시했다. 그 결과 2012년 7월 조사에 대해서는 매출신고 일부를 누락했다며 2009년~2011년까지의 종합소득세 및 부가가치세에 대한 과세처분이 이뤄졌고, 2014년 9월 조사에 대해서는 A 씨가 수입금액 신고를 누락한 부분이 없다고 판단해 별다른 조치를 하지 않았다. 이후 세 번째 조사가 시작됐을 때 A 씨가 서울지방국세청에 “1·2차 조사와 동일한 세목 및 과세기간에대한 것이어서 중복조사금지원칙에 위반되므로 중단해달라”는 취지로 권리보호요청을 했고, 이것이 받아들여져 조사가 중단됐다. 이번 소송의 원인이 된 조사가 진행되자 A 씨는 재차 같은 취지로 중단해달라며 권리보호요청을 했으나 서울지방국세청 납세자보호위원회에서 기각 의결됐다. 재판부는 "국세기본법은 재조사가 예외적으로 허용되는 경우를 엄격히 제한하고 있고, 한정적으로 열거된 요건을 갖추지 못한 경우 같은 세목 및 같은 과세기간에 대한 재조사는 원칙적으로 금지되고 이러한 중복세무조사금지의 원칙을 위반한 때에는 과세처분의 효력을 부정하는 방법으로 통제할 수밖에 없는 중대한 절차적 하자가 존재한다"며 “A 씨에 대한 세무조사는 재조사가 예외적으로 허용되는 경우에 해당하지 않고, 중복조사가 허용되는 다른 예외사유에도 해당하지 않아 중복세무조사금지의 원칙을 위반해 위법하다"고 밝혔다. 이어 "2차 조사 결과, A 씨의 수입금액 신고 누락 금액이 없다는 판단을 내렸고, 납세자보호담당관이 작성한 검토서에는 '조사청은 1차 및 2차 세무조사를 통해 A 씨에 대한 강도 높은 세무조사를 실시했음이 명백하다'라고 기재된 부분이 있다"며 "서울지방국세청은 늦어도 제3차 조사에 착수하기 이전엔 이미 상당한 양의 검찰 수사기록을 확보해 검토했음은 물론이고, 검찰 수사기록에 A 씨 직원들의 참고인 진술조서 등 A 씨가 약정서를 위조해 제출한 사실을 뒷받침하는 자료들이 포함돼 있다고 해서 이를 조세탈루 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 '새로 밝혀진 경우'에 해당한다고 볼 수 없다"고 설명했다. 그러면서 "A 씨에 대해 재조사가 허용되는 예외사유에 해당한다고 볼 경우, 과세관청으로 하여금 최초 세무조사를 부실하게 시행했더라도 이를 통해 확보한 자료에 기재된 내용과 동일한 사실에 관한 일부 자료만이라도 추후 보완된다면 재조사를 몇 번이고 얼마든지 시행할 수 있다는 결론에 이르게 된다"며 "이는 과세관청의 부실한 세무조사를 조장할 우려가 있고 재조사를 금지하는 입법 취지에도 반해 허용할 수 없다"고 판시했다.

<사진=연합뉴스> 네이버가 제2사옥을 신축하며 성남시 분당구청으로부터 부과받은 하수도 원인자부담금 17억여 원에 대한 취소소송을 제기했으나 1심에서 패소했다. 법원은 네이버의 신축 건물이 당초 택지개발사업에서 예정된 층수 제한 및 용적률을 초과하고 그에 따라 대통령령으로 규정된 오수 발생량을 넘었다고 판단했다. 수원지법 행정4부(재판장 공현진 부장판사)는 2월 8일 네이버가 성남시 분당구청장을 상대로 낸 하수도 원인자부담금 부과처분 취소소송(2021구합74380)에서 원고패소 판결했다. 네이버는 이번 판결에 불복해 같은 달 28일 항소했다. 네이버는 2016년 9월 당시 이재명 성남시장으로부터 성남시 분당구 지상에 업무시설 건물 신축 허가를 받고, 6차에 걸친 변경허가 끝에 2021년 8월 제2사옥을 완공했다. 하지만 성남시로부터 징수권한을 위임받은 분당구청은 하수도법 제61조, 같은 법 시행령 제35조, 성남시 하수도사용 조례 제18조 및 제20조에 따라 네이버에 17억5000여만 원의 하수도 원인자부담금을 부과했다. 이에 반발한 네이버는 "제2사옥 건물 부지는 택지개발촉진법에 따라 조성된 용지"라며 "이 건물에 관해 공공하수도 시설의 신설·증설이 요구되는 경우에는 실질적 원인자인 타행위의 사업시행자가 하수도법 제61조 제2항에 따라 하수도 원인자부담금의 부담의무자가 될 뿐이고 타행위로 조성된 용지상 건축주는 별도로 부담의무자가 될 수 없다" 등의 이유로 소송을 냈다. 재판부는 "택지개발촉진법에 따른 택지개발사업은 하수도법 제61조 제2항, 같은 법 시행령 제35조 제2항 제2호 가목에서 정한 '타행위'에 해당하므로 택지개발사업 부지에 건물을 신축할 경우 하수도 원인자부담금은 사업시행자인 한국주택공사가 부담하는 것이 원칙"이라며 "그러나 택지개발사업 준공 이후 24년 7개월 정도 지났고, 택지개발사업 준공 당시 예정했던 용도지구, 층수 제한이 모두 변경됐다"고 밝혔다. 이어 "네이버의 제2사옥은 택지개발사업에서 예정한 층수 제한과 용적률을 훨씬 초과한다"며 "층수가 높아지고 연면적이 증가할수록 오수발생량은 증가할 수밖에 없는데, 제2사옥 건물의 규모와 오수발생량은 택지개발사업에 따른 건물부지 조성 당시 예정된 범위를 훨씬 초과한다"고 판단했다. 그러면서 "제2사옥 신축은 택지개발사업에서 예정된 범위를 초과하는 특별한 사정이 있고, 건축물 신축을 통해 오수를 대통령령으로 정하는 양(10㎥) 이상 증가시켰다. 네이버는 하수도법 제61조 제1항에 따라 건축주로서 원인자부담금을 부담한다"고 판시했다. 재판부는 네이버 측의 △ 위법한 이중부과라는 주장 △ 신뢰보호의 원칙에 반한다는 주장 등에 대해서도 이유 없다고 판단했다.

영업비밀 유출에 따른 합의금을 '지적재산 사용료'로 판단해 용역의 공급대가로서 부가가치세를 부과한 것은 위법하다는 판결이 나왔다. 서울행정법원 행정5부(재판장 김순열 부장판사)는 지난해 12월 22일 A 사가 역삼세무서장을 상대로 낸 부가가치세 부과처분 취소소송(2021구합60304)에서 원고승소 판결했다. 실리콘제품의 제조, 판매 등을 하는 A 사는 미국에 본점을 두고 있는 B 사의 자회사다. B 사는 그곳에서 15년 간 근무하다가 퇴사한 후 C 사 실리콘영업부 부장으로 영입된 D 씨가 B 사 서버에 저장된 주요 자료 파일들을 임의로 반출하면서 C 사와 실리콘 제품 제조 관련 영업비밀 등 침해 관련 분쟁을 겪게 됐다. 이 과정에서 A 사와 B 사는 C 사에 지적재산 침해 등에 대한 손해배상 등을 요구했고, 수차례 협상 과정을 거쳐 전직 직원 채용 및 영업비밀 등 침해와 관련한 C 사와 임직원의 모든 민·형사상 책임을 면책하고 그 대가로 C 사는 A 사와 B 사에 각 1700만 달러 씩 총 3400만 달러의 합의금을 지급하기로 했다. 이에 따라 C 사는 2015년 4월부터 2017년 12월까지 A 사에게 4회에 걸쳐 해당 금액을 지급했고, 이를 '지급수수료(기술자문료)'로 회계처리한 후 사용료소득으로 15%의 법인세를 원천징수했다. 한편, 서울지방국세청장은 2017년 12월부터 2018년 3월 C 사에 대한 세무조사를 실시했는데 해당 합의금은 지적재산 사용에 따른 사용료에 해당해 지적재산 사용기간에 안분해 손금산입하도록 조정해야 한다는 취지로 C 사의 관할세무서에 통보하면서 역삼세무서에도 부가가치세 매출누락 자료를 통보했다. 이에 따라 역삼세무서는 해당 합의금이 A 사의 사용료 매출 누락임을 전제로 2020년 6월과 8월 A 사에 부가가치세 합계 30억여 원을 부과했다. 이 처분에 불복한 A 사는 같은해 9월 조세심판원에 심판청구를 했지만 기각결정을 받자 소송을 제기했다. A 사는 "부가가치세법 제4조 제1호는 부가가치세의 과세대상을 사업자가 행하는 재화 또는 용역의 공급으로 규정하고, 손해배상금이나 위약금은 재화 또는 용역의 공급대가가 아니어서 부가가치세의 과세표준에 포함될 수 없다"며 "해당 합의금은 C 사의 지적재산 침해라는 위법행위에 대한 손해배상금일 뿐, 용역의 공급에 대한 대가로 볼 수 없어 역삼세무서의 처분은 위법하다"고 주장했다. 재판부는 A 사의 주장을 받아들였다. 재판부는 "해당 합의금은 지적재산 침해에 따른 손해배상금의 성격을 가진다고 보는 것이 타당하고 단순히 지적재산에 대한 장래의 사용료에 해당한다고 보기 어렵다"며 "만일 합의서가 '지적재산 사용료'에 관한 것이었다면 그 전문에 당사자 사이의 분쟁 존재 사실과 분쟁에 따른 불확실성 등을 피하기 위한 취지가 기재될 이유가 없다"고 설명했다. 이어 "해당 합의금은 실제 합의 이전에 발생한 영업비밀 등 침해 행위로부터 C 사와 그 임직원을 면책하기 위해 지급된 돈"이라며 "'용역의 공급대가'라는 전제에서 이뤄진 역삼세무서의 처분은 위법하다"고 판시했다.