'500억원대' 탈세 혐의로 재판에 넘겨진 클럽 '아레나'의 실소유주 A 씨에게 징역 8년과 벌금 544억 원의 형이 확정 선고됐다. 대법원 형사1부(주심 오경미 대법관)는 지난달 29일 특정범죄가중처벌등에관한법률위반(조세) 혐의로 기소된 A 씨에 징역 8년과 벌금 544억 원, A 씨의 지시를 따른 B 씨에게 징역 3년과 벌금 220억 원을 선고한 원심을 확정했다(2023도16753). A 씨 등은 클럽과 유흥업소 등을 운영하며 주로 현금거래를 하면서 매출을 축소하고, 종업원 급여를 부풀려 신고하는 등의 수법으로 2014~2017년 500억원대의 세금을 내지 않은 혐의를 받는다. 또 자신이 운영하는 유흥주점이 청소년보호법 위반 혐의로 수사를 받게 되자 이를 무마하기 위해 관할 경찰관 2명에게 뇌물 3500만 원을 건넨 혐의도 있다. 1,2심은 이들의 혐의를 유죄로 인정하고 징역 8년 등을 선고했다. 1,2심은 "조세 포탈은 조세 정의를 훼손하는 중대 범죄"라며 "A씨 등은 장기간 여러 사업장에서 다양한 방법으로 거액의 세금을 포탈해 범행 수법이 불량하다"고 판단했다. 이어 "형사처벌과 수사를 피하기 위해 허위 진술을 유도하고 단속을 무마할 목적으로 경찰관에게 뇌물을 교부해 엄한 처벌이 불가피하다"고 설명했다. 대법원도 원심을 그대로 확정했다.

<사진=pixabay, 법률신문DB> 외형상 주택이라고 해도 임차인이 모두 퇴거해 사용 가능성이 없었고 이미 건축물 해체를 신청해 철거를 앞두고 있었다면 종합부동산세를 부과할 수 없다는 법원 판단이 나왔다. 서울행정법원 행정6부(재판장 이주영 부장판사)는 2023년 11월 10일 주택개발업체 A 사가 영등포세무서장을 상대로 낸 종합부동산세부과처분 취소소송(2022구합87160)에서 "영등포세무서장이 2021년 11월 A 사에 내린 2021년도 귀속 종부세 6억2700여만 원과 농어촌특별세 1억2500여만 원의 부과 처분을 각 취소한다"며 원고승소 판결했다. A 사는 2020년 12월 소유하던 서울 용산구 소재 건물을 해체하기로 하고, 용산구청에 건물 해체허가신청서를 제출했다. 용산구청은 2021년 8월이 돼서야 건축물 해체 허가서를 발급했다. 이후 영등포세무서는 A 사가 과세기준일인 '2021년 6월 1일'을 기준으로 3주택 이상을 소유했다는 이유로 2021년 11월 종부세 6억2700여만 원과 농어촌특별세 1억2500여만 원을 부과했다. A 사는 국세심사위원회 이의신청과 조세심판원 심판청구가 모두 기각되자 소송을 냈다. A 사는 "이 사건 건물이 외형상 주택이라고 해도 과세기준일 당시 기존 임차인이 모두 퇴거했고 단전·단수돼 오직 철거를 앞두고 있어 사실상 주택 기능을 상실해 주택으로 볼 수 없다"며 "종부세 과세기준일 이전에 건물 해체신청을 했음에도 용산구청의 처리 지연으로 철거를 못 한 것일 뿐, 그 책임을 우리가 부담하는 것은 부당하다"고 주장했다. 재판부는 "실제로 철거할 예정으로 취득한 주택의 경우, 부의 편중현상을 완화해 경제적 효율성을 높이고 투기적 목적의 주택 소유를 억제한다는 종합부동산세의 입법 목적과는 그다지 관계가 없다"며 "고액의 부동산 보유자에 대해 과세를 해 부동산 가격 안정 등의 적극적인 목적을 추구한다는 종부세의 유도적·형성적 기능과도 거리가 멀다"고 밝혔다. 이어 "2022년 2월 종합부동산세법 시행령 개정으로 '그 취득일부터 3년 내에 멸실시키는 주택'이 종부세 합산배제 대상에 추가돼 합산배제 대상이 확장됐는데, 그 취지는 '주택 공급을 촉진하기 위해 종부세 과세표준 합산 대상에서 제외되는 주택의 범위에 공공주택사업자, 주택조합, 주택건설사업자 등이 주택건설 사업을 위해 멸실시킬 목적으로 취득해 3년 이내에 멸실시키는 주택'을 추가한 것"이라고 설명했다. 그러면서 "실제로 A 사는 건물을 양도받은 직후 곧바로 건축물 해체허가 신청을 했는데, 용산구청의 심의를 여러 차례 거치고 재차 신청서를 제출하는 과정을 거쳐 그 허가가 2021년 8월에야 있었다"며 "그 과정에서 건물이 사용되거나 사용될 가능성이 있었다는 사정은 보이지 않는 바, 건물의 외관이 존재하고 있었다는 것만으로 해당 건물이 주택으로 이용되고 있었다고 볼 수 없다. 해당 건물은 종부세 과세 대상에 포함되지 않는다고 봄이 타당하다"고 판시했다.

회사에 명의만 빌려준 '바지사장'에게 1억 원대 소득세 부과한 과세관청의 처분은 무효가 아니라는 1심 법원 판단이 나왔다. 서울행정법원 행정2부(재판장 신명희 부장판사)는 2023년 10월 26일 A 씨가 성남세무서장을 상대로 낸 종합소득세 등 부과처분 무효확인 소송(2023구합55061)에서 원고패소 판결했다. A 씨는 2018년부터 2019년 폐업일까지 주식회사 B 사의 대표자로 과세관청에 등록돼 있었다. 성남세무서는 2021년 9월 A 씨에게 2018년 귀속 종합소득세 1억2300여만 원, 2019년 귀속 종합소득세 4400여만 원 총 1억6700여만 원을 부과했다. 이에 A 씨는 "나는 B 사의 실제 운영자인 C 씨의 부탁을 받고 명의를 대여한 바지사장일 뿐이고, C 씨에게 고용된 일용직 근로자에 불과하다"며 "해당 처분은 실질과세원칙에 반해 위법하고, 그 하자가 중대해 무효"라며 소송을 냈다. 하지만 재판부는 "실질과세의 원칙상 납세의무자의 확정은 외관이 아닌 법적 실질에 따라야 하므로 과세 대상이 되는 소득·수익·재산·행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 해 세법을 적용해야 한지만, 명의대여는 실사업자와 합의 하에 탈세를 조장하는 행위로서 외부에서는 그 실체를 파악하기 어려워 과세관청은 특별한 사정이 없는 한 사업명의자를 실사업자로 봐 과세를 하면 되는 것"이라며 "이것이 실체관계와 다르다는 이유로 사업명의자가 아닌 별개의 실사업자에게 실질과세가 가능하다는 점에 대한 주장·증명책임은 명의자 과세를 다투는 자에게 있다"고 밝혔다. 이어 "과세대상이 되지 않는 어떤 법률관계나 사실관계에 대해 이를 과세대상이 되는 것으로 오인할 만한 객관적인 사정이 있는 경우에 그것이 과세대상이 되는지 여부가 그 사실관계를 정확히 조사해야 비로소 밝혀질 수 있는 경우라면 그 하자가 중대한 경우라도 외관상 명백하다고 할 수 없어 그와 같이 과세 요건사실을 오인한 위법의 과세처분을 당연 무효라고 볼 수는 없다"고 설명했다. 재판부는 "이 사건 각 처분은 B 사가 법인세를 신고하지 않음에 따라 성남세무서장이 추계결정한 뒤 대표자 인정상여로 소득처분한 뒤에 내려진 것으로 B 사의 대표자에 대해 부과될 것이 예정돼 있었다"며 "A 씨는 2018년부터 폐업일인 2019년까지 B 사의 대표자로 등록돼 있었던 점, B 사의 실질 운영자라는 C 씨에게 명의를 대여한 사실을 인정하고 있으므로 A 씨에게는 그러한 명의사용으로 인한 결과, 즉 그로 인한 조세법적 책임 관계에 대해서도 감수하겠다는 의사가 있었다고 보이는 점 등을 종합해 보면, 'A 씨가 B 사의 대표자가 아니라는 사정'은 그 사실관계를 정확히 조사해야 비로소 밝혀질 수 있는 것으로서 외관상 객관적으로 명백하지 않으므로 각 처분의 당연무효 사유에 해당한다고 할 수 없다"고 판시했다.

LG전자가 캐나다 네트워크 장비업체 노텔 네트웍스와 합작 투자해 만든 LG노텔로부터 우선주 환매, 감자 대가로 797억여 원을 받았다. 이에 법인세 및 가산세 109억 원을 부과한 세무 당국의 처분이 정당하다고 판단한 원심을 대법원이 파기했다. 대법원은 797억여 원은 LG전자가 출자한 LG노텔로부터 받은 우선주 감자대금으로서 수입배당금에 해당하므로 익금불산입 대상이라고 판단했다. 하지만 원심은 이 금액의 실질이 네트워크사업양도대금이라는 전제에서 구 법인세법상 수입배당금 익금불산입 규정을 적용할 수 없다고 봤었다. 수입배당금 익금불산입 제도는 타(他)법인으로부터 들어온 배당금을 익금에 산입하지 않는 것으로, 해당 배당금은 과세 대상이 되지 않는다. 대법원 특별3부(주심 노정희 대법관)는 11월 30일 LG전자가 영등포세무서장을 상대로 낸 법인세 부과처분 취소소송(2020두37857)에서 원고패소 판결한 원심을 파기하고 서울고법으로 사건을 돌려보냈다. 재판부는 "거래의 내용이나 형식, 당사자의 의사, 우선주 유상감자의 목적과 경위 등 거래의 전체 과정을 관련 규정과 법리에 비추어 살펴보면 해당 금원은 수입배당금으로 봄이 타당하므로 그 일부는 구 법인세법 제18조의3 제1항에 따라 익금불산입의 대상이 된다"고 판시했다. 이어 "이 금원은 쟁점 우선주약정에서 정한 우선주 유상감자의 조건을 충족해 지급됐고, 쟁점 우선주약정은 쟁점 투자계약 등과 별도로 체결된 것으로서 우선주 유상감자 조건의 충족 여부는 쟁점 출자계약에서 정한 사업양도대금의 내용이나 효력에 영향을 미치지 않는다"며 "해당 금원과 주식발행초과금은 상법상 다른 성격의 금원으로서 서로 금액이 거의 동일하다거나 지급시기가 근접하다는 등의 사정만으로 쟁점 금원의 법적 성격을 달리 평가할 수는 없다"고 설명했다. LG전자는 2005년 8월 노텔과 합작투자계약을 체결하고, 우리나라 상법에 근거해 내국법인인 LG노텔을 설립했다. 그런데 서울지방국세청은 LG전자가 2007~2008년 사업연도에 LG노텔로부터 우선주 환매, 감자 대가로 지급받은 797억 74000만 원이 실질적으로 LG전자의 네트워크 사업부 양도대금에 해당한다고 판단해 이 같은 내용을 영등포세무서에 통지했다. 이에 따라 세무당국은 몇 차례 경정을 거쳐 가산세를 포함한 법인세로 2007년 48억 원, 2008년 61억 원을 LG전자에 부과했다. LG전자는 "LG노텔로부터 우선주 감자 대가로 지급받은 금원에 대해서는 구 법인세법 제18조의3 1항이 규정하는 수입배당금 익금불산입 규정이 적용돼야 한다"며 "그럼에도 세무당국은 개별적·구체적 부인규정 없이, 우선주 약정 등이 조세회피를 목적으로 해 구성된 이례적 거래형식에 해당하지 않는데도 불구하고 과세처분을 했다"며 소송을 냈다. 재판과정에서는 LG전자가 우선주 약정에 따라 지급받은 797억여 원이 LG전자가 실질적으로는 조세회피를 위해 우선주 환매 및 감자 대가 형식으로 외관만 갖춘 것인지가 쟁점이 됐다. LG전자가 받은 797억 원의 법적 형식을 조세회피행위로 본다면 해당 금원은 실질적으로 사업양도대금이므로 구 법인세법 제18조의3 수입배당금 익금불산입 규정 적용 대상이 아니기 때문에 법인세를 부과한 것은 정당한 처분이 되기 때문이다. 대법원 관계자는 " 거래의 전체 과정을 살펴볼 때 납세의무자가 선택한 법률관계에 경제적 목적과 합리성이 인정되고, 과세관청이 주장하는 사정만으로 형식과는 다른 실질이 증명됐다고 보기 어려운 경우에는 실질과세원칙을 적용할 수 없다는 점을 다시금 명시적으로 설시한 판결"이라며 "향후 과세관청의 과세실무와 하급심판단의 기준을 제시했다"고 말했다. 1심은 LG전자의 손을 들어줬다. 하지만 2심은 원고승소 판결한 1심을 취소하고 원고패소 판결했다.

<사진=연합뉴스> 신세계가 세무 당국을 상대로 제기한 850억 원 규모의 법인세 소송에서 최종 패소했다. 대법원 특별2부(주심 민유숙 대법관)는 11월 2일 신세계가 중부세무서장을 상대로 낸 법인세 부과 처분 취소소송(2020두56803)에서 원고 패소 판결한 원심을 확정했다. 신세계는 2006년 9월 월마트를 인수한 뒤 사명을 신세계마트로 변경하고 흡수합병했다. 당시 이 합병은 법인세법에 따른 적격 합병으로 합병평가차익 2596억 원에 대한 과세이연(세금 납부를 연기해 주는 제도)이 적용됐다. 이후 신세계는 2011년 대형마트 사업 부분을 분리해 이마트를 신설하고 월마트 인수 관련 충당금 등 2560억 원을 이마트에 승계했다. 이에 서울지방국세청은 2015년 5월부터 11월까지 이마트에 대한 법인세제 통합 조사를 실시한 결과 ‘분할로 인해 합병에 따른 과세이연이 종료됐고, 이마트가 충당금 잔액을 승계받는 방법으로 과세이연을 할 수 없음에도 충당금 잔액을 승계받은 것은 부당하다’고 중부세무서에 통보했다. 이에 따라 중부세무서는 신세계에 2011년 사업연도 법인세 853억여 원을 부과했다. 신세계는 이에 불복해 2016년 조세심판원에 심판청구를 했지만 기각되자, 소송을 냈다. 1,2심은 과세당국의 손을 들어줬다. 1,2심은 “신세계의 이마트 분할은 법인세법상 합병에 따른 합병평가차익의 과세이연 종료 사유인 ‘사업의 폐지’에 해당한다”며 “충당금 잔액은 분할이 있었던 2011년 사업연도 익금(법인의 순자산을 늘리는 거래에 의해 생긴 수익)에 산입되어야 한다”고 판시했다. 구 법인세법 제44조 제2항 등에 따르면 합병법인이 다음 사업연도 개시일부터 3년 내 승계받은 사업을 폐지하는 경우 손금에 산입한 금액을 폐지한 날이 속하는 사업연도의 소득금액계산에 있어 익금에 산입한다. 대법원도 “원심 판단에 처분의 적법 여부 판단에 적용될 법령, 개정 전 법인세법 제44조 제2항에서 정한 ‘사업의 폐지’ 및 개정 전 법인세법 시행령 제80조 제6항에서 정한 ‘처분’, 국세기본법 제18조 제3항에 따른 비과세 관행에 반하는 소급과세금지 등에 관한 법리 오해의 잘못이 없다”며 판결을 확정했다.

국가사업에 따라 조성된 매립지라도 농업생산기반시설 등 공공성이 강한 경우가 아니라면 정비사업 시행자 소유라는 대법원 판결이 나왔다. 대법원 민사2부(주심 민유숙 대법관)는 한국농어촌공사(공사)가 고흥군 등 11개 지방자치단체와 나주세무서를 상대로 제기한 재산세 부과처분 취소청구 소송 상고심에서 세금 부과가 정당하다고 본 원심의 원고패소 판결을 지난달 18일 확정했다(2023두37315). 공사는 정부가 주도한 종합개발사업과 서남해안 간척사업 등에 참여해 전남 영산강 일대와 경기 시화호 일대 등 매립지를 취득했다. 세무 당국과 지자체는 이 토지들을 공사 소유로 보고 2020~2021년 종합부동산세와 재산세, 지방교육세 등 총 5억5000여만 원을 과세했다. 공사는 불복해 조세 심판을 냈으나 기각되자 2021년 10월 소송을 냈다. 공사 측은 "해당 토지에 대한 관리·처분권은 국가에 있고 토지로 인한 비용과 수익은 모두 국가에 귀속되므로 토지의 실질적 소유자는 국가"라고 주장했다. 공사는 수탁관리자에 불과하므로 과세 대상이 아니라는 취지다. 하지만 1·2심은 공사의 청구를 받아들이지 않았다. 2심 재판부는 "매립지 중 용도에 있어서 공공성이 매우 강해 사적인 관리·처분을 제한할 필요가 있는 농업생산기반시설 등은 그 소유권이 국가에 귀속되나 그 외의 경우에는 원칙적으로 농업생산기반 정비사업 시행자나 매립면허취득자에게 귀속된다"고 밝혔다. 이어 "해당 토지의 사용·수익·처분에 있어서 국가가 관여하는 사정은 해당 토지가 가지는 공공성의 징표일 뿐 실질적인 소유권이 국가에 귀속된다는 근거가 될 수 없다"고 판시했다. 대법원은 항소심 판단이 타당하다고 보고 공사의 상고를 기각했다.

대주주가 기업에 맡긴 기금은 회사의 순자산을 늘린 수익으로 볼 수 없어 법인세 부과 대상에 포함할 수 없다는 법원 판단이 나왔다. 서울행정법원 행정5부(재판장 김순열 부장판사)는 5월 11일 티브로드를 흡수합병한 SK브로드밴드(소송대리인 법무법인 광장 김동하, 김성환, 박재만 변호사)가 동수원세무서장과 서울지방국세청장을 상대로 낸 법인세 부과 처분 등 취소소송(2022구합59578)에서 원고승소 판결했다. 태광그룹 계열사였던 티브로드는 2017년 이호진 전 태광그룹 회장과 중소 방송채널사용사업자(PP) 운영 및 지원을 위한 공동 협력 양해각서'를 체결하고 기금 100억 원을 기부받았다. 티브로드는 2017년 9월부터 2019년 7월까지 총 6회에 걸쳐 100억 원 중 38억여 원을 21개 중소 PP에게 지원했다. 이후 2019년 12월 티브로드와 이 전 회장은 양해각서를 합의해지했고, 해지한 날 티브로드는 이 전 회장에게 이미 지급된 금액을 뺀 미사용 정산금 61억 7900만 원을 반환했다. 2020년 서울지방국세청은 티브로드에 대한 법인세 통합 세무조사를 실시해 기부금 100억 원과 그 이자수입을 티브로드의 익금(법인의 순자산을 증가시킨 거래에 의해 생긴 수익)으로 산입해야 한다고 판단했고, 이를 합병 뒤 법인인 SK브로드밴드에 과세하겠다고 통지했다. 이에 SK브로드밴드는 국세청에 과세전적부심사를 청구했으나 대부분 받아들여지지 않았다. 서울지방국세청은 61억여 원을 SK브로드밴드 2020년 귀속 소득금액으로 변동 통지했고, 동수원세무서는 2017년 사업연도 법인세를 25억 5000여만 원으로 경정·고지했다. 이에 불복한 SK브로드밴드는 조세심판원에 심판청구를 했으나 기각되자 소송을 제기했다. 재판부는 SK브로드밴드 측의 의견을 받아들여 기금과 이자수입을 티브로드의 익금으로 산입할 수 없다고 판단했다. 재판부는 "티브로드는 양해각서에서 정한 목적에 따라 기금을 관리·집행할 수 있었을 뿐이고, 자기를 위한 용도로는 사용할 수 없었다"며 "해당 기금은 티브로드의 고유재산과 분리돼 별도로 집행·관리됐고 티브로드의 자산으로 회계 처리되지도 않았으며, SK브로드밴드와 합병을 진행할 때에도 티브로드는 기금을 자산이 아닌 것으로 봐 회사가치의 평가에도 반영하지 않았다"고 밝혔다. 이어 "티브로드는 경제적인 측면에서 기금을 선량한 주의의무로 집행·관리하며 수탁사무를 처리한 자에 해당할 뿐, 사용·수익 내지 처분의 측면에서 현실로 기금을 지배·관리했다고 인정되지 않는다"며 "양해각서에서 정한 바에 따라 중소PP 등을 위해 지출됐고, 이와 무관한 용도로 사용됐다고 볼 만한 사정도 없다. 남은 정산금도 합의해지에 따라 이 전 회장에게 반환됐다"고 설명했다. 그러면서 "기금의 객관적 지출 형태나 반환 경위를 보더라도 SK브로드밴드의 순자산을 증가시킨 것으로서 SK브로드밴드에 실질적으로 귀속된 것이었다고 보기는 어렵다"고 판시했다.

GS홈쇼핑 복지 포인트 사용액은 에누리액이 아니어서 부가가치세 과세 대상에 해당한다는 대법원 판단이 나왔다. 대법원 특별3부(주심 노정희 대법관)는 지난 1일 GS홈쇼핑이 영등포세무서장을 상대로 낸 부가가치세 경정거부처분 취소청구 소송(2019두58766)에서 원고일부승소 판결한 원심을 확정했다. GS홈쇼핑은 각자 포인트 제도를 운영하는 제휴사들과 개별 업무 제휴 계약을 맺고, 고객이 제휴사들로부터 적립 받은 각 포인트를 GS홈쇼핑 운영 온라인 쇼핑몰에서 재화 또는 용역 구입에 사용할 때 그 사용액만큼 결제 대금을 차감하는 제도를 운영했다. 제휴 포인트는 선택적 복지제도 시행으로 부여된 '복지 포인트'와 그밖의 '제휴사 포인트'로 구분된다. GS홈쇼핑은 제휴 포인트 사용액을 부가가치세 과세표준에 포함해 2011년 제2기부터 2016년 제1기까지의 부가가치세를 신고·납부했다가 "제휴 포인트 사용액이 부가가치세 과세표준에서 제외되는 에누리액에 해당한다"며 영등포세무서에 부가가치세 중 일정액의 환급을 구하는 취지의 경정청구를 했지만 거부되자 소송을 냈다. 부가가치세법에 따르면 에누리액은 과세 대상에서 제외된다. 재판부는 먼저 제휴사 포인트 사용액을 공급가액에 포함되지 않는 에누리액에 해당한다고 판단했다. 제휴사 포인트의 경우 GS홈쇼핑과 제휴사는 업무 제휴 계약에 따라 제휴사 회원인 고객이 이 사건 쇼핑몰 등 제휴사의 가맹점에서 재화나 용역을 구입하는 1차 거래 시 고객에게 포인트를 적립해 주고, 2차 거래 시 적립된 포인트를 사용해 결제 대금을 할인받을 수 있도록 했는데, GS홈쇼핑과 개별 제휴사 사이의 정산 시기와 방법은 사업상 필요에 의해 달라질 수 있는 것이다. 그러므로 제휴사 포인트의 적립 및 사용에 대하여도 "백화점이나 대형마트 등이 물품 구매 고객에게 지급하는 적립포인트에는 부가가치세를 물릴 수 없다"는 대법원 전원합의체(2015두58959)에서 확인된 법리가 적용되어야 한다고 판단했다. 하지만 재판부는 복지 포인트 사용액은 공급가액에 포함되지 않는 에누리액에 해당하지 않는다고 봤다. 복지포인트 사용액의 경우에는 관련 거래 내용이나 형태를 실질적으로 살펴보면 제휴사가 GS홈쇼핑에 복지 포인트 사용액을 지급한 것을 고객이 GS홈쇼핑으로부터 공급받은 재화나 용역의 대가를 대납한 것으로 평가할 수 있다는 이유 등에서다. 앞서 1,2심도 복지포인트 사용액 부분에 대한 GS홈쇼핑 측 청구를 받아들이지 않고, 원고일부 승소 판결했다.

<사진 = 호텔스컴파인> 호텔롯데가 계열사에게 브랜드를 무상으로 사용하게 했다는 이유로 부과받은 법인세 28억여 원을 돌려받게 됐다. 상표권자가 상표 사용자로부터 상표권 사용료를 지급받지 않았다는 이유만으로 곧장 부당행위계산 부인의 적용대상이 된다고 단정할 것은 아니라는 취지다. 대법원 민사2부(주심 조재연 대법관)는 지난 1일 호텔롯데가 남대문세무서를 상대로 낸 법인세 부과처분 취소 소송(2021두30679)에서 원고 승소 판결한 원심을 확정했다. 호텔롯데는 롯데리아 상표를 등록한 상표권자인데, 계열사인 롯데지알에스(한국 롯데리아)가 2008 내지 2012 사업연도 동안 상표를 사용했지만 상표권 사용료를 받지 않았다. 세무당국은 호텔롯데가 과세기간 동안 상표권 사용료를 지급받지 않은 것이 구 법인세법 제52조의 부당행위계산 부인 대상에 해당한다고 판단했다. 세무당국은 한국 롯데리아의 순매출액에 상표 사용료율을 곱해 산정한 금액을 익금에 산입해 호텔롯데에 2008 내지 2012 사업연도 법인세를 경정·고지했다가 조세심판원 결정에 따라 한국 롯데리아 햄버거 영업부문의 순매출액을 기준으로 상표권 사용료를 재산정했다. 이에 호텔롯데는 처분 취소를 구하는 소송을 냈다. 재판부는 "상표권자가 상표 사용자로부터 상표권 사용료를 지급받지 않았다는 이유만으로 곧바로 그 행위가 경제적 합리성을 결여하였다고 단정할 것은 아니다"고 판단했다. 이어 "상표권 사용의 법률상·계약상 근거 및 그 내용, 상표권자와 상표 사용자의 관계, 양 당사자가 상표의 개발, 상표 가치의 향상, 유지, 보호 및 활용과 관련해 수행한 기능 및 그 기능을 수행하면서 투여한 자본과 노력 등의 규모, 양 당사자가 수행한 기능이 상표를 통한 수익 창출에 기여하였는지 여부 및 그 정도, 해당 상표에 대한 일반 수요자들의 인식, 그 밖에 상표의 등록·사용을 둘러싼 제반 사정 등을 종합적으로 고려해 상표권자가 상표권 사용료를 지급받지 않은 행위가 경제적 합리성을 결여한 비정상적인 것인지 여부를 판단해야 한다"고 판시했다. 그러면서 "해당 상표는 한국 롯데리아가 영업에 사용하면서 관리에 필요한 비용을 직접 지출해 온 반면, 상표권자인 호텔롯데는 상표를 등록한 이후에도 영업에 사용하거나 가치를 높이기 위한 노력을 하지 않았고, 상표가 가지는 재산적인 가치는 대부분 한국 롯데리아에 의해 형성됐다"고 설명했다. 앞서 1,2심도 원고승소 판결했다. 대법원 관계자는 "상표 사용료 징수의 근거가 되는 상표에 화체된 무형의 재산적 가치는 상표권자나 상표 사용자가 상표의 사용과 관련해 투여한 자본과 노력 등에 의해 획득되고 상표 사용의 정도 및 인지도 등에 따라 변동될 수 있다는 점을 고려한 판결"이라며 "상표권자가 상표 사용자로부터 상표 사용료를 지급받지 않은 경우에도 상표권 사용의 법률상·계약상 근거, 상표권자와 상표 사용자가 상표의 개발 및 가치 향상과 관련해 수행한 기능과 투여한 자본, 수익창출에 대한 기여도 등을 고려하여 경제적 합리성을 인정할 수 있다는 점을 최초로 명시적으로 설시했다"고 말했다.

삼양식품 등에 라면박스와 스프를 공급하는 자회사들이 허위 세금계산서를 작성했다는 이유로 법인세 부과 처분을 받았으나, 법원에선 일부 세금계산서에 대해 허위가 아니라고 판단했다. 서울고법 행정1-1부(심준보·김종호·이승한 부장판사)는 4일 삼양식품과 삼양내츄럴스, 삼양프루웰, 알이알이 성북세무서장, 원주세무서장을 상대로 제기한 부가가치세 부과처분 등 취소소송(2021누33601)에서 원고일부승소 판결했다. 삼양내츄럴스와 삼양프루웰, 알이알은 삼양식품 라면박스 등을 공급하는 삼양의 자회사다. 재판부는 알이알 등이 내부거래 세금계산서의 발급·수취 주체라고 볼 수 없다는 내츄럴스와 프루웰 측의 주장을 받아들였다. 재판부는 "구 부가가치세법상 재화 또는 용역의 공급이 있기는 했으나 세금계산서에 기재한 '공급하는 자' 또는 '공급받는 자'가 실제 거래의 당사자와 다른 경우 그 세금계산서상의 '공급하는 자'나 '공급받는 자'를 수범자로 규정한다고 볼 수 없다"며 "자회사들이 실제 자신이 공급하거나 공급받는 재화에 대해 각 자회사 명의를 이용해 세금계산서를 발급·수취했을 뿐, 이를 두고 재화나 용역의 공급 없이 세금계산서를 발급·수취했다고 볼 수 없어 구 부가가치세법상 가공 세금계산서에 해당하지 않는다"고 판단했다. 내츄럴스의 2011~2012사업연도와 프루웰의 2008~2012사업연도 각 법인세 등에 대한 부과제척기간 경과 주장에 대해 재판부는 "일반과소신고가산세, 부당과소신고가산세, 납부불성실가산세는 구 국세기본법(2014.12.23 개정 전) 제26조의2 제1항 제1호의2 나목 소정의 구법인세법 제76조 제9항 제4호에 따른 가산세에는 해당하지 않으므로, 이에 대해선 10년의 장기부과제척기간을 적용할 수 없어 이들 가산세 부과처분은 모두 5년의 제척기간이 지난 후에 한 것이므로 당연무효"라고 했다. 다만 "증액경정처분은 당초 처분과 증액하는 부분을 포함해 전체로서 하나의 과세표준과 세액을 다시 결정하는 것이어서, 당초 처분은 독립한 존재가치를 상실하고 오직 증액경정처분만 쟁송의 대상에 해당한다"며 "납세의무자로서는 증액한 부분만 아니라, 당초 처분에서 확정한 과세표준과 세액에 대해서도 위법 여부를 다툴 수 있는 것이지만, 제척기간 도과 전에 있었던 당초 처분은 유효한 것이므로 당초 처분에 의해 이미 확정했던 부분에 대해 다시 위법 여부를 다툴 수 없다"고 밝혔다. 앞서 서울지방국세청은 2018년 10월부터 2019년 2월까지 삼양식품과 내츄럴스, 프루웰, 알이알에 대한 법인제세통합조사를 실시했다. 그 결과 △삼양식품이 2011년~2017년 내츄럴스로부터 388억여 원 상당의 라면스프 원료를 공급받았음에도 페이퍼컴퍼니 명의로 발급된 세금계산서를 수수했고, 프루웰로부터는 115억여 원 상당의 포장박스를 공급받았음에도 알이알 명의로 발급된 세금계산서를 수수했으며 △내츄럴스와 프루웰이 그 전 거래 단계에서 다른 거래처로부터 라면스프와 포장박스를 공급받았음에도 알이알 등으로부터 받은 것처럼 세금계산서를 꾸며 수수한 것으로 조사됐다. 이러한 세금계산서를 확인한 서울지방국세청은 관련 과세자료를 관할세무서인 성북세무서와 원주세무서에 통보했다. 성북세무서는 삼양식품이 내츄럴스 등으로부터 수취한 세금계산서 관련 매입세액을 공제하지 않기로 하고 그에 따른 부가가치세 본세와 일반과소신고가산세, 납부불성실가산세 등 합계 47억여 원을 증액경정·고지했다. 원주세무서는 알이알 등의 매출로 신고된 부분에 관한 납세의무를 실제 사업자인 내츄럴스, 프루웰이 부담해야 한다는 전제로 해당 세금계산서와 관련된 매출세액을 내츄럴스와 프루웰의 매출세액에 가산하는 등으로 하고 그에 따른 부가가치세 본세와 일반과소신고가산세, 납부불성실가산세 등 내츄럴스에게는 26억여 원을, 프루웰에는 5억여 원을, 각 증액경정·고지했다. 알이알에 대해선 2억4000여만 원을 고지했다. 이에 불복한 삼양식품 등은 2019년 4월 심판청구를 제기했고, 그 결정이 있기 전인 같은해 5월 소송을 제기했다. 조세심판원은 2020년 6월 이들의 심판청구를 모두 기각했다. 1심은 내츄럴스와 프루웰의 부과제척기간 관련 주장은 받아들이지 않았지만, 세금계산서미발급가산세 관련 주장 등 일부를 받아들여 원고일부승소 판결했다.