구광모 LG 그룹 회장 <사진=연합뉴스> 구광모 LG그룹 회장이 어머니 김영식 여사, 두 여동생과 함께 세무당국을 상대로 상속세 중 일부를 취소해달라며 제기한 행정소송 1심에서 패소했다. 서울행정법원 행정5부(재판장 김순열 부장판사)는 4일 구 회장과 어머니 김영식 여사, 여동생인 구연경 LG복지재단 대표, 구연수 씨가 용산세무서장을 상대로 낸 상속세부과처분 취소소송에서 원고패소 판결했다(2022구합79091). 이들은 고(故) 구본무 선대회장으로부터 상속받은 LG CNS 지분가치와 관련한 세무당국의 판단에 불복해 소송을 제기한 것으로 알려졌다. 비상장사인 LG CNS 지분의 가치평가를 두고 세무당국과 의견차를 보인 것이다. 세무당국은 비상장사인 LG CNS의 가치를 소액주주간 거래 등을 바탕으로 평가해 세금을 부과했는데, 구 회장 등 측은 회사의 순자산가치와 순손익가치의 가중평가를 구하는 보충적 평가 방법으로 가치를 산정해야 한다고 주장했다. 하지만 재판부는 이들의 청구를 기각했다.

제주시 애월읍의 한 목장에서 말들이 한가로이 풀을 뜯고 있다. <사진=연합뉴스> 과세당국이 토지 현황조사를 제대로 하지 않은 채 재산세를 잘못 부과했더라도 이는 ‘중대하고 명백한 하자’로 볼 수 없어 무효가 아닌 취소사유라는 대법원 판단이 나왔다. 대법원 민사3부(주심 오석준 대법관)는 한화호텔앤리조트가 제주특별자치도와 국가를 상대로 낸 부당이득금반환청구소송(2021다224408)에서 원고 일부 승소 판결한 원심을 파기환송했다. 판결문에 따르면 한화는 2013년 제주시 애월읍 소재 목장 용지에 축사를 짓고 말을 사육해왔다. 이에 제주시는 별도의 조사 없이 이 토지를 합산과세대상으로 보고 2014∼2018년 한화 측에 귀속재산세와 지방교육세 7000여만원을 부과했다. 영등포세무서도 같은 명목으로 3억여 원을 징수했다. 소송을 제기한 한화 측은 “해당 토지가 2013년부터 실제 목장으로 사용돼 분리과세 대상에 해당함에도 제주시가 이를 합산과세 대상으로 분류해 높은 세율을 적용했다”며 “분리과세 대상 토지는 종합부동산세와 농어촌특별세 부과 대상이 아님에도 영등포세무서가 세금을 거둬 처분에 중대·명백한 하자가 있다”고 주장했다. 1심 재판부는 세무당국이 세금 항목을 잘못 분류한 사실을 인정하면서도 “하자가 중대하다고 해도 명백하다고 볼 수는 없다”며 원고 패소로 판결했다. 하지만 2심 재판부는 세무당국의 처분에 “중대하고 명백한 하자가 있어 재산세 부과처분은 당연 무효”라며 원고 일부 승소 판결했다. 2심 재판부는 “과세 관청이 토지가 목장 용지로 되어있고, 실제 목장으로 사용되고 있음에도 귀속연도에 토지 현황 조사를 전혀 하지 않은 채 이전 귀속연도의 과세자료에만 의존해 종합합산 및 별도합산 과세대상 토지로 과세처분을 했다”며 “과세 대상·절차에 본질적인 부분을 위반한 중대한 하자가 있다”고 판시했다. 이어 “제주시가 재산세와 지방교육세를 부과하기 전 법령에 따라 현황을 조사했다면 해당 토지가 분리과세 대상에 해당함을 쉽게 알 수 있었을 것으로 보인다”고 지적했다. 2심 판단은 대법원에서 뒤집혔다. 대법원은 “재산세 분리과세대상이 되는 ‘목장용지’에 해당하기 위해서는 그 지상에 축사 등 축산용 건축물이 존재하고 말이 사육되는 등 토지의 사실상 현황을 ‘목장용지’로 볼 수 있다는 것만으로는 부족하다”며 “가축 마릿수, 그에 따른 토지의 기준 면적, 토지 사용 목적, 용도지역 등 사실관계에 대한 정확한 조사가 필수적으로 요구된다”고 설명했다. 그러면서 “과세대상이 되는 것으로 오인할 만한 객관적인 사정이 있고 과세대상이 되는지의 여부가 사실관계를 정확히 조사해야 비로소 밝혀질 수 있는 경우라면 하자가 중대한 경우라도 외관상 명백하다고 할 수 없다”며 “조사결정절차에서 단순한 과세대상의 오인, 조사방법의 잘못된 선택, 세액산출의 잘못 등의 위법이 있는 경우에는 취소사유가 될 뿐”이라고 판시했다. ◆분리과세대상, 합산과세대상 토지는 △분리과세대상(농지·목장용지·임야 등) △별도합산과세대상(공장용·영업용 건축물의 부속토지 등) △종합합산과세대상(나대지, 무허가 건축물 부속토지 등)으로 나뉜다. 이 중 분리과세대상의 세율이 가장 낮다. ◆무효와 취소 처음부터 법률행위의 효과가 발생하지 않은 것은 무효, 일단 법률행위가 성립돼 효과가 발생한 후 취소권 행사에 의해 소급적으로 효력을 잃게 되는 것은 취소다.

'500억원대' 탈세 혐의로 재판에 넘겨진 클럽 '아레나'의 실소유주 A 씨에게 징역 8년과 벌금 544억 원의 형이 확정 선고됐다. 대법원 형사1부(주심 오경미 대법관)는 지난달 29일 특정범죄가중처벌등에관한법률위반(조세) 혐의로 기소된 A 씨에 징역 8년과 벌금 544억 원, A 씨의 지시를 따른 B 씨에게 징역 3년과 벌금 220억 원을 선고한 원심을 확정했다(2023도16753). A 씨 등은 클럽과 유흥업소 등을 운영하며 주로 현금거래를 하면서 매출을 축소하고, 종업원 급여를 부풀려 신고하는 등의 수법으로 2014~2017년 500억원대의 세금을 내지 않은 혐의를 받는다. 또 자신이 운영하는 유흥주점이 청소년보호법 위반 혐의로 수사를 받게 되자 이를 무마하기 위해 관할 경찰관 2명에게 뇌물 3500만 원을 건넨 혐의도 있다. 1,2심은 이들의 혐의를 유죄로 인정하고 징역 8년 등을 선고했다. 1,2심은 "조세 포탈은 조세 정의를 훼손하는 중대 범죄"라며 "A씨 등은 장기간 여러 사업장에서 다양한 방법으로 거액의 세금을 포탈해 범행 수법이 불량하다"고 판단했다. 이어 "형사처벌과 수사를 피하기 위해 허위 진술을 유도하고 단속을 무마할 목적으로 경찰관에게 뇌물을 교부해 엄한 처벌이 불가피하다"고 설명했다. 대법원도 원심을 그대로 확정했다.

국내 법인이 중국 법인에 지급보증을 제공하고 받은 수수료는 한국과 중국 간 조세조약에 따른 '이자 소득'으로 볼 수 없어 세액공제 대상에서 제외된다는 대법원 판결이 나왔다. 3일 법원에 따르면 대법원 행정3부(주심 이흥구 대법관)는 한화솔루션이 남대문세무서를 상대로 제기한 경정거부처분 취소소송에서 원고승소 판결한 원심을 깨고 지난달 8일 사건을 서울고법으로 돌려보냈다(2021두32248). 한화솔루션은 2014년 중국법인인 한화케미칼 유한공사가 대출을 받을 때 지급보증을 제공한 대가로 10억6710만 원의 수수료를 받았다. 한화케미칼은 이 수수료가 '대한민국 정부와 중화인민공화국 정부 간의 소득에 대한 조세의 이중과세회피와 탈세방지를 위한 협정(한·중 조세조약)'상 '이자 소득'에 해당한다고 보고, 10%의 제한세율을 적용해 중국 과세당국에 세액 1억671만 원을 원천징수해 납부했다. 한화솔루션은 중국 정부에 이미 세금 일부를 납부했으므로 외국납부세액공제 제도에 따라 이미 낸 법인세에서 그만큼을 환급해달라고 한국 과세 당국에 경정청구를 했다. 외국납부세액공제란 외국 법인이 한국에 법인세를 낼 때는 외국에 납부한 만큼을 공제하고 납부할 수 있도록 하는 제도로, 이중과세를 방지하기 위해 마련됐다. 1심 법원은 원고(한화솔루션)의 청구를 기각했으나 2심은 원고 승소로 판결했다. 쟁점은 이 사건의 지급보증 수수료가 한·중 조세조약상 이자 소득에 해당하는지였다. 이자 소득에 해당한다면 한중 조세조약에 따라 중국 정부도 10%를 과세할 수 있고 외국납부세액공제가 가능하다. 반면 이자 소득이 아닌 '기타 소득'에 해당한다면 한국 정부에만 과세권이 있어 공제가 불가능하다. 대법원은 지급보증수수료를 기타 소득으로 본 과세 당국 측 주장이 맞다고 판단했다. 대법원은 "어떤 소득을 한·중 조세 조약에서 정한 이자라고 보기 위해서는 그 소득은 수취인이 자금을 제공한 것에 대한 대가에 해당해야 한다"며 "지급보증 수수료는 지급보증의 대가일 뿐이므로 이자에 해당하지 않는다"고 판시했다. 그러면서 "이 사건 지급보증 수수료가 그 외 다른 조항에서 취급하는 소득 항목에도 속하지 않는 한 결국 한·중 조세조약에 따라 거주지국인 우리나라에만 과세권이 있으므로 중국에 납부한 원천징수세액은 외국납부세액 공제 대상에 해당하지 않는다"고 판결했다.

<사진=연합뉴스> 신세계가 세무 당국을 상대로 제기한 850억 원 규모의 법인세 소송에서 최종 패소했다. 대법원 특별2부(주심 민유숙 대법관)는 11월 2일 신세계가 중부세무서장을 상대로 낸 법인세 부과 처분 취소소송(2020두56803)에서 원고 패소 판결한 원심을 확정했다. 신세계는 2006년 9월 월마트를 인수한 뒤 사명을 신세계마트로 변경하고 흡수합병했다. 당시 이 합병은 법인세법에 따른 적격 합병으로 합병평가차익 2596억 원에 대한 과세이연(세금 납부를 연기해 주는 제도)이 적용됐다. 이후 신세계는 2011년 대형마트 사업 부분을 분리해 이마트를 신설하고 월마트 인수 관련 충당금 등 2560억 원을 이마트에 승계했다. 이에 서울지방국세청은 2015년 5월부터 11월까지 이마트에 대한 법인세제 통합 조사를 실시한 결과 ‘분할로 인해 합병에 따른 과세이연이 종료됐고, 이마트가 충당금 잔액을 승계받는 방법으로 과세이연을 할 수 없음에도 충당금 잔액을 승계받은 것은 부당하다’고 중부세무서에 통보했다. 이에 따라 중부세무서는 신세계에 2011년 사업연도 법인세 853억여 원을 부과했다. 신세계는 이에 불복해 2016년 조세심판원에 심판청구를 했지만 기각되자, 소송을 냈다. 1,2심은 과세당국의 손을 들어줬다. 1,2심은 “신세계의 이마트 분할은 법인세법상 합병에 따른 합병평가차익의 과세이연 종료 사유인 ‘사업의 폐지’에 해당한다”며 “충당금 잔액은 분할이 있었던 2011년 사업연도 익금(법인의 순자산을 늘리는 거래에 의해 생긴 수익)에 산입되어야 한다”고 판시했다. 구 법인세법 제44조 제2항 등에 따르면 합병법인이 다음 사업연도 개시일부터 3년 내 승계받은 사업을 폐지하는 경우 손금에 산입한 금액을 폐지한 날이 속하는 사업연도의 소득금액계산에 있어 익금에 산입한다. 대법원도 “원심 판단에 처분의 적법 여부 판단에 적용될 법령, 개정 전 법인세법 제44조 제2항에서 정한 ‘사업의 폐지’ 및 개정 전 법인세법 시행령 제80조 제6항에서 정한 ‘처분’, 국세기본법 제18조 제3항에 따른 비과세 관행에 반하는 소급과세금지 등에 관한 법리 오해의 잘못이 없다”며 판결을 확정했다.

시가 15억여 원에 달하는 부동산 지분을 두 아들에게 절반 가격으로 물려줬다가 5억 원에 달하는 증여세를 부과받은 아버지와 아들이 불복해 소송을 냈지만 패소했다. 서울행정법원 행정4부(재판장 김정중 부장판사)는 지난 7월 21일 A 씨와 그의 아들 2명이 성북세무서장을 상대로 제기한 양도소득세 부과처분 취소소송(2021구합74075)에서 원고패소 판결했다. A 씨는 2009년 배우자로부터 서울 노원구의 한 부동산 지분 절반을 7억 원에 취득한 뒤 2019년 10월 두 아들에게 각각 3억5000만 원에 절반씩 양도했다. A 씨가 세무서에 신고한 양도가액(취득가액)은 10년 전과 동일한 7억 원이었다. 하지만 성북세무서는 A 씨에 대한 양도소득세 조사를 실시했고, 감정평가법인 2곳에서 해당 부동산에 대해 각각 15억8000만 원과 16억1000만 원의 감정가액을 받았다. 세무서는 두 감정가액의 평균인 15억9500만 원을 해당 부동산의 시가로 보고 A 씨가 두 아들에게 저가로 양도한 것으로 판단했다. 이에 성북세무서는 2020년 7월 A 씨에게 양도소득세 3억1200여만 원을, 두 아들에게는 각각 8800여만 원의 증여세를 결정·고지했다. 이에 불복한 A 씨 등은 이의신청을 거쳐 조세심판원에 심판청구를 제기했으나 기각당하자 소송을 냈다. 재판부는 "납세자는 시한 내 세법에 따라 정당하게 산출된 세액을 신고·납부해야 하고, 부당행위계산 부인 규정이 적용될 경우 그 규정에 따라 계산된 세액을 세법에 따른 정당한 세액으로 봐야 한다"며 "부당행위계산부인 규정이 적용될 것을 예상하지 못했다고 하더라도 이는 법률의 부지나 착오 또는 해석·적용의 잘못에 불과하다"고 설명했다. 이어 "A 씨 등에 대해 국세기본법상 과소신고 가산세의 적용이 배제되는 사유가 존재한다고 볼 사정도 없다"며 "이들 간 부동산 거래는 일반 중개사무소를 통해 이뤄졌는데, A 씨 등으로서는 큰 어려움 없이 주변 중개사무소에 문의하는 방법으로 유사거래를 파악할 수 있었음에도 이러한 노력을 기울였다는 사정도 보이지 않는다"고 밝혔다. 그러면서 "A 씨 등에게 의무를 알지 못한 것에 책임을 귀속시킬 수 없는 합리적인 이유가 있거나 그 의무 이행을 당사자에게 기대하기 어려운 사정이 있을 때 등 그 의무를 게을리 한 점을 비난할 수 없는 정당한 사유가 있다고 인정하기에 부족하다"고 판시했다.

국가사업에 따라 조성된 매립지라도 농업생산기반시설 등 공공성이 강한 경우가 아니라면 정비사업 시행자 소유라는 대법원 판결이 나왔다. 대법원 민사2부(주심 민유숙 대법관)는 한국농어촌공사(공사)가 고흥군 등 11개 지방자치단체와 나주세무서를 상대로 제기한 재산세 부과처분 취소청구 소송 상고심에서 세금 부과가 정당하다고 본 원심의 원고패소 판결을 지난달 18일 확정했다(2023두37315). 공사는 정부가 주도한 종합개발사업과 서남해안 간척사업 등에 참여해 전남 영산강 일대와 경기 시화호 일대 등 매립지를 취득했다. 세무 당국과 지자체는 이 토지들을 공사 소유로 보고 2020~2021년 종합부동산세와 재산세, 지방교육세 등 총 5억5000여만 원을 과세했다. 공사는 불복해 조세 심판을 냈으나 기각되자 2021년 10월 소송을 냈다. 공사 측은 "해당 토지에 대한 관리·처분권은 국가에 있고 토지로 인한 비용과 수익은 모두 국가에 귀속되므로 토지의 실질적 소유자는 국가"라고 주장했다. 공사는 수탁관리자에 불과하므로 과세 대상이 아니라는 취지다. 하지만 1·2심은 공사의 청구를 받아들이지 않았다. 2심 재판부는 "매립지 중 용도에 있어서 공공성이 매우 강해 사적인 관리·처분을 제한할 필요가 있는 농업생산기반시설 등은 그 소유권이 국가에 귀속되나 그 외의 경우에는 원칙적으로 농업생산기반 정비사업 시행자나 매립면허취득자에게 귀속된다"고 밝혔다. 이어 "해당 토지의 사용·수익·처분에 있어서 국가가 관여하는 사정은 해당 토지가 가지는 공공성의 징표일 뿐 실질적인 소유권이 국가에 귀속된다는 근거가 될 수 없다"고 판시했다. 대법원은 항소심 판단이 타당하다고 보고 공사의 상고를 기각했다.

한국필립모리스가 2015년 1월 담뱃값 인상을 앞두고 담배 재고를 축적했다가 실제 담뱃값이 오르자 이를 반출·판매해 부당이득을 취했다는 이유로 수백억 원의 세금을 부과받아 처분 취소 소송을 내 1,2심에서 승소했지만, 대법원이 파기환송했다. 필립모리스 측은 고액의 세금을 물게 될 처지에 놓였다. 대법원 특별2부(주심 민유숙 대법관)는 13일 필립모리스가 이천·금정세무서(소송대리인 법무법인 동인 임수정, 최영헌 변호사, 법무법인 바른 이수경, 최주영, 김지은 변호사)를 상대로 낸 개별소비세 부과 처분 취소 청구 소송(2020두51341)에서 세무당국이 필립모리스에 부과한 개별소비세 및 가산세 처분을 취소한 원심을 파기하고 사건을 수원고법으로 돌려보냈다. 당초 담배는 개별소비세 과세 대상이 아니었는데, 2014년 12월 개별소비세법이 개정되면서 1갑(20개비)당 개별소비세가 594원을 부과하는 근거 규정이 마련됐다. 또 지방세법 개정에 따라 담배 소비세율을 20개비당 1007원으로 인상됐다. 이에 필립모리스는 2015년 1월부터 담뱃값이 2500원에서 4500원으로 인상된다는 결정이 나오자, 2014년 9월부터 12월까지 전산시스템 관리 코드를 변경해 담배를 허위로 반출하거나 임시창고를 이용한 가장 반출로 1억9100만여 갑을 축적하고 개정 전 세법에 따른 담배소비세만 납부했다. 담뱃세는 공장에서 제조된 담배가 보세창고로 옮길 때가 아닌 보세창고에서 도매상으로 넘길 때 부과되는데, 국세청은 필립모리스가 담뱃값 인상과 함께 부과되는 개별소비세를 피하기 위해 미리 창고 등에 축적한 담배를 담뱃값이 오른 후 판매했다고 판단해 고의적 조세 포탈 행위를 했다고 보고 약 997억 원의 세금을 부과했다. 필립모리스는 국세청의 결정에 불복했지만, 조세심판원이 청구를 기각하자 불복해 소송을 냈다. 1,2심은 국세청이 문제 삼은 담배는 이미 개별소비세가 붙기 전인 2014년에 반출이 이뤄졌다는 필립모리스 측의 주장을 받아들였다. 하지만 대법원의 판단은 달랐다. 재판부는 필립모리스가 마련한 임시창고는 담뱃값의 인상 차액을 얻으려 담뱃값이 인상되기 전에 제조공장에서 담배를 반출하기 위해 일시적인 방편으로 마련된 장소에 불과하다고 판단했다. 재판부는 "제조장에서 일시적인 방편으로 마련된 장소로 담배를 옮긴 것에 불과하다면, 이를 제조장에서 반출한 것으로 볼 수 없다"며 "제조공장에서 임시창고로 옮긴 때가 아니라, 이 사건 임시창고에서 각 물류센터로 옮긴 때 비로소 제조장에서 반출한 것으로 봐야 하므로 2015년 1월1일 이후에 임시창고에서 물류센터로 옮겨진 담배에 대해서는 개별소비세를 부과할 수 있다"고 판시했다.

해외 도박사이트에서 돈을 잃었더라도 남은 돈을 현금으로 돌려받았다면, 해당 금액을 종합소득세 부과대상으로 삼을 수 있다는 판결이 나왔다. 서울행정법원 행정5부(재판장 김순열 부장판사)는 4월 6일 A 씨가 성동세무서장을 상대로 제기한 종합소득세부과처분 취소소송(2020구합89520)에서 원고패소 판결했다. 2013~2014년 해외 도박사이트에서 도박을 하던 A 씨는 별도의 결제사이트를 통해 신용카드로 게임머니를 환전했고, 도박을 통해 얻은 게임머니는 결제사이트를 통해 다시 현금으로 환전받았다. 해당 도박사이트는 전세계 불특정 이용자들을 상대로 스포츠 경기의 승패 등 특정결과를 예상해 배팅하게 한 뒤, 그 결과를 맞출 경우 정한 배당률에 따라 배팅금 외 추가 당첨금을 지급했다. 만약 맞추지 못할 경우에는 배팅금을 몰취하는 방식으로 진행됐다. A 씨는 주로 환율 등락폭 또는 스포츠 경기의 승패를 예상하는 방식의 도박을 했다. 이 기간 동안 A 씨는 도박사이트에 21만달러를 보냈고, 현금으로 19만달러를 돌려받았다. 2017년 A 씨는 수사기관에 적발돼 도박죄로 벌금 100만 원의 약식명령을 발령받았다. 성동세무서는 2020년 1월 A 씨가 결제사이트를 통해 환전받은 2013년분 1억여 원과 2014년분 1억300여만 원이 사행행위 등 규제 및 처벌특례법에서 규정하는 재산상의 이익으로서 A 씨의 기타소득세에 해당한다고 판단했다. 이에 A 씨에게 2013~2014년분 종합소득세 총 8300여만 원을 부과했다. 이에 불복한 A 씨는 조세심판 청구를 했지만 기각되자 소송을 냈다. 재판 과정에서 A 씨는 "2013년 귀속 종합소득세의 경우 5년의 부과제척기간의 경과해 그 납세의무가 소멸했다"며 "당첨금보다 더 많은 금액을 투입해 사실상 도박으로 수익을 얻은 적이 없다"고 주장했다. 하지만 재판부는 A 씨의 주장을 받아들이지 않았다. 재판부는 "A 씨는 2013년 부분에 관해 종합소득세 과세표준 신고기간인 2014년 5월말까지 신고하지 않았고, 신고의무가 면제되는 예외적인 사정을 찾아볼 수 없다"며 "2013년 귀속 종합소득세 부과처분은 성동세무서가 부과할 수 있는 날인 2014년 6월부터 7년이내에 이뤄졌으므로 부과제척기간을 준수됐다"고 판단했다. 이어 "A 씨가 이용한 도박사이트는 도박에 참가하고자 하는 여러 사람으로부터 재물 또는 재산상의 이익을 모아 우연적 방법으로 득실을 결정해 재산상의 이익이나 손실을 주는 사행행위를 했고, A 씨는 이러한 행위에 참가했다"며 "A 씨가 수취한 금액은 사행행위에 참가해 얻은 재산상의 이익 중 일부에 해당하고, 구 소득세법 제21조 제1항 제3호에서 정한 기타소득에 해당한다"고 설명했다.

삼양식품 등에 라면박스와 스프를 공급하는 자회사들이 허위 세금계산서를 작성했다는 이유로 법인세 부과 처분을 받았으나, 법원에선 일부 세금계산서에 대해 허위가 아니라고 판단했다. 서울고법 행정1-1부(심준보·김종호·이승한 부장판사)는 4일 삼양식품과 삼양내츄럴스, 삼양프루웰, 알이알이 성북세무서장, 원주세무서장을 상대로 제기한 부가가치세 부과처분 등 취소소송(2021누33601)에서 원고일부승소 판결했다. 삼양내츄럴스와 삼양프루웰, 알이알은 삼양식품 라면박스 등을 공급하는 삼양의 자회사다. 재판부는 알이알 등이 내부거래 세금계산서의 발급·수취 주체라고 볼 수 없다는 내츄럴스와 프루웰 측의 주장을 받아들였다. 재판부는 "구 부가가치세법상 재화 또는 용역의 공급이 있기는 했으나 세금계산서에 기재한 '공급하는 자' 또는 '공급받는 자'가 실제 거래의 당사자와 다른 경우 그 세금계산서상의 '공급하는 자'나 '공급받는 자'를 수범자로 규정한다고 볼 수 없다"며 "자회사들이 실제 자신이 공급하거나 공급받는 재화에 대해 각 자회사 명의를 이용해 세금계산서를 발급·수취했을 뿐, 이를 두고 재화나 용역의 공급 없이 세금계산서를 발급·수취했다고 볼 수 없어 구 부가가치세법상 가공 세금계산서에 해당하지 않는다"고 판단했다. 내츄럴스의 2011~2012사업연도와 프루웰의 2008~2012사업연도 각 법인세 등에 대한 부과제척기간 경과 주장에 대해 재판부는 "일반과소신고가산세, 부당과소신고가산세, 납부불성실가산세는 구 국세기본법(2014.12.23 개정 전) 제26조의2 제1항 제1호의2 나목 소정의 구법인세법 제76조 제9항 제4호에 따른 가산세에는 해당하지 않으므로, 이에 대해선 10년의 장기부과제척기간을 적용할 수 없어 이들 가산세 부과처분은 모두 5년의 제척기간이 지난 후에 한 것이므로 당연무효"라고 했다. 다만 "증액경정처분은 당초 처분과 증액하는 부분을 포함해 전체로서 하나의 과세표준과 세액을 다시 결정하는 것이어서, 당초 처분은 독립한 존재가치를 상실하고 오직 증액경정처분만 쟁송의 대상에 해당한다"며 "납세의무자로서는 증액한 부분만 아니라, 당초 처분에서 확정한 과세표준과 세액에 대해서도 위법 여부를 다툴 수 있는 것이지만, 제척기간 도과 전에 있었던 당초 처분은 유효한 것이므로 당초 처분에 의해 이미 확정했던 부분에 대해 다시 위법 여부를 다툴 수 없다"고 밝혔다. 앞서 서울지방국세청은 2018년 10월부터 2019년 2월까지 삼양식품과 내츄럴스, 프루웰, 알이알에 대한 법인제세통합조사를 실시했다. 그 결과 △삼양식품이 2011년~2017년 내츄럴스로부터 388억여 원 상당의 라면스프 원료를 공급받았음에도 페이퍼컴퍼니 명의로 발급된 세금계산서를 수수했고, 프루웰로부터는 115억여 원 상당의 포장박스를 공급받았음에도 알이알 명의로 발급된 세금계산서를 수수했으며 △내츄럴스와 프루웰이 그 전 거래 단계에서 다른 거래처로부터 라면스프와 포장박스를 공급받았음에도 알이알 등으로부터 받은 것처럼 세금계산서를 꾸며 수수한 것으로 조사됐다. 이러한 세금계산서를 확인한 서울지방국세청은 관련 과세자료를 관할세무서인 성북세무서와 원주세무서에 통보했다. 성북세무서는 삼양식품이 내츄럴스 등으로부터 수취한 세금계산서 관련 매입세액을 공제하지 않기로 하고 그에 따른 부가가치세 본세와 일반과소신고가산세, 납부불성실가산세 등 합계 47억여 원을 증액경정·고지했다. 원주세무서는 알이알 등의 매출로 신고된 부분에 관한 납세의무를 실제 사업자인 내츄럴스, 프루웰이 부담해야 한다는 전제로 해당 세금계산서와 관련된 매출세액을 내츄럴스와 프루웰의 매출세액에 가산하는 등으로 하고 그에 따른 부가가치세 본세와 일반과소신고가산세, 납부불성실가산세 등 내츄럴스에게는 26억여 원을, 프루웰에는 5억여 원을, 각 증액경정·고지했다. 알이알에 대해선 2억4000여만 원을 고지했다. 이에 불복한 삼양식품 등은 2019년 4월 심판청구를 제기했고, 그 결정이 있기 전인 같은해 5월 소송을 제기했다. 조세심판원은 2020년 6월 이들의 심판청구를 모두 기각했다. 1심은 내츄럴스와 프루웰의 부과제척기간 관련 주장은 받아들이지 않았지만, 세금계산서미발급가산세 관련 주장 등 일부를 받아들여 원고일부승소 판결했다.