중소기업이 결손금 소급공제를 받았지만 이후 소급공제 대상이 아니라는 이유로 다시 반환하도록 규정하면서 법 시행 이전에 받은 소급공제도 반환하도록 한 법인세법 부칙은 위헌이라는 헌법재판소 결정이 나왔다. A사는 2003년 7월 수원시 팔달구의 한 오피스텔 건물을 신축해 분양했고, 2007년 사업연도에 32억원이 넘는 결손이 발생했다. A사는 건설업을 주된 사업으로 하는 법인이라며 2008년 6월 법인세법 제72조1항 결손금 소급공제에 의한 환급을 신청해 수원세무서로부터 4억300만여원을 환급받았다. 하지만 수원세무서는 2009년 11월 A사가 건설업이 아닌 부동산 공급업을 주된 사업으로 하는 기업이라며 결손금 소급공제 대상인 중소기업에 해당하지 않는다는 이유로 A사가 환급받은 법인세액에 이자를 가산한 4억6700여만원을 징수하는 처분을 했다. A사는 수원지법에 징수처분 취소소송을 냈지만 패소했고, 항소심에서 위헌법률심판제청을 신청했지만 기각되자 2012년 3월 헌법소원을 냈다. A사는 결손금 소급공제에 의한 환급 규정을 법 시행 후 최초로 환급세액을 징수하는 분부터 적용하도록 한 법인세법 부칙 제9조가 위헌이라고 주장했다. 헌재는 24일 A사가 법인세법 부칙 제9조는 위헌이라며 낸 헌법소원사건(2012헌바105)에서 재판관 전원일치 의견으로 위헌 결정했다. 재판부는 "부칙은 개정 후 법인세법 시행 이전에 결손금 소급공제 대상이 아닌데도 법인세를 환급받은 법인에도 개정조항을 적용할 수 있도록 규정하고 있다"며 "이미 종결한 과세요건사실에 소급해 적용할 수 있도록 하는 것이어서 헌법에서 원칙적으로 금지하는 진정소급입법에 해당한다"고 밝혔다. 또 "법인세를 부당 환급받은 법인은 소급입법을 통해 이자를 포함한 조세채무를 부담할 것이라고 예상할 수 없었고, 환급세액과 이자상당액을 법인세로서 납부하지 않을 것이라는 신뢰는 보호할 필요가 있다"며 "진정소급입법을 허용할 수 있는 사정이 없어 소급입법 과세금지 원칙에 위반된다"고 지적했다.

8일 서울중앙지법 형사24부(재판장 김용관 부장판사) 심리로 열린 이재현 CJ그룹 회장에 대한 공판준비기일(2013고합710)에서 검찰은 "CJ그룹의 사건은 조세포탈을 위해 재산을 적극적으로 숨긴 행위의 종합판"이라고 주장했다. 이날 공판준비기일에는 차명계좌를 이용해 주식을 관리한 것이 조세포탈을 하기 위해 재산을 적극적으로 은닉한 부정한 행위인지가 쟁점이었다. 사진= 이재현 CJ그룹 회장 검찰은 "여러 개의 차명계좌에 재산을 분산하고, 차명계좌 전담 관리 부서를 둔 것, 차명계좌로 얻은 이익을 현금으로 바꿔 해외 미술품·고가 주택을 사들인 것, 오너가 이에 대해 보고를 받은 것을 적극적인 은닉행위로 판단한 판례가 있다"며 "이 회장의 사건에는 이 모든 것이 들어 있어 '적극적인 은닉행위의 종합판'"이라고 강조했다. 또 "1994년 이후 대주주의 상장주식 소유 비율 제한이 폐지됐기 때문에 차명으로 관리할 이유가 없었다"고 지적했다. 반면, 변호인 측은 "적극적인 은닉행위가 되기 위해서는 단순한 차명계좌 이용만 가지고는 부정행위라고 할 수 없다"며 "주식 양도 대금의 흐름을 추적할 수 없도록 숨긴 정도가 돼야 부정행위라고 할 수 있다"고 반박했다. 또 "삼성과의 계열분리 이후 제일제당의 안전한 경영권 확보를 위해 차명계좌로 관리할 수밖에 없었다"고 주장했다. 양측의 논쟁에 대해 재판장은 "이 회장이 대부분 1994년 이후 차명계좌로 주식을 소유했는데, 경영권 방어를 위해서라도 이 회장 본인 소유로 주식을 취득하면 되지 꼭 차명으로 관리했어야 했느냐"며 의문을 나타냈다. 이 회장 측은 지난 7월 1일부터 시행된 조세범죄 양형기준을 소급 적용해서는 안 된다는 주장을 펼치기도 했다. 새 양형기준은 특정범죄가중처벌법상 조세포탈의 경우 포탈세액이 10억원 이상 200억원 미만인 때는 기본 형량을 징역 4~6년으로 하고 있고, 200억원 이상이면 5~9년으로 정하고 있어 양형이 대폭 상향 조정됐기 때문이다. 변호인은 "양형기준이 기소된 시점을 기준으로 적용되는 것이긴 하지만, 6~7년 전 범죄에 소급적용 하는 것은 새 양형기준 시행 직전에 기소된 다른 사건들과 형평에 맞지 않는다"고 말했다. 다음 공판준비기일은 오는 22일 오전 10시에 열린다. 이 회장의 해외 차명계좌를 통한 조세포탈과 부외자금 횡령에 대한 쟁점 정리가 있을 예정이다. 이 회장은 지난 7월 CJ 임직원들과 공모해 국내외 비자금을 차명으로 운용·관리해 오면서 546억여원의 조세를 포탈하고 회삿돈 963억여원을 횡령한 혐의(특정범죄 가중처벌 등에 관한 법률상 조세포탈 및 특정경제범죄 가중처벌 등에 관한 법률상 횡령)로 구속기소됐다. 이 회장은 일본에서 건물을 사들이기 위해 대출을 받으면서 CJ 현지 법인에 연대보증을 하도록 해 569억여원의 손해를 입힌 혐의(특정경제범죄 가중처벌 등에 관한 법률상 배임)도 받고 있다.

헌법불합치 결정으로 개정된 국세징수법 제78조2항을 부칙이 헌법재판소 결정일인 2009년4월30일 이후부터 적용하도록 하고 있더라도, 헌재의 헌법불합치결정 당시 법원에 소송계속 중이던 사건에는 개정된 법조항을 적용해야 한다는 판결이 나왔다. 이는 "헌법불합치결정에 의한 개선입법의 소급적용여부와 그 범위에 대해서는 원칙적으로 입법자의 재량에 맡기되 예외적으로 헌법불합치결정의 취지나 구체적 규범통제의 실효성 보장이라는 측면 등을 고려해 헌법불합치결정 당시에 법원에 계속 중인 사건에도 소급효가 미친다고 해야 한다"는 대법원판례(대법원 2003다52647 등)에 따른 것이다. 서울행정법원 행정5부(재판장 이진만 부장판사)는 A씨가 "위헌인 구 국세징수법 제78조2항 후문에 따라 결정된 배분거부처분을 취소해 달라"며 한국자산관리공사를 상대로 제기한 배분거부처분취소소송(2010구합32013)에서 지난 16일 원고승소 판결했다. 재판부는 판결문에서 "헌법재판소가 헌법불합치결정을 통해 법률조항을 합헌적으로 개정 또는 폐지하는 임무를 입법자의 형성재량에 맡긴 이상 그 개선입법의 소급적용여부와 소급적용의 범위 역시 원칙적으로 입법자의 재량에 달린 것"이라면서도 "(해당조항의 적용중지를 명하는) 이 사건 헌법불합치결정의 주문 및 결정취지와 위헌법률심판에서의 구체적 규범통제의 실효성 보장이라는 측면을 고려할 때 적어도 이 사건 헌법불합치결정을 하게 된 당해 사건 및 헌법불합치결정 당시에 이 사건 법률조항의 위헌여부가 쟁점이 돼 법원에 계속 중인 사건에 대해서는 헌법불합치결정의 소급효가 미친다고 해야 한다"고 밝혔다. 재판부는 이어 "개정된 국세징수법의 부칙이 이 사건을 개정규정의 적용범위에 포함하지 않더라도 이 사건에 대해서는 종전의 법률을 그대로 적용할 수는 없고 위헌성이 제거된 개정규정이 적용되는 것으로 봐야한다"고 판단했다. 한국자산관리공사는 지난 2007년8월 지방세가 체납된 부동산을 매각하고 그 대금을 임차권자인 A씨 등 채권자들에게 배분했다. 이 과정에서 공사는 공매대금 미납으로 인한 보증금은 국가에 귀속됐다는 이유로 배분금액에 포함시키지 않았다. 이에 A씨는 공매대금의 국가귀속을 규정한 국세징수법 제78조2항을 이 사건 배분처분에 적용한 것은 위법이라며 소송을 냈다. 이후 소송 계속 중이던 2009년4월 헌법재판소 "대금미납으로 매각결정이 취소된 경우 납부한 계약보증금을 국가에 귀속시키도록 규정한 국세징수법 제78조2항 후문은 헌법이 보장한 평등의 원칙 등에 위반된다"며 서울행정법원이 낸 위헌법률심판 제청사건(2007헌가8)에서 재판관 8대 1의 의견으로 헌법불합치결정을 내렸다(법률신문 2009년5월4일자 5면). 이에 따라 국회는 지난 1월 헌재결정 취지에 맞도록 국세징수법을 개정했지만, 개정규정이 헌재 결정일인 2009년4월30일 이후 매각결정이 취소된 경우에만 적용되도록 부칙조항을 둬 논란이 됐다.