의약품 거래와 관련한 사례금(리베이트)을 법인세 산정시 손비금액에 포함할지를 두고 판결이 엇갈리고 있다. 손비(損費)금액이란 법인 순자산을 감소시키는 거래로 인해 발생하는 금액으로, 판매한 상품의 매입가액이나 자산의 평가차손 등을 말한다. 서울고법 행정5부(재판장 김문석 부장판사)는 지난달 22일 의약품 도매업체 T사가 "약국과 도매상 등에 지급한 리베이트는 판매 부대비용이므로 손금에 산입해야 한다"며 성동세무서를 상대로 낸 법인세 등 부과처분 취소소송 항소심(2011누17938)에서 원고패소 판결한 1심을 취소하고 "법인세 2억5200여만원 및 대표자에 대한 소득금액변동통지 14억6900여만원의 부과처분을 취소하라"며 원고일부승소 판결을 내렸다. 재판부는 판결문에서 "법인세법에는 위법소득을 얻기 위해 지출한 비용이나 지출 자체에 위법성이 있는 비용에 대한 손금산입을 부인하는 특별규정을 마련해 두고 있지 않다"며 "법령이나 사회질서를 어기는 행위를 제재하기 위해 세법을 확대 적용하면 국민의 재산권 보장과 조세법률주의의 원칙에 반하는 결과를 초래할 위험이 있다"고 밝혔다. 재판부는 이어 "의약품 거래와 관련한 사례금 수수관행은 회계처리하지 않는 비자금 조성과 연결돼 탈세 등 폐해를 낳게 되고, 건강보험 재정 부실화를 초래하는 등 사회적 해악이 작지 않은 것은 맞지만, 이러한 관행은 의약품 유통구조 등 구조적 요인에서 기인하는 것으로 무리하게 세법을 확대 적용한다고 해서 해결될 수 있는 것이 아니다"라고 지적했다. 재판부는 또 개정 약사법 시행규칙이 시행된 2008년 12월 14일 이전에 의약품 도매상이 의약품 판매촉진 목적으로 의료기관 등 개설자에게 지급한 사례금은 약사법령에 정한 준수사항을 위반한 것이 아니라고 설명했다. 개정 전에는 '현상품·사은품 등 경품류'만 금지하고 있었으나, 개정 후에는 '금전, 물품, 향응 그밖의 경제적 이익'으로 금지 대상이 확대됐다. 재판부는 "제약회사와 도매상, 도매상 상호 간 사례금 수수는 현재까지도 약사법에서 금지된 사항이 아니다"라며 "T사가 사례금을 지급한 S사가 병원이 우회 설립한 도매상이라고 하더라도 S사에 지급한 사례금을 의료기관에 지급한 것과 동일하게 평가할 수는 없다"고 지적했다. 서울지방국세청은 T사에 대한 2004~2008년 사업연도 법인세 통합조사를 하면서 제약회사에 대한 외상매입금 채무를 현금 변제했다고 회계처리한 18억6900여만원을 손금산입에서 제외했다. 이에 T사는 "이 금액은 약국, 제약사, 도매상 등에 사례금으로 지급됐으니 손금으로 처리해야 한다"며 법인세 5억3400여만원과 대표자에 대한 소득금액변동통지 19억9700여만원을 취소해달라며 2010년 3월 소송을 냈으나, 1심에서는 패소했다. 한편 지난달 3일 서울고법 행정8부(재판장 김인욱 부장판사)는 W제약이 수원세무서를 상대로 낸 법인세 등 부과처분 취소소송 항소심(2010누43466)에서 "리베이트 제공은 위법한 비용의 지출로서 손금산입 인정은 사회질서에 심히 반한다"며 원고패소 판결을 내렸다. 당시 재판부는 "리베이트 자금은 분식회계 등을 통해 조성된 비자금으로 집행될 수밖에 없고, 비자금은 횡령·분식회계·조세포탈·불공정거래행위 등을 전제로 하고 있으며, 조세법이 그러한 비용을 손금으로 산입해 과세소득에서 공제한다면 위법 상태를 무한정 용인하는 것이 된다"고 지적했다. 두 판결 모두 리베이트의 위법성을 인정했지만 손금산입을 인정할지에 대해서는 입장이 상반됐다. 행정8부는 리베이트를 '위법 상태'로 평가해 손금산입을 할 수 없다는 입장이지만, 행정5부는 '사회적 해악'을 인정하면서도 세법의 확대 적용은 안 된다고 판시했다. 2심에서 이처럼 엇갈린 판결이 나옴에 따라 대법원이 리베이트의 위법성과 손금산입 여부에 대해 어떤 판단을 내놓을지 관심이 집중되고 있다. 공정거래위원회 등에 따르면 지난해 제약사의 병·의원 리베이트 금액은 적발된 것만 약 969억원이며, 실제 연간 리베이트 규모는 3조원 가량으로 추정된다.