<사진=pixabay, 법률신문DB> 외형상 주택이라고 해도 임차인이 모두 퇴거해 사용 가능성이 없었고 이미 건축물 해체를 신청해 철거를 앞두고 있었다면 종합부동산세를 부과할 수 없다는 법원 판단이 나왔다. 서울행정법원 행정6부(재판장 이주영 부장판사)는 2023년 11월 10일 주택개발업체 A 사가 영등포세무서장을 상대로 낸 종합부동산세부과처분 취소소송(2022구합87160)에서 "영등포세무서장이 2021년 11월 A 사에 내린 2021년도 귀속 종부세 6억2700여만 원과 농어촌특별세 1억2500여만 원의 부과 처분을 각 취소한다"며 원고승소 판결했다. A 사는 2020년 12월 소유하던 서울 용산구 소재 건물을 해체하기로 하고, 용산구청에 건물 해체허가신청서를 제출했다. 용산구청은 2021년 8월이 돼서야 건축물 해체 허가서를 발급했다. 이후 영등포세무서는 A 사가 과세기준일인 '2021년 6월 1일'을 기준으로 3주택 이상을 소유했다는 이유로 2021년 11월 종부세 6억2700여만 원과 농어촌특별세 1억2500여만 원을 부과했다. A 사는 국세심사위원회 이의신청과 조세심판원 심판청구가 모두 기각되자 소송을 냈다. A 사는 "이 사건 건물이 외형상 주택이라고 해도 과세기준일 당시 기존 임차인이 모두 퇴거했고 단전·단수돼 오직 철거를 앞두고 있어 사실상 주택 기능을 상실해 주택으로 볼 수 없다"며 "종부세 과세기준일 이전에 건물 해체신청을 했음에도 용산구청의 처리 지연으로 철거를 못 한 것일 뿐, 그 책임을 우리가 부담하는 것은 부당하다"고 주장했다. 재판부는 "실제로 철거할 예정으로 취득한 주택의 경우, 부의 편중현상을 완화해 경제적 효율성을 높이고 투기적 목적의 주택 소유를 억제한다는 종합부동산세의 입법 목적과는 그다지 관계가 없다"며 "고액의 부동산 보유자에 대해 과세를 해 부동산 가격 안정 등의 적극적인 목적을 추구한다는 종부세의 유도적·형성적 기능과도 거리가 멀다"고 밝혔다. 이어 "2022년 2월 종합부동산세법 시행령 개정으로 '그 취득일부터 3년 내에 멸실시키는 주택'이 종부세 합산배제 대상에 추가돼 합산배제 대상이 확장됐는데, 그 취지는 '주택 공급을 촉진하기 위해 종부세 과세표준 합산 대상에서 제외되는 주택의 범위에 공공주택사업자, 주택조합, 주택건설사업자 등이 주택건설 사업을 위해 멸실시킬 목적으로 취득해 3년 이내에 멸실시키는 주택'을 추가한 것"이라고 설명했다. 그러면서 "실제로 A 사는 건물을 양도받은 직후 곧바로 건축물 해체허가 신청을 했는데, 용산구청의 심의를 여러 차례 거치고 재차 신청서를 제출하는 과정을 거쳐 그 허가가 2021년 8월에야 있었다"며 "그 과정에서 건물이 사용되거나 사용될 가능성이 있었다는 사정은 보이지 않는 바, 건물의 외관이 존재하고 있었다는 것만으로 해당 건물이 주택으로 이용되고 있었다고 볼 수 없다. 해당 건물은 종부세 과세 대상에 포함되지 않는다고 봄이 타당하다"고 판시했다.

<사진=연합뉴스> 신세계가 세무 당국을 상대로 제기한 850억 원 규모의 법인세 소송에서 최종 패소했다. 대법원 특별2부(주심 민유숙 대법관)는 11월 2일 신세계가 중부세무서장을 상대로 낸 법인세 부과 처분 취소소송(2020두56803)에서 원고 패소 판결한 원심을 확정했다. 신세계는 2006년 9월 월마트를 인수한 뒤 사명을 신세계마트로 변경하고 흡수합병했다. 당시 이 합병은 법인세법에 따른 적격 합병으로 합병평가차익 2596억 원에 대한 과세이연(세금 납부를 연기해 주는 제도)이 적용됐다. 이후 신세계는 2011년 대형마트 사업 부분을 분리해 이마트를 신설하고 월마트 인수 관련 충당금 등 2560억 원을 이마트에 승계했다. 이에 서울지방국세청은 2015년 5월부터 11월까지 이마트에 대한 법인세제 통합 조사를 실시한 결과 ‘분할로 인해 합병에 따른 과세이연이 종료됐고, 이마트가 충당금 잔액을 승계받는 방법으로 과세이연을 할 수 없음에도 충당금 잔액을 승계받은 것은 부당하다’고 중부세무서에 통보했다. 이에 따라 중부세무서는 신세계에 2011년 사업연도 법인세 853억여 원을 부과했다. 신세계는 이에 불복해 2016년 조세심판원에 심판청구를 했지만 기각되자, 소송을 냈다. 1,2심은 과세당국의 손을 들어줬다. 1,2심은 “신세계의 이마트 분할은 법인세법상 합병에 따른 합병평가차익의 과세이연 종료 사유인 ‘사업의 폐지’에 해당한다”며 “충당금 잔액은 분할이 있었던 2011년 사업연도 익금(법인의 순자산을 늘리는 거래에 의해 생긴 수익)에 산입되어야 한다”고 판시했다. 구 법인세법 제44조 제2항 등에 따르면 합병법인이 다음 사업연도 개시일부터 3년 내 승계받은 사업을 폐지하는 경우 손금에 산입한 금액을 폐지한 날이 속하는 사업연도의 소득금액계산에 있어 익금에 산입한다. 대법원도 “원심 판단에 처분의 적법 여부 판단에 적용될 법령, 개정 전 법인세법 제44조 제2항에서 정한 ‘사업의 폐지’ 및 개정 전 법인세법 시행령 제80조 제6항에서 정한 ‘처분’, 국세기본법 제18조 제3항에 따른 비과세 관행에 반하는 소급과세금지 등에 관한 법리 오해의 잘못이 없다”며 판결을 확정했다.

종합부동산세를 과세하면서 동일한 주택·토지 등에 부과된 재산세를 얼마만큼 공제할지를 대통령령으로 정할 수 있도록 한 현행법 체계가 합법이라는 대법원 판단이 나왔다. 대법원 특별1부(주심 김선수 대법관)는 8월 31일 A 사가 마포세무서장을 상대로 제기한 종합부동산세 취소 소송(2019두39796)에서 원고승소 판결을 파기하고 사건을 서울고법에 돌려보냈다. 종합부동산세는 국세의 일종으로 개인이 가진 부동산의 합계액을 기준으로 과세한다. 반면 재산세는 지방세로 분류되며 가진 재산에 부과된다. 일정 액수 이상의 부동산을 자산으로 가진 경우 하나의 부동산에 종합부동산세와 재산세가 이중으로 부과된다. 종합부동산세법은 이중과세 문제를 조정하기 위해 종합부동산세를 부과할 때 주택·토지에 부과된 재산세를 공제하도록 하는데, 구체적인 계산식은 대통령령으로 정하도록 위임한다. 시행령은 계속해서 바뀌어왔는데 이번 판결의 대상이 된 것은 '공정시장가액비율'을 계산식에 추가해 2015년 11월에 개정된 시행령이다. 이전에는 종합부동산세와 같은 과세 대상에 부과된 재산세액 전부를 공제하도록 했다. 반면 개정된 시행령에 따라 계산해 보면 재산 세액 일부만 공제되는 결과가 나왔다. 마포세무서는 2016년 11월 A 사가 보유 중인 주택과 종합합산토지 및 별도합산토지에 대해 2016년도 귀속 종합부동산세 23억8752만 원과 농어촌특별세 4억7750만 원을 부과했다. 당시 종부세법 시행령에 따라 공제된 재산 세액은 8억8000만 원이었다. A 사는 추가 공제를 요구하며 소송을 냈다. A사 측은 "이 조항의 산식은 종합부동산세와 중복 부과되는 재산 세액 중 일부만을 공제함으로써 모법의 위임 범위를 벗어나 이중과세금지의 원칙 및 비례원칙을 벗어난 것은 물론 납세자의 재산권을 침해하는 위헌적인 것"이라며 처분 취소를 구하는 소송을 냈다. 1심은 A 사의 청구를 기각했다. 하지만 2심은 시행령이 위법해 효력이 없는 것으로 봐야 한다며 A 사 승소로 판결했다. 그러나 대법원은 다시 판단을 뒤집었다. 재판부는 "종합부동산세법의 문언, 취지 등을 통해 볼 때 입법자가 재산 세액을 얼마나 공제할지 정할 수 있도록 시행령에 위임하고 있다"며 "시행령 개정에 따라 공제액 규모가 줄더라도 이는 입법자가 구 종합부동산세법이 조항의 위임 범위 내에서 주택 등의 종합부동산 세액에서 공제되는 재산세액의 범위를 구체적으로 명확하게 했기 때문"이라고 설명했다. "이 사건 조항이 동일한 과세 대상에 대해 종합부동산세의 과세 기준금액을 초과하는 영역에 부과되는 재산 세액 중 일부만을 공제하도록 했더라도 구 종부세법의 위임 범위와 한계를 벗어나 무효라고 볼 수 없다"고 판시했다. 대법원 관계자는 "구 종합부동산세법이 재산세액 공제와 관련해 시행령에 위임한 범위에 '종합부동산세의 과세기준금액을 초과하는 영역에서 종합부동산세가 재산세의 과세 부분부터 먼저 과세되는지 아니면 재산세의 과세 부분과 그 외 부분 사이에 안분해 과세되는지 여부'가 포함된다는 것을 최초로 명시적으로 설시한 판결"이라고 말했다.

<사진=연합뉴스> 네이버가 제2사옥을 신축하며 성남시 분당구청으로부터 부과받은 하수도 원인자부담금 17억여 원에 대한 취소소송을 제기했으나 1심에서 패소했다. 법원은 네이버의 신축 건물이 당초 택지개발사업에서 예정된 층수 제한 및 용적률을 초과하고 그에 따라 대통령령으로 규정된 오수 발생량을 넘었다고 판단했다. 수원지법 행정4부(재판장 공현진 부장판사)는 2월 8일 네이버가 성남시 분당구청장을 상대로 낸 하수도 원인자부담금 부과처분 취소소송(2021구합74380)에서 원고패소 판결했다. 네이버는 이번 판결에 불복해 같은 달 28일 항소했다. 네이버는 2016년 9월 당시 이재명 성남시장으로부터 성남시 분당구 지상에 업무시설 건물 신축 허가를 받고, 6차에 걸친 변경허가 끝에 2021년 8월 제2사옥을 완공했다. 하지만 성남시로부터 징수권한을 위임받은 분당구청은 하수도법 제61조, 같은 법 시행령 제35조, 성남시 하수도사용 조례 제18조 및 제20조에 따라 네이버에 17억5000여만 원의 하수도 원인자부담금을 부과했다. 이에 반발한 네이버는 "제2사옥 건물 부지는 택지개발촉진법에 따라 조성된 용지"라며 "이 건물에 관해 공공하수도 시설의 신설·증설이 요구되는 경우에는 실질적 원인자인 타행위의 사업시행자가 하수도법 제61조 제2항에 따라 하수도 원인자부담금의 부담의무자가 될 뿐이고 타행위로 조성된 용지상 건축주는 별도로 부담의무자가 될 수 없다" 등의 이유로 소송을 냈다. 재판부는 "택지개발촉진법에 따른 택지개발사업은 하수도법 제61조 제2항, 같은 법 시행령 제35조 제2항 제2호 가목에서 정한 '타행위'에 해당하므로 택지개발사업 부지에 건물을 신축할 경우 하수도 원인자부담금은 사업시행자인 한국주택공사가 부담하는 것이 원칙"이라며 "그러나 택지개발사업 준공 이후 24년 7개월 정도 지났고, 택지개발사업 준공 당시 예정했던 용도지구, 층수 제한이 모두 변경됐다"고 밝혔다. 이어 "네이버의 제2사옥은 택지개발사업에서 예정한 층수 제한과 용적률을 훨씬 초과한다"며 "층수가 높아지고 연면적이 증가할수록 오수발생량은 증가할 수밖에 없는데, 제2사옥 건물의 규모와 오수발생량은 택지개발사업에 따른 건물부지 조성 당시 예정된 범위를 훨씬 초과한다"고 판단했다. 그러면서 "제2사옥 신축은 택지개발사업에서 예정된 범위를 초과하는 특별한 사정이 있고, 건축물 신축을 통해 오수를 대통령령으로 정하는 양(10㎥) 이상 증가시켰다. 네이버는 하수도법 제61조 제1항에 따라 건축주로서 원인자부담금을 부담한다"고 판시했다. 재판부는 네이버 측의 △ 위법한 이중부과라는 주장 △ 신뢰보호의 원칙에 반한다는 주장 등에 대해서도 이유 없다고 판단했다.

[대법원 판결] 같은 날 여러 개의 공익법인 등에 출연된 주식이라더라도 출연의 시간적 선후관계가 있다면 각 출연 시점을 기준으로 합산 대상 주식을 확정해 증여세 과세가액 불산입 한도 내의 주식을 계산해야 한다는 대법원 판결. 대법원 특별1부(주심 김선수 대법관), 2019두56418(2023년 2월 23일 판결) [판결 결과] 밀알미술관과 남서울은혜교회가 삼성세무서장을 상대로 낸 증여세부과처분소송에서 원고패소 판결한 원심 가운데 밀알미술관에 대한 부분을 파기하고 이부분 사건을 서울고법으로 환송. [쟁점] 같은 날 이루어진 다수의 공익법인등에 대한 주식 출연에 시간적 선후관계가 있는 경우의 증여재산가액 산정 방법 [사실관계와 1,2심] 오뚜기 창업주인 고(故) 함태호 명예회장은 2015년 밀알복지재단과 원고인 밀알미술관, 남서울은혜교회에 오뚜기 주식 총 3만주를 출연했다. 밀알미술관 등은 2016년 증여 주식 중 2만8000주가 구 상속세 및 증여세법 제48조 제1항 단서에서 정한 '공익법인 등이 내국법인의 주식을 출연받은 경우로서 그 내국법인의 의결권 있는 발행주식총수의 100분의 5를 초과하는 경우'에 해당한다고 보고 2016년 2월 이에 대한 증여세를 신고했다. 세무당국은 이들에게 증여세를 결정·고지했는데, 이후 밀알복지재단이 구 상증세법 제16조 제2항에서 정한 일정한 요건을 갖춘 공익법인등(성실공익법인등)에 해당한다는 사실이 밝혀지자 밀알복지재단에 대한 증여세 부과처분을 직권으로 취소하면서 밀알미술관에 대해 '당초 과세가액 불산입 한도 내에 있다고 보아 과세표준에서 제외하였던 주식 2000주에 대해 추가로 증여세를 부과하겠다'고 통지했다. 밀알미술관은 2018년 9월 과세당국에 통지에 대해 과세전적부심사를 청구했고 과세당국은 그해 11월 '증여세 과세가액 불산입 대상 주식 2000주를 밀알미술관 등이 출연받은 주식의 비율에 따라 안분해 과세표준과 세액을 산정해야 한다'며 밀알미술관의 청구를 일부 받아들였다. 이에 과세당국은 그해 12월 남서울은혜교회에 대한 증여세를 일부 감액경정하고, 밀알미술관에 대한 증여세를 증액경정 결정했다. 1심은 원고승소 판결했지만 2심은 원고패소 판결했다. [대법원 판단(요지)] "구 상증세법 제48조 제1항 제1호 등 관련 법령의 내용과 규정 체계 등에 비춰보면 다수의 공익법인등이 같은 날 동일한 주식을 출연받았더라도 그 출연이 시간적으로 선후관계에 있는 경우에는 해당 출연으로 구 상증세법 제48조 제1항에 따른 증여세 과세가액 불산입 한도를 초과하는 부분이 있는지 여부는 특별한 사정이 없는 한 각 출연 시점을 기준으로 관련 법령에서 정한 주식을 합해 개별적으로 판단해야 한다. 다수의 공익법인등이 같은 날 출연받은 주식을 모두 동시에 출연된 것으로 의제하는 것은 허용될 수 없다. 구 상증세법 제48조 제1항 제1호 및 구 상증세법 시행령 제37조 제7항 제2호, 제3호는 공익법인등이 출연받은 주식이 증여세 과세가액 불산입 한도를 초과하는지 여부를 판단할 때 '출연 당시'를 기준으로 관련 법령에서 정하는 일정한 주식을 합산하도록 정하고 있어 같은 날 다수의 공익법인등에 출연된 주식이라 하더라도 그 출연의 시간적 선후관계가 확인된다면 각 출연 시점을 기준으로 합산 대상 주식을 확정하는 것이 타당하다. 출연자는 다수의 공익법인등에 주식을 출연하는 경우 증여세 과세가액 불산입 한도 등을 고려해 각 공익법인등에 대한 주식의 출연 시기와 순서를 자유롭게 정할 수 있는데, 출연자가 증여세 과세가액 불산입 한도 등을 고려해 주식을 순차로 출연했음에도 출연이 같은 날 이뤄졌다는 이유만으로 출연자의 의사를 무시한 채 각 주식이 동시에 출연된 것으로 의제해야 할 합리적인 이유를 찾기 어렵다."

클럽 버닝썬의 운영사가 과세 당국을 상대로 부가가치세 취소소송을 제기했지만 1심에서 패소했다. 재판부는 클럽 영업직인 MD(Merchandiser)들에게 지급된 봉사료 액수를 부가가치세 및 개별소비세의 각 과세표준에 포함한 과세 당국의 처분이 정당하다고 판단했다. 서울행정법원 행정2부(재판장 신명희 부장판사)는 3월 2일 버닝썬엔터테인먼트가 역삼세무서장을 상대로 낸 부가가치세 등 부과처분 취소소송(2021구합56213)에서 원고패소 판결했다. 버닝썬엔터는 2018년 2월~2019년 3월 버닝썬이라는 상호로 클럽 형태 유흥주점을 운영했다. 2019년 3~7월까지 법인통합조사를 실시한 서울지방국세청은 버닝썬엔터가 '종업원의 봉사료'로 보고 부가가치세 및 개별소비세의 각 과세표준에서 제외한 46억여 원을 역삼세무서장에게 과세자료로 통보했다. 버닝썬엔터는 "부가가치세법 제29조, 같은 법 시행령 제61조 제4항 등에서 정한 '종업원의 봉사료' 요건에 부합하므로 부가가치세 및 개별소비세의 각 과세표준에서 제외돼야 한다"며 소송을 냈다. 부가가치세법령 등에 따르면, 사업자가 용역 대가와 함께 종업원(프리랜서 포함)에게 귀속되는 봉사료를 수령한 경우 이를 매출전표 등에 구분 기재하고 해당 종업원에게 지급한 사실이 확인되면 그 봉사료는 부가가치세 과세표준에서 제외하는 것으로 정하고 있다. 재판부는 "MD들은 원고로부터 성과인센티브를 받기로 한 프리랜서이고, 원고가 신용카드전표 등에 별도로 담당 MD팀명과 함께 봉사료 가액을 구분 기재한 뒤 MD팀장에게 지급했다"고 밝혔다. 다만 "구분 기재된 봉사료 항목 금액은 고객의 의사와 상관없이 미리 원고가 결제시스템에 일정 비율을 임의로 설정하고 결제대금 일정액을 일률적으로 봉사료 명목으로 수취한 금액"이라며 "이 경우엔 미리 고객들에게 봉사료가 있음을 안내하고 청구하는 것이 보통인데, 버닝썬에선 MD봉사료나 봉사료율을 고객들에게 안내 또는 고지하지 않고 주류 등 요금만을 제시한 채 결제 받았다"고 설명했다. 이어 "버닝썬의 고객들은 제공받은 유흥음식용역에 대해 일체로서의 대가를 지급한 것으로 보일 뿐 결제대금의 25% 또는 35%를 봉사료로 지급한다는 사실을 인지했거나 이를 담당 MD에게 직접 귀속시킬 의사로 별도 지급했다고 보기는 어렵다"고 판단했다. 또 "원고가 MD들과 맺은 프리랜서 영업직 계약에 따르면, MD는 영업활동 대가로 성과급을 지급받는다"며 "매출액 일부를 봉사료 명목으로 구분 기재하고 MD들에게 상당한 금액을 지급했더라도 그 본질은 고객에게 받아 그대로 전달하는 봉사료가 아니라 원고의 매출을 향상시킨 영업활동에 따른 성과급"이라고 했다. 그러면서 "부가가치세 법령 등에서 규정한 봉사료에 해당하기 위해선 고객이 종업원에게 직접 귀속시킬 의사로 봉사료를 별도 지급해야 한다"며 "이는 봉사료와 실제 용역을 제공한 종업원에게 지급된 돈의 액수와 실질이 같아야 한다는 것인데, 46억여 원은 그 액수와 실질이 전혀 대응되지 않기 때문에 부가가치세 및 개별소비세의 과세표준에 포함되지 않는 '종업원의 봉사료'에 해당하지 않는다"고 판시했다.

'주식의 포괄적 교환'은 기업의 합병과 경제적 실질이 유사해 증여세를 계산할 때는 합병에 관한 규정을 준용해야 한다는 대법원 판단이 나왔다. 대법원 특별3부(주심 노정희 대법관)는 지난달 29일 A 씨가 과세관청을 상대로 낸 증여세 과세처분 취소소송(2019두19)에서 원고패소 판결한 원심을 파기하고 사건을 서울고법으로 돌려보냈다. 코스닥 상장법인인 B 사는 비상장법인인 C 사 주식을 전부 인수하면서 C 사 주주들에게 B사 주식을 발행해 주기로 하는 '주식의 포괄적 교환' 계약을 체결했다. C사 최대주주 A 씨는 계약에서 정한 기준에 따라 B 사 신주를 배정받았다. 과세관청은 세무조사 후 C 사 주가가 시가보다 과대평가돼 A 씨가 차액 상당을 증여받았다며 A 씨에게 세금을 부과했다. 이에 A씨는 증여세 부과 처분을 취소해달라는 행정소송을 제기했다. 1,2심은 과세관청의 손을 들어줬다. 주식의 포괄적 교환에 따른 증여이익을 산정할 때 구 상속세및증여세법(상증세법) 시행령 제31조의9(기타이익의 증여 등)와 구 상증세법 제63조 제1항 제1호(주식의 평가에 관한 일반규정)를 적용한 과세관청의 판단에 문제가 없다고 판단했다. 그러나 대법원은 주식의 포괄적 교환이 사실상의 기업 합병이므로 주식 가액을 계산할 때도 상증세법 시행령의 '합병 규정'을 적용해야 한다는 판단을 내놨다. 재판부는 "주식의 포괄적 교환은 합병과 경제적 실질이 유사하고 이런 점을 고려해 증권거래법 등은 주식의 포괄적 교환의 경우 합병에 관한 규정을 준용하도록 정하고 있다"며 "주식의 포괄적 교환에도 합병처럼 불합리하게 증여세가 부과되는 문제가 생길 수 있어 증여이익 산정 시 구 상증세법 시행령 제28조를 준용할 필요가 있다"고 밝혔다. 대법원 관계자는 "주식의 포괄적 교환에 따른 증여이익을 구체적으로 계산하는 데 적용할 근거법령을 최초로 명시적으로 설시함으로써 향후 과세관청의 과세실무와 하급심 판단의 기준을 제시한 판결"이라고 말했다.

국제조세조정법 시행령에서 정한 간주정상이자율을 정상이자율로 선택해 적용한 과세관청의 처분은 자의적인 과세권 행사에 해당해 위법하다는 판결이 나왔다. 서울행정법원 행정2부(재판장 신명희 부장판사)는 지난달 15일 한국쓰리엠이 영등포세무서장을 상대로 제기한 법인세 등 부과처분 취소소송(2021구합55647)에서 원고일부승소 판결했다. 한국쓰리엠은 2005년 9월 룩셈부르크에 위치한 A사와 '회사간 융자 및 예치 협정'을 체결했다. 이 협정에 따라 한국쓰리엠은 2012년 10월부터 2018년 12월까지 약정이자율 연 1.232%~2.5%로 약 1~3개월 이후 상환받기로 약정하고 A사에 무보증 조건으로 예치했고, 만기를 갱신하면서 추가 예치가 예금 회수가 필요한 경우엔 원금을 증액 또는 감액하면서 해당 약정이자율 상당 이자를 수취하는 금전거래를 했다. 서울지방국세청은 한국쓰리엠에 대해 세무조사를 실시했는데, A사와의 거래를 통해 A사로부터 수취한 이자는 실질적으로 저리의 이율로 국외특수관계인인 A사에게 금전을 대여한 것으로 국세조정에 관한 법률 제5조 제1항 제1호 등에서 규정한 '비교가능 제3자 가격방법'에 따른 정상가격보다 낮다는 전제 하에, 한국쓰리엠과 A사 간의 약정이자율을 부인하고 조사청이 산정한 정상이자율에 따른 이자소득과 한국쓰리엠이 신고한 이자소득 간의 차액을 익금에 산입해야 한다고 관할 세무서장에게 과세자료를 통지했다. 독립기업의 원칙 따른 국제조세조정법 형해화 영등포세무서장은 특수관계가 없는 독립된 기업간 회사채발행 거래를 기초로 정상이자율 산정 및 소득금액 조정을 통해 2018년 한국쓰리엠에 대해 가산세와 법인세 합계 87억여 원을 부과했다. 이에 불복한 한국쓰리엠은 조세심판원에 심판청구를 제기했다. 심판원은 위법한 처분이라고 판단하면서 "해당 거래를 금전대차 거래로 보고 그에 따른 정상이자율(정상가액)을 재조사해, 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정하라"는 취지의 재조사결정을 내렸다. 이에 서울지방국세청은 해당 결정 취지에 따라 재조사를 했고, 가산세와 법인세 합계 19억여 원을 부과했다. 그러자 한국쓰리엠은 "과세당국은 임의로 이자율을 산정·조정한 뒤 이전가격 과세를 해 위법하다"고 주장하면서 소송을 냈다. 재판부는 "국제조세조정법에선 정상가격에 의해서만 과세조정이 허용된다고 규정하고 있고, 국외특수관계인이 아닌 자와 통상적인 거래에서 허용되거나 적용될 것으로 판단되는 재화 또는 용역의 특성·기능 및 경제환경 등 거래조건을 고려해 계산하도록 해 독립기업의 원칙에 따라 정상가격을 산정하도록 규정하고 있다"며 "그런데 과세관청이 독립기업의 원칙에 따른 정상가격을 산정하기 위한 노력 없이 일률적으로 간주정상이자율 규정을 적용해 과세할 수 있다면, 이는 독립기업의 원칙에 따른 정상가격 산출을 규정한 국제조세조정법을 형해화하는 해석"이라고 밝혔다. 서울행정법원 기업 일부승소 판결 이어 "한국쓰리엠과 A사의 거래는 국제조세조정법 시행령에서 정한 독립기업의 원칙에 따라 산정되는 통상적인 이자율로 인정할 수 있다"며 "그럼에도 국제조세조정법 시행령 개정일인 2017년 2월을 기준으로 이후 거래에 대해 과세관청이 국제조세조정법 시행령에서 정한 간주정상이자율을 해당 거래의 정상이자율로 선택해 적용할 수 있다고 보는 것은 그 자체로 자의적인 과세권 행사에 해당한다"고 판시했다. 정상가격이란 거주자·내국법인 또는 국내사업장이 국외특수관계인이 아닌 자와의 통상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격을 말하며, 정상이자율은 특수관계인이 아닌 자 간의 통상적인 자금거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 이자율을 말한다. 구 국제조세조정에 관한 법률 시행령은 거주자와 국외특수관계인의 국제거래서의 경우, 거래 금액 및 국제금융시장의 실세이자율을 고려해 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 정상이자율로 간주되는 이자율을 신설했다. 구 국세조세조정법 시행규칙에 따라 거주자가 국외특수관계인에게 자금을 대여하는 경우 등에서는 간주정상이자율을 따르도록 하고 있다.

SK텔레콤(SKT)이 고객들에게 지급한 휴대전화 단말기 보조금은 에누리액이 아니라서 부과가치세 공제 대상이 아니라는 대법원 첫 판단이 나왔다. 대법원 특별3부(주심 노정희 대법관)는 SKT가 남대문세무서장을 상대로 낸 부가가치세 경정거부 처분취소 소송(2017두53170)에서 원고패소한 원심을 지난 8월 31일 확정했다. SKT는 2008~2010년 자사가 제공하는 이동통신용역을 일정 기간 이용하기로 약정하는 이용자에게 단말기 구입 보조금을 지원했다. SK네트웍스가 대리점을 통해 단말기를 판매하면 구입 보조금을 지원하는 방식이었다. SKT는 지급한 보조금이 이동통신용역의 공급가액에 대한 에누리에 해당한다며 2943억여 원 상당의 부가세 환급을 구하는 경정청구를 했지만, 세무당국은 이를 거부했다.결국 SKT는 2014년 소송을 냈다. 구 부가가치세법 제13조와 같은 법 시행령 제52조는 재화 또는 용역 공급시 에누리액은 과세표준액수에서 공제해 주도록 되어 있고, 장려금 및 유사 금액 등은 과세표준액수에서 공제하지 않는 것으로 규정하고 있었다. 이 사건에서는 SKT가 지원한 단말기 보조금이 부가가치세 과세표준에 포함되지 않는 이동통신용역의 공급가액에 대한 에누리액에 해당하는지 여부가 쟁점이었다. 1,2심은 단말기 보조금을 에누리액으로 볼 수 없다며 원고패소 판결했다. 원심은 "해당 보조금은 이동통신용역의 공급가액에 대한 에누리액에 해당하지 않아 이용자는 이동통신용역 공급거래에서 그 공급가액에 대한 부가가치세를 부담했을 뿐이고, 이동통신사업과 단말기 공급 사업을 함께 하는 다른 이동통신사업자들과 이동통신사업만을 하는 SKT를 동일하게 취급할 수 없다"며 "다른 이동통신사업자들의 경우와 달리 SKT가 지원하는 단말기 보조금에 대해서만 에누리액이 아니라고 보는 것은 조세중립성의 원칙 및 조세평등의 원칙에 반하지 않는다"고 판단했다. 대법원도 원심을 확정했다.

투기 목적 없이 대체주택 잔금 지급을 위해 엿새 동안 일시적으로 3주택 보유자가 된 경우까지 양도소득세 중과세율을 적용하는 것은 위법하다는 판결이 나왔다. 서울행정법원 행정12단독 최선재 판사는 지난달 10일 A 씨(소송대리인 김성규 변호사)가 강서세무서장을 상대로 낸 양도소득세 부과처분 취소소송(2021구단73167)에서 원고승소 판결했다. A 씨는 배우자와 공동으로 취득한 서울 B 아파트를 2019년 12월 C 씨에게 15억 6000만 원에 양도한 뒤, 해당 아파트가 1세대 1주택인 고가주택에 해당한다고 보고 9억 원을 초과하는 양도차익에 대해 장기보유특별공제 및 일반 세율을 적용해 양도소득세 120만여 원을 신고·납부했다. 해당 아파트를 양도할 당시 A 씨는 자신의 명의로 서울의 한 장기임대주택(아파트)을, 배우자와 공동으로 또다른 주택을 소유하고 있었다. 강서세무서는 A 씨가 B 아파트 양도 당시 조정대상지역에 1세대 3주택을 소유하고 있었다고 판단해 장기보유특별공제를 배제하고, 구 소득세법 제104조 제7항 제3호에 따른 중과세율(일반세율에 20% 가산)을 적용해 2019년 귀속 양도소득세 3678만여 원(가산세 포함)을 경정고지했다. 이에 불복한 A 씨는 조세심판원에 심판청구를 했으나 기각되자 소송을 제기했다. A 씨는 "대체주택 잔금 지급을 위해 B 아파트 잔금일을 앞당긴 것"이라며 "양도일 기준 1세대 3주택자에 해당하게 됐으나 투기의 목적이 없었고 거주이전의 목적으로 사회통념상 일시적으로 볼 수 있는 6일간 3주택을 보유할 수밖에 없었던 특별한 사정이 있었다"고 주장했다. 재판부는 "양도소득에 대한 세율은 주택 수에 따라 결정되고, 1세대가 소유하는 주택 수는 원칙적으로 거주자가 실제 소유하는 모든 주택을 대상으로 해야 한다"며 "구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항의 '국내에 주택을 3개 이상 소유하고 있는 1세대가 양도하는 주택'을 투기 목적으로 소유하는 경우에 한정해 해석할 수도 없다. A 씨의 경우 B 아파트 양도일을 기준으로 3주택을 보유하고 있었고, A 씨의 양도는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도에 해당한다"고 밝혔다. 그러나 "A 씨는 해당 주택에 장기간 거주하다가 주거를 이전하기 위해 대체주택을 취득해 이사했으므로 투기 목적이 없고, 주택거래의 현실 등에 비춰 일시적이라고 인정되는 특별한 사정이 있다"고 설명했다. 그러면서 "A 씨의 양도는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도로 보아 양도소득세를 중과할 수 없는 특별한 사정이 인정되는 경우로서 장기보유특별공제도 적용돼야 한다"며 "이와 다른 전제에서 이뤄진 강서세무서의 처분은 위법하다"고 판시했다.