<사진=연합뉴스> 네이버가 제2사옥을 신축하며 성남시 분당구청으로부터 부과받은 하수도 원인자부담금 17억여 원에 대한 취소소송을 제기했으나 1심에서 패소했다. 법원은 네이버의 신축 건물이 당초 택지개발사업에서 예정된 층수 제한 및 용적률을 초과하고 그에 따라 대통령령으로 규정된 오수 발생량을 넘었다고 판단했다. 수원지법 행정4부(재판장 공현진 부장판사)는 2월 8일 네이버가 성남시 분당구청장을 상대로 낸 하수도 원인자부담금 부과처분 취소소송(2021구합74380)에서 원고패소 판결했다. 네이버는 이번 판결에 불복해 같은 달 28일 항소했다. 네이버는 2016년 9월 당시 이재명 성남시장으로부터 성남시 분당구 지상에 업무시설 건물 신축 허가를 받고, 6차에 걸친 변경허가 끝에 2021년 8월 제2사옥을 완공했다. 하지만 성남시로부터 징수권한을 위임받은 분당구청은 하수도법 제61조, 같은 법 시행령 제35조, 성남시 하수도사용 조례 제18조 및 제20조에 따라 네이버에 17억5000여만 원의 하수도 원인자부담금을 부과했다. 이에 반발한 네이버는 "제2사옥 건물 부지는 택지개발촉진법에 따라 조성된 용지"라며 "이 건물에 관해 공공하수도 시설의 신설·증설이 요구되는 경우에는 실질적 원인자인 타행위의 사업시행자가 하수도법 제61조 제2항에 따라 하수도 원인자부담금의 부담의무자가 될 뿐이고 타행위로 조성된 용지상 건축주는 별도로 부담의무자가 될 수 없다" 등의 이유로 소송을 냈다. 재판부는 "택지개발촉진법에 따른 택지개발사업은 하수도법 제61조 제2항, 같은 법 시행령 제35조 제2항 제2호 가목에서 정한 '타행위'에 해당하므로 택지개발사업 부지에 건물을 신축할 경우 하수도 원인자부담금은 사업시행자인 한국주택공사가 부담하는 것이 원칙"이라며 "그러나 택지개발사업 준공 이후 24년 7개월 정도 지났고, 택지개발사업 준공 당시 예정했던 용도지구, 층수 제한이 모두 변경됐다"고 밝혔다. 이어 "네이버의 제2사옥은 택지개발사업에서 예정한 층수 제한과 용적률을 훨씬 초과한다"며 "층수가 높아지고 연면적이 증가할수록 오수발생량은 증가할 수밖에 없는데, 제2사옥 건물의 규모와 오수발생량은 택지개발사업에 따른 건물부지 조성 당시 예정된 범위를 훨씬 초과한다"고 판단했다. 그러면서 "제2사옥 신축은 택지개발사업에서 예정된 범위를 초과하는 특별한 사정이 있고, 건축물 신축을 통해 오수를 대통령령으로 정하는 양(10㎥) 이상 증가시켰다. 네이버는 하수도법 제61조 제1항에 따라 건축주로서 원인자부담금을 부담한다"고 판시했다. 재판부는 네이버 측의 △ 위법한 이중부과라는 주장 △ 신뢰보호의 원칙에 반한다는 주장 등에 대해서도 이유 없다고 판단했다.

제2롯데월드 취득세 산정에 잠실역 공사비용까지 포함시킨 송파구청의 처분은 관련성 없는 비용까지 산정한 처분으로 위법하다는 판결이 나왔다. 서울행정법원 행정4부(재판장 김정중 부장판사)는 5월 20일 롯데물산과 롯데쇼핑, 호텔롯데(소송대리인 법무법인 광장 마옥현·김경태·오승환 변호사)가 송파구청장을 상대로 낸 취득세 등 경정청구 거부처분 취소소송(2021구합57339)에서 원고승소 판결했다. 롯데물산과 롯데쇼핑, 호텔롯데는 서울 송파구 잠실 제2롯데월드(롯데월드타워·롯데월드몰)를 신축함에 따라 2014~2017년 송파구청에 취득세 총 1097억여 원을 납부했다. 이후 2019년 11월 롯데물산 등은 이전에 납부한 취득세에 제2롯데월드 취득과 무관한 8호선 잠실역 연결통로 설치 및 부대시설 공사 비용 등이 포함됐다며 송파구청에 173억여 원의 취득세를 돌려달라는 경정청구를 했다. 하지만 송파구는 제2롯데월드의 취득세 과세표준에 잠실역 공사비용이 포함돼야 하고, 제2롯데월드 주차장 등 공용구역은 대도시 내 법인의 본점 신축 및 지점 설치에 따라 취득한 부동산이므로 표준세율이 아닌 중과세율을 적용해야 한다는 이유로 152억여 원에 대해서만 환급하고 나머지 경정청구는 거부했다. 이에 반발한 롯데물산 등은 2020년 3월 조세심판원에 심판청구를 했으나 같은해 12월 기각되자 소송을 냈다. 재판부는 "8호선 공사범위는 잠실역과 제2롯데월드와의 연결통로 신설, 환기구 이설, 대합실 확장 등인데 연결통로 신설 공사를 제외하면 잠실역 그 자체의 효용을 증대시키는 것일 뿐 제2롯데월드와는 직접적인 관련성이 없는 것으로 보인다"고 밝혔다. 이어 "8호선 공사 서두에서 교통영향 분석, 개선 대책 사항의 일환으로 공사가 이뤄진다는 점을 명시하기는 했으나, 잠실역 공사 비용 전부가 송파구의 주장과 같이 도시교통정비법에 따라 (롯데물산 등이) 의무적으로 부담하는 비용이라고 인정하기 어렵다"고 설명했다. 그러면서 "송파구청의 처분에는 잠실역 공사비용 전부를 포함시키고 취득세 중과세율이 적용될 타워동 공용부분의 과세표준 산정방법을 그르친 위법이 있으므로 취소돼야 한다"며 "제출한 증거나 변론 전체의 취지만으로는 정당한 과세표준 및 세액을 산출할 수 없으므로 송파구청의 처분 전부를 취소한다"고 판시했다.

서울대병원에 건축된 암센터는 수도권정비계획법에서 정한 공공법인의 사무소로, 과밀부담금 부과대상인 공공청사에 해당한다는 대법원 판결이 나왔다. 대법원 특별2부(주심 조재연 대법관)는 지난달 16일 서울대병원이 서울시를 상대로 낸 과밀부담금 부과처분 취소소송(2019두32207)에서 원고패소 판결한 원심을 확정했다. 수도권정비계획법은 수도권 인구 및 산업 집중을 억제하기 위해 '인구집중유발시설'을 지정하고 과밀부담금을 부과하고 있다. 서울대병원은 1977년 '서울대 병원 설치법'에 따라 설립된 법인으로, 2015년 서울 종로구청으로부터 암센터 증축 허가를 받아 이듬해 완공했다. 감사원은 2016년 서울시 기관운영감사를 실시한 뒤 서울시에 "서울대병원 암센터 증축공사 때 발생한 과밀부담금을 부과할 것"을 요구했다. 이에 서울시는 7000여만원의 과밀부담금을 부과했다. 수도권정비계획법 제12조 1항은 과밀억제권역에 속하는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역에서 인구집중유발시설 중 공공 청사를 건축(신축 ·증축 및 공공 청사가 아닌 시설을 공공 청사로 하는 용도변경, 그 밖에 대통령령으로 정하는 용도변경)하려는 자는 과밀부담금을 내야 한다고 규정하고, 동법 제2조 3호 및 같은 법 시행령 제3조 3호 나목은 '공공법인의 사무소'를 공공청사로 보고, 연면적이 1000㎡ 이상인 경우 '인구집중유발시설'로 규정하고 있다. 1,2심은 "서울대병원은 수도권정비계획법 시행령 제3조 3호 나목에서 정한 공공법인에 해당하며 서울대병원이 증축한 암센터는 서울대병원의 사무가 행해지는 장소이므로 해당 암센터는 공공법인의 사무소"라며 "따라서 암센터는 공공법인의 사무소로서 수도권정비계획법 제2조 3호의 공공 청사에 해당돼 같은법 제12조에서 정한 과밀부담금 부과대상"이라고 판단했다. 대법원도 이같은 판단을 확정했다.

주택재개발정비사업 시행자에게 관리청이 하수도원인자부담금을 부과하려면 예상 하수 발생량만을 기준으로 삼아서는 안 되고 실제 하수 발생량과 그로 인한 공공하수도 신·증설 필요성 등을 종합적으로 고려해야 한다는 판결이 나왔다. 서울행정법원 행정5부(재판장 정상규 부장판사)는 A조합이 영등포구청장을 상대로 낸 하수도원인자부담금 부과처분 무효 확인소송(2020구합69519)에서 최근 원고승소 판결했다. A조합은 2010년 5월 도시 및 주거환경정비법에 따라 서울 영등포구 일대 약 28,300㎡(295필지)를 사업시행구역으로 하는 주택재개발정비사업 시행자로 지정된 주택재개발정비사업조합이다. A조합은 2012년 12월 이 정비사업과 관련해 영등포구청에 사업구역 내 기존 건축물 199동을 철거하고 그 위에 아파트 6개동 537세대 및 부대복리시설 건축계획을 포함하는 시업시행계획인가를 신청했다. 이에 영등포구청 도시계획과는 인·허가의제를 위한 관련 부서 협의요청을 했고, 치수방재과는 2013년 2월 A조합의 신청에 대한 검토의견으로 하수도원인자부담금 1억9000여만원을 부과해야 한다는 허가조건 및 산출내역을 회신했다. 이후 A조합은 이 정비사업과 관련해 2013년 4월 거주가구 및 신축세대가 거주하는 공동주택을 6개동으로 변경하는 내용의 사업시행계획인가를 받았다. 공공하수도 신·증설 등 종합적 고려해야 영등포구청은 2019년 2월 A조합에 하수도법 및 서울시 하수도 조례에 따라 하수도원인자부담금 2억5000여만원을 부과·고지했는데, 해당 고지서에는 하수 발생량 및 그 산출계산식은 명시돼 있지 않았다. 이에 A조합은 "구청이 사업시행계획을 인가하면서 사업구역 일대에 199동의 기존 건축물이 존재한다는 사실을 알고 있었음에도, 기존 건축물의 하수발생량 345.51㎡를 공제하지 않아 위법하다"며 소송을 냈다. 재판부는 "영등포구청은 정비사업 시행으로 신축되는 공공주택 등 건축물의 면적 또는 인구수에 근거해 산출한 '예상 하수 발생량'만을 기준으로 원인자부담금을 산정해 부과했다"며 "그에 따라 하수 발생량이 증가됐는지 또는 증가할 것으로 예상되는지, 그로 인해 공공하수도의 신설·증설 등이 필요하게 되거나 기존 공공하수도의 처리량이 증가되는지 등을 확인하지 않은 채 부담금을 산정해 위법하다"고 밝혔다. 이어 "서울시 하수도 조례 및 하수도조례규칙 관련 규정의 문언적·합리적 해석에 의하더라도 당연히 기존 하수 발생량을 제외한 다음, 이를 제외하고도 산출되는 하수 발생량이 있을 것을 전제로 원인자부담금이 부과돼야 한다고 규정돼 있다"며 "구청은 이에 대한 구체적인 판단을 해보지도 않은 채 하수도법을 위반해 A조합에 부담금을 부과해 그 하자가 중대하고도 명백하다"고 판시했다.

오피스텔이 실제 주거용도로 사용되고 있더라도 조세특례제한법상 부가가치세 면제대상은 아니라는 대법원 판결이 나왔다. 공급 당시 공부상 용도가 '업무시설'이기 때문에 면세대상인 국민주택이 아니라는 취지다. 대법원 특별2부(주심 안철상 대법관)는 A씨가 북인천세무서장을 상대로 낸 부가가치세 부과처분 취소소송(2020두44749)에서 최근 원고승소 판결한 원심을 파기하고 사건을 서울고법으로 돌려보냈다. A씨는 2014년 인천에서 지하 2층, 지상 14층 규모의 주상복합건물을 신축해 분양했다. 이 건물은 근린생활시설과 오피스텔 등으로 이뤄졌다. 조세특례제한법 등은 '국민주택 공급에 대해서는 부가가치세가 면제된다'고 규정하면서 '국민주택 규모는 주거의 용도로만 쓰이는 면적이 1세대당 85㎡이하인 주택'이라고 정했다. A씨는 2014년 부가가치세를 신고 납부하면서 '주거용도로 쓰이는 1세대당 85㎡이하 오피스텔 36세대는 국민주택에 해당하므로 부가가치세 면제대상'이라고 판단해 신고대상에서 제외했다. 하지만 세무당국은 "오피스텔은 부가가치세 면제대상이 아니다"라며 4억5000여만원을 경정·고지했다. 이에 반발한 A씨는 소송을 냈다. 재판부는 "특별한 사정이 없는 한 공급 당시 공부상 용도가 '업무시설'인 '오피스텔'은 규모가 주택법에 따른 국민주택 규모 이하인지 여부와 관계없이 '국민주택'에 해당한다고 볼 수 없다"며 "공급하는 건축물이 '오피스텔'의 요건을 충족해 공부상 '업무시설'로 등재됐다면, 사실상 주거용도로 사용될 수 있는 구조와 기능을 갖췄다 하더라도 면세조항 적용대상이 아니다"라고 밝혔다. 그러면서 "오피스텔에 해당하는지 여부는 원칙적으로 공급 당시의 공부상 용도를 기준으로 판단해야 한다"며 "이후 실제로 주거의 용도로 사용되고 있다고 하더라도 부가가치세 면제대상에서 제외된다"고 판시했다. 앞서 1심은 "오피스텔은 주택이 아니므로 부가가치세 면제 대상에 해당하지 않는다"며 원고패소 판결했다. 하지만 2심은 "A씨가 공급한 오피스텔은 실질상 주택에 해당한다"면서 "부가가치세 면제대상이므로 세무당국이 A씨에게 부과한 부가가치세 4억5000여만원을 취소하라"며 A씨의 손을 들어줬다.

형제들이 부모로부터 다세대 주택을 상속한 경우와 같이 여러 사람이 공동으로 소유한 주택을 임대하는 경우, 임대호수를 계산할 때에는 개별지분별로 계산할 것이 아니라 각자가 그 임대주택 전체를 임대한 것으로 봐야 한다는 대법원 판결이 나왔다. 양도세 감면 등 세제 혜택도 이에 따라 줘야 한다는 취지다. 대법원 특별3부(주심 김재형 대법관)는 곽모씨가 "1억8600여만원의 양도소득세 부과처분을 취소해달라"며 서울 용산세무서장을 상대로 낸 양도소득세 부과처분 취소소송(2014두42254)에서 원고패소 판결한 원심을 파기하고 최근 사건을 서울고법으로 돌려보냈다. 곽씨는 2003년 11월 사망한 아버지로부터 18호짜리 다세대 주택의 9분의 2 지분을 상속 받아 어머니, 형제들과 주택 임대를 계속하다가 임대기간 합산이 10년이 넘자 지분을 부동산임대업자에게 양도했다. 구 조세특례제한법 제97조 1항 등은 '임대주택을 5호 이상 임대하는 거주자가 1986년 1월 1일부터 2000년 12월 31일까지의 기간 중 신축된 국민주택 등을 2000년 12월 31일 이전에 임대를 개시하여 10년 이상 임대한 후 양도하는 경우 그 임대주택의 양도로 인한 양도소득세를 면제한다'고 규정돼 있었다. 곽씨는 양도소득세 전액을 감면세액으로 신고했으나, 용산세무서는 "전체 주택의 호수에 곽씨의 지분을 곱하면 '18 × 2/9 = 4'가 되어 5호에 미달한다"면서 "양도소득세 감면대상이 아니다"라며 양도소득세를 부과했다. 이에 곽씨는 소송을 냈다. 1,2심은 세무서의 손을 들어줬지만 대법원의 판단은 달랐다. 대법원은 "여러 사람이 공동으로 소유하는 주택을 임대해 공동사업을 하는 경우 임대주택의 호수를 계산할 때에는 공동소유자 각자가 그 임대주택을 임대한 것으로 봐야 한다"면서 "이는 임대인이 사망한 후 공동상속인이 함께 임대사업을 하는 경우에도 적용된다"고 밝혔다. 이어 "조세특례제한법 등에는 임대주택의 호수를 산정하는 방법에 관한 아무런 규정이 없으므로 공동사업자별로 각 임대주택의 지분비율을 합산해 그 호수를 계산하는 것은 허용되지 않는다"며 "각 임대주택마다 위치, 면적, 관리상태 등에 따라 그 가액이 다를 수밖에 없는데도 각 지분비율을 단순 합산해 공동소유 주택의 호수를 계산한다는 것은 아무런 합리성이 없을 뿐만 아니라 법적 근거도 없다"고 설명했다. 그러면서 "원심은 상속지분비율로 환산하면 곽씨가 임대한 임대주택의 수는 4호가 되어 조세특례제한법상 이 사건 특례조항의 요건을 충족하지 못한다면서 과세처분이 적법하다고 판단했는데, 이러한 원심 판단에는 특례조항의 임대주택 호수 산정 방법에 관한 법리를 오해하여 판결 결과에 영향을 미친 잘못이 있다"고 지적했다.

현행 중소기업창업지원법은 농지에 제조업을 위한 공장을 지으면 농지보전부담금(농지를 다른 용도로 사용하는 경우 부과하는 세금)을 면제시켜 준다. 제조업 설립을 장려해 중소기업 발전을 도모한다는 취지다. 그러나 단순히 포장육을 잘라서 판매하는 사업은 '제조업'으로 볼 수 없어 이 같은 혜택을 받을 수 없다는 판결이 나왔다. 부산고법 행정2부(재판장 손지호 부장판사)는 축산물 가공·유통업체인 H사가 부산 강서구청장을 상대로 낸 농지보전부담금처분 취소소송(2016누21886)에서 최근 원고승소한 1심 판결을 취소하고 원고패소 판결했다. 재판부는 "사업장의 성격은 업주의 주관적 의사와 영업형태 뿐 아니라 사업장의 객관적 용도, 법규의 제한사항 등을 종합해 판단해야 한다"면서 "투입된 원재료를 성질이 다른 새로운 제품으로 전환시키는 산업활동은 제조업으로 볼 수 있지만 그 상품의 본질적 성질을 변화시키지 않고 상품을 선별, 정리, 분할, 재포장하는 경우에는 그렇지 않다"고 설명했다. 이어 "H사는 냉동과정을 거친 삼겹살, 갈비 등 포장육을 구입한 다음 절단기를 이용해 다시 작게 나누고 재포장하는 과정을 거쳐 판매한다"며 "이는 개념표지상 단순한 '식육판매업'으로서 농지보전부담금을 면제받을 수 있는 제조업에 해당하지 않는다"고 판시했다. 축산물 유통과 가공을 목적으로 설립된 H사는 사세가 확장되자 2015년 6월 부산 강서구에 농지 1405㎡를 매수해 2층 건물을 신축했다. H사는 자신들의 사업이 식료품 제조업의 일종인 '기타 육류 가공 및 저장처리업'에 해당한다며 관할청에 농지보전부담금을 면제해 달라고 했다. 하지만 부산 강서구청은 2016년 8월 H사의 업태를 제조업으로 보기 힘들다며 농지보전부담금 7000만원을 부과했다. 이에 H사는 같은해 10월 "농지보전부담금 처분을 취소하라"며 소송을 냈고, 1심은 관할청의 처분이 잘못됐다며 H사의 손을 들어줬다.

여러 단계에 걸쳐 이뤄진 사업이라도 각각의 사업이 기존 사업과 구분되는 별개의 독립된 사업이라고 보기 어렵다면 과세 대상인 매입세액은 사업 전체를 기준으로 산정해야 한다는 대법원 판결이 나왔다. 대법원 특별3부(주심 박병대 대법관)는 서울시 농수산식품공사가 송파세무서장을 상대로 낸 부가가치세 경정거부처분 취소소송(2016두51788)에서 원고승소 판결한 원심을 깨고 최근 사건을 서울고법으로 돌려보냈다. 공사는 2010년 7월 송파구 가락시장 현대화 사업을 3단계에 걸쳐 추진하기로 했다. 2011년 6월 사업부지에 판매동 6개동과 관리업무동 1개동의 총 7개 건물을 신축하는 1단계 사업에 착수해 2015년 완료했다. 그런데 1단계 사업 완료 무렵까지도 2,3단계 사업은 자체 계획만 수립된 상태였기 때문에 2,3단계 사업이 예정된 부지에서는 기존과 동일한 방식으로 도매시장 관리사업과 부동산임대업 등을 계속하고 있었다. 그러다 부가가치세를 납부하는 과정에서 세무서와 다툼이 생겼다. 공사는 1단계 사업만 기준으로 매입세액을 계산해야 한다고 주장했지만, 세무서는 1단계 사업만이 아니라 1~3단계 사업 전체를 기준으로 과세처분을 내렸기 때문이다. 공사는 이에 불복해 소송을 냈다. 대법원은 "공사가 추진한 가락시장 현대화 사업은 농수산물의 초과 반입 및 도소매 시설의 혼재로 인한 혼잡과 유통비용의 증가를 해소하기 위해 3단계에 걸쳐 주요시설을 재건축하는 내용으로 진행됐다"며 "그 과정에서 기존 상인들의 영업이 일시에 중단되지 않고 계속 유지될 수 있도록 단계별 순환개발 방식을 택해 현대화사업이 진행되는 단계에 맞춰 단일사업장인 가락시장 사업장의 부지를 3분해 , 1단계가 진행되는 중에는 1단계 해당 부지에서 영업을 하던 상인들이 가락시장 사업장 내의 다른 부지로 옮겨 영업을 계속할 수 있게 했고 이후 2,3단계가 순차적으로 진행되는 중에도 같은 방식으로 각 해당 부지에서 영업을 하던 상인들로 하여금 이미 공사가 마쳐졌거나 시행되기 전의 부지로 옮겨 영업을 지속할 수 있도록 할 예정이었다"고 밝혔다. 이어 "이처럼 공사는 1단계 사업이 진행되는 중에도 기존의 사업을 계속적으로 영위했고 이 사건 사업은 가락시장 사업장 내의 시설을 현대화하는 등 기존 사업의 영업여건을 개선하기 위해 추진된 것일 뿐이므로 1단계 사업만을 기준으로 매입세액을 계산한 원심의 판단은 잘못"이라고 판시했다. 앞서 1,2심은 "가락시장 현대화 사업은 단계별로 시기를 달리해 진행하기로 함으로써 1단계 사업에 대해서만 먼저 실시계획인가를 받아 공사를 진행했고, 1단계 사업이 완료된 후 순차적으로 2,3단계 사업에 대한 실시계획인가를 받아 공사를 진행할 예정이었으므로 각 단계 사업에 투입된 매입세액은 사업단계별로 구분할 수 있다"며 "매입세액과 직접적인 관련성이 없는 2,3단계 사업까지 함께 고려해 계산하는 것은 공통매입세액의 실지귀속원칙에 비춰 봐도 부당하다"며 공사 측의 손을 들어줬다.

대학 캠퍼스 안에 설치된 카페와 영화관 등은 학생들을 위한 후생복지시설이 아니므로 재산세 면제 대상이 아니라는 판결이 나왔다. 서울고법 행정1부(재판장 최상열 부장판사)는 이화여대를 운영하는 학교법인 이화학당이 서대문구청장을 상대로 낸 재산세 등 부과처분 취소소송(2015누60664)에서 1심과 같이 "캠퍼스 내 카페와 영화관은 교육면세 대상이 아니다"라며 사실상 원고패소 판결했다. 하지만 과세대상이 되는 시설의 면적을 정확히 계산해 과세를 다시 하라며 과세처분을 취소했다. 재판부는 "이화캠퍼스복합단지(ECC) 안에 들어선 카페와 영화관 등은 대학교의 교육목적 달성과 특별한 연관성을 찾기 힘들다"며 "은행과 복사점, 편의점 등 일부 시설은 학내 구성원들의 복지후생에 기여하는 바가 있는 것이 사실이지만, '공급되는 재화나 용역의 대가'를 넘어서는 임대수익을 거두고 있으므로 재산세 면제가 될 수 없다"고 밝혔다. 재판부는 다만 "카페, 영화관, 음식점 등 이 사건의 쟁점이 된 ECC 내 18곳의 면적 외에 세액 계산에 필요한 공용 부분의 면적 등을 인정할 자료가 없어 정당한 세액을 산출할 수 없다"며 "서대문구청의 처분을 전부 취소할 수밖에 없다"고 밝혔다. 이화학당은 2008년 3월 서울 서대문구 이대 캠퍼스 안에 ECC를 신축하고 '교육연구시설'로 등록해 부동산에 관한 재산세 등을 감면받았다. 지방세특례제한법 제41조는 학교가 과세기준일 현재 해당 사업에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세를 면제하도록 하고 있다. 다만 수익사업에 사용하는 경우와 해당 재산이 유료로 사용되는 경우, 해당 재산 일부가 목적에 사용되지 않는 경우 그 일부 재산에 대해서는 면제하지 않는다고 규정하고 있다. 이화학당은 2008년 4월 이 건물 일부를 '근린생활시설' 등으로 용도변경하고 같은 해 7월 건물의 다른 부분을 문화 및 집회시설로 용도변경했다. 이후 이 건물에 카페, 예술영화관, 음식점, 서점, 편의점 등이 들어섰다. 서대문구청은 "이대가 ECC를 임대사업에 사용하고 있어 교육사업에 직접 사용하는 것으로 볼 수 없다"며 2010년부터 2014년까지 감면받은 재산세 2억3700여만원을 비롯, ECC 건물 부속토지 등에 대한 재산세 1억4700여만원 등 총 3억8500여만원의 세금을 부과했다. 이화학당은 "ECC는 이대 내 유동인구가 가장 많은 장소에서 후생복지시설 용도로 사용되고 있으므로 교육사업에 직접 사용되고 있다고 봐야 한다"면서 2014년 10월 소송을 냈다. 1심은 "ECC는 학교 교육목적 달성에 필수적이거나 대학교의 이용 편의와 불가분적으로 결합된 시설이라 볼 수 없다"며 사실상 원고패소 판결했다.

빌라 거주자들이 재건축이 끝나고 신축건물에 재입주하면서 그간 거주 목적으로 보유하고 있던 다른 주택을 팔 경우 1세대 1주택 양도소득세 면제 혜택을 줘야한다는 대법원 판결이 나왔다. 법원은 거주자들이 신축한 건물 일부 세대를 제3자에게 판매해 일시적으로 주택건설사업자의 지위를 갖게 됐더라도 양도세 면제 대상에서 제외하는 것은 부당하다고 판단했다. 구 조세특례법 제99조의3은 일정 기간 사이에 사용승인을 받은 재건축 주택에 대해서는 당해 거주자의 소유주택으로 보지 않으면서, 거주자가 다른 주택을 취득하고 양도할 때 여전히 1세대 1주택자로 취급해 양도세를 부과하지 않도록 규정했다. 다만 주택건설사업자에게는 면제 혜택을 주지 않았다. 대법원 행정3부(주심 권순일 대법관)는 자신의 주택을 팔면서 양도세 면제 혜택을 받지 못한 이모씨가 "양도세 5400여만원의 부과처분을 취소해 달라"며 강서세무서장을 상대로 낸 양도소득세 부과처분 취소소송 상고심(2014두36709)에서 원고패소 판결한 원심을 파기하고 지난달 23일 사건을 서울고법으로 돌려보냈다. 재판부는 판결문에서 "이씨가 자신이 살던 빌라를 기존 12세대에서 19세대 건물로 재건축하면서 늘어난 7세대를 타인에게 팔아 양도세 면제 혜택을 받지 못하는 주택건설사업자의 지위를 얻게 됐더라도, 자신이 보유·거주하던 세대는 일반 실수요자의 입장에서 취득한 것이어서 양도소득세 면제 대상으로 취급해야 한다"고 밝혔다. 재판부는 "구 조세특례법 제99조의3 제1항과 2항은 재건축으로 신축한 주택과 그 외의 주택을 보유한 거주자가 그 외의 주택을 양도할 때 양도세를 부과하지 않도록 규정했는데 이는 새로 건설되는 주택에 대한 매입수요를 창출하고 실수요자의 주택 신축을 장려함으로써 건설경기를 활성화하려는 취지에서 마련된 것"이라고 설명했다. 이어 "이러한 입법 취지를 고려하면 주택건설사업자가 일반 실수요자 입장에서 주택을 취득하는 것을 일반 거주자의 주택 취득과 달리 취급할 합리적인 이유가 없다"고 설명했다. 이씨는 1989년 11월 서울 강서구 염창동에 있는 A빌라 12세대 중 303호를 사들인 뒤 다른 거주자들과 함께 재건축 사업에 착수해 2001년 19세대 건물을 완공했다. 이후 이씨와 거주자들은 부동산신축판매업 등록을 한 뒤 늘어난 7세대를 제3자에게 판매하고 이씨는 501호에 입주해 계속 거주했다. 이후 이씨가 서울 마포구에 소유하던 주택을 양도하자 강서세무서는 "1세대 1주택 양도에 해당하지 않는다"는 이유로 양도소득세 부과처분을 했다. 원심은 "구 조세특례제한법 제99조의3 제1항에서는 양도소득세의 과세특례의 적용요건을 정함에 있어서 거주자로서 주택건설사업자가 아닐 것, 대통령령이 정하는 지역 외의 지역에 소재하는 신축주택을 취득할 것 등을 정하고 있을 뿐, 그 신축주택을 거주할 목적으로 취득해야 한다거나 판매 목적으로 취득하는 것이 아닐 것 등을 요건으로 하고 있지는 않은 점 등에 비춰 보면 과세특례를 적용할 수 없다"며 원고패소 판결을 했다.