대학교수 A씨와 의사인 B씨 부부는 어린 두 자녀와 함께 2007년 9월 부동산 매매·임대업을 하는 C사 주식을 100% 인수했다. 이후 남편 A씨는 C사 감사로, 아내 B씨는 대표이자 사내이사로 취임했다. 다른 임원은 없었다. A씨 부부가 C사 임원의 전부였다. 두 아들은 대주주였다. 2011년 1월 A씨 부부는 임시주주총회를 열어 임원인 자신들의 급여와 상여금, 퇴직금 등으로 70억여원을 지급하고 이 금액을 법인 손금에 산입해 법인세 신고를 했다. 하지만 세무당국은 "주총날이 월요일이라 B씨는 진료를 보고 두 아들은 학교에 가느라 총회에 참석하기 어려웠을 것"이라며 "총회는 실제로 열리지 않았고 금액이 객관적이지도 않다"며 C사에 11억원의 세금을 추가로 납부하라고 통지했고, C사는 이에 반발해 소송을 냈다.
대법원 특별1부(주심 이기택 대법관)는 C사가 "임원들에게 지급한 퇴직금이 과다하다고 손금 산입을 인정해주지 않은 것은 부당하다"며 금천세무서와 서울지방국세청을 상대로 낸 법인세 등 부과처분 취소소송(2015두53398)에서 원고승소 판결한 원심을 깨고 최근 사건을 서울고법으로 돌려보냈다.
재판부는 "법인세법 제26조 1호는 '인건비' 가운데 '과다하거나 부당하다고 인정되는 금액'은 손금에 산입하지 않도록 규정하고 있다"며 "가족관계 등 밀접한 관계에 있는 자가 퇴직임원으로서 급격하게 인상된 퇴직급여를 받게 됐고 그에 따라 실제로 지급된 퇴직급여액이 근속기간과 근무내용에 비춰볼 때 도저히 근로나 공헌에 대한 대가라고 보기 어려운 과도한 금액일 때는 손금에 산입할 수 없다"고 밝혔다. 이어 "C사는 A씨 부부가 그의 자녀들과 함께 발행 주식 전부를 보유하면서 임원으로 있는 회사이고, A씨 부부에게 지급된 퇴직금은 이들의 공로 등을 감안하더라도 지나치게 많은 액수"라며 "C사가 문제의 퇴직금을 지급한 이후 자금부족을 겪었던 점 등을 감안할 때 문제의 퇴직금은 C사가 임원이자 주주인 A씨 부부에게 퇴직급여의 형식을 빌려 법인자금을 분여하기 위한 일시적인 방편에 불과하고 이에 대해 법인세를 내지 않은 것은 잘못"이라고 설명했다.
앞서 1,2심은 "B씨의 진료가 예약제로 이뤄져 주총에 참석할 수 있었을 것이고 두 아들은 부모가 대리할 수 있었을 것"이라며 "퇴직금 지급금액도 과하다고 보기 어렵다"며 원고승소 판결했다.