개발사업 시행자가 취득한 개발지를 개발사업자에게 20~30년 임대 후에 매각하기로 정하고 계약을 맺었다면 취득한 개발지는 '일시 취득한 부동산'에 해당하지 않아 취득세 감면을 받을 수 없다는 판결이 나왔다. 인천지법 행정1부(재판장 조의연 부장판사)는 지난달 24일 인천경제자유구역 청라지구 개발사업 시행자인 한국토지주택공사가 인천광역시 서구청을 상대로 낸 취득세 등 경정청구 거부처분 취소소송(2013구합10544)에서 한국토지주택공사의 청구를 기각했다. 재판부는 "한국토지주택공사는 취득한 땅이 '제3자에게 공급할 목적으로 일시 취득한 부동산'에 해당해 구청이 취득세 등을 면제해야 한다고 주장한다"며 "그러나 임대 후 매각 방안은 내부 위원회의 사업결정 과정에서 도출한 것에 불과하고, 법령이나 계약상 공사가 임대기간 종료 후 토지를 매각해야 할 의무를 부담하고 있지 않으므로 일시 취득했다고 볼 수 없어 감면 대상이 아니다"고 밝혔다. 재판부는 "한국토지주택공사의 토지를 취득한 뒤 제3자에게 20~30년 임대하는 방식은 사회통념상 취득한 토지를 장기간 보유하면서 관리·수익하는 것으로 봐야지 일시적 취득이라고 보기 어렵다"며 "또 한국토지주택공사법에는 '공급'과 '임대'를 구분하고 있어 감면 규정에서 말하는 '공급'에는 소유권을 넘기지 않는 '임대'는 포함되지 않는다"고 설명했다. 2003년 인천경제자유구역 개발사업 시행자로 지정된 한국토지공사는 땅 1000여만㎡를 7900여억원에 샀다. 한국토지공사는 이 땅이 '제3자에게 공급할 목적으로 일시 취득한 부동산'에 해당한다고 판단해 구청에 취득세와 등록세 감면신청을 해 세금을 면제받았다. 2006년 공사는 자체 위원회 논의를 거쳐 토지를 임대 후 매각하기로 결정하고 2007년 블루아일랜드개발과 130만㎡에 대해 20년 임대차 계약을 체결했다. 2011년 블루아일랜드개발이 골프장을 준공을 위해 건축승인을 내 토지 지목이 농지에서 체육시설로 변경되자 공사는 다음 해 지목 변경에 따른 취득세 등 세금 24억여원을 납부했다. 공사는 "토지가 일시 취득하는 부동산에 해당해 취득세 감면 대상"이라며 경정청구를 했고 구청이 거부하자 소송을 냈다.

당초 조세감면결정을 받았던 기술이 시간이 흘러 보편적인 기술이 됐다면 조세감면대상에서 제외해도 신뢰보호원칙을 위반한 것이 아니라는 대법원판결이 나왔다. 대법원 특별2부(주심 전수안 대법관)는 수질오염물질처리사업체 (주)A사가 기획재정부를 상대로 낸 조세감면거부처분 취소소송 상고심(2008두19659)에서 원고승소 판결한 원심을 깨고 사건을 최근 서울고법으로 돌려보냈다. 재판부는 판결문에서 "국립환경연구원은 2002년 이 사건 기술현황에 대해 2001년부터 2002년까지 국내 26개 업체가 이 기술 또는 유사한 환경신기술 보유업체로 지정받은 점을 근거로 해 원고의 기술은 국내의 활발한 기술개발로 인해 상용화됨으로써 기술이전효과가 미약하다는 취지의 의견을 표명했다"고 밝혔다. 재판부는 이어 "이 사건 투자는 이 같은 의견표명이 있은 후에 이뤄졌고 법에서 말하는 기술은 신규성과 고도성 및 파급력 등을 요건으로 하므로 시간의 경과에 따라 그 해당여부에 대한 판단이 달라질 수밖에 없다"고 설명했다. 따라서 재판부는 "기재부가 사정변경으로 이 기술이 법에서 정한 기술에 해당하지 않게 된 이후에 이뤄진 투자에 대해서도 조세감면대상사업에 해당한다는 견해표명을 했다고 할 수 없어 이 사건 처분이 사전확인통보의 취지에 반한다고 하더라도 신의성실의 원칙에 위반된다고 할 수 없다"고 판단했다. 하수처리시설의 건설 등을 위해 2001년 설립된 A사는 인천광역시와 협약을 체결하고 사업을 하던 중 자신들의 사업이 조세특례제한법에서 정한 '고도의 기술'을 이용하고 외국인의 투자를 받았다며 기획재정부에 조세감면신청을 해 조세감면결정을 받았다. 이후 A사는 2004년께 사업을 진행하면서 다시 기재부에 조세감면신청을 했으나 거부당하자 소송을 냈다. 1심은 "시간이 지나면 조세감면대상에 해당하는지 여부는 달라질 수 있어 이 사건 처분이 신뢰보호원칙에 위배된다고 할 수 없다"며 원고패소 판결했다. 그러나 2심은 이를 뒤집어 원고승소 판결을 내렸다. 현행 조세특례법은 '고도의 기술을 수반하는 사업, 국내에서 개발수준이 낮거나 개발이 되지 않은 기술을 수반하는 사업으로서 국내사업의 국제경쟁력 강화를 위해 필요하다고 인정되는 사업'에 대해서는 법인세 등을 감면한다고 규정하고 있다.

세금회피를 위해 제3국에 페이퍼컴퍼니를 만들어 선박을 매입한 회사에 취득세를 부과한 것은 정당하다는 대법원판결이 나왔다. 대법원의 판결로 수십년간 관행적으로 외국에 조세를 회피할 목적으로 페이퍼컴퍼니를 세워 선박을 등록해온 해운회사들의 관행에 제동이 걸렸다. 지금까지 우리나라 해운사들은 조세·인건비 등이 유리한 파나마 등에 페이퍼컴퍼니를 세워 선박을 등록해 왔지만 이는 경영기법의 하나로 여겨져 크게 문제가 되지 않았었다. 대법원 행정1부(주심 이홍훈 대법관)는 A해운회사가 외국에 페이퍼컴퍼니를 만들고 선박을 매입한 것에 대해 인천 중구가 취득세 등을 부과하자 A사가 인천 중구를 상대로 낸 취득세등 부과처분취소소송 상고심(☞2008두10591)에서 원고승소 판결한 원심을 깨고 사건을 최근 서울고법으로 돌려보냈다. 재판부는 판결문에서 "A사는 해외에 설립한 R사 등과 선박에 관한 계약을 체결해 짧게는 1997년, 길게는 2007년까지 선박을 자신의 해운사업에 사용했고 R사는 자본금이 1달러에 불과하고 아무런 인적조직과 물적시설을 갖지 않는 명목회사이며 A사가 R사 등에 사용료를 지급하면 그들이 다시 이를 선박 원소유주에 지급했는데 그 업무일체를 A사가 관장했다"고 설명했다. 따라서 재판부는 "R사는 선박계약의 명의상 당사자일 뿐이고 A사가 계약의 실질적인 당사자임에도 원심이 계약의 실질적 당사자를 R사로 봐 인천 중구청이 A사에 취득세 등을 부과한 것이 위법하다고 판단했다"며 이는 "실질과세의 원칙 등에 관한 법리를 오해해 위법하다"고 판단했다. A사는 1994~2004년 파나마 등지에 페이퍼컴퍼니인 R사를 세워 해외에서 12척의 선박을 사들였다. 이에 대해 인천광역시 중구청이 "페이퍼컴퍼니가 체결한 계약은 경제적 실체가 없고 원고가 계약에 의해 실질적으로 선박을 취득했다"며 2005년 취득세와 농어촌특별세 등을 합쳐 39억원의 세금을 부과했다. A사는 이에 불복해 소송을 냈다.