여러 단계에 걸쳐 이뤄진 사업이라도 각각의 사업이 기존 사업과 구분되는 별개의 독립된 사업이라고 보기 어렵다면 과세 대상인 매입세액은 사업 전체를 기준으로 산정해야 한다는 대법원 판결이 나왔다. 대법원 특별3부(주심 박병대 대법관)는 서울시 농수산식품공사가 송파세무서장을 상대로 낸 부가가치세 경정거부처분 취소소송(2016두51788)에서 원고승소 판결한 원심을 깨고 최근 사건을 서울고법으로 돌려보냈다. 공사는 2010년 7월 송파구 가락시장 현대화 사업을 3단계에 걸쳐 추진하기로 했다. 2011년 6월 사업부지에 판매동 6개동과 관리업무동 1개동의 총 7개 건물을 신축하는 1단계 사업에 착수해 2015년 완료했다. 그런데 1단계 사업 완료 무렵까지도 2,3단계 사업은 자체 계획만 수립된 상태였기 때문에 2,3단계 사업이 예정된 부지에서는 기존과 동일한 방식으로 도매시장 관리사업과 부동산임대업 등을 계속하고 있었다. 그러다 부가가치세를 납부하는 과정에서 세무서와 다툼이 생겼다. 공사는 1단계 사업만 기준으로 매입세액을 계산해야 한다고 주장했지만, 세무서는 1단계 사업만이 아니라 1~3단계 사업 전체를 기준으로 과세처분을 내렸기 때문이다. 공사는 이에 불복해 소송을 냈다. 대법원은 "공사가 추진한 가락시장 현대화 사업은 농수산물의 초과 반입 및 도소매 시설의 혼재로 인한 혼잡과 유통비용의 증가를 해소하기 위해 3단계에 걸쳐 주요시설을 재건축하는 내용으로 진행됐다"며 "그 과정에서 기존 상인들의 영업이 일시에 중단되지 않고 계속 유지될 수 있도록 단계별 순환개발 방식을 택해 현대화사업이 진행되는 단계에 맞춰 단일사업장인 가락시장 사업장의 부지를 3분해 , 1단계가 진행되는 중에는 1단계 해당 부지에서 영업을 하던 상인들이 가락시장 사업장 내의 다른 부지로 옮겨 영업을 계속할 수 있게 했고 이후 2,3단계가 순차적으로 진행되는 중에도 같은 방식으로 각 해당 부지에서 영업을 하던 상인들로 하여금 이미 공사가 마쳐졌거나 시행되기 전의 부지로 옮겨 영업을 지속할 수 있도록 할 예정이었다"고 밝혔다. 이어 "이처럼 공사는 1단계 사업이 진행되는 중에도 기존의 사업을 계속적으로 영위했고 이 사건 사업은 가락시장 사업장 내의 시설을 현대화하는 등 기존 사업의 영업여건을 개선하기 위해 추진된 것일 뿐이므로 1단계 사업만을 기준으로 매입세액을 계산한 원심의 판단은 잘못"이라고 판시했다. 앞서 1,2심은 "가락시장 현대화 사업은 단계별로 시기를 달리해 진행하기로 함으로써 1단계 사업에 대해서만 먼저 실시계획인가를 받아 공사를 진행했고, 1단계 사업이 완료된 후 순차적으로 2,3단계 사업에 대한 실시계획인가를 받아 공사를 진행할 예정이었으므로 각 단계 사업에 투입된 매입세액은 사업단계별로 구분할 수 있다"며 "매입세액과 직접적인 관련성이 없는 2,3단계 사업까지 함께 고려해 계산하는 것은 공통매입세액의 실지귀속원칙에 비춰 봐도 부당하다"며 공사 측의 손을 들어줬다.

대학교수 A씨와 의사인 B씨 부부는 어린 두 자녀와 함께 2007년 9월 부동산 매매·임대업을 하는 C사 주식을 100% 인수했다. 이후 남편 A씨는 C사 감사로, 아내 B씨는 대표이자 사내이사로 취임했다. 다른 임원은 없었다. A씨 부부가 C사 임원의 전부였다. 두 아들은 대주주였다. 2011년 1월 A씨 부부는 임시주주총회를 열어 임원인 자신들의 급여와 상여금, 퇴직금 등으로 70억여원을 지급하고 이 금액을 법인 손금에 산입해 법인세 신고를 했다. 하지만 세무당국은 "주총날이 월요일이라 B씨는 진료를 보고 두 아들은 학교에 가느라 총회에 참석하기 어려웠을 것"이라며 "총회는 실제로 열리지 않았고 금액이 객관적이지도 않다"며 C사에 11억원의 세금을 추가로 납부하라고 통지했고, C사는 이에 반발해 소송을 냈다. 대법원 특별1부(주심 이기택 대법관)는 C사가 "임원들에게 지급한 퇴직금이 과다하다고 손금 산입을 인정해주지 않은 것은 부당하다"며 금천세무서와 서울지방국세청을 상대로 낸 법인세 등 부과처분 취소소송(2015두53398)에서 원고승소 판결한 원심을 깨고 최근 사건을 서울고법으로 돌려보냈다. 재판부는 "법인세법 제26조 1호는 '인건비' 가운데 '과다하거나 부당하다고 인정되는 금액'은 손금에 산입하지 않도록 규정하고 있다"며 "가족관계 등 밀접한 관계에 있는 자가 퇴직임원으로서 급격하게 인상된 퇴직급여를 받게 됐고 그에 따라 실제로 지급된 퇴직급여액이 근속기간과 근무내용에 비춰볼 때 도저히 근로나 공헌에 대한 대가라고 보기 어려운 과도한 금액일 때는 손금에 산입할 수 없다"고 밝혔다. 이어 "C사는 A씨 부부가 그의 자녀들과 함께 발행 주식 전부를 보유하면서 임원으로 있는 회사이고, A씨 부부에게 지급된 퇴직금은 이들의 공로 등을 감안하더라도 지나치게 많은 액수"라며 "C사가 문제의 퇴직금을 지급한 이후 자금부족을 겪었던 점 등을 감안할 때 문제의 퇴직금은 C사가 임원이자 주주인 A씨 부부에게 퇴직급여의 형식을 빌려 법인자금을 분여하기 위한 일시적인 방편에 불과하고 이에 대해 법인세를 내지 않은 것은 잘못"이라고 설명했다. 앞서 1,2심은 "B씨의 진료가 예약제로 이뤄져 주총에 참석할 수 있었을 것이고 두 아들은 부모가 대리할 수 있었을 것"이라며 "퇴직금 지급금액도 과하다고 보기 어렵다"며 원고승소 판결했다.

임차인이 업무용 오피스텔을 주거용으로 사용해 임대인이 부가가치세를 환급받지 못했더라도 임대인은 임차인에게 손해배상을 받을 수 없다는 판결이 나왔다. 임대차계약서의 부동산 용도란의 기재는 건축법상 용도를 분류한 표시일 뿐 사용방법을 제한한 것으로 볼 수 없다는 취지다. 서울중앙지법 민사88단독 전서영 판사는 10일 오피스텔 소유자 유모씨가 "오피스텔을 업무용으로 쓰기로 해놓고 주거용으로 사용해 세금을 물게됐으니 2540만원을 배상하라"며 전 임차인 심모씨와 김모씨를 상대로 낸 손해배상 청구소송(2014가단45902)에서 원고패소 판결했다. 전 판사는 판결문에서 "임대차계약서 용도란의 기재는 건축법상 오피스텔 용도가 업무시설로 분류된다는 걸 표시한 것이지 오피스텔의 사용방법을 제한한 약정으로 볼 수 없다"고 밝혔다. 유씨는 경기도 수원시 팔달구의 오피스텔 한 채를 분양받아 2009년 8월 부동산임대업으로 사업자 등록을 했다. 2010년 제1기 부가가치세를 신고하고 2540만원을 과세당국으로부터 환급받았다. 오피스텔을 분양받아 일반임대사업자 등록을 하고 부가가치세 신고를 하면 건물 가액의 10%를 환급받을 수 있다. 하지만 오피스텔을 업무용이 아닌 주거용으로 임대하다 발각되면 부가가치세법 제10조1항에 따라 환급받은 부가가치세를 다시 내야 한다. 유씨는 2010년 1월 심씨에게, 2012년 2월 김씨에게 각각 오피스텔을 임대했다. 유씨가 심씨 및 김씨와 체결한 임대차계약서 부동산 용도란엔 '업무용'이라 기재돼 있었다. 그런데 과세당국은 임차인들이 이 오피스텔을 업무용이 아닌 주거용으로 사용한다는 사실을 확인하고 2013년 6월 유씨에게 '2010년 제1기 부가가치세 2540만원을 부과한다'는 내용의 과세예고통지를 했다. 이후 유씨는 지난해 3월 심씨와 김씨를 상대로 손해배상 소송을 냈다.

재건축사업의 사업시행자가 임대사업 등을 하는 사업자의 건축물에 대해 매도청구권을 행사할 때 무조건 사업자가 부가가가치세를 부담하게 하는 도시 및 주거환경정비법(도시정비법) 제39조1호와 집합건물의 소유 및 관리에 관한 법률(집합건물법) 제48조4항에 대해 법원이 직권으로 위헌법률심판제청을 했다. 서울고법 민사20부(재판장 장석조 부장판사)는 지난 13일 경기 안양시 비산2동의 한 주택재건축조합이 김모씨 등 조합 설립에 동의하지 않는 상가 소유자 10명을 상대로 낸 매도청구소송 항소심(2012나22206 등)에서 이같이 결정했다. 김씨 등은 조합에 맞서 토지나 건축물에 대한 감정평가액은 물론 10%에 해당하는 부가가치세도 받아야겠다며 동시이행의 항변을 낸 상태다. 재판부는 "조합이 매도청구권을 행사하면 조합 설립에 동의하지 않은 자들은 토지와 건축물의 매도를 강요당해 재산권을 잃게 돼 헌법 제23조3항의 공용수용과 유사하다"며 "매도청구권 상대방인 사업자의 재산권 침해에 대한 보상을 불완전·불충분하게 규정하고 있어 헌법 제23조3항에 위반된다"고 밝혔다. 재판부는 "매도청구권 상대방이 비사업자인 경우, 조합으로부터 토지·건축물에 대한 시가를 매매대금으로 지급받아 재산권 제한에 대한 정당한 보상을 받는다"면서 "매도청구권 상대방이 사업자인 경우, 사업자는 시가상당의 매매대금에서 부가가치세를 부담할 수밖에 없게 돼 실질적인 매매대금이 줄어들게 되는 불이익을 입어 평등원칙에도 반한다"고 덧붙였다. 도시정비법 제39조1호는 주택재건축사업 시행자가 조합 설립에 동의하지 않은 자에 대해 매도청구를 할 수 있도록 하고 있고, 집합건물법 제48조4항은 구분소유권과 대지사용권을 시가로 매도할 것을 청구할 수 있도록 규정하고 있다. 매도인은 부가가치세의 부담에 관한 합의가 있는 경우에 한해 거래 상대방에게 부가가치세를 청구할 수 있다. 하지만 해당 조항들은 조합 설립에 동의하지 않은 상대방에게 매도청구권을 행사하면서 '시가에 의해 매매계약이 성립된다'고 규정하고 있을 뿐, 매도인이 부동산 임대업자 등의 사업자인 경우 토지 및 건축물을 매도하면서 납부해야 할 부가가치세의 보상 또는 조정에 관해서는 규정하지 않고 있다. 경기 안양시 비산2동주민자치센터 주변지구 주택재건축정비사업조합은 조합 설립에 동의하지 않는 김씨 등 10명을 상대로 매도청구권을 행사해 매매계약이 성립했으나 김씨 등이 소유권을 이전하지 않자 2010년 5월 소유권이전등기 청구소송을 냈다. 임대사업자로 등록돼 부동산을 매도할 경우 부가가치세를 내야 하므로 건축물 시가는 부가가치세 10%를 더한 금액으로 산정돼야 한다고 주장했지만 1심은 받아들이지 않았다.

중소기업 특별세액감면의 기준은 사업장이 아니라 사업주를 기준으로 판단해야 한다는 판결이 나왔다. 부산지법 행정1부(재판장 고규정 부장판사)는 18일 의류임가공업과 부동산 임대업을 하는 김모 씨가 "소득세 430여만원을 취소해달라"라며 부산 동래세무서를 상대로 제기한 종합소득세 부과처분 취소소송(☞2011구합2294)에서 원고패소 판결을 내렸다. 재판부는 판결문에서 "소득세법은 복식부기 의무자에게 사업용 계좌의 신고의무를 부과하고 있는데, 이에 따르면 2개 이상의 사업장을 운영하거나 여러 업종을 겸영하는 때에도 복식부기 의무자에 해당할 수 있다"라며 "소득세는 연도 별로 사업자에게 부과되는 조세이지 사업자의 사업장 별로 부과되는 것이 아니므로 복식부기 의무자는 사업자를 기준으로 판단해야 한다"고 밝혔다. 재판부는 "조세특례제한법은 복식부기 의무자인 사업자가 사업용 계좌 신고의무를 이행하지 않는 때 특별 세액감면의 적용을 배제하고 있다"라며 "따라서 김씨가 2개의 사업장 중 부동산임대업에 대한 사업용 계좌 신고의무를 게을리했음을 이유로 중소기업 특별 세액감면 적용을 배제하고 종합소득세를 부과한 처분은 적법하다"라고 설명했다. 김씨는 2007년 의류임가공업에 대한 사업용 계좌는 법정기간 내에, 부동산임대업에 대한 사업용계좌는 법정기간이 지난 후에 세무서에 신고했다. 동래세무서는 2008년 "김씨는 사업용 계좌 신고를 늦게 해 종합소득세 감면혜택을 받을 수 없다"라며 432만590원의 소득세를 부과했다. 김씨는 "의류임가공업에 대해선 사업용 계좌를 제때 제출했기 때문에 특별 세액감면 대상이 된다"라며 소송을 제기했다.

법무법인에 대한 자문 내용이 회사업무와 무관하다면 법률자문에 대한 법무수수료는 손금에 산입할 수 없다는 판결이 나왔다. 이번 판결은 법무법인에 대한 자문내용이 업무와 관련이 없는 주주·투자자를 위한 것이라면 비용으로 볼 수 없어 손금에 산입할 수 없다는 취지의 판결로 유사소송에 영향을 미칠 것으로 보인다. 서울행정법원 행정11부(재판장 김용찬 부장판사)는 14일 “법무법인에 법률자문을 구한 내용은 업무와 관련된 것이었다”며 부동산임대업을 하는 (주)아이엔지코리아 프로퍼티 인베스트먼트가 서울종로세무서장을 상대로 낸 법인세등 부과처분 취소청구소송(2007구합11030)에서 원고 패소판결을 내렸다. 재판부는 판결문에서 “원고가 자문한 내역을 보면 법무법인 별로 서로 상이한 내용을 자문한 것이 아니라 비슷한 내용을 법무법인 A와 B 등 6개의 법무법인에 자문했고, 동일한 자문내역으로 거액의 금원을 지출했다”면서 “원고가 법무수수료 청구서만 제출하고 구체적인 법률자문서비스를 밝혀줄 자료를 전혀 제출하고 있지 않은 점 등의 사정을 종합해 보면 원고가 다투고 있는 법무수수료는 업무와 관련된 비용으로 보기 어렵다”고 밝혔다. 재판부는 이어 “원고는 부동산임대업을 하는 법인이고 골드만삭스의 관계회사인 (주)아콘코리아가 부동산을 관리하는데 필요한 용역을 전부 제공하고 있어 통상적인 업무 수행을 위해 직원을 고용할 필요성이 전혀 없다”면서 “외국계투자자들로 구성된 골드만삭스가 실제로 지배하고 있어 투자자들의 이익과 편의를 고려하지 않을 수 없는 점에 비춰볼 때, 법률자문은 화사업무보다는 투자자들을 위한 것으로 보인다”고 덧붙였다. 재판부는 또 “자문한 내용을 보면 통상의 부동산임대업자가 요구하는 자문내용으로 보기 어려운 항목이 있고, 부동산임대업과 관련한 항목들은 특별히 그러한 자문을 받아야 할 사정이 있다고 보이지 않는다”면서 “6개의 법무법인에 대한 자문내용은 업무과 관련이 있다고 볼 수 없다”고 설명했다. 부동산임대업을 하는 원고는 법무법인 A 등 6개의 법무법인에 법률자문을 하고 자문료를 지급했으나 세무당국이 2001년부터 2003년까지의 법인세 및 주식변동조사를 실시해 6개 법무법인에 지급한 법률자문료 중 일부가 업무와 무관한 것으로 보고 손금에 산입하지 않고 법인세 등을 부과하자 소송을 냈다.

기업이 건물을 매입한 후 부동산임대업을 하기위해 그 건물을 지점으로 사업자등록하고 자산관리회사에 독자적으로 관리하도록 맡겼다면 중과세 대상이 아니라는 판결이 나왔다. 지방세법에는 인구와 경제력의 대도시 집중을 막기 위해 대도시 안에서 법인 설립, 지점 또는 분사무소 설치를 위해 부동산을 취득하면 중과세하도록 돼 있다. 서울행정법원 행정13부(재판장 정형식 부장판사)는 10일 광고대행업 및 부동산 임대·관리업을 하는 P회사가 “실제로 영업이나 대외거래를 하지 않아 지점을 설치한 것이 아니므로 중과세는 부당하다”며 서울서초구청장을 상대로 낸 등록세등부과처분취소 청구소송(2006구합47438)에서 원고 승소판결을 내렸다. 재판부는 판결문에서 “지방세법 등록세 중과규정의 ‘지점 또는 분사무소’라 함은 당해 법인의 지휘·감독하에 영업활동 내지 대외적인 거래업무를 처리하기 위한 인원을 상주시키고 이에 필요한 물적 설비를 갖추었으며 실제로 그러한 활동이 행해지고 있는 장소를 말한다”고 밝혔다. 재판부는 이어 “원고는 빌딩을 취득한 후 빌딩을 지점으로 사업자등록했으나 관리위탁계약을 체결해 빌딩의 유지·관리 등 모든 용역을 자산관리회사인 J회사가 독자적으로 수행할 수 있도록 맡겼다”며 “원고가 자신의 지휘·감독하에 인적·물적 설비를 갖추고 지점업무를 수행한 것이라 볼 수 없어 지점으로서의 실질이 없으므로 중과세는 위법하다”고 설명했다. P회사는 2004년 서울 서초동에 위치한 빌딩(지상 22층, 지하 7층)을 매수해 부동산임대업을 위한 지점으로 사업자등록하고서는 J회사와 지점빌딩에 대한 자산관리위탁계약을 체결했다. P회사는 구청이 지점 설치를 위해 부동산을 취득했다며 등록세 등으로 78억여원을 중과세하자 소송을 냈다.

조세탈루 혐의만으로 과세관청이 중복세무조사를 실시한 것은 위법하다는 첫 판결이 나왔다. 이번 판결은 그 동안 과세관청이 무분별하게 중복세무조사를 실시하던 관행에 제동을 건 판결로 의미가 있다. 서울고법 특별4부(재판장 金能煥 부장판사)는 부동산임대업자 김모씨(66)가 "중복세무조사를 통해 부과한 부가가치세를 취소하라"며 관할세무서를 상대로 낸 부가가치세부과처분취소 청구소송 항소심(☞2003누10826)에서 지난달 24일 원고 일부승소 판결을 내렸다. 재판부는 판결문에서 "관할세무서와 상위기관인 서울지방국세청이 세무조사에 착수하게 된 동기나 계기가 서로 다르더라도 세무조사의 세목과 기간이 중첩되는 범위 내에서는 중복조사에 해당한다"며 "구 국세기본법 제81조의3이 규정한 '조세탈루 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우'에 해당한다고 볼 수도 없다"고 밝혔다. 재판부는 "지방국세청이 내사를 통해 탈세정보를 수집하고 조세탈루의 혐의를 포착한 것은 종합소득세나 증여세 또는 상속세 등의 개인제세와 재산제세에 관한 것일 뿐 부가가치세에 관해서는 내사 후 비로소 탈루를 확인한 것에 지나지 않아 결국 피고가 세무조사를 통해 경정한 부가가치세 부분에 관한 지방국세청장의 세무조사를 가리켜 '조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우'에 해당한다고 볼 수 없다"고 설명했다. 김씨는 지난 94년부터 부동산임대업을 해오다 관할세무서로부터 임대수입에 대한 세무조사를 받은 뒤 누락분에 대해 경정부과처분을 받았으나 그 후 서울지방국세청이 다시 특별세무조사를 실시해 부가가치세 1억5천7백만원을 부과하자 소송을 내 1심에서 패소했었다.