형제들이 부모로부터 다세대 주택을 상속한 경우와 같이 여러 사람이 공동으로 소유한 주택을 임대하는 경우, 임대호수를 계산할 때에는 개별지분별로 계산할 것이 아니라 각자가 그 임대주택 전체를 임대한 것으로 봐야 한다는 대법원 판결이 나왔다. 양도세 감면 등 세제 혜택도 이에 따라 줘야 한다는 취지다. 대법원 특별3부(주심 김재형 대법관)는 곽모씨가 "1억8600여만원의 양도소득세 부과처분을 취소해달라"며 서울 용산세무서장을 상대로 낸 양도소득세 부과처분 취소소송(2014두42254)에서 원고패소 판결한 원심을 파기하고 최근 사건을 서울고법으로 돌려보냈다. 곽씨는 2003년 11월 사망한 아버지로부터 18호짜리 다세대 주택의 9분의 2 지분을 상속 받아 어머니, 형제들과 주택 임대를 계속하다가 임대기간 합산이 10년이 넘자 지분을 부동산임대업자에게 양도했다. 구 조세특례제한법 제97조 1항 등은 '임대주택을 5호 이상 임대하는 거주자가 1986년 1월 1일부터 2000년 12월 31일까지의 기간 중 신축된 국민주택 등을 2000년 12월 31일 이전에 임대를 개시하여 10년 이상 임대한 후 양도하는 경우 그 임대주택의 양도로 인한 양도소득세를 면제한다'고 규정돼 있었다. 곽씨는 양도소득세 전액을 감면세액으로 신고했으나, 용산세무서는 "전체 주택의 호수에 곽씨의 지분을 곱하면 '18 × 2/9 = 4'가 되어 5호에 미달한다"면서 "양도소득세 감면대상이 아니다"라며 양도소득세를 부과했다. 이에 곽씨는 소송을 냈다. 1,2심은 세무서의 손을 들어줬지만 대법원의 판단은 달랐다. 대법원은 "여러 사람이 공동으로 소유하는 주택을 임대해 공동사업을 하는 경우 임대주택의 호수를 계산할 때에는 공동소유자 각자가 그 임대주택을 임대한 것으로 봐야 한다"면서 "이는 임대인이 사망한 후 공동상속인이 함께 임대사업을 하는 경우에도 적용된다"고 밝혔다. 이어 "조세특례제한법 등에는 임대주택의 호수를 산정하는 방법에 관한 아무런 규정이 없으므로 공동사업자별로 각 임대주택의 지분비율을 합산해 그 호수를 계산하는 것은 허용되지 않는다"며 "각 임대주택마다 위치, 면적, 관리상태 등에 따라 그 가액이 다를 수밖에 없는데도 각 지분비율을 단순 합산해 공동소유 주택의 호수를 계산한다는 것은 아무런 합리성이 없을 뿐만 아니라 법적 근거도 없다"고 설명했다. 그러면서 "원심은 상속지분비율로 환산하면 곽씨가 임대한 임대주택의 수는 4호가 되어 조세특례제한법상 이 사건 특례조항의 요건을 충족하지 못한다면서 과세처분이 적법하다고 판단했는데, 이러한 원심 판단에는 특례조항의 임대주택 호수 산정 방법에 관한 법리를 오해하여 판결 결과에 영향을 미친 잘못이 있다"고 지적했다.

임차인이 약정한 보증금의 일부만 지급해 나머지 보증금을 받지 못했더라도 임대인은 원래 약정한 전체 보증금을 기준으로 부가가치세를 내도록 규정한 부가가치세법은 합헌이라는 헌법재판소 결정이 나왔다. 헌재는 부동산 임대업자 A씨가 "실제로 받지 못한 임대차 보증금에까지 세금을 부과하는 것은 위헌"이라며 낸 헌법소원사건(2014헌바423)에서 최근 재판관 전원일치 의견으로 합헌 결정을 내렸다. A씨는 2011년 서울 강남구의 한 골프장을 보증금 20억원, 월세 1억원에 B씨에게 임대하는 계약을 체결했다가 세무서에 덜미를 잡혔다. 이듬해 중부지방국세청 개인통합조사에서 A씨가 보증금을 6억원으로 축소 신고한 사실이 적발됐기 때문이다. 이에 따라 서울 삼성세무서는 두 사람이 약정한 보증금 20억원을 과세표준으로 잡아 A씨에게 1800만원의 세금을 납부하라고 통보했다. 그러자 A씨는 약정된 보증금은 20억원이지만 B씨가 지급한 보증금은 10억원이 전부라며 자신이 실제 받은 10억원을 과세표준으로 세금이 부과돼야 한다며 소송을 제기했다. A씨는 재판 도중 법원에 과세의 근거가 된 옛 부가가치세법 제13조 1항 2호(현행 제29조 3항 2호)에 대한 위헌법률심판제청을 신청했지만 기각되자 헌법소원을 냈다. 이 법조항은 '금전 이외의 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가를 과세표준으로 한다'는 내용인데 '대가를 받는 경우'에 대가를 실제로 받은 경우뿐만 아니라 대가를 받기로 약정했지만 실제로는 받지 못한 경우도 포함되는지가 쟁점이 됐다. 헌재는 "부가가치세는 간접소비세로 재화나 용역의 공급이 완료되면 과세요건은 충족된 것으로 봐야 한다"며 "대금의 수령 여부 등은 문제되지 않는다"고 밝혔다. 이어 "대가를 받기로 약정해 그 공급에 대한 매출채권이 발생하면 '대가를 받는 경우'에 해당돼 부가가치세 납세의무를 부담하게 되는 것이고, 사후에 그 매출채권을 실제로 수령했는지 여부는 부가가치세 납세의무 성립에 아무런 영향을 미치지 못한다"고 설명했다. 헌재는 또 "대법원도 '대가를 받기로 하고 타인에게 용역을 공급한 이상 실제로 그 대가를 받았는지 여부는 부가가치세 납세의무의 성립 여부를 결정하는 데 아무런 영향을 미칠 수 없다'라고 일관되게 판시해 약정한 대가를 실제 받았는지 여부가 부가가치세의 과세요건이 아님을 명확히 하고 있다"며 "해당 조항의 의미를 '대가를 실제로 받은 경우' 뿐만 아니라, '대가를 받기로 약정했으나 실제로는 받지 못한 경우'도 포함하는 것이라고 확정하는 것이 어렵지 않으므로 과세요건 명확주의에도 위배되지 않는다"고 했다.

임차인이 업무용 오피스텔을 주거용으로 사용해 임대인이 부가가치세를 환급받지 못했더라도 임대인은 임차인에게 손해배상을 받을 수 없다는 판결이 나왔다. 임대차계약서의 부동산 용도란의 기재는 건축법상 용도를 분류한 표시일 뿐 사용방법을 제한한 것으로 볼 수 없다는 취지다. 서울중앙지법 민사88단독 전서영 판사는 10일 오피스텔 소유자 유모씨가 "오피스텔을 업무용으로 쓰기로 해놓고 주거용으로 사용해 세금을 물게됐으니 2540만원을 배상하라"며 전 임차인 심모씨와 김모씨를 상대로 낸 손해배상 청구소송(2014가단45902)에서 원고패소 판결했다. 전 판사는 판결문에서 "임대차계약서 용도란의 기재는 건축법상 오피스텔 용도가 업무시설로 분류된다는 걸 표시한 것이지 오피스텔의 사용방법을 제한한 약정으로 볼 수 없다"고 밝혔다. 유씨는 경기도 수원시 팔달구의 오피스텔 한 채를 분양받아 2009년 8월 부동산임대업으로 사업자 등록을 했다. 2010년 제1기 부가가치세를 신고하고 2540만원을 과세당국으로부터 환급받았다. 오피스텔을 분양받아 일반임대사업자 등록을 하고 부가가치세 신고를 하면 건물 가액의 10%를 환급받을 수 있다. 하지만 오피스텔을 업무용이 아닌 주거용으로 임대하다 발각되면 부가가치세법 제10조1항에 따라 환급받은 부가가치세를 다시 내야 한다. 유씨는 2010년 1월 심씨에게, 2012년 2월 김씨에게 각각 오피스텔을 임대했다. 유씨가 심씨 및 김씨와 체결한 임대차계약서 부동산 용도란엔 '업무용'이라 기재돼 있었다. 그런데 과세당국은 임차인들이 이 오피스텔을 업무용이 아닌 주거용으로 사용한다는 사실을 확인하고 2013년 6월 유씨에게 '2010년 제1기 부가가치세 2540만원을 부과한다'는 내용의 과세예고통지를 했다. 이후 유씨는 지난해 3월 심씨와 김씨를 상대로 손해배상 소송을 냈다.

상가 임대사업자가 토지 소유권을 잃어 상가를 분양할 권한이 없더라도 이미 상가 사용료를 받았다면 그 사용료에 대한 부가가치세를 내야 할 의무가 있다는 대법원 판결이 나왔다. 대법원 특별1부(주심 김용덕 대법관)는 상가 개발 권한 없이 상가 사용료를 받은 누죤상가개발조합이 "부가가치세 12억2000여만원을 취소해 달라"며 서울중부세무서를 상대로 낸 부가가치세 경정거부처분 취소소송 상고심(2012두19533)에서 원고패소 판결한 원심을 최근 확정했다. 재판부는 판결문에서 "임대인이 임차인에게 토지를 사용하게 했다가 토지 소유권 등 임대 권한을 잃었다고 하더라도 임차인으로부터 토지 사용료를 이미 받은 상태에서 계속 사용하게 했다면 부가세의 과세 대상인 임대 용역을 제공한 것이기 때문에 관할 세무서는 사용료에 대해 부가세를 부과할 수 있다"고 밝혔다. 서울 중구 신당동의 토지 소유자들로 구성된 누죤상가개발조합은 2000년 12월 1878개 점포로 구성된 누죤빌딩을 신축한 뒤 1600여개의 점포를 분양했다. 30년 동안 토지를 사용할 수 있게 하고 임차인으로부터 토지 사용료 1141억원을 미리 받았지만 상가 분양 후 대부분의 조합원이 소유한 토지가 다른 사람에게 넘어갔다. 조합은 토지 임대 권한이 없기 때문에 임대 사용료에 대한 부가세를 부과한 것은 부당하다며 소송을 냈다. 1·2심은 "조합은 토지 사용료를 미리 받고 임대 용역을 제공했기 때문에 부가세를 내야하는 의무는 달라지지 않는다"며 원고패소 판결했다.