학교용지부담금을 부과하려면 다양하고 조사를 통해 증가 세대 수 등을 정확하게 산정해야 하며, 그렇지 않은 경우에는 모두 취소돼야 한다는 판결이 나왔다. 서울행정법원 행정2부(재판장 신명희 부장판사)는 지난 4월 14일 A주택재개발정비사업조합이 서울 은평구청장을 상대로 낸 기타부담금 부과처분 취소소송(2021구합56688)에서 원고승소 판결했다. A조합은 2012년 4월 은평구 일대에서 주택재개발정비사업을 시행할 목적으로 은평구청으로부터 조합 설립 인가를 받고 설립등기를 마쳤다. 이후 A조합은 정비사업과 관련해 2017년 7월 사업시행인가를 받고 2020년 4월 세입자 대책 대상 세대 수를 167세대로, 공급하는 주택의 세대 수를 1464세대 등으로 변경하는 사업시행(변경)인가를 받았다. 은평구청은 2020년 12월 A조합에 대해 학교용지 확보 등에 관한 특례법에 따라 학교용지부담금 11억8800여만원을 부과·고지했다. A조합은 "학교용지부담금 부과 기준이 되는 '증가 세대 수' 산정에 잘못이 있어 위법하다"며 소송을 냈다. 증가 세대 수를 산정할 땐 기존 세대 수 및 임대주택 세대 수를 제외해야 하는데, 전체 세대는 1462세대이고 이 중 기존세대 수 1195세대와 임대주택 분양분 296세대를 제외하면 증가 세대 수가 없다는 것이다. 재판부는 "학교용지법 제5조에서 말하는 '세대'의 사전적 의미는 '현실적으로 주거 및 생계를 같이 하는 사람의 집단'이라 할 것으로 '가구'의 사전적 의미와 동일하다"면서 "여기서 '세대'의 의미를 '건축허가 내지 건축물대장상의 세대'라고 제한해 해석하는 것은 학교용지법에 '세대'에 관한 별도의 정의규정을 두고 있지 않은 이상 문언의 통상적인 의미에 부합하지 않는다"고 밝혔다. 이어 "학교용지부담금은 사업 시행 후의 인구 유입으로 인한 취학 수요 증가 여부를 따져 그 증가분에 한해 부과돼야 하는 것"이라며 "취학 수요 증가 여부는 건축허가나 건축물대장이 아닌 실제 거주 세대 수의 증가 여부와 밀접하게 관련돼 있으므로, 모든 다가구주택의 세대 수를 1개로만 해서 산정하는 것은 학교용지부담금 부과의 성질 및 취지에 전혀 부합하지 않는다"고 설명했다. 그러면서 "사업시행인가를 통해 세입자대책 대상 세대 수가 167세대인 점만 확인될 뿐 세입자 세대의 수가 실제로 345세대에 이르는지 세부 구성 내역을 확인할 수 있는 아무런 자료가 없다"며 "제출된 자료들만으로는 정비구역 내 기존 세대 수를 명확히 파악하는 것이 불가능해 정당한 학교용지부담금을 산정할 수 없다고 판단돼 은평구의 처분을 전부 취소한다"고 판시했다.

형제들이 부모로부터 다세대 주택을 상속한 경우와 같이 여러 사람이 공동으로 소유한 주택을 임대하는 경우, 임대호수를 계산할 때에는 개별지분별로 계산할 것이 아니라 각자가 그 임대주택 전체를 임대한 것으로 봐야 한다는 대법원 판결이 나왔다. 양도세 감면 등 세제 혜택도 이에 따라 줘야 한다는 취지다. 대법원 특별3부(주심 김재형 대법관)는 곽모씨가 "1억8600여만원의 양도소득세 부과처분을 취소해달라"며 서울 용산세무서장을 상대로 낸 양도소득세 부과처분 취소소송(2014두42254)에서 원고패소 판결한 원심을 파기하고 최근 사건을 서울고법으로 돌려보냈다. 곽씨는 2003년 11월 사망한 아버지로부터 18호짜리 다세대 주택의 9분의 2 지분을 상속 받아 어머니, 형제들과 주택 임대를 계속하다가 임대기간 합산이 10년이 넘자 지분을 부동산임대업자에게 양도했다. 구 조세특례제한법 제97조 1항 등은 '임대주택을 5호 이상 임대하는 거주자가 1986년 1월 1일부터 2000년 12월 31일까지의 기간 중 신축된 국민주택 등을 2000년 12월 31일 이전에 임대를 개시하여 10년 이상 임대한 후 양도하는 경우 그 임대주택의 양도로 인한 양도소득세를 면제한다'고 규정돼 있었다. 곽씨는 양도소득세 전액을 감면세액으로 신고했으나, 용산세무서는 "전체 주택의 호수에 곽씨의 지분을 곱하면 '18 × 2/9 = 4'가 되어 5호에 미달한다"면서 "양도소득세 감면대상이 아니다"라며 양도소득세를 부과했다. 이에 곽씨는 소송을 냈다. 1,2심은 세무서의 손을 들어줬지만 대법원의 판단은 달랐다. 대법원은 "여러 사람이 공동으로 소유하는 주택을 임대해 공동사업을 하는 경우 임대주택의 호수를 계산할 때에는 공동소유자 각자가 그 임대주택을 임대한 것으로 봐야 한다"면서 "이는 임대인이 사망한 후 공동상속인이 함께 임대사업을 하는 경우에도 적용된다"고 밝혔다. 이어 "조세특례제한법 등에는 임대주택의 호수를 산정하는 방법에 관한 아무런 규정이 없으므로 공동사업자별로 각 임대주택의 지분비율을 합산해 그 호수를 계산하는 것은 허용되지 않는다"며 "각 임대주택마다 위치, 면적, 관리상태 등에 따라 그 가액이 다를 수밖에 없는데도 각 지분비율을 단순 합산해 공동소유 주택의 호수를 계산한다는 것은 아무런 합리성이 없을 뿐만 아니라 법적 근거도 없다"고 설명했다. 그러면서 "원심은 상속지분비율로 환산하면 곽씨가 임대한 임대주택의 수는 4호가 되어 조세특례제한법상 이 사건 특례조항의 요건을 충족하지 못한다면서 과세처분이 적법하다고 판단했는데, 이러한 원심 판단에는 특례조항의 임대주택 호수 산정 방법에 관한 법리를 오해하여 판결 결과에 영향을 미친 잘못이 있다"고 지적했다.

한국토지주택공사(LH)가 소규모 임대주택 사업을 보금자리 주택으로 용도변경 했더라도 정부 정책에 의한 것이라면 지방세를 추징할 수 없다는 대법원 판결이 나왔다. 대법원 특별2부(주심 박상옥 대법관)는 LH(소송대리인 법무법인 청률)가 부산 사하구청장을 상대로 낸 지방세 부과처분 취소소송(2016두37867)에서 원고승소 판결한 원심을 최근 확정했다. LH는 2005년 소규모 국민임대아파트 1400세대를 건설하기로 하고 건설교통부장관으로부터 사업 승인을 받았다. 부산 신평지구에서 건설을 시작한 LH는 2009년부터 2012년까지 취득세와 등록세를 면제받았다. 구 지방세법 제269조는 1항은 '토지주택공사가 임대를 목적으로 취득하여 소유하는 대통령령으로 정하는 소규모 공동주택용 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다'고 규정하고 있기 때문이다. 그러나 2012년 12월 국토해양부장관은 "정부정책에 의해 주택 공급유형이 '국민임대'에서 '공공분양'으로 변경됐으니 계속적인 사업시행이 불가능하게 됐다"며 '사정변경'을 이유로 임대주택 건설사업을 취소하고 보금자리 주택건설사업을 승인해줬다. 그러자 부산시는 LH가 취득한 택지를 소규모 임대주택 사업이 아닌 다른 용도에 사용했다며 당초 면제했던 취득세 6억4200만원과 등록세 5억6300만원, 지방교육세 1억420만원을 추징했다. '제1항의 토지를 취득한 후 대통령령이 정하는 기간 내에 소규모 공동주택의 건축을 착공하지 않거나 소규모 공동주택이 아닌 용도에 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 감면된 취득세와 등록세를 추징한다'고 규정한 구 지방세법 제269조 3항에 근거한 것이었다. LH는 이에 반발해 소송을 냈다. 대법원은 "정부 정책에 의한 사정변경으로 종전의 국민임대주택 건설사업 승인이 취소되고 공공분양사업으로 변경됨으로써 LH가 부동산을 소규모 임대주택에 사용할 것을 기대할 수 없게 된 것"이라며 "LH가 당초부터 공공분양사업을 목적으로 토지를 취득했거나 사정변경 후 같은 목적으로 토지를 취득했더라면 세금을 면제 받을 수 있었을 것"이라고 밝혔다. 이어 "LH가 부동산을 소규모 임대주택에 사용하지 않은데 정당한 사유가 있으므로 이 사건 처분은 위법하다"고 판시했다. 앞서 1, 2심도 LH의 손을 들어줬다.

제주시는 대한주택공사가 공공임대아파트를 건설하기 위해 취득한 토지에 부과한 취득세와 등록세를 취소하라는 법원의 판결이 나왔다. 광주고법 제주행정부(재판장 박흥대 법원장)는 대한주택공사가 "주택종합계획에 따라 공공임대아파트를 건설하기 위해 취득한 토지에 과세를 한 것은 부당하다"며 제주시장을 상대로 낸 취득세등부과처분취소소송 항소심(2010누100)에서 원고승소 판결했다고 6일 밝혔다. 재판부는 "원고가 제1, 2토지를 취득한 것은 지방세법 제289조 제1항의 '국가의 계획에 따라 제3자에게 공급할 목적으로 대통령령이 정하는 사업에 사용하기 위해 일시 취득한 것'에 해당하지 않는다"는 피고의 주장에 대해 "'2007년도 주택종합계획'은 구 주택법 제7조 제1, 2항의 주택종합계획 수립·시행에 따라 수립한 것이며, 지방세법 제289조 제1항의 '공급'은 반드시 소유권 이전을 전제로 하는 개념은 아니며 공공임대주택을 건설하기 위해 토지를 취득한 경우에도 제3자에게 공급할 목적으로 취득한 경우에 해당한다"며 과세처분은 위법하다고 판시했다. 또 2008년도 사업부지였던 제2토지에 대해 재판부는 "원래 2008년도 사업부지였던 제2토지는 제1, 2토지 모두 하귀1지구 도시개발사업시행지구 내에 서로 인접해 있어 사실상 같은 사업이며, '2007년도 주택건설사업계획'에도 단순히 '하귀1지구'라고 표시가 됐을 뿐 제1, 2토지를 구별짓지 않고 있다"고 설명했다. 대한주택공사는 정부의 임대주택 공급 확대방안에 따라 하귀1지구 도시개발사업 시행지구에 공공임대주택을 건설하기로 하고 제1, 2토지를 매수했다. 주택공사는 2009년 토지에 대한 소유권이전등기신청하며 토지 취득이 국가 계획에 따른 사업이므로 세금을 면제해줄 것을 요청했으나 제주시가 과세하자 이에 소송을 냈다.

취득세 감면대상인 임대주택을 지을 목적으로 토지를 취득한 경우 2년 동안 주택을 착공하지 않았다면 취득세를 부과할 수 있다는 판결이 나왔다. 대구고법 행정1부(재판장 최우식 부장판사)는 임대주택용 토지에 대해 취득세 등 총 1억5,600여만원의 세금을 부과한 대구광역시 북구청장을 상대로 A주식회사가 낸 취득세등부과처분취소소송 항소심(☞2009누1533)에서 원심을 취소하고 "A주식회사는 감면받은 지방세를 모두 납부하라"며 원고패소 판결했다고 지난달 28일 밝혔다. 재판부는 판결문에서 "구 대구광역시세감면조례 제13조1항에 의해 지방세가 감면되는 것은 임대할 목적으로 건축 또는 최초로 분양받는 공동주택"이라며 "임대주택을 건설할 목적으로 그 부속토지를 우선적으로 취득하는 경우에는 토지에 대해 2년 이내에 공동주택을 착공해야만 토지가 감면대상에 해당한다"고 설명했다. 재판부는 그러므로 "2년이 경과할 때까지는 과세가 유예되는 것이며, 2년이 경과하도록 공동주택의 착공을 하지 않는 경우는 감면대상에서 제외되어 그 시점부터 취득세 등의 부과대상이 된다고 해석하는 것이 조세법률 엄격해석의 원칙에 부합한다"고 판시했다. 원심에서는 "취득세 등의 처분은 이미 감면된 지방세에 대한 추징처분이며, 감면조례 제13조나 제34조가 처분의 근거규정이라 할 수 없어 아무런 법적 근거없이 이뤄진 것으로 위법하다"며 원고승소 판결했다. A주식회사는 임대주택을 건설할 목적으로 토지를 샀으며 2002년 12월9일 대구광역시 북구청장으로부터 토지에 대한 취득세 및 등록세 전액에 대해 지방세를 감면받았다. 그런데 그후 A주식회사가 토지 취득일로부터 2년내에 공동주택을 착공하지 않자 북구청장은 이를 이유로 2008년1월11일 취득세 5,500여만원, 농어촌특별세 396만원, 등록세 8,200여만원, 지방교육세 1,500여만원을 각각 부과했다. A주식회사는 이 처분에 대해 대구광역시장에게 이의신청했으나 기각되자 소송을 냈다.