과세당국이 발코니 면적을 전용면적에 포함하지 않는 관행을 무시하고 과세했더라도 당연무효 사유가 아니므로 세금을 환급할 의무가 없다는 대법원 판결이 나왔다. 기존 대법원 판결은 발코니를 전용면적에 포함하지 않는 과세행정을 인정해 양도소득세 취소를 인정해 왔다. 이번 판결은 과세행정에 반하는 처분이 이미 낸 세금을 환급받을 수 있을 정도로 무효사유는 아니라는 취지의 판결이다. 대법원 민사1부(주심 양창수 대법관)은 지난달 26일 강모(70)씨가 국가를 상대로 낸 양도소득세 환급소송 상고심(2011다103809)에서 원고일부승소 판결한 원심을 깨고 사건을 서울고법으로 돌려보냈다. 재판부는 판결문에서 "국세행정의 관행이 일반적으로 널리 알려진 후 새로운 해석이나 관행으로 소급과세를 금지하는 원칙의 적용대상이 되는 관행으로 성립되려면 관행에 따른 과세 또는 비과세 사실 상태가 장기간에 걸쳐 지속돼야 한다"며 "구 소득세법 시행령에서 주택의 전용면적 개념을 도입했지만, 전용면적에 대한 정의규정이 없어 발코니 면적이 전용면적에 포함되는지는 논란이 있을 수 있다"고 밝혔다. 또 "법원의 최종적인 판결이 있기 전까지는 어떠한 국세행정의 관행이 소급과세 금지의 원칙의 적용대상이 되는 관행으로 성립됐는지 명백히 밝혀졌다고 단정할 수 없다"고 덧붙였다. 반면 항소심은 "조세 과오납이 부당이득이 되기 위해서는 조세 징수가 전혀 법률상 근거가 없거나 과세처분의 하자가 중대하고 명백해 당연무효여야 한다"며 "공동주택의 전용면적에 발코니 면적은 포함하지 않는 것이 행정상 관행이고 일반적으로 납세자들에게 받아들여져 과세관행이 성립됐는데도 발코니를 전용면적에 포함해 고급주택으로 보고 양도세를 부과한 것은 당연무효"라고 판단했다. 강씨는 2001년 9월 서울 강남구 삼성동 아이파크 아파트를 8억2690만원에 사들였다. 강씨는 2004년 3월 아파트를 22억5000만원에 팔았다. 강씨는 아파트가 조세특례제한법에 따라 양도소득세 감면대상에 해당한다며 양도세 6억여원을 감면신청했다. 서울지방국세청은 전유부분 면적 156.85㎡ 외에 발코니면적 25.4㎡를 포함해 전용면적이 165㎡를 초과해 고급주택에 해당한다며 양도세 감면대상이 아니라고 판단해 양도세 6억원을 부과했다. 강씨는 2010년 소송을 냈다.

수분양자들에게 아파트 전유부분에 대한 소유권이전등기가 완료되고 전유부분이 인도됐다면 아파트 신축 시행자가 아파트의 대지부분 소유권을 가지고 있더라도 이에 대해 종합부동산세를 부과해선 안 된다는 판결이 나왔다. 서울행정법원 행정6부(재판장 김홍도 부장판사)는 지난 4일 A시행사가 서울 역삼세무서장을 상대로 제기한 종합부동산세부과처분취소 소송(2010구합33351)에서 원고승소 판결했다. 재판부는 판결문에서 "종합부동산세법이 재산세의 납부의무자로 규정하고 있는 재산의 '사실상 소유자'라 함은 공부상 소유자로 등재된 여부를 불문하고 당해 재산에 대한 실질적인 소유권을 가진 자를 말한다(대법원 2005두15045)"며 "원고는 아파트 전유부분의 소유권을 취득한 수분양자들에게 그 대지지분의 소유권이전등기를 마쳐줄 지위에 있을 뿐 토지를 사실상 사용·수익·처분할 수 있는 권한을 가지고 있다고 할 수 없다"고 판단했다. 대전 용운동 일대에서 아파트 주택건설사업을 추진하던 A시행사는 지난 2005년12월 자금운용상의 어려움 등으로 도산했다. 이후 A사로부터 아파트 주택건설사업을 이어받은 대한주택보증은 아파트를 완공한 뒤 수분양자들에게 건물 전유부분에 대한 소유권이전등기를 해주고 인도했다. 하지만, 2008년6월 대한주택보증이 A사로부터 아파트 대지부분에 대한 소유권을 이전받아 수분양자들에게 넘겨주는 과정에서 서울 역삼세무서장은 등기부상 소유권자가 A사로 되어 있는 점 등을 근거로 토지의 사실상 소유자가 A사라며 종합부동산세 1억3,000여만원을 부과했다. 이에 A사는 "해당 토지가 신축된 아파트의 부지로 사용되고 있어 자신은 사실상의 소유자가 아니다"며 소송을 냈다.