수출업체가 국내거래를 하면서 외국환은행으로부터 받은 구매확인서를 세무서에 제출하지 않았다면 부가가치세법상 영세율을 적용받을 수 없다는 대법원판결이 나왔다.
대법원 특별3부(주심 신영철 대법관)는 수출용 의료용구 제조업자 문모씨가 수원세무서를 상대로 낸 부가가치세부과처분취소 소송 상고심(☞2011두2774)에서 원고승소 판결한 원심을 깨고 사건을 최근 서울고법으로 돌려보냈다.
재판부는 판결문에서 "부가가치세에서 영세율 적용은 이중과세를 방지하기 위해 원칙적으로 수출의 경우에만 인정되고 국내의 공급소비에 대해서는 수출에 준하는 경우로서 외국환의 관리 및 부가가치세의 징수질서를 해하지 않는 범위 내에서 외화획득의 장려라는 국가정책상의 목적에 부합되는 경우에만 법령이 정하는 바에 따라 예외적·제한적으로 인정된다"고 설명했다. 따라서 재판부는 "구매확인서 등에 의해 국내에 공급하는 재화를 수출하는 재화에 포함시켜 영세율을 적용하는 법령은 엄격히 해석해야 한다"며 "원고가 국내 거래처에 물품을 공급하면서 구매확인서 등에 의하지 않았다면 그 거래는 영세율 적용대상에 해당되지 않는다"고 판단했다.
의료용 특수주사바늘 제조업을 하는 문씨는 2006년7월부터 2007년6월까지 총 15억원의 물건을 해외기업 한국지점에 공급하고 세무서에 부가가치세를 영세율을 적용해 신고했다. 세무서는 이후 부가가치세 환급현지확인조사를 실시했고 수출업체가 국내거래를 하면서 영세율을 적용받으려면 내국신용장이나 구매확인서를 첨부서류로 제출해야 하는데 문씨가 이를 첨부하지 않았다며 1억6,500여만원의 세금부과처분을 했다. 문씨는 2008년3월 조세심판원장에게 심판청구를 했으나 기각되자 소송을 냈다. 1·2심은 "문씨의 사업은 영세율을 적용받을 수 있는 실체적인 요건을 충족하고 있기 때문에 구매확인서 등이 첨부되지 않았다는 형식적인 이유만으로 영세율 적용을 배제한 것은 실질과세의 원칙에 반한다"며 원고승소 판결을 내렸다.