영화 제작에 들어간 특수효과, 의상·미술디자인 등 개발비용은 조세특례제한법에서 세액공제 대상으로 정한 '연구·인력개발비'에 해당하지 않는다는 판결이 나왔다. 서울행정법원 행정6부(재판장 이주영 부장판사)는 지난 4월 22일 리얼라이즈픽쳐스가 중부세무서장을 상대로 낸 법인세경정 거부처분 취소소송(2021구합57940)에서 원고패소 판결했다. 영화 '신과 함께' 시리즈 등을 제작한 리얼라이즈픽쳐스는 2019년 4월 중부세무서에 "2015 내지 2017 사업연도의 법인세가 공제돼야 한다"고 주장하면서 해당 사업연도 법인세 이월공제액의 증액을 청구하고, 이월공제액 증가에 따른 2018 사업연도 법인세 7억2700여만원의 감액 및 환급을 요구하는 경정 청구를 했다. '신과 함께' 시리즈 등 영화 제작 과정에서 사용한 특수효과, 의상디자인, 미술디자인 등 위탁개발비용 162억8300만원이 조세특례제한법에서 세액공제 대상으로 정한 연구·인력개발비에 해당한다는 주장이었다. 하지만 중부세무서는 "영화들을 제작하는 과정에서 지출된 디자인 비용은 조세특례제한법 및 시행령에서 정한 고유디자인의 개발을 위한 비용에 해당하지 않으므로, 세액공제 대상인 연구·인력개발비에 해당하지 않는다"며 거부했다. 리얼라이즈픽쳐스는 조세심판원에 중부세무서의 경정거분처분을 취소해달라는 심판을 청구했지만 기각되자 소송을 냈다. 재판부는 "경정청구 당시 법인세 과세표준이나 세액의 감액경정을 청구한 것이 아니라 이월공제액의 증액을 청구했다"며 "해당 경정청구 중 법인세 이월공제액의 증액을 구하는 부분은 법인세 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이나 결손금액 또는 환급세액의 경정을 구하는 것에 해당하지 않아 경정청구 사유가 있다고 보기 어렵다"고 밝혔다. 또 "조세특례제한법에서 연구개발비에 대한 세액공제를 인정하는 취지는 연구개발에 투자하는 기업이 감내해야 하는 비효율 내지 위험에 대해 세액 감면이라는 안전장치 내지 보상책을 마련함으로써 연구개발에 대한 기업의 투자를 독려하고 국민경제의 건전한 발전에 이바지하기 위한 것"이라며 "기존 영화에서 사용하지 않았던 특수효과나 디자인을 사용했더라도 통상적인 영화 제작활동을 수행한 것에 불과해 세액공제 대상인 연구개발비에 해당한다고 볼 수는 없다"고 설명했다. 그러면서 "영화 제작에 사용된 특수효과 및 디자인 비용의 세액공제 산입 여부를 제한해 해석하지 않는다면, 영화 제작에 사용된 특수효과 비용과 디자인 비용은 대부분 세액공제 대상에 해당하게 되는 결과가 된다"며 "이는 연구개발비 세액공제 규정의 취지와 전혀 부합하지 않는다"고 판시했다.

오피스텔이 실제 주거용도로 사용되고 있더라도 조세특례제한법상 부가가치세 면제대상은 아니라는 대법원 판결이 나왔다. 공급 당시 공부상 용도가 '업무시설'이기 때문에 면세대상인 국민주택이 아니라는 취지다. 대법원 특별2부(주심 안철상 대법관)는 A씨가 북인천세무서장을 상대로 낸 부가가치세 부과처분 취소소송(2020두44749)에서 최근 원고승소 판결한 원심을 파기하고 사건을 서울고법으로 돌려보냈다. A씨는 2014년 인천에서 지하 2층, 지상 14층 규모의 주상복합건물을 신축해 분양했다. 이 건물은 근린생활시설과 오피스텔 등으로 이뤄졌다. 조세특례제한법 등은 '국민주택 공급에 대해서는 부가가치세가 면제된다'고 규정하면서 '국민주택 규모는 주거의 용도로만 쓰이는 면적이 1세대당 85㎡이하인 주택'이라고 정했다. A씨는 2014년 부가가치세를 신고 납부하면서 '주거용도로 쓰이는 1세대당 85㎡이하 오피스텔 36세대는 국민주택에 해당하므로 부가가치세 면제대상'이라고 판단해 신고대상에서 제외했다. 하지만 세무당국은 "오피스텔은 부가가치세 면제대상이 아니다"라며 4억5000여만원을 경정·고지했다. 이에 반발한 A씨는 소송을 냈다. 재판부는 "특별한 사정이 없는 한 공급 당시 공부상 용도가 '업무시설'인 '오피스텔'은 규모가 주택법에 따른 국민주택 규모 이하인지 여부와 관계없이 '국민주택'에 해당한다고 볼 수 없다"며 "공급하는 건축물이 '오피스텔'의 요건을 충족해 공부상 '업무시설'로 등재됐다면, 사실상 주거용도로 사용될 수 있는 구조와 기능을 갖췄다 하더라도 면세조항 적용대상이 아니다"라고 밝혔다. 그러면서 "오피스텔에 해당하는지 여부는 원칙적으로 공급 당시의 공부상 용도를 기준으로 판단해야 한다"며 "이후 실제로 주거의 용도로 사용되고 있다고 하더라도 부가가치세 면제대상에서 제외된다"고 판시했다. 앞서 1심은 "오피스텔은 주택이 아니므로 부가가치세 면제 대상에 해당하지 않는다"며 원고패소 판결했다. 하지만 2심은 "A씨가 공급한 오피스텔은 실질상 주택에 해당한다"면서 "부가가치세 면제대상이므로 세무당국이 A씨에게 부과한 부가가치세 4억5000여만원을 취소하라"며 A씨의 손을 들어줬다.

형제들이 부모로부터 다세대 주택을 상속한 경우와 같이 여러 사람이 공동으로 소유한 주택을 임대하는 경우, 임대호수를 계산할 때에는 개별지분별로 계산할 것이 아니라 각자가 그 임대주택 전체를 임대한 것으로 봐야 한다는 대법원 판결이 나왔다. 양도세 감면 등 세제 혜택도 이에 따라 줘야 한다는 취지다. 대법원 특별3부(주심 김재형 대법관)는 곽모씨가 "1억8600여만원의 양도소득세 부과처분을 취소해달라"며 서울 용산세무서장을 상대로 낸 양도소득세 부과처분 취소소송(2014두42254)에서 원고패소 판결한 원심을 파기하고 최근 사건을 서울고법으로 돌려보냈다. 곽씨는 2003년 11월 사망한 아버지로부터 18호짜리 다세대 주택의 9분의 2 지분을 상속 받아 어머니, 형제들과 주택 임대를 계속하다가 임대기간 합산이 10년이 넘자 지분을 부동산임대업자에게 양도했다. 구 조세특례제한법 제97조 1항 등은 '임대주택을 5호 이상 임대하는 거주자가 1986년 1월 1일부터 2000년 12월 31일까지의 기간 중 신축된 국민주택 등을 2000년 12월 31일 이전에 임대를 개시하여 10년 이상 임대한 후 양도하는 경우 그 임대주택의 양도로 인한 양도소득세를 면제한다'고 규정돼 있었다. 곽씨는 양도소득세 전액을 감면세액으로 신고했으나, 용산세무서는 "전체 주택의 호수에 곽씨의 지분을 곱하면 '18 × 2/9 = 4'가 되어 5호에 미달한다"면서 "양도소득세 감면대상이 아니다"라며 양도소득세를 부과했다. 이에 곽씨는 소송을 냈다. 1,2심은 세무서의 손을 들어줬지만 대법원의 판단은 달랐다. 대법원은 "여러 사람이 공동으로 소유하는 주택을 임대해 공동사업을 하는 경우 임대주택의 호수를 계산할 때에는 공동소유자 각자가 그 임대주택을 임대한 것으로 봐야 한다"면서 "이는 임대인이 사망한 후 공동상속인이 함께 임대사업을 하는 경우에도 적용된다"고 밝혔다. 이어 "조세특례제한법 등에는 임대주택의 호수를 산정하는 방법에 관한 아무런 규정이 없으므로 공동사업자별로 각 임대주택의 지분비율을 합산해 그 호수를 계산하는 것은 허용되지 않는다"며 "각 임대주택마다 위치, 면적, 관리상태 등에 따라 그 가액이 다를 수밖에 없는데도 각 지분비율을 단순 합산해 공동소유 주택의 호수를 계산한다는 것은 아무런 합리성이 없을 뿐만 아니라 법적 근거도 없다"고 설명했다. 그러면서 "원심은 상속지분비율로 환산하면 곽씨가 임대한 임대주택의 수는 4호가 되어 조세특례제한법상 이 사건 특례조항의 요건을 충족하지 못한다면서 과세처분이 적법하다고 판단했는데, 이러한 원심 판단에는 특례조항의 임대주택 호수 산정 방법에 관한 법리를 오해하여 판결 결과에 영향을 미친 잘못이 있다"고 지적했다.

매출액이 1000억원 미만인 중소기업에 해당돼 3년 동안 과세 유예기간을 주는 조세 특례 혜택 대상이 됐다면 이후 시행령이 바뀌어 중소기업에서 벗어났더라도 과세 유예기간은 보장해야 한다는 대법원 판결이 나왔다. 대법원 특별1부(주심 김용덕 대법관)는 ㈜필맥스(소송대리인 법무법인 동서양재)가 구미세무서장을 상대로 낸 법인세 부과처분 취소소송(2016두33902)에서 원고승소 판결한 원심을 최근 확정했다. 2003년 설립된 플라스틱 제조업체 필맥스는 2010년 처음으로 매출액 1000억원을 돌파했다. 매출액이 1000억원 이상이면 중소기업 지정에서 제외되지만 필맥스는 '중소기업이 그 매출액이 1000억원 이상인 경우와 같이 규모의 확대 등으로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 중소기업으로 본다'는 조세특례제한법 시행령 제2조 2항에 따라 2013년까지 중소기업 유예기간 적용을 받아 세제 혜택 등을 계속 받을 수 있었다. 그런데 2012년 해당 시행령이 개정되면서 관계기업의 매출액 합계가 1000억원을 넘으면 유예기간의 적용을 배제하는 내용이 추가됐다. 필맥스는 당시 몇 개의 계열사를 두고 있었는데 이들 관계기업의 매출액 합계가 1000억원을 넘었다. 그러자 구미세무서는 필맥스가 더 이상 중소기업 유예기간의 적용을 받을 수 없다고 판단해 법인세 2억원을 부과했다. 필맥스는 "개정 규정이 종전 유예기간까지 실효시키는 것으로 볼 수 없다"며 소송을 냈다. 대법원은 "개정 조세특례제한법 시행령 제2조 2항 본문 전단은 유예기간이 언제부터 실효되는지에 관해 아무런 규정을 두고 있지 않다"며 "언제부터 유예기간의 효과가 배제되는지에 관한 명문의 규정이 없는 상태에서 그 사유가 발생하는 즉시 유예기간의 효과가 배제된다고 해석하는 것은 무리"라고 밝혔다. 이어 "이 같은 점 등을 고려할 때 개정 규정을 이미 진행중이던 유예기간의 실효규정으로까지 해석하기는 어렵다"고 판시했다. 앞서 1심은 "이전에 중소기업이었던 기업이 개정 시행령의 관계기업 기준에 따라 중소기업에 해당하지 않게 되면 유예기간 적용이 배제됨은 관련 규정상 명백하다"며 "필맥스처럼 이미 유예기간의 혜택을 받아온 기업에 대해 유예기간을 유지해 더 보호한다면 이는 형평에 어긋나는 결과가 된다"며 세무서의 손을 들어줬다. 하지만 2심은 이를 뒤집었다.

부동산 펀드가 수익증권 등 집합투자상품을 판매한 수익으로 취득한 부동산은 해당 펀드가 부동산집합투자기구로 등록하기 전이라도 취득세 감면대상이라는 판결이 나왔다. 이번 판결은 지난 2013년 부동산집합투자기구 등록을 마친 집합투자기구가 취득한 부동산만 취득세 감면대상이라는 안전행정부의 유권해석 이후 벌어진 지방자치단체의 대규모 취득세 환수조치 관련 소송의 항소심 첫 판결이다. 지자체의 취득세 환수조치에 반발해 자산 운용사 등이 제기한 소송이 현재 100여건에 달하고 소송금액도 1000억원을 웃돌아 이번 판결이 어떤 영향을 미칠지 주목된다. 서울고법 행정1부(재판장 곽종훈 부장판사)는 농협은행(소송대리인 법무법인 화우)이 마포구청을 상대로 낸 취득세 등 부과처분취소소송(2015누49841)에서 원고패소 판결한 원심을 취소하고 원고승소 판결했다. 재판부는 "자본시장법에 따라 적법하게 설정·설립된 부동산집합투자기구인 이상 비록 금융위원회 등록을 마치기 전이라도 집합투자상품을 판매해 취득한 부동산에 대해서는 세금 감면규정이 적용된다"며 "따라서 등록 전 취득한 부동산이라는 이유로 이미 감면된 취득세 등을 추징한 마포구청의 처분은 위법하다"고 밝혔다. 이어 "등록절차가 완료된 이후 집합투자상품을 판매해 부동산을 취득한 경우에만 감면규정이 적용된다고 보게 되면 부동산집합투자기구를 통한 간접투자가 위축된다"며 "이는 부동산 시장을 활성화하려고 한 감면규정 취지에도 반한다"고 설명했다. 구 조세특례제한법 제120조 4항 2호는 '자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 부동산집합투자기구의 집합투자재산으로 취득하는 부동산은 2014년 12월 31일까지 취득한 경우 취득세의 100분의 30에 상당하는 세액을 감면한다'고 규정했다. 부동산 펀드는 그동안 이 조항에 따라 취득세의 30%를 감면받아왔다. 농협은 2012년 9월 투자회사인 ㈜케이비자산운용과 부동산집합투자기구 설정계약을 체결했다. 케이비자산운용은 계약 체결 전 미리 수익증권을 판매해 농협에 판매대금으로 신탁원본을 납입했다. 농협은 같은해 10월 납입받은 재산으로 서울 마포구의 한 오피스텔을 산 뒤 구청에 "구매한 건물은 부동산집합투자기구의 집합투자재산으로 취득한 부동산이므로 취득세 감면 대상"이라며 세액감면신청을 했다. 마포구청도 신청을 받아들여 세금을 깎아줬다. 케이비자산운용은 이후 금융감독원에 부동산집합투자기구 등록신청을 냈고 같은해 11월에 등록이 됐다. 그런데 안전행정부가 2013년 10월 '감면규정은 등록을 마친 부동산집합투자기구가 부동산을 취득한 경우에 한해 적용된다'는 유권해석을 내리자, 마포구청은 2014년 11월 20억여원의 세금을 농협에 부과했다. 농협은 이에 반발해 소송을 냈다. 1심은 "감면규정 취지가 자본시장법이 정한 절차에 따라 부동산을 취득한 경우에 한해 세액감면 혜택을 부여하려고 했던 것으로 보인다"며 원고패소 판결했다. 화우 조세팀의 오태환(50·사법연수원 28기) 변호사는 "이번 판결은 조세특례제한법상 부동산 펀드에 대한 취득세 감면의 입법취지와 자본시장법상 등록제도의 의미를 충실히 반영한 판결"이라고 말했다.

지주회사 설립을 위해 현물출자한 사람이 현물출자로 얻은 양도차익에 대한 과세이연(세금 납부를 미뤄주는 혜택)을 받은 상태에서 공익법인에 지주회사 주식을 기부했다면 과세이연 받은 양도소득세를 즉각 납부해야 한다는 대법원 판결이 나왔다. 일반적으로 공익재단에 기부하면 세금이 면제되지만 지주회사 설립 과정에 관계됐던 주식에는 이를 적용할 수 없다는 취지다. 대법원 행정2부(주심 박상옥 대법관)는 강영중(66) 대교그룹 회장이 "공익법인에 기부한 주식에까지 세금을 부과하는 것은 부당하다"며 용산세무서장을 상대로 낸 양도소득세 부과처분 취소소송 상고심(2015두40569)에서 원고패소 판결한 원심을 최근 확정했다. 구 상속세 및 증여세법 제48조 1항은 공익법인에 대한 출연은 과세대상이 아니라고 규정하고 있다. 재판부는 판결문에서 "구 조세특례제한법 제38조의2가 주식 현물출자 양도차익에 과세이연 혜택을 주고 있지만 이는 지주회사 중심의 단순한 지배구조를 유도해 기업 지배구조의 투명성을 확보하고 기업구조조정을 활성화하려는 취지"라며 "그런데 강 회장은 지주회사 주식을 증여해 기업구조조정 촉진이라는 기존 목적을 상실시켰으므로 과세대상이 된다"고 밝혔다. 강 회장은 2001년 그룹을 지주회사 체제로 바꾸면서 대교홀딩스를 설립해 자신이 보유하고 있던 계열사 2곳의 주식을 출자하고, 그 대신 대교홀딩스 주식을 받았다. 강 회장은 이 과정에서 주식을 현물투자해 지주회사를 설립할 때 주식 양도차익에 대해서는 주식을 처분할 때까지 과세를 이연받을 수 있도록 규정한 구 조세특례제한법 제38조의2에 따라 2740억여원에 달하는 양도차익에 대한 세금 납부를 미룰 수 있었다. 그러다 강 회장은 2009년 자신이 이사장으로 있던 공익법인인 세계청소년문화재단에 대교홀딩스 주식 7만주(70억원 상당)를 기부했다. 재단은 강 회장의 기부가 공익법인에 대한 출연으로 증여세 과세대상이 아니라는 이유로 증여세를 납부하지 않았다. 하지만 과세당국은 과세이연 받은 양도소득세를 내야한다며 강 회장에게 양도소득세 16억8000만원을 부과했고, 강 회장은 소송을 냈다.

빌라 거주자들이 재건축이 끝나고 신축건물에 재입주하면서 그간 거주 목적으로 보유하고 있던 다른 주택을 팔 경우 1세대 1주택 양도소득세 면제 혜택을 줘야한다는 대법원 판결이 나왔다. 법원은 거주자들이 신축한 건물 일부 세대를 제3자에게 판매해 일시적으로 주택건설사업자의 지위를 갖게 됐더라도 양도세 면제 대상에서 제외하는 것은 부당하다고 판단했다. 구 조세특례법 제99조의3은 일정 기간 사이에 사용승인을 받은 재건축 주택에 대해서는 당해 거주자의 소유주택으로 보지 않으면서, 거주자가 다른 주택을 취득하고 양도할 때 여전히 1세대 1주택자로 취급해 양도세를 부과하지 않도록 규정했다. 다만 주택건설사업자에게는 면제 혜택을 주지 않았다. 대법원 행정3부(주심 권순일 대법관)는 자신의 주택을 팔면서 양도세 면제 혜택을 받지 못한 이모씨가 "양도세 5400여만원의 부과처분을 취소해 달라"며 강서세무서장을 상대로 낸 양도소득세 부과처분 취소소송 상고심(2014두36709)에서 원고패소 판결한 원심을 파기하고 지난달 23일 사건을 서울고법으로 돌려보냈다. 재판부는 판결문에서 "이씨가 자신이 살던 빌라를 기존 12세대에서 19세대 건물로 재건축하면서 늘어난 7세대를 타인에게 팔아 양도세 면제 혜택을 받지 못하는 주택건설사업자의 지위를 얻게 됐더라도, 자신이 보유·거주하던 세대는 일반 실수요자의 입장에서 취득한 것이어서 양도소득세 면제 대상으로 취급해야 한다"고 밝혔다. 재판부는 "구 조세특례법 제99조의3 제1항과 2항은 재건축으로 신축한 주택과 그 외의 주택을 보유한 거주자가 그 외의 주택을 양도할 때 양도세를 부과하지 않도록 규정했는데 이는 새로 건설되는 주택에 대한 매입수요를 창출하고 실수요자의 주택 신축을 장려함으로써 건설경기를 활성화하려는 취지에서 마련된 것"이라고 설명했다. 이어 "이러한 입법 취지를 고려하면 주택건설사업자가 일반 실수요자 입장에서 주택을 취득하는 것을 일반 거주자의 주택 취득과 달리 취급할 합리적인 이유가 없다"고 설명했다. 이씨는 1989년 11월 서울 강서구 염창동에 있는 A빌라 12세대 중 303호를 사들인 뒤 다른 거주자들과 함께 재건축 사업에 착수해 2001년 19세대 건물을 완공했다. 이후 이씨와 거주자들은 부동산신축판매업 등록을 한 뒤 늘어난 7세대를 제3자에게 판매하고 이씨는 501호에 입주해 계속 거주했다. 이후 이씨가 서울 마포구에 소유하던 주택을 양도하자 강서세무서는 "1세대 1주택 양도에 해당하지 않는다"는 이유로 양도소득세 부과처분을 했다. 원심은 "구 조세특례제한법 제99조의3 제1항에서는 양도소득세의 과세특례의 적용요건을 정함에 있어서 거주자로서 주택건설사업자가 아닐 것, 대통령령이 정하는 지역 외의 지역에 소재하는 신축주택을 취득할 것 등을 정하고 있을 뿐, 그 신축주택을 거주할 목적으로 취득해야 한다거나 판매 목적으로 취득하는 것이 아닐 것 등을 요건으로 하고 있지는 않은 점 등에 비춰 보면 과세특례를 적용할 수 없다"며 원고패소 판결을 했다.

재건축 추진 중인 아파트를 취득해 새 아파트를 분양받은 뒤 5년 안에 새 아파트를 양도한 경우 양도소득세 전액을 면제해야 한다는 대법원의 첫 판결이 나왔다. 대법원 특별2부(주심 김창석 대법관)는 최근 김모(53)씨(대리인 법무법인 일촌)가 강동세무서장을 상대로 낸 양도소득세 부과처분 취소소송 상고심(2014두36105)에서 원고승소 판결한 원심을 확정했다. 김씨는 지난 2001년 재건축조합 조합원으로부터 재건축 중인 아파트를 취득했다. 이후 2004년 새 아파트를 분양받은 뒤 2008년 이를 다른 사람에게 팔아 1억2000만원의 양도소득을 올렸다. 세무서는 김씨에게 양도소득세 3300여만원을 부과했고, 김씨는 "새 아파트를 얻은 지 4년 만에 양도했으므로 소득세를 내지 않아도 된다"며 소송을 냈다. 조세특례제한법 특례조항은 신축주택을 5년 이내에 양도한 경우 소득세를 전액 면제하도록 규정하고 있다. 이에 대해 세무서는 "김씨가 재건축 중인 아파트를 산 때로부터 따지면 7년 만에 양도한 셈이라며 이 특례조항을 적용할 수 없다"고 맞섰다. 1, 2심은 "재건축 중인 아파트를 취득한 후 새 아파트를 분양받기 전까지의 소득에 대해서는 소득세를 면제할 수 없다"면서도 "다만 과세 당국이 법적 근거 없이 세금을 부과했다"며 김씨 손을 들어줬다. 하지만 대법원은 "신축주택을 5년 이내에 양도하기만 했으면 '기존 주택 취득부터 신축주택 취득 전까지의 소득'과 '신축주택 취득부터 양도 전까지의 소득' 구분 없이 세금을 모두 면제해야 한다"고 판결했다. 대법원은 "조세특례제한법 특례조항의 문언과 체계, 주택의 신축, 분양, 거래를 장려해 침체된 건설 경기와 부동산 시장을 활성화하려는 입법 취지 등을 고려했다"며 "1, 2심이 법리를 오해했지만 세금을 취소하는 결론이 같아 세무서의 상고를 기각한다"고 밝혔다.

기존 건물의 소유자들이 재건축으로 신축된 건물을 취득한 후 5년 이내에 양도하는 경우 과세관청이 양도소득세를 부과하기 위해 그동안 임의적으로 실시했던 세금계산방식이 위법하다는 법원의 판결이 나와 논란이 예상된다. 조세특례제한법은 침체된 주택건설경기를 활성화하기 위해 2003년 6월까지 신축건물에 대한 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 경우 신축건물 취득일로부터 5년 이내에 양도하면 양도소득세를 전액 감면하도록 규정하고 있다. 또 5년 이후 양도하는 경우에는 시행령에 규정된 계산식을 통해 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득세를 추산해 감면한 양도소득세를 부과하도록 규정했다. 이 계산방식은 조세특례제한법 시행령 제40조1항에 규정했다. 문제는 신축건물이 재건축된 건물인 경우다. 기존 건물의 소유자들이 재건축된 신축건물을 취득 후 5년 이내에 양도하는 경우에는 양도소득세를 계산할 방법이 없다. 이 경우에는 기존 건물과 양도가액의 차이에 해당하는 양도소득세에서 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액에 대한 양도소득세를 감면하는 방식으로 양도소득세를 계산해야 한다. 하지만 시행령에는 이에 대한 마땅한 계산식이 없어 그동안 과세관청은 시행령 제40조1항 계산방식을 준용해왔다. 서울 서초구 S재건축조합의 조합원인 이모(60)씨는 지난 2011년 11월 이같은 양도소득세 계산이 위법하다면 서울 성동세무서를 상대로 소송을 제기했다. 이씨는 기존 건물이 재건축된 후 신축 건물을 취득일로부터 5년 이내에 양도한 경우에는 기존 건물과 양도가액의 차액에 대한 양도소득세를 전액 감면하거나, 법적 근거 없이 과세관청이 임의로 계산식을 준용해서는 안 된다고 주장했다. 이에 대해 서울고법 행정1부(재판장 고의영 부장판사)는 지난달 31일 경정청구 거부처분 취소소송 항소심(2012누8931)에서 "법적 근거 없이 조세특례제한법 시행령 제40조1항의 계산식을 재건축된 신축주택을 취득한 날로부터 5년 이내에 양도하는 경우에 적용하는 것은 위법하다"고 판단했다. 재판부는 "시행령 제40조1항의 계산식은 주택재건축을 통해 취득한 신축주택의 취득일 이전의 양도소득을 전혀 염두에 두지 않고 만들어진 것이어서 계산식의 구성요소를 다르게 바꿔 적용하도록 하는 별도의 규정이 없는 이상 재건축된 신축주택의 취득일부터 5년 이내에 양도하는 경우에는 적용하기에 적합하지 않은 계산식이라 할 것"이라고 말했다. 이어 "과세관청과 같이 계산할 경우 기존주택과 재건축 후 취득한 신축주택을 마치 동일한 주택인 것처럼 취급해 두 부동산의 기준시가를 단순 비교하는 오류를 범하게 되고, 감면되는 양도소득금액이 과소 산정되므로 부당하다"고 덧붙였다. 항소심의 판단이 그대로 확정될 경우 조세특례제한법 시행령에 해당 계산식을 규정하는 법 개정이 불가피할 것으로 보인다. 원고측을 대리한 손병준(47·사법연수원 25기) 법무법인 광장 변호사는 "법원의 판단대로라면 현재로서는 재건축된 신축건물을 5년 이내에 양도할 경우 양도소득세를 계산할 수 있는 방법이 존재하지 않으므로 입법적으로 해결해야 할 것"이라고 말했다. 손 변호사는 "법원에 계류 중인 유사 사건 외에도 아직 소송화되지 않은 유사 사건들이 많아 판결이 그대로 확정될 경우 상당한 파급력이 예상된다"고 전망했다.

법인세 공제대상인 기업부설 연구소 직원들의 인건비에는 퇴직급여 충당금도 포함된다는 판결이 나왔다. 서울행정법원 행정11부(재판장 문준필 부장판사)는 최근 (주)현대자동차가 서초세무서를 상대로 낸 법인세 경정청구 거부처분 취소소송(2012구합44058)에서 원고승소 판결했다. 조세특례제한법과 시행령은 기술개발과 문화산업 진흥을 위한 전담부서에 근무하는 직원의 인건비 등을 포함한 연구·인력개발비는 법인세에서 공제하도록 규정하고 있다. 지난해 시행령이 개정되기 이전에는 인건비에 퇴직급여 충당금을 명문으로 제외하고 있지는 않았다. 재판부는 판결문에서 "인건비는 명칭을 불문하고 근로에 대한 대가로서 유상으로 지출한 일체의 것"이라며 "퇴직급여 충당금은 법인이 퇴직금을 사전 적립한 것으로, 이 충당금으로 퇴직금이 지급되는 것이기 때문에 퇴직급여 충당금에 대해 법인세를 공제하더라도 입법 취지에 반하지 않는다"고 밝혔다. 또 "지난해 2월 조세특례제한법 시행령에 '인건비에서 퇴직급여 충당금은 제외한다'는 규정을 신설한 점을 고려하면 개정 전의 시행령의 인건비에는 퇴직급여 충당금에도 포함된다고 보는 것이 타당하다"고 덧붙였다.