현행 중소기업창업지원법은 농지에 제조업을 위한 공장을 지으면 농지보전부담금(농지를 다른 용도로 사용하는 경우 부과하는 세금)을 면제시켜 준다. 제조업 설립을 장려해 중소기업 발전을 도모한다는 취지다. 그러나 단순히 포장육을 잘라서 판매하는 사업은 '제조업'으로 볼 수 없어 이 같은 혜택을 받을 수 없다는 판결이 나왔다. 부산고법 행정2부(재판장 손지호 부장판사)는 축산물 가공·유통업체인 H사가 부산 강서구청장을 상대로 낸 농지보전부담금처분 취소소송(2016누21886)에서 최근 원고승소한 1심 판결을 취소하고 원고패소 판결했다. 재판부는 "사업장의 성격은 업주의 주관적 의사와 영업형태 뿐 아니라 사업장의 객관적 용도, 법규의 제한사항 등을 종합해 판단해야 한다"면서 "투입된 원재료를 성질이 다른 새로운 제품으로 전환시키는 산업활동은 제조업으로 볼 수 있지만 그 상품의 본질적 성질을 변화시키지 않고 상품을 선별, 정리, 분할, 재포장하는 경우에는 그렇지 않다"고 설명했다. 이어 "H사는 냉동과정을 거친 삼겹살, 갈비 등 포장육을 구입한 다음 절단기를 이용해 다시 작게 나누고 재포장하는 과정을 거쳐 판매한다"며 "이는 개념표지상 단순한 '식육판매업'으로서 농지보전부담금을 면제받을 수 있는 제조업에 해당하지 않는다"고 판시했다. 축산물 유통과 가공을 목적으로 설립된 H사는 사세가 확장되자 2015년 6월 부산 강서구에 농지 1405㎡를 매수해 2층 건물을 신축했다. H사는 자신들의 사업이 식료품 제조업의 일종인 '기타 육류 가공 및 저장처리업'에 해당한다며 관할청에 농지보전부담금을 면제해 달라고 했다. 하지만 부산 강서구청은 2016년 8월 H사의 업태를 제조업으로 보기 힘들다며 농지보전부담금 7000만원을 부과했다. 이에 H사는 같은해 10월 "농지보전부담금 처분을 취소하라"며 소송을 냈고, 1심은 관할청의 처분이 잘못됐다며 H사의 손을 들어줬다.

'골드뱅킹'의 금시세 매매차익은 배당소득세 과세 대상이 아니라는 대법원 첫 판결이 나왔다. 골드뱅킹에 대한 과세가 가능한지를 두고 벌어진 논란에 종지부를 찍은 판결이다. 골드뱅킹이란 고객이 현금을 금통장에 입금하면 은행이 이에 해당하는 금을 그램(g)으로 환산해 통장에 기재하고, 나중에 고객이 찾을 때는 금 실물이나 금 시세에 해당하는 현금을 받는 상품이다. 대법원 특별2부(주심 박상옥 대법관)은 중소기업은행(소송대리인 법무법인 율촌)이 서울 남대문세무서를 상대로 낸 원천징수 배당소득세 징수처분 등 취소소송(2016두261)에서 원고승소 판결한 원심을 최근 확정했다. 재판부는 "골드뱅킹에서 발생하는 이익을 배당소득으로 보기 위해서는 그 이익이 집합투자기구(펀드)로부터의 이익과 유사한 소득으로서 수익분배의 성격이 있어야 한다"고 밝혔다. 이어 "골드뱅킹은 고객이 각각의 계좌에 적립된 금의 양에 따라 그에 해당하는 원화 또는 실물 금을 개별적으로 지급받는 상품이므로 펀드로부터의 이익과 유사한 소득으로 볼 수 없어 골드뱅킹에서 발생하는 이익에 대해 배당소득세를 과세하는 것은 위법하다"고 판시했다. 투자자가 금에 투자하는 골드뱅킹 상품은 2003년부터 본격화됐다. 당시 음성적 금거래로 인한 대규모 탈세 등의 문제로 골머리를 앓던 정부는 은행의 부수업무 중 하나로 금 적립계좌 등 관련 금융상품 개발 및 판매를 허용했고 은행들은 이때부터 경쟁적으로 골드뱅킹 상품을 시판했다. 은행이 대리인이 되어 투자하는 방식으로 애초 상품 출시 단계에서는 금 실물 거래와 마찬가지였기 때문에 판매사인 은행은 고객들에게 투자수익에 대한 세금 부담이 없는 상품이라며 홍보·판매했으며 실제로도 원천징수의무를 이행하지 않았다. 그러나 지난 2010년 금융위원회가 "골드뱅킹은 자본시장법상 파생결합상품으로 과세 대상"이라는 해석을 내놨고 이어 기획재정부도 "파생상품인 골드뱅킹 거래 이익에는 배당소득세를 부과해야 한다"는 유권해석을 내리면서, 과세당국은 이듬해인 2011년 골드뱅킹으로 수익을 얻은 사람들을 가려내 거래 은행을 통해 세금을 납부하도록 통보했다. 이에 불복한 은행은 소송을 냈다. 앞서 1·2심도 은행의 손을 들어줬다.

매출액이 1000억원 미만인 중소기업에 해당돼 3년 동안 과세 유예기간을 주는 조세 특례 혜택 대상이 됐다면 이후 시행령이 바뀌어 중소기업에서 벗어났더라도 과세 유예기간은 보장해야 한다는 대법원 판결이 나왔다. 대법원 특별1부(주심 김용덕 대법관)는 ㈜필맥스(소송대리인 법무법인 동서양재)가 구미세무서장을 상대로 낸 법인세 부과처분 취소소송(2016두33902)에서 원고승소 판결한 원심을 최근 확정했다. 2003년 설립된 플라스틱 제조업체 필맥스는 2010년 처음으로 매출액 1000억원을 돌파했다. 매출액이 1000억원 이상이면 중소기업 지정에서 제외되지만 필맥스는 '중소기업이 그 매출액이 1000억원 이상인 경우와 같이 규모의 확대 등으로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 중소기업으로 본다'는 조세특례제한법 시행령 제2조 2항에 따라 2013년까지 중소기업 유예기간 적용을 받아 세제 혜택 등을 계속 받을 수 있었다. 그런데 2012년 해당 시행령이 개정되면서 관계기업의 매출액 합계가 1000억원을 넘으면 유예기간의 적용을 배제하는 내용이 추가됐다. 필맥스는 당시 몇 개의 계열사를 두고 있었는데 이들 관계기업의 매출액 합계가 1000억원을 넘었다. 그러자 구미세무서는 필맥스가 더 이상 중소기업 유예기간의 적용을 받을 수 없다고 판단해 법인세 2억원을 부과했다. 필맥스는 "개정 규정이 종전 유예기간까지 실효시키는 것으로 볼 수 없다"며 소송을 냈다. 대법원은 "개정 조세특례제한법 시행령 제2조 2항 본문 전단은 유예기간이 언제부터 실효되는지에 관해 아무런 규정을 두고 있지 않다"며 "언제부터 유예기간의 효과가 배제되는지에 관한 명문의 규정이 없는 상태에서 그 사유가 발생하는 즉시 유예기간의 효과가 배제된다고 해석하는 것은 무리"라고 밝혔다. 이어 "이 같은 점 등을 고려할 때 개정 규정을 이미 진행중이던 유예기간의 실효규정으로까지 해석하기는 어렵다"고 판시했다. 앞서 1심은 "이전에 중소기업이었던 기업이 개정 시행령의 관계기업 기준에 따라 중소기업에 해당하지 않게 되면 유예기간 적용이 배제됨은 관련 규정상 명백하다"며 "필맥스처럼 이미 유예기간의 혜택을 받아온 기업에 대해 유예기간을 유지해 더 보호한다면 이는 형평에 어긋나는 결과가 된다"며 세무서의 손을 들어줬다. 하지만 2심은 이를 뒤집었다.

성공보수금으로 6억원을 받고도 소득신고를 하지 않은 변호사가 납부불성실 등으로 1억2000여만원의 가산세를 포함해 3억원의 종합소득세를 물게 됐다. 개인사무소를 운영하는 변호사 A씨는 2007년 현대 로템의 하청업체인 중소기업 B사가 로템을 상대로 상사중재원에 중재를 신청한 대금정산 및 손해배상 분쟁을 대리했다. 이후 A씨는 중재판정 승소 인용금액인 20억여원을 로템 측으로부터 받아 이 중 14억여원을 B사 대표에게 지급했고, 나머지 6억원은 자신의 계좌에 그대로 뒀다. A씨는 이전에 받은 착수금과 수임료에 대해서는 소득신고를 했지만, 이 6억원은 신고하지 않았다. 이후 강남세무서는 "A씨가 성공보수금으로 6억원을 받고도 수입금액으로 신고하지 않았다"며 종합소득세를 부과했다. 세금은 납부불성실 등을 이유로 1억2400여만의 가산세가 포함돼 모두 3억원에 이르렀다. 그러나 A씨는 "6억원 중 실제 받은 성공보수금은 중재판정 인용금액의 10%에 해당하는 2억원뿐"이라고 주장했다. 그는 "나머지 4억원은 B사 대표가 중재신청비용을 마련하기 위해 빌린 돈과 중재절차 수행에 들어간 관련 경비, 다른 사건에 추가로 쓰일 인지대이기 때문에 2억원을 초과하는 부분까지 수입으로 보고 세금을 부과한 것은 부당하다"며 소송을 냈다. 하지만 법원은 세무당국의 손을 들어줬다. 서울행정법원 행정5부(재판장 김경란 부장판사)는 A씨가 "3억원의 종합소득세 부과처분을 취소해달라"며 강남세무서장을 상대로 낸 종합소득세부과처분 취소소송(2013구합14542)에서 12일 원고패소 판결했다. 재판부는 판결문에서 "위임계약서상으로는 중재판정에서 인용되는 금액의 10%를 성공보수금으로 지급하기로 했지만 실제로는 이를 초과하는 6억원을 받은 사실이 인정된다"며 "공제 내역 등에 대한 추가 입증이 없는 한 6억원 전액을 성공보수금으로 봐야 하는데, A씨는 자신이 지출한 내역 등 공제할 비용이 얼마인지를 제대로 증명하지 못했다"고 밝혔다.

중소기업이 결손금 소급공제를 받았지만 이후 소급공제 대상이 아니라는 이유로 다시 반환하도록 규정하면서 법 시행 이전에 받은 소급공제도 반환하도록 한 법인세법 부칙은 위헌이라는 헌법재판소 결정이 나왔다. A사는 2003년 7월 수원시 팔달구의 한 오피스텔 건물을 신축해 분양했고, 2007년 사업연도에 32억원이 넘는 결손이 발생했다. A사는 건설업을 주된 사업으로 하는 법인이라며 2008년 6월 법인세법 제72조1항 결손금 소급공제에 의한 환급을 신청해 수원세무서로부터 4억300만여원을 환급받았다. 하지만 수원세무서는 2009년 11월 A사가 건설업이 아닌 부동산 공급업을 주된 사업으로 하는 기업이라며 결손금 소급공제 대상인 중소기업에 해당하지 않는다는 이유로 A사가 환급받은 법인세액에 이자를 가산한 4억6700여만원을 징수하는 처분을 했다. A사는 수원지법에 징수처분 취소소송을 냈지만 패소했고, 항소심에서 위헌법률심판제청을 신청했지만 기각되자 2012년 3월 헌법소원을 냈다. A사는 결손금 소급공제에 의한 환급 규정을 법 시행 후 최초로 환급세액을 징수하는 분부터 적용하도록 한 법인세법 부칙 제9조가 위헌이라고 주장했다. 헌재는 24일 A사가 법인세법 부칙 제9조는 위헌이라며 낸 헌법소원사건(2012헌바105)에서 재판관 전원일치 의견으로 위헌 결정했다. 재판부는 "부칙은 개정 후 법인세법 시행 이전에 결손금 소급공제 대상이 아닌데도 법인세를 환급받은 법인에도 개정조항을 적용할 수 있도록 규정하고 있다"며 "이미 종결한 과세요건사실에 소급해 적용할 수 있도록 하는 것이어서 헌법에서 원칙적으로 금지하는 진정소급입법에 해당한다"고 밝혔다. 또 "법인세를 부당 환급받은 법인은 소급입법을 통해 이자를 포함한 조세채무를 부담할 것이라고 예상할 수 없었고, 환급세액과 이자상당액을 법인세로서 납부하지 않을 것이라는 신뢰는 보호할 필요가 있다"며 "진정소급입법을 허용할 수 있는 사정이 없어 소급입법 과세금지 원칙에 위반된다"고 지적했다.

증여세가 30억원 이하인 가업(家業)을 승계할 때 5억원을 공제받도록 한 조세특례법을 적용받으려면 상속세 및 증여세법 시행령에 따라 피상속인이 회사 주식 50% 이상을 10년 간 소유해야 한다는 판결이 나왔다. 서울고법 행정11부(재판장 최규홍 부장판사)는 지난달 24일 A사 대표 장모씨가 "법이 '가업'의 정의를 10년 이상 경영한 기업으로 규정하고 있는데 시행령이 50% 이상 주식을 갖고 있어야 한다고 정한 것은 부당하다"며 용인세무서를 상대로 낸 증여세 부과처분 취소소송 항소심(2013누6130)에서 원고승소 판결한 원심을 깨고 원고패소 판결을 내렸다. 재판부는 판결문에서 "가업을 물려줄 때 증여세를 깎아주는 규정을 만든 이유는 중소기업 창업자가 생전에 자녀에게 사전상속해 영속성을 유지할 수 있도록 세제지원을 하는 것이므로 기업이 주식 증여를 통해 창업주의 자녀에게 가업으로 승계될 수 있을 정도의 지분 한도 요건은 필요하다"며 "장씨의 아버지는 10년동안 주식을 50%이상 소유하지 못했으므로 가업을 물려준 것이 아니다"고 밝혔다. 재판부는 "상속세 및 증여세법 시행령에서 '가업은 주식 50% 이상을 보유하는 경우를 포함한다'고 정한 것에 대해 1심은 '가업'의 개념을 보충하는 예시적인 규정일 뿐 필수적인 요건이 아니라고 주장하지만, 예시적인 규정에 불과하다면 일정한 경영승계 요건을 갖춘 경우에는 대표이사가 소유한 법인의 지분이 1% 내외에 불과한 때에도 증여세 과세가액을 공제해야 하므로 불합리하다"고 설명했다. "2010년에 상속세 및 증여세법이 개정되면서 가업상속공제의 피상속인 요건에 주식을 50%이상 계속 보유해야 한다고 명확히 한 것을 봤을 때도 시행령이 가업의 요건을 한정한 것"이라고 덧붙였다. 장씨는 아버지가 창업해 15년간 경영하던 인테리어 내외장제 공급업체를 2009년 물려받았다. 장씨는 당시 조세특례법상 '증여세가 30억원 이하인 가업 승계 시에는 5억원을 감면토록 한다'는 규정이 적용된다고 보아 5억원을 공제하고 10%의 세율을 적용해 증여세 1억1400여만원을 용인세무서에 냈다. 그러나 용인세무서는 "장씨의 아버지가 주식을 50% 이상 소유한 것은 4년에 불과하므로 가업이 아니다"며 세금을 재부과했다.

중소기업 유예기간 중에 있던 기업이 다른 중소기업을 흡수합병했더라도 여전히 중소기업에 해당한다는 판결이 나왔다. 중소기업법 제2조3항은 중소기업이 규모의 확대 등으로 중소기업에 해당하지 않게 된 경우 그 사유가 발생한 연도의 다음 연도부터 3년 간은 유예기간으로 하여 중소기업으로 보도록 하고 있다. 서울행정법원 행정1단독 최호식 판사는 6일 유명 게임업체 N사의 주주인 박모씨 등 5명이 서울 역삼세무서장 등을 상대로 낸 양도소득세부과처분취소소송(2011구단8065)에서 원고승소 판결했다. 재판부는 판결문에서 "중소기업으로 보는 기업과 중소기업이 합병하는 경우에 중소기업 유예제도에 의한 유예기간을 허용하지 않는 중소기업법 시행령 제9조1호는 중소기업이 주체가 돼 중소기업으로 보는 기간 중에 있는 기업과 합병하는 경우에 합병의 주체인 중소기업에게 유예기간을 허용하지 않는다는 것"이라며 "반대로 이 규정이 중소기업으로 보는 기간 중에 있는 기업이 중소기업을 합병하는 경우에 중소기업으로 보는 기업에게 기존에 부여된 유예기간이 실효되는 근거 규정으로 보기 어렵다"고 밝혔다. 재판부는 "단지 합병결과의 규모에만 중점을 두고 조세평등의 원칙을 내세워 중소기업 유예 중에 있는 기업이 합병의 주체가 돼 다른 중소기업을 합병하는 경우까지 중소기업 유예가 실효된다고 확장해석하는 것은 조세법률주의 원칙상 허용되지 않는다"고 설명했다. 법원의 판단에 따라 N사와 같은 중소기업 유예 기간 중 다른 중소기업을 합병한 기업의 주식을 양도한 경우, 양도소득세는 중소기업 주식의 양도에 대한 세율인 10%를 적용해야 한다. 소득세법 제104조1항은 중소기업의 주식을 양도한 경우 10%의 세율을 적용한 양도소득세를, 중소기업이 아닌 기업의 주식을 양도한 경우 20%의 세율을 적용한 양도소득세를 부과하도록 하고 있다.

중소기업 특별세액감면의 기준은 사업장이 아니라 사업주를 기준으로 판단해야 한다는 판결이 나왔다. 부산지법 행정1부(재판장 고규정 부장판사)는 18일 의류임가공업과 부동산 임대업을 하는 김모 씨가 "소득세 430여만원을 취소해달라"라며 부산 동래세무서를 상대로 제기한 종합소득세 부과처분 취소소송(☞2011구합2294)에서 원고패소 판결을 내렸다. 재판부는 판결문에서 "소득세법은 복식부기 의무자에게 사업용 계좌의 신고의무를 부과하고 있는데, 이에 따르면 2개 이상의 사업장을 운영하거나 여러 업종을 겸영하는 때에도 복식부기 의무자에 해당할 수 있다"라며 "소득세는 연도 별로 사업자에게 부과되는 조세이지 사업자의 사업장 별로 부과되는 것이 아니므로 복식부기 의무자는 사업자를 기준으로 판단해야 한다"고 밝혔다. 재판부는 "조세특례제한법은 복식부기 의무자인 사업자가 사업용 계좌 신고의무를 이행하지 않는 때 특별 세액감면의 적용을 배제하고 있다"라며 "따라서 김씨가 2개의 사업장 중 부동산임대업에 대한 사업용 계좌 신고의무를 게을리했음을 이유로 중소기업 특별 세액감면 적용을 배제하고 종합소득세를 부과한 처분은 적법하다"라고 설명했다. 김씨는 2007년 의류임가공업에 대한 사업용 계좌는 법정기간 내에, 부동산임대업에 대한 사업용계좌는 법정기간이 지난 후에 세무서에 신고했다. 동래세무서는 2008년 "김씨는 사업용 계좌 신고를 늦게 해 종합소득세 감면혜택을 받을 수 없다"라며 432만590원의 소득세를 부과했다. 김씨는 "의류임가공업에 대해선 사업용 계좌를 제때 제출했기 때문에 특별 세액감면 대상이 된다"라며 소송을 제기했다.

감세 혜택을 받을 수 있는 벤처기업에 해당되는지 여부는 법인등기부상의 형식적 기재사항이 아니라 회사가 실제로 영위하는 사업의 내용에 따라 판단해야 한다는 판결이 나왔다. 서울행정법원 행정6부(재판장 전성수 부장판사)는 영어전문 교육업체인 A영어전문교육(주)이 "다른 회사와 합병하기 전에 이미 벤처기업으로 확인받은 기술을 가지고 있었던 만큼 세금감면 혜택을 주지 않은 것은 부당하다"며 서울강남구청장을 상대로 낸 취득세등 부과처분취소 소송(☞2007구합8638)에서 원고 승소판결을 지난달 12일 내렸다. 재판부는 판결문에서 "창업벤처중소기업에 세금을 감면하는 것은 기술력있는 중소기업의 창업을 촉진시키고 경쟁력을 높히기 위한 것" 이라며 "이런 취지에 비춰볼 때 창업벤처중소기업의 해당 여부는 법인등기부나 사업자등록증상의 형식적 기재만으로 판단할 것이 아니라 회사가 실제 영위하는 사업의 실질적인 내용에 따라 판단해야 한다"고 밝혔다. 재판부는 이어 "원고는 창업 후 2년 이내에 벤처기업 확인 신청을 했으며 사업의 실질적인 내용 역시 제조업 내지 정보처리 및 컴퓨터 운용 관렵업에 해당하는 창업벤처중소기업에 해당한다"며 "창업 이후 다른 회사를 흡수 합병했다가 법인등기부 기재상 목적사업이 추가됐다는 사정만으로 조세감면 배제사유에 해당한다고 보기 어렵다"고 덧붙였다.

개인사업자가 법인으로 전환해 동종사업을 계속했다면 '창업'에 해당되지 않아 감세혜택을 받을 수 없다는 대법원 판결이 나왔다. 대법원 특별2부(주심 박일환 대법관)는 최근 전자제품 제조업체 P사가 "새 법인을 설립했는데 창업이 아니라며 감세혜택을 주지 않는다는 것은 잘못"이라며 안양세무서장을 상대로 낸 법인세 부과처분취소소송 상고심(☞2007두5240)에서 원고 패소판결을 내린 원심을 확정했다. 재판부는 판결문에서 "개인이 영위하던 사업을 법인으로 전환한 경우는 구 중소기업창업지원법시행령 제2조 제1항 제2호의 '개인사업자인 중소기업자가 법인으로 전환해 변경 전의 사업과 동종의 사업을 계속하는 경우'로서 창업의 범위에 해당하지 않아 구 조세특례제한한법 제6조 제2항 소정의 법인세 감면대상에서 제외된다고 본 것은 정당하다"고 밝혔다. P사 대표이사인 홍씨는 지난 92년 개인사업자로 서울에서 F 전자부품회사를 설립한 후 7년뒤 같은 사업을 하는 P사를 안양에 설립해 중소기업청으로부터 새 회사에 대한 벤처기업확인을 받았다. 법인전환과 함께 F사를 폐업시킨 홍씨는 당시 조세특례제한법상 '창업벤처중소기업 등에 대한 세액감면'혜택을 받는 것으로 계산해 법인세를 적게 신고했으나 안양세무서가 "감세대상인 창업으로 볼 수 없다"며 세금을 추가로 부과하자 소송을 냈었다.