한국필립모리스가 2015년 1월 담뱃값 인상을 앞두고 담배 재고를 축적했다가 실제 담뱃값이 오르자 이를 반출·판매해 부당이득을 취했다는 이유로 수백억 원의 세금을 부과받아 처분 취소 소송을 내 1,2심에서 승소했지만, 대법원이 파기환송했다. 필립모리스 측은 고액의 세금을 물게 될 처지에 놓였다. 대법원 특별2부(주심 민유숙 대법관)는 13일 필립모리스가 이천·금정세무서(소송대리인 법무법인 동인 임수정, 최영헌 변호사, 법무법인 바른 이수경, 최주영, 김지은 변호사)를 상대로 낸 개별소비세 부과 처분 취소 청구 소송(2020두51341)에서 세무당국이 필립모리스에 부과한 개별소비세 및 가산세 처분을 취소한 원심을 파기하고 사건을 수원고법으로 돌려보냈다. 당초 담배는 개별소비세 과세 대상이 아니었는데, 2014년 12월 개별소비세법이 개정되면서 1갑(20개비)당 개별소비세가 594원을 부과하는 근거 규정이 마련됐다. 또 지방세법 개정에 따라 담배 소비세율을 20개비당 1007원으로 인상됐다. 이에 필립모리스는 2015년 1월부터 담뱃값이 2500원에서 4500원으로 인상된다는 결정이 나오자, 2014년 9월부터 12월까지 전산시스템 관리 코드를 변경해 담배를 허위로 반출하거나 임시창고를 이용한 가장 반출로 1억9100만여 갑을 축적하고 개정 전 세법에 따른 담배소비세만 납부했다. 담뱃세는 공장에서 제조된 담배가 보세창고로 옮길 때가 아닌 보세창고에서 도매상으로 넘길 때 부과되는데, 국세청은 필립모리스가 담뱃값 인상과 함께 부과되는 개별소비세를 피하기 위해 미리 창고 등에 축적한 담배를 담뱃값이 오른 후 판매했다고 판단해 고의적 조세 포탈 행위를 했다고 보고 약 997억 원의 세금을 부과했다. 필립모리스는 국세청의 결정에 불복했지만, 조세심판원이 청구를 기각하자 불복해 소송을 냈다. 1,2심은 국세청이 문제 삼은 담배는 이미 개별소비세가 붙기 전인 2014년에 반출이 이뤄졌다는 필립모리스 측의 주장을 받아들였다. 하지만 대법원의 판단은 달랐다. 재판부는 필립모리스가 마련한 임시창고는 담뱃값의 인상 차액을 얻으려 담뱃값이 인상되기 전에 제조공장에서 담배를 반출하기 위해 일시적인 방편으로 마련된 장소에 불과하다고 판단했다. 재판부는 "제조장에서 일시적인 방편으로 마련된 장소로 담배를 옮긴 것에 불과하다면, 이를 제조장에서 반출한 것으로 볼 수 없다"며 "제조공장에서 임시창고로 옮긴 때가 아니라, 이 사건 임시창고에서 각 물류센터로 옮긴 때 비로소 제조장에서 반출한 것으로 봐야 하므로 2015년 1월1일 이후에 임시창고에서 물류센터로 옮겨진 담배에 대해서는 개별소비세를 부과할 수 있다"고 판시했다.

'주식의 포괄적 교환'은 기업의 합병과 경제적 실질이 유사해 증여세를 계산할 때는 합병에 관한 규정을 준용해야 한다는 대법원 판단이 나왔다. 대법원 특별3부(주심 노정희 대법관)는 지난달 29일 A 씨가 과세관청을 상대로 낸 증여세 과세처분 취소소송(2019두19)에서 원고패소 판결한 원심을 파기하고 사건을 서울고법으로 돌려보냈다. 코스닥 상장법인인 B 사는 비상장법인인 C 사 주식을 전부 인수하면서 C 사 주주들에게 B사 주식을 발행해 주기로 하는 '주식의 포괄적 교환' 계약을 체결했다. C사 최대주주 A 씨는 계약에서 정한 기준에 따라 B 사 신주를 배정받았다. 과세관청은 세무조사 후 C 사 주가가 시가보다 과대평가돼 A 씨가 차액 상당을 증여받았다며 A 씨에게 세금을 부과했다. 이에 A씨는 증여세 부과 처분을 취소해달라는 행정소송을 제기했다. 1,2심은 과세관청의 손을 들어줬다. 주식의 포괄적 교환에 따른 증여이익을 산정할 때 구 상속세및증여세법(상증세법) 시행령 제31조의9(기타이익의 증여 등)와 구 상증세법 제63조 제1항 제1호(주식의 평가에 관한 일반규정)를 적용한 과세관청의 판단에 문제가 없다고 판단했다. 그러나 대법원은 주식의 포괄적 교환이 사실상의 기업 합병이므로 주식 가액을 계산할 때도 상증세법 시행령의 '합병 규정'을 적용해야 한다는 판단을 내놨다. 재판부는 "주식의 포괄적 교환은 합병과 경제적 실질이 유사하고 이런 점을 고려해 증권거래법 등은 주식의 포괄적 교환의 경우 합병에 관한 규정을 준용하도록 정하고 있다"며 "주식의 포괄적 교환에도 합병처럼 불합리하게 증여세가 부과되는 문제가 생길 수 있어 증여이익 산정 시 구 상증세법 시행령 제28조를 준용할 필요가 있다"고 밝혔다. 대법원 관계자는 "주식의 포괄적 교환에 따른 증여이익을 구체적으로 계산하는 데 적용할 근거법령을 최초로 명시적으로 설시함으로써 향후 과세관청의 과세실무와 하급심 판단의 기준을 제시한 판결"이라고 말했다.

국제조세조정법 시행령에서 정한 간주정상이자율을 정상이자율로 선택해 적용한 과세관청의 처분은 자의적인 과세권 행사에 해당해 위법하다는 판결이 나왔다. 서울행정법원 행정2부(재판장 신명희 부장판사)는 지난달 15일 한국쓰리엠이 영등포세무서장을 상대로 제기한 법인세 등 부과처분 취소소송(2021구합55647)에서 원고일부승소 판결했다. 한국쓰리엠은 2005년 9월 룩셈부르크에 위치한 A사와 '회사간 융자 및 예치 협정'을 체결했다. 이 협정에 따라 한국쓰리엠은 2012년 10월부터 2018년 12월까지 약정이자율 연 1.232%~2.5%로 약 1~3개월 이후 상환받기로 약정하고 A사에 무보증 조건으로 예치했고, 만기를 갱신하면서 추가 예치가 예금 회수가 필요한 경우엔 원금을 증액 또는 감액하면서 해당 약정이자율 상당 이자를 수취하는 금전거래를 했다. 서울지방국세청은 한국쓰리엠에 대해 세무조사를 실시했는데, A사와의 거래를 통해 A사로부터 수취한 이자는 실질적으로 저리의 이율로 국외특수관계인인 A사에게 금전을 대여한 것으로 국세조정에 관한 법률 제5조 제1항 제1호 등에서 규정한 '비교가능 제3자 가격방법'에 따른 정상가격보다 낮다는 전제 하에, 한국쓰리엠과 A사 간의 약정이자율을 부인하고 조사청이 산정한 정상이자율에 따른 이자소득과 한국쓰리엠이 신고한 이자소득 간의 차액을 익금에 산입해야 한다고 관할 세무서장에게 과세자료를 통지했다. 독립기업의 원칙 따른 국제조세조정법 형해화 영등포세무서장은 특수관계가 없는 독립된 기업간 회사채발행 거래를 기초로 정상이자율 산정 및 소득금액 조정을 통해 2018년 한국쓰리엠에 대해 가산세와 법인세 합계 87억여 원을 부과했다. 이에 불복한 한국쓰리엠은 조세심판원에 심판청구를 제기했다. 심판원은 위법한 처분이라고 판단하면서 "해당 거래를 금전대차 거래로 보고 그에 따른 정상이자율(정상가액)을 재조사해, 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정하라"는 취지의 재조사결정을 내렸다. 이에 서울지방국세청은 해당 결정 취지에 따라 재조사를 했고, 가산세와 법인세 합계 19억여 원을 부과했다. 그러자 한국쓰리엠은 "과세당국은 임의로 이자율을 산정·조정한 뒤 이전가격 과세를 해 위법하다"고 주장하면서 소송을 냈다. 재판부는 "국제조세조정법에선 정상가격에 의해서만 과세조정이 허용된다고 규정하고 있고, 국외특수관계인이 아닌 자와 통상적인 거래에서 허용되거나 적용될 것으로 판단되는 재화 또는 용역의 특성·기능 및 경제환경 등 거래조건을 고려해 계산하도록 해 독립기업의 원칙에 따라 정상가격을 산정하도록 규정하고 있다"며 "그런데 과세관청이 독립기업의 원칙에 따른 정상가격을 산정하기 위한 노력 없이 일률적으로 간주정상이자율 규정을 적용해 과세할 수 있다면, 이는 독립기업의 원칙에 따른 정상가격 산출을 규정한 국제조세조정법을 형해화하는 해석"이라고 밝혔다. 서울행정법원 기업 일부승소 판결 이어 "한국쓰리엠과 A사의 거래는 국제조세조정법 시행령에서 정한 독립기업의 원칙에 따라 산정되는 통상적인 이자율로 인정할 수 있다"며 "그럼에도 국제조세조정법 시행령 개정일인 2017년 2월을 기준으로 이후 거래에 대해 과세관청이 국제조세조정법 시행령에서 정한 간주정상이자율을 해당 거래의 정상이자율로 선택해 적용할 수 있다고 보는 것은 그 자체로 자의적인 과세권 행사에 해당한다"고 판시했다. 정상가격이란 거주자·내국법인 또는 국내사업장이 국외특수관계인이 아닌 자와의 통상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격을 말하며, 정상이자율은 특수관계인이 아닌 자 간의 통상적인 자금거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 이자율을 말한다. 구 국제조세조정에 관한 법률 시행령은 거주자와 국외특수관계인의 국제거래서의 경우, 거래 금액 및 국제금융시장의 실세이자율을 고려해 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 정상이자율로 간주되는 이자율을 신설했다. 구 국세조세조정법 시행규칙에 따라 거주자가 국외특수관계인에게 자금을 대여하는 경우 등에서는 간주정상이자율을 따르도록 하고 있다.

삼성SDS가 2010년 삼성네트웍스와 합병 이후 얻게 된 이익과 관련한 1000억여 원의 법인세 소송 항소심에서 승소했다. 서울고법 행정1-1부(재판장 심준보, 김종호, 이승한 부장판사)는 20일 삼성SDS(소송대리인 법무법인 율촌 김동수, 신기선, 전영준, 조윤희, 홍문기, 한원교 변호사)가 잠실세무서장을 상대로 낸 법인세 부과처분 취소소송(2020누39275)에서 원고패소 판결한 1심을 취소하고 원고승소 판결했다. 삼성SDS는 2010년 삼성네트웍스와 합병하면서 삼성네트웍스 주주들에게 합병신주 및 합병교부금 명목으로 총 9045억여 원을 지급했다. 삼성SDS는 이 9045억여 원과 삼성네트웍스의 순자산가액 3214억여 원과의 차액 5831억여 원 중 1656억여 원을 무형자산으로, 나머지 4174억여 원은 영업권으로 계상했다. 이후 삼성SDS는 2010 사업연도 법인세 신고 시 무형자산으로 평가해 계상한 금액 중 1611억여 원을 합병평가차익으로 보아 이를 이익에 산입했으나, 영업권에 대해선 손금 산입을 유보하고 같은 금액을 손금불산입하는 것으로 세무조정을 했다. 서울지방국세청은 2013년 11월 삼성SDS에 대한 실지조사를 실시한 결과, 삼성SDS가 영업권으로 계상한 4174억여 원이 합병평가차익에 해당하는 것으로 판단해 2010 사업연도 귀속 법인세 1490억여 원을 결정·고지했다. 이에 불복한 삼성SDS는 2016년 3월 감사원에 심사청구를 했으나 2018년 12월 기각되자 소송을 제기했다. 재판부는 "삼성SDS와 삼성네트웍스의 합병이 적격합병에 해당한다는 점에 관해 당사자 사이에 다툼이 없다"며 "두 회사의 합병은 상호 역량 보완을 통한 대외경쟁력 강화 및 경영 효율성 제고 등 '동반상승 효과'를 극대화함으로써 기업가치를 높이기 위한 것으로서, 단지 합병 시 현금 흐름을 더욱 안정화해 회사의 재무 구조를 건실화하고 유동성을 증대시키는 것뿐만 아니라, 합병법인의 영업에 미치는 영향까지 고려해 이뤄진 것으로 볼 수 있다"고 밝혔다. 이어 "두 회사 모두 합병 당시 동일한 기업집단인 삼성그룹에 속해 있는 계열회사로서 대표이사도 같았고, 삼성SDS가 합병으로 인해 계열회사인 삼성네트웍스의 상호, 거래관계, 영업상의 비밀 등을 이용할 필요성이 있었다고 단정하기도 어렵다"며 "수익가치 산정 시 삼성네트웍스의 2009년, 2010년 매출액 등을 추정할 때에도 과거 실적추이 및 최근까지의 실적, 추정손익계산서 등을 기초로 했을 뿐 삼성네트웍스의 상호나 거래관계, 영업상 비밀 등을 초과수익력 있는 무형자산의 요소로서 추정에 반영한 것으로 볼 수는 없다"고 설명했다. 그러면서 "삼성SDS는 합병 당시 한국채택국제회계기준을 따랐는데, 영업권의 경우 내용연수가 비한정인 무형자산으로 상각하는 대신 매 결산기에 손상검사를 해야 한다"며 "삼성SDS도 이에 따라 영업권에 관해 상각하지 않는 대신 매 사업연도마다 손상검사를 수행했고, 손상차손을 인식하지 않았다는 사정만으로 삼성SDS가 합병 당시 영업권에 대해 사업상 가치를 평가해 그 대가를 지급했다고 단정하기는 어렵다"고 판시했다.

김무성 새누리당 전 대표의 누나인 김문희씨가 이사장으로 있는 학교법인 용문학원이 50억대 세금 소송에서 승소했다. 대법원 특별1부(주심 김소영 대법관)는 용문중·고등학교 등을 운영하고 있는 용문학원(소송대리인 법무법인 율촌)이 성북세무서장을 상대로 제기한 법인세 부과처분 취소소송(2016두31173)에서 원고승소 판결한 원심을 최근 확정했다. 용문학원은 수익사업을 위해 부동산 임대용도로 쓰던 토지와 건물을 2009년 상담심리대학원을 세운다며 교육목적으로 전입시켰다. 임대용도로 쓰던 건물을 학교 건물로 쓰기 위한 것이다. 이 과정에서 부동산의 시가와 장부가액의 평가차익이 129억8007만원이나 생겼다. 용문학원은 부동산을 제3자에게 판 것도 아니고 실현된 이익도 아니라며 평가차익을 수익이 아니라고 회계장부에 기입했다. 그러나 세무당국은 "학교법인이 수익사업에 해당하는 자산을 비영리사업으로 전입한 경우 차액은 전입일이 속하는 사업연도의 수익금에 해당한다"며 "법인세 51억9255만원을 납부하라"고 통보했다. 이에 용문학원은 소송을 냈다. 대법원은 "법인세법 시행규칙 제76조 4항에서 '사립학교법인이 수익사업회계에 속하는 자산을 비영리사업회계에 전입한 경우에는 이를 비영리사업에 지출한 것으로 본다'고 규정하고 있는데, 여기서의 '지출'은 문언 해석상 손익거래와 관계없는 자본원입액의 반환 등으로 해석해야 한다"며 "이 사건 부동산을 비영리사업회계에 전입한 것이 그 자체로 수익성을 가지거나 수익을 목적으로 한 것이라고 보기 어려워 법인세 부과 대상으로 볼 수 없다"고 밝혔다. 앞서 1, 2심도 용문학원의 손을 들어줬다.

주식 매각대금을 횡령한 직원 때문에 수십억원의 손해를 본 정몽규(53) 현대산업개발 회장이 7억여원의 양도소득세 부담을 벗게 됐다. 대법원 행정3부(주심 권순일 대법관)는 정 회장이 남양주세무서장을 상대로 "양도소득세와 증권거래세 7억9000만원을 취소해 달라"며 낸 양도소득세등부과처분취소소송의 상고심(2010두1385)에서 원고패소 판결한 원심을 깨고 사건을 서울고법으로 돌려보냈다고 29일 밝혔다. 재판부는 판결문에서 "대리인이 위임의 취지에 반해 자산을 저가에 양도한 것처럼 속이고 양도대금 일부를 횡령했고, 돈 회수가 불가능해졌다면 이에 대한 양도소득세를 부과할 수 없다"고 밝혔다. 다만 증권거래세 1780만원에 대해서는 "이익 발생 여부와 관계없이 소유권이 이전되면 부과되는 유통세"라며 정 회장에게 납부 책임이 있다는 원심을 유지했다. 정 회장은 1999년 부하직원 서모씨에게 자신이 보유한 신세기통신 주식 52만4000주를 팔라고 지시했다. 서씨는 정 회장의 주식을 173억원에 팔았지만 140억5000만원에 판 것처럼 서류를 꾸미고 차액 32억5000만원을 챙겼다. 서씨는 세금도 140억여원에 맞춰 납부했다. 이후 남양주세무서는 실제 거래대금이 173억원이란 사실을 알고 정 회장에게 차액 32억5000만원에 대한 양도소득세와 증권거래세로 모두 7억9000여만원을 추가로 내라고 통보했다. 서씨는 2002년 퇴사해 미국으로 이주해 영주권을 취득했고 검찰 수사가 시작되자 종적을 감췄다. 정 회장은 "서씨가 횡령한 돈에 대한 세금을 낼 수는 없다"며 소송을 내 1심에서 승소했다. 하지만 2심은 "서씨가 모든 권한을 위임받았으니 정 회장에게 세금을 물린 것도 정당하다"며 원고패소 판결했다.

로펌이 "등기부에는 구성원 변호사로 돼 있지만 사실은 고용변호사이므로 변호사 급여를 법인세 손금에 산입해 세금을 깎아 달라"는 소송을 냈으나 패소했다. 서울고법 행정8부(재판장 장석조 부장판사)는 최근 H법무법인이 서초세무서를 상대로 낸 법인세 부과처분 취소소송 항소심(2013누19600)에서 원고패소 판결했다. H법무법인은 재판에서 "법인등기부상 노무 출자 구성원인 장모 변호사 등 6명은 법무법인 구성요건 충족을 위해 부득이 형식상 구성원으로 등재한 것일뿐 실질적으로 근로계약을 체결하고 고용된 변호사"라고 주장했으나 받아들여지지 않았다. 재판부는 "장 변호사 등이 짧은 기간 H로펌에 근무하며 급여를 받긴 했지만, 고용계약을 체결했는지, 로펌에서 일하게 된 경위가 어떻게 되는지, 업무 내용이 무엇인지 등을 알 수 있는 아무런 자료가 없어 고용변호사로 인정하기 어렵다"고 지적했다. 2009년 설립된 H로펌은 법인 등기부에 등기된 노무 출자 구성원인 신모, 이모 변호사 등 9명에게 급여 3억8500만원을 지급하고 이를 손금으로 계산해 법인세를 신고했다. 서초세무서는 법인세법 시행령 제43조에 따라 노무 출자 사원에게 지급하는 보수는 상여로 손금이 아니라고 판단해 2011년 11월 법인세 7300여만원을 부과했다. 또 신 변호사 등에게는 법무법인으로부터 이익 배당을 받은 것으로 보고 3억8500여만원의 소득금액변동통지를 했다. 법인이 세금을 내지 않자 서초세무서는 신 변호사 등에게 구성원 변호사로서 법무법인의 세금을 연대책임 지라며 법인세에 가산금까지 7600만원을 내라고 통지했다. H법무법인은 "신 변호사 등은 실제로는 고용변호사"라며 지난해 소송을 냈다. 1심은 "법무법인 등기부에 형식상 구성원으로 등기돼 있어도 실질적으로 급여를 받는 고용변호사에 불과하다면, 법무법인은 변호사 급여를 법인세 손금에 산입해야 한다"며 "법인의 무한책임 사원에게 2차 납세의무를 부과하기 위해서는 실질적인 무한책임사원으로 법인의 운영에 관여할 수 있는 위치에 있어야 하고 형식상 등기부에 무한책임사원으로 등재된 것만으로는 안 된다"고 판시했다. 이에 따라 재판부는 H법인이 고용변호사라고 주장한 9명 중 신모, 최모 변호사만 실제 담당한 업무와 채용 경위 등을 감안해 고용변호사로 인정했고, 서초세무서는 법원의 판단에 따라 법인세경정처분을 하고 차액을 환급했다. 그러자 H법무법인은 나머지도 고용변호사이므로 법인세를 깎아달라며 항소했다.

비상장주식회사의 임직원이 주식매수선택권(스톡 옵션)을 행사하면서 생긴 차익에 대한 근로소득세 산정 기준은 행사 의사를 회사에 알린 때라는 판결이 나왔다. 서울고법 행정11부(재판장 최규홍 부장판사)는 최근 이모씨가 반포세무서를 상대로 낸 종합소득세 부과처분 취소소송 항소심(2012누35407)에서 원고패소 판결한 1심을 취소하고 원고승소 판결했다. 재판부는 판결문에서 "주식매수선택권이 형성권이고, 근로자의 경우 주가를 고려해 주식매수선택권 행사 시기를 선택할 것"이라며 "행사한 날짜까지의 차익은 근로소득으로 보고, 그 후 발생하는 차익은 양도차익으로 보는 것이 타당한 점 등에 비춰 보면, 주식매수선택권 행사 의사를 해당 법인에 정확히 알린 시기라고 봐야 한다"고 밝혔다. 또 "주식매수선택권 행사로 말미암은 이익은 주식매수선택권 행사 당시의 시가와 실제 매수가액과의 차액으로 산정하므로, 주식매수선택권 행사 시기에 따라 행사 당시의 시가가 달라진다는 점에서 행사 시기는 근로소득 산정에 중요한 요소가 된다"며 "주식매수선택권을 행사한 시기는 과세관청이 증명해야 한다"고 덧붙였다. 엔터데인먼트 업체 G사의 경영지원실장으로 근무한 이씨는 2008년 3월 모회사의 보통주 30만주를 1주당 미화 1달러에 취득할 수 있는 주식매수선택권을 부여받고 이 중 10만주에 대해 주식매수선택권을 행사해 주식을 취득했다. 이씨는 다음달 10만주를 같은 회사 상무이사에게 미화 11.41달러에 양도했다. 반포세무서는 이씨가 주식매수선택권을 행사해 얻은 시가 차익 중 근로소득을 신고하지 않았다며 이씨가 상무이사에게 양도한 11.41달러를 시가로 보고 종합소득세 4억2000여만원을 부과했다. 이씨는 주식매수선택권을 행사한 시점의 거래 가격이 아니라 그 다음달 주식을 양도했을 당시의 시가를 기준으로 세금을 부과했다며 지난해 3월 소송을 냈다.

기존 건물의 소유자들이 재건축으로 신축된 건물을 취득한 후 5년 이내에 양도하는 경우 과세관청이 양도소득세를 부과하기 위해 그동안 임의적으로 실시했던 세금계산방식이 위법하다는 법원의 판결이 나와 논란이 예상된다. 조세특례제한법은 침체된 주택건설경기를 활성화하기 위해 2003년 6월까지 신축건물에 대한 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 경우 신축건물 취득일로부터 5년 이내에 양도하면 양도소득세를 전액 감면하도록 규정하고 있다. 또 5년 이후 양도하는 경우에는 시행령에 규정된 계산식을 통해 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득세를 추산해 감면한 양도소득세를 부과하도록 규정했다. 이 계산방식은 조세특례제한법 시행령 제40조1항에 규정했다. 문제는 신축건물이 재건축된 건물인 경우다. 기존 건물의 소유자들이 재건축된 신축건물을 취득 후 5년 이내에 양도하는 경우에는 양도소득세를 계산할 방법이 없다. 이 경우에는 기존 건물과 양도가액의 차이에 해당하는 양도소득세에서 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액에 대한 양도소득세를 감면하는 방식으로 양도소득세를 계산해야 한다. 하지만 시행령에는 이에 대한 마땅한 계산식이 없어 그동안 과세관청은 시행령 제40조1항 계산방식을 준용해왔다. 서울 서초구 S재건축조합의 조합원인 이모(60)씨는 지난 2011년 11월 이같은 양도소득세 계산이 위법하다면 서울 성동세무서를 상대로 소송을 제기했다. 이씨는 기존 건물이 재건축된 후 신축 건물을 취득일로부터 5년 이내에 양도한 경우에는 기존 건물과 양도가액의 차액에 대한 양도소득세를 전액 감면하거나, 법적 근거 없이 과세관청이 임의로 계산식을 준용해서는 안 된다고 주장했다. 이에 대해 서울고법 행정1부(재판장 고의영 부장판사)는 지난달 31일 경정청구 거부처분 취소소송 항소심(2012누8931)에서 "법적 근거 없이 조세특례제한법 시행령 제40조1항의 계산식을 재건축된 신축주택을 취득한 날로부터 5년 이내에 양도하는 경우에 적용하는 것은 위법하다"고 판단했다. 재판부는 "시행령 제40조1항의 계산식은 주택재건축을 통해 취득한 신축주택의 취득일 이전의 양도소득을 전혀 염두에 두지 않고 만들어진 것이어서 계산식의 구성요소를 다르게 바꿔 적용하도록 하는 별도의 규정이 없는 이상 재건축된 신축주택의 취득일부터 5년 이내에 양도하는 경우에는 적용하기에 적합하지 않은 계산식이라 할 것"이라고 말했다. 이어 "과세관청과 같이 계산할 경우 기존주택과 재건축 후 취득한 신축주택을 마치 동일한 주택인 것처럼 취급해 두 부동산의 기준시가를 단순 비교하는 오류를 범하게 되고, 감면되는 양도소득금액이 과소 산정되므로 부당하다"고 덧붙였다. 항소심의 판단이 그대로 확정될 경우 조세특례제한법 시행령에 해당 계산식을 규정하는 법 개정이 불가피할 것으로 보인다. 원고측을 대리한 손병준(47·사법연수원 25기) 법무법인 광장 변호사는 "법원의 판단대로라면 현재로서는 재건축된 신축건물을 5년 이내에 양도할 경우 양도소득세를 계산할 수 있는 방법이 존재하지 않으므로 입법적으로 해결해야 할 것"이라고 말했다. 손 변호사는 "법원에 계류 중인 유사 사건 외에도 아직 소송화되지 않은 유사 사건들이 많아 판결이 그대로 확정될 경우 상당한 파급력이 예상된다"고 전망했다.

부가가치세 환급세액의 지급을 구하는 소송은 민사소송이 아닌 행정소송으로 제기해야 한다는 대법원 전원합의체 판결이 나왔다. 과다책정된 부가가치세와 실제 납입해야 할 세액의 차액을 돌려달라는 청구권의 성질은 민법상 부당이득 반환청구권이 아니라 공법상 권리이므로 행정소송법상 법률관계를 확정하는 '당사자 소송'에 의해야 한다는 취지다. 대법원 전원합의체(주심 신영철 대법관)는 21일 세금을 환급받을 수 있는 채권을 양수한 (주)아시아신탁이 "부가가치세 환급금 13억 9100여만원을 지급하라"며 국가를 상대로 낸 양수금 청구소송 상고심(☞ 2011다95564)에서 사건을 의정부지법 행정부로 이송한 원심을 확정했다. 이번 판결로 개별 세법에서 정한 환급세액의 반환도 일률적으로 부당이득반환이라고 본 기존의 대법원 판결(87누479)은 변경됐다. 재판부는 판결문에서 "납세의무자에 대한 국가의 부가가치세 환급세액 지급의무는 그 납세의무자로부터 어느 과세기간에 과다하게 거래징수된 세액 상당을 국가가 실제로 납부받았는지 여부와 관계 없이 부가가치세법령의 규정에 의해 직접 발생하는 것으로, 그 법적 성질은 수익자와 손실자 사이의 재산상태 조정을 위해 인정되는 부당이득 반환의무가 아니라 부가가치세법령에 의해 그 존재여부와 범위가 구체적으로 확정되고 조세정책적 관점에서 특별히 인정되는 공법상 의무라고 봐야 한다"고 밝혔다. 이어 "국가에 대한 납세의무자의 부가가치세 환급세액 지급청구는 민사소송이 아니라 행정소송법 제3조2호에 규정된 당사자소송의 절차에 따라야 한다"고 덧붙였다. 그러나 박보영 대법관은 "소송실무의 관점에서 민사소송과 당사자소송의 구별실익이 그다지 크지 않다"며 "수십년 동안 축적된 대법원 판례를 통해 일반 국민에게 부가가치세 환급세액의 지급청구는 민사소송의 대상이라는 인식이라는 확고하고 실무관행도 확립된 상황이므로 구태여 부가가치세 환급세액지급청구에 관해서만 판례를 변경하면서까지 이를 당사자소송의 대상으로 보는 것은 소송실무만 혼란만 일으킬 우려가 있다는 측면에서 바람직하지 않다"는 반대의견을 냈다. 아시아신탁은 2009년 3월 A건설회사로부터 13억 9100여만원의 부가가치세 환급금채권을 양수받았다. 아시아신탁은 A사를 대리해 파주세무서에 채권양도 통지한 뒤 양수금 지급을 청구했으나 세무서가 지급을 거부하자 소송을 냈다. 1심을 맡은 의정부지법 민사부는 원고일부승소 판결했으나, 2심인 서울고법은 "부가가치세법상의 환급세액은 조세법적인 원리가 그대로 적용되므로 환급세액 반환청구소송은 전문법원인 행정법원에서 공법상 당사자 소송을 통해 심리·판단해야 한다"며 1심판결을 취소하고 의정부지법 행정부로 사건을 이송하는 판결을 내렸다. 소순무 법무법인 율촌 변호사는 "이번 판결로 부가가치세 환급세액을 지급하라는 소송의 당사자들은 행정법원이 설치된 지방법원 본원을 찾아가야 하는 불편을 감수해야 하지만, 전문적인 행정법원에서 재판을 받게 됐다"고 말했다.