한국토지주택공사(LH)가 소규모 임대주택 사업을 보금자리 주택으로 용도변경 했더라도 정부 정책에 의한 것이라면 지방세를 추징할 수 없다는 대법원 판결이 나왔다. 대법원 특별2부(주심 박상옥 대법관)는 LH(소송대리인 법무법인 청률)가 부산 사하구청장을 상대로 낸 지방세 부과처분 취소소송(2016두37867)에서 원고승소 판결한 원심을 최근 확정했다. LH는 2005년 소규모 국민임대아파트 1400세대를 건설하기로 하고 건설교통부장관으로부터 사업 승인을 받았다. 부산 신평지구에서 건설을 시작한 LH는 2009년부터 2012년까지 취득세와 등록세를 면제받았다. 구 지방세법 제269조는 1항은 '토지주택공사가 임대를 목적으로 취득하여 소유하는 대통령령으로 정하는 소규모 공동주택용 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다'고 규정하고 있기 때문이다. 그러나 2012년 12월 국토해양부장관은 "정부정책에 의해 주택 공급유형이 '국민임대'에서 '공공분양'으로 변경됐으니 계속적인 사업시행이 불가능하게 됐다"며 '사정변경'을 이유로 임대주택 건설사업을 취소하고 보금자리 주택건설사업을 승인해줬다. 그러자 부산시는 LH가 취득한 택지를 소규모 임대주택 사업이 아닌 다른 용도에 사용했다며 당초 면제했던 취득세 6억4200만원과 등록세 5억6300만원, 지방교육세 1억420만원을 추징했다. '제1항의 토지를 취득한 후 대통령령이 정하는 기간 내에 소규모 공동주택의 건축을 착공하지 않거나 소규모 공동주택이 아닌 용도에 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 감면된 취득세와 등록세를 추징한다'고 규정한 구 지방세법 제269조 3항에 근거한 것이었다. LH는 이에 반발해 소송을 냈다. 대법원은 "정부 정책에 의한 사정변경으로 종전의 국민임대주택 건설사업 승인이 취소되고 공공분양사업으로 변경됨으로써 LH가 부동산을 소규모 임대주택에 사용할 것을 기대할 수 없게 된 것"이라며 "LH가 당초부터 공공분양사업을 목적으로 토지를 취득했거나 사정변경 후 같은 목적으로 토지를 취득했더라면 세금을 면제 받을 수 있었을 것"이라고 밝혔다. 이어 "LH가 부동산을 소규모 임대주택에 사용하지 않은데 정당한 사유가 있으므로 이 사건 처분은 위법하다"고 판시했다. 앞서 1, 2심도 LH의 손을 들어줬다.

이전 주인이 농지를 다른 부지로 쓰기 위해 전용(轉用) 신청을 하면서 농지보전부담금을 내지 않아 등기부에 여전히 농지로 기재돼있더라도 오랫동안 농지로 사용하지 않았다면 땅을 매입한 사람이 새로 건축허가를 신청할 때 농지보전부담금을 내지 않아도 된다는 판결이 나왔다. 2000년 A씨는 창고를 짓기 위해 구청에 건축허가 신청을 했다. 그런데 구청이 허가를 내주면서 A씨로부터 전용을 하면 받아야 할 농지보전부담금을 받지 않았고 지목 수정도 하지 않아 땅 일부분이 등기부등본에 계속 농지인 '답(畓)'으로 남아있었다. 2013년 이모씨는 유치원을 신축하기 위해 A씨로부터 이 땅을 매입해 구청에 건축허가를 신청했다. 구청은 땅의 지목이 '답'인걸 확인하고 이씨에게 "농지보전부담금 3400만원을 착공 전까지 납부한다면 허가해주겠다"며 조건부 건축허가를 했다. 이씨는 "종전 소유자인 A씨가 창고를 신축할 당시 농지전용허가를 받았으므로 더 이상 농지가 아니다"라고 주장하며 소송을 냈다. 대구지법 행정1부(재판장 권순형 부장판사)는 최근 이씨가 대구 달서구청을 상대로 낸 농지보전부담금 부과처분취소소송(2013구합1227)에서 "구청은 이씨에게 부과한 농지보전부담금 3400만원 부과처분을 취소하라"며 원고 승소 판결을 했다. 재판부는 판결문에서 "이씨에게 땅을 판 A씨가 2000년 구청에 건축허가 신청을 통해 적법하게 농지에서 대지로 형질 변경을 해 오랫동안 토지를 창고와 주차장, 자재보관 장소 등으로 사용했다"며 "토지의 공부상에는 지목이 농지인 '답'이라고 명시돼 있더라도 이씨가 산 땅은 오랜 기간 농지로 사용되지 않았으므로 농지보전부담금을 부과할 수 없다"고 밝혔다. 재판부는 "농지법에서 정한 농지에 해당하는지는 공부상 지목이 아닌 사실상 어떤 상태로 사용하고 있는지, 상태 변경이 일시적인지를 보고 판단해야 한다"며 "A씨가 창고를 신축해 건축물대장을 작성하고 자신의 명의로 소유권보존등기까지 마쳤고 이씨가 토지와 창고를 매수할 당시 이미 창고로 오랜 기간 사용해 농지로서 기능을 잃었다"고 설명했다.

시공업체가 문화시설 건립 대가로 세를 감면받은 뒤 1년 가까이 착공에 들어가지 않았더라도 행정절차상의 문제로 지연된 것이라면 감세액을 낼 필요가 없다는 판결이 나왔다. 서울행정법원 행정12부(재판장 장상균 부장판사)는 A사가 서울 종로구청장을 상대로 낸 취득세등부과처분취소소송(☞2009구합41684)에서 지난 8일 원고승소 판결했다. 재판부는 판결문에서 "서울특별시조례 제10조1항은 서울시의 문화지구관리 및 육성을 위해 취득한 부동산에 대해 취득세와 등록세를 50% 경감해주되, 취득일로부터 1년 이내에 '정당한 사유'없이 시공을 하지 않는 경우 경감한 취득세와 등록세를 추징하도록 하고 있다"고 밝혔다. 재판부는 이어 "'정당한 사유'란 부동산 취득자가 마음대로 할 수 없는 외부적 사유가 있거나, 본래 용도로 사용하기 위해 정상적인 노력을 다했음에도 시간적 여유가 없어 유예기간을 넘긴 경우를 모두 포함한다"며 "본래 용도에 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 그 용도에 사용할 수 없는 법령상·사실상의 장애사유 및 정도, 행정관청의 귀책사유가 가미됐는지 여부 등도 개별적으로 판단해야 한다"고 설명했다. 재판부는 "A사는 문화시설 건립사업이 정상적으로 추진될 수 있을 것으로 기대해 사업추진에 진지한 노력을 기울였음에도 행정청의 사업제안 반대의사표명 등 외부적인 사유로 인해 유예기간 내에 부동산을 본래 용도로 사용하지 못했다"며 "A사에 감면된 취득세 등의 납부를 명한 종로구청의 처분은 위법하다"고 판단했다. A사는 2007년6월 서울시와 공동으로 문화예술시설을 건립하기 위해 인사동 문화지구 내의 부동산을 사들였다. 종로구청은 "문화지구의 보존·개발을 위해 필요한 권장시설에 해당한다"며 A사에 취득세와 등록세의 50%인 8억여원을 감면했다. 하지만 이후 종로구청은 당초 입장을 번복하고 사업반대의사를 밝혔다. 결국 A사는 1년 가까이 부동산을 주차장으로 사용해왔다. 그러자 종로구청은 "A사가 문화예술시설 건축대가로 취득세 등을 감면받고도 1년 가까이 부동산을 주차장으로 이용하고 있다"며 감면세재부과처분을 내렸다. 이에 A사는 "감면세를 다시 부과하는 것은 부당하다"며 소송을 냈다.

취득세 감면대상인 임대주택을 지을 목적으로 토지를 취득한 경우 2년 동안 주택을 착공하지 않았다면 취득세를 부과할 수 있다는 판결이 나왔다. 대구고법 행정1부(재판장 최우식 부장판사)는 임대주택용 토지에 대해 취득세 등 총 1억5,600여만원의 세금을 부과한 대구광역시 북구청장을 상대로 A주식회사가 낸 취득세등부과처분취소소송 항소심(☞2009누1533)에서 원심을 취소하고 "A주식회사는 감면받은 지방세를 모두 납부하라"며 원고패소 판결했다고 지난달 28일 밝혔다. 재판부는 판결문에서 "구 대구광역시세감면조례 제13조1항에 의해 지방세가 감면되는 것은 임대할 목적으로 건축 또는 최초로 분양받는 공동주택"이라며 "임대주택을 건설할 목적으로 그 부속토지를 우선적으로 취득하는 경우에는 토지에 대해 2년 이내에 공동주택을 착공해야만 토지가 감면대상에 해당한다"고 설명했다. 재판부는 그러므로 "2년이 경과할 때까지는 과세가 유예되는 것이며, 2년이 경과하도록 공동주택의 착공을 하지 않는 경우는 감면대상에서 제외되어 그 시점부터 취득세 등의 부과대상이 된다고 해석하는 것이 조세법률 엄격해석의 원칙에 부합한다"고 판시했다. 원심에서는 "취득세 등의 처분은 이미 감면된 지방세에 대한 추징처분이며, 감면조례 제13조나 제34조가 처분의 근거규정이라 할 수 없어 아무런 법적 근거없이 이뤄진 것으로 위법하다"며 원고승소 판결했다. A주식회사는 임대주택을 건설할 목적으로 토지를 샀으며 2002년 12월9일 대구광역시 북구청장으로부터 토지에 대한 취득세 및 등록세 전액에 대해 지방세를 감면받았다. 그런데 그후 A주식회사가 토지 취득일로부터 2년내에 공동주택을 착공하지 않자 북구청장은 이를 이유로 2008년1월11일 취득세 5,500여만원, 농어촌특별세 396만원, 등록세 8,200여만원, 지방교육세 1,500여만원을 각각 부과했다. A주식회사는 이 처분에 대해 대구광역시장에게 이의신청했으나 기각되자 소송을 냈다.