세무당국이 한겨레닷컴의 시가총액를 기준으로 조인스닷컴의 가치를 평가해 법인세를 부과한 것은 부당하다는 판결이 나왔다. 이번 판결은 인터넷사업의 가치는 단순비교가 아닌 향후 성장가능성 등 여러 사정을 고려해 평가해야 한다는 것으로 비슷한 가격으로 팔린 유사한 사업이라도 그 가치를 다르게 평가해야 한다는 것이다. 서울고법 특별5부(재판장 이성룡 부장판사)는 중앙일보뉴미디어(주)가 남대문세무서장을 상대로 낸 법인세등부과처분취소 청구소송 항소심(2004누10618)에서 최근 "합리적인 방법으로 사업의 가치평가를 하지 않은 세무서의 처분은 부당하다"며 원고 승소판결을 내렸다. 재판부는 판결문에서 "중앙일보뉴미디어가 조인스닷컴에 양도한 인터넷컨텐츠사업과 인터넷한겨레가 영위하는 사업의 내용에 다른 점이 있음에도 이를 동일한 것으로 판단했다"면서 "한국이이티벤처투자(주)가 2000년 8월 조인스닷컴의 주식 40만주를 40억원에 인수하게 된 것은 조인스닷컴의 당시 자산, 수익사업 등에 관한 여러 현황과 전망 및 코스닥시장의 폭발적인 상승세 등에 기인한 것으로 이에 근거해 99년 10월 당시의 이 사건 사업가치를 평가하는 것도 적절하지 않은 점 등에 비춰 볼 때 세무서가 이 사건 사업의 가액을 평가하면서 인터넷한겨레의 99년 12월27일자 유상증자 납입가액을 기준으로 한 것은 객관적이고 합리적인 방법이라 할 수 없다"고 밝혔다. 중앙일보뉴미디어는 지난 99년 10월 조인스닷컴(옛 사이버중앙)에 뉴스·콘텐츠(인물정보 등)가공과 인터넷 서비스사업을 장부상 순자산가액인 7억1천3백여만원에 양도했으나 남대문세무서가 중앙일보뉴미디어가 조인스닷컴에 시가보다 낮은 가격에 사업을 양도한 것으로 판단, 같은 업종인 인터넷한겨레의 99년 12월자 유상증자 납입가액을 근거로 산출한 인터넷한겨레의 순자산가치 167억1천4백만원을 조인스닷컴의 사업 시가로 보고 99년 법인세 65억5천2백50여만원과 부가가치세 19억5천6백70여만원을 부과하자 소송을 냈다.